3MSDA

Enzyme-substrate interactions of ixt6, the intracellular xylanase of g. stearothermophilus.
Total Genus 134
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
134
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
NSSLPSLRDVFANDFRIGAAVNPVTIEMQKQLLIDHVNSITAENHMKFEHLQPEEGKFTFQEADRIVDFACSHRMAVRGHTLVWHNQTPDWVFQDGQGHFVSRDVLLERMKCHISTVVRRYKGKIYCWDVINEAVADEGNELLRPSKWRQIIGDDFMEQAFLYAYEADPDALLFYNDYNECFPEKREKIFALVKSLRDKGIPIHGIGMQAHWSLTRPSLDEIRAAIERYASLGVVLHITELDVSMFEFHDRRTDLAAPTSEMIERQAERYGQIFALFKEYRDVIQSVTFWGIADDHTWLDNFPVHGRKNWPLLFDEQHKPKPAFWRAVSV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Enzyme-Substrate interactions of IXT6, the intracellular xylanase of G. stearothermophilus.
rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Geobacillus stearothermophilus
molecule keywords Intra-cellular xylanase ixt6
total genus 134
structure length 330
sequence length 330
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2010-04-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3msdA00
3U5YA 1MW3A 1LF1A 4PMVA 2W91A 1JAEA 2QLYA 2DH3A 4BZYA 1TZ7A 4RE3A 5GNZA 1J12A 2O9PA 4DUXA 1R7OA 1UR9A 3WUEA 4AD3A 3OGSA 3ZJ8A 2D24A 1JYNA 4D6DA 1OSEA 2XFYA 4HMDA 3T0DA 4JHOA 4B16A 1GJUA 1UR2A 4CN1A 2VUYA 3PZUA 1VEPA 3WEMA 2AAAA 4Z2JA 1QNQA 3VIPA 2W63A 4WKFA 2J79A 4MB3A 2VZVA 3OBAA 2JEPA 3MSDA 4NI3A 3CHDA 3RJXA 2XM2A 2D3NA 4S3JA 1KCKA 3GYCA 1GORA 3AS3A 2ZWZA 1JL8A 1C8QA 1V6XA 3ZT6A 1Q6EA 1BVZA 1DWGM 1Q6DA 1NP0A 2J78A 2XUCA 1JI1A 2Z1KA 3PHAA 1WPCA 4S3KA 3O6AA 5A2BA 3VIIA 2JF6A 5A8MA 1GOQA 3E1F1 1P6WA 2G3NA 2O9TA 2X2YA 4BQ4A 3VIMA 5JIWA 4D1IA 2CESA 3U7VA 4J28A 4U3CA 1UD8A 5AYBA 2OSWA 4HMCA 1UG6A 2G3MA 4HP5A 4W7VA 1XHGA 4J3TA 1E6PA 2E9LA 1UOKA 4XUYA 2YBUA 1HL8A 4HU0A 3T2OA 5LA1A 4E2OA 2DPEA 1JZ5A 1E6XM 1GONA 3VD5A 1W3LA 2CIPA 1UQZA 1MWOA 2GJXA 5IFTA 2QF8A 1HJUA 3CMGA 1JXKA 4D6IA 3WH5A 3ZT5A 3WH9A 3UCQA 3SURA 4H2CA 1CGVA 3WDPP 1J10A 4D6HA 4QLJA 3WNNA 2WZEA 4BF7A 4DWSB 3BC9A 2YA1A 1PX4A 2E40A 2EPNA 3VM5A 3AIRA 3N1AA 1E5NA 1V3JA 3W6MA 1W1VA 3LPOA 3WF2A 3L4WA 4XV0A 1RP8A 4GI9A 1US2A 1C7SA 2J25A 3WD0A 3WD1A 3WL1A 1DP0A 1FFRA 1GPFA 1FH8A 4CD4A 3W27A 2FHBA 5A94A 3W81A 4PTMA 4ZENA 3WF0A 2YL9A 1O6IA 2G8ZA 1UWQA 4CD7A 1MQPA 2AMGA 5D9PA 2DIEA 1AQHA 2Y8KA 4L4PA 1ZS2A 5AC5A 4U5KA 1LL6A 4MNMA 1EGZA 1GCYA 2NW0A 3WNKA 4OBSA 1W1YA 3VIOA 1MFUA 2VVNA 1EA9C 4D1JA 3T2QA 1HVQA 1LQ0A 3CUJA 2DSVA 2A3EA 3EYPA 5I77A 2W67A 1HJXA 1BAGA 3WNOA 1JZ6A 1C8YA 2XWEA 1ODZA 1GW1A 1D7FA 3WQ8A 1GQJA 2UY3A 4HZ8A 1WP6A 1G9HA 4TTGA 1BYBA 4GPNA 1QBBA 2PI6A 4KGJA 1NQ6A 4AZ7A 1NWTA 1KQYA 3MUAA 4M80A 2J7EA 3CZKA 1TCMA 2WC3A 1UH3A 1QNPA 2VRKA 3AMCA 4J3WA 1OD0A 1B1YA 3ZJ7A 2DT0A 2FGLA 1NWSA 3AXIA 2XVPA 5A8OA 4U5IA 3GM8A 3RILA 3M7SA 3GH7A 4K68A 3WUFA 1OBAA 4GI6A 3W26A 5DT7A 3AMLA 4PMUA 4M56A 2DSWA 1B30A 3VIGA 2D2OA 4CD8A 2ZUWA 5D9NA 5FIPA 1SFSA 4MJ2A 5HPCA 1BYAA 3MMDA 4ACYA 2BS9A 1HNYA 2GDUA 2YLAA 2GUYA 2WHKA 4FK9A 1IZJA 4PMOA 1BGGA 3BGAA 1JNDA 1MW2A 4JCMA 1GJWA 3MKKA 1W9XA 1I75A 3HJEA 2VTFA 3ARWA 5I78A 1BFNA 1J0YA 1E73M 1CTNA 3OGRA 1IT0A 2XGBA 1M53A 4ML4A 5EMYA 3SCOA 1EO5A 4F9JA 1OT2A 1VF8A 1WCGA 5FD0A 3OLEA 4RE4A 1B90A 2XHYA 3GNOA 4LPCA 4FF5A 3BAYA 1VIWA 4KRTA 2WHLA 6TAAA 4GKLA 1I1XA 3PTMA 2WCGA 1WZLA 1GHSA 1M01A 3DHUA 4EANA 1FHDA 1CECA 3L4VA 3AMDA 3EMQA 3WBEA 3EDJA 3AICA 4HA3A 1S46A 1YQ2A 4WF7A 1BSIA 1W2VA 2OWCA 1JFHA 4PUEA 2PWDA 5E0CA 5BWFA 3A4XA 1WE5A 1E3ZA 2ZX8A 2C0HA 3B8SA 2X05A 4R5EA 1GOMA 3SIMA 3BSHA 2CHOA 3RO8A 1I1WA 1XH0A 2FGZA 1TFVA 4AWEA 2D0GA 2E8ZA 3MU7A 1MQRA 4JFTA 1GNXA 3IJ8A 3UETA 1TG7A 3MO4A 1E3XA 1EIBA 3M6DA 2ZOXA 4AZCB 4D6JA 1CYGA 5CSUA 2WVUA 3EBVA 5M3WA 4W5ZA 2WM0A 1QNOA 2NSXA 2PF0A 2IUZA 2XIIA 3HMCA 1DWFM 1JDAA 2YL6A 3TP4A 3A6OA 1E0XA 4PBGA 2CNCA 1DWHM 4AXNA 3N17A 2J77A 3WIJA 4Q22A 4AD4A 4ZXLA 2WSKA 5F7UA 4B9ZA 5A8PA 4TUFA 2PWHA 4J27A 4XB3A 3WEOA 5D8ZA 4Z2GA 2W62A 1RH9A 3WQWA 2OSXA 2TAAA 1ZBVA 2WCSA 1K9EA 4W86A 4HPGA 2W5FA 3OZPA 2CKRA 5A6AA 5EFFA 1TR1A 1LL4A 1AQMA 2ZUSA 2V5DA 3MSGA 2Q8XA 3UG3A 5LYRA 3WQ6A 4OOZA 3OLDA 3WENA 1XCXA 2EQDA 4XZWA 1G94A 4XX6A 3QHNA 1SYTA 2CHNA 1E4MM 1FH9A 3L2MA 5EFDA 1UWIA 3CH9A 4M81A 3UERA 4NF7A 1UWUA 1F4AA 4H41A 1OT1A 3L4UA 3VDCA 1HKIA 1YHTA 4EKJA 3NUKA 2NT0A 3AS2A 4KH2A 4CKQA 2QV4A 4YPJA 4Z2LA 4EE9A 5E0FA 4AW7A 1HF6A 1WDRA 1CPUA 1JZ3A 4GQQA 1UH2A 1L8NA 3QR3A 2BVDA 2CYGA 5CGTA 3MMUA 2GVYA 2YA2A 4NZCA 4XZBA 3BMVA 3F5JA 1RD6A 5M17A 5ABEA 1Q6CA 1N82A 3GDBA 1VRXA 4UCFA 5DFAA 2Y8VA 2UY2A 1K6AA 1XYZA 4WLCA 2WVTA 4TX8A 1CXLA 1V0MA 4M1RA 3VD7A 3W28A 3AIEA 1PBGA 4LQ1A 4P7OA 3WFLA 1W2PA 5I24A 4YHGA 4PMZA 3PBGA 2XPKA 4GI8A 1JZ2A 1X6NA 2DSKA 2FHFA 1WO2A 5BRPA 2QPUA 3VINA 5CZKA 3GXFA 2GJPA 1NM9A 4M8UA 1GOOA 2Y2WA 2VZUA 2J7GA 5E6ZA 1JDDA 1ZJBA 4GZIA 1V08A 2WMKA 1M03A 4W89A 1C90A 2YBTA 1BTCA 3KWXA 3M46A 4KMQA 3UR7A 3CZ8A 2EBNA 4CU7A 5BCAA 1LWJA 1VFMA 4QCFA 1QBAA 3WEZA 1UR4A 1HN1A 2VQUA 4J3XA 4E8CA 3AXHA 3WMCA 5LA0A 3CBWA 3I3BA 4CCCA 5AC4A 1TA3A 2WLZA 2BVTA 2D0FA 1UWTA 3OB8A 2OYKA 3RPMA 4V28A 3B9DA 5GNYA 2EO7A 4HA4A 1FOBA 3SEPA 2ZXDA 3S6TA 2J47A 4ZFMA 2GFTA 2WWCA 2V5CA 2VX4A 1V0KA 1GOIA 1G01A 2IXUA 4RL3A 5A8NA 3QGVA 5M5DA 4HA1A 1L0PA 3CUFA 1H11A 2EXOA 1SR0A 5EBAA 1PIFA 3VGFA 4EAMA 1EDGA 4PCSA 3VM7A 3OLIA 1KQZA 2CERA 4AYSA 3PTQA 5I23A 1ISZA 5JBEA 5A6JA 2ZUMA 1WZAA 5BXSA 1G5AA 4V27A 4DUVA 3SUWA 2BXYA 2CCRA 4URIA 3ARXA 1BPLB 4OJYA 2PWGA 2VC9A 1VAHA 2QPSA 1E71M 3BLKA 3RM4A 3LPGA 3AI0A 1JF5A 2VR4A 3POHA 4MNKA 2VL4A 3GNRA 1W9DM 4B15A 3ECQA 4NRSA 1D3CA 2WSPA 3WELA 1PPIA 1FP9A 2ZUNA 2XM1A 4UFHA 1B3YA 1J0IA 3RM8A 2XGIA 5M03A 3PZOA 3GXIA 1OIMA 1JXJA 1IV8A 4L4OA 4WSKA 3CLWA 3IK2A 1UD5A 4CUCA 1VFUA 5JUVA 4CVUA 1XD0A 2ZX5A 3EDEA 4DUWA 3CMJA 1HX0A 1QHOA 4D6CA 2ZUVA 2BFGA 3WDQA 2DGAA 2Y5EA 1C91A 2V3GA 2YA0A 1GZJA 2YL5A 3FY1A 1XYFA 2YL8A 4W93A 3VVGA 1B31A 3AHXA 3CHCA 5CXPA 1ITXA 3NJ3A 5JBFA 2CBJA 1LWHA 4W8BA 1XSJA 4OOUA 2PWFA 1B2YA 3AS0A 3WNMA 1W3HA 4JIEA 3WH6A 4DWSC 2DH2A 4F79A 1FFQA 1TVNA 3SCSA 1C3FA 7A3HA 4D6EA 2XSAA 1E40A 4FLSA 5HNNA 1VEOA 4LYRA 3WMBA 3WBAA 3WNPA 4CU6A 4ACZB 3SCVA 1FH7A 1JYVA 1JZ4A 3IAPA 2YOCA 4UQAA 2XTKA 2WZIA 1J18A 3ZJ6A 4Z2IA 4IPLA 1E4NA 3K8LA 3WUBA 3VTRA 2WCAA 2E3ZA 3A4WA 4AZ5A 1HJWA 3ARTA 2FHCA 3SUUA 3S2CA 1X6LA 1WNOA 3DC0A 3WQ5A 2OLHA 3FAXA 1X1NA 1DWJM 2J74A 1KGUA 3BAWA 3MUZ1 4UQEA 3T08A 4H8HA 1KXTA 4UQ9A 2WK2A 3CUGA 5CGMA 4WKAA 4CN4A 2PBOA 4J3VA 3WKZA 5ABHA 1QHPA 5CPQA 4HOXA 1UYQA 5BYWA 3DHPA 1HKJA 1W1PA 1EXPA 4AD2A 4BS0A 1KXHA 2EJ1A 1XC6A 1UKPA 5ABFB 1H49A 1ISVA 3AS1A 1WKYA 3MUIA 4CD6A 2WAGA 1VENA 4NSBA 1E1EA 1V3IA 1ESWA 5BXTA 3DYOA 1CEOA 2CEQA 4YN5A 1KGXA 5JBDA 2C7FA 2ZICA 4JZ5A 4AZBA 3VDHA 4JCLA 4QCEA 3OIHA 1H5VA 2WMIA 4P8XA 2WMJA 4UNIA 3CZEA 3W53A 4QDMA 4J3SA 3TTQA 3W37A 1PEZA 4B3LA 2DT3A 3QHOA 1NP2A 2QHAA 1M7XA 2DSZA 1NOUA 1Z32X 1CENA 1OGBA 1CXHA 5BROA 3L4TA 3VNYA 2DDXA 3SCNA 1HJVA 3IANA 4PUDA 3PTKA 1WDSA 1GOWA 2CETA 3AFBA 4BCEA 5HBFA 2BY0A 2GSJA 2WMGA 3AISA 2VCAA 3K8KA 4W7WA 1OGGA 3A47A 1E6ZA 2VMFA 2X09A 4ZE4A 1PX8A 1G1YA 1K9TA 4AIEA 2DT1A 4E8DA 3NYDA 3DECA 1BGAA 4UFMA 1QW8A 3AIVA 3ZR5A 3FN9A 4CCDA 2D20A 2VX7A 5HXMA 1B3ZA 1NH6A 2QMJA 3UG4A 5DEZA 3LMYA 2F2HA 5A6BA 1QPKA 5A2CA 3OG2A 1GQKA 1A47A 3KL5A 1VFOA 4W87A 5ABGA 1TA3B 3VGDA 3VGBA 3WH8A 1R7AA 5A8QA 1J0JA 2GK1A 2WKGA 1DWAM 3WNLA 1LJYA 4H8VA 1R85A 1UWSA 4GIAA 4X9YA 3GNPA 4JKLA 4W8AA 3MV01 2YDSA 3WD3A 5IDIA 1CWYA 3APGA 4GXPA 7TAAA 3N12A 3MV11 1BHGA 4IISA 2XIBA 4P8UA 1TVPA 4A3YA 1CNVA 4LYQA 2WHJA 2CITA 3AHYA 3SUTA 5GNXA 5C70A 1OM0A 1UH4A 5A2AA 5CLTA 1UQYA 2JFEX 4PMNA 3ZQ9A 1AMYA 3TTSA 3PZTA 5A6SA 3IJ9A 3KL3A 7CGTA 1KGWA 3CO4A 1V3LA 1D2KA 2CBIA 1PZ3A 4UOZA 3AHTA 2EPLX 1ISWA 2WYSA 2A3BA 1GQIA 3MMWA 4TVUA 2J7BA 1UWRA 1E6RA 3M07A 4JL2A 5A69A 2VZOA 5KEZA 4TOQA 1SMAA 5A6BD 1BG9A 1QI5A 4OKDA 5HDRA 6A3HA 4PTVA 5D9OA 4W85A 3ZM8A 2D1ZA 3ZR6A 3PZIA 5CLWA 3THDA 1OINA 2WC4A 1OWQA 1DHKA 3DYPA 1US3A 1W9VA 4DM2A 5GQBA 2PC8A 1HJQA 3GTNA 2PB1A 4FLRA 4E4PA 3N9KA 2VO5A 2V3DA 4MAVA 1V02E 3AMKA 3VMNA 5A95A 1LLOA 2ZXBA 3VX0A 1HKKA 2BHYA 3VX1A 1C8XA 4BQ5A 4BQ2A 1VBUA 4JAWA 3VNZA 5FL0A 2YJQA 4AISA 4JL1A 3W0KA 2GJXB 5I0DA 1VJSA 1BQCA 3UR8A 4DWSA 3ZSSA 4GO8A 5IHRA 3KZSA 1CDGA 1CGWA 3T09A 4D6GA 2EEXA 1KR1A 3CHEA 5CSYA 3TOPA 3FNDA 4TX6A 1V6VA 4N0RA 1TUXA 2G4FA 2VQTA 4WK9A 4JHZA 1E6SM 4ZE5A 1H3GA 2W61A 3RDKA 3WMSA 1QW9A 1JZ8A 2CXGA 3PZQA 2ESCA 1ECEA 3WL0A 1MXDA 5HOSA 1RP9A 2OWWA 2O9RA 1XRVA 3WFZA 3VIJA 3VD4A 3SCQA 3GBDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3U5Y A;  1MW3 A;  1LF1 A;  4PMV A;  2W91 A;  1JAE A;  2QLY A;  2DH3 A;  4BZY A;  1TZ7 A;  4RE3 A;  5GNZ A;  1J12 A;  2O9P A;  4DUX A;  1R7O A;  1UR9 A;  3WUE A;  4AD3 A;  3OGS A;  3ZJ8 A;  2D24 A;  1JYN A;  4D6D A;  1OSE A;  2XFY A;  4HMD A;  3T0D A;  4JHO A;  4B16 A;  1GJU A;  1UR2 A;  4CN1 A;  2VUY A;  3PZU A;  1VEP A;  3WEM A;  2AAA A;  4Z2J A;  1QNQ A;  3VIP A;  2W63 A;  4WKF A;  2J79 A;  4MB3 A;  2VZV A;  3OBA A;  2JEP A;  3MSD A;  4NI3 A;  3CHD A;  3RJX A;  2XM2 A;  2D3N A;  4S3J A;  1KCK A;  3GYC A;  1GOR A;  3AS3 A;  2ZWZ A;  1JL8 A;  1C8Q A;  1V6X A;  3ZT6 A;  1Q6E A;  1BVZ A;  1DWG M;  1Q6D A;  1NP0 A;  2J78 A;  2XUC A;  1JI1 A;  2Z1K A;  3PHA A;  1WPC A;  4S3K A;  3O6A A;  5A2B A;  3VII A;  2JF6 A;  5A8M A;  1GOQ A;  3E1F 1;  1P6W A;  2G3N A;  2O9T A;  2X2Y A;  4BQ4 A;  3VIM A;  5JIW A;  4D1I A;  2CES A;  3U7V A;  4J28 A;  4U3C A;  1UD8 A;  5AYB A;  2OSW A;  4HMC A;  1UG6 A;  2G3M A;  4HP5 A;  4W7V A;  1XHG A;  4J3T A;  1E6P A;  2E9L A;  1UOK A;  4XUY A;  2YBU A;  1HL8 A;  4HU0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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