3N3M | Genus

Total Genus 124

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	124
sequence length	328
structure length	328
Chain Sequence	GLVPRGSMGFKVKLEKRRNAINTCLCIGLDPDEKDIENFMKNEKENNYNNIKKNLKEKYINNVSIKKDILLKAPDNIIREEKSEEFFYFFNHFCFYIINETNKYALTFKMNFAFYIPYGSVGIDVLKNVFDYLYELNIPTILDMKINDIGNTVKNYRKFIFEYLKSDSCTVNIYMGTNMLKDICYDEEKNKYYSAFVLVKTTNPDSAIFQKNLSLDNKQAYVIMAQEALNMSSYLNLEQNNEFIGFVVGANSYDEMNYIRTYFPNCYILSPGIGAQNGDLHKTLTNGYHKSYEKILINIGRAITKNPYPQKAAQMYYDQINAILKQNM

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structure of Plasmodium falciparum orotidine 5'-monophosphate decarboxylase complexed with 6-amino-UMP rcsb
molecule tags	Lyase
source organism	Plasmodium falciparum
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus	124
structure length	328
sequence length	328
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2010-05-20

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3n3mA00

1KFBA 2WNNA 1OVDA 1GOXA 1R2SA 5KZDA 3NGJA 4JX6A 3G22A 4XWUA 3VE7A 1LOLA 4JTFA 2NV2A 1UB3A 3ZR4A 2QDHA 2JBMA 5AC6A 1VR6A 1SR9A 2BLEA 4QSHA 3CQ0A 1K03A 3R2GA 5LHEA 3N14A 1OFBA 3S5NA 1TSIA 1DHPA 3SGZA 3FJLA 2ZZ6A 3MI3A 4MJZA 1LRQA 3WFAA 3EWXA 3UQNA 4U28A 1H7OA 2O7SA 1ZHAA 5EYWA 1XBYA 4ORMA 4K7YA 2CZ5A 2V5BA 3TROA 1PHWA 4IX0A 3RU6A 1WOAA 1T8XA 4NJIA 2ZRZA 1PIIA 3L21A 5D33A 3NM3A 3W7KA 3B03A 1JCJA 1KFEA 3EKLA 2OT1A 1VYRA 4HSOA 2C18A 4JGDA 3ZFHA 3SSJA 1GT8A 1GVSA 1MEIA 3MP4A 5G4EA 5F2GA 3VNDA 3LX9A 3DBPA 4MPQA 2RFGA 2BXVA 2EHHA 3G0SA 4OBTA 1S3HA 3MP3A 4HHPA 4FNQA 2VEKA 5KZEA 3EX4A 1R30A 2VEPA 3BVJA 3FYPA 4LTSA 1FWNA 4G1KA 1LYXA 4IMCA 3G1FA 3I7QA 3TMQA 4HSNA 4WD0A 5D2XA 5HR6A 4GBUA 1QAPA 5AHFA 3NQ8A 3S5OA 2FJKA 1UBSA 4XKYB 2YW4A 1MZHA 1ICPA 3GNDA 3TJXA 4OQVA 1KM0A 3GX9A 2A4AA 1SW7A 3W1NA 3TAKA 2FPTA 1G67A 1SFJA 1I45A 4JYEA 3BLEA 4LC6A 4YLWA 3QPZA 4OV4A 1TRDA 1LZOA 3CWOX 3L0GA 3UD6A 3TV8A 3NPWA 3VCRA 2RDTA 3W22A 2CZFA 2YX0A 4Z08A 2ZBTA 2WQPA 5CZ0A 3QH2A 2ZA3A 3S5YA 2YDAA 3W2MA 3FKRA 3W7HA 5AYZA 3C2OA 2TMDA 8TIMA 1KV5A 3NL2A 6ALDA 5C2XA 2Q8ZA 3NG3A 4CCEA 1R47A 5EY5A 3B0PA 5CSRA 4JXCA 4K38A 3UYCA 2Y89A 4HN4A 1KM1A 4LRSA 4NNBA 2E5CA 3DI1A 3LTPA 4RXFA 2CLEA 5IBXC 4O1DA 5LSMA 1W5NA 3AO0A 4JYDA 3HQ1A 2E09A 1F7BA 3OVRA 3EXRA 1G69A 3A23A 3NNTA 2QF7A 1HO1A 2CFFA 2B4GA 3LRMA 2NXIA 4MY1A 2F84A 2E1DA 3SECA 2ZDRA 2Y7GA 1OFDA 3LCHA 3W7NA 2CZEA 1OX6A 1ONRA 4RK8A 1JCYA 5LNUA 1WA3A 1AMKA 3W07A 3W1RA 2QCFA 1LBLA 1LP6A 3P7YA 2QAFA 5I3GA 1YTKA 5EKYA 3W7MA 4UFIA 1HTIA 1GVFA 3A24A 4EIVA 4QAIA 2Z2UA 3MW7A 2ZTJA 4RZ4A 3TR2A 3G1AA 4IGHA 1VQTA 1K8XA 4UNLA 1JULA 1TPWA 5DELA 3W7PA 3CIWA 4QQ3A 3F4WA 3C56A 3NPXA 3CIXA 2B7NA 1G4TA 5CKSA 1DL3A 3PSWA 3IV3A 4NXSA 3QRHA 4KFPA 1JCMP 2A1YA 3DFSA 1QPRA 1O4UA 2V8ZA 1OX4B 2Q8LA 2ABBA 2Y62A 3HGJA 5D2WA 5D32A 3IIXA 5HNRA 4NVTA 3DI0A 5DXYA 3MBDA 3G8RA 2J88A 1X7FA 3O6DA 4FX6M 2FDSA 2WV8A 4YWIA 1SFLA 5K9XA 3LDVA 4M6VA 4M7SA 1LROA 5AHMA 3LB0A 2NXGA 3P5YA 1WQ5A 5E93A 2ALDA 1SSGA 3W1AA 7TIMA 4UXDA 4QISA 4JDBA 5I3KA 2VFGA 1X8FA 4E0CA 5A5WA 3IVSA 3HG2A 2XN0A 2ZRVA 5CSSA 3NEVA 4RLIA 3Q37A 1OFQA 4JYFA 4AB4A 4WOZA 5C5YA 1KLZA 2Y6ZA 3KFTA 3TX9A 3BK0A 4KWVA 1RZMA 3DFOA 3EX3A 3C2VA 1Q6LA 3ZS4A 3PB0A 3TQKA 5D03A 4WUIA 3RLVA 1KM4A 4O1CA 5HUOA 2QJIA 1SZNA 3T55A 3G1VA 1DKWA 1VLIA 4O50A 2P0OA 5I3JA 5BNKA 1F5ZA 2Z0IA 4PTNA 2B7OA 4XQ6A 5BRBA 3C3NA 1VCGA 1OJXA 2WKJA 4IPIA 3WJYA 4RZ5A 3NAVA 2TYSA 5E0KA 2ATMA 3M5VA 2J9ZA 4LWWA 4N2YA 3SZ8A 4RJEA 4GWEA 1WV2A 4FNTA 1EUAA 2CLLA 1AK5A 2CWNA 3N73A 3W2LA 4UMAA 4OT7A 4AVFA 4H3DA 4UR8A 4UFMA 2ZYFA 2X2GA 1A5CA 4X22A 4AWUA 3MUXA 3G8EA 3UXAA 1HL2A 1T99A 4MY9A 4AWTA 3WK1A 4JTHA 1GPWA 3LHWA 3N2MA 1VHCA 3DFQA 3W83A 3S8HA 2ZFAA 4I7VA 3TCEA 3LGEA 2ZZ7A 1WBHA 2G5WA 1L6WA 3G1SA 1Q6QA 3N9SA 3PSVA 4LY8A 3PBYA 1KBJA 5BW6A 2FTPA 1JQXA 3G3MA 3I6RA 3GDMA 5TBOA 4A22A 4LW7A 4K6AA 5HWMA 3P62A 1SW0A 1U83A 3QYQA 1XKYA 5F2IA 1SZFA 1W3NA 3Q58A 2Y70A 1SQ7A 5KTLA 1M7OA 3BG3A 4D2JA 1H7NA 5AOUA 3W87A 3W75A 1LLZA 3SIZA 2D73A 3W2JA 5MHBA 3W1PA 5AHNA 1YYAA 1BKSA 1NSJA 1C9DA 3W76A 2YSWA 3S42A 1I2OA 1F05A 3W3OA 4X3ZA 2Y85A 3HG4A 1QO5A 1FUYA 3L5AA 4QNEA 4DF0A 3KVMA 4L4LA 3CHVA 4OHQA 3W84A 1ZALA 1WOBA 5FEWA 3T44A 4BI7A 3C61A 5LKYA 2OCZA 1OFPA 5F4SA 1EUNA 4Z1BA 4HKPA 2HMCA 4K36A 1YDNA 1W0MA 1TMHA 3GDKA 3M9YA 1GYLA 3UNDA 1Z48A 3T7VA 3W2KA 4JY8A 4MY8A 4MIMA 4WY0F 4P2VA 4MVAA 1LTDA 2J9YA 1KM2A 3A22A 2Z1BA 4CQ9A 2FLIA 3TKFA 4AHOA 1D3GA 4DPPA 5AHIA 3LI0A 4LVFA 1YPIA 4N6EA 5T26A 2CLHA 2E5DA 1YTEA 1K8YA 3P81A 4WZHA 2I14A 2E5BA 3PWAA 1KTBA 3RLUA 4UFJA 5FEPA 3NL5A 3NQ6A 1IIGA 4A2RA 4MOZA 2H3BA 3KRZA 1QPNA 2OX1A 1VPXA 1DJNA 1SW3A 4GE8A 4PFMA 4U4MA 2QR6A 3DFTA 3L9CA 2NUYA 1LCOA 3GYEA 1LM1A 4A3UA 5HWJA 3TSBA 4MFEA 3G1YA 3LRLA 2QUVA 3GVGA 1QWGA 2J27A 3A21A 3IIPA 2X1SA 4J9JA 1ALDA 1DV7A 4FHAA 2V5LA 1EPXA 3QW3A 3TW6A 3MWAA 3L66A 1VLWA 1VZWA 4B5NA 2G95A 4HPXA 2A7NA 2VKZG 3QQ1A 4LS2A 3JRKA 1TPDA 1Z42A 1TPH1 2ATSA 3UWZA 3HPZA 1R2TA 1GWJA 1JCNA 5HINA 2EAWA 2ZRYA 1XC4A 4WOQA 1ME9A 3P61A 3OVPA 2ZA1A 2Y7EA 1NF0A 1W3IA 4MFDA 1FY6A 2V2HA 3E9AA 3F03K 4LC8A 5LGZA 4Z1DA 1D9EA 2CU0A 1DVJA 3O06A 1V7YA 2YW3A 4DELA 2EF9A 4UTUA 3W7LA 2QKFA 5KITA 2QUTA 4H4IA 5IM51 4JTUA 3TE9A 5G5IA 1LBMA 4XTDA 3N34A 3SGUA 1XI3A 2PCQA 1JR1A 3LRKA 4AWSA 1AG1O 5G1YA 1OYAA 1DORA 3W7DA 3HB9A 2HTMA 3NPUA 4K8EA 1LDCA 4L4MA 3Q94A 2PRLA 3MBFA 3BG9A 1WX0A 2G96A 3M43A 5CPMA 3W7GA 2ZRWA 4ML9A 3CTLA 3MHGA 4O12A 3TSMA 1P0KA 2PRMA 3U8GA 5D2VA 4X2RA 1K8ZA 5C54A 1IXPA 4I7UA 1H7RA 4RKAA 1PCWA 1H60A 3BO9A 1ZNNA 1LOSA 3B8DA 1FXQA 4O16A 2ZTKA 5DCBA 3MHUA 3O15A 3W1LA 4IXXA 3JS3A 1IIHA 1RVGA 2E6FA 3GIYA 4JY9A 1K7XA 5FI8A 1THFD 4JTIA 4PODA 5D30A 1B4KA 5AC7A 4UUIA 4UTTA 2GVGA 2VFIA 1NFBA 2C15A 5AFDA 2FPVA 1O60A 1SZEA 4DBDA 1SSDA 4LVBA 3HOJA 4AH7A 1A50A 1HUVA 1Z44A 3LXCA 3M0ZA 3PULA 1EX5A 3W1UA 1H61A 1OX5A 1XCFA 3SFKA 5LNRA 2CZDA 1ZAJA 5D2YA 1JJKA 4I9AA 1I8JA 2B0MA 3TQVA 2W79A 1FCQA 3DFNA 4EWND 4KFOA 3LHYA 4R33A 4DQWA 4JX5A 3BGJA 3O07A 4MLRA 1XM3A 4FF7A 1JCXA 1PHQA 3ABSA 4NJGA 4ONVA 3L2IA 2V30A 1KV8A 4MYAA 3RMJA 1H7XA 1TPFA 3IEBA 4O53A 2YR1A 1KTNA 3GNNA 5HWNA 5K9CA 4NZFA 3BLFA 2XN2A 5CZSA 3RFAA 1ZY9A 3HF3A 4A2SA 4O13A 3W7IA 2IQTA 2NXHA 3W7OA 3MI6A 3UY7A 1MO0A 5AHLA 2QAPA 3IIVA 3LTYA 1YXYA 2X30A 3A5FA 2C19A 3GDRA 1I2PA 3G0XA 1ZJIA 2WNQA 4OGZA 2FQIA 3STFA 2A7RA 1TTPA 3P80A 1Q6OA 3GKAA 5U7SA 4RXGA 4IMEA 3GZ3A 3M5YA 4FB7A 3UWYA 1T0OA 4MUZA 4JTTA 3DGRA 1ME8A 3UWWA 4TR9A 1CI1A 1RV8A 3LCIA 4IMGA 4PH6A 1PE1A 3B0UX 1ME7A 3W7RA 3W70A 5U4NA 2RHGA 1H62A 3W86A 5C55A 1FDZA 3N2XA 3TC6A 1XDMA 3TAOA 4UC5A 4ADSA 4LRTA 4ZL1A 3PG9A 3W1TA 3TNOA 5BOOA 2HS6A 1GJPA 3BW2A 5CGQA 5EL1A 4BR1A 4S1FA 2WPBA 4IJBA 3C2FA 1A53A 4O18A 4O54A 1M6JA 2A85A 3QF0A 4IMDA 1VYSX 3NQDA 4ZQMA 5D02A 3ELFA 2ABAA 3LM7A 3CLMA 1W31A 5DLCA 3USBA 4KKXA 5H2ZA 3GAKA 3IGXA 1JUEA 3JR2A 4LUJA 1KFKA 1DJQA 1EWDA 3Q2DA 3KVJA 1OYBA 4GFSA 2YXGA 3LCLA 3E96A 3IGSA 1TO3A 4BF9A 2Y7FA 2NZLA 4FXSA 2YYUA 3R89A 3EB2A 1GTHA 1SO5A 4FNSA 2B7QA 2H3DA 3OEXA 4CNNA 3NQ2A 3HGSA 1SO4A 1TV7A 4FXRA 1M7PA 1V5XA 1YDOA 4QJ1A 5ABTA 3FIGA 3DAQA 1PVNA 4FNUA 5F1VA 1AW2A 1TPC1 1Q3NA 2FFCA 3IIZA 4WXYA 4MKNA 2A7PA 2VFDA 1JRBA 4DEFA 3KOFA 1OFAA 4AF0B 2NX9A 2QJGA 3O63A 3RNDA 4YCOA 1AL8A 1W56A 4YCPA 4Z1AA 3CM4A 1Q6RA 4HIBA 3KVKA 3P5ZA 1JCLA 3VFLA 1MXSA 1K7FA 4DO5A 4BWLA 5DY3A 4ZQCA 3STEA 2ZCGA 3CU2A 4HNNA 4GXMA 4JDYA 5LNWA 3NQMA 3TUUA 4WJEA 1AL7A 1QNVA 4P61A 1N8FA 1GG0A 2OT0A 4ZZ9A 3G18A 3W7EA 2XFWA 3NDOA 4UTHA 1YXDA 1EEPA 3PY2A 3EX2A 1FCVA 3S0CA 1TB3A 5I3HA 1VGAA 3KAOA 1J5TA 4FIQA 4CQ8A 3W72A 1O5KA 4TO8A 3SW6A 2PC4A 3GR7A 3S9YA 4UTWA 4ZVJA 3LCXA 3NQAA 4Y90A 3UWUA 1JUKA 2UV8G 4O57A 2NUXA 5E1QA 1D3HA 1AW1A 2YFNA 4UFKA 5D37A 1FWTA 2V81A 4MYXA 2V82A 1BEUA 1F6KA 3B4UA 3A9IA 1FXPA 1RQEA 1FWSA 2QCNA 1TPVA 3ABQA 3GXPA 3W9ZA 1JQVA 4CNOA 1G7UA 3P67A 3C0JA 2H90A 5SWUA 3PS7A 4POCA 2YZRA 3U6WA 3NR0A 5K2ZA 2Q3OA 3EKZA 3LV5A 1ADOA 3LHTA 2DZTA 3OG3A 3PM6A 2FPYA 3LCWA 4ADUA 1TQXA 2E6DA 2FIQA 1CX9A 3FJ6A 3E0IA 1GTEA 4NU7A 5F1UA 4JEQA 1W1ZA 2EKCA 1B9BA 1EP3A 1NEYA 4QIUA 3PUDA 1FWRA 4R34A 4NUWA 3PBVA 3UPBA 2YGYA 4R53A 2FB3A 4TMBA 1PV8A 5DBTA 2GQ9A 1C8VA 4O28A 3MYOA 3PG8A 1VH7A 4GNJA 3MO7A 2CLKA 3TA6A 3P60A 2ZRUA 2O7QA 3HPSA 4JTKA 4LNYA 3LLFA 1A5BA 3OA3A 4O17A 1XUUA 2NLIA 3L65A 3W1XA 3W7CA 3NO5A 3UXDA 1H50A 3UZ5A 3TSDA 4N6FA 3M16A 4MJMA 3PBUA 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1GZGA 2PURA 5CPNA 1RPXA 3LBMA 3AJXA 4IUOA 3GKFA 1SUXA 3CB8A 4AF0A 2QUUA 2Z6JA 1W3TA 2DZVA 4K8HA 4A29A 1OHLA 5CPOA 5CG7A 4N4PA 2PRHA 3SR7A 1GG1A 5G2WA 2EPHA 5AC8A 2P1FA 1K7EA 3GDLA 2I1OA 1NAL1 1ZCOA 5J5RA 4RR4A 1P5BA 3NQ7A 1VRDA 1L9WA 4O8RA 4QITA 1KTCA 1RQHA 3KRSA 1S5TA 4QNWA 4EF9A 4XUGA 4H6KA 5D2TA 4NQ1A 3SY5A 3PB2A 4WQ6A 2HSAA 3W1MA 4BI6A 3NOEA 1GYNA 4S2CA 3WK3A 1ICQA 3GXNA 3IIOA 4N9DA 1XBVA 2ISSA 4FIRA 3LXAA 3P84A 3BG5A 4A21A 2QCLA 3FEMA 2Y88A 3MP5A 5D04C 1OF6A 1OF8A 3PF3A 5HJLA 2EGZA 4IXHA 3CWNA 1ZENA 2V2CA 1WAUA 1XBZA 4JR5A 3K30A 3W23A 4IOTA 2A5HA 2Z6IA 3LCFA 5D05A 2DZXA 1F6PA 5L6UA 4UFLA 4AEOA 2WOQA 1PL9A 1W37A 4UMCA 4BK9A 5J5DA 1MEHA 1P4CA 1TIMA 4IMFA 4X9SA 4KFNA 4AMAA 3DHFA 4Q32A 2NWRA 3NYZA 4N4QA 1IXNA 1IXOA 2A6NA 4UTTC 4E38A 5I3FA 4PC8A 2QCGA 1XBXA 3PBWA 1WXJA 2ZA2A 4NX5A 1A5AA 2ZRXA 3NPVA 3UPWA 4NNCA 1OFRA 4RX0A 1KW1A 3LHVA 3THQA 1U5JA 2R91A 3EX6A 1TPUA 5CZTA 1L6YA 1QDSA 3NQFA 2JKEA 3NL6A 5C6MA 1X1ZA 1SZGA 4M5PA 3N3MA 4AHPA 3DZ1A 4UCGA 2CLFA 3QQ0A 2VC6A 4FX7A 1EP1A 4JD4A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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