3N3M | Genus

Total Genus 124

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	124
sequence length	328
structure length	328
Chain Sequence	GLVPRGSMGFKVKLEKRRNAINTCLCIGLDPDEKDIENFMKNEKENNYNNIKKNLKEKYINNVSIKKDILLKAPDNIIREEKSEEFFYFFNHFCFYIINETNKYALTFKMNFAFYIPYGSVGIDVLKNVFDYLYELNIPTILDMKINDIGNTVKNYRKFIFEYLKSDSCTVNIYMGTNMLKDICYDEEKNKYYSAFVLVKTTNPDSAIFQKNLSLDNKQAYVIMAQEALNMSSYLNLEQNNEFIGFVVGANSYDEMNYIRTYFPNCYILSPGIGAQNGDLHKTLTNGYHKSYEKILINIGRAITKNPYPQKAAQMYYDQINAILKQNM

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
publication title	Crystal structure of Plasmodium falciparum orotidine 5'-monophosphate decarboxylase complexed with 6-amino-UMP rcsb
source organism	Plasmodium falciparum
total genus	124
structure length	328
sequence length	328
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2010-05-20

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3n3mA00

4MOZA 3HG5A 4UFLA 4YL2A 3DZ1A 2WJZA 1L6YA 1QO5A 2ISVA 2JKAA 4K39A 3TXZA 2Y62A 3SSJA 3G1AA 1RQHA 2VOMA 3NA8A 4Z0SA 5D2VA 2B7NA 3M5VA 3QH2A 4IMGA 1DJQA 4K8HA 1IXOA 3NL3A 5HUOA 3W86A 1W5OA 1K03A 4O53A 2WSYA 4LVFA 1GEQA 5EPDA 3PBUA 1OFQA 4TR9A 2EPHA 4BI7A 1JUBA 3T4CA 3UZJA 4Y9AA 5TBOA 3MI6A 1J4EA 2CZDA 2ZRUA 1KTNA 3DFSA 2J24A 2XN0A 4QISA 5KZDA 3QM3A 4MFDA 3P8JA 2ZRXA 4MZ1A 1FCQA 5D03A 3TMLA 5DY3A 5H91A 3UXDA 3BGGA 5F4WA 1RVGA 5DXXA 4LW7A 2NV1A 3Q37A 3N9SA 3UWUA 5C5YA 3FKRA 3KAOA 1JJKA 4AWSA 3EWZA 4I9AA 2A5HA 5KZEA 2YFOA 3STEA 4JTIA 2V9DA 3O07A 3W7PA 3GLCA 4UMBA 2YPIA 1TRIA 3TE9A 4HNUA 4ZQCA 4L4LA 1X1ZA 2CW6A 1Y0EA 5D37A 2C3ZA 3S5ZA 3OHIA 4NXKA 5CZSA 3A21A 4Z0JA 1E51A 6TIMA 2OX1A 1QWGA 2V81A 3BLEA 1QNVA 3WK0A 1KFLA 3P8IA 3TQVA 3E0IA 5L6UA 4O18A 3W6YA 4HNNA 3HGJA 3I7QA 3WJYA 1A5SA 5CZJA 5I3FA 1VGAA 2H8XA 1K8YA 2QCCA 1ZAHA 1DORA 4YCOA 3TR2A 4NJKA 1FCUA 1FWNA 3PM6A 3G3MA 1GVSA 2G5WA 3GXTA 3LGEA 3SY5A 1SZFA 5BMWA 4GXMA 3Q58A 3MW7A 3LTPA 1AL8A 3NL5A 4U28A 4O16A 5AFDA 4O1AA 2V5LA 5E93A 1LOQA 4O1CA 5HULA 5FF7A 5A8GA 5I3IA 4CCEA 3CPRA 1GG1A 2PE4A 3H53A 3L5MA 4JX5A 5EY5A 2DZTA 4ZZ9A 2AAMA 2BWGA 3NPXA 3QMSA 3E96A 1VZWA 1EUAA 3TC6A 1W54A 3UD6A 3QPYA 1TPC1 2J27A 1DOSA 4ZQPA 1C9DA 2HSAA 4CQAA 4JTKA 3QSTA 3W7QA 1VCVA 4UNKA 2BTMA 5IM51 3W7DA 2V5BA 3KVKA 1TTJA 4A29A 3K30A 2Y7DA 1LRTA 3EWBX 3VCRA 1YPIA 2FDSA 1S5WA 1DL3A 1THFD 2YW4A 1QPRA 5HINA 1LDCA 3BPWA 1G7VA 4Y90A 1YXCA 3GNNA 1BWLA 4JTHA 5D30A 4OU1A 3NEVA 1UUMA 4DO4A 1W37A 1KLZA 2OMAA 3LI1A 1HTIA 3QF0A 1X7FA 3L5AA 2RDUA 5DXYA 1XUUA 4S1FA 1KFKA 3C6CA 3EWUA 1F76A 3MYOA 4OBTA 1M5WA 1FDJA 1QR7A 3UWWA 2QAPA 5D2WA 3GB6A 4AEOA 1EPXA 1UBSA 2R14A 2NUYA 4LVDA 3VE9A 4FNPA 4N2YA 2A21A 2CU0A 4JY8A 1WYIA 4LC6A 2AQWA 1QPQA 3PUDA 1YTEA 3LHYA 1B57A 1VQTA 4B5NA 4R33A 1DJNA 2I1OA 2Z2UA 1ME7A 3C3NA 3G18A 1AL7A 3U8GA 5LNWA 1SUXA 4AB4A 3LCFA 4BF9A 1NF7A 4UR7A 3RLUA 3UWQA 4NUWA 4WY0F 3DHDA 3UY8A 1ONRA 5MHBA 5K4ZA 2VENA 4IQLA 2HS6A 4FNRA 1XDLA 3W3OA 1GOXA 4IMDA 4LVBA 4Z08A 1YPFA 3L65A 5DLCA 4DEFA 3CHVA 5F1UA 3WK2A 3LOTA 5LHFA 3W1LA 3KXQA 1DKWA 2NX3A 3CWNA 1V5XA 3NL6A 1VLIA 2H3DA 4RJEA 1HUVA 3IEBA 2CLEA 1H7NA 2C6QA 3C2OA 4P61A 2DZPA 5CGQA 3ABQA 3P74A 3P60A 3TJLA 3CU2A 3G8RA 1RQEA 5AHFA 2B0MA 1MO0A 1VYSX 2QCDA 2A6NA 2WKJA 2A7RA 4CLMA 1OYCA 4OQVA 3KX6A 2VEIA 2DP3A 4JTTA 2A0NA 3M43A 3W1PA 5EL1A 1NFBA 3WK3A 5CZ0A 3GKFA 3FJ6A 5HWMA 4EF9A 3LLFA 1P1XA 3UY7A 4AXKA 2TSYA 1EA0A 1SW7A 2ZRVA 2B7PA 1K7EA 1QOPA 1IF2A 3DHFA 5C55A 3FJLA 3ATYA 2B7OA 3ZR4A 3SR7A 1G6CA 1GJPA 3W1XA 3OA3A 3JRKA 3NQMA 4W9TA 5HWNA 3V75A 2OZ0A 3E02A 3W85A 3I6RA 3RFAA 5D2YA 4LV9A 4CNPA 3S1VA 2QCDB 3BVJA 1K8XA 3KVMA 1P4CA 1PVNA 1D3GA 1SZGA 3H55A 1JVNA 1TSIA 2NXIA 1OYBA 3M41A 3L21A 3PR2A 3O15A 1H7XA 5LHEA 1H51A 4AHOA 3W7GA 5LKYA 4AH7A 4WUIA 1I2QA 3W2LA 3GK0A 5FF4A 1JCJA 1C8VA 1VHNA 1O94A 1OFPA 3LCIA 3RF9A 1Q6QA 2OCZA 1QFEA 3LCGA 2QCFA 2WSRA 2VEKA 3G22A 4JTJA 2QUVA 3PF3A 2QCHA 4BFAA 2A2IA 3IIXA 4IXHA 4N9EA 3W22A 5G4WA 2X1UA 2ISWA 4UCGA 4UTTC 3LBCA 4MLRA 4UTJA 1M6JA 3PUEA 1TTPA 3DU0A 2ZA1A 3EXTA 1LM1A 3B0PA 5AYXA 4R34A 4O11A 1K02A 4FXSA 2JGYA 1LZOA 3LXCA 4H6KA 5BNKA 2ZRWA 3WJXA 3MP4A 1ZAJA 4NNCA 3CB8A 3QEZA 3PBVA 3S1UA 1TPDA 2V2HA 3NYZA 1KBJA 1U5JA 3IVUA 3W2JA 4C1LA 1RQBA 2NXHA 1VPXA 1ME8A 1FY6A 1VH7A 3G0UA 3W73A 4M7TA 3E12A 3HGOA 4S2CA 4NJIA 1QPNA 4HSOA 3UQNA 4UMCA 4MYAA 4Z1BA 4IWWA 1KM3A 5CZTA 3R13A 5LGXA 2BX7A 4MY1A 4PCFA 3SJ3A 3IVTA 4JTGA 4Z1DA 3TH6A 2E5BA 1WA3A 1KFEA 3NZRA 1KV5A 2J9ZA 1LLWA 3LHZA 3HOJA 1KFBA 2G96A 5CG7A 3P80A 5LGZA 1AW1A 1KTBA 3MI2A 4ADSA 1IIGA 3NPVA 1EP3A 2VEMA 1PL9A 1TV7A 3HG4A 1H7PA 4AWTA 1LTDA 3QQ0A 1SO3A 1WDWA 2V2DA 2E77A 4AMAA 4DQWA 1HO1A 3NQ7A 4QNEA 4OGZA 3FYOA 3QZEA 3T7VA 3EXRA 3MMTA 1TB3A 3R89A 1Q6OA 3PY2A 4ZQMA 1KW1A 1DQXA 4FO4A 4ADUA 3LTSA 1FXPA 4UFKA 3ATZA 4JGDA 4IPJA 2OT1A 1Q6LA 1YADA 2WQPA 5F4SA 2Z0IA 5FI8A 4MZ8A 1JCXA 3G3DA 3NXFA 3BW3A 2QJGA 2YGYA 4Y8FA 1VJIA 4NNAA 4N02A 4LVGA 2NZLA 2VFHA 5HR7A 2QCLA 3C2VA 2Y70A 4JDBA 3SI9A 3W2UA 3YPIA 1S3HA 2ATMA 1N8FA 1TPUA 2E09A 2R8WA 2ZZ3A 3LERA 3GDMA 1YYAA 1IXPA 3LBMA 3P84A 3HGSA 3LCHA 3NGJA 3QRHA 4DO6A 1OF8A 1TREA 1ZJIA 4JX4A 5LZLA 1SFLA 3Q94A 4RV8A 3EWWA 1WQ5A 2GQ8A 1JCNA 1XBZA 3M1ZA 3OVQA 4AWUA 4IGHA 2Y63A 3N2MA 3I68A 1KM2A 3BV4A 2OT0A 4AHQA 1H60A 1W56A 3L0NA 5BW6A 1HO4A 5HJLA 4GUHA 2ZQ0A 2R91A 2QAFA 3W76A 1PHQA 3THQA 2E5DA 2Y7FA 2RHGA 1OABA 3LLDA 3KRUA 1SZEA 3PBYA 1G4TA 4UIOA 1O4UA 4K37A 1ZENA 3NZ1A 1I4NA 3PWAA 3HGRA 3DGRA 3BG5A 1MEWA 3HPZA 4RCXA 5I3HA 3BLFA 1SO6A 4UFMA 3R5EA 4OWGA 8TIMA 2CWNA 3TV8A 4H4IA 4G1KA 4TMBA 3TK7A 1GPWA 3RK8A 3M9YA 1KFCA 4JY9A 4L4MA 1LBLA 2ZBTA 2RKXA 2P10A 5U7SA 3O63A 4RKAA 2AGKA 2FIQA 2E6YA 5D09A 2CZEA 2FJKA 1SO4A 5AC8A 2IQTA 1JCLA 4UTKA 2NLIA 4JYEA 3TUUA 3UZ5A 4IPIA 3M44A 3V1PA 1WX0A 3TAOA 4YWIA 1RPXA 4NJJA 2QCMA 4S2BA 1YTDA 1AG1O 4QNWA 4CNNA 1K3UA 1WOBA 3PULA 3LV6A 1OFOA 3NQVA 2JKEA 5FESA 1OF6A 4ALDA 1W5PA 3LX9A 3TSMA 4MYXA 5D04C 2J9YA 5LNRA 1EEPA 1QO2A 1XC4A 3W7JA 2E1DA 4JTUA 4DBEA 5KZMA 3PG8A 3W7OA 3CT7A 3PB0A 4QAIA 3Q2DA 3LRKA 5CSSA 3TCEA 3SECA 1BWKA 4X9SA 2J9XA 1W3NA 3GKAA 5CSRA 5AHNA 2W0UA 3G1YA 2O7QA 1F5ZA 5D02A 5HUPA 3QSRA 1GWJA 3VNDA 5FEZA 4GWEA 3FYPA 1PIIA 2E6DA 2FPVA 3W7EA 4UTHA 4RX0A 1B4KA 4IMCA 3UXAA 1AW5A 3GDKA 2PRMA 3HG3A 4LC8A 3W87A 3B04A 5DY2A 3C0JA 3KRSA 1TCDA 3CEUA 2DORA 1X1OA 1B3OA 1TJRA 4JEQA 4BK9A 5HNRA 3T40A 2NWSA 3U6WA 4MY9A 4Q4KA 4U4MA 4FXRA 4WX2A 4ICNA 1TPEA 2ABBA 2QR6A 2E68A 3IGSA 4GUJA 4KFNA 4GUGA 1EP2A 2QJHA 3P5ZA 1KA9F 3FEMA 4AF0A 3DI1A 2EGZA 4LY8A 4O4WA 1CX9A 3NQ6A 5H2ZA 3EKZA 1SW0A 5DCDA 1CW2A 1EX5A 1L6SA 4O8RA 4DPPA 1C29A 1I2NA 1LBMA 1Z42A 3MP3A 5G2WA 5FF2A 1OYAA 5EMUA 4YCPA 3L66A 1OK6A 4ZMGA 5KSWA 3GDLA 4UTWC 2RH9A 4OV9A 1H7RA 4WOQA 4R7JA 4C1KA 3LB0A 2EF9A 3BG3A 4Q32A 3DKJA 2VEPA 3W2NA 2Q3OA 2YW3A 4DELA 1ICPA 1OK4A 1TJPA 1XUZA 4AF0B 4EWND 1MSSA 1H5YA 1O95A 1UJPA 2CLFA 2R94A 3PSWA 5TIMA 3C56A 1TPWA 2ABAA 2FB2A 4M7SA 3F1QA 1HFBA 1OFAA 2I9EA 1GVFA 1F6KA 3NM3A 3G1VA 1TTIA 3LRMA 4JR5A 1H7WA 2C13A 5G1TA 2PURA 5DCEA 3O6DA 3DXIA 4MPQA 3S6DA 5F2IA 3DKLA 4FIRA 1LRNA 1NAL1 1ZHAA 4OHQA 2QF7A 1V7YA 2WOQA 3ABRA 3EX4A 3QC3A 2DZXA 5SWUA 4TMCA 3W1TA 3BW4A 3LM7A 1G4PA 3CIXA 1K7FA 4DF1A 1FDYA 3NNTA 1XDMA 4GUIA 5LSMA 1R2SA 2RDWA 3HPXA 3USBA 2ZA3A 3B0VC 1DQWA 1S5TA 4O12A 1I2RA 1TTQA 3ANYA 3GZ3A 3JS3A 2TYSA 1TRDA 3R8RA 2J6XA 2GUUA 3OEXA 2Z6IA 5G2IA 5AC7A 4XTIA 4AHPA 1FWRA 1PS9A 1GVOA 4BI5A 4LOCA 3N19B 3IV3A 1ZY9A 5DCBA 3O06A 3W72A 2C14A 4DXVA 1MEIA 2DZSA 2OJPA 1JULA 3O1NA 4PEKA 3MHUA 1L2UA 3DH7A 3TMQA 4O50A 4CQ9A 1FCBA 4O1DA 2X30A 5D38A 1N7KA 3DFPA 2BZNA 5C6MA 1H63A 1LCOA 1XKYA 2GOUA 1W0MA 2G95A 2C19A 3DFTA 3W23A 2CZ5A 3E9AA 4FIQA 2Y85A 3FS2A 2FFCA 2ZFAA 1OFBA 3TIMA 2QUTA 2QCGA 3GVGA 3M16A 4FEZA 4GNJA 4ORMA 3H54A 1GT8A 2CLOA 3G1XA 4HIBA 1WBJA 3WJZA 5K4XA 4WY0A 5E1QA 3BLIA 4DBDA 4YLWA 3QW4B 2BXVA 3QMTA 2YZRA 4BWLC 1I2PA 3O8AA 3W1MA 1G4SA 4I7WA 4ZVJA 3C61A 1XM3A 3B06A 3G0XA 1OG0A 1BKSA 2W79A 2X1SA 2KZHA 4PL1A 2CLMA 5J5DA 2HS8A 1ICSA 3C2EA 3LCWA 2ZZ7A 4A2RA 1J5TA 1CI1A 1YDNA 1QPOA 3FA5A 4Y6GA 4MZYA 2NXGA 3LHTA 4NJGA 4WY0B 3NQ2A 3RU6A 4HNTA 3TDFA 3GDTA 1B9BA 4NJHA 2Z6JA 2EAWA 4LT9A 4UTLA 5G2HA 1IIHA 4K6AA 3EX6A 4WQ6A 4FB7A 5F2GA 1KFJA 3W1UA 2DZUA 4UNLA 3W7MA 5BRBA 2ZZ6A 3NM1A 3G0SA 4JNMA 4XWUA 3PUOA 1SR9A 1TMHA 3RMJA 1JRCA 4I7VA 1MEHA 1F7BA 4POCA 4BI6A 4HKPA 1KM0A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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