3NIY | Genus

Total Genus 134

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	134
sequence length	326
structure length	326
Chain Sequence	HMQNVSLRELAEKLNIYIGFAAINNFWSLSDEEKYMEVARREFNILTPENQMKWDTIHPERDRYNFTPAEKHVEFAEENNMIVHGHTLVWHNQLPGWITGREWTKEELLNVLEDHIKTVVSHFKGRVKIWDVVNEAVSDSGTYRESVWYKTIGPEYIEKAFRWTKEADPDAILIYNDYSIEEINAKSNFVYNMIKELKEKGVPVDGIGFQMHIDYRGLNYDSFRRNLERFAKLGLQIYITEMDVRIPLSGSEDYYLKKQAEICAKIFDICLDNPAVKAIQFWGFTDKYSWVPGFFKGYGKALLFDENYNPKPCYYAIKEVLEKKIE

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Thermal-induced conformational changes in the product release area drive the enzymatic activity of xylanases 10B: Crystal structure, conformational stability and functional characterization of the xylanase 10B from Thermotoga petrophila RKU-1. pubmed doi rcsb
molecule tags	Hydrolase
source organism	Thermotoga petrophila rku-1
molecule keywords	Endo-1,4-beta-xylanase
total genus	134
structure length	326
sequence length	326
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date	2010-06-16

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00331	Glyco_hydro_10	Glycosyl hydrolase family 10

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	3niyA00

1PPIA 2BFGA 3CPUA 2PBGA 4M24A 5D9OA 4AIOA 1DEDA 2W61A 3UR7A 1PZ3A 3VIHA 3QR3A 4GQQA 1AQMA 3ZR6A 3AIEA 2ZXAA 5EFFA 3SUWA 3WMCA 2DSKA 3BCFA 1KGXA 2OSYA 5IFPA 2ZUVA 1PEZA 1L8NA 1E6XM 2GK1B 1UQZA 1UA7A 2FHCA 4ZFMA 5CPQA 1PX3A 3THDA 4AXNA 2CNCA 5FKYA 2VR5A 4PN2A 4WKAA 3RJXA 2F8QA 1CXLA 5I3DA 1QNSA 1W91A 2J7DA 2CKSA 2VMFA 3VDAA 4GO8A 2W5FA 2WMGA 4P8UA 4PBGA 2WCSA 2W62A 2WVVB 4L4OA 3MUAA 3AHVA 1UUQA 1UH4A 4AZCB 1XV8A 1CXIA 1LG1A 1NWUA 3ZJ7A 3M07A 2ZX8A 3IJ8A 1K9EA 2BXYA 1MFUA 3EYPA 4EK7A 3OGVA 1UD5A 4U3CA 1BAGA 4R27A 3WN6A 3W6LA 4GIAA 4ZXLA 1UWQA 2DEPA 4ZXOA 2ZUNA 4UQBA 2IUZA 4CD7A 3MO4A 4CKQA 3N17A 3O9NA 2W66A 2WVSA 2UY2A 4AIUA 4FLQA 3IJ7A 4J7RA 1EGZA 3CUIA 1E6SM 4PMRA 1E6QM 2VCAA 7TAAA 1KXQA 2J25A 4QAWA 5F7UA 4AZGA 1HJWA 5D9MA 3ZJKA 1YHTA 5E70A 1E0WA 3VUPA 1R86A 3WNNA 2XSBA 3W29A 1FHDA 1MXDA 3SUSA 3B9EA 3AZTA 4HPHA 3CHCA 1MW2A 2CERA 2X09A 1BVNP 2A3BA 4WIWA 4H7VA 2NSXA 2XGBA 1XYZA 1TCMA 2DDXA 1I1WA 2VQUA 4UFHA 1CBGA 1QI3A 1V02E 2F61A 1KQZA 3L4YA 4M29A 1BG9A 5A8QA 1J0IA 3ARYA 3MUZ1 3WDHA 3ZT5A 4MAVA 1KBBA 4AEFA 1BYBA 4ATDA 1O7AA 2PC8A 3E1F1 1C8YA 3PZUA 3WDRA 1PIGA 2VVNA 2VOTA 4F9JA 3BLPX 3GXIA 1VRXA 1NM9A 4LYQA 2FHFA 5A8PA 5LYRA 1PX4A 1NP2A 2WVUA 1K9DA 3PZTA 4AW7A 2D23A 2XSAA 1Q6GA 3VD5A 4J3XA 4JFUA 3VD7A 1PJ9A 1RP9A 2J62A 1G01A 1CGWA 2NW0A 4QFUA 3WD3A 1R8LA 2OWXA 3BLKA 1FOBA 4TOQA 1NH6A 2J7CA 1VFOA 2W63A 2X05A 3N11A 1XH0A 1UWTA 1CGTA 2E9BA 3FHAA 3SIMA 4HOXA 3VM5A 1E4MM 2XG9A 5DT5A 3RPMA 3SURA 1G1YA 4UFJA 2ZXQA 1WZMA 5AYBA 1NWTA 2DH2A 1R7OA 5HOSA 1V0NA 4BQ5A 5JBFA 3GH7A 4WSKA 2DSUA 2VRKA 3FAWA 4PMOA 1CTNA 1H11A 4ML4A 1VEMA 3VMOA 1BHGA 1VJZA 2W92A 3HN3A 3VIPA 3AISA 2JEPA 3T2QA 5D8ZA 4QCEA 2J8GA 4NZCA 4AZ7A 4LGXA 3W82A 1W9BM 3CZ8A 1B3WA 1NWRA 3GNRA 4PEEA 5FL0A 2JF7A 1UH2A 4DWSB 3AZRA 5DO8A 3A4WA 1ZBVA 5M5DA 3W38A 3EMCA 1FP8A 4YHEA 4H8HA 5DFAA 4UQ9A 2EPLX 3DYPA 3EDJA 2CEQA 4X0VA 3TP4A 1L0PA 3RCNA 4J28A 4CUCA 2OYMA 2XWDA 3WQ6A 2X1IA 1UD4A 4HP5A 5I5RA 1Q6FA 4PTMA 5GNXA 3UERA 1HNYA 3WUBA 1XHGA 2WXDM 3AIRA 5HPOA 3OIHA 1DWAM 2UY5A 3WIJA 2WWDA 1E6NA 1J10A 4PSRA 3TA9A 5C71A 4CN6A 1IZJA 1W3JA 4MNKA 3VX0A 3CHFA 1KWKA 1ZBKA 3VO0A 3T09A 2CIPA 2CHOA 1E0XA 1HKKA 3GNPA 3WSUA 1KXHA 4UNIA 5CLTA 1ODZA 1HKMA 3PZ9A 1XCXA 1D7FA 5BCAA 1F4HA 3UEQA 4E4PA 1HP4A 4S3JA 3WNMA 3MMDA 5BROA 2D3NA 4RE2A 1I75A 4PMZA 1OGGA 1K9TA 1DHKA 2J4GA 3BSHA 1GOIA 3CIVA 1CENA 3VGEA 1XSIA 2EPKX 2YDQA 4CVUA 4C7FA 2ZWZA 3AIVA 3NUKA 1NOFA 4HA4A 4PRWA 1AQHA 2C8NA 2D3LA 5I24A 3W0KA 1SYTA 4A3HA 3OBAA 4UFLA 5ABFA 5I0DA 7CGTA 3QHNA 5EMYA 3ZOAA 3A4AA 2GK1A 3VIMA 2VX4A 2Y5EA 4JKKA 1P6WA 3SCWA 2XGIA 1E4LA 3EDFA 1NARA 3VMNA 1VB9A 2ZUUA 4TTGA 3DC0A 1JZ4A 2J7EA 1JF5A 5A69A 3AICA 3AS1A 1WZLA 1HVXA 1KR1A 3LPGA 3TTSA 2BY2A 1W9PA 3VINA 3KWXA 1UYQA 2WVVA 5ECUA 1UZ4A 4AZCA 3ARZA 1MQPA 4GI8A 4CCEA 2HVMA 2YLLA 2J7HA 3O6AA 1ZB5A 5GNZA 4JHOA 4J3UA 3AQUA 4TXEA 4UQEA 5BXTA 1UKOA 4PTVA 1JNDA 1CLXA 1VEPA 5CJ5A 4EE9A 1UR2A 4UQAA 2XHYA 2ZX6A 4N42A 1UR4A 1ZU8A 5IDIA 1CPUA 3BAWA 5BXRA 1H0GA 3WL1A 1J01A 1EQPA 1W9UA 3T0BA 4TX8A 3WNLA 1ESWA 5E0CA 3M46A 3K4AA 5FCZA 4AZ6A 4JCMA 3W81A 2ZX7A 4E8DA 4MAZA 2WMFA 1VF8A 1EOMA 2RGLA 5ABGA 2WZEA 1W32A 5I6SA 3VPLA 2DSZA 2G3JA 4NRSA 3OG2A 2WBKA 2YLAA 3RIKA 3TONA 4D1IA 2YDRA 4DWSC 4W7VA 1NP0A 4D6CA 1ITCA 4ATLA 5BRPA 4JKMA 2D0GA 1MW3A 1E3XA 3WBEA 2OSXA 3WMBA 1JDCA 4U5IA 2J79A 4GINA 5D8WA 2DT3A 2YKKA 3ALGA 1UQYA 5FD0A 1HXJA 5CZKA 4U2YA 3U7BA 2WCAA 4OJYA 1UWSA 3KEHA 2VZUA 1FH8A 1LQ0A 5FOOA 4P7QA 1OM0A 1VFMA 2QLYA 3IK2A 4LX4A 4D6HA 3N13A 4E8CA 3VGFA 4U3AA 3VD9A 2OLHA 3L2MA 2Z1KA 2TAAA 1D3CA 2BVDA 1C8QA 4MJ2A 2ZUWA 4GZIA 4CVWA 3ZJ8A 3D3AA 2E0PA 3GXFA 5A8MA 5DMYA 1E1EA 1SFSA 1IT0A 1SMAA 2PWEA 2BHUA 2XM1A 4OUEA 1HT6A 1TMQA 3OGRA 1V3KA 2O92A 3DHUA 4JL1A 1LLOA 1Y7VA 2G8ZA 4FLOA 4E2OA 5HNNA 3MUIA 3N9KA 1W3LA 3A47A 3BSGA 2EJ1A 2J7BA 2JALA 4X9YA 1JG9A 1EA9C 1E9LA 1JFXA 4S3KA 3VIFA 1VENA 2EQDA 1JGIA 2DT2A 3N15A 1QI5A 4PMQA 3WDPP 2XTKA 4PCTA 5I23A 1KWGA 4OZOA 4HOZA 2E40A 1K6AA 3S2CA 4AZBA 4XV0A 1OWQA 3SCPA 5AY7A 1XH1A 2CETA 3BC9A 3SUVA 3WH7A 1WAWA 5A6KA 1N82A 3OLEA 4B15A 1M7XA 1E5JA 2VT0A 2E3ZA 3A3HA 3LPPA 1CXKA 2WKLA 2GVYA 3AXIA 3WUEA 5ABFB 2D24A 3CUJA 1WDRA 2VZVA 3POHA 3DHPA 1EO7A 6TAAA 3IANA 1PZ2A 1CGUA 1PIFA 2JE8A 3J7HA 2ZICA 1GJUA 1US3A 4HTYA 3W4RA 1BPLB 1IV8A 3AHXA 1EIBA 1M53A 3N12A 1K9FA 2J7GA 5E09A 2ZIDA 4OKDA 3ARVA 1LL7A 3OZPA 1QNRA 1JD9A 1ECEA 2V3EA 3NIYA 1GCYA 1FA2A 4AD3A 5M3WA 3TOPA 3BAJA 3WDJA 2WHKA 3PTKA 2CESA 5GNYA 1OD8A 2CBJA 1KQYA 2WC3A 1WCGA 2F2HA 2GUYA 5IHSA 2BY1A 1JYNA 1QNQA 3SCNA 2AMGA 1GOKA 2BNJA 2WBGA 2VVSA 1UZ1A 1B2YA 4MJ4A 1CZ1A 4H8UA 2DIEA 4P7OA 4MNLA 1QVBA 2XVNA 2VURA 4AD2A 1QHZA 2WZIA 1U33A 4IUGA 2QMJA 3F4VA 1H4PA 2O9OA 4BQ2A 3WDQA 2V38A 3JUGA 5JBDA 2QPUA 3RM4A 3BAKA 3WEMA 4WLCA 4PMVA 4WSJA 4Q22A 3AJ7A 4BS0A 1R85A 1ZBCA 3AMKA 3L4UA 1OBAA 2B31A 1RD6A 3GXMA 3F5KA 4CD6A 2WHLA 2VZTA 3U7VA 4LPCA 3AIUA 1MFVA 1W1TA 5BXSA 1C3FA 4JIEA 1DWJM 3WD1A 4ZE4A 5C8BB 5JIWA 1PAMA 3L4ZA 3PZIA 5DT7A 3BAIA 1JFHA 1HKIA 3GNOA 2BVTA 4OOZA 1W9XA 3MV11 1LJYA 4GZEA 2DT0A 6CGTA 1DWIM 1BYCA 4U31A 2A3CA 1KXVA 4PTWA 4W5ZA 4MB1A 1OB0A 1VBRA 3FXYA 2DIJA 1WKYA 5JIPA 1UD2A 2YJQA 3PZVA 4DUXA 1B3VA 3UESA 4RL3A 4ACYA 2WZHA 4JFTA 2E9LA 4UFMA 2IXVA 4M80A 2Y4SA 2YA1A 4EAMA 2OWCA 2A3HA 1U2YA 1HX0A 1W1VA 5DF0A 4GPNA 5M17A 4GO9A 3MV01 1BG4A 3KZSA 3CHDA 2EPOA 1QPKA 1LWHA 5D9NA 5E6ZA 2V5DA 3WEZA 1UD8A 1VFUA 3KL0A 1VFFA 3CZKA 2J7FA 2WAGA 3VIGA 4PMYA 4W7WA 4DUVA 5C70A 3BAXA 4FK9A 2Q8XA 1IZKA 3WENA 4QDMA 4CD8A 3FAXA 1O6IA 3ARQA 1DWFM 2O9TA 1GNXA 3CZLA 5CPTA 4B9ZA 5M03A 2YBUA 2QF8A 5TD4A 4W86A 2BY0A 1GQLA 3RM8A 1HN1A 2WCGA 1V03A 4J3TA 1JZ2A 2BV9A 3WUFA 3I3EA 2VX7A 1RP8A 4UOZA 1XYFA 3QOMA 1H3GA 1B1YA 3GDBA 2OYKA 3WF2A 2VZOA 3UG5A 4CCDA 3ZQ9A 2WB5A 1ZBWA 2G4FA 4WK9A 1CNVA 1W2VA 1J11A 2WVTA 2EPMX 1G5AA 4AIEA 3SUUA 2XVLA 2O9PA 2C0HA 1CECA 3S6TA 3G6LA 4GZJA 4WJXA 2XFFA 4WKFA 4TVUA 4UZUA 2OSWA 3AS0A 1C7TA 1WP6A 2X0HA 4MB5A 2PB1A 2J47A 1EDTA 1ZL1A 4LXFA 3WNKA 3SCQA 2YOCA 1PBGA 1E6PA 2E8YA 3AS3A 1YQ2A 4AD1A 4P8XA 1JYVA 4B9YA 1H2JA 2YA2A 4QP0A 3AFBA 2GFTA 5KEZA 2DSVA 1HJVA 2WMIB 1B30A 1Q4NX 1TVNA 3L4WA 3MS8A 1X6NA 2PI6A 5A2BA 4CU8A 1GVYA 3I3BA 2PF0A 2XVGA 3NDZA 4HA1A 4KGJA 3W6MA 1XD1A 3AIQA 3AMDA 3PN8A 2Y24A 2DH3A 1ZJBA 1E1FA 1E15A 1GVIA 3AHZA 4QLLA 3BAYA 4UCFA 3WBAA 2BXZA 2VO5A 1QBBA 2CBIA 3DYOA 2PWHA 1V3IA 2HISA 1VEOA 4PMDA 2CBUA 5CSYA 3CO4A 2JFEX 4P7LA 3ZR5A 3BCDA 4RE4A 1B9ZA 1FP9A 4A3YA 1SMDA 2QMKA 4U33A 4AD4A 3OB8A 1OIMA 5GQBA 4HMDA 3WUGA 5CLWA 3WH9A 4AYSA 4OBSA 2VTFA 3VM7A 1EOKA 1R87A 4GKLA 2VI0A 1LF1A 5IXEA 1E4NA 3K1DA 4UQDA 2Y8VA 1EHAA 1B3XA 4ACZB 2X0YA 5HDRA 4TTUA 1U30A 2BS9A 1XH2A 1JZ8A 3K8KA 3I3DA 3M7SA 4D6JA 5LA1A 2ZX9A 4UFKA 3T0DA 1AVAA 4HZ8A 4Z2IA 3EMZA 1ISYA 2FGZA 3VKKA 1DP0A 4URIA 4TVDA 5ABHA 3RMEA 5AC4A 4KMQA 4BF7A 1TA3B 3K4DA 4QCFA 1CXHA 4Z2LA 3RDKA 2JEQA 5HPCA 1V0MA 1CYGA 3ECQA 4FF5A 2CXGA 1ZS2A 1EQCA 2WSPA 2WYSA 4JHZA 2QPSA 4AD5A 4X0NA 5AYIA 4Z2KA 5IHRA 1HKJA 3B8SA 4J27A 3A6OA 4Z2GA 1KGWA 3NCOA 2CYGA 2VC9A 2WK2A 1E71M 1EO5A 1W9VA 4JFSA 2VZSA 5HXMA 4XB3A 3CGTA 3VGBA 3ZT6A 4CD4A 4KGLA 3EBVA 4JCLA 2DPEA 1GHSA 3UR8A 2OYLA 2EXOA 2W4XA 1NOUA 2EEXA 1V6WA 3PZNA 1WO2A 2CKRA 1BLIA 1OGSA 1HP5A 2WLZA 3AMCA 1UKQA 1CXFA 1FH7A 1D2KA 5A2CA 3UCQA 4UOJA 1QI2A 2J77A 2XM2A 1JDAA 4UTFA 3BGAA 3KL5A 2MANA 3OLIA 4Z2JA 4AEEA 4W8AA 3CBWA 3VIKA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3SCS A;  1WE5 A;  5JUV A;  3PTM A;  1CWY A;  2WC4 A;  3PHA A;  2QHA A;  1OT1 A;  3WD2 A;  1KBK A;  1WDP A;  3TTO A;  4K68 A;  1E72 M;  5A8O A;  4H41 A;  3VGD A;  2IXU A;  3GYC A;  3AXH A;  3GBD A;  3SCR A;  1CXE A;  1GUV A;  2XIB A;  3MSG A;  4BQ4 A;  4F8X A;  3D5H A;  3AI0 A;  3ARR A;  3N04 A;  4KRT A;  4V2X A;  4LYP A;  1HVQ A;  4WKH A;  4XUY A;  3BH4 A;  3GTN A;  2X2Y A;  4AMC A;  3L2L A;  4P7N A;  3A4X A;  5A2A A;  3DYM A;  1C7S A;  2W67 A;  3VOC A;  4MDO A;  1H0I A;  3VD4 A;  4DM1 A;  3AXX A;  4HU8 A;  1M03 A;  3NJ3 A;  5AC5 A;  3NSM A;  1KCL A;  4M56 A;  2EBN A;  3VMP A;  3WFZ A;  1E70 M;  2VRJ A;  1MQR A;  1LWJ A;  3TTQ A;  1KCK A;  2ZUM A;  3II1 A;  4D71 A;  1XRV A;  1ODU A;  1GZJ A;  2J74 A;  1E73 M;  5E9A A;  3MU7 A;  4HME A;  1WPC A;  1UKT A;  3NSN A;  1JYW A;  4GI9 A;  3AS2 A;  2X8R A;  5GPR A;  4UZS A;  2FGL A;  1W3H A;  3PZO A;  2YL9 A;  3NSX A;  1HIZ A;  5A94 A;  1E6Z A;  1G0C A;  4PSP A;  3VGH A;  3WH5 A;  1QW8 A;  4MNM A;  1E5N A;  4DM2 A;  4ATW A;  4AY1 A;  3T2P A;  1J12 A;  4HMC A;  3MAN A;  1H49 A;  2ZXD A;  1JI2 A;  3SEP A;  3WQW A;  1MVY A;  1XCW A;  4HZ7 A;  2VRQ A;  1ITX A;  1MYR A;  4GI6 A;  3WF4 A;  4JAW A;  3VIO A;  2FHB A;  3MUY 1;  4W87 A;  3SCO A;  1GQJ A;  3AOF A;  1UR9 A;  3GM8 A;  5CGM A;  3WF0 A;  4MNJ A;  2Y2W A;  3FN9 A;  2BHZ A;  1V0K A;  1OIF A;  1UR0 A;  1JZ7 A;  4DWS D;  4CU6 A;  5A6M A;  4Z2H A;  1JI1 A;  2YIH A;  2D0F A;  2J78 A;  3VNY A;  3QHM A;  4DWS A;  1W2P A;  4J3W A;  2BVY A;  4CN4 A;  1C8X A;  1KXT A;  1UWR A;  2Y8K A;  4MAD A;  2YL5 A;  3QOK A;  3ARP A;  4MPK A;  2PWD A;  4U5K A;  5EB8 A;  5FIP A;  2VUY A;  3K8M A;  1QNP A;  2WW5 A;  2VQT A;  1MW0 A;  4TUF A;  1US2 A;  3ARS A;  3SCV A;  4M1R A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3NIYA

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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