3NJ3 | Genus

Total Genus 136

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	136
sequence length	327
structure length	327
Chain Sequence	GHMQNVSLRELAEKLNIYIGFAAINNFWSLSDEEKYMEVARREFNILTPENQMKWDTIHPERDRYNFTPAEKHVEFAEENNMIVHGHTLVWHNQLPGWITGREWTKEELLNVLEDHIKTVVSHFKGRVKIWDVVNEAVSDSGTYRESVWYKTIGPEYIEKAFRWTKEADPDAILIYNDYSIEEINAKSNFVYNMIKELKEKGVPVDGIGFQMHIDYRGLNYDSFRRNLERFAKLGLQIYITEMDVRIPLSGSEDYYLKKQAEICAKIFDICLDNPAVKAIQFWGFTDKYSWVPGFFKGYGKALLFDENYNPKPCYYAIKEVLEKKIE

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Thermal-induced conformational changes in the product release area drive the enzymatic activity of xylanases 10B: Crystal structure, conformational stability and functional characterization of the xylanase 10B from Thermotoga petrophila RKU-1. pubmed doi rcsb
molecule tags	Hydrolase
source organism	Thermotoga petrophila rku-1
molecule keywords	Endo-1,4-beta-xylanase
total genus	136
structure length	327
sequence length	327
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date	2010-06-16

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00331	Glyco_hydro_10	Glycosyl hydrolase family 10

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	3nj3A00

3AIBA 3GH5A 4PMOA 1TG7A 1XSJA 1MFUA 3MUIA 4W5UA 4DWSB 1FH7A 2Z1KA 1UD6A 4TVCA 3WBAA 3AOFA 1JXJA 1US3A 2YA0A 3N04A 3IJ7A 2BY3A 2GSJA 1D7FA 4DWSA 3L2MA 3AXXA 1VEPA 3PTQA 2WB5A 3CZGA 3LPPA 2QLYA 3CZ8A 4B16A 3UESA 4MTVA 4XV0A 3PZMA 1MQQA 1OGBA 1EDGA 1OBAA 1B3WA 1CIUA 3IAPA 4AZGA 2YA2A 1CZ1A 1KR0A 1W3JA 4MJ4A 3BSGA 4KGJA 4B3KA 1UWUA 4ZEPA 1JAKA 1ZBCA 3THDA 3ZM8A 1R7AA 5E6ZA 4AZIA 5JBDA 4HOWA 3VM7A 4JHOA 3POCA 3SIMA 5HPCA 4JFVA 2VURA 4N0RA 2WCGA 3MUZ1 2FHBA 2WK2A 2WMHA 4UFIA 2FGLA 4CD8A 4IPLA 3WEMA 2O9OA 3VMPA 3EDJA 3K8MA 2BVTA 2WMGA 1E4IA 3VIPA 2D0GA 3AIVA 2J47A 4MPKA 3WF4A 2WMJA 3B9EA 3GBDA 4W87A 3K4AA 1GOQA 2VJXA 3WD4A 3PHAA 3SCQA 1V3MA 2XM2A 1QHOA 1UD2A 3CHFA 1AQ0A 3VINA 2XWDA 2PWDA 3VIJA 4YHEA 1BTCA 3JUGA 4IPNB 4UQEA 1BSIA 5AYIA 5LA2A 1AQMA 2WC3A 2TAAA 4PTWA 4WSKA 3G6LA 3L4ZA 1WPCA 4EE9A 4JCMA 3L4XA 1UOKA 5CSYA 2WHLA 1KWGA 4S3KA 2WSKA 1C8QA 3N11A 1QBAA 1BAGA 3CZEA 3MUY1 3AROA 2UY4A 8CGTA 2VUYA 5E0CA 3VDBA 4TUFA 4W8BA 2VQUA 3WUEA 4ATLA 4PCSA 3WF0A 3SUWA 3RDKA 4MB3A 1PJ9A 1FH8A 2WZHA 2PWHA 4JKLA 3GXDA 3OLGA 1GOMA 1NOFA 5LYRA 5FL0A 3CTTA 2JIWA 4PSRA 4UCFA 2EPNA 2EPOA 4BA0A 5A6MA 3CHDA 1G1YA 3I3EA 1E6RA 2OYLA 2Y2WA 5I24A 3ARZA 4MAVA 2XFFA 1NWRA 4H04A 2G3NA 2CIPA 3THCA 1I1XA 1C90A 2X2YA 5D8ZA 3VGFA 3VGDA 4CD5A 4AISA 1GOIA 1ISZA 3WNPA 3AHZA 4CCDA 1AVAA 4B9YA 2E9MA 3VGHA 4HMCA 4HOXA 3MU7A 3BAKA 2O9TA 5IFPA 3AS2A 1UQZA 2HISA 4OZOA 4H8UA 1V02A 2WC7A 1V0LA 1KBBA 4LXFA 4MNMA 1JNDA 2QV4A 4HPHA 4XB3A 1UD4A 1QHZA 1CENA 3SCRA 2GK1A 3IK2A 1IZKA 4MNKA 3VGBA 4D1JA 3WH8A 1EGZA 2Q8XA 2OYKA 6CGTA 4AD2A 1CLXA 3ZOAA 5D9MA 2D23A 4HMDA 4P7NA 1RP8A 1FH9A 2W67A 2ZE0A 1O7AA 5BWFA 1BVZA 5F7UA 4D6FA 1DHKA 5HOSA 5I0DA 1XSKA 3WY1A 4HOZA 1E6ZA 4U5IA 1CPUA 4GI6A 1DWJM 3M7SA 5BRQA 1J0YA 2G3JA 1E70M 1ZS2A 5M3WA 1JGIA 3ZT7A 1DWIM 5BRPA 2BXYA 4L4OA 4ZFMA 3VO0A 3ARQA 4JIEA 3WF3A 3HMCA 5A6LA 3GNRA 2X0YA 2X05A 4M1RA 3CPUA 2BHZA 1HNYA 2XFYA 5CPSA 2NT1A 3K8LA 4WKHA 2UWFA 2DT0A 1B3YA 3AMLA 3RJXA 2ZXAA 5CQ1A 5CGTA 4CN4A 2G4FA 1ODUA 3T0BA 4CD6A 3NSXA 2DIJA 4AZHA 5GNZA 1UA3A 1LQ0A 1W9UA 4W8LA 2VTFA 4M8UA 2GJXA 3KZSA 4EKJA 1E1EA 1Q4NX 2PI6A 2CBIA 2DT3A 4CVUA 1LWHA 3AJ7A 3LPFA 4GZIA 2VCAA 4B3LA 1A3HA 1E6NA 5KZ6A 1OB0A 1VEOA 2XUCA 1LG1A 1NM9A 3WSUA 3ALGA 4MNJA 3PN8A 1JG9A 3EMQA 1MW2A 3MSGA 1HJSA 3ZJ6A 1H4PA 2AAAA 1TMQA 3L4WA 3TA9A 1K9TA 4UOZA 4D6HA 3B9DA 1L0PA 1JYXA 4A3YA 1W2VA 1H5VA 4HU0A 4AYSA 5DT5A 2F2HA 4ZENA 2XVNA 1E6XM 3ECQA 4JZ5A 3SUSA 4ML4A 4M56A 1D2KA 3QGVA 4GKLA 1XV8A 2Z1SA 3EDKA 3J7HA 4XUYA 4JHZA 1UR1A 4HU8A 1LL4A 4MB4A 1Z32X 4URIA 1IV8A 4CKQA 3W38A 1KWKA 2NT0A 1UKSA 2VR5A 1U2YA 1GQJA 1UR2A 1V6YA 2WCAA 2J7CA 1W9VA 2VZOA 1E4MM 4PTXA 2WBGA 1EOMA 1XCXA 2WW5A 4U5KA 3RM9A 1LG2A 2CNCA 1NP2A 4Q7NA 1M53A 2D3LA 2IXVA 3WH6A 2E9BA 3WH9A 3TTQA 5A2CA 2X8RA 1PX8A 4NRRA 5EFFA 3WFZA 4YHGA 4AW7A 3FW6A 1CGUA 3CHCA 3WD0A 3CUHA 1EHAA 4ACZA 4GZJA 3SUUA 7CGTA 4NZCA 2Y8VA 3M6DA 2WVUA 4D6JA 3W28A 1HXJA 4WK9A 1CDGA 5CPQA 1C3FA 4BCEA 1NWTA 1V0MA 3BCDA 2GUYA 4P7OA 1E0WA 1VBUA 1OIFA 3AZSA 1Q6CA 3WUFA 1JI1A 4TTUA 2RGMA 1CYGA 3L4YA 1EQPA 3L4VA 3VDHA 2XJ7A 1W1YA 2DT2A 2ZUNA 4W85A 3BMWA 3O2LA 1HT6A 3WDHA 1B3ZA 2ZUTA 2FHFA 2GDVA 4WLCA 5AYBA 1E6SM 1E5JA 1C92A 4E8CA 1XH1A 2V5CA 4AD5A 3ARVA 3WMSA 1OM0A 2D0HA 3RMEA 2W5FA 1SYTA 1H0IA 4EAMA 2VX6A 1UH4A 2DGAA 4P7QA 2WMIB 2WMKA 5I78A 1TVPA 3WDQA 1V3LA 3AIEA 3VGEA 5DO8A 2CYGA 3CO4A 1KXQA 6TAAA 1XD0A 3I3DA 5D9PA 4OJYA 1KQYA 3K8KA 4PUEA 3WKZA 1KXTA 2V3FA 4Y7EA 4X0NA 2PWEA 4H7VA 4R27A 4W93A 5CSUA 4OUEA 3WD2A 3OZOA 2PF0A 2CCRA 2A3AA 3AS1A 4AEEA 3GDBA 1CXIA 1FA2A 5E0FA 1VFFA 4M80A 1GQKA 2WHKA 4KRUA 1CXFA 4QCFA 4ATDA 1ZB5A 4J3TA 4AZCA 1C8YA 4FLOA 2IXUA 3KL0A 1OT2A 4W5ZA 1M04A 1WAWA 3VIFA 3BAIA 1EO5A 3U57A 1HIZA 3NYDA 2VZTA 1KXHA 4UFJA 1H49A 4DWSC 5A69A 3WNMA 2XSAA 5TD4A 3WF1A 3FNDA 5ABFB 1JYWA 1HP5A 3PZVA 2V38A 2A3EA 3A4AA 5BROA 2JE8A 2ZWYA 4FF5A 4QAWA 1XSIA 3NSMA 5BXPA 1X6NA 5DT7A 4L4PA 1KB3A 4C7DA 1JZ3A 1FFQA 1OD0A 1ISXA 2DSVA 5D9OA 5FOOA 3NDZA 1VF8A 4CU7A 1HVXA 2VO5A 3GNOA 3VPLA 2WC4A 5I2UA 4H8VA 1B1YA 3B9AA 2WAGA 3FN9A 2VCCA 1QNPA 3T0DA 2QF8A 1BYCA 2CEQA 2GJRA 1TUXA 4E4PA 3AHYA 3VD4A 1JDAA 2J78A 2VRJA 3T2QA 2VC9A 1L8NA 3O6AA 4KRTA 4GI8A 2JF6A 1GORA 4GPNA 1JZ7A 4JFWA 3WMBA 2WBKA 3FHQA 1G9HA 2DSUA 3CUFA 5D8WA 5DF0A 5E9AA 1WNOA 5A8OA 2OWWA 2BY1A 3AI0A 3U5UA 5DMYA 3ALFA 3MUAA 3ZT5A 2XIBA 4CCCA 4OIFA 5IDIA 5A95A 5M5DA 1GOOA 2G41A 5CLTA 3SCSA 1EIBA 4AZ5A 1CXEA 1PEZA 2CKSA 4PMUA 4W89A 5EBAA 1WO2A 1VRXA 1R86A 1V3KA 4IISA 3VIHA 2VCBA 3N17A 3T2PA 4QFUA 3AISA 1QHPA 3W4RA 1HX0A 4HTYA 2G8ZA 1HJQA 1UWQA 1WZAA 3N9KA 5A6SA 2OWXA 1R7OA 1UWIA 2JEQA 4AIEA 3AXIA 3DYOA 2CBJA 1JFHA 2GFTA 4JKMA 1GOKA 1C91A 3GBEA 1GVYA 5A1AA 1OD8A 2CXGA 4F66A 1ZBVA 1W2PA 3FHAA 2X1IA 5IHRA 3WQWA 3AS0A 1J11A 1JNEA 3VX0A 1O6IA 2BVYA 3RM8A 3T09A 1R85A 3VIKA 1JZ2A 1NH6A 2BVDA 7TAAA 4TX8A 4QDMA 1JAEA 3II1A 5C71A 3VM5A 2E9LA 3ZR6A 6A3HA 4DWSD 4P8XA 4M24A 3QHOA 1BF2A 4TX6A 4UQCA 4OKDA 1WE5A 4JAWA 1VFOA 2J7HA 4UOJA 2WWDA 1G5AA 4U2YA 4CD4A 1CGYA 1QNQA 1M7XA 2Y8KA 3AIRA 3WDPP 1B90A 4M82A 1JYVA 2VRKA 1GW1A 2VNCA 4UFKA 1EHNA 1YQ2A 3WDIA 1ODZA 4GO9A 3QOMA 3IJ8A 2WSPA 2RGLA 1J0IA 1WCGA 1FP9A 3CUGA 2VZVA 3NIYA 1BG9A 4ZXLA 1ZJAA 2VI0A 2A3HA 5CXPA 2PWGA 1VEMA 3OLEA 4X0VA 2VQTA 3GTNA 3BGAA 2ZUVA 2WVTA 4GQQA 1TZ7A 1ECEA 3BC9A 4NRSA 4AD4A 1CECA 1PIFA 3RO8A 3PTMA 1BYAA 1VFMA 3S6TA 2G3MA 3F5LA 1HL8A 4HPGA 4RE2A 1RP9A 4ZE5A 2XM1A 3UR7A 3WNOA 5JUVA 2XTKA 1TR1A 2X09A 2WWCA 2PBOA 4UFHA 3FAXA 2J8GA 4ATWA 3MV11 2BNJA 1RPKA 3MMDA 3VD3A 4Z2LA 3A3HA 1V08A 2QHAA 4V27A 1QNRA 2YOCA 5A8MA 2W61A 2JF7A 1VENA 1G0CA 5A6KA 2F8QA 1E56A 4C7FA 4W7WA 1CGWA 1W1PA 4BQ3A 1BFNA 1FHLA 2CETA 2NW0A 4UTFA 5CGMA 2XSBA 4H2CA 1CNVA 1GHSA 1PZ2A 4W88A 2WHMA 5AY7A 1P6WA 5D4YA 1VB9A 3W6MA 5E6YA 1EH9A 1WZMA 4PMZA 1W3KA 1FHDA 5I3DA 2PB1A 4CCEA 1HP4A 2GVYA 1XYFA 1NOWA 4WJXA 1U30A 3TTOA 3MO4A 1GUVA 1QNOA 3SUTA 5LA1A 4D6DA 1ESWA 3OG2A 3VIOA 3RILA 4J3VA 1M03A 3W6LA 1VFUA 2EQDA 2CITA 3IAQA 2A3CA 4PMRA 1ISWA 2V3DA 3GH7A 1NQ6A 2A3BA 2EO7A 2Y4SA 1RH9A 1QI0A 1KGWA 1B9ZA 4QLKA 4PN2A 5EFDA 1BYBA 1WDPA 1E0XA 3VDCA 4FLSA 2YDSA 1W3HA 3ARTA 4LPCA 1LWJA 3AZRA 5A6BA 4Q22A 2XGBA 1DWGM 4PMQA 2YKKA 4TXEA 1WDSA 3GH4A 1UD3A 4CGTA 1JZ8A 1LL6A 1H09A 3UR8A 1PBGA 1XH0A 3VMNA 4AXNA 3N15A 1LF1A 4UFMA 1ISVA 2DH3A 4NI3A 3PTKA 2W63A 5AC4A 1BQCA 4Z2IA 3OLDA 1TE1A 1B3VA 2WHJA 4UQ9A 1ITXA 2WKLA 4BF7A 3KL5A 1XC6A 2XGIA 5M17A 1F4HA 3OGRA 2WVSA 3HJEA 4GI9A 3W24A 1GPFA 5ABEA 3CGTA 4RE3A 3UG5A 3F4VA 1UUQA 3IANA 1JZ5A 4OBRA 4AZBA 2ZX8A 3BAYA 4DM2A 1UWTA 4P8WA 2OWCA 3VIIA 2J75A 5HXMA 5FIPA 2BY0A 1PPIA 3PZUA 1HKKA 2D2OA 5GNYA 4PMXA 5M03A 4TVDA 4TVUA 1E3XA 2F61A 2UY3A 4AD0A 2FDMA 2XIIA 4GO8A 2OSXA 4LGXA 3CLWA 1GJUA 2OSYA 2JIEA 1B30A 3AHTA 5A2BA 1E71M 1WZKA 1DTUA 3UG3A 1QI4A 1W1VA 2ZX6A 3OGSA 3VTRA 1MW3A 3CIVA 5A8NA 3L2LA 1R8LA 1UQYA 1X6LA 1UKOA 3UERA 3GNPA 1MQRA 5GQBA 3WD1A 4W86A 2FHCA 1MXDA 5A3HA 1UYQA 4XZBA 2X0HA 3OIHA 5C70A 1E5NA 2ZUMA 2O9RA 2OSWA 1V3JA 2QPUA 3CZKA 4F79A 2E8YA 3VD7A 1PX3A 3L4TA 4LQ1A 2WANA 4DM1A 3WELA 3BLPX 4DUVA 2ZXDA 4AIOA 3RCNA 1HVQA 2VL4A 1GHRA 3WF2A 2XYLA 4UQAA 1H11A 5I77A 3T2OA 4PRWA 4PYSA 3RIKA 2DT1A 2XWEA 2DH2A 1DEDA 3D5HA 4KH2A 4WKAA 1DWHM 2J79A 1VBRA 2J7FA 2CESA 4QLJA 5CZKA 3SCWA 1E40A 2W4XA 1JDCA 2DQXA 3ZJ7A 3DC0A 2EPLX 2EJ1A 2YBUA 5KEZA 2J74A 4KMQA 4HA4A 2O92A 3T08A 2VX4A 2E8ZA 5I23A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3PZI A;  2EBN A;  3WMC A;  1UZ1 A;  3HU7 A;  3WEN A;  3AFB A;  4U31 A;  1ZJB A;  4GQR A;  1V03 A;  2VRQ A;  3CBW A;  3EYP A;  2C7F A;  1DWF M;  2VVS A;  3WD3 A;  3WL0 A;  1E73 M;  3BXW A;  1UD5 A;  1JF5 A;  2ZID A;  1HKM A;  5C8B B;  1E0V A;  1ZBK A;  1JYN A;  3KL3 A;  1ZU8 A;  4V2X A;  2YL8 A;  3WEO A;  3VKK A;  3ZT6 A;  1SMD A;  1QI3 A;  4UOQ A;  1EQC A;  5BXR A;  4MJ2 A;  1BLI A;  5AC5 A;  3NJ3 A;  2ZOX A;  1U33 A;  1N82 A;  2ZX7 A;  1KGU A;  3ZJK A;  4CN6 A;  3F5J A;  4W7U A;  5HBF A;  1B3X A;  4AMC A;  1K9F A;  2DDX A;  1ZL1 A;  3FY1 A;  4B9Z A;  4J3X A;  5CLW A;  3N13 A;  2CBU A;  3RPM A;  1XYZ A;  5HNN A;  4BQ2 A;  3SCV A;  3AIW A;  3MSD A;  3N1A A;  3SEP A;  3VOC A;  2E40 A;  4JFU A;  4UZS A;  5GPR A;  1ZBW A;  1UWR A;  3KWX A;  4WKF A;  1JF6 A;  2OYM A;  4RL3 A;  3IJ9 A;  5A8Q A;  4QCE A;  1WKY A;  4YN5 A;  5I5R A;  5IFT A;  4MDP A;  2PWF A;  4IM4 A;  1C7T A;  2YBT A;  1UHV A;  5E09 A;  4GXP A;  3OGV A;  4AZC B;  4J3S A;  1E15 A;  2ZXB A;  2BHY A;  1V6X A;  2VT0 A;  4M29 A;  4AEF A;  2G3I A;  3MS8 A;  3AIQ A;  3GYC A;  1BVN P;  1JD9 A;  1HF6 A;  1LL7 A;  2YA1 A;  1V3I A;  2D3N A;  1E3Z A;  3CUI A;  2CER A;  3S2C A;  5GNX A;  1AMY A;  4PSP A;  1W9D M;  1JI2 A;  3WFL A;  2WLZ A;  3A6O A;  4PUD A;  1CGX A;  2DSZ A;  3GXF A;  2XHY A;  3CHE A;  1HKI A;  1OGG A;  2EXO A;  1KCL A;  1UG6 A;  4W7V A;  1JXK A;  3WL1 A;  1GVI A;  1CXL A;  1UD8 A;  1B0I A;  3WNN A;  3WNL A;  4P7L A;  2VX5 A;  1J0K A;  1CEO A;  4JKK A;  4K68 A;  1MYR A;  2XVG A;  2UY2 A;  1JDD A;  1J0J A;  2C8N A;  1HJW A;  1SFS A;  4OOZ A;  4XX6 A;  3WQ5 A;  4HZ8 A;  3TP4 A;  2BV9 A;  1W9B M;  2WVV A;  1V3H A;  2BY2 A;  2YDQ A;  3W27 A;  2ZUW A;  4J7R A;  4HA3 A;  3ZST A;  3LMY A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3NJ3A

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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pfam database annotations