3NNT | Genus

Total Genus 89

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	89
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	YFQSNAMKTVTVRDLVVGEGAPKIIVSLMGKTITDVKSEALAYREADFDILEWRVDHFANVTTAESVLEAAGAIREIITDKPLLFTFRSAKEGGEQALTTGQYIDLNRAAVDSGLVDMIDLELFTGDDEVKATVGYAHQHNVAVIMSNHDFHKTPAAEEIVQRLRKMQELGADIPMIAVMPQTKADVLTLLTATVEMQERYADRPIITMSMSKTGVISRLAGEVFGSAATFGAVKKASAPGQISVADLRTVLTILHQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	3-dehydroquinate dehydratase
publication title	Insights into the mechanism of type I dehydroquinate dehydratases from structures of reaction intermediates. pubmed doi rcsb
source organism	Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
total genus	89
structure length	257
sequence length	257
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.2.1.10: 3-dehydroquinate dehydratase.
pdb deposition date	2010-06-24

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01487	DHquinase_I	Type I 3-dehydroquinase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3nntA00

2BSLA 2O7QA 4CCEA 4R7JA 3H54A 3CIWA 3W2NA 3IRDA 3I6RA 2ISVA 1XCFA 3JS3A 4N2YA 3KX6A 4LVAA 3W9ZA 2X1SA 3IIOA 1LOQA 3IIVA 1ICSA 1HO4A 1I45A 4JTEA 4YCPA 3DENA 1PCKA 2Q8ZA 4NXKA 3THAA 2ZRVA 2ZTKA 2NXIA 2ZRYA 1C29A 3P62A 1G4PA 1VYSX 3N19B 1JVNA 3PM6A 2ZA1A 2ZTJA 1XDMA 1KM1A 3FLUA 1CI1A 3EWYA 1KV8A 3HJZA 3P5ZA 3TNOA 3G3MA 3HO8A 1EIXA 5F2GA 5HUPA 3TQKA 1ALDA 5I3IA 2XN0A 6ALDA 3DI1A 4WOQA 3GLCA 4AHQA 3STEA 3VCRA 1IIHA 1OFOA 4ZVJA 2WV8A 3A22A 3K30A 5G2WA 1I2QA 4NJKA 4U28A 1LDCA 2V9DA 3OVRA 3UXDA 4NJGA 3PY2A 3NL3A 3PWAA 3W7JA 1G4EA 4ZQPA 1W3TA 4Y6GA 5BNKA 3KRSA 3ABQA 3GNNA 2A7RA 3PC0A 3W7QA 1SZGA 3AJXA 3HPSA 3LCGA 3TJLA 2WPBA 2B7PA 3QEZA 1OK6A 1Z44A 3KVMA 4CLMA 3EX1A 4FXRA 4JS3A 1F74A 1B9BA 3G1YA 2J24A 1O60A 2WSYA 3P81A 2V2DA 4UFKA 3OA3A 2OX1A 3KOFA 2J9ZA 4HN4A 1ZCOA 1KBIA 4NNCA 1HO1A 1KW1A 2C1HA 3W7RA 1OFAA 2BTMA 5KZMA 4GRSA 3S1WA 3TH6A 1SSDA 1DQXA 3CEPA 4Z1AA 1DJNA 4JX5A 5E93A 4AHPA 3B04A 1TJRA 3GX9A 3NZ1A 5BOOA 1OYAA 2YPIA 3RMJA 2E5DA 3DHDA 1W5QA 3TAKA 1XBZA 4I7UA 3M5ZA 5DXYA 3MWAA 1VGAA 3LTPA 2Y88A 3HG3A 3GKAA 1UASA 1DHPA 1S3HA 3FEMA 5L9FA 1UBSA 5EBUA 2CWNA 3NVTA 1HG3A 1OHLA 3N73A 3LTYA 2H8XA 2J27A 5E0KA 5HINA 1LRTA 1YTKA 4DPPA 5CZJA 2NX3A 2V2HA 4IX2A 3PBUA 4CNNA 5K9DA 3WJZA 4FF7A 2ZA2A 1TRIA 4GWEA 3LCIA 5AOUA 5DY3A 4LS1A 4GC4A 1M7PA 5HWNA 1H50A 3NQGA 4IPJA 1OFDA 1Z48A 1DOSA 2GPTA 2GUUA 4RZ4A 1A53A 1A5CA 2HS6A 2V2CA 3TFXA 4CCCA 4K39A 3KFTA 4NJHA 2R94A 1H7PA 3G0XA 1EUNA 1OK4A 2WNQA 3PSWA 4XWUA 1OX4B 1IXPA 3LOTA 3L68A 4LC6A 3HOJA 5K4ZA 5G5IA 4LS0A 3NPUA 1WBJA 3G24A 4UTKA 3PB2A 2ZRUA 2PCQA 1WXJA 1CW2A 4UTUA 2QDHA 3PR2A 4PL2A 1XUZA 4JDBA 4UTWC 2F7FA 2Z1BA 2ZZ2A 1KM4A 3FKRA 3HB9A 5G2HA 3O6CA 1QPNA 4O14A 1FWWA 3EXRA 4JYEA 4BI7A 5C6MA 2YW3A 3GDKA 4BR1A 2VENA 2OT0A 3LLDA 1RVGA 4M6PA 1KFKA 4O1DA 4UNKA 4CQ8A 1XUUA 3PG9A 1S5VA 3W7OA 2GJNA 3BGJA 3LRLA 5AHFA 1LBFA 2QCDB 4IX0A 2RDTA 5CZSA 3ABRA 1XBVA 3QW3A 3W70A 3S9YA 2NXHA 2X1TA 4QITA 5AN7A 3L5LA 4PH6A 1Q6RA 2QDGA 1GTHA 6TIMA 3GR8A 4NZFA 1TV8A 3NQFA 1R47A 2CZEA 1WYIA 2HSAA 2GQ8A 5BW6A 4PODA 1RD5A 2X30A 3NPVA 5KTLA 1V5XA 3A5FA 5D30A 1NF0A 3PG8A 1MO0A 3TQ0A 4CCDA 4I9AA 1H1YA 5EPDA 4AWSA 2E77A 3S5OA 2ZZ1A 1Q6LA 3BW3A 1B4KA 1H51A 1VYRA 2ZBTA 2YDAA 1G69A 4YL2A 3ABSA 4LUIA 4YCOA 3EB2A 3N14A 3KVKA 1SZEA 1Q6OA 1IF2A 5EY5A 3GAKA 1H60A 4WUIA 2OT1A 3ABOA 1I2PA 1R2SA 4RV8A 2CLOA 1SO5A 2VFHA 3IGXA 4S2CA 4EVZA 1QFEA 1QNVA 5K4XA 3UYCA 3ANYA 3CQ0A 3NNTA 4ONVA 3MP5A 3EXSA 4W9TA 2JK2A 1TV7A 3LI0A 2CZFA 1LRNA 1ME9A 4A22A 4LOCA 3G1FA 5LKYA 1MSSA 3ZS4A 4HNTA 4DO5A 3TX9A 3QQ1A 3VI2A 2YXGA 1ICQA 2Y7FA 1VCGA 2GQ9A 4NU7A 1TYGA 3GXTA 3QC3A 4LC8A 4A2RA 3OVQA 1EB3A 5FEWA 3W1LA 1SZNA 3W23A 1EWEA 3NQ6A 4N02A 1P4CA 2A2IA 3QFEA 4N6FA 4DELA 2QCCA 3G22A 2QCEA 4DO6A 4UTLA 1GG1A 1HFBA 4FXSA 3LCWA 1YTEA 4WY0F 3L5MA 4RX0A 4E38A 4O16A 2VKZG 4GNJA 2C13A 2C6QA 3G18A 3AO0A 3MI6A 4JIQA 4NUWA 3M5XA 2LLEA 4AB4A 3NO5A 5AHMA 5F1VA 3E0IA 1L9WA 2V5BA 5HWJA 2I14A 3G1HA 4HIBA 5A5WA 4Z0SA 4JX4A 3I7SA 3SIZA 3W1RA 4AAJA 4JTUA 4RJEA 3W71A 5D32A 4LVGA 4HPXA 4AF0A 4DEFA 1E51A 3M47A 3LBMA 1OABA 1KTBA 3HPZA 3UWZA 3FJLA 1YPFA 3DXIA 4K36A 3QMSA 3NQ8A 1HL2A 2HMCA 1H5YA 5C5YA 5EYWA 1ZNNA 2J9XA 4ORIA 5AYYA 3P80A 1QDSA 4H6KA 4B5NA 4OHQA 5ABTA 2WSRA 5D04C 2ALDA 4CNOA 4KWVA 5D05A 4RKAA 3MP3A 1OFEA 2Y85A 4K8EA 3TQVA 2ZRXA 5D2TA 1K03A 4NX0A 1LOSA 1TJPA 5J5RA 2EPHA 4BFAA 4H3DA 2I9EA 3CEUA 5AHNA 2Q8LA 4I7VA 2Q3RA 3EWUA 3R12A 4BI6A 3G1VA 4UTTA 2R14A 1EP3A 4PFMA 2RFGA 1XKYA 2BLEA 3BG3A 1JQVA 3FJ6A 4P2VA 3CLMA 1KLYA 4JYDA 3SGZA 4JYFA 3LTSA 2FIQA 2ZQ0A 3S6DA 5EA9A 4NXSA 3C0JA 5AYZA 2V8ZA 4HKPA 2W0UA 3D0CA 2VFFA 3NXFA 5CPLA 2BX7A 1SPQA 5LZLA 1H7XA 4DO4A 2P10A 3WK2A 3P61A 4MLJA 3QMRA 1P5BA 3M41A 5AC6A 3RU6A 1W31A 1K8YA 4WOZA 4YLWA 3U2OA 4DF1A 2RDUA 2VEMA 1QO2A 5D2XA 4X3ZA 2X1RA 3BW4A 3B03A 3ZWSA 2H90A 4WJEA 4JXCA 4A21A 1NVMA 3L9CA 3QPZA 1XI3A 3BARA 4NNBA 2FPVA 3PB0A 5FEXA 1KM6A 3V75A 3A9IA 1ME7A 4C1KA 3UNDA 3SW6A 4JTHA 2ATSA 1UCWA 2WOQA 2AGKA 4K7YA 5DBUA 3TCEA 5HJLA 5G4EA 4WY0B 3NQ2A 4HNNA 1UUOA 4QNEA 3W2JA 3MJYA 1D3GA 2CLHA 2A4AA 4LW7A 1W3IA 4QSHA 4UMBA 1Y0EA 4UXDA 3E49A 2NUYA 5D09A 1VQTA 2GOUA 4EWND 1GVQA 3SSJA 4UR7A 1ZALA 3RK8A 3IGSA 4GBUA 1EWDA 2P0OA 1F76A 3VFLA 4IWWA 5AHLA 1LROA 2XN2A 1HUVA 2DZWA 2QF7A 3ATZA 1RQEA 1H7RA 3W7HA 3UZJA 2ATMA 5AHIA 1ZAIA 1FY6A 3NQCA 4PTNA 4ZQRA 1ZJIA 3W7MA 5LNUA 2QAFA 2WNZA 4UTHA 3C2RA 4ZQNA 1JCXA 3WJSA 4J9JA 1H7OA 1R46A 3LRKA 3NQEA 3M1ZA 4JX6A 2QUVA 1SW3A 2RH9A 2NXGA 4ADUA 3CWNA 5J5DA 3TROA 5DN1A 3QPYA 3ZWTA 4GXMA 4IMGA 5CPOA 3N34A 4CQ9A 1WOAA 2TYSA 1PV8A 2DZVA 2FPTA 2QAPA 4XUGA 1L2UA 3NL2A 3W7IA 4LS2A 3RNDA 3OVPA 3EWWA 1J2WA 1SR9A 3BVJA 2AQWA 4UTWA 5HUOA 1HTIA 5LHEA 3W7CA 3EXTA 1NEYA 3W2LA 2ZZ7A 1J4EA 2G5WA 4QQ3A 4DF2A 4R33A 5HULA 3LHZA 3S42A 3TR2A 1BEUA 1H7NA 4JTIA 4BK9A 1WA3A 1GVOA 3S5YA 1EEPA 2NV2A 3CPRA 4WX2A 3C4UA 5FI8A 2DZUA 1X6UA 5TIMA 4OWGA 1DVJA 1OX4A 3G1DA 3NG3A 3STFA 5E1QA 3NDOA 1KV5A 4JTTA 3DFPA 4WXZA 3LERA 1GG0A 1TREA 3LHUA 4RXGA 1OF6A 3BW2A 2Z6IA 4O19A 3NR0A 4TO8A 1B3OA 3ZR4A 4LRSA 3QRHA 5FF7A 5CSSA 3U8GA 4FHAA 2C16A 4OE7A 3W1PA 1VS1A 4AH7A 3FA5A 2ZZ3A 2NZLA 3F03K 4RLIA 1YLVA 1T99A 3R89A 1GJPA 3V1PA 1W56A 4UFLA 3EKLA 1PE1A 2Y61A 4LWWA 4Z1CA 5D2YA 3E02A 1QR7A 1J5TA 2Y7GA 3TSBA 4IMFA 2TMDA 3DU0A 4MFDA 4OBTA 1W5OA 3YPIA 3DKJA 1TQXA 3IIPA 3U6WA 1G4SA 3M43A 1GYNA 1I8JA 1XM3A 3QH2A 4N9DA 3FIGA 2CLLA 2FTPA 3MW7A 3CHVA 4P61A 1OFBA 3B06A 2YCEA 4ZMGA 1D3HA 1EX5A 1DORA 3INPA 2DORA 4FB7A 3DBPA 1FQ0A 1QPRA 4RK8A 3CM4A 4N9EA 5BMWA 4ML9A 3S1VA 1GT8A 2QR6A 3C52A 5H91A 1YTDA 2FB2A 4YXGA 3C2OA 2KZHA 5H2ZA 3DFOA 2VOMA 1PCWA 2QJHA 1QOQA 2JKEA 2VEPA 4NZJA 5K9XA 1GVSA 3QYQA 1TPEA 4UFJA 3W1TA 3M44A 2A85A 4XKYA 1SW0A 5HQEA 2W79A 1QCWA 4A2SA 4JEQA 3CC1A 4JR5A 4QISA 2Z6JA 3WJYA 4NVTA 3PUDA 3TJXA 1I2OA 3QSTA 2EHHA 4ZQMA 3IGUA 3W1XA 3TAOA 1K8XA 2BXVA 4XTIA 3TK7A 5EKYA 3W1NA 1Q45A 2R91A 1F5ZA 3WJXA 4HT3A 3UWYA 4JTKA 1W8SA 2QCFA 3C6CA 5DCDA 3HG5A 4YMZA 3OHIA 1WDWA 3N9RA 4MJMA 2C3ZA 4O50A 4NT0A 3LHWA 4UR8A 3MYOA 1H62A 5KSWA 2FQIA 4C1LA 3PBYA 2FB3A 4GUFA 1KFEA 1GPWA 2DZTA 3M5VA 4LT9A 4BI5A 2FJKA 1IXOA 3G1SA 1W5NA 1OVDA 4MZ8A 1TPFA 4JN6A 3LHTA 3P67A 3C2FA 5HR7A 3LDVA 1TPWA 2ISSA 3TW6A 4GJ1A 3PS7A 2FDSA 5FEZA 3BGGA 3SY5A 4JTLA 4BWLC 3HF3A 4ADTA 4TMCA 3T78A 1N8FA 1WV2A 2NLIA 5F2LA 4HSOA 3L0NA 2GVLA 5LNRA 3OBKA 3MHGA 3TMLA 4TU1A 1ZAJA 1B57A 3FKKA 3HG4A 2VFEA 3Q58A 3GVGA 4KKXA 3EX2A 5DCEA 2C14A 1SO4A 2YZRA 2PE4A 5DLCA 4QNWA 2Y63A 1FX6A 1PL9A 1JUEA 7TIMA 1A5AA 1AL8A 1VLIA 1DL3A 1FDJA 1QO5A 3O07A 4XBSA 3TIMA 2OCZA 4DF0A 4X9SA 2EKCA 1JRCA 2YYTA 3LCXA 1MEWA 4JICA 3QJAA 4O0KA 3THQA 3KVJA 5CZTA 1BWKA 3QMTA 3W75A 3IV3A 2WQPA 1G7UA 4ZL1A 2RHGA 3IVTA 4AVFA 8TIMA 1YDNA 2V82A 1FCVA 2A7NA 4UFIA 2V81A 2C15A 4ZQOA 1Z41A 4O11A 1ML1A 4QIUA 2H3DA 1VC4A 1QOPA 3KHJA 5U7SA 1LRQA 4N9BA 1Z42A 3LGEA 2E6FA 4M6QA 3W22A 4AMAA 4WZHA 2F84A 2E68A 3DHFA 3LCFA 2CZDA 2ZRWA 3H55A 5FF3A 3T7VA 1FXPA 4OT7A 1NSJA 2Y7EA 1H7WA 5HMSA 2JKAA 3M5YA 3N3MA 4KFNA 4ZZ9A 2XFWA 4IXHA 2X1UA 5EMUA 3ZFHA 3NZRA 3GDRA 1VJIA 1WX0A 5D03A 4ZQCA 3CWOX 1YXYA 3DFSA 1THFD 3PVFA 3EKZA 3LRMA 3W7DA 2YFOA 3ATYA 3TDFA 1AL7A 5C54A 1GTEA 3NQ7A 4NJIA 4JTGA 3F4NA 3MI2A 1PHWA 4Z08A 1TTQA 3G3DA 4WXYA 3UWUA 2V5LA 1TIMA 1W37A 3PBWA 1RR2A 1BTMA 4JY8A 3GYEA 1WOBA 4K6AA 3KRZA 4JTJA 3OIXA 2HTMA 5CPNA 2NWSA 4OGZA 3HGSA 3DFQA 3G0UA 3NEVA 3TXZA 3B05A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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