3NQCA

Crystal structure of the mutant i96s of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with inhibitor bmp
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
219
structure length
219
Chain Sequence
VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAISVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: importance of residues in the orotate binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags Lyase/lyase inhibitor
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus 87
structure length 219
sequence length 219
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2010-06-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3nqcA00
3O63A 5AYYA 4RKAA 2EKCA 2VFDA 3UZJA 1OFAA 5HJLA 4NVTA 2PCQA 5DXYA 4A29A 3A23A 2ZRZA 4DO4A 5F1VA 2FDSA 4BR1A 5G1TA 1W0MA 2F7FA 1CW2A 4WOQA 2E77A 1LLWA 1FWRA 4MLJA 3DHFA 5LZLA 3MHUA 4JTTA 1LRQA 3BPWA 1XUUA 3T7VA 4JYDA 4DQWA 1W8SA 1TO3A 1XBVA 3L0KA 4Z1DA 4N9EA 3PR2A 4YL2A 4HIBA 3P84A 5BMWA 3IV3A 2YW4A 2X1TA 3EKLA 1HFBA 1YPFA 1IXQA 5SWUA 3DFQA 3L5AA 1TTJA 3TW6A 3DAQA 2A85A 4WOZA 1B4EA 3O07A 1KFBA 5BRBA 4QIUA 1KW1A 3UXAA 5T26A 3L0NA 1KM3A 4H6KA 5LNUA 1NAL1 5G4WA 3DI1A 4MZ1A 3ABOA 5G4EA 1TV7A 4O14A 2R8WA 2ZZ4A 3UD6A 1TTPA 1OFPA 3QC3A 4MFDA 3UWVA 3DFNA 1WXJA 3OA3A 5FESA 2RDUA 1FBAA 4UFJA 4M7TA 5E93A 4R53A 2CLKA 1QPNA 3W1XA 4M19A 3O06A 5CZSA 2CLOA 2QUUA 5DCEA 4AH7A 3G1AA 4Z1BA 1W3TA 2QAPA 3MMTA 4Y6GA 3VCRA 3LXCA 4AEOA 3DFOA 4N9DA 4FHAA 1TPH1 4UNLA 2FPYA 2ZQ0A 3GAYA 3BW4A 3FFSA 4JXCA 3PBUA 4BWLA 1KLZA 1JCMP 1H60A 3R8RA 5KZEA 1P1XA 3T44A 1HL2A 5CKSA 5G2HA 1GYLA 1GVQA 2GUUA 1F73A 3ABRA 1G4PA 4Z1AA 3EWZA 3EX3A 3O6YX 3QMRA 1S5VA 1XBYA 3IGXA 3TAOA 1J2WA 3UWUA 3CIWA 3HO8A 1R2TA 5G2IA 3IIZA 4MOZA 1XC4A 2X1SA 4WZHA 1UB3A 1SPQA 2BSLA 4RK8A 1I8JA 4O1BA 3I7SA 4FX7A 1VZWA 4O4VA 4OGZA 5D04C 1GQNA 1I2NA 3FJLA 1Q45A 3KVJA 1QPRA 1ONRA 3M47A 4IUOA 1VGAA 3FS2A 1TIMA 4ZQMA 3NQ2A 3HF3A 1TPWA 3P62A 2E6DA 1DV7A 4E0CA 3C8FA 3L65A 3LV5A 2Y7EA 4HNNA 1TSIA 4WY0A 2OZ0A 4Z1CA 3BGJA 2DZXA 4KFPA 1KV8A 3N73A 5KZMA 3PB2A 4OQVA 4ZVJA 4WJEA 1TV5A 2X1UA 1OX4B 3NL6A 4R7JA 4DXVA 3P8IA 1QCWA 3W7JA 1TV8A 5I3KA 3W7NA 1T99A 1ME8A 3F4WA 2QDHA 1GG1A 4Z0JA 1T0OA 4Q33A 4PH6A 1DHPA 2H3BA 5EYWA 1NFBA 3DGRA 3NO5A 2YSWA 3TSDA 3G0UA 4AXKA 4GBUA 5EKYA 1JRCA 1WA3A 2QCNA 1W54A 5HR6A 2C19A 3C61A 4MJZA 1VYSX 1GG0A 1YADA 2YXGA 3HPZA 4R34A 2E09A 1JUEA 4UTJA 3TCEA 2X2GA 4Y96A 1RZMA 2A6NA 2C16A 3BW2A 1SW7A 3PB0A 4JNMA 3C2EA 4K7VA 1OJXA 1N7KA 2GVGA 4FO4A 2V2DA 1X1OA 3NEVA 4Q4KA 4Q32A 3TUUA 4YCPA 1QDSA 3LRMA 1JCNA 4UCGA 1KV5A 1VLWA 4WY0B 3LI1A 1PE1A 3QW4B 3N2XA 5LNWA 1G67A 4N6EA 2KZHA 3TKFA 1ZJIA 3W3OA 1FWTA 5G5IA 1K8XA 4AHOA 2UV8G 2TPSA 3TXZA 3RLUA 1V7YA 3M0ZA 2ZYFA 1FUYA 1UUMA 3N2MA 2AGKA 3B0PA 4O18A 1U5JA 4JY8A 3WK2A 2C15A 2RDWA 3I7QA 3CB8A 5FF4A 4TIMA 1PS9A 1TPDA 1U83A 3GKAA 1MO0A 4M6QA 3BLEA 3UNDA 4O4WA 4HT3A 1C8VA 3MI3A 3KVKA 3F03K 2ZTJA 2Z6JA 4LRTA 1GVFA 3TSBA 4NNCA 1PCWA 1ICQA 3TV8A 3LRLA 1GTEA 4UTKA 3BK0A 4KKXA 1KTBA 1QPQA 3P67A 3M5VA 3NQCA 3LTSA 3S5NA 2YCEA 3CTLA 4O52A 1H7XA 1OFEA 2DU2A 4O28A 3W74A 1A50A 4NT0A 3TU9A 3B8DA 3S6DA 3W73A 4UTTA 2H8XA 1GWJA 3SJ3A 3STEA 4OWGA 2YPIA 2ABAA 3NL3A 1G69A 3G8EA 4N6FA 1KM2A 2J9ZA 4X22A 5CG7A 3N3MA 2A1YA 3HGJA 3PSVA 3LCWA 1OYBA 1I2PA 3MI2A 3WJXA 1A5SA 1H7WA 1YXDA 4UMCA 3PSWA 3NNTA 3TC7A 3MUXA 1ICPA 3NPUA 3ZWSA 1LP6A 3EX4A 5ABTA 3LTPA 2Y89A 4MYXA 4DEFA 2V81A 2C14A 3C2VA 2A2IA 3G1VA 3ATYA 1M7OA 1MXSA 2QCLA 1GT8A 4O0KA 1QOQA 5FEZA 3S9YA 2B7NA 5DY3A 5BNKA 3MBDA 4NX5A 2GJNA 2Q8LA 3G3MA 5AC8A 5K9DA 5E1QA 1XKYA 5AHNA 3GKFA 1JCJA 1FXPA 2ZTKA 3P82A 4GE8A 3LCLA 3TK7A 3W86A 1TMHA 1SSDA 3W7GA 4ZL1A 1LORA 1H1ZA 2XN0A 3GDKA 3EWBX 2YZRA 3DKJA 1VC4A 3R89A 3B05A 5K4ZA 2Y6ZA 3M41A 4GC4A 1EIXA 3LRKA 3KFTA 3TJLA 1GYNA 3OIXA 1GVSA 1NF7A 2DJXA 1G7UA 1PIIA 1AG1O 4JICA 1KM1A 3TROA 5CPOA 2FFCA 2Y63A 4LC8A 1X1ZA 5DCBA 3OEXA 5DCDA 2B4GA 4NXKA 1ICSA 2ZRXA 2V9DA 1TPUA 1H7OA 3NGJA 1LYXA 1OYCA 2ZA2A 3S5ZA 1G4SA 1SO4A 4K37A 2QCEA 2YDAA 4JIPA 2GQ8A 1SU5A 3H54A 3KHJA 1EP1A 2HMCA 1KM5A 2Z2UA 1FX6A 4GWEA 4AVFA 1IIGA 1XDMA 1KFJA 1SZEA 2NUXA 3NZ1A 4NX0A 5AHIA 5FI8A 5HNRA 3IIXA 5D2WA 3C2FA 1JQVA 2G96A 1IIHA 2I9EA 3TJXA 3IVUA 3LGEA 3B4UA 3PUEA 4MIMA 1RQBA 2A0NA 4CQAA 4EF9A 4PC8A 4O15A 1YDVA 4NZJA 3I65A 4DF1A 5K2ZA 1NEYA 2VFGA 4GJ1A 4U4MA 5HMSA 3LHWA 4JX5A 5LNVA 3UY7A 3PS7A 4JTHA 3KX6A 4UTWC 3LHVA 2PRMA 3TNOA 2VOMA 4AWSA 2VC6A 3CC1A 3IGSA 4IPJA 4DELA 4JTIA 4JTFA 2JKEA 2OJPA 1TJRA 1DBTA 3P80A 1NF0A 3G1SA 1JUKA 3L66A 3FYPA 4K8HA 3UPWA 3UWQA 3DXIA 1N8FA 1D3HA 1W3NA 4ADUA 1YPIA 3PY2A 2QCDB 1MSSA 3W9ZA 2FB3A 2NV2A 2ZZ5A 3NPXA 3OVQA 1AK5A 4O1CA 3NPVA 4W9TA 2B7PA 3WFAA 4FNSA 1YTEA 3B04A 1OK6A 4P61A 1GZGA 1J4EA 4IQLA 4D2JA 3W2UA 4NUWA 5TIMA 4JGDA 4GUIA 3W76A 4AHQA 3M5YA 3RMJA 3FA5A 3OVPA 4RZ4A 2CLEA 3FOKA 5HWNA 4K38A 3W1MA 3NPWA 3NQ7A 1QOPA 2E6AA 3KVLA 4DO5A 4O54A 4CCCA 1KTNA 4I9AA 2A6LA 1I4NA 5LNSA 1O94A 3MW7A 1F05A 1W5PA 3LHZA 1S5WA 3BV4A 2JKPA 3C4UA 3GDRA 1OX6A 2Q3RA 3QQ0A 4O57A 5KITA 4IOTA 2WV8A 5K9XA 3W72A 1VS1A 1GTHA 4N02A 4YCOA 3SSJA 4CNPA 3GVGA 1F76A 5LSMA 3E02A 1MEIA 2FTPA 2A21A 2EF9A 5AOUA 2B7OA 1XI3A 4JTGA 1JULA 1EA0A 1AW5A 3NQGA 1RR2A 4UTUA 2B7QA 3UWYA 1X6UA 2VFHA 1KBIA 5I3FA 4DF0A 4TU1A 4IMGA 4HPXA 1HO4A 3O1NA 3L5LA 3GNNA 3CWOX 3L68A 5AC7A 2ZRUA 3HGOA 1JJKA 4K7YA 1GJPA 1QNVA 1OVDA 4DPQA 3FJ6A 1EUAA 1VCGA 2ZCGA 5KTLA 3PBWA 2E68A 3MI6A 4HKPA 5L6UA 1QMLA 1IXNA 4UR8A 4Z08A 2D73A 1WBHA 4YLWA 1G4EA 1P0NA 3LLFA 3W85A 3DI0A 2BX7A 1T96A 4KWWA 4LV4A 1W5QA 1WX0A 3DFPA 4UFIA 2YR1A 3EX2A 2QR6A 4X2RA 2WJZA 2O7QA 1XM3A 3W1UA 4LUIA 1KFKA 1YDOA 5U4NA 3GIYA 4LU0A 4LC6A 3WK1A 3FKKA 1QAPA 1JQXA 2VENA 1FDJA 1LBMA 2RDTA 3NZRA 1H1YA 2Z0IA 2XN2A 1LBLA 4LT9A 5HWMA 1I2OA 5FF3A 1H61A 1B9BA 1J5TA 4QNEA 3U2OA 4UMAA 3W23A 4FNTA 3ZS4A 3MHFA 3NVTA 1O4UA 3HB9A 4NJIA 3VI2A 1W5MA 5F4XA 3YPIA 1L9WA 3CEUA 5I3GA 1K02A 2J6XA 3W6YA 3V1PA 4NXSA 4JTJA 3SFKA 3PAJA 5H91A 1CI1A 1SSGA 5H2ZA 3GAKA 4TX9A 3T40A 1FWWA 2NLIA 2V8ZA 1L6WA 1H51A 4NNBA 3E12A 3M9YA 2DZWA 3W7IA 2FPVA 3TMQA 1OHLA 4Y9AA 1RVGA 1VCFA 3HMJG 3TSMA 3P81A 3NM3A 5AC6A 1H50A 3MBFA 2NUYA 2CLLA 2OMAA 4KFOA 1TTIA 2VKZG 4K36A 2GJLA 1BKSA 2GVJA 3MP4A 4UIOA 2ZZ2A 3G3DA 1FCQA 2PURA 1F2JA 1EX5A 2C13A 3P60A 3E96A 1ML1A 5F1UA 2DP3A 4DPPA 4JN6A 2NX9A 3UXDA 1D9EA 1AW1A 4N4QA 3LBMA 3Q94A 1YXCA 3G1XA 5C6MA 2ALDA 3PM6A 2Y62A 2QKFA 5AHFA 1SFJA 4JTUA 3QYQA 2QAFA 5G1YA 1W1ZA 2HTMA 4O8RA 3VFLA 3LCIA 4BI5A 2ZZ3A 3UY8A 2YFNA 3W1RA 4TR9A 1R2RA 2YW3A 4O19A 4N9CA 2V5LA 2VFIA 3MO7A 4C1KA 3I7RA 2FPTA 3WK3A 4EOUA 4JTLA 4QM1A 2E5CA 2ZZ6A 3N34A 4UUIA 3H53A 1X7FA 3HBLA 3HG2A 5A8GA 4AHPA 3CWNA 1WYIA 3FKRA 1DOSA 2GQAA 2WNNA 2E1DA 4WX2A 3LBCA 4S1FA 3HJZA 3TA6A 3GZ3A 1S3HA 3DKLA 1Q6LA 1SW3A 3HPXA 5HINA 4PODA 3ZR4A 1YTKA 2P10A 2EAWA 1AL7A 1KFCA 4H4IA 3FIGA 2DORA 3L2IA 3W2JA 2EPHA 1N55A 4S2CA 3N19B 3RU6A 4UR7A 3LB0A 5U7SA 1DVJA 5LGXA 3L0GA 4MJMA 4O12A 4RV8A 4UTMA 4CCEA 4XQ6A 3BG5A 4JS3A 1A5BA 4BI6A 3F1QA 3QW3A 3W2LA 2BTMA 2CLMA 4NQ1A 4OHQA 4GUFA 1FWSA 1Z41A 3LM7A 1PHWA 3W2NA 5J5DA 5FF2A 4OT7A 4XZ9A 2TMDA 4JX4A 6ALDA 2YGYA 1VCVA 4O17A 3QPZA 2WQPA 2QJIA 1YTDA 3PG9A 4L4MA 4FX6M 1AL8A 4YXGA 5CSRA 1EP2A 4FIQA 3L5MA 1XDLA 2ZZ1A 4ZZ9A 2CLHA 2BXVA 2NXGA 4UTWA 3NAVA 2H3DA 2H90A 2DZPA 1I2QA 2DZSA 3KRZA 3PULA 4MLRA 1B4KA 1SZGA 3HG4A 2JKAA 4KWVA 4ORMA 4UTHA 1KBJA 2QCGA 2Z6IA 2J27A 4ALDA 3DZ1A 4RZ5A 1UBSA 4XBSA 1I45A 2RHGA 3IIVA 1T8XA 2NUWA 3EX6A 3HPSA 4FIRA 5LKYA 1L6YA 3M16A 4JTSA 2CLFA 3W1QA 3LCHA 3W75A 5L9FA 3A22A 4LVFA 1K8YA 3HQ1A 3EEGA 4YMZA 3INPA 3A5FA 1G7VA 4PFMA 5AN7A 5AYXA 1QO5A 2V2CA 2ZRWA 5CZ0A 3TQVA 2HSAA 1XL9A 5D30A 3BO9A 3ZWTA 2ISWA 3NA8A 2Y70A 2Y88A 3HG3A 4IPIA 5J5RA 4QITA 5LHEA 1K8ZA 2DZUA 2NWSA 4NJJA 4B5NA 3SZ8A 2E6YA 1SO6A 1SO5A 2EGZA 3S1WA 2NWRA 3QRHA 4OBTA 4ZQCA 3WJWA 3TX9A 1EP3A 2CFFA 5D03A 3CQ0A 4JR5A 1MZHA 3QMTA 4CQ8A 1PHQA 3NQMA 3W1NA 1UJPA 4LWWA 4GUJA 1Y0EA 3OVRA 4AF0A 1UASA 5CPLA 1OABA 1TPB1 3AO0A 1DJNA 3MYPA 4RJEA 5D33A 5EBUA 4TMCA 1Q3NA 3CLMA 3W7HA 5TQLA 2V5BA 4HSNA 4MPQA 2DZVA 5KZDA 3JRKA 1FCVA 1TJPA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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