3NQDA

Crystal structure of the mutant i96t of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with inhibitor bmp
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
219
structure length
219
Chain Sequence
VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAITVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: importance of residues in the orotate binding site.
pubmed doi rcsb
molecule tags Lyase/lyase inhibitor
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus 85
structure length 219
sequence length 219
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2010-06-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3nqdA00
3T55A 1PHWA 4OGZA 2QUVA 1J5TA 2VXNA 1W5PA 3T7VA 4JTJA 4LVFA 2DORA 3SR7A 1EP2A 1XUUA 4DO4A 4RX0A 5D2WA 4PL1A 4UTLA 1WQ5A 1AL7A 3P74A 2R91A 2XFWA 4JYDA 3PM6A 4JXCA 1LROA 1Q6LA 4NNCA 3GK0A 3LHTA 5FF4A 3EX3A 4HSNA 3A22A 4EVZA 1ZY9A 3GNNA 1OG0A 2CLHA 2GVGA 4RLIA 2ZRZA 3R5EA 3G8EA 5DN1A 3EWZA 3IV3A 2E68A 4FO4A 1NSJA 5E0KA 3W7KA 4DEFA 1TPEA 3KVJA 4HNUA 3CM4A 4ZQRA 4POCA 4S2CA 4UNKA 3FKRA 5EL1A 2DZTA 3EB2A 4U28A 3W7GA 2CZ5A 2E77A 3C2RA 3G0XA 3F4NA 3CU2A 3ABOA 5FF2A 2Z0IA 4TU1A 3GR7A 2EF9A 1HL2A 3GR8A 5FEZA 5DXXA 2BWGA 3GLCA 1BWKA 1R2TA 3DFQA 1BWLA 4PL2A 4ONVA 1F6KA 4GC4A 5LNWA 4JTTA 3LB0A 3LBMA 1AW2A 1I2RA 6TIMA 5L6UA 1HUVA 4TMBA 3T40A 4N9EA 4JTEA 2E09A 3W72A 2NWSA 3CQ0A 5H2ZA 1AMKA 3F1QA 1OHLA 2XN0A 5KZMA 1P0KA 1OJXA 1GVQA 5DLCA 5J5RA 1OX6A 1U83A 3W85A 3QF0A 4G1KA 1TYGA 5F2LA 1WBHA 4R53A 1G6CA 3A21A 1O4UA 3UWWA 3QYQA 4JYFA 4JIQA 4RZ5A 1TQJA 3W1QA 2OT1A 5DY3A 1E51A 1LDCA 3IGUA 1Q6QA 2Y62A 4LC6A 3TIMA 1XFBA 3TDFA 3A5VA 2WSRA 1NAL1 1UB3A 3G3MA 5G4EA 5AHFA 3SIZA 1WA3A 4P61A 1KM0A 4OBTA 1RQEA 2GQ8A 1XM3A 4EIVA 4LV9A 4DQWA 1DVJA 2YX0A 4IMFA 1FDYA 3B05A 1MEIA 3E49A 3NQDA 3NYZA 1UCWA 4UMCA 3TQ0A 2Q8ZA 2GQ9A 3BARA 3SJ3A 1V7YA 2WNZA 3P81A 4IMEA 3ZFHA 3PG9A 1VR6A 3S6DA 2J24A 1JUBA 3IIZA 2VKZG 4UTUA 3ELFA 3PY2A 5HULA 3ZWSA 3CEPA 1S5TA 2W79A 1W5OA 1BKSA 4RV8A 1TPWA 2ZYFA 1TSIA 4JTKA 1TJRA 3BO9A 2QUTA 1LBFA 1TO3A 4O10A 1FDZA 2DU2A 4HSOA 2FPYA 3GAYA 4OT7A 4WQ6A 3M5VA 2RDWA 1DOSA 3IIVA 3EX4A 2WV8A 1ZAJA 4M19A 4LS1A 4ZQOA 4I7WA 1GVRA 1H62A 1WXJA 1KBIA 1YXDA 1CI1A 4LRSA 3QMTA 3EKLA 3NEVA 1PV8A 1VYSX 4GUHA 1DHPA 4QISA 2PRLA 1KTBA 5A5WA 3OG3A 3W7OA 2ZDRA 4JTSA 3W83A 3NR0A 4E0CA 4WZHA 1ICQA 4O57A 1EB3A 4R33A 2EKCA 5CZTA 4UXDA 3OVQA 5BRBA 3RU6A 3EEGA 2Y7GA 3LXAA 2FQIA 3SFKA 3EX1A 1A5CA 1OFOA 2X30A 1FUYA 3QEZA 2QAFA 1FX6A 3TXVA 3CB8A 1P5BA 4I7UA 1JUKA 3W7RA 3NDOA 4AEOA 4QJ1A 3YPIA 1TPH1 3UZ5A 3UZJA 4K7YA 1OFDA 5T26A 3W7LA 5LKYA 5FF3A 3CWOX 4NNBA 1F2JA 5C5YA 4HPXA 1LBMA 1SFJA 2E6FA 3G22A 4FNTA 4NX5A 5I3IA 4LWWA 1H7OA 1G67A 2JKPA 2VEIA 3BG3A 4LVDA 2NUXA 2Z2UA 1PCKA 4XQ6A 3W1PA 4UR7A 3VE7A 4KKXA 4RK8A 3BK0A 3O16A 4FX7A 1H60A 1RQBA 1YDOA 4JX6A 3PBVA 5SWUA 3EKZA 3WK1A 2VFFA 5KZDA 3F4WA 5LNRA 2A7NA 1FXPA 4FF7A 1ZAIA 3N2MA 4PODA 2VEPA 2ZRWA 4XKYA 4Y6GA 1OF6A 1YTDA 1KBJA 1VH7A 4JDBA 3W7EA 3LTSA 4MY1A 1T99A 4QNEA 3DKLA 2B0MA 7TIMA 2RKXA 5LNSA 3E12A 3SY5A 3AJXA 1KTNA 4UTHA 1EWDA 1UUMA 3W1NA 2ATSA 4AB4A 1LLWA 4LVBA 2J9ZA 3THQA 3ATYA 3IIPA 4K38A 4DF1A 1QOQA 1SU5A 3NQ6A 2B7NA 1XC4A 2VFIA 1R2SA 3T4CA 1W54A 2R14A 5BMXA 3DGRA 2YZRA 5I3GA 3CTLA 4O11A 5HR6A 1LLZA 1LCOA 3W87A 3T44A 4ICNA 4HHPA 3S1XA 2QAPA 1NF0A 1W3TA 1QPRA 1THFD 3LM7A 4AAJA 3KOFA 5AOUA 4ADTA 1RD5A 5CZJA 1RQHA 4FIRA 1JQVA 3LHUA 3QH2A 1EWEA 4UFKA 3INPA 5CKSA 1GVSA 3L0KA 4ZL1A 3C61A 2A6NA 1GG0A 4JTLA 1KM5A 1VRDA 1FWNA 3VNDA 1FWRA 1MEHA 1CW2A 1NVMA 3BW4A 4XZ9A 3MO7A 3G1SA 4FB7A 3DI0A 3GXTA 2WOQA 3L2IA 3RF9A 1KM4A 5D2XA 4MJZA 3HG5A 4Z1BA 5C6MA 3W70A 5AYYA 4N02A 3M5ZA 3NZRA 1R47A 1FDJA 3NL6A 4DELA 4A21A 1X1OA 4MVAA 3L21A 3NQ2A 5CPNA 4N4QA 3WJZA 4MFDA 1OF8A 1W8SA 2IQTA 4UR8A 4FEZA 1OFAA 4K36A 1TPDA 2DP3A 3W84A 1AW5A 1ONRA 6ALDA 3TAKA 4FNSA 3DBPA 1P0NA 2WJZA 5G1YA 3W1MA 2WNQA 3LERA 4NJIA 1QPOA 2EGZA 5HQEA 3PBUA 2PC4A 3MHGA 4R34A 2Z6IA 2QJHA 4PFMA 1TPFA 1FWSA 1LYXA 4UMAA 1G4TA 1JCYA 4Q32A 4LRTA 4QSHA 1EUNA 3G1AA 1ME8A 1K02A 3L5AA 3NQAA 5LHEA 4X22A 1VCGA 3W2JA 4DBEA 2CLLA 4ZQMA 1VLWA 3LHVA 4MZYA 4H3DA 4NJGA 1LZOA 1SW7A 4OV9A 2WSYA 3H54A 5K7JA 3TSMA 5CG7A 4CCEA 5IBXC 1IGSA 4M6VA 2FTPA 3UWQA 3IVTA 1EA0A 3C0JA 2ALDA 4MUZA 3MP5A 5AC6A 3DHDA 2A7RA 4RR4A 2V5LA 3KX6A 3B0UX 3S5NA 4Z0SA 3C2EA 1N7KA 3SECA 1EEPA 2V2DA 3P82A 2RDTA 1NFBA 5CPOA 4CLMA 3W2NA 4JY8A 5BOOA 3M5YA 3FJ6A 2ZZ7A 2BXVA 1NF7A 2NXGA 2OX1A 4UFMA 1PVNA 2EAWA 3MI6A 3BV4A 5D05A 3RNDA 2BZNA 4N6EA 1QCWA 4K37A 2HMCA 1ML1A 3NNTA 4O19A 5AHLA 5K9CA 2V9DA 3C52A 3FOKA 3W2UA 3S5OA 5D37A 1IIGA 2D73A 2QCGA 1GQNA 1H63A 4NX0A 2C15A 5IBXA 3O06A 3NQVA 1QNVA 2V2CA 1VQTA 2ZZ1A 4X2RA 4YWIA 3W3OA 3TMLA 2J9YA 4E2BA 3NQEA 4Y9AA 4MY9A 3ANYA 2YYUA 3FLUA 2ZZ4A 3OVPA 2RH9A 2YXGA 2JK2A 5AFDA 4Z1DA 3TK7A 2Q3OA 4FNRA 4MLRA 2Y88A 3JS3A 2NUYA 4N2YA 1KFLA 1YDVA 5H91A 4EWND 4AH7A 3G1XA 2VC6A 5U7SA 1Z48A 3W7HA 4BI7A 3W7PA 1XBXA 1TCDA 3STEA 2TPSA 3QPYA 4M6PA 1IXOA 2QCEA 1SPQA 4GRSA 1TB3A 4LC8A 5AHIA 4AHQA 4MIMA 1OK4A 4ORIA 4ZQPA 4D2JA 2ZRYA 3RMJA 4JS3A 4IGHA 4E38A 1SO4A 3G24A 4O0ZA 3JRKA 3LDVA 2YYTA 1LORA 1IIHA 1JCLA 1KTCA 4IX2A 5D2YA 1JULA 3H55A 3GNDA 3C2VA 4JICA 4Z0JA 5HMSA 3TQVA 1EIXA 3FFSA 5CSRA 3NPWA 3C3NA 5DXYA 3W76A 4IUOA 1EPXA 1JRBA 3NPXA 1QWGA 5E93A 2I1OA 1TV8A 1AL8A 4PC8A 3FA5A 4HN4A 4HNTA 2Y7FA 3KXQA 4CCCA 3HJZA 2B7PA 2ZRVA 3L9CA 2B7OA 1GOXA 5F4SA 2I14A 1F73A 1QMLA 2FPVA 1OK6A 2E6YA 4UMBA 3SZ8A 4UFHA 2YFNA 5CSSA 4WOZA 1C29A 4NXKA 5C2XA 5CPLA 3TUUA 4ORMA 2X1SA 4CQ9A 3HGOA 2QR6A 1KA9F 1N55A 5HWJA 3S1VA 1U5JA 2GUUA 4TO8A 4K39A 3OHIA 1GTEA 3OBKA 5DCBA 1F74A 3S5YA 4JTIA 2BX7A 3M43A 3HPSA 4ADSA 2VFHA 4FX8A 4P2VA 1QDSA 1KM3A 5FEWA 4IMGA 4N4PA 4GUJA 2TYSA 3C2FA 2A4AA 3G8RA 2Y61A 3TFXA 3B8DA 4LUIA 1KV8A 1ZAHA 3NM1A 2QCLA 4DO6A 1A5BA 5D32A 3LCWA 1L9WA 1WOAA 1A50A 3VE9A 1K3UA 5EY5A 4BI5A 3QSRA 1Q3NA 3NQ8A 1X8FA 3GXPA 4LT9A 4UUIA 4ZQNA 4AWUA 3CC1A 1GYLA 3ZR4A 1K7EA 2ZFAA 1G7UA 3BG9A 3HF3A 3NG3A 3TNOA 3LCFA 4O1DA 3THAA 4TMCA 1X1ZA 1ZENA 2FB2A 3B4UA 1X6UA 1VC4A 5FEXA 1HG3A 1KM1A 3LXBA 4NNAA 4MJMA 4NQ1A 2O7QA 1D3HA 1XXXA 3TSDA 1I2OA 2PURA 3GDRA 3Q2DA 1N8FA 3VKJA 5HWMA 4UCGA 3S42A 3ABQA 3P7YA 3HGJA 1L2UA 1A5SA 3WJYA 2QEZA 3LHZA 4NVTA 4RXGA 1R46A 5I3FA 1SO5A 3K30A 3P8JA 4O1CA 4O17A 1LBLA 3LI0A 4CQ8A 4KFOA 4A2SA 4YMZA 3MYOA 4ZQCA 4YCOA 4PCFA 3P80A 2I9EA 3O1NA 2H8XA 3O07A 3TC7A 4C1LA 4EF9A 3M9YA 5TBOA 1IXQA 1M5WA 1JQXA 4Y90A 3CLMA 2ISWA 4JTHA 2C1HA 3DFTA 3UWUA 3JR2A 4BWLC 4H4IA 4WJEA 3WK3A 5FF0A 3IVUA 2A0NA 1KW1A 3R13A 5DBTA 5A8GA 3OIXA 4AMAA 3GKFA 4FNQA 2YCEA 3DKJA 4UTIA 3I65A 2CZEA 3LBCA 1YDNA 1W0MA 1GVFA 2OZ0A 4ALDA 1OX5A 2E1DA 5EYWA 4DF0A 4PEKA 4QAIA 1FBAA 3TW7A 3UPBA 4K6AA 4TIMA 1B4KA 1T96A 2BSLA 3DXIA 2JBMA 2Y7EA 1RV8A 3GKAA 3TJXA 5KINA 3SGZA 5AC8A 3M41A 3F03K 4AWSA 3LCLA 3AO0A 4LS2A 2P10A 3GZ3A 4DF2A 3KHJA 2CWNA 2QUUA 2C18A 3MHUA 3MJYA 1UUOA 1LOQA 1TTIA 3OEXA 1OABA 1RVGA 4WY0A 3GB6A 4BK9A 1LP6A 3Q94A 3LRMA 3N14A 5FI8A 4BWLA 3MUXA 5CZSA 5BMWA 3G18A 4L4LA 2RDUA 2ABAA 3M1ZA 3NAVA 3LRKA 1H1ZA 1XL9A 3LGEA 4O4VA 2ZA1A 3SI9A 2X2GA 4O52A 4IMDA 1A5AA 3PBYA 3MP4A 3TA6A 2E5BA 3UWYA 1F7BA 1ME7A 3BGJA 4IWWA 4CNOA 3P61A 4O50A 5LHFA 4CCDA 2DZXA 3L0GA 3W2KA 3QFEA 2RHGA 2ISSA 3PULA 4NZFA 1QR7A 2Y6ZA 4QNWA 3HBLA 3B06A 4AF0A 3V1PA 1NEYA 2VELA 1K7XA 5F1UA 4TR9A 3VCRA 4MLJA 3IGSA 2ZZ2A 4WX2A 2FB3A 1HO4A 3CHVA 2A6LA 3N34A 2HS8A 1XDLA 4GUFA 3S9YA 4JX4A 2WNNA 4O0KA 4M7TA 2H3BA 3MI3A 3TSBA 4O1BA 3KVMA 1M7PA 2OMAA 2FPTA 1OYAA 3U2OA 3BLEA 4XTIA 4DPQA 1RR2A 1UJPA 1WOBA 3B0VC 1G4SA 3Q37A 2A5HA 3BLIA 4QM1A 1OX4B 1Q6OA 4XUGA 4S2BA 3FYOA 4LS0A 2NWRA 3DAQA 4JTFA 3D0CA 4UC5A 1OFPA 4A3UA 3O6YX 1HFBA 4AWTA 4Z08A 1VCVA 3UXAA 1VYPX 2ZBTA 2YSWA 3O6DA 3SSJA 1A53A 5DBUA 3LCIA 3TJLA 1ZHAA 3LRLA 5F2IA 5FEPA 4IXHA 3S5ZA 1GWJA 2TMDA 4UFIA 1FXQA 4JDYA 3S1UA 4KFPA 1Z44A 3MBDA 4MFEA 5FF7A 3TR2A 3GDMA 2NV2A 2DZSA 4RCXA 1G7VA 3LHYA 4O18A 1QO5A 2NXHA 3EXRA 3FS2A 3DZ1A 2V2HA 2E6AA 2G95A 1KV5A 4KFNA 3NQ7A 3MW7A 5TIMA 4Q33A 3G0SA 2GQAA 3SGUA 2DZVA 3CIXA 3PVFA 1XDMA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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