3NQEA

Crystal structure of the mutant l123n of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with inhibitor bmp
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
219
structure length
219
Chain Sequence
VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLNTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase/lyase inhibitor
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
publication title Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: importance of residues in the orotate binding site.
pubmed doi rcsb
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus 84
structure length 219
sequence length 219
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2010-06-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3nqeA00
3LRMA 4L4MA 4LC6A 4I9AA 1I8JA 1GEQA 4N02A 1G4PA 2ZA1A 3G1DA 3LOTA 2QCEA 5KZMA 2FJKA 5HINA 3KVJA 3UD6A 1AW2A 1K03A 2P0OA 3PAJA 3CPRA 5C2XA 3BG5A 8TIMA 2OCZA 1I2PA 2C19A 2OJPA 4WX2A 3OBKA 3QPZA 5LSMA 1EUNA 3L65A 3EX1A 3TJXA 4OQVA 1TTQA 3F03K 5BMXA 2XFWA 5CPOA 3P82A 1OYBA 3HOJA 2WQPA 5DY3A 1YXYA 2W79A 4ORMA 2CWNA 4EIVA 3VCRA 4HSOA 1XDLA 2CLMA 3T40A 3GR7A 1F74A 2Q3OA 3UWZA 5E1QA 1K7FA 3EX2A 2H6RA 4WD0A 1OFRA 3M5XA 3LI0A 4MFEA 2F7FA 2VFDA 3SFKA 3TJLA 1W5MA 1XM3A 1FWSA 1H5YA 3RF9A 1GOXA 1AL7A 3W7CA 4LWWA 1H61A 1OABA 5KTLA 2RFGA 3T55A 1W3IA 3NPWA 4ONVA 5FI8A 3FFSA 1Q6RA 5AHEA 1D9EA 4LV4A 5AYYA 3A22A 3TSBA 4C1LA 3LM7A 4OWGA 3A21A 2E6FA 4QISA 5DXYA 3HGSA 2ZRWA 4NT0A 3CEUA 1GTEA 1G67A 1FUYA 4X9SA 1MSSA 3BO9A 4FO4A 4M7SA 3QSRA 2I9EA 2CFFA 4M5PA 3S8HA 3NZRA 4O12A 3W1AA 4WOQA 3TAOA 3C2RA 4MUZA 1MEWA 1YYAA 2CLLA 1KM4A 3M41A 4Y6GA 4IGHA 3G22A 3THQA 3W71A 4XTDA 3SGZA 1M5WA 1S5VA 3NPVA 2NX9A 2E5CA 3OEXA 3FJ6A 4MLRA 1WA3A 3G0UA 2E68A 5AHNA 3N14A 1GVSA 1JQVA 4OHQA 3O6CA 1TPWA 3RLUA 3OA3A 5D37A 1RQHA 2NUYA 5FEXA 2GVJA 2ZZ7A 1ICSA 3M1ZA 3SSJA 3WJYA 1TQJA 3LHUA 3TFXA 3O16A 1I2NA 3HJZA 1WBJA 2ZZ3A 2QCLA 3FJLA 4IWWA 4TMBA 4FB7A 1TRDA 2CU0A 2AAMA 4QNEA 1UB3A 4OU1A 3FLUA 1MEHA 4JEQA 3BVJA 4GWEA 4X22A 3M43A 3DKLA 3BGJA 5C6MA 2JK2A 5EY5A 3W7GA 1DVJA 1IGSA 4YCOA 1GVOA 3PR2A 3V75A 1H1ZA 1H7OA 3N34A 3G3DA 1QOPA 4YMZA 3QH2A 3W7NA 1FXPA 3RU6A 3KRSA 4UFJA 3HGOA 1W37A 1IXPA 1J4EA 1I2RA 3GR8A 4FNRA 4DPPA 1C29A 4AF0B 2ATMA 4O13A 5C54A 1IXNA 3W73A 4Y9AA 3QZEA 2A1YA 2YR1A 3I7SA 5LHEA 4TR9A 3B06A 3KFTA 1X1OA 4O57A 1RV8A 1I2QA 4W9TA 2KZHA 1MEIA 4MIMA 5K9XA 3N9RA 4UTKA 2NWRA 3PG9A 3KXQA 3G0SA 2VFGA 4O53A 2YGYA 1T99A 1JCYA 2QJGA 2C6QA 1PV8A 3TU9A 4HNVA 3TSMA 3OHIA 3O06A 2WPBA 1MO0A 1YXCA 3A9IA 2WV8A 2QUTA 3GZ3A 5E0KA 3G1HA 1DJQA 4E2DA 4A21A 1YTDA 1G4SA 2ZZ4A 2ZRYA 4ALDA 1XBYA 1TPFA 2ZZ6A 2A2IA 3I68A 3LCWA 1KM2A 3UWUA 3C6CA 5AYXA 4DF2A 4E2BA 1G7VA 4NJGA 3TW7A 3L5LA 3DI0A 3HG5A 1I4NA 3ABRA 4PL2A 3PF3A 3PSWA 4FNSA 4O54A 2QCCA 3G18A 5D2VA 4E38A 1O95A 3WJWA 3SW6A 1GVFA 4N6EA 1B4EA 4YWIA 2JGQA 4MFDA 4GUIA 4O17A 3TC7A 3NQMA 4HT3A 1OX4A 1A5BA 3MP5A 3W6YA 5CPMA 5CGQA 4JTTA 5K9CA 1W3TA 2X1RA 1EB3A 1R2RA 4U4MA 3NL2A 4OV9A 1SZGA 4ZQMA 3LRKA 3MUXA 4ZZ9A 4BK9A 4DO5A 4WQ6A 4XZ9A 1X1ZA 1U83A 5FEPA 3RLVA 3O8AA 4Q33A 1MXSA 3NQFA 4ICNA 1OFOA 1SU5A 3W07A 3ZS4A 4RCXA 1GG1A 2RDTA 1WBHA 5F1UA 2PRMA 3USBA 4FHAA 3O15A 4O15A 4JNMA 2G5WA 3RNDA 4AEOA 3EWYA 4XKYA 4A29A 3W86A 1SSGA 2WNQA 1PIIA 3Q94A 4JN6A 5DBUA 3UY7A 1X7FA 1JUEA 3W1QA 1KV8A 1VC4A 1QO5A 3W7RA 4AWTA 1H51A 3G24A 4R53A 5LZLA 4H6KA 3T4CA 2QF7A 3HG4A 1DJNA 1LYXA 2X30A 3QJAA 4UNLA 3KHJA 3BLFA 5DCEA 4HIBA 3L5MA 3GB6A 3NOEA 3LXAA 2Y88A 3W7DA 1YDVA 1LLWA 1SFLA 2QCNA 4KFOA 4HHPA 5I3KA 2O7QA 1P4CA 4QSHA 2J24A 3GXTA 4Y96A 1L6SA 3STEA 3W22A 4YCPA 2H90A 3W72A 3NO5A 3NM1A 4IJBA 3TMQA 3N19B 1SZNA 3QM3A 5DCDA 3C56A 5EA9A 4JGDA 1TB3A 4TU1A 1BWLA 4K36A 1DORA 4MJZA 5CPLA 3W7EA 3G1VA 5DLCA 1YXDA 5DBTA 4I7VA 1FCVA 5G2IA 4M6VA 1UUMA 3KVLA 1ADOA 2B7PA 1ML1A 2CLOA 1TO3A 4HNTA 3GDKA 3W2MA 5D30A 2R8WA 3WJXA 3LERA 3CC1A 1KLZA 4LUIA 3LX9A 1H60A 1P1XA 2AQWA 2QCMA 3F4NA 4JTJA 3O1NA 2D73A 3ZR4A 1A5AA 3P5YA 3MP4A 2VFIA 3E9AA 4FX6M 4JYFA 3TQKA 4N9DA 4UTIA 4R7JA 1SSDA 3MYOA 5AC7A 2YFNA 2ZRZA 3LI1A 3TSDA 2R94A 5CG7A 1KM6A 4GRSA 1I45A 5MHBA 1XUZA 4UTLA 5KITA 1ZJIA 3MJYA 3U2OA 5D03A 1S5WA 4IUOA 3IVSA 4O4VA 2B7QA 1TPC1 4HNUA 1K7XA 4O1AA 3STCA 3G0XA 3LHVA 2OZ0A 2EKCA 1OFAA 1H7NA 1K8ZA 4ADUA 1JQXA 3BW4A 1G69A 2Y61A 2A7PA 4CNOA 1AL8A 5D33A 2VFFA 3NXFA 1LOLA 2HS6A 1J2WA 3WK0A 5D02A 1TPH1 2XN0A 4LS0A 1R2SA 4FIQA 5J5DA 1FWTA 1SW0A 1QOQA 2XN2A 3KRUA 2J88A 3QC3A 4IXXA 3GIYA 4LS2A 1SO6A 4AHPA 5K2ZA 3WFAA 1KTNA 1FDYA 3TC6A 1WOAA 1TPUA 2A7RA 3HIJA 4AHQA 3MHUA 4JS3A 3C0JA 1ZCOA 3PBUA 4IMDA 1EPXA 3KRZA 1OFDA 2QR6A 3KVMA 4MZ8A 4RV8A 4O18A 2G97A 2Y63A 4U28A 1QFEA 2JKAA 1PE1A 1OK4A 2J27A 2QCGA 1ZAJA 2X1TA 4GNJA 4IMCA 1L6WA 3TQ0A 1GQNA 3N73A 1AG1O 1OYCA 3GXPA 4RXGA 4UIOA 1TPEA 3GX9A 3THAA 3QMSA 2I1OA 2NUXA 2ZZ1A 3U6WA 4K8EA 2OT1A 5HR6A 1J5TA 2CZDA 3LCLA 2A85A 2FPTA 1WX0A 4LY8A 2FPVA 3I6RA 3TMLA 4PA8A 1ME9A 1CI1A 4MY8A 4UCGA 5F4SA 1JCXA 1KFBA 4IQLA 4RJEA 4WY0F 3DI1A 3M5ZA 1W1ZA 1VZWA 4MYXA 2ISSA 4FXRA 5FF2A 3MO7A 4WXYA 3A23A 3NGJA 2PCQA 3IGSA 3EB2A 3PBVA 3ABSA 3EKLA 1FCBA 3D0CA 4P2VA 4UFHA 2ABAA 3PVFA 3HPZA 2B4GA 2Y6ZA 4RZ4A 4AWSA 4K39A 2GVGA 4Q4KA 4BWLA 1TTPA 1Q6LA 2J9XA 1FX6A 3NQEA 1ZENA 4JIPA 1F6PA 3BK0A 2YX0A 1I2OA 4O14A 4S2CA 4CNNA 5CZJA 2YW3A 3PB2A 1OX6A 4FNQA 5FF4A 5D04C 4MVAA 1K3UA 3M16A 1TREA 1Y0EA 5CZSA 3STFA 3LTSA 3DHDA 2C1HA 1KM1A 4UTJA 4AAJA 1TQXA 1ALDA 1JCNA 3W1LA 1F6KA 3SR7A 4OBTA 3C52A 1JUBA 3NQVA 1PVNA 4NJKA 3ELFA 2WKJA 3UWWA 2PC4A 3HQ1A 4K6AA 5K3VA 2Y7FA 2DZWA 2C16A 5LHFA 2CLFA 1VH7A 1JCJA 3W85A 4WUIA 3A24A 1A5SA 2VEIA 4OT7A 3JRKA 5CZTA 4TO8A 1A53A 4N9BA 2Y7EA 3EWBX 3TXVA 1OJXA 3W75A 3ABQA 3ZWSA 4DEFA 3TKFA 1AW1A 3B0UX 1T96A 3ZWTA 2ZTKA 1GYNA 2GQAA 4ZQCA 2E6DA 3GLCA 3LBCA 3O6DA 4I7UA 4PEKA 3NQCA 1A5CA 1OF8A 3W7MA 1W5QA 4MZYA 3TR2A 3B8DA 4M19A 3SJ3A 4JX6A 1DL3A 3L5AA 3G1FA 3GKAA 1VYRA 3PULA 3H53A 1K8XA 3LB0A 1CW2A 4HNNA 3M0ZA 2GOUA 1SW3A 2JKPA 3MMTA 1NF0A 4UXDA 2V82A 2F84A 3JS3A 1KBJA 2VENA 3QF0A 5U4NA 4WZHA 5BW6A 2A0NA 3IVTA 3R13A 4KFNA 4NZFA 2C18A 1HG3A 5BMWA 1Q6QA 3S1XA 3QMRA 3PB0A 1EA0A 2A21A 3Q2DA 2XN1A 3DU0A 2WJZA 4GBUA 5C55A 3W76A 1QPOA 4MZ1A 1IXOA 1H62A 1UJPA 3LXBA 5HUOA 1KM3A 3EXTA 2NLIA 1HFBA 3WJZA 3G1YA 3PBYA 3JR2A 3CHVA 1QAPA 1XBXA 1R30A 5HQEA 1O60A 5AHIA 1TSIA 1VRDA 1Q3NA 1TIMA 1BTMA 1ZAHA 1K02A 4QIUA 3P62A 2NX3A 3FS2A 2BX7A 3MI3A 1Q6OA 4JTUA 3GKFA 1GZGA 5LNWA 4Z1AA 1G4EA 4AF0A 3UZJA 4Z1DA 5G5IA 3N2MA 1TV7A 1VCGA 3WK3A 4EOUA 4H3DA 3NL6A 1ZAIA 3P74A 3LTYA 3W3OA 5BRBA 3EX4A 4BWLC 3GVGA 4RZ5A 5HR7A 3LDVA 3S6DA 1GVRA 5FF0A 4MYAA 2H8ZA 3GK0A 4XUGA 1RD5A 5AN7A 4DO6A 5H91A 3R5EA 1TV5A 1XCFA 1LRTA 4TX9A 4NQ1A 5K7JA 4JDBA 2R14A 4JTEA 1VYSX 1W0MA 2QDHA 3GNDA 3IGUA 3EWWA 2DU2A 2FTPA 4H4IA 3H55A 4ZQNA 1O5KA 2P10A 2BWGA 1LBFA 4Y8FA 6TIMA 3DKJA 4A2SA 4FF7A 1EP3A 3FYOA 3PBWA 4FX8A 3MBFA 2TSYA 1N7KA 1V5XA 4KWWA 3HO8A 2ZZ2A 4WOZA 3CTLA 1NSJA 4LTSA 3IIVA 3IIXA 2DJLA 4EF8A 1V7YA 2EHHA 5I3GA 1S5TA 3LHTA 4JTFA 4MLJA 3W7HA 1L2UA 2VXNA 5J5RA 3MP3A 3PM6A 1LOQA 1LRQA 3RMJA 3G8RA 2G95A 1HUVA 1Z41A 4UNKA 4TMCA 3C61A 2ZCGA 3LLDA 3P80A 4S2BA 2J6XA 1DV7A 3UNDA 3M44A 3UZ5A 3NAVA 3O6YX 1YTKA 3TUUA 1G6CA 2AGKA 1QDSA 3LHZA 3W23A 1JCMP 3NZ1A 1RPXA 1EP2A 2ZDRA 2ATSA 4NNCA 3PSVA 3QFEA 3B05A 3CIXA 4K7YA 3FKRA 3NEVA 1QNVA 4E0CA 2QDGA 2WNZA 2V2HA 2A6LA 3QPYA 1XC4A 5CSSA 2C3ZA 1W54A 4LW7A 1TPVA 4OV4A 3LCIA 1FBAA 4IPJA 4EVZA 1FXQA 3DFSA 3AO0A 2O7SA 2Q3RA 4QITA 1SW7A 3MW7A 3OVQA 1NAL1 1TRIA 1SUXA 5CPNA 3B04A 5LGZA 1K8YA 5KZDA 4G1KA 3UXAA 1LDCA 3NQ2A 3C8FA 4NJHA 7TIMA 4ZQOA 4S1FA 4DO4A 3O05A 4JTKA 1RR2A 4O0ZA 4O16A 3ATZA 4JTLA 2E1DA 5I3HA 2CLIA 5DY2A 4GUFA 5HWJA 3H54A 1JJKA 1Z42A 3M47A 2GPTA 4MOZA 4D2JA 3R8RA 5G4EA 2ABBA 3BLIA 3W7IA 4NZJA 1C8VA 1B3OA 2Y62A 3E96A 3P5ZA 4ORIA 5G2HA 1KFCA 4HN4A 4GUJA 4UFIA 4GFSA 3HGRA 4AMAA 1P0KA 2YDAA 4JTIA 3S5NA 5HUPA 4AVFA 1XFBA 4LC8A 5AYZA 1EEPA 4M6QA 4LVAA 2QAFA 1BKSA 4UFKA 3I7RA 1DKWA 1LBLA 5LGXA 4BI7A 4QNWA 3R89A 4MKNA 2PURA 5F4XA 1S3HA 1VS1A 1KTBA 1PS9A 4N2YA 5G1YA 4QAIA 2FB2A 3NR0A 1YDNA 3EX3A 3GAYA 2TMDA 3LCFA 1IF2A 1XUUA 1Q45A 2JBMA 3LLFA 4A2RA 4ZVJA 3W2LA 4UMBA 1KM5A 3TROA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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