3NQMA

Crystal structure of the mutant v155s of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with inhibitor bmp
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
219
structure length
219
Chain Sequence
VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYSGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: importance of residues in the orotate binding site.
pubmed doi rcsb
molecule tags Lyase/lyase inhibitor
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus 84
structure length 219
sequence length 219
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2010-06-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3nqmA00
3M1ZA 1B4KA 3A9IA 1JQVA 3CU2A 3P81A 1AW2A 3LRKA 3GYEA 4LT9A 1CX9A 3TE9A 5E93A 3LLFA 1OF8A 2ZRXA 4RR4A 4RZ4A 4A2RA 4HSNA 3EWWA 5LGXA 4MFEA 2LLEA 3NL2A 1QPQA 3LHVA 2NXGA 4HNNA 2ZRUA 3OVRA 3IIZA 1ICQA 1EIXA 3ZFHA 4GJ1A 5D33A 3C2VA 1DOSA 3LTSA 3W1QA 5AHNA 1ALDA 1WA3A 3H54A 1X1ZA 1BKSA 1TTJA 1YXDA 2CLEA 3QPYA 3HBLA 1QMLA 3HG4A 3MP3A 4ZZ9A 1TTPA 4P61A 5K4ZA 3CHVA 5EKYA 2PURA 3RF9A 1EEPA 4Z0SA 5F2MA 1C9DA 1M6JA 1D3GA 1FWTA 1LROA 3O6DA 1AW5A 3Q58A 1YDNA 3EWUA 1JCXA 4Z1DA 5U4NA 2QCDA 3S1WA 4O54A 3ZR4A 3W7CA 3L21A 3L5MA 3NQ2A 4JY9A 4LV4A 3STEA 3KOFA 3SW6A 1SW0A 4UTUA 1KBJA 3R12A 3BW2A 4AWUA 5HQEA 1W0MA 4EF9A 1F5ZA 5A5WA 4JTSA 3LCHA 3BPWA 2Q3RA 4N02A 1R46A 1EUAA 5AHLA 1FDYA 1M7OA 4O17A 4MPQA 4FNPA 4LTSA 1JRBA 3C2OA 2RDTA 3CWNA 5G2HA 1WAUA 1JCYA 4E2DA 1KM0A 2DZTA 3GDKA 4IGHA 2ZQ0A 4MYAA 1VLWA 1PHWA 4JTKA 1TMHA 3TXZA 1G6CA 1OK4A 4X9SA 2WJZA 1XBVA 3TK7A 1TPB1 3W7RA 4E38A 1F6KA 4HPXA 3DHDA 3N9RA 6ALDA 4HNUA 5LNSA 3ABQA 3C56A 1B4EA 5LSMA 3EXSA 2QCHA 4LVBA 3W88A 3VKJA 4WY0F 1LM1A 3DFOA 1F6PA 2EHHA 3SFKA 2ISVA 4L4MA 3ABSA 2WNNA 1KTCA 5D03A 5F4SA 2O7QA 2VKZG 1O94A 1PVNA 3H53A 3FIGA 4FF7A 3HGRA 2ISWA 1ZAIA 5AYZA 1YTKA 1OFDA 3KX6A 1H62A 7TIMA 3TV8A 4JEQA 3PM6A 1OK6A 1QPRA 4CQ8A 2A7RA 1AG1O 1R2SA 1W3NA 3R2GA 1SFLA 2X1TA 1TV7A 3A23A 4LUIA 2NZLA 4ADSA 5H91A 1DORA 2PRMA 4E2BA 1TPC1 3DFSA 4M19A 2V5LA 4NU7A 1TSIA 1F76A 5LNWA 3LCXA 1S5VA 1J5TA 4YXGA 1LOSA 3C2FA 3KXQA 1JUKA 1OYBA 1F7BA 5CPLA 5I3IA 4RZ5A 2H6RA 3NL6A 4DF2A 2DZPA 2BLEA 3CLMA 1XUUA 3FFSA 3HJZA 3LHYA 4TX9A 3WJXA 1D3HA 4FNRA 2CLMA 3E49A 4A21A 1KM3A 1I2NA 2ABBA 4UNKA 3V1PA 4XQ6A 4A3UA 2HTMA 3S8HA 3KAOA 2C3ZA 1EP1A 1SZNA 4WY0A 3EXRA 1CI1A 3YPIA 3N2XA 1SO4A 4O0KA 1FWRA 5HR7A 4JN6A 3GR8A 4LY8A 3MW7A 2C14A 3E9AA 2QCEA 1LDCA 1PCWA 3W1LA 3FS2A 4IPIA 1FCBA 3TR2A 1EWEA 1N8FA 1TQXA 2A85A 1HG3A 1FXQA 1PHQA 2E5CA 4KWWA 3PG8A 1VCFA 3T40A 1GVRA 1MZHA 4AB4A 3INPA 3QSRA 1A5CA 3LRLA 3LV6A 3QMSA 1OFOA 5HWMA 3HPSA 3G3MA 4UTHA 2ATSA 2VEKA 3N14A 4PL1A 1K7XA 1V5XA 2YDAA 5D32A 1S5WA 1B9BA 3S0CA 1K03A 4Z1CA 5TIMA 4OE7A 1OX6A 3TIMA 1PIIA 4MFDA 4IMCA 1W3IA 3GNDA 4N9EA 4JYDA 3LCIA 5I3KA 4JD4A 3EX4A 1I2OA 1MEHA 3LHZA 3B03A 2YFNA 3DFQA 1QOQA 3SR7A 4IXHA 1R47A 1PE1A 3GKFA 4RLIA 3NQDA 5G4WA 1G7VA 3BG9A 2E6AA 5K3VA 4ALDA 2C13A 2WNQA 5LZLA 1VYRA 3HB9A 2NWSA 3KVLA 2CLFA 2ALDA 3GAYA 1W5MA 2B0MA 3W7QA 3MP5A 3LOTA 2GVJA 3UXAA 3A5FA 3UZJA 3NQ7A 1AL7A 4H6KA 1L6SA 3W7HA 3TX9A 2PCQA 4QIUA 3B4UA 2FIQA 4Y6GA 4O12A 4S1FA 1GG1A 4Y96A 1EA0A 4ADUA 3U6WA 3I65A 5D04C 4IMGA 4IX0A 3UWWA 4AWSA 3O16A 4CNNA 2VFHA 3W1TA 4IX2A 3LCLA 1GJPA 5KZEA 4YCPA 3RFAA 5G1TA 3L65A 1WQ5A 3EWYA 2YYUA 3DKJA 3W23A 3BG3A 4XKYB 2CZFA 1VR6A 5KMYA 3PBYA 2TSYA 2J9XA 1ZALA 4K8EA 3NM3A 3OG3A 2V9DA 3TSDA 4LV9A 3TFCA 5AB3A 1LYXA 3ZWTA 4L4LA 2X16A 4X22A 3LERA 1C8VA 2A2IA 1I4NA 3PUOA 5DXYA 5HINA 1TPH1 1KTBA 3FYOA 3L66A 4Q32A 1NFBA 1DHPA 1ONRA 4ZL1A 1FDZA 2PRHA 3LRMA 3PR2A 3PB0A 2VENA 3LBMA 4ZMGA 4K36A 3CTLA 3CEUA 1XBZA 3M41A 5C5YA 2NX1A 3I6RA 3PC0A 3L0NA 3UPBA 1JCJA 3CEPA 4GUFA 2CLLA 2OX1A 4XBKA 3O8AA 4EVZA 5DY3A 3IIXA 4MJMA 2QCGA 1KLYA 2H90A 3MO7A 4NZJA 3ABOA 3QRHA 4IMFA 3SI9A 4IMEA 3HPZA 5HUOA 5I3JA 4NJGA 4UCGA 3TH6A 1ZY9A 2DJXA 3NL5A 4PODA 4XKYA 1TREA 4O10A 5K7JA 4ZQRA 1K8ZA 1VQTA 3TSMA 1LRNA 2VEPA 3O1NA 1H5YA 5D38A 3THQA 5G1YA 1KFEA 2P0OA 1NEYA 2DJLA 5CZTA 2CLIA 2A6LA 4Q4KA 3NQ8A 4FX6M 5G2IA 4EF8A 1EUNA 3NPUA 4JTGA 1TQJA 1GG0A 1UB3A 2Y85A 3BGGA 3S1VA 2VFIA 1XUZA 4X3ZA 3SY5A 4MY9A 5CZJA 3TJXA 3P84A 1PCKA 3EWXA 2TYSA 1SZGA 4NJIA 3CM4A 1O60A 4HNTA 1RQHA 1I2QA 3LB0A 2NLIA 3G0SA 1HO1A 2ZZ5A 1TJPA 1P5BA 1Z48A 3CIXA 1GVOA 4UTWC 1QWGA 5K9XA 5LNVA 1SZFA 3ABRA 4RJEA 3S1UA 1U83A 4O53A 1K7EA 4P2VA 3EWZA 5AC6A 4DEFA 4O52A 3B0VC 5IBXA 1SR9A 1OFAA 5GVJA 4JTJA 1L9WA 5EA9A 2GPTA 4E0CA 4O4WA 4LW7A 4I7UA 5C2XA 1X8FA 3WK0A 3UWQA 3WK1A 4DO6A 4AHOA 3OEXA 4GE8A 1IF2A 1UUOA 1VJIA 6TIMA 4O57A 1DV7A 2B4GA 1JCNA 1H7NA 1VHCA 1TV5A 1R2RA 3P8IA 4NNAA 4Y90A 3UYCA 3PSWA 5SWUA 3OA3A 4WOQA 4UTTA 3LDVA 3PG9A 3NDOA 1ZAHA 3DXIA 2W79A 1H7RA 3DI1A 5E1QA 1OABA 2C15A 4K38A 3IGXA 5CPMA 1ICPA 2Y62A 1GVQA 3CT7A 4DXVA 2YZRA 1W5QA 4W9TA 1TPDA 3NQVA 2X1RA 3GDRA 1T0OA 3L5AA 3MP4A 1ME9A 2ZTKA 4KKXA 4MZYA 3WK2A 2OMAA 1G69A 2P1FA 5D30A 1HO4A 1THFD 5J5DA 4XBSA 1SO5A 1VCGA 3S1XA 4ADTA 4TO8A 3LHTA 3M9YA 3NZ1A 2QUVA 2WPBA 3G1HA 4K8HA 3EB2A 1O5XA 3T4CA 2VEIA 3M43A 1JUBA 3QM3A 4WX2A 3HPXA 4OBTA 4PH6A 3F1QA 3EKZA 5DBUA 5HNRA 4RK8A 4FNSA 4O1BA 3R89A 3UPWA 3GXPA 2C18A 4JS3A 2C0AA 4PTNA 5KZMA 2YCEA 4QNEA 4ZQNA 5C54A 1JRCA 1LBMA 2TMDA 5F4XA 3P5ZA 3LCWA 1X1OA 2WQPA 2Q8LA 4BI6A 4R34A 3SECA 1TPEA 3HF3A 2Y61A 3VI2A 1FWWA 2HS6A 4CCDA 3STFA 4XZ9A 4CLMA 4NVTA 2FJKA 3NL3A 5AC8A 4JTEA 2J88A 3GX9A 3EEGA 2WNZA 4KFOA 3DHFA 2YPIA 1T96A 2KZHA 4O50A 1JULA 5D37A 3W2KA 4MVAA 1W5OA 3LXAA 3TW6A 3G18A 2QCMA 1NAL1 3LTPA 2VELA 1FXPA 1GOXA 4Z1AA 3QW4B 1SSGA 2EF9A 3PBVA 1R2TA 2W0UA 4UMBA 1F05A 3AO0A 4XUGA 3KHJA 3M44A 2YFOA 2RH9A 2ZA2A 1Q6LA 2NV2A 2CLKA 3P5YA 4I9AA 1RVGA 3MYPA 5LNUA 4IMDA 2CWNA 3W7NA 1GQNA 1KM1A 2GQAA 1A5AA 1A5BA 1LRTA 1NF0A 3UQNA 4PFMA 3M6YA 3MJYA 1KM2A 3FEMA 3ATYA 3FJLA 1FX6A 3MBFA 4O1DA 3BLIA 1W56A 2JKAA 3LHUA 2ZCGA 2GQ9A 4WUIA 1LLZA 4BK9A 1HL2A 1MEIA 1A5SA 1LBLA 4QQ3A 1ZENA 1W37A 1LP6A 2V2DA 3U2OA 4TIMA 1K7FA 3JS3A 2J24A 3BGJA 3C8FA 1VYPX 1FCQA 4NNBA 4FIRA 3C6CA 3PB2A 4UTIA 4JTFA 2E5BA 1TPVA 4N4PA 4O15A 1GTEA 3O63A 3LI0A 4NNCA 1VS1A 3TMQA 1YXCA 3QYQA 2OT1A 4K37A 3PUEA 3UWUA 4HKPA 1HUVA 2E6DA 2H8XA 2PE4A 1NF7A 1P0KA 4PCFA 4XWUA 3T55A 3W3OA 2QAFA 3IEBA 3A22A 4KWVA 1QR7A 4MZ8A 2ZZ7A 1Q6QA 4NX0A 4LC6A 4DBEA 1VCVA 3V75A 5HWNA 4FHAA 3L0GA 4O11A 1WOAA 2BXVA 2CZDA 1PS9A 5G4EA 1IXNA 3S5ZA 4M6PA 1KFJA 2DZUA 1ZFJA 1WYIA 1H60A 1EPXA 4QSHA 3QQ1A 3STGA 2EGZA 2QDGA 3N3MA 4WJEA 3I7QA 4RV8A 1K02A 2C1HA 4Y8FA 3UZ5A 2ZZ6A 3TJLA 1M5WA 1F74A 3O6CA 3WFAA 1J2WA 3LXBA 2WV8A 1GYNA 2ZRVA 3VE7A 3QQ0A 2I1OA 1YADA 4UNLA 1LLWA 2QEZA 1YDVA 5TQLA 2Z1BA 3P67A 3OBKA 2E68A 5KSWA 1IIGA 2V0TA 2PRLA 2Z2UA 2VFFA 1H7XA 1ZAJA 2NUWA 3BW3A 3W1RA 3W1NA 2QJHA 3BK0A 4WZHA 5FI8A 2V8ZA 2A4AA 2ZA3A 2CLOA 1XL9A 1H7PA 1TIMA 3M5VA 3BO9A 4LS2A 4LVGA 3CB8A 3FOKA 3HGJA 4OGZA 4U4MA 5C55A 4B5NA 2QDHA 1QDSA 1XI3A 3OIXA 1TPWA 2CLHA 3W70A 4GUGA 5KTLA 4NXKA 3G3DA 1KTNA 2NX9A 3GLCA 3B04A 3C4UA 1OF6A 3THAA 3U8GA 3KVJA 3IRDA 1QFEA 4EIVA 4OV9A 2ZZ4A 4GXMA 4JYEA 4JR5A 3EWBX 3F4WA 3B0PA 1EP2A 3L0KA 4MY1A 1K3UA 3K30A 3I7RA 4JIPA 3NPXA 3G0XA 1XCFA 3M5XA 3NM1A 4N6EA 4HNVA 3DFTA 2A6NA 3LCFA 3R8RA 2PC4A 5AHFA 4WXZA 4CQ9A 4CNOA 4Z08A 3M47A 3G0UA 4O1AA 3UY7A 2XN1A 4NJHA 5AFDA 3TMLA 4N6FA 1ZJIA 5CSRA 2DZWA 1H1YA 2Y70A 3G22A 2X1SA 5J5RA 1H63A 5IBXC 2DORA 2Q3OA 3UD6A 3SIZA 2JKEA 1DJNA 3TFXA 1EB3A 4Z1BA 1H7OA 4JXCA 2WSRA 2ZRWA 5CPOA 1VRDA 3LHWA 3W2MA 3W74A 1XFBA 5FEXA 4GFSA 1ZNNA 3G1FA 3MUXA 4ZQPA 3W71A 4KFPA 3TQ0A 2FDSA 2Q8ZA 3C61A 4XTDA 3GAKA 4Q33A 4UTTC 4HHPA 1XXXA 4DF1A 3WJZA 5KINA 4O18A 2QCFA 1OFPA 3VE9A 3G1VA 3QF0A 1KW1A 3C2EA 5BMXA 1WDWA 1YTDA 4IOTA 4GRSA 1ZHAA 4MZ1A 2O7SA 5D2WA 3OVPA 4N9DA 3BV4A 1TO3A 1KFKA 3GDTA 2WSYA 5TBOA 4GC4A 3E12A 5HMSA 3HGOA 1BTMA 4R53A 4S2BA 4BWLA 5BOOA 2ABAA 3W7EA 3P60A 4JDYA 1KV5A 3TNOA 5CG7A 2IQTA 2AAMA 3JR2A 5ABTA 4GUHA 3G1SA 4UMCA 2FLIA 3S9YA 2DZVA 2QCNA 1S5TA 4JTTA 1YPFA 2H8ZA 1SU5A 4ORIA 4DO4A 3E02A 3A21A 1JR1A 4FIQA 2ZTJA 2G5WA 3B0UX 1P1XA 2ATMA 5CZ0A 3W2NA 2VFDA 2QAPA 1R30A 3B8DA 5D2YA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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