3OEXA

Crystal structure of type i 3-dehydroquinate dehydratase (arod) from salmonella typhimurium with close loop conformation.
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
251
structure length
251
Chain Sequence
KTVTVRDLVVGEGAPKIIVSLMGKTITDVKSEALAYREADFDILEWRVDHFANVTTAESVLEAAGAIREIITDKPLLFTFRSAKEGGEQALTTGQYIDLNRAAVDSGLVDMIDLELFTGDDEVKATVGYAHQHNVAVIMSNHDFHKTPAAEEIVQRLRKMQELGADIPKIAVMPQTKADVLTLLTATVEMQERYADRPIITMSMSKTGVISRLAGEVFGSAATFGAVKKASAPGQISVADLRTVLTILHQA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords 3-dehydroquinate dehydratase
publication title A conserved surface loop in type I dehydroquinate dehydratases positions an active site arginine and functions in substrate binding.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
total genus 94
structure length 251
sequence length 251
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.2.1.10: 3-dehydroquinate dehydratase.
pdb deposition date 2010-08-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01487 DHquinase_I Type I 3-dehydroquinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3oexA00
2R14A 4XBSA 3AO0A 1RQEA 2A6LA 3TQKA 4J9JA 4OGZA 4ZMGA 1JQXA 3G8EA 4L4MA 1WOBA 3MUXA 4RR4A 4H6KA 1NF7A 3EX2A 1QPNA 3H55A 4UNKA 5U4NA 4PL2A 4BI7A 2NX9A 1H61A 3LLFA 1W31A 2PC4A 3C0JA 1KM1A 3NA8A 4TIMA 2ZRZA 3QF0A 1VLIA 4PH6A 3OA3A 3IV3A 3SIZA 2RDTA 3C52A 4WXZA 1TRIA 3RF9A 5HWNA 3BG9A 1QOQA 5LKYA 5FEPA 4EIVA 1TJPA 1UASA 3W74A 3ZWSA 2FDSA 5A8GA 3TAOA 1H50A 4DBDA 4LUIA 1CW2A 3G8RA 1QO5A 3C2VA 3MYPA 3MBFA 2A7PA 1THFD 2WQPA 4E2DA 5KMYA 2Y85A 5AHEA 5HR6A 1YDNA 1W5OA 1K8XA 3HG5A 1PHWA 1GTHA 2VXNA 4MJZA 3DHFA 1WX0A 2VENA 1FWNA 3W87A 3AJXA 4OE7A 3TAKA 5CSRA 2B7NA 1SZEA 3S6DA 2QR6A 1QNVA 3FJ6A 4JTTA 4M6VA 1GYLA 1FX6A 2EPHA 5LSMA 2Z6IA 4JYFA 4ADUA 3R12A 2RFGA 3UXDA 1TPDA 3BV4A 3UWUA 4O54A 2RDWA 1ZCOA 3P8IA 3QZEA 2FFCA 4S2CA 3Q58A 4JY9A 4O1BA 3HF3A 1GVSA 2O7QA 5AB3A 1SZFA 2VFFA 1I2NA 3LHYA 2VKZG 3W7CA 2YR1A 4QM1A 2PCQA 4GBUA 1GVOA 2V5LA 4NJKA 5AYZA 1Q6LA 4UCGA 3W7DA 1W5NA 3R2GA 3PUEA 3BW3A 1X7FA 2X1RA 3B4UA 5DXYA 2RDUA 2A85A 3C6CA 4Y6GA 3O6YX 4MZ8A 3RLUA 2X1SA 3EWYA 4H4IA 4HPJA 3EWUA 1NAL1 1T8XA 3LTSA 5C2XA 4XTIA 2CLEA 1OK4A 4M6PA 1EEPA 1D3GA 5K3VA 3SW6A 1JR1A 3UWZA 4DF1A 1W1ZA 5FI8A 1KM4A 3NQ6A 4WY0B 3FEMA 3KHJA 1FDJA 4WXYA 3STGA 2E5BA 2I14A 4JY8A 1T99A 4Z1BA 3TSBA 3BPWA 2E09A 2VOMA 2OX1A 1ZAIA 3NG3A 4LS1A 1ZJIA 3G3DA 4ALDA 4FIRA 4CNPA 1VPXA 3DFSA 4JIQA 3P62A 3Q37A 4XKYB 2BX7A 3OEXA 2O7SA 4WY0F 3TQVA 4HNVA 2F84A 1RQBA 4FHAA 3W70A 2HS6A 1TV8A 1ME9A 3DHDA 3W1NA 1X1ZA 4O16A 3HPSA 4AF0B 1F74A 5H2ZA 3EKZA 1UB3A 1CX9A 3L5MA 4X2RA 1GVRA 2QCEA 3WFAA 1GQNA 5K9XA 3TX9A 3WJZA 1R46A 5F4SA 4RKAA 2YXGA 3TSDA 1OFDA 2FPTA 2EF9A 2QEZA 1OVDA 1BEUA 1YPIA 5U7SA 3MP3A 1VYPX 2FLIA 3MYOA 5FF7A 1K8YA 2DORA 2VFGA 1JRBA 2ZA2A 2A7NA 2JGYA 4JX4A 2NWRA 1UUOA 4MVAA 3TU9A 5EYWA 4WUIA 4JTSA 1PHQA 4ZQOA 3KRSA 4ICNA 4ZQPA 2QCNA 5CPNA 4X3ZA 3FS2A 4A2RA 5D09A 1OYAA 1G6CA 2PRMA 1I8JA 1M7OA 4NZJA 1PL9A 1G69A 3NAVA 3NPWA 5AC6A 2NXHA 2HS8A 4Z0JA 2I9EA 4P61A 3G18A 3W2LA 5DCEA 5DY2A 5E0KA 2OT0A 3NR0A 4NX0A 4UC5A 1W54A 3PBUA 1KTCA 2Z2UA 1TTQA 3NL2A 4K37A 8TIMA 2PRLA 1AMKA 4JTHA 1J5TA 3W23A 6ALDA 1DQXA 1ZALA 1WQ5A 4ZQMA 3TSMA 4Y8FA 3GXPA 1W3NA 3CWNA 3NO5A 2ISSA 2WNQA 4AVFA 2ALDA 4K38A 4JD4A 4UTHA 4YLWA 3BW2A 1F73A 1K3UA 1AG1O 2QCHA 1G7VA 4O28A 2VEIA 3IIOA 3L67A 3PAJA 2DZXA 3MHUA 4ZQCA 1ICPA 3CEUA 1R47A 1D9EA 3G0SA 5L9FA 3W7RA 3T55A 4AWUA 2GQAA 5G1YA 4FEZA 4Q32A 1KLZA 2QF7A 4FB7A 1H63A 4JXCA 3TDFA 3C61A 1G4SA 3T44A 1BWLA 2G97A 2XN0A 3EEGA 5AHLA 2XN1A 3PR2A 3MHGA 1C29A 1WV2A 1OF8A 4RK8A 1PCWA 2GJLA 2NUXA 5TQLA 3GKAA 4IGHA 1I45A 3SSJA 1FUYA 4E2BA 2X1TA 3G1YA 3S5OA 5K2ZA 4N4PA 3PF3A 1GG1A 4FF7A 3W7IA 2R8WA 1ICQA 3NQAA 2WSQA 1H51A 4LS2A 5EY5A 3BLEA 1ME7A 1PS9A 1LM1A 1VRDA 1IIGA 1VR6A 2V2HA 1EA0A 4R53A 3A21A 2FPVA 4BFAA 3ELFA 1OFQA 2J27A 1WYIA 1O94A 1W3TA 3DKLA 2W0UA 3G1VA 3LTYA 3MO7A 1A50A 1JVNA 4NJIA 1W5QA 1I2QA 2C13A 3LX9A 5FESA 5G4EA 4XTDA 1FWWA 1OYCA 2CLHA 2B0MA 2DP3A 3TJLA 3PUDA 3W7HA 1UUMA 4A29A 5K4XA 3IGXA 1Z41A 4UFKA 4RLIA 4UTUA 2RKXA 2UV8G 3NM3A 4NNAA 5CPMA 3E12A 3R13A 4O14A 3GDRA 5DELA 5LGZA 1IF2A 4MPQA 3O1NA 4OWGA 1QR7A 4WY0A 2TYSA 3L5AA 3TFCA 2DZVA 2EKCA 3A9IA 4BK9A 3KAOA 1TPB1 4AXKA 1YXYA 1FCVA 4MKNA 3NNTA 1M7PA 3WJSA 3S42A 3LHWA 1TO3A 4XKYA 4ZZ9A 3PWAA 4UXDA 2OZ0A 3PB0A 1DORA 2B7PA 3V1PA 4JTUA 2A7RA 1FWRA 4NNCA 1XFBA 5LHFA 4W9TA 1AW5A 3M7WA 4AF0A 1NVMA 5CZJA 3TFXA 3H54A 3LHUA 1DVJA 2YW4A 3UZJA 4ADSA 4U4MA 1LDCA 3MP5A 2Z0IA 3VCRA 1ML1A 4D2JA 2CZ5A 4FO4A 4LOCA 1LLWA 4Y9AA 3FIGA 4N9BA 1H7NA 1SO4A 3KVJA 4AMAA 4QJ1A 1XI3A 1ZNNA 5IBXC 4ADTA 1SFJA 4UFLA 2BTMA 2CZEA 1OYBA 1L6SA 1EUNA 1G4TA 1TIMA 2WNNA 1TPH1 2WO5A 3C8FA 2TMDA 4Z1DA 2V0TA 2I1OA 1EB3A 1RV8A 3LCIA 2HTMA 4I7WA 3SZ8A 4KWVA 2Z6JA 3PSWA 4MZ1A 4LV4A 3GDTA 1R2RA 3LV6A 3I7QA 4BF9A 5KSWA 3W88A 1T0OA 3MI2A 4PL1A 4YMZA 1R30A 2VFEA 3W1LA 1L6YA 1W5MA 3TCEA 1YDOA 1MO0A 5LNVA 3TK7A 1KFJA 3KFTA 4NT0A 4DF2A 3C2EA 5MHBA 3GNNA 3NQDA 1KFCA 2E6FA 3W07A 4JTFA 4M19A 2PURA 1S3HA 3RFAA 4M7SA 5DBTA 3IIXA 1TV5A 3DKJA 1W37A 2ZTKA 1MEWA 5AOUA 2YW3A 1OFPA 3SFKA 2C18A 4QSHA 3PSVA 5CKSA 2V2CA 3W2UA 3IVSA 1KM0A 2Q3OA 2E6YA 4OV9A 3TH6A 3UNDA 2ABAA 4LVFA 3V75A 3B8DA 3USBA 3LHZA 2DU2A 4PA8A 4UTKA 1U83A 3U2OA 4HPXA 1FCUA 1XKYA 2VEPA 3B05A 2QAPA 4TR9A 1VCFA 4AEOA 3NQ8A 2FQIA 3QRHA 3NQ7A 3A22A 1VC4A 1ADOA 3N2XA 4FX7A 4JICA 5KZMA 4RZ6A 1I2OA 3R89A 5G2IA 1U5JA 2Y63A 3TNOA 1GPWA 3F1QA 2W6RA 3GXTA 3LRKA 5FEZA 4JX6A 2FPYA 4NJHA 1G4EA 4UR8A 1OG0A 3UPWA 2ZBTA 3F4NA 3HG4A 1OFBA 3QSRA 4O57A 4R34A 2DZTA 4MLRA 1O60A 1AL8A 1VYSX 3L68A 2E5DA 3S5YA 2D73A 1J4EA 5DCDA 5BMWA 1QFEA 3W1UA 3TIMA 5DN1A 3QQ1A 3LM7A 4GFSA 1GEQA 3R5EA 1TPUA 4UFIA 3GZ3A 3VNDA 1XL9A 4QNWA 4WX2A 4OV4A 4IOTA 1CI1A 1SO3A 4JTIA 3FJLA 5I3JA 4LUJA 5A5WA 3FLUA 4JR5A 3MWAA 1JCJA 3S5NA 4A2SA 4CCDA 5F4WA 2B4GA 2AGKA 2C16A 1FDZA 1S5TA 2QCGA 4IJBA 3LRMA 3L0NA 1OFOA 1HG3A 3MW7A 3BGGA 1KFBA 4FX8A 3B04A 4DO4A 2C6QA 2YPIA 3FKRA 3QMTA 5EKYA 3W1QA 1XUUA 5D38A 4FIQA 4N6FA 4XBKA 2B7QA 1H62A 4ZVJA 3FOKA 3GK0A 1VS1A 1SZGA 4LRTA 4WD0A 2R94A 3EWXA 3T78A 3QH2A 3ZWTA 4LY8A 5F2IA 1DHPA 1JUBA 1LCOA 1P0NA 1XCFA 3GKFA 4IMFA 3RK8A 5G4WA 3INPA 4BWLA 4K36A 3THQA 2G5WA 3LOTA 1YLVA 1ICSA 3L9CA 1LBFA 1YDVA 1JCMP 1LTDA 1RR2A 3G1DA 2NXIA 4EVZA 1GT8A 4ZL1A 1TSIA 5TIMA 4UTWA 3QJAA 3TKFA 2ISVA 1JCYA 2J24A 1XDLA 3FYOA 3HB9A 1S5WA 1Y0EA 1IXNA 5FF3A 4N9DA 3DZ1A 2VFIA 1OX5A 3RNDA 1PVNA 4Z1CA 4Z08A 2Y88A 5I3GA 3HO8A 1MSSA 3W1TA 5D2WA 2VEMA 3CT7A 1K7FA 1H7PA 3O8AA 2EAWA 4FNTA 3PULA 1IXQA 3U8GA 3TW7A 1TREA 3T40A 1KW1A 1EUAA 2WJZA 5HMSA 2ZRWA 2A0NA 3DBPA 2A2IA 3C2FA 4LVGA 1TQJA 3G1HA 4GWEA 3F4WA 4HN4A 1VCGA 3P7YA 1UJPA 3W1AA 3LXCA 1W3IA 4GUHA 1VQTA 5G2HA 4NXKA 3UWQA 4O50A 2R91A 3G1FA 5KZDA 1H1ZA 4PODA 3HG3A 2GUUA 4ZQNA 4JTLA 4CCCA 3QC3A 4O8RA 3L0GA 4PTNA 4QAIA 3N2MA 3SJ3A 4HSOA 5DY3A 2YFOA 1DV7A 1LRNA 1RQHA 3M5YA 1TPVA 3M41A 4FXRA 3NPVA 2CFFA 4C1LA 1VHNA 1L6WA 3NL5A 5DCBA 1FWSA 1DJNA 3UWWA 3LHTA 1VHCA 1A5BA 3SI9A 4MZYA 3W2JA 4WZHA 3G24A 4TO8A 1WBHA 3TV8A 3UWYA 5I3HA 5IBXA 2E6DA 5HWJA 1SW3A 3U6WA 1WAUA 2ZZ6A 3KVLA 3QPYA 3MMTA 1OFEA 5EL1A 3NQEA 1QMLA 3LDVA 3K30A 1IXOA 3EXTA 3UYCA 1SO5A 4FNRA 3JS3A 5D2XA 5D2TA 4DPQA 1JJKA 2YSWA 3C56A 4N9EA 3TA6A 3A23A 5G1TA 3C2OA 1G67A 1EP1A 1WBJA 3C2RA 2V5BA 2QUVA 4O53A 4QNEA 1JCLA 2ZRXA 1Q3NA 2CWNA 3N73A 4Y96A 4O13A 3DFPA 3TC7A 1WXJA 1ZY9A 4RZ4A 1F05A 4RXGA 2C3ZA 2CW6A 2BXVA 4B5NA 3NOEA 3CU2A 4GUFA 2OMAA 3GVGA 3LCGA 4X9SA 1KV5A 2QCMA 4NU7A 3EX6A 4JDYA 2WV8A 2CU0A 3NEVA 2G95A 3PVFA 5HULA 1TPFA 4IWWA 2CLFA 5HQEA 1FCQA 3QW4B 1JUKA 3DI0A 2QJGA 3GR7A 3NZRA 2Z1BA 2NX3A 1EX5A 5FEXA 2H6RA 2BLEA 1TPEA 2J9YA 1EIXA 2H90A 3UXAA 3CIWA 2Y7DA 2F7FA 4LVAA 2GPTA 1X6UA 2QCLA 4TX9A 4K8HA 3FYPA 4JS3A 3VFLA 4HHPA 1K02A 3TR2A 1OF6A 4HKPA 3EXSA 3L21A 5F2MA 4WJEA 4JTKA 3WK2A 4MYXA 3W7LA 1H1YA 5LZLA 3EX1A 1E51A 5CPOA 3M0ZA 2RH9A 5F1VA 3M9YA 2CLIA 3W22A 4UMBA 3FA5A 3PBVA 4IQLA 4O1CA 1NF0A 3G1AA 2IQTA 3TMLA 3ATYA 3DFTA 3MJYA 3P60A 3S0CA 3G0UA 4DXVA 3W7EA 5I3IA 3P82A 1QAPA 4IMDA 3QEZA 5EMUA 3TQ0A 4KFPA 3PS7A 3B06A 1WOAA 4POCA 2ZQ0A 1P1XA 4XQ6A 3W1XA 1FDYA 1RVGA 4OHQA 4WOQA 3P61A 2C1HA 2ZDRA 2QUUA 3G22A 1SQ7A 1JCNA 5AC8A 1I2PA 3HGSA 3W2NA 2Y89A 2CLOA 5I3FA 4BWLC 1ZHAA 1H7XA 2P10A 1TJRA 1ME8A 3N3MA 1KBJA 3EB2A 3ABSA 4OBTA 2JK2A 4ORIA 2ATSA 2A21A 1UBSA 2Y61A 3ABOA 3LBMA 1FCBA 5BRBA 3W1PA 3HQ1A 3W84A 3BG3A 4UTWC 4UIOA 1LORA 5LGXA 3UWVA 4BI5A 1MZHA 5LNWA 1GJPA 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 1WA3 A;  4DF0 A;  4O0Z A;  4HT3 A;  2ZZ4 A;  5HJL A;  1SSD A;  3RMJ A;  4MOZ A;  2ABB A;  3LCX A;  3P5Y A;  1KM6 A;  3BLI A;  3W7K A;  3I68 A;  1H5Y A;  5CZT A;  2V8Z A;  1VZW A;  2BWG A;  4ORM A;  3N9R A;  3WJX A;  2Y70 A;  3GAK A;  3L2I A;  4M6Q A;  4FNP A;  3NZ1 A;  2V9D A;  3YPI A;  5HWM A;  2KZH A;  1KTN A;  2ZZ1 A;  2FIQ A;  3STF A;  1O5X A;  1KM3 A;  2ZZ2 A;  5K9D A;  1I2R A;  1W56 A;  1L9W A;  3PC0 A;  3NGJ A;  5GVJ A;  1O4U A;  3JR2 A;  4MY1 A;  4I7V A;  2J9Z A;  2WKJ A;  4MLJ A;  3PB2 A;  3WJY A;  3NXF A;  1G4P A;  1SPQ A;  1O5K A;  4MY9 A;  5D05 A;  2DZW A;  3IIV A;  4RXF A;  1DJQ A;  1C8V A;  2X16 A;  4LT9 A;  1LRT A;  1KFE A;  3I65 A;  4N4Q A;  1GVQ A;  3CIX A;  3E02 A;  4JGD A;  4M7T A;  4NZF A;  4AH7 A;  4O52 A;  1GOX A;  3O15 A;  3WK1 A;  3FKK A;  1LRQ A;  2BZN A;  2P1F A;  3ZFH A;  1OFR A;  4UTT A;  1ZAJ A;  3N19 B;  2QJH A;  4GXM A;  1OK6 A;  3DGR A;  1Q6R A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1JPM A;  5J8L A;  3K4W A;  2C1I A;  3AXK A;  3GSM A;  4XD6 A;  1J6O A;  4RW3 A;  2O9T A;  2BHY A;  2F38 A;  3V16 A;  3W6M A;  1NF7 A;  5U4N A;  3S2J A;  1H61 A;  2FTW A;  2PC4 A;  1JYV A;  1URO A;  1DWF M;  3LPP A;  4AYG A;  1ONX A;  4KMQ A;  5HWN A;  3GVQ A;  3HV9 A;  4EIV A;  2NVC A;  1TJP A;  5A2C A;  4GLE A;  5BWA A;  3EOS A;  2WZM A;  4DBD A;  5KEZ A;  4LUI A;  1NP2 A;  2VX7 A;  1JXJ A;  3MPG A;  1IHI A;  3AMG A;  2I7G A;  4PUL A;  4BF7 A;  4AD4 A;  1QK2 A;  1PTA A;  1F8M A;  1GTH A;  4RW5 A;  4W89 A;  3CMJ A;  1UWQ A;  1FWN A;  5CAK A;  4OE7 A;  3AIC A;  4OUE A;  3A4A A;  4M6V A;  3XIM A;  2HE8 A;  3MV1 1;  2UY5 A;  4C6B A;  2EPH A;  1TPD A;  4XZM X;  3SDO A;  4PGL A;  4YJ5 A;  4S2C A;  1W1I E;  3KL0 A;  2O7Q A;  4P5U A;  1I2N A;  3MO4 A;  4QTG A;  3BLD A;  3E0V A;  3LHY A;  3W7C A;  3VGD A;  2INE A;  1GON A;  3B4Y A;  1XYF A;  1Q5M A;  4EAN A;  2V5L A;  4WIW A;  3URN A;  1RCX B;  3W7D A;  5C70 A;  4NG3 A;  3NWR A;  4DJD D;  4PCN A;  1X7F A;  2X1R A;  2RDU A;  2A85 A;  3IJI A;  1KXQ A; 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