3P5Y | Genus

Total Genus 79

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	79
sequence length	219
structure length	219
Chain Sequence	VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSARPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDLL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: a structure-based explanation for how the 5'-phosphate group activates the enzyme. pubmed doi rcsb
molecule tags	Lyase
source organism	Methanothermobacter thermautotrophicus
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus	79
structure length	219
sequence length	219
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2010-10-11

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3p5yA00

4UTTC 3GZ3A 1TJRA 2PCQA 1S5VA 5CGQA 4WJEA 4O10A 3W7CA 4JTLA 3G1VA 3PF3A 5K3VA 3P81A 2NX1A 3HPZA 1D9EA 3WJSA 7TIMA 1F76A 1WOAA 3FOKA 2CFFA 2NXIA 4O19A 3NQVA 4GUIA 1X1OA 4Y9AA 1WQ5A 3HPXA 2Y7EA 5CZJA 3S1UA 4LVGA 3BPWA 3W1PA 3NDOA 2WNNA 4FXRA 4Y90A 5IBXA 5E0KA 3QZEA 1HL2A 3S5OA 3T55A 2DZUA 1FCVA 2EKCA 3LHUA 4YLWA 3EXRA 5LNUA 1KM1A 1H5YA 1PS9A 1K02A 2VXNA 3NPUA 4H4IA 4LS1A 3LI0A 2HS6A 3IIPA 2OMAA 1W31A 3O6CA 1KV8A 4ICNA 3W86A 3UXAA 1W3NA 4UR7A 1EEPA 5T26A 4TMBA 3N9RA 1WA3A 3KRSA 2CWNA 3TC7A 5D38A 1T99A 4Q33A 4POCA 1GOXA 3KVJA 2OCZA 3SFKA 3LCWA 5HUOA 3N9SA 3LRMA 1MZHA 2CLMA 3G1XA 1L9WA 3OVQA 3DFOA 1Q6RA 1ZFJA 3FJ6A 4P61A 3TSDA 4R53A 4MYXA 4O1CA 3W22A 4PL2A 2ATMA 3NPWA 3H54A 3IRDA 3R12A 4K8EA 3P82A 4K6AA 3W71A 3N3MA 4UMAA 1HFBA 1VYPX 1VR6A 3W3OA 4ZMGA 4DEFA 2QCCA 3LM7A 4NXKA 1WXJA 1ZY9A 3SGZA 3TW6A 2V2HA 3NM3A 3BO9A 4N9EA 1J2WA 1G4TA 1LLZA 3B4UA 3BG3A 3W7GA 3P60A 1W37A 1VPXA 2ZCGA 1QWGA 5LHFA 4IXXA 3W2JA 3UWVA 3W73A 2H3BA 3Q58A 1L6WA 4O1BA 4LC8A 3YPIA 4FX6M 1SW7A 1Q3NA 3NQ2A 1TPDA 2VOMA 2D73A 1LLWA 3W76A 1OF6A 1HO1A 1E51A 3QW4B 3NQFA 4UNLA 5D03A 1R47A 3G22A 3TMLA 2VFFA 3TKFA 1P5BA 1XFBA 3KOFA 1RQBA 5D32A 1LORA 2DZXA 1OX4A 1FUYA 1W54A 3C6CA 4LS2A 4DO4A 2V5LA 1H7XA 3NL6A 3JS3A 1LBLA 3TIMA 3W7HA 1DBTA 5EKYA 2GOUA 1F6PA 4NJHA 1XBXA 1H62A 1RPXA 2HS8A 3O05A 4ZVJA 4UTWC 5AYZA 3EKZA 4RZ4A 1RQHA 1GG0A 4OE7A 1KM4A 4I9AA 4DELA 3C2FA 4WZHA 4JTFA 3LXAA 3SSJA 3G3DA 5F4WA 2Y63A 1G6CA 3GXTA 4A3UA 2A5HA 4N9DA 3G1SA 4FX8A 4FNPA 1TRIA 4WOZA 5FF7A 3W7KA 3QQ1A 5EYWA 3SZ8A 1QNVA 3PB2A 3C3NA 1ONRA 1RD5A 5J5RA 2JGQA 4O1DA 2Q3RA 4QISA 1ZAJA 1FDYA 1OJXA 1EP1A 3GB6A 3H53A 4GXMA 2EPHA 3T4CA 5C6MA 3ELFA 1H7OA 4UTJA 4N6EA 4IOTA 3GX9A 2G95A 2QCHA 1TPUA 3DFNA 3LERA 2A7NA 3B0VC 1GVRA 2V5BA 3OG3A 2NV1A 4GJ1A 3QMSA 1HO4A 4ZZ9A 2CW6A 3KRUA 1RV8A 3MWAA 4M6VA 4N2YA 1KFBA 1QPQA 1SZFA 3CIWA 3M6YA 1ZAIA 1F74A 1THFD 2C16A 2DZPA 1Q45A 4GUJA 4CCEA 3G1YA 4DPQA 4O13A 3EX2A 2DZVA 4BI6A 3W74A 4M5PA 3W84A 2RDTA 2J24A 1Q6OA 1K8YA 3PUDA 4ONVA 1PE1A 3W2NA 3GIYA 1H1ZA 4FF7A 2NLIA 4I7WA 1P0NA 2G96A 1W0MA 1GVSA 3L0NA 3O63A 3LXBA 2ZRUA 2E77A 4UFMA 1F05A 1Z42A 4UUIA 1K03A 1KFKA 3FYOA 3CHVA 4RKAA 5DCBA 4JGDA 2DZTA 4UCGA 4M7SA 3DH7A 5K9XA 1F2JA 4HPJA 4OHQA 3HQ1A 3RFAA 3PBYA 3RK8A 3P7YA 4DQWA 4XQ6A 3QYQA 3V1PA 4Z1CA 3TFXA 2CZDA 3LDVA 2C0AA 3ATZA 1XCFA 4JY8A 3R8RA 3NQDA 3FYPA 4Z0SA 2CU0A 1R46A 3LXCA 3A22A 4NQ1A 3DI0A 5J5DA 3IIZA 3NG3A 1UJPA 5DCDA 2FPTA 4EVZA 1ZENA 1JCNA 1KBIA 1SW0A 3LLFA 4A22A 1IGSA 1OFDA 4MPQA 3MUXA 2JKPA 1FWNA 3W1LA 3CM4A 3NZRA 2XN2A 4A2RA 3P5YA 5FEWA 1VJIA 3INPA 4JICA 1H1YA 2V82A 1CI1A 4HIBA 4N4QA 2R8WA 3IGSA 3GYEA 3A23A 1LOQA 4XZ9A 3K30A 3B0UX 2BLEA 2BXVA 2QCEA 4QNEA 4IXHA 4OV4A 4N9BA 1GVFA 2A85A 1TTPA 5EBUA 3O6DA 1W56A 5F1UA 1TO3A 4GE8A 2W0UA 2RKXA 2ISVA 3GVGA 1QCWA 1HTIA 3P74A 2V30A 4KFNA 5AFDA 1NEYA 1TV5A 4JD4A 4PODA 3W87A 4O18A 2C15A 1YTDA 2B7PA 3GNDA 3WJWA 1JULA 4JTUA 3I65A 3GDLA 1I2QA 1XL9A 1PL9A 1YDOA 3O06A 2QUVA 5A5WA 2PC4A 4E2DA 5BOOA 1WOBA 3TA6A 5AHMA 4O0KA 2VFHA 1N7KA 1B9BA 5FI8A 3E0IA 1JR1A 4QIUA 3CT7A 3PVFA 4FB7A 1IXOA 3CQ0A 5A8GA 2ISWA 1K3UA 1YPIA 2Y89A 3BW3A 5D2YA 4JTHA 2I14A 4AHOA 3W7RA 5AYYA 1JCLA 5H91A 4MY9A 3DFPA 3TC6A 2A1YA 2E6AA 4LC6A 3LBCA 3LHTA 5CPLA 3DI1A 3TW7A 1T96A 4O57A 2E68A 3R5EA 3FJLA 4YCPA 4O11A 2O7SA 4NXSA 1XM3A 4XKYA 2I1OA 4AF0B 4O4VA 1G69A 2P10A 3UPWA 1HUVA 3PBUA 4J9JA 5D37A 4DXVA 3PUOA 3FFSA 3S0CA 3N2MA 3QJAA 1JUBA 2QJHA 4K36A 1OX6A 3T40A 3MI6A 1EUNA 2Q3OA 3W07A 2R91A 3S9YA 3HG3A 1LZOA 1IF2A 2V81A 4BI7A 1VHCA 1GTEA 3WK2A 4ALDA 4UMCA 1LCOA 4RV8A 1LBMA 3QW3A 2V9DA 2C1HA 1NF0A 3NXFA 3KHJA 1TV8A 1L2UA 3MP5A 2ZBTA 2NXGA 5K9DA 1GWJA 5HINA 3PAJA 1QAPA 3G1AA 5BNKA 2YGYA 1KM2A 1VHNA 5HWNA 3B06A 1MEWA 3F4WA 1YYAA 4JDBA 1LTDA 3NGJA 3I7RA 1PCWA 2QAFA 3HGSA 5FEXA 1U83A 4RZ5A 5I3JA 3UY7A 1LOSA 1KLYA 4RK8A 3D0CA 3TDFA 3L66A 3L5MA 2ZRZA 5D2XA 3T44A 4O16A 5G1YA 3EWWA 1N8FA 1PVNA 5HWMA 2QCFA 3GDKA 5D33A 4E0CA 1VCFA 3GR8A 1DJQA 2A6LA 3USBA 1JVNA 1TPC1 2X1RA 4FO4A 3G1FA 2WSRA 4MFEA 5H2ZA 2A6NA 2H3DA 5K9CA 2WKJA 2QJGA 5G2HA 3SIZA 1ZCOA 1PCKA 1VLWA 2FIQA 2A21A 2ZDRA 3DU0A 4L4LA 3B0PA 3NPXA 3HGRA 4MY8A 2WOQA 2C14A 3U8GA 1Y0EA 1ME7A 5KITA 1SO5A 2C18A 2C6QA 1WAUA 1KFJA 2ZA3A 1ALDA 3NQ7A 5AC7A 2CLHA 5DBUA 1YDNA 1KM5A 3G0XA 3S5ZA 3S1VA 3HG4A 4UR8A 5C55A 2BX7A 3UXDA 1D3HA 4OU1A 4K39A 4LRTA 2E09A 3UWWA 2C3ZA 2H8ZA 5BMXA 1G7UA 4JR5A 4PTNA 1H7RA 3EWBX 3B03A 2WJZA 1GVQA 2QCGA 2EHHA 3HF3A 4FIRA 4AWTA 3NM1A 2P1FA 5F2IA 2H90A 3M1ZA 2WQPA 3RMJA 2Y88A 4AAJA 1O95A 5LNWA 3C2RA 4QITA 1TMHA 3LI1A 3M47A 4GUHA 5G1TA 5FF0A 3NL5A 1SFJA 2F84A 1OFRA 5L9FA 4WY0A 1GYNA 4BWLC 3AJXA 1WBJA 1LRTA 3B04A 5I3GA 2VEMA 1EWDA 1LOLA 3OVRA 3G1HA 1F5ZA 2VFIA 1EPXA 3W7MA 3DHDA 1A5BA 3IVUA 1TCDA 1FDJA 1A5CA 1UBSA 4MYAA 1NFBA 2YPIA 3DKLA 3RLVA 4LU0A 1OFPA 4EF8A 1SZNA 3CLMA 2QUUA 2VEIA 2ZA1A 3EKLA 3FKRA 1RQEA 2E5BA 1W1ZA 4LVBA 1KTCA 3NQ8A 1FWRA 1PHWA 4MJMA 4Q4KA 3PSWA 5CZ0A 1TSIA 4JXCA 4TX9A 1W5QA 1I2OA 5LSMA 4Z08A 4LWWA 3MHFA 2TMDA 3EWXA 1TTJA 3QPZA 3MI3A 4LUIA 2C13A 2OX1A 5FF3A 4WD0A 3LGEA 2C19A 2RDUA 5K4ZA 1MXSA 1LM1A 2BWGA 5HJLA 4RXFA 1ICPA 3P8JA 3W7NA 2X1UA 3TE9A 4MZ8A 1JUKA 1H7PA 1JCYA 1A5AA 1CW2A 3P62A 4AH7A 1AW5A 2O7QA 1X8FA 5D2TA 2DZSA 5E1QA 1BKSA 4ADUA 2DZWA 1JJKA 1WBHA 3LCLA 2B4GA 5AHNA 2FQIA 3VNDA 1P0KA 3GDTA 1GVOA 3TUUA 1YDVA 2J9ZA 1NSJA 3S42A 5I3HA 3EXTA 3OBKA 2OT1A 4S1FA 4KFOA 4XTDA 3U6WA 5HNRA 2NV2A 1G7VA 3UQNA 3L9CA 2J9XA 3RLUA 4NZFA 4RZ6A 3TXVA 2WV8A 2NUYA 3GAKA 2QJIA 3HO8A 4MY1A 2CZFA 3TQKA 1R30A 4JTKA 4UFIA 3LCIA 2ZZ1A 3HPSA 4PH6A 3TJXA 1OG0A 2GVGA 3VCRA 1M6JA 3E49A 3Q2DA 5CG7A 4C1KA 1TPWA 4OBTA 2X1TA 3GDRA 1OABA 5FF2A 3HG2A 1FCUA 2AQWA 3IVSA 1KTNA 3P5ZA 3VE9A 3E9AA 3CWNA 1JCMP 3GAYA 3O16A 5DBTA 5LNVA 1TIMA 3QH2A 3A5FA 2YCEA 4FXSA 3LB0A 3WK3A 1K7XA 3JRKA 5KZDA 2ZZ4A 3BG5A 3O15A 4RXGA 1DL3A 2ZA2A 1SR9A 4GRSA 3FA5A 1DHPA 1J4EA 3AO0A 3DGRA 3IIVA 5BW6A 3QC3A 4WUIA 3SGUA 1TV7A 4OGZA 4UTTA 3CEUA 1VQTA 1AK5A 1BTMA 4IJBA 4WXYA 1TQXA 4O28A 2E5DA 2XFWA 2J6XA 1HG3A 4PFMA 4UC5A 4M6QA 2CZ5A 3TNOA 4ZQOA 4CNOA 3LCFA 2Q8ZA 3G8RA 3GDMA 4YL2A 3U2OA 4CQ8A 2IQTA 3WK1A 1OHLA 3R13A 5G2WA 2VELA 3FS2A 5DELA 4WX2A 1FQ0A 3HBLA 4HSNA 4LV9A 5F2LA 1ZNNA 3LHWA 2GJLA 4JTTA 2ALDA 3EX4A 4KKXA 8TIMA 3I6RA 3G18A 4E38A 1DOSA 1LP6A 5I3KA 3I68A 4DO5A 1S5WA 5AHEA 4RLIA 3C0JA 4N9CA 2X16A 1EB3A 3LRKA 3PM6A 1TQJA 1H7NA 4XBKA 1VC4A 3M7WA 2FB2A 5AB3A 5AN7A 1XXXA 1VYRA 4HNVA 2YW3A 3BVJA 1SFLA 1DKWA 4LVDA 3C52A 1AL7A 3H55A 5HR6A 4O53A 2W79A 2YFNA 1B57A 3CPRA 5F2MA 1FWTA 2H6RA 1QO5A 3GXNA 2BSLA 2Y85A 3W1RA 4TU1A 4Z1DA 5I3FA 4OQVA 3M43A 4HNUA 1OF8A 3UNDA 3B8DA 4AWUA 4CQAA 4IUOA 1SSDA 3HJZA 3G24A 3FEMA 3C2VA 2DJLA 3O07A 4FNSA 3W1TA 4WQ6A 1UUOA 2A2IA 1YADA 1TPFA 1VYSX 1IIGA 1RZMA 5EPDA 4IGHA 3PWAA 4R34A 2B7OA 2X30A 4JTSA 5KZEA 4IMFA 1WDWA 3BG9A 3NOEA 3DFQA 3TQVA 5GVJA 4FNQA 1KM0A 1TREA 5C2XA 3S1XA 1CX9A 5LHEA 4RCXA 3MBFA 3W1XA 3TJLA 2R14A 1ME9A 5F4XA 4NJGA 1OFAA 4X22A 4ZQNA 1P4CA 4HNTA 3OA3A 4UTKA 4ML9A 1O94A 3WJYA 1DVJA 3TROA 1KLZA 3GLCA 3NQMA 4CQ9A 1KFLA 4M19A 3L5LA 1KA9F 1W5OA 1LYXA 4ADSA 2ISSA 1I4NA 2YW4A 2CLFA 1DQXA 4O12A 3ZR4A 2DU2A 1C9DA 2TRSA 5HULA 3KX6A 2FPYA 3MP4A 5LNSA 2QCLA 5CSRA 2AAMA 1TYGA 4X3ZA 1QPOA 4TO8A 3GXPA 2Y7FA 2QCNA 3CTLA 3KFTA 2PE4A 3B05A 4UTWA 2QCDB 4DPPA 5G2IA 3I7QA 3M16A 2W6RA 3EEGA 1OYBA 3HIJA 1H50A 3DKJA 3QQ0A 1W3IA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3P5YA

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