3P5YA

Crystal structure of the mutant t159a of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with inhibitor bmp
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
219
structure length
219
Chain Sequence
VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSARPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
publication title Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: a structure-based explanation for how the 5'-phosphate group activates the enzyme.
pubmed doi rcsb
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus 79
structure length 219
sequence length 219
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2010-10-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3p5yA00
1XBZA 5LGXA 3LHUA 4QIUA 2YX0A 3PR2A 2NWRA 3CQ0A 1L9WA 1MEIA 2V30A 3TROA 4D2JA 4WOQA 4WD0A 3HIJA 3VE9A 1X1ZA 2RFGA 3VFLA 2VOMA 3THQA 4A2SA 3SY5A 1JUKA 2B7PA 4CLMA 3BO9A 2QF7A 2C19A 1BWLA 1JR1A 1XKYA 1TPVA 3NDOA 4JYFA 1TPEA 1Z44A 2FPTA 3IV3A 2V5LA 5AYZA 1O5KA 4X2RA 1OK6A 1KM4A 5F2MA 4K8HA 3A21A 3SW6A 1B4EA 4PCFA 2PRMA 6ALDA 4N9BA 4MYAA 4CQ9A 1PV8A 1OFBA 1Q6OA 5C5YA 4HSOA 4XZ9A 3VI2A 5HWNA 1BWKA 1QNVA 3OA3A 3W2LA 1SZEA 1Z41A 1WOAA 1YDNA 2A7PA 3VE7A 4E38A 4GFSA 3TQVA 5AHLA 1FWWA 4OU1A 5FEWA 3W2NA 1FXQA 5F2IA 3RFAA 1TV5A 3IGUA 1IF2A 3QC3A 5HWJA 1TQXA 5AYYA 4PL2A 4HNVA 3U2OA 3PULA 3W2UA 2ZA3A 3W88A 1K7FA 1OX5A 2I1OA 3IIVA 4LUJA 2GUUA 1HL2A 1YTKA 3G0SA 1KFKA 1FCVA 2GPTA 2J27A 1D9EA 1OYAA 1H1ZA 2J24A 1QOQA 3LCIA 2D73A 4A2RA 1I2NA 5F1VA 2ZQ0A 3BG3A 3PG9A 4JTGA 4LC8A 1GT8A 3OIXA 3DKLA 3L0KA 4GUIA 5D32A 1W54A 2NV2A 1EP2A 3PC0A 4YL2A 3LBMA 1TPH1 4IMCA 3TK7A 2FIQA 2QUTA 5I3HA 4IQLA 4H4IA 3TJLA 4WOZA 5G4EA 2WPBA 3P8IA 2R91A 3LTSA 3TXVA 1O60A 3B8DA 1KM2A 1D3GA 3G1SA 5FI8A 4E0CA 1A53A 4E2DA 3GDRA 4AH7A 1KV5A 4WY0F 1O94A 3QFEA 3HF3A 3EX6A 3S5NA 2E68A 4XKYB 1JULA 2EPHA 3ELFA 3GXTA 4JX6A 5LNVA 3WJYA 5F2LA 5DXXA 1JCLA 2QDGA 3TMLA 5FF3A 3BLIA 3LXAA 1LZOA 2ZTJA 1DV7A 2QJGA 3W7QA 4WZHA 1EA0A 2ISVA 4NQ1A 3G3MA 4DF2A 3NQ8A 1WBJA 1LLZA 2A7RA 3DKJA 1HG3A 5CKSA 1KFCA 4LNYA 3UYCA 3M5YA 3E0IA 3LCWA 4PODA 3PG8A 2GVJA 4HIBA 1B4KA 1Y0EA 2Y88A 3CWOX 4ICNA 1SFLA 1TTQA 3FA5A 3KRUA 3O63A 4BI6A 1AG1O 3FYOA 4Z0SA 1J2WA 1PCWA 3O06A 4MJMA 1JCXA 1JCJA 2CLKA 5SWUA 1O5XA 3GXPA 3MP3A 4OE7A 4AHQA 3PAJA 3TJXA 4CNOA 5CPLA 1RD5A 4RV8A 4FNUA 3R89A 3W7PA 2BXVA 3DFPA 3C0JA 2H90A 1PHWA 4Z1BA 4A22A 1XUUA 1QDSA 4JDYA 4MKNA 3DFNA 2VFDA 3E96A 5U4NA 2VFFA 1LOSA 4KWWA 3LLDA 4GWEA 3S42A 1KLZA 3Q58A 3GKAA 3UXAA 4JTHA 2DORA 1S5VA 2H8ZA 3A5VA 3WJSA 5DBUA 3S9YA 5DY3A 1SSDA 2VC6A 4O17A 4N6FA 4WXZA 1BKSA 4Z1AA 2OMAA 1H62A 1GJPA 5A8GA 3GDTA 1I8JA 4MFDA 3GZ3A 4JEQA 4M5PA 3CEUA 3MI6A 3PUEA 3VNDA 3ZWTA 1W5QA 3CC1A 1H1YA 3NXFA 3W1RA 3PF3A 2EAWA 2QCDB 1J4EA 1VQTA 4LU0A 1FDZA 2Y63A 4BFAA 7TIMA 3W1UA 2C6QA 3FIGA 2CW6A 1XL9A 1G67A 2JGYA 4X22A 3DHDA 5HULA 3T55A 4P61A 4ZQRA 4BI7A 4WJEA 4ALDA 4UTLA 2Y62A 1IGSA 3M43A 2CLEA 1L6WA 3F1QA 1NAL1 3LXBA 4MYXA 4I9AA 4HKPA 3P80A 4R34A 4S1FA 3W72A 4O53A 2NLIA 4Q33A 1YTDA 2I14A 3EX1A 1XBYA 4FX7A 1W5PA 3MP4A 1GTHA 2NZLA 3TR2A 4HPXA 3O6DA 2QCNA 3BLFA 4UFJA 1G6CA 4ADTA 3BW2A 3SI9A 4RJEA 3L5MA 4O28A 3THAA 3UPWA 3OG3A 4IMEA 4FNPA 1K8ZA 3W7NA 4JTUA 4N6EA 2ZCGA 3TCEA 3GDLA 2E5BA 2VFGA 5K9CA 4Y90A 1ICQA 3NQCA 3I6RA 4NU7A 2IQTA 5AC6A 3LB0A 4KKXA 2Y7FA 4CCEA 4ONVA 4RZ6A 1F7BA 4IWWA 5D33A 3A23A 2GOUA 4O13A 5K9XA 3QSTA 4LW7A 2DZVA 2QAFA 5CSRA 5D03A 3W7LA 1VHCA 3G22A 2CLLA 4ZQMA 4MFEA 2E77A 2NX9A 4TU1A 5E93A 3HPXA 4LS1A 4XQ6A 4UMBA 3JS3A 1UUMA 1SR9A 3I7QA 1QPQA 4NJKA 3Q94A 1AL7A 5C55A 2YXGA 1OX6A 4A29A 4KFNA 3W87A 4EWND 3BG5A 2A6NA 5G1TA 3HGRA 3IVSA 3GX9A 3LM7A 3E49A 3ATYA 3W2JA 1X1OA 3W75A 3FJLA 3DFSA 1ME9A 2AGKA 4BWLA 2W0UA 4GE8A 2Y6ZA 1OFDA 3KVLA 1XFBA 5FF0A 4LS0A 1G4PA 1X7FA 1LP6A 4JGDA 4FXSA 5F2GA 2Z2UA 4IMDA 2GQ8A 3MMTA 2OT0A 2RHGA 2NX1A 3EXSA 3FKKA 4MUZA 3BGGA 5AN7A 2BLEA 3P74A 2LLEA 4QNEA 5LNWA 3W74A 1F76A 5EA9A 4Y9AA 3W70A 2A85A 3MW7A 5KZMA 1OX4A 1H50A 1A5AA 1I45A 4CNNA 1TPB1 2Z0IA 1PL9A 1FWRA 1KFBA 5EL1A 1XUZA 1TJRA 3L5LA 3SFKA 3ZWSA 3CM4A 3AJXA 2RDUA 3HOJA 4JXCA 2ZZ5A 3A9IA 6TIMA 1P5BA 3W7GA 4GRSA 4GUHA 3IEBA 4H6KA 5HJLA 1P4CA 3NAVA 2GQAA 1DOSA 1UUOA 3QPZA 3OVQA 1I4NA 3T78A 2Z1BA 4AHOA 4R7JA 4E2BA 4UTMA 3NNTA 3LCGA 2BSLA 2B0MA 3DBPA 1LLWA 2PRLA 4K8EA 1KW1A 2FLIA 1Z48A 3QMRA 3C56A 1FWNA 3RU6A 3BV4A 2WNQA 1SUXA 2W79A 3EX2A 3QW3A 4FIQA 4IOTA 5D09A 3HG2A 1TJPA 2VFEA 1ML1A 1DJQA 1P0KA 5L6UA 1KA9F 3M9YA 2EHHA 3P60A 1KM3A 1B3OA 2JKPA 2EKCA 2PE4A 4UFKA 3LI1A 1M6JA 5D2VA 1YTEA 2YDAA 4LC6A 1MEHA 4GXMA 5U7SA 5BMXA 2HS8A 2ZRUA 3ABOA 3S1VA 1JQXA 4U4MA 1TV7A 4TMBA 1Q45A 4A21A 1RQBA 4ML9A 4JTSA 4UFIA 2GJNA 3DFOA 3DI0A 5EKYA 2Y7DA 4FHAA 5LKYA 3C2OA 3GXNA 4JTLA 3EWXA 4O16A 3W2MA 1GWJA 1LORA 4JY8A 4N2YA 4DO6A 5MHBA 2UV8G 4LVFA 3H54A 4IPJA 4W9TA 3NR0A 3UWQA 4P2VA 3OHIA 3I65A 5AHEA 3LX9A 4HNTA 2ATSA 3M5XA 3A5FA 4AEOA 3TA6A 1I2QA 5TQLA 1ONRA 4OWGA 1SO6A 1R2RA 1M7PA 3ZR4A 4RXGA 4JIQA 1LRTA 5HR6A 3W85A 3KVMA 2C13A 1JUEA 4NNBA 4UFLA 3DFTA 1SQ7A 5AHNA 1I2RA 2YW4A 2JBMA 3PB0A 4ORMA 1ZCOA 1ZAJA 3AO0A 2DZWA 3NQEA 2ZYFA 2X16A 3W83A 1SO4A 2TMDA 4DEFA 3OBKA 5HINA 3NG3A 3SJ3A 4O52A 1U83A 5D02A 2FQIA 2BZNA 1XDMA 1TPDA 4NZJA 3GLCA 1NSJA 4Y96A 3C2FA 2WV8A 3N14A 2X1RA 5TIMA 3BW4A 3MYOA 3NVTA 3LHTA 2PC4A 4O0KA 1OFPA 3M16A 3W7CA 4LTSA 4OGZA 2ABBA 4JYDA 3L65A 3QEZA 4FNTA 4LVAA 2Y85A 4HNNA 4LUIA 3HGJA 5D38A 4Z0JA 4X3ZA 2B7NA 2G97A 1LTDA 3S1UA 5HR7A 5BOOA 1H7PA 3TQKA 4AF0A 1PE1A 2J9XA 1LCOA 1OYBA 3S5YA 4O15A 2EF9A 1WA3A 2E6FA 1J5TA 1EUNA 2G96A 3S1WA 4FX8A 3G1XA 2NXIA 4UFHA 3HB9A 4AVFA 2VEPA 2FPVA 3MHFA 2YPIA 3L5AA 3W9ZA 3QMTA 1YPIA 3HGSA 4ADUA 3ABQA 4RK8A 4JYEA 3FS2A 3NL3A 1LBMA 2YGYA 3MYPA 3LRMA 2H3DA 1QCWA 4NJHA 1RZMA 3G3DA 2B7OA 1W5NA 4OHQA 5I3FA 1H7WA 3IVTA 3M47A 1KTCA 3TH6A 3HG3A 3N9RA 4XTDA 2ZTKA 3OVPA 1HTIA 3FOKA 1JCNA 1EIXA 3W73A 4QITA 3DAQA 3MBFA 3PVFA 1JJKA 1LROA 2Q3RA 3W23A 3L67A 1S5TA 3IVUA 3O1NA 3WK0A 3DH7A 4PEKA 4NX5A 4K37A 4MJZA 3W7IA 4IMFA 2QAPA 3STCA 3W7HA 3TAKA 3LLFA 2V2CA 5AYXA 4A3UA 2C1HA 3K30A 2C3ZA 4WXYA 1OABA 1ZY9A 5CZ0A 3C2RA 1X8FA 3WJWA 1OJXA 2GVGA 3LI0A 2XN0A 1VH7A 4FF7A 4NXSA 3S8HA 5CZJA 5CSSA 3L9CA 2WNNA 3HBLA 4K7VA 4LS2A 3PSWA 4UIOA 3W7RA 1T8XA 2NWSA 3PBWA 3W22A 3VCRA 3EWUA 4UMAA 4GBUA 4ZQCA 5AOUA 3H53A 5HUPA 2Z6IA 1RR2A 1W5MA 3R5EA 3B4UA 5C6MA 1MSSA 3KFTA 4QNWA 4Q32A 5CPNA 4O1DA 1SO5A 2HMCA 3DZ1A 5LHFA 1OYCA 4AXKA 3TW6A 5GVJA 5C54A 3SSJA 1FWTA 5K7JA 1IIGA 2QCCA 3O15A 4QAIA 2I9EA 1W5OA 3L2IA 2BWGA 5H91A 1AW1A 3WK1A 1OFOA 4M19A 4QISA 1UB3A 4N4PA 3MBDA 4WY0A 2E6YA 3C2VA 3W7OA 4PFMA 3LHZA 1HO4A 4WX2A 1LOQA 1E51A 1H7OA 2FPYA 8TIMA 3BW3A 1FDJA 3CTLA 4O1AA 3I7SA 3DENA 5K2ZA 2A6LA 1EX5A 3JRKA 4R53A 1UJPA 2X1UA 3HO8A 2TRSA 3EWBX 3CT7A 2CWNA 4ZMGA 3MI3A 4MVAA 3G1HA 2X30A 1AL8A 2DZTA 3QM3A 4AHPA 3LRKA 2VXNA 3TC7A 4FNQA 5G2HA 4ZQOA 1I2OA 4O10A 2PURA 1H51A 4NVTA 2VEIA 1LBFA 4Z08A 3BG9A 4K39A 2QCGA 4DO4A 1K7XA 4OQVA 3STEA 3G1AA 4LV9A 3E9AA 1PHQA 3UWYA 3W1QA 2C16A 4XUGA 2C14A 2CFFA 5D37A 3KXQA 2ZZ6A 5AC7A 3UZJA 5E1QA 1WXJA 2VENA 3ZFHA 3TKFA 1NVMA 2F7FA 2JGQA 3DHFA 3P7YA 5F4SA 3UWVA 4CNPA 3M1ZA 5LNSA 3GKFA 3RLUA 3Q2DA 1WV2A 3TX9A 2A5HA 4N9CA 3NM1A 2QCHA 1F5ZA 1PVNA 3OEXA 4IXHA 1HFBA 3MHGA 5G4WA 4FNSA 3MI2A 4HT3A 2E6AA 5F1UA 3UNDA 3QSRA 3LCLA 4UTKA 4ZQNA 5EYWA 3NOEA 2X1SA 1DHPA 1MZHA 3TUUA 3CEPA 5C2XA 1YPFA 1THFD 2R14A 1Q6RA 4ZVJA 5TBOA 3VKJA 3TIMA 1VRDA 1H7XA 3NQ2A 2ZBTA 3M7WA 2DU2A 2DP3A 3EX4A 3TDFA 1JUBA 1I2PA 1SPQA 3LTYA 1K3UA 2J6XA 3R12A 4YCPA 5A5WA 1G7UA 4O12A 3M0ZA 3F4NA 1KM5A 4PTNA 1W8SA 5G2IA 5BRBA 1EB3A 3YPIA 4K6AA 3NA8A 4AMAA 4L4LA 3PY2A 4QQ3A 1V5XA 4MPQA 5FESA 5I3JA 5CZSA 4UFMA 1FBAA 4DO5A 1TQJA 2CLHA 4MY9A 2YFOA 2ZFAA 2G5WA 1RQEA 1FCQA 2VKZG 3LGEA 2AQWA 4GUFA 3TAOA 2NUYA 3FJ6A 3L66A 3TV8A 2ABAA 2VEMA 5CG7A 1CX9A 3HGOA 2Y7EA 5G2WA 3NQ6A 2DZSA 3TFCA 3W84A 1YADA 3LHYA 3N73A 3N2MA 3W76A 4FXRA 2NV1A 1CI1A 2CZFA 1DORA 3R13A 2C18A 3NPWA 5CPOA 1QO5A 1OFEA 4DF1A 2CZDA 4RXFA 2CLMA 1T0OA 1F74A 3C6CA 3GNDA 3INPA 3KVKA 2QCEA 3DU0A 4CCDA 1OF6A 4MZ8A 4FX6M 3P5ZA 5EY5A 2HS6A 1VS1A 1OFRA 1R2SA 5DLCA 4O19A 3HJZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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