3P5ZA

Crystal structure of the mutant t159s of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with inhibitor bmp
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
220
structure length
220
Chain Sequence
DVMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSSRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: a structure-based explanation for how the 5'-phosphate group activates the enzyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-monophosphate decarboxylase
molecule tags Lyase
source organism Methanobacterium thermoautotrophicum
total genus 87
structure length 220
sequence length 220
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2010-10-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3p5zA00
3LLFA 3IIZA 2VFEA 5HJLA 1FCUA 2C19A 3QW3A 4I7WA 1DVJA 3GAKA 2NX1A 1KLYA 3NM1A 1G4PA 3E49A 4GUFA 3N9SA 3HGJA 3GYEA 5K4ZA 2ABBA 2CLOA 3GDLA 3MI2A 1AW2A 1F6KA 2V2DA 1VLWA 4DPQA 3PBUA 1B57A 4ZVJA 3W22A 3DI1A 1FWNA 3DFOA 3W7RA 4X22A 2WV8A 3ABRA 3W7KA 5DXXA 2Y63A 2X2GA 5EY5A 1A5CA 2NV2A 4UMCA 4ZZ9A 1QPOA 3HPZA 2Q3OA 1RR2A 1MZHA 3KAOA 3TQKA 5F2MA 1GYLA 3QEZA 1FBAA 2Q8ZA 3OEXA 2OMAA 4N6FA 1XM3A 3TAOA 3W88A 1A53A 1YYAA 3MUXA 3O6DA 3TXZA 3LTYA 4BR1A 5K2ZA 3TU9A 1KBJA 5DCDA 3HG3A 3SECA 3DZ1A 4YWIA 5FF0A 3CIXA 3R12A 1JCXA 1QDSA 4O50A 3W1NA 3IRDA 1OG0A 4K7YA 5DLCA 3LTPA 3ZWSA 1F05A 2B7PA 3D0CA 3E12A 1SFLA 3KVJA 4JGDA 1CX9A 2TMDA 4MVAA 1NSJA 3OVQA 5KITA 2EF9A 3OVRA 4ZL1A 5F1VA 3ZFHA 4I9AA 1RQBA 5CPNA 5G2WA 4N9CA 5FEWA 1QWGA 1PL9A 1F73A 2H3DA 3TX9A 3C52A 1D9EA 4LVDA 1Y0EA 1W1ZA 5AHEA 4LOCA 3W73A 1R30A 1GT8A 3TSBA 3HF3A 5FI8A 1QR7A 1FWWA 5F2IA 4KFPA 1KV5A 3BV4A 2A1YA 4Y8FA 1FCQA 1ICQA 1IGSA 3CT7A 4HKPA 3E9AA 5IBXC 4IUOA 3A23A 4QJ1A 3HB9A 3VI2A 4Y96A 2GOUA 1PVNA 3BLFA 4E2DA 1J5TA 4FB7A 3GXNA 4L4LA 1WOAA 4WXYA 4JX4A 3DGRA 3WJYA 4AWUA 3NQGA 2B7NA 2Y6ZA 2Z1BA 2J9YA 3UY8A 1LDCA 4CNOA 5MHBA 2WNZA 1LLWA 1IXNA 1KM5A 3P62A 3USBA 3IGUA 1ME8A 2H8XA 2RHGA 1MO0A 3TW7A 3FOKA 2WKJA 4FHAA 1LM1A 4YL2A 4W9TA 3GR8A 3ABQA 5EA9A 3N2MA 1VQTA 4JIPA 1RPXA 3CEUA 3TJLA 2X30A 3TXVA 1OFDA 4LC8A 4MY1A 3H54A 4LWWA 2QCLA 3U6WA 1KFBA 3UWYA 2ZRZA 2ZZ5A 3IIOA 3E96A 5D37A 3W1LA 1W5NA 4O15A 4AHQA 4LNYA 1LOSA 3W7NA 1OFPA 1JRCA 3MHGA 4UR8A 3W72A 3EKLA 1XDLA 1TPC1 3OBKA 4A2RA 2JGQA 3C3NA 3EXRA 1YDVA 2ZFAA 3QRHA 3TQVA 3TC7A 4EF8A 5A5WA 4PCFA 3Q37A 4Y6GA 3QF0A 5AFDA 2R8WA 4MLRA 1I4NA 3N73A 4A3UA 1LRQA 3G1XA 2G96A 1KFKA 5LNVA 4WY0A 3CPRA 3W86A 4ZQPA 1YLVA 4BWLA 2CLLA 3WK3A 2WPBA 2WSYA 3UZ5A 2Y7DA 2EHHA 1IXOA 4MZYA 3NYZA 4NZJA 3B4UA 1OVDA 2WJZA 1EP1A 1W3IA 3A5FA 1TTQA 2H3BA 4X3ZA 1VC4A 1ZY9A 3UXAA 4LVFA 3KXQA 2O7QA 2JKPA 4FNQA 3N34A 4U28A 1EX5A 4K8HA 2ISWA 3PAJA 2KZHA 3B03A 4TU1A 2WOQA 1UBSA 4B5NA 1VHNA 3NPXA 4FNSA 1TRIA 3S5YA 1OABA 3DFNA 3QSRA 4HNVA 5FF2A 2CZ5A 4AHPA 3TMQA 1OFEA 3G8RA 3T55A 1W3TA 3T40A 3INPA 4E0CA 3G8EA 4JTJA 4NJIA 1G7VA 1XBVA 4HNTA 1ONRA 3W7OA 2NXHA 3T4CA 1H7WA 2X1SA 3DHFA 1TV5A 5G2HA 2GJLA 3L0GA 2JK2A 4R34A 2Q3RA 5I3HA 3C61A 3P82A 1SZNA 3MJYA 3TDFA 4C1LA 3L0KA 3MBFA 4IMGA 3S5ZA 4GFSA 5LGZA 2JKEA 2LLEA 5C6MA 3F03K 2FJKA 1G6CA 1ZAHA 3JRKA 1PS9A 3S42A 1KM4A 5KSWA 5DXYA 4ML9A 1F6PA 1GPWA 4MY8A 2VXNA 3G3MA 5U7SA 2EPHA 4HNUA 4NUWA 5L9FA 3LXCA 3OG3A 2OX1A 3DAQA 3STGA 1JULA 1K7EA 4FO4A 1B9BA 4UTWA 2QCMA 1ICSA 1GTEA 4UIOA 1EUAA 1JCJA 2DZTA 4GRSA 4OV9A 4HN4A 2E6DA 1ME9A 4M6QA 2Y70A 3IGXA 3L5MA 4TO8A 3M41A 1SO3A 4K38A 1SFJA 5DY2A 1GWJA 3G22A 3NGJA 1K8ZA 3EX3A 5LNWA 3STCA 1TPWA 2J9XA 4JTIA 2GVGA 4FEZA 1W0MA 5KTLA 4LV9A 1UCWA 2PCQA 1F74A 3FYPA 4JNMA 4BWLC 1GVOA 3PWAA 4XTIA 3SJ3A 4BI7A 2DJXA 3LCIA 3LBCA 4JTGA 1G69A 3WK1A 3LV6A 3GDRA 4O11A 2Y61A 3TAKA 4ORMA 3CQ0A 3EWBX 3M5VA 1TYGA 2HTMA 5D2XA 2ZCGA 4AEOA 5F2LA 2ZYFA 3M7WA 3BGJA 3R89A 3B0UX 2QKFA 2VEIA 3M1ZA 3EX1A 4N4PA 3WJXA 4LTSA 3MI3A 2RFGA 4PODA 4M6PA 1LROA 3L67A 4RLIA 3TJXA 3MP4A 3IIVA 5HMSA 3MHFA 5BMWA 3PR2A 1DOSA 3G0XA 1ZAIA 6TIMA 1TPH1 3NQDA 1W5QA 1T99A 4NT0A 2J9ZA 3CWNA 3MO7A 3W1AA 3EWZA 1X1ZA 5AC8A 4UMAA 4MJMA 4O4VA 5G4WA 4N9DA 1QMLA 3GDTA 3LOTA 3B8DA 4IX0A 5D33A 2DZPA 3GNDA 2ZZ6A 1UASA 4IGHA 1OFQA 3WJWA 2A85A 4YCOA 4UFMA 2Y85A 4A22A 3HGSA 5HWJA 3LTSA 3GK0A 1GG1A 3C2OA 4GE8A 4IPJA 3IEBA 5F4XA 5AC7A 7TIMA 1H50A 3E02A 2PRHA 3OHIA 4NNCA 3N14A 1VRDA 1P0KA 1TO3A 1TSIA 1ZFJA 2ISSA 4PH6A 4I7UA 1GVSA 4XWUA 1L2UA 3MHUA 4JTTA 4WY0F 2YDAA 3NOEA 4MKNA 2V2CA 3QH2A 5CZTA 3LM7A 4UC5A 3LHZA 4UTWC 4GUGA 2PRLA 4E38A 3O6YX 3NL2A 2GUUA 1L6SA 1OX4A 1H7PA 3QQ0A 4MYAA 3STEA 4UFKA 3NQVA 1DBTA 3W75A 1I2NA 1I2PA 1Q6RA 3L0NA 3L66A 2QEZA 1QNVA 4DEFA 3HGRA 4CNPA 4LS0A 2J6XA 3KFTA 3Q94A 1VYRA 5KZMA 2YR1A 3S1UA 1JCMP 1W8SA 1GZGA 5LNRA 3BW4A 1ZJIA 3MP5A 5CZ0A 4M6VA 2ZA3A 4ADUA 4MY9A 4RZ4A 4WY0B 3UZJA 4I7VA 4CCDA 2XN0A 3SR7A 2YPIA 3W70A 1ML1A 3LI1A 3VCRA 3N3MA 4PC8A 1D3HA 1X1OA 4RZ6A 3QMTA 4RXGA 2PURA 2RH9A 4LRTA 3GXPA 2Y7GA 1EEPA 2O7SA 4Q32A 1TTPA 1EUNA 3CHVA 3LI0A 3W7IA 3BW3A 2PE4A 4OV4A 5FEZA 1GOXA 3G1SA 4WUIA 1SO6A 3VKJA 4UTUA 3TFXA 2NX3A 3LRLA 4UFHA 4UR7A 2TSYA 2TPSA 2VEKA 3LRMA 5EBUA 1EWDA 3KX6A 3RU6A 4LV4A 2V5LA 1LBMA 4MUZA 3EX6A 4AWSA 3LBMA 3U2OA 3HIJA 3H55A 2X1TA 4GWEA 3FFSA 1O5XA 4NXKA 5G4EA 3B05A 4ORIA 2FPVA 4QIUA 1P5BA 1YADA 1L9WA 2ZQ0A 3M16A 4AF0B 1FWSA 1VYPX 2E5DA 4NJHA 2E6YA 1PCWA 3M44A 1MEHA 3W83A 3IV3A 2ISVA 2GJNA 1LRTA 3C2RA 1H51A 3P5ZA 1QO2A 2FB3A 3W1PA 2QJHA 1XBXA 4Y9AA 4K7VA 2ZRWA 1FDJA 5D04C 3UPBA 4DXVA 1XDMA 3HG2A 1KTBA 1PHWA 4NJKA 1J2WA 1LTDA 3LHTA 1H1YA 1MXSA 1YTEA 1SZFA 3NO5A 4UTIA 2Y88A 1K8YA 3CTLA 2DZVA 5LKYA 1JJKA 1FUYA 5G1YA 1XI3A 2TRSA 3R2GA 2YYTA 1R2RA 3LXAA 2ZRUA 1E51A 3I7SA 1T96A 3CLMA 1XXXA 1VZWA 2RDTA 4N9BA 3EX4A 5LNUA 5L6UA 3GXTA 5KZDA 3FJLA 3S5OA 1DV7A 3P74A 1CW2A 1SW3A 1J4EA 4AWTA 3T78A 1K02A 1K03A 4HT3A 1DJQA 5D38A 2NV1A 3N19B 2VEPA 3W84A 3TCEA 1FDYA 1S5WA 1QPRA 2QAPA 2E6FA 5FESA 1S5VA 4JYFA 3P61A 4GUJA 4O16A 4KFNA 4GBUA 2IQTA 1FWTA 2C6QA 5H91A 3HO8A 1W54A 5G1TA 3ABSA 3HPXA 3W2KA 5D2TA 4BI5A 3EWUA 4O52A 1LRNA 4IXHA 2ATMA 4HSOA 3CIWA 3WK2A 5F1UA 1K8XA 1H7NA 2DORA 1H1ZA 3NVTA 1O95A 3W7MA 1OYBA 2HS6A 3VE7A 3R13A 1VS1A 5TQLA 3ATZA 1TB3A 1RZMA 2NLIA 4IMFA 5K3VA 1X7FA 2DP3A 2CLHA 3N9RA 4FNRA 1B3OA 3PVFA 3L5AA 5BRBA 3W76A 4XBSA 1M5WA 3TSDA 3ZS4A 1NAL1 4M7SA 4ZQNA 3DBPA 2XN2A 5HUOA 1GVFA 2QJGA 1WBHA 4DF2A 4C1KA 2ZDRA 2AAMA 4UTHA 3M5XA 5IM51 3JR2A 4RR4A 5J5DA 3YPIA 5AHFA 3L65A 1BKSA 4GC4A 4NJJA 4CNNA 1A5AA 3GLCA 4H6KA 1R2SA 4QNWA 5CKSA 1H60A 4LS2A 4JXCA 5BMXA 1BTMA 1QO5A 3O63A 3O06A 3QM3A 3AO0A 1EPXA 1NVMA 2YW3A 4K39A 4WZHA 5G5IA 3LERA 2JBMA 1SZEA 3EWYA 1A5BA 1WAUA 4XTDA 3PG8A 4ALDA 3GR7A 4AXKA 2RDUA 3F4WA 4FIQA 3S5NA 4WJEA 4MFEA 4DF1A 4M7TA 2CZFA 3WK0A 1X6UA 3HJZA 1M7OA 2WNNA 3P5YA 4FX7A 1OX4B 1LBFA 3P8JA 3W2UA 4UTMA 1TPUA 3S0CA 5H2ZA 3BGGA 4DBDA 3KVLA 1FX6A 4ZQCA 5ABTA 3T7VA 4OU1A 4O17A 1W31A 4PL1A 3SGZA 5K7JA 2BLEA 3CU2A 3W9ZA 1TREA 5D2YA 4JTUA 2QF7A 1UUOA 3S1XA 1OFAA 4X9SA 4Y90A 4NZFA 4KFOA 3TUUA 3PC0A 3QYQA 4FXRA 3DH7A 2F84A 1JR1A 3BK0A 1P1XA 1OHLA 2B4GA 1JRBA 4N6EA 5HQEA 4FNPA 3PBWA 5HINA 2CLMA 2XFWA 3PY2A 1H7OA 5EKYA 3SW6A 1G7UA 1H61A 1YDNA 4O57A 4PTNA 4AF0A 1PCKA 4LC6A 3UQNA 4HSNA 4GJ1A 3EX2A 2ZRVA 4D2JA 4JEQA 1KFLA 2Y7FA 1BWKA 2QCCA 3L68A 4NU7A 4K37A 5HR7A 4H4IA 1KFEA 5DN1A 4DO6A 1GJPA 3NQ7A 1VCVA 3DXIA 1O4UA 3RLVA 1OYAA 1LORA 1NF7A 4WX2A 2W6RA 1Q3NA 3GVGA 3UWWA 1G67A 1JUKA 3RNDA 2QCHA 3A21A 4KKXA 2VKZG 3L9CA 1KM0A 4Z1AA 4LVAA 4LU0A 1YXCA 4FIRA 1SO5A 1W5PA 1DKWA 5HUPA 2ZZ1A 1ZHAA 4DO4A 5C2XA 1WQ5A 1T0OA 1SUXA 4YXGA 2PRMA 4O12A 4MYXA 3FJ6A 3GX9A 4M19A 3W2JA 3BG3A 2V5BA 2VFFA 4UMBA 5C54A 3IIXA 2E77A 2Z0IA 2QJIA 2A6LA 1YPFA 3V75A 5AHLA 4UFJA 5LHFA 3PULA 3WJZA 2ZBTA 4DELA 3S1VA 4JICA 4CCCA 2CLIA 1HL2A 3EWWA 1LCOA 1XUZA 1HFBA 2NXGA 4JY9A 4R7JA 4ICNA 3NR0A 1TJPA 5DCEA 2Z2UA 4O19A 3BO9A 5LZLA 2Z6JA 2QCGA 4MJZA 1KA9F 2BX7A 2EGZA 4FNTA 2QUVA 5D02A 3QSTA 3DFSA 3P67A 2QR6A 3ZWTA 3FKRA 5D05A 3B0PA 5U4NA 3KRZA 4JS3A 3FEMA 4M5PA 1YXDA 1OF8A 2E68A 4NVTA 5FF7A 1KLZA 2JKAA 5AYYA 4LT9A 2B7QA 2GQAA 2V30A 3W1MA 1TPEA 3DKLA 1IF2A 1N7KA 4OHQA 4JTKA 1XFBA 3LDVA 5D2VA 1WA3A 3TE9A 2W0UA 3SSJA 5HNRA 5D32A 3I7QA 2NZLA 4NJGA 5I3JA 3W7QA 1FCVA 4QSHA 5BW6A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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