3P5ZA

Crystal structure of the mutant t159s of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with inhibitor bmp
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
220
structure length
220
Chain Sequence
DVMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSSRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Orotidine 5'-monophosphate decarboxylase
publication title Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: a structure-based explanation for how the 5'-phosphate group activates the enzyme.
pubmed doi rcsb
source organism Methanobacterium thermoautotrophicum
total genus 87
structure length 220
sequence length 220
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2010-10-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3p5zA00
2Q3OA 1KM3A 5KZDA 5FEXA 3TFXA 3LTYA 1WOAA 2PRMA 4NXKA 5D05A 2ZDRA 1UASA 1W56A 1VC4A 3FYPA 3UWWA 2DJXA 4GBUA 1QPQA 2EAWA 3N2XA 1Q45A 4KKXA 2EGZA 3IV3A 3G1AA 5K9CA 5IBXC 1OK4A 2OMAA 3UWUA 4AAJA 4UMCA 4FXRA 3N19B 1O4UA 3NVTA 5FF0A 3EWUA 2GQAA 3ABOA 3FA5A 2X30A 4JTTA 5F2MA 2VFFA 3HGOA 1RR2A 3M5ZA 5MHBA 1OYAA 4MKNA 1DHPA 1LROA 5D37A 3E0IA 4JX6A 3KOFA 3BLFA 4YCPA 1VHCA 4CCDA 2BXVA 3I6RA 1ZCOA 3P5YA 2C13A 5EA9A 4TU1A 4Y90A 1OFAA 4UTJA 2VKZG 3PBUA 1FWNA 1EIXA 1AL8A 4DO4A 3UZ5A 3UQNA 3RK8A 3L65A 1GWJA 1WBHA 3OHIA 1DBTA 3N14A 3FJLA 4MY8A 2ZCGA 2E6AA 2PURA 5HR7A 2C15A 5CKSA 5DY3A 4IPIA 2AQWA 2E6DA 3W7HA 2HMCA 3PVFA 1FBAA 1SSGA 2H3BA 2G5WA 3FYOA 4R7JA 5CZJA 3E96A 2YDAA 5L9FA 1W5PA 2QEZA 3PBVA 1KV8A 3W7KA 4UTUA 1QO5A 3GZ3A 4JTKA 3BLIA 3BG9A 2Y88A 3G1XA 3W86A 1W31A 2CLFA 2V82A 2ZRXA 5I3FA 2G95A 2HS8A 1KFEA 1P4CA 3O6YX 3NDOA 1OX5A 4C1LA 4NU7A 3RMJA 4AHPA 1BWLA 3NQ8A 1WYIA 5KINA 1W5QA 1WA3A 4OGZA 2ISVA 2JGQA 3TXVA 3TW7A 2WO5A 4GUIA 2QCNA 4WX2A 5HWNA 3EX6A 5K3VA 4A3UA 1LBFA 5SWUA 1DKWA 2TYSA 2YXGA 4IOTA 3MP5A 2O7SA 3B0VC 4FF7A 2J6XA 3EB2A 1VLWA 3OVPA 4N9EA 3R2GA 1FCQA 3EX2A 3PUDA 4IGHA 1B57A 3SFKA 3W85A 2A2IA 3CC1A 3W70A 4KFNA 4LVAA 1ICSA 2G97A 1KLYA 4LRSA 3NZ1A 5K2ZA 2WNNA 3NAVA 3QQ1A 3WJWA 2V8ZA 3FLUA 2RHGA 2Z6IA 4UMAA 2A6NA 3W7RA 4TR9A 3PB0A 3MI6A 3NEVA 1LOSA 2EPHA 2RKXA 5J5RA 3HPSA 3LOTA 2VEKA 2Z0IA 3TMLA 1B4EA 3G3DA 3M5YA 2E77A 2QR6A 2Z2UA 2ZA1A 1EB3A 1FWTA 1NVMA 1X1ZA 3OEXA 4GC4A 4JNMA 4RLIA 3F4WA 3MYOA 4FO4A 3WJSA 1HO1A 1TSIA 3P62A 5AHNA 4Z1DA 4O1AA 4UTTC 5D33A 1XBXA 4LV4A 3FIGA 3DHDA 3EXRA 3O05A 1KFJA 4N9CA 3QF0A 1H7OA 1GVOA 4HSNA 3RLVA 3R13A 2C1HA 4B5NA 5LZLA 3NR0A 3ANYA 5DLCA 3DU0A 2VFGA 4BK9A 1VPXA 1FQ0A 1PHWA 3TXZA 1VHNA 1MSSA 4NNAA 3MUXA 1LM1A 1ONRA 2I1OA 3LHWA 1ZAHA 3W1NA 1EP1A 4M5PA 3UWYA 4YLWA 3PM6A 1JQVA 3NL6A 3W7LA 3BGGA 1YDNA 4RXFA 3BLEA 5LHFA 4FX7A 3TCEA 1CX9A 3HJZA 1O95A 3G24A 3LI0A 1PCKA 3SIZA 1H50A 3KRUA 2QJHA 3TK7A 4Q32A 3EX4A 5CZSA 3NQ2A 4O16A 1NF0A 3IIVA 1GYLA 4LS2A 1X8FA 3GXTA 2I14A 1OFQA 3S5NA 4A22A 1OFEA 3W71A 1RVGA 2Y7GA 1TV5A 3LCLA 3W1TA 5G2IA 2OCZA 4NNCA 2VENA 3NL5A 1MO0A 3R5EA 4DBDA 2QAFA 4YXGA 1FWRA 5J5DA 5IM51 1XBYA 3M6YA 4ADUA 4M6PA 3SGZA 1F6KA 5CSRA 4QSHA 1QWGA 1AW2A 3H55A 3PB2A 5FESA 3O6DA 4HNVA 3LGEA 2EHHA 3WFAA 1FCUA 3MJYA 3M5VA 3NYZA 4O53A 3HMJG 4FNPA 3TUUA 3BGJA 3SI9A 3N2MA 3C2OA 3P5ZA 2X16A 1FUYA 3NQ6A 2FTPA 2ZRUA 3L21A 3HGSA 5C6MA 3SR7A 2VC6A 1SZGA 4Z1CA 3EWXA 2J24A 2Y85A 2H8ZA 3LCWA 4AWTA 4UTWC 1B3OA 4NJGA 3PF3A 1TJPA 3B05A 3DZ1A 3UWZA 3IIPA 2ABAA 4WJEA 3TJXA 2H90A 3D0CA 1Y0EA 3C4UA 3BVJA 3P80A 3LHUA 3N9SA 1D9EA 1FDYA 1EEPA 3MI3A 1PE1A 1TTQA 5CSSA 1EP3A 1JCNA 1TPFA 4DXVA 2G96A 1OG0A 4HN4A 3MBFA 1GTHA 4ZL1A 1ME8A 5LNSA 3NO5A 3BG3A 4QNEA 3SSJA 3GR8A 3FJ6A 3GDTA 1O5KA 4O54A 4WXYA 6ALDA 1VYSX 3RF9A 5LNRA 1G7UA 1ZHAA 1G4EA 1H1YA 4GUFA 4NUWA 3UY7A 3QC3A 1KLZA 3LCGA 3TV8A 3QPZA 1LBMA 3PG8A 1IXOA 1Q6RA 2YZRA 4M7SA 3NXFA 4IMFA 4JTEA 4ADTA 1QO2A 1WOBA 2PE4A 4UNLA 3HIJA 3TW6A 3W1LA 1QFEA 1K7EA 3OVQA 4MOZA 4DEFA 5F2LA 4Z0JA 2JGYA 4ZQOA 3GVGA 1OJXA 2WNQA 5G2HA 3ABQA 4S1FA 1K03A 3AO0A 2VFDA 3G22A 4UR8A 3UD6A 3S1VA 3H54A 5ABTA 3STCA 4UFLA 1R2SA 2ZZ3A 1GT8A 3RFAA 4FNUA 2A0NA 1XDLA 3B8DA 3W7OA 3T44A 1YLVA 3P7YA 3EWWA 4I9AA 2Q8ZA 2IQTA 5BNKA 4RX0A 5K4ZA 4OWGA 4IPJA 2ABBA 3W7GA 4O57A 1R30A 1K7FA 1RQHA 1F05A 1PV8A 2WOQA 3LBMA 4KWWA 1KA9F 2BLEA 4N9DA 5H2ZA 3A9IA 1KM4A 1AMKA 2B4GA 1TPVA 4JTSA 5AFDA 5BMXA 4HNTA 1F7BA 3QW3A 3S5YA 3WJYA 2ZRZA 3CHVA 4O1CA 4JICA 3HQ1A 5C54A 2OJPA 3U2OA 4UTIA 2X2GA 1VQTA 1DV7A 4FXSA 4JXCA 3GKFA 3LCXA 1H60A 1OYBA 2FFCA 3C2FA 1UUMA 4N2YA 3E49A 3DGRA 3GYEA 2CLIA 3IGUA 3S1XA 3C56A 3LB0A 4JDYA 4X22A 3K30A 3VI2A 1RV8A 1OF6A 4N6EA 3G8RA 4DF1A 3PC0A 2E5BA 1VGAA 4ZMGA 3C52A 3DKLA 1T96A 1TQJA 3C2EA 4QITA 3THQA 3UWQA 1J2WA 3P81A 4E38A 1ZNNA 3M44A 5FI8A 1L6SA 5D02A 2YGYA 4K37A 1K3UA 1GVQA 3DHFA 1U83A 4NVTA 1YPFA 4UTMA 5HULA 3NQDA 1EWEA 5FF7A 3V75A 1MEIA 4RR4A 1FXPA 3HPZA 5G1YA 3WK1A 2QUTA 3KHJA 2J9ZA 1UBSA 1B9BA 1I8JA 2JKAA 3LHTA 4NQ1A 3V1PA 1VJIA 4XTIA 7TIMA 4LVBA 3W1MA 2NUYA 2GVGA 2NXHA 4AHQA 3W88A 1RPXA 5DBTA 2JKEA 5HJLA 3WJZA 2FQIA 3G0XA 3QMTA 2CZDA 1KFLA 2Z6JA 2WSQA 2Y7DA 3FFSA 4JTFA 2ZZ4A 1YTEA 4UCGA 2XN1A 3I7QA 3TAOA 2QUVA 4C1KA 1RD5A 4HPXA 1C29A 2BZNA 1QMLA 3W2MA 3PY2A 3JRKA 4CCCA 4MYAA 4JTUA 3STGA 5L6UA 1D3GA 1YPIA 1Q6LA 2ZRYA 3SW6A 1W8SA 1CW2A 1LOQA 3W23A 2J27A 1LP6A 3UY8A 3W74A 3LTSA 3QJAA 4JTHA 4WZHA 1VR6A 1JVNA 1BKSA 1FWSA 1W5MA 3NQ7A 1LRNA 1IXQA 1TQXA 1M6JA 1THFD 1H7NA 1OK6A 2F84A 4XBKA 2ALDA 4XKYA 3QPYA 3F4NA 3MHGA 1SO3A 2JBMA 2C6QA 1HO4A 3UPWA 3TDFA 2NUWA 1D3HA 1JCXA 2QCFA 2E1DA 4LVDA 3UPBA 1W3NA 4R34A 3IVUA 5CZ0A 2Y62A 3C2RA 1H5YA 5TQLA 3WK0A 1XL9A 2DZVA 5HQEA 1BEUA 3LM7A 4S2BA 4GWEA 2OZ0A 4LY8A 4DO6A 3G1SA 2W6RA 4UTTA 1SPQA 3KXQA 3M47A 4AXKA 4ALDA 1XI3A 4RJEA 2DZTA 2P1FA 3MHUA 4IJBA 4XBSA 1S5TA 1KTCA 4M6QA 5AHIA 4K6AA 4NJKA 5KMYA 2R14A 4WXZA 4E0CA 3PSWA 1TJRA 2C14A 3UXAA 4FEZA 1R2TA 1N55A 1I4NA 1EX5A 3BPWA 4EWND 5D32A 3S42A 5C5YA 1N7KA 2FPVA 2QJIA 2R94A 3LLDA 1FXQA 3B04A 3C8FA 3Q58A 3QH2A 1W1ZA 4O11A 4PA8A 1A53A 1SO4A 1A5BA 5G4EA 2VEIA 4P61A 1OFPA 5A5WA 5CPOA 2GPTA 4ORMA 4A2RA 4M7TA 4AB4A 1TTIA 3L5MA 3M7WA 4K38A 4N4PA 3LLFA 1YDVA 3TSDA 5E1QA 1DJNA 4G1KA 3EKLA 2A7RA 2E09A 1NEYA 3E9AA 6TIMA 2CWNA 4JTJA 2QJGA 5DXXA 1KFKA 4IX2A 3L0GA 1X6UA 5AYYA 4GJ1A 1G69A 2DJLA 3CWNA 2C16A 1VZWA 1LRQA 2A7PA 4LW7A 5AOUA 1IXPA 3DFSA 1H7PA 3GNNA 3H53A 3KVKA 5F2GA 1YADA 1AW1A 4KWVA 3OIXA 1V7YA 1TTJA 2ZZ7A 4MZYA 4DQWA 1DQXA 2ZZ2A 4TIMA 3Q37A 1F73A 4WY0F 4N4QA 5CPLA 3HG4A 2A6LA 3STEA 3T40A 1XBVA 3B06A 4OU1A 3L2IA 2W0UA 3FOKA 2J9YA 4AMAA 4O18A 5CPMA 1L6WA 5D30A 5TIMA 3FKRA 2ZTKA 1G67A 3IGSA 4JIPA 3GNDA 5DBUA 2Z1BA 3GK0A 4MVAA 1F74A 3QMSA 3QSTA 1GPWA 4QQ3A 3NA8A 3TC6A 5K4XA 1K7XA 1S3HA 2QF7A 4ORIA 3O6CA 5D2TA 2EF9A 2XN0A 2QCMA 1NF7A 1S5VA 3R8RA 4IXHA 4RV8A 5BOOA 2TRSA 4LT9A 4GXMA 1TRIA 4MZ1A 1Q3NA 2GVJA 4HPJA 2DORA 3O07A 5LNUA 4CQAA 1W37A 2Q8LA 4HT3A 3NPUA 5D03A 3GXNA 5HNRA 3VE7A 4QIUA 3W2JA 1KW1A 5K9XA 2Y63A 2A85A 3G8EA 3S5ZA 5FEZA 3W2KA 4HNUA 2BWGA 3JS3A 2YR1A 3QFEA 1UJPA 1LTDA 3WK3A 4N6FA 4Z1AA 1C9DA 1TMHA 2OX1A 4LVFA 4JYFA 2Y6ZA 1KBJA 4EF8A 1ZY9A 4BWLC 4CQ8A 4DPQA 2TMDA 4HSOA 3BO9A 4JYEA 3Q2DA 1EPXA 1YTKA 3W7EA 3SGUA 2V0TA 3AJXA 4QJ1A 3S9YA 1NSJA 1H62A 3L5LA 3O8AA 1H1ZA 2VFEA 3KRZA 3W7CA 4O15A 1KM5A 1MEHA 2PC4A 2E5DA 3ABSA 5U7SA 3KRSA 3HBLA 4LS0A 5AHEA 5G5IA 4LU0A 3BV4A 4L4LA 4EOUA 3W1UA 3IVTA 3LI1A 4K8HA 4MLRA 4JY9A 3EWYA 3HB9A 2NX9A 5FEPA 2NWRA 1H7WA 1GZGA 4YWIA 1E51A 1XFBA 5D2WA 4Y96A 4O13A 3SECA 4FNSA 3C61A 3LRMA 1HUVA 1IIGA 3LBCA 2YFOA 5D2XA 1TCDA 3KVLA 3PR2A 3TNOA 3S1WA 4FNQA 4AHOA 3G1FA 4AWSA 3PBYA 1ADOA 3TX9A 3R89A 1IGSA 4XKYB 4OV4A 4JDBA 3B4UA 2QUUA 5DCEA 1WBJA 1AK5A 3KVMA 2CFFA 2CZ5A 5K7JA 2GOUA 3TIMA 5EPDA 3VFLA 2ZQ0A 3RU6A 4NZJA 4U4MA 1KM0A 4DPPA 3ATYA 5FEWA 5EYWA 4ZQNA 5U4NA 4TMBA 5AHMA 4E2BA 1TREA 1W3IA 3S0CA 5HUOA 2A7NA 3LXBA 3DFNA 4MPQA 1ZFJA 3NPWA 1VYRA 2BX7A 3N34A 4CQ9A 5CZTA 4UMBA 3W72A 3P60A 2E6YA 1OF8A 2CU0A 4GRSA 2CZFA 4LC8A 5HMSA 3MW7A 1RZMA 1LLWA 3CM4A 4Y8FA 1PS9A 3LXCA 4JX5A 3GR7A 4ICNA 3IEBA 4ONVA 1ME7A 2FPYA 4AF0A 1W3TA 3IGXA 3W22A 4OBTA 4WY0A 3CB8A 3DBPA 4XUGA 3IVSA 4FX8A 1P0KA 1GOXA 3MO7A 1EA0A 2DZUA 3ELFA 4JIQA 1LRTA 3TKFA 3UXDA 3P84A 3L66A 5G2WA 1FX6A 3TSMA 3W7PA 4DBEA 3GDMA 1A5SA 4MYXA 2VFHA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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