3P60A

Crystal structure of the mutant t159v of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with inhibitor bmp
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
218
structure length
218
Chain Sequence
VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSVRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Orotidine 5'-monophosphate decarboxylase
publication title Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: a structure-based explanation for how the 5'-phosphate group activates the enzyme.
pubmed doi rcsb
source organism Methanobacterium thermoautotrophicum
total genus 81
structure length 218
sequence length 218
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2010-10-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3p60A00
3N34A 5EA9A 3STEA 4ZQNA 1EWDA 3LRMA 3SECA 1UCWA 5HINA 1OG0A 2VEPA 4OV9A 2FTPA 5C55A 4LUIA 3NO5A 4O1DA 3W85A 8TIMA 3ATYA 4AHQA 1JR1A 1O4UA 2VOMA 4X2RA 1GTHA 2NX3A 3G1AA 1I2QA 1TJPA 1OYBA 3K30A 1SZNA 4JTJA 1LYXA 4UIOA 4YL2A 4FNPA 1H1YA 3L9CA 5D2YA 4CNNA 4LRSA 3FIGA 3DFNA 1TQXA 1VQTA 1K03A 1QOQA 1THFD 4OU1A 4UTMA 1OVDA 2XN1A 1TV8A 3GXNA 5BMWA 3I65A 2A6LA 2JKEA 4G1KA 7TIMA 4O10A 1G6CA 4P61A 1TTIA 2CLKA 2A0NA 1VZWA 3EKLA 3BG5A 2G97A 3DZ1A 2B7OA 1AL8A 4MZYA 1LOQA 1PL9A 3NPUA 1G67A 3PB2A 2ATSA 1FWWA 4MJZA 5K4XA 2YPIA 3HO8A 1W3TA 4JTIA 2Y7FA 3O06A 2DZWA 1LCOA 1QFEA 3TDFA 3QRHA 4M6QA 1ME7A 3LCLA 4QITA 1AK5A 4Y90A 3AJXA 1PCWA 2ZQ0A 1EIXA 1ZALA 2G5WA 4JTEA 3S42A 5G4EA 3GXPA 3BG9A 3BW2A 2VFEA 4O12A 2UV8G 3CHVA 2ZFAA 2Z6IA 4NUWA 3IGUA 5DELA 5L9FA 3L0KA 4AWSA 3CTLA 3LCIA 1B4KA 4FHAA 2F7FA 1PE1A 2GQ8A 4RKAA 4MFEA 3C2RA 3W7PA 3O15A 3DU0A 4LUJA 4LOCA 3I7SA 4FIRA 1SFLA 3LXCA 4GC4A 1LOLA 4ZQPA 2R14A 1KV8A 4MLJA 3SGUA 4ZQOA 4M6VA 5CPNA 4MZ1A 1F2JA 2DORA 4NJGA 2DJLA 2CLIA 1G4PA 3N9SA 3LCXA 4JEQA 1L6WA 5D32A 3W7MA 4OWGA 4I9AA 3VI2A 1A50A 1VGAA 3C6CA 2C0AA 1IXPA 3N2MA 3SR7A 3GNDA 1LP6A 3W7JA 1K8ZA 4NVTA 4NU7A 3HG2A 1ONRA 2GOUA 5CG7A 4FB7A 3W71A 4DXVA 3LDVA 1RQEA 3MMTA 3BPWA 5AFDA 2BWGA 1KFBA 1TO3A 1WBHA 2PCQA 4I7WA 3VNDA 4IMGA 3QM3A 3TC6A 1GYNA 2NZLA 3S1UA 3P81A 1W5OA 2NX9A 4XBSA 1PS9A 1W56A 3TR2A 3TSDA 4UCGA 3E0IA 4GXMA 3CIWA 1KLYA 2D73A 3R13A 1TQJA 3C3NA 4LVGA 2H6RA 4RK8A 2G95A 5I3KA 4WD0A 3FS2A 2QEZA 2RHGA 3QPZA 1TV5A 2OT0A 3GDMA 1FWTA 3WK0A 4O50A 4EWND 1M5WA 4AH7A 2E6DA 4A29A 3CT7A 4A2RA 2JGQA 5DCEA 3NQMA 1JVNA 1Q6QA 4QNEA 1OX4B 1ZENA 3T4CA 1TPDA 3W75A 1L2UA 3EXRA 1KM0A 4PL2A 2BTMA 3UWZA 3S1XA 3NZRA 4GUHA 1RQBA 3B0VC 2JGYA 3QZEA 4NXSA 4RR4A 4XQ6A 2C19A 2PRLA 3QEZA 4DF2A 1W1ZA 3LCWA 1JUBA 4HNVA 2DZXA 1KM3A 5AN7A 1F6PA 3PWAA 1Y0EA 1XDLA 2ABAA 1MZHA 1D3HA 1DJNA 1V7YA 1ADOA 3BGJA 4O1AA 3NQ7A 1SZGA 2W0UA 5FF3A 2Q8ZA 3EX2A 2VFIA 5F2GA 2I9EA 4QSHA 5I3FA 1UASA 3SGZA 1H63A 3IGSA 4ADSA 4UTKA 4O15A 3W84A 5F4SA 3NOEA 4O13A 1IXNA 3C61A 3W1MA 1I2PA 4RCXA 2J88A 1Q6OA 1OYCA 3CIXA 2DP3A 1SFJA 3FOKA 3Q2DA 4MPQA 3UWWA 1TMHA 3W7CA 1OFAA 1DV7A 2QAFA 3C2VA 3T78A 1K8XA 3QQ0A 2Y89A 1VR6A 4NNBA 3G8RA 3F03K 3P82A 1Q6RA 3FYOA 3C8FA 1R46A 3QMTA 1OX4A 4YXGA 4WUIA 3T7VA 3TXVA 1ICPA 3L67A 3RNDA 3NQGA 5G4WA 3S0CA 2XN2A 4WXZA 3HGRA 5LNWA 3O05A 5HWNA 2B7PA 4WOQA 2BLEA 4ZMGA 1W5PA 4L4LA 2AGKA 1JULA 1VLIA 2QJIA 4XWUA 5BNKA 2ZZ1A 1UUOA 4W9TA 3BVJA 4LY8A 3MHUA 3W1XA 4AF0B 4GUIA 3PBYA 1HL2A 3NL5A 4EF8A 3G1HA 1YDVA 1YDOA 3PBWA 4Q32A 1UJPA 1YPIA 1ZJIA 1H7PA 4FNQA 5D38A 2I14A 3SY5A 1F5ZA 2ZA3A 1W54A 3TC7A 1L9WA 3W7NA 5G2WA 4BK9A 1MEWA 1QPRA 4UMBA 2JBMA 4MOZA 3A24A 4HIBA 2R8WA 4UTJA 4UC5A 3GDTA 2A7NA 1JCLA 3UZJA 3LTSA 4R53A 1VPXA 1K7XA 4LT9A 4M7SA 1VYSX 5F1VA 3W2KA 3QFEA 4JIQA 3HG4A 5G2HA 4E2DA 1LORA 1MO0A 3BARA 3W87A 1F7BA 4ZQMA 3W2NA 4HSOA 1N55A 3H54A 3NQ6A 2YYTA 2EAWA 3UPBA 1DQXA 2X1RA 3AO0A 3B06A 3QMRA 4HNNA 4JYFA 5G5IA 3VE7A 5G2IA 3B04A 4IMEA 4WJEA 3GYEA 3D0CA 1S3HA 1YADA 4AF0A 4DQWA 4JY9A 3KVLA 1XC4A 1D9EA 5AYZA 5LHFA 1CI1A 4XUGA 2TRSA 2O7SA 1T8XA 5F1UA 3KOFA 1TPFA 1HTIA 5K3VA 2B0MA 2TMDA 3BGGA 1O5KA 1AL7A 1MSSA 3EWUA 1HO4A 4GNJA 1YXDA 1VJIA 1GVSA 5D05A 1ICQA 1S5TA 1T96A 3W6YA 5LNVA 2CU0A 1TPWA 1SUXA 1OYAA 3DI1A 4MYXA 4WY0F 1W5MA 1A5SA 4BF9A 4I7UA 1IF2A 4DF0A 3NPWA 2C13A 3IIPA 3M5ZA 3HGOA 5AHFA 2C6QA 1DL3A 3W7IA 2Z2UA 1WAUA 3NPVA 3GAKA 2ZTKA 1P0NA 4NJHA 3GKFA 4N02A 1ZNNA 3EX6A 5K9XA 1IIGA 2CZDA 1OFPA 3EWYA 3RU6A 4CNPA 1MEHA 3TMQA 3IGXA 3SIZA 5D02A 2J9YA 2VEIA 4MZ8A 1FDJA 2FPYA 3DH7A 3BLFA 2OMAA 1DOSA 4WOZA 1KM1A 1J2WA 1FCUA 3C0JA 2YR1A 3LCHA 4WXYA 3W83A 4N9BA 3HOJA 3W2UA 4GUJA 4LWWA 4E38A 2P0OA 4AVFA 1U83A 2DU2A 1H51A 3FLUA 4Z0SA 4S2CA 1NF0A 3LOTA 2I1OA 3ANYA 1WYIA 1DORA 4B5NA 3UY7A 4Q33A 1XBZA 2CLFA 2QKFA 3LHWA 4UTTC 4JDYA 2TYSA 3W2JA 1KTBA 3O6CA 5EPDA 4A2SA 4UFMA 3O07A 3W70A 3SZ8A 4OBTA 2QF7A 2ALDA 2H3DA 3TKFA 2GVLA 3GKAA 2X2GA 2V30A 1ZAHA 2VFFA 4N9EA 1AW2A 3O8AA 2A2IA 3LCGA 3RLUA 3MYOA 1CX9A 1YTKA 2C14A 4MKNA 4JX5A 2CZ5A 1KFJA 5EYWA 5G1TA 4C1LA 5KZMA 3DKJA 3QYQA 1WOBA 1XUUA 2Q8LA 1FDYA 1FXQA 2NLIA 4YLWA 5D03A 4QAIA 2YCEA 2E5BA 4OHQA 3UWYA 3C2EA 1RD5A 4GBUA 5EY5A 3WK1A 3O16A 4KFNA 1SW3A 1VH7A 1YPFA 3LBCA 5F2MA 2ZZ7A 2C15A 3E49A 3W7QA 1SZFA 3NEVA 3NPXA 4RXGA 4JS3A 2J9XA 5K2ZA 1LBLA 3RK8A 3UWVA 2GJLA 3B4UA 3M7WA 3TFXA 3MWAA 4O8RA 3A5FA 3RF9A 3G1SA 1G69A 1GQNA 1WDWA 5EBUA 5KINA 1K8YA 3S1WA 2A21A 2BXVA 3GLCA 3P61A 5AC7A 5G1YA 1QO5A 5I3HA 4HHPA 1GVOA 5AYYA 3EWWA 5CZSA 1VHCA 3G18A 3M1ZA 1EP2A 1JCMP 1OJXA 3HQ1A 1LZOA 1PCKA 3NG3A 1C9DA 4O0ZA 4GJ1A 2B7NA 3DHFA 3W23A 1Q6LA 2NUWA 2FFCA 5AOUA 1TCDA 3DENA 4OQVA 2ZTJA 4TIMA 4A3UA 1ME8A 1FXPA 1TPB1 4IJBA 3NQVA 3MHGA 3GXTA 4ZQCA 3HPXA 1JCNA 3DXIA 4GE8A 1IXQA 2F84A 2NUYA 4FX8A 3MP3A 1OHLA 4X22A 4RJEA 1T0OA 1WBJA 4JTTA 1QWGA 5AC6A 1LBMA 4N4QA 3LI0A 3N73A 5HULA 3U2OA 3GX9A 3KRUA 3LLDA 3OIXA 3JR2A 2Y7DA 4NZJA 1YTDA 5AHMA 3P62A 5LKYA 2WNZA 4CNOA 1R47A 5CPMA 4X3ZA 1P0KA 4NT0A 1PIIA 2Y7GA 3CPRA 3P84A 3B05A 2Y61A 3LHVA 3MUXA 3EEGA 4JTGA 2E68A 3FA5A 1KFLA 4TU1A 3TX9A 5FF7A 5D2TA 3L21A 5FF4A 2YXGA 3DBPA 5L6UA 5LNUA 1VCGA 2GQAA 4K8EA 2DZSA 2FPVA 3TW7A 1O5XA 3MBDA 1DQWA 1TYGA 3ABSA 5ABTA 4O28A 1QOPA 3UWQA 5MHBA 3MP5A 1R2TA 1XI3A 5SWUA 1KM5A 1H50A 1X1ZA 1TB3A 4LS2A 4DBEA 5AB3A 2PRMA 2VFHA 3N2XA 4NQ1A 1SQ7A 2WSYA 3G0UA 1Q45A 2WNNA 3MJYA 1XM3A 2DZPA 2RH9A 2V2HA 3M43A 1H62A 1I2NA 4MFDA 3P74A 3UPWA 1QAPA 3N9RA 4O53A 5FEWA 1VCVA 3NL6A 4PC8A 1OFQA 3V1PA 3B0UX 5K9DA 3ZS4A 1W5QA 3O1NA 1LRTA 3M5XA 1TPH1 4O52A 4TR9A 4BI7A 4OE7A 2ZRZA 1PHWA 1DHPA 1EWEA 1T99A 1OK6A 3A9IA 1TTPA 1WQ5A 2C16A 2QJHA 3HPSA 3TUUA 2NV1A 2OCZA 2ATMA 5BOOA 3STCA 4CCEA 4MYAA 1J4EA 3C2FA 1GWJA 4OT7A 1X6UA 1FWNA 3R5EA 3S8HA 4BWLA 1CW2A 4UTLA 2QCHA 1UBSA 2C18A 2YSWA 2OT1A 1XBVA 2X30A 2ZRVA 1NSJA 4LV4A 3FJ6A 3SSJA 3M47A 3NGJA 3G1DA 3I7RA 1QO2A 3EWXA 4NXKA 3C2OA 4JGDA 1OFOA 4ML9A 2ISWA 3OBKA 3S1VA 1TTQA 1S5WA 3Q37A 3OVPA 4IOTA 3G1YA 1MXSA 2X16A 1RPXA 2RDTA 3IVTA 3DFTA 3L2IA 5F2IA 4E0CA 4Q4KA 5AHLA 4H6KA 3W7DA 2BSLA 3IV3A 3DAQA 3W7GA 3M0ZA 3M44A 1TPVA 1G4TA 2CLMA 1W3NA 5CGQA 3W7KA 3LM7A 2EF9A 3F1QA 3LHZA 1HUVA 5DCDA 3C4UA 1Q3NA 5LSMA 4FX7A 3B8DA 4LU0A 3TFCA 2VC6A 4AXKA 2QCLA 5U7SA 2YX0A 1EX5A 1XDMA 3NQAA 3OEXA 3R12A 4JTUA 2Y62A 1Z44A 3L5AA 1I2OA 4WZHA 2HMCA 2JKPA 2VELA 2OZ0A 1TRIA 2V82A 3H55A 1GOXA 4RX0A 1K7FA 3W1RA 1FY6A 4IMDA 1TIMA 3A22A 2J27A 3PB0A 5F4XA 3GB6A 5AHIA 4LC8A 4M7TA 2FIQA 1W8SA 4TMCA 3OG3A 3ZR4A 5LNSA 2A7RA 1DVJA 2B4GA 3IVSA 4YMZA 2H90A 1O95A 3GIYA 5HMSA 2AAMA 3IIVA 3OHIA 4GWEA 4Y9AA 1OX5A 5DN1A 5I3IA 5HUOA 2VXNA 5EKYA 5CZ0A 2BX7A 1Z48A 2A1YA 4O0KA 1G4EA 3QC3A 1NVMA 2EGZA 3DFPA 5D2XA 1AMKA 1TRDA 2NXIA 1AW5A 1ML1A 3I68A 5LZLA 4H4IA 4JDBA 3NZ1A 4MJMA 3L0NA 1YDNA 3NQDA 1JCYA 3N3MA 1B4EA 2A6NA 2V5BA 3GK0A 1NAL1 4DO5A 3ELFA 4BI6A 3W76A 4C1KA 2E6AA 2Y88A 3SW6A 5DCBA 4ZZ9A 3GDLA 3OVQA 1H7RA 3TMLA 3LRKA 1VS1A 3BW3A 1LTDA 2GVJA 4ZVJA 2ZZ2A 4O54A 3UNDA 1RR2A 1QNVA 4MLRA 4CQ8A 5IM51 1SR9A 1NEYA 3BW4A 4WX2A 4HSNA 2BZNA 3WJZA 2C1HA 1A5BA 3Q58A 3NA8A 1GYLA 3W72A 5HR6A 4UNLA 3E02A 3GVGA 4UXDA 3B0PA 4HNTA 5D30A 2QDHA 3PVFA 3W1TA 2QCGA 4RZ6A 3UWUA 4HT3A 4POCA 5AHNA 4OGZA 4XBKA 5D2VA 5HUPA 4PCFA 5D2WA 2W6RA 1MEIA 2OJPA 2RKXA 5FEZA 3S9YA 3L0GA 3VCRA 1KFKA 2P10A 3ZWSA 3DGRA 3CB8A 2VKZG 3GZ3A 1RZMA 3SJ3A 3NAVA 1KFEA 3UQNA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3LXA A;  1RV8 A;  4JX4 A;  2A85 A;  3A5V A;  4JNM A;  1PV8 A;  1OK4 A;  2WO5 A;  4ONV A;  4O19 A;  4IXX A;  2FDS A;  3GR8 A;  3PUE A;  3WJW A;  3TJL A;  4E2B A;  5FF0 A;  3P5Y A;  2QUT A;  5AYX A;  2PE4 A;  4GUF A;  1B9B A;  2ABB A;  1LRN A;  4JN6 A;  3A23 A;  3EKZ A;  3PG9 A;  3VE9 A;  2CZE A;  3NNT A;  4FF7 A;  3WK3 A;  3NQ8 A;  4I7V A;  3M5Y A;  1EB3 A;  1I45 A;  1M7P A;  3LV5 A;  4H3D A;  4KKX A;  1SO6 A;  3INP A;  1UUM A;  3L68 A;  4MVA A;  3NDO A;  4UTW C;  3SI9 A;  5I3J A;  4FNT A;  2QCN A;  5FF2 A;  2VEM A;  4LW7 A;  1WA3 A;  4O4V A;  1ICS A;  3L66 A;  4K6A A;  3TCE A;  3EWZ A;  3HF3 A;  3A21 A;  3WJS A;  4ALD A;  1WOA A;  1FBA A;  3HBL A;  4ORM A;  4ORI A;  1H7X A;  4KFP A;  1M7O A;  4CQA A;  4XTI A;  5D37 A;  4EOU A;  4J9J A;  3GDR A;  1F73 A;  3GR7 A;  3L65 A;  1GVF A;  1QML A;  3RFA A;  4S1F A;  4YCO A;  3LV6 A;  3ZWT A;  2DJX A;  3DFQ A;  3MO7 A;  3NL2 A;  4HPJ A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1FH9 A;  3PAN A;  2WWD A;  4ZQN A;  1UCW A;  1OG0 A;  2FTP A;  5C55 A;  4LUI A;  2XGZ A;  4O1D A;  8TIM A;  3ATY A;  5E9A A;  2XM1 A;  1E55 A;  3UXK A;  2NX3 A;  4FA3 A;  2EXO A;  3A3H A;  3K30 A;  2YCL B;  1LYX A;  1E6R A;  4HOX A;  4UIO A;  1CGW A;  2PDL A;  5D2Y A;  4CNN A;  4QS5 A;  2ZUN A;  1ZPT A;  3FIG A;  1K8C A;  4GNV A;  3A12 A;  1VQT A;  4UTM A;  1OVD A;  2XN1 A;  5DO8 A;  3GXN A;  2IPW A;  5DMM A;  2DFA A;  4LUT A;  3H70 A;  4O10 A;  4L56 A;  4P61 A;  4HA3 A;  2A0N A;  2D2G A;  2HDJ A;  2PI6 A;  1K6W A;  3BG5 A;  3H4W A;  3LM3 A;  2B7O A;  1AL8 A;  1PL9 A;  1ZSX A;  1TX0 A;  2CET A;  3D3A A;  3PB2 A;  1LL6 A;  1QHZ A;  1VBU A;  1FWW A;  4MJZ A;  4X9Y A;  1W3T A;  2PWU A;  4C1N B;  3O06 A;  3OP2 A;  1LCO A;  1E6N A;  2R1P A;  3LCL A;  3AJX A;  3URN A;  2G5W A;  3ZLG A;  5G4E A;  5EMJ A;  4EE9 A;  1RCX B;  3HFT A;  4O12 A;  5A6B A;  4TX8 A;  3CHV A;  4GFI A;  4KCT A;  1GK8 A;  2PTW A;  3GWQ A;  2BVT A;  5DEL A;  4JTQ A;  4FHA A;  4YPJ A;  1PE1 A;  2GQ8 A;  4MFE A;  8XIM A;  1SJB A; 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