3P61A

Crystal structure of the mutant r160a of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with inhibitor bmp
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
218
structure length
218
Chain Sequence
VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTAPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: a structure-based explanation for how the 5'-phosphate group activates the enzyme.
pubmed doi rcsb
molecule tags Lyase
source organism Methanobacterium thermoautotrophicum
molecule keywords Orotidine 5'-monophosphate decarboxylase
total genus 80
structure length 218
sequence length 218
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2010-10-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3p61A00
1JJKA 1ICPA 2ALDA 1GG0A 1J4EA 2YGYA 3LHZA 2A1YA 2NWSA 4O4WA 2ZQ0A 2ZDRA 3M16A 1SU5A 3V75A 5K9CA 4K39A 5C55A 1M7PA 4BFAA 4I9AA 4QIUA 2V30A 1SW0A 4MY1A 4G1KA 2RH9A 3BGJA 3PVFA 3GKAA 1YXYA 4FNSA 4C1KA 4WOQA 4CLMA 2ZCGA 1XDLA 1UJPA 4LT9A 1Q6RA 2DZPA 1K7EA 5AHIA 3ZWSA 4IMDA 1KM3A 4O50A 5AFDA 2QR6A 4IMFA 3DXIA 1Q6OA 2B7OA 4PEKA 3LXAA 4KWVA 1U83A 3S5YA 3W7GA 4X3ZA 4WY0F 2CU0A 1JRCA 4NJJA 1W54A 5D09A 1TPFA 3W7CA 2QDGA 3M43A 2G95A 4LV9A 5EBUA 4Q33A 3LM7A 1GWJA 3G1VA 4NXSA 4A3UA 2IQTA 4DF1A 5F1UA 3A5VA 3BPWA 3NL2A 1B4EA 3HGJA 1IF2A 4C1LA 3M5YA 5DCDA 4GUHA 4DPPA 4FXSA 4NZFA 5BMWA 3L68A 1NF7A 3IVSA 2W79A 3TH6A 3MJYA 4JEQA 2D73A 4YCPA 3P81A 4JIPA 2R8WA 2QAFA 1C8VA 4NNCA 4JY9A 2NV2A 3HJZA 3DHFA 1VR6A 4NU7A 4LUIA 3NG3A 3W1AA 4ORIA 2J9ZA 4UFLA 2H3DA 1W1ZA 1HFBA 4MFDA 4NNBA 3GZ3A 3S8HA 1JQXA 3Q58A 3NVTA 2ZRUA 2NWRA 3KAOA 2Y63A 1EP2A 1BTMA 1M7OA 4O57A 2TYSA 1ZHAA 4UFJA 3G8EA 3LCGA 4NNAA 1S5TA 4Y90A 2ZZ1A 4Z08A 1Z42A 5D2TA 1ML1A 1YLVA 1AW2A 4ZQRA 3NQCA 4W9TA 2OZ0A 3NM1A 4RZ6A 3RFAA 1DJNA 2I9EA 3LRLA 4BWLA 4JX4A 5D2YA 4FX6M 4LTSA 2QF7A 1H50A 5D05A 2Y7GA 4WD0A 4N9CA 2WOQA 1GEQA 4S2BA 2JKEA 1T99A 3S5ZA 1RQBA 4PA8A 1PHWA 3T44A 2DZSA 2FQIA 4HPXA 3DHDA 4OQVA 4Q32A 2QCLA 4OBTA 3LXBA 3DFOA 3GNDA 5IM51 4QAIA 5KITA 3CEUA 1I45A 4NJKA 5AYXA 3GDKA 1VZWA 3RNDA 3IVUA 2QDHA 2B0MA 3NM3A 4Y96A 5D38A 1FDZA 3OEXA 1ZY9A 3S6DA 5EPDA 2J9YA 4Z1AA 6TIMA 4L4LA 3SGUA 3AJXA 4QSHA 2C15A 1R2SA 3VNDA 1A53A 1FCUA 4K38A 2WNZA 3L67A 3G22A 1FDYA 4R7JA 3LLFA 2YSWA 1TPH1 2DZVA 1I8JA 2YPIA 5AC8A 5KZEA 1YTEA 1X8FA 3P80A 2FFCA 5AOUA 3MHFA 3EKLA 4JTLA 2OT1A 2FB3A 4GC4A 4K7VA 3DBPA 5HWMA 5DY3A 3W07A 4AWTA 3GXTA 3C2RA 3NOEA 2V2DA 4MZ1A 4AWUA 3TCEA 1AL8A 1XBVA 2C3ZA 1H62A 3TMLA 1SZNA 3EX6A 2ZTKA 3LCHA 1CW2A 1T96A 3INPA 5BRBA 5HR7A 3RU6A 1VCGA 4LVGA 3E96A 3PULA 3UXDA 2DP3A 2HS6A 2P10A 1JQVA 2DZUA 5EYWA 1YXCA 2B7NA 2NUXA 3S5NA 2ZRVA 1S5WA 4NX0A 3F4NA 1KLZA 1EWEA 3UYCA 5E93A 4JTHA 5KTLA 2EPHA 3IIPA 2QCHA 4DO5A 4GXMA 4HNVA 3W2LA 1Q6QA 3MHGA 2WNQA 3WK2A 3LHWA 3GVGA 1YPFA 1Q45A 4AH7A 3G1AA 5FESA 2FPYA 3P62A 4JXCA 1W5QA 2RHGA 4ZZ9A 4IXXA 3CU2A 4JIQA 1WBJA 2CZFA 3P5YA 1UCWA 1QWGA 3M9YA 3TDFA 1EB3A 4M7SA 4U4MA 3LTSA 2E5DA 1WYIA 1JCMP 1VC4A 4WY0B 1FQ0A 3B03A 3SJ3A 5G1YA 5ABTA 1D3GA 2FIQA 1I2QA 3E0IA 4HSNA 3DFNA 1KW1A 2E5BA 3WFAA 4UTUA 3QM3A 4N9DA 1GT8A 3RLVA 4YMZA 1KM0A 3BG3A 1QPNA 3FS2A 2ZRWA 1TCDA 4O11A 2XN1A 3O63A 4RX0A 1V5XA 3QMRA 2CLLA 3STFA 2CLHA 1QFEA 1ZFJA 2BSLA 4UNLA 3NQEA 5AN7A 2NXGA 3W7LA 1IXPA 1WOBA 1JRBA 3W2NA 3B0UX 3PBWA 1ZALA 1MO0A 1PV8A 1HTIA 4ZQNA 2ZA3A 3G1DA 1IGSA 3TC6A 4UTKA 2ISVA 1XL9A 2CFFA 2YYTA 2H6RA 4Y8FA 4DF2A 3L65A 3DFPA 2WNNA 1H51A 4O54A 4O1BA 5LNSA 4FNTA 4AHOA 3JS3A 4IWWA 2NUWA 5HUPA 2C0AA 4A2RA 1JUEA 3BV4A 1HO1A 1PL9A 3TQ0A 1VYRA 2E5CA 3I68A 3W7KA 3OVQA 4UNKA 4I7VA 1W3IA 4FEZA 1TRIA 1GTEA 2C13A 4GUGA 3TNOA 3QC3A 3N2MA 2B4GA 1DVJA 3VE9A 1XC4A 4QM1A 1IXQA 1XDMA 4ALDA 4WXYA 1VYSX 4O8RA 5LHFA 3B06A 4KFOA 2WQPA 3NZ1A 1DHPA 5CKSA 1GPWA 3W85A 4LOCA 5E0KA 1W3NA 3OBKA 3C52A 3QRHA 1DQXA 1IIHA 5G1TA 1AG1O 2Y7EA 3GK0A 4ZQOA 4FX8A 1O5XA 3ZWTA 2A4AA 3M5VA 1P0KA 2BZNA 3DU0A 5TQLA 5IBXC 3NDOA 4RXFA 2V81A 3CB8A 3GB6A 4LVAA 5LGZA 4OGZA 5D2XA 3IIZA 1AW5A 3W7PA 4XTIA 3T7VA 1EPXA 4PCFA 1H7OA 3DI1A 4CQAA 5I3IA 3KX6A 3W6YA 3UWWA 1W31A 5LNVA 4XKYB 5D03A 1OYBA 3V1PA 2P0OA 3LRKA 3G3MA 3N9SA 2P1FA 2R91A 2Z6IA 1KFEA 1O5KA 5AHMA 4FF7A 2BTMA 3MP3A 3PC0A 3GLCA 4CQ9A 4LWWA 5TBOA 3C56A 4IMEA 4HNNA 3W2MA 2BWGA 3HGRA 3STCA 4XBSA 3LCLA 2Y70A 1OVDA 3PF3A 4WOZA 1H5YA 3DKLA 3NL3A 2E6DA 3BW3A 4Z1BA 1PHQA 2C14A 5LGXA 3Q2DA 1X1ZA 2J9XA 5HUOA 1W5OA 1X1OA 1THFD 4K7YA 3W9ZA 4IMGA 3OVPA 1DJQA 3L5MA 3MYPA 2F7FA 4TR9A 3G1FA 1X6UA 4RK8A 3VKJA 1LZOA 3F1QA 3QW4B 3GDLA 1OK4A 2QJGA 2VFIA 1W3TA 4CNOA 4D2JA 5L6UA 2J88A 1XUUA 1I2OA 5BOOA 1GZGA 4O15A 3NL5A 3N14A 5U4NA 1XBZA 3IRDA 3EWXA 2Q3OA 5CZ0A 1K8XA 1OFOA 3O6CA 5K4XA 1KTCA 3HF3A 4NJHA 5EMUA 4HNTA 5SWUA 3EKZA 3W3OA 3IGSA 3W83A 3WJZA 2VELA 4GJ1A 4PH6A 1QNVA 1LDCA 3QH2A 3PWAA 2VFHA 3TAKA 1FWRA 1WXJA 4AHQA 5I3KA 4P61A 1SZGA 3TSMA 4LS1A 3KVKA 3C2FA 1N8FA 4CCCA 5LNWA 1JCLA 3N3MA 1QDSA 1MSSA 1CX9A 5D37A 3VCRA 3G0SA 4LNYA 2CZEA 1CI1A 2A7NA 4UTTC 1LRNA 4WZHA 5DCEA 3PBVA 2Z2UA 3Q37A 1FXPA 2O7QA 1M6JA 3TU9A 4YWIA 4K8EA 4Y9AA 2NV1A 1VCFA 3HPSA 1PCWA 3EX2A 4YXGA 3KVLA 3LERA 3W2JA 2PE4A 3UWVA 2PURA 1VHNA 4TMBA 4FNQA 3KRZA 3P74A 4TIMA 4UMCA 5HINA 1TPUA 1ME9A 3FOKA 2VC6A 1JULA 1N55A 1OFDA 4LS0A 4B5NA 1OK6A 1LOSA 3TKFA 3M5ZA 1LYXA 2AAMA 5CPMA 1HUVA 1FBAA 4CCDA 3NQ8A 3O16A 4UR7A 4P2VA 3GYEA 5EKYA 3MI6A 1SZEA 4AF0A 3UPBA 3LCXA 3UPWA 1TV5A 1SO4A 1UASA 2PCQA 2YR1A 1N7KA 3TFCA 2Q8ZA 3M7WA 2A6LA 5CGQA 4PFMA 2XFWA 5TIMA 5DY2A 2YXGA 3O6YX 1XBXA 2FDSA 2YX0A 1MEIA 3NQ6A 3THQA 3G1YA 4ZQMA 3HPXA 1SPQA 2ZZ2A 1OX5A 4MYAA 3PB2A 1FX6A 4WUIA 3C0JA 1NAL1 3B05A 3MBDA 5CZTA 1LBMA 3NQ7A 3I7SA 3P7YA 3KHJA 3MP5A 4O1DA 2G5WA 4H4IA 4ICNA 3W7EA 1T0OA 2H3BA 1V7YA 1ALDA 3VFLA 4MFEA 1VRDA 2YW4A 5AHFA 5FI8A 3BG9A 2X1TA 3LX9A 4RXGA 3ABOA 1LLWA 3F03K 5FEPA 3IVTA 3A22A 1G67A 4MY9A 1TREA 2JGQA 5FEWA 3W1UA 4YL2A 1O95A 2GQAA 5DBTA 1H1YA 1W5MA 5G2WA 5CZSA 2YFOA 1PVNA 1VGAA 1RQEA 3LI0A 3MUXA 1A5SA 2FPVA 3L9CA 1Q3NA 3QMSA 1OF6A 3UZJA 4XTDA 1HL2A 3EXSA 3QSTA 2QCDB 2YCEA 1X7FA 5CSRA 1DORA 1FCBA 2E77A 3MO7A 4HNUA 3C2VA 4WQ6A 1LRTA 2PC4A 5HMSA 4OHQA 1TB3A 1JCJA 3SW6A 4ONVA 5F2GA 5BW6A 3W7DA 5BMXA 2VXNA 4JDBA 2ABAA 3L5LA 4FX7A 4HT3A 3UNDA 3ABQA 5D02A 1I2RA 1K8ZA 1M5WA 4JNMA 3IV3A 5F2MA 1J2WA 3R89A 3HBLA 5E1QA 1K3UA 3C6CA 1YYAA 4KWWA 1NF0A 4I7WA 3F4WA 3UWUA 3OG3A 3G8RA 5D32A 2E6YA 4MJMA 4QITA 3ABSA 4JN6A 4Q4KA 1KTNA 4O1CA 1AW1A 5D04C 1QMLA 3EX4A 3TSDA 4E2DA 1QO2A 3A21A 3FKKA 2Z1BA 3ATZA 3NNTA 5CPOA 3IGUA 1KLYA 5HWNA 4AWSA 1OFEA 4UTLA 3LLDA 3R2GA 5H91A 4UUIA 4UTJA 3G0UA 2BX7A 4PL2A 5L9FA 3PSVA 2WSQA 3CPRA 3TIMA 2JGYA 3W1PA 4BK9A 3LV6A 1U5JA 1VJIA 3P5ZA 1B9BA 4NQ1A 3W2UA 4LRSA 4LU0A 3S0CA 4JTIA 4O4VA 2QCCA 4N2YA 1TO3A 1ZENA 3P60A 4ADUA 4N6EA 2WPBA 3HQ1A 3UQNA 5U7SA 5G2IA 2VEIA 1TTJA 4UR8A 4H3DA 4K37A 1DQWA 3W2KA 1RD5A 3I6RA 4JY8A 1TPWA 2ZZ5A 4UTWA 1H63A 1EUNA 3TMQA 4AAJA 3M0ZA 4EWND 5HULA 2E09A 1W5PA 4MUZA 4E38A 2QEZA 2FJKA 3S42A 3MWAA 3HOJA 3K30A 1I2NA 1J5TA 3B04A 3C4UA 4DEFA 4PC8A 4EOUA 1ZAIA 2R14A 3BLIA 4FNPA 2OCZA 5C2XA 4IX0A 5F4SA 4LY8A 2C18A 3BLFA 4O17A 2G97A 1DBTA 3DAQA 2XN2A 3W1QA 4GUIA 3P61A 1TPEA 5C54A 4RJEA 1JR1A 2A7PA 4N9BA 3PM6A 4FIRA 4OE7A 4J9JA 1TSIA 1G7UA 5DCBA 2VFDA 1WV2A 4JD4A 3CLMA 3NQFA 4DBDA 4NX5A 3DENA 1K03A 3TR2A 4X9SA 4JTEA 5DXXA 3NA8A 4A22A 3SGZA 4JTSA 3LCWA 3CWOX 1LOLA 3PG9A 2ZZ7A 3L0KA 5K9DA 1IXOA 1OHLA 5AHNA 3SSJA 4MZ8A 1AL7A 3W23A 3HMJG 4O28A 3W7QA 1B4KA 2ZZ4A 3QEZA 4GE8A 4AVFA 4BI5A 4E0CA 3O15A 3EXTA 4S2CA 3RK8A 2QCEA 3N19B 3W75A 5HR6A 3EWWA 5FF0A 2ABBA 3HGOA 3LHYA 1LTDA 3W7OA 4UMBA 2WKJA 4UIOA 2OJPA 2I14A 2AQWA 1XCFA 3NQ2A 3SR7A 1XBYA 3EEGA 4HHPA 2ZRXA 4O13A 1OX4B 1WX0A 4DQWA 1H7WA 2E1DA 1SUXA 4Z1CA 3THAA 1RZMA 3HG5A 4K36A 1VHCA 1VQTA 1EA0A 4O14A 1OFQA 1YTKA 2NUYA 3O6DA 4JYEA 4M7TA 4ADTA 3QQ0A 4ZL1A 1S3HA 5G5IA 1JCYA 3SIZA 1OG0A 3NPWA 3UWQA 2JKAA 5T26A 2CLOA 5FEZA 1OFPA 5IBXA 1KM4A 2X16A 1TMHA 4XWUA 4UTMA 4IXHA 2ZZ6A 1B57A 3OHIA 1F76A 2EF9A 2EHHA 5H2ZA 3MI3A 3TXZA 2OT0A 4GNJA 4RCXA 2NZLA 1EX5A 3ZFHA 1G69A 1MEHA 1H7RA 2V9DA 4GUFA 1MZHA 1DKWA 1FWNA 1TPB1 2Y89A 3L0NA 2HTMA 4QNWA 3UWZA 2CZDA 3ABRA 3R5EA 4NXKA 4UFHA 1FWSA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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