3P61A

Crystal structure of the mutant r160a of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with inhibitor bmp
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
218
structure length
218
Chain Sequence
VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTAPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Orotidine 5'-monophosphate decarboxylase
publication title Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: a structure-based explanation for how the 5'-phosphate group activates the enzyme.
pubmed doi rcsb
source organism Methanobacterium thermoautotrophicum
total genus 80
structure length 218
sequence length 218
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2010-10-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3p61A00
3OVRA 4K38A 3CPRA 1KM2A 5KSWA 3LV5A 2Y7FA 3W6YA 1GVRA 3DGRA 5BMWA 4OBTA 3IV3A 3TKFA 5KZDA 4FHAA 2ISSA 1OX4A 2FB2A 1VYRA 3W7JA 3MBDA 4ZQCA 3BGJA 1BTMA 1H1ZA 2B7NA 1QMLA 3I6RA 5FF4A 2H90A 1TPUA 4PCFA 2Z2UA 3EWYA 3M6YA 1EP3A 3L5MA 2DZXA 3TSDA 4YCOA 3M9YA 5CZTA 5CZ0A 1ZAIA 1LBFA 4UMAA 3EWUA 2HS8A 5HQEA 4QITA 3ZWSA 1SU5A 1VGAA 3I7QA 3VE9A 1DQWA 2H3BA 3IIZA 2TSYA 1SO4A 3F4NA 4NJJA 2V2HA 1QO5A 3EXRA 3M47A 2GVGA 3NQ6A 2C19A 3O15A 1AL8A 3BO9A 3C2OA 3NM3A 3RNDA 1MEWA 2Q3OA 1Q6RA 3ABRA 5CPOA 1TIMA 3CIXA 3EWWA 4MYAA 4X9SA 4K39A 1JR1A 1TSIA 2ZFAA 3UY7A 2ZCGA 3CTLA 2P0OA 1OFDA 1LOSA 2C13A 4Z08A 3O06A 1Z42A 3S42A 3UQNA 3M43A 3N2XA 1W5PA 2CZEA 2X30A 1TB3A 4AHOA 4O12A 5D32A 4FF7A 4K37A 2RHGA 1SZEA 3NQCA 1SZGA 5HNRA 3MHGA 2YX0A 1X7FA 3S5NA 2QCGA 4OT7A 2C14A 3WJZA 3GYEA 2Y61A 4JX4A 2ATSA 1F6PA 4AWUA 1UBSA 3NXFA 1HUVA 5EMUA 4ZVJA 5D09A 1TPDA 1PIIA 3FA5A 2J9XA 1G7UA 3O6DA 4I7VA 4UTWA 4AWSA 2DP3A 2A0NA 1KFLA 1OYAA 4L4MA 5LHEA 1K8ZA 3W7EA 2OT1A 4XBKA 2Y7GA 5H91A 4HNVA 1MO0A 3G1FA 1OYBA 1LRQA 4ORIA 1H7XA 2QUUA 4ADUA 5AYXA 1H63A 1QR7A 3FFSA 4IMEA 1FXQA 5D37A 2FPTA 1H7RA 1FWWA 4NNCA 1C9DA 2J24A 3OVPA 1ZNNA 2A7PA 4IX2A 3W7QA 3STFA 3TR2A 5AOUA 3TJLA 1B9BA 1Q45A 4LRSA 5I3IA 1SO6A 1UUMA 4JTFA 5DXXA 1KM5A 1GYLA 4NXKA 1A5AA 1B57A 4JYDA 1JQVA 3NVTA 1TTQA 4W9TA 3DFPA 4XKYA 1G67A 1UASA 1LCOA 2VEMA 3OG3A 2RH9A 4QIUA 1GOXA 1TPWA 5HINA 3LHUA 3NZ1A 3PUDA 1ZAHA 1LBMA 3HPSA 4RX0A 2WNQA 3DFSA 1C29A 2F7FA 3P62A 5E93A 3A5FA 1H62A 3W83A 3EKLA 4S2CA 2NX1A 3W84A 3PC0A 1G4SA 1W37A 1X8FA 3IIPA 3OA3A 5D38A 1TTJA 4UTJA 3V75A 3W7GA 1RZMA 4LNYA 2E09A 1BKSA 5HULA 1DVJA 5C6MA 3W1QA 2ZA1A 3LOTA 2G97A 3S5ZA 2J27A 2TMDA 3W2NA 4NNBA 2CLFA 3UYCA 3PBUA 3IVTA 4HIBA 3R2GA 3NQGA 2BLEA 3NQVA 4DBEA 1JCNA 4M7SA 1V7YA 2CLOA 2WPBA 3GKFA 4IXXA 4NJGA 4JTSA 5F2GA 1RQEA 3EX4A 5DCDA 4QNEA 2G95A 1QFEA 3BW3A 2ZBTA 5FESA 5I3GA 3M5ZA 3N2MA 2Z6JA 3P5YA 1QNVA 3E02A 4FNSA 4KKXA 1K8YA 4MPQA 2XFWA 2C15A 2Y85A 3O16A 1ZJIA 4M5PA 3TCEA 4UTUA 3TXZA 2WSQA 4IUOA 1ICQA 5LGZA 5LNWA 3PBVA 1F2JA 1OF8A 3S6DA 1SR9A 4HNTA 3CWOX 4LY8A 1OFEA 2AQWA 3A9IA 2QCNA 1IIGA 1DOSA 3W88A 3RMJA 1LRTA 2X1TA 2BTMA 3GK0A 1RR2A 3JR2A 3KVJA 3S1UA 1XDMA 2J9YA 2JGQA 3B06A 2H6RA 1WOAA 4MJZA 1OABA 5K9CA 3NL6A 4LVGA 4XWUA 4UMBA 2ABBA 4UR8A 1I45A 4RXGA 2WV8A 3EXSA 5G2IA 4BWLA 5HR6A 5IBXC 3NA8A 3N73A 4UNLA 3W2MA 3ABOA 4M19A 1NEYA 3LM7A 2CLLA 4FX6M 2QCMA 3A24A 3H55A 2QJGA 1WA3A 3LRKA 2A6NA 3STCA 1FDJA 4WQ6A 2JBMA 4WXYA 4DELA 1KTNA 4TMBA 3SSJA 5F1VA 1FY6A 2Z0IA 3W7CA 4IPIA 4MKNA 1RPXA 1L6SA 2EGZA 4BI5A 2KZHA 4MZ1A 4LC8A 2J9ZA 3IRDA 3W85A 3S5YA 4JYFA 5AHFA 1K7FA 1WQ5A 5K2ZA 3USBA 5CKSA 4EF8A 4XQ6A 3R5EA 4TIMA 2QJIA 2VOMA 5DLCA 4JIQA 4MZYA 4MLRA 2BSLA 1T8XA 3DFQA 3UWYA 3BVJA 1FUYA 1NF0A 5DELA 2NXGA 4KWWA 4UTKA 4LVBA 3ABQA 2FFCA 4A22A 1VLIA 3LLDA 3O6YX 1NAL1 4FNRA 2ABAA 2FPYA 2GQ8A 4MIMA 4LRTA 1N8FA 4RJEA 4LWWA 2ZRXA 5CG7A 3TUUA 1UUOA 3IIXA 1GVQA 1XUUA 3TJXA 6TIMA 4Z1CA 1OFQA 1H61A 4L4LA 3LBMA 1V5XA 2E5DA 3FYOA 4Z0JA 3TXVA 3NQEA 4JY8A 2QKFA 1KM1A 3MP5A 4JDYA 1CI1A 4I9AA 4LV9A 1AMKA 3A21A 2G5WA 1OX4B 3L66A 1GVOA 2QCEA 1VPXA 5FEZA 4TR9A 1OG0A 1FWRA 3I7SA 4H6KA 1X1OA 3P84A 3G1VA 1I2OA 3TROA 1OFRA 4U4MA 4UFLA 4ZZ9A 2RKXA 4UXDA 1DV7A 3ATZA 4HT3A 3DENA 1KFKA 5FF2A 2TYSA 4AEOA 4HKPA 1KBIA 1H7WA 2QCCA 5TIMA 4TO8A 1HL2A 1OF6A 1D9EA 1PCKA 1VHNA 2V8ZA 3KX6A 4O1AA 5C54A 4MVAA 1QOQA 3FS2A 4IMDA 2DJLA 4D2JA 2PCQA 1S5TA 3LI1A 5AHEA 4A2SA 3MHUA 4JICA 2JK2A 1HFBA 1TPH1 2VELA 4JEQA 3QH2A 3W22A 1W5QA 1ZFJA 4OE7A 1RQHA 2GOUA 3QZEA 1IIHA 4FIRA 1ME7A 1T0OA 4O0KA 2CLKA 3DH7A 3TW7A 2P1FA 5IM51 4DF1A 3G0XA 3UZ5A 3CIWA 4OV9A 4C1KA 2E6DA 4BK9A 3YPIA 4IX0A 3P80A 1A5CA 2V30A 1OHLA 1QAPA 5CGQA 2QUTA 4UTWC 2VEKA 1YTKA 2XN1A 3HB9A 3Q37A 1P0KA 2BWGA 3W7HA 1DJNA 5E0KA 3ZS4A 3DFTA 5KTLA 4GUFA 1TV8A 4WOZA 4K7VA 1KFBA 3LV6A 3P82A 1KLZA 2CLIA 1TYGA 4JTLA 3I65A 4HHPA 1FDYA 3KVLA 3EB2A 2Z1BA 3PBWA 4RZ4A 4GWEA 2B0MA 2WKJA 3W1UA 5BNKA 4GUJA 3UWQA 3W9ZA 4QAIA 1KW1A 3EEGA 2Q8LA 3M7WA 4JS3A 3TX9A 1I4NA 5I3KA 3DXIA 4CQAA 4K7YA 5HJLA 3W86A 2W6RA 2A85A 3SIZA 1YDOA 2VFDA 3VI2A 1L6YA 2BXVA 1JCJA 2A4AA 3MBFA 2V81A 3IVSA 1J4EA 3EWXA 4GJ1A 1U83A 3C8FA 3G1AA 5EA9A 4ADSA 2YXGA 3FKKA 4Q32A 3NDOA 4MLJA 1VYSX 1I2NA 4CQ8A 1ME8A 1QWGA 4MOZA 5LSMA 4WY0B 3EKZA 3FJ6A 3W73A 4NNAA 4N9CA 2ZA2A 1SZNA 1TPB1 2Y63A 4O16A 5CZSA 2H8XA 4XKYB 2HMCA 3MHFA 1M7PA 4G1KA 4O14A 2NXHA 3BG9A 3QPYA 1HO1A 3HJZA 1W3NA 4DF2A 4DO4A 3W2JA 3EWZA 3L0KA 4FIQA 1EUNA 3LTSA 2I14A 4Q33A 5LHFA 1KV5A 4JX6A 3DU0A 4MFDA 4N9DA 1W5NA 3VFLA 5TQLA 3GB6A 2B7PA 1MSSA 1PV8A 5C5YA 1YLVA 5DN1A 1VCVA 4UIOA 2ZZ1A 1SFLA 4UFMA 4Y6GA 2ZRVA 2ZQ0A 1Q6LA 2PRHA 4AVFA 5FEXA 2FLIA 2ZZ5A 2C16A 1SUXA 1YPIA 1Z48A 4QM1A 4O11A 4IPJA 4N2YA 1FWTA 1SW7A 1UCWA 5BOOA 3GDRA 4QSHA 1THFD 2XN2A 2YW4A 3HG3A 1H1YA 3WK3A 4UR7A 4FXRA 1EUAA 1H50A 3STGA 3W87A 2B7OA 4LUJA 2PURA 2GUUA 2Y62A 4B5NA 2J88A 2WO5A 3QEZA 4NJKA 1XM3A 4X3ZA 2V5BA 1H7OA 3QQ0A 5I3JA 1SW0A 1T99A 3M41A 4O1BA 1F05A 3K30A 5KINA 1JJKA 2B4GA 2ZZ3A 3H54A 3QSRA 1YDVA 2NV2A 1TQXA 1N7KA 1I8JA 3W1PA 4BWLC 4DO5A 2JKAA 1A5SA 3L67A 4ALDA 1I2QA 2O7QA 1IGSA 3GVGA 1TPVA 5EY5A 3BLEA 3KVKA 1S5VA 3W76A 4TX9A 2NZLA 1C8VA 3EWBX 5AC8A 5K9DA 3CU2A 2ZZ4A 1VC4A 2YPIA 4WZHA 1BWKA 3B05A 3LCWA 2JKPA 3Q2DA 5BMXA 3Q94A 3IVUA 2CFFA 4H3DA 4Z1BA 2BZNA 4ZQMA 2OJPA 3UY8A 2RFGA 1OK6A 1RD5A 2WNNA 1AL7A 3KVMA 1OJXA 3G0UA 3PUEA 4MYXA 4K6AA 3P74A 4JYEA 4O57A 3UWVA 1VH7A 1XL9A 1CW2A 4XZ9A 4UCGA 3O07A 4LU0A 3W70A 2QUVA 2QDGA 4YMZA 1SFJA 5D30A 5HUOA 2ZRYA 1AG1O 3DZ1A 3UXAA 4PFMA 4CNNA 4UFHA 3P8IA 5SWUA 3PWAA 1YDNA 1F73A 1GVSA 2E6YA 4UUIA 4OGZA 5LNUA 1SQ7A 3LGEA 3S1XA 2D73A 5G5IA 2CU0A 1TPC1 4A3UA 4WY0A 1SZFA 5C55A 4R34A 3BLIA 3DKLA 3GXTA 3PAJA 3HG2A 3BW2A 4Y8FA 3GZ3A 1XFBA 4IMGA 2X1RA 2ALDA 1PHQA 2WOQA 1Y0EA 3PBYA 3PVFA 1R2SA 7TIMA 3FKRA 3QRHA 2Y70A 3PY2A 5T26A 1WOBA 3SZ8A 3HPXA 3ELFA 2CZDA 3PS7A 3TSBA 4IXHA 3UWWA 4O0ZA 3NQ8A 3TDFA 3UNDA 4IGHA 2NLIA 5AN7A 4RR4A 4FNPA 1LRNA 3T40A 3W7LA 2OMAA 2VXNA 3N19B 1JQXA 2GJNA 4CLMA 5KZEA 2PE4A 5TBOA 1F5ZA 4ML9A 4TMCA 3MI3A 3W72A 3MMTA 3P61A 1MXSA 2ZYFA 3E9AA 1QO2A 4YCPA 4LVFA 1F74A 4Z0SA 4KFOA 4LW7A 1VYPX 4UFIA 2EKCA 1JULA 1XC4A 1EIXA 3QSTA 3C56A 4GBUA 3DI1A 1G4EA 4RKAA 1FQ0A 2IQTA 2Y7EA 4RZ6A 3R89A 4LOCA 1NFBA 4ORMA 1FXPA 4XTDA 5D2YA 3LHYA 3O63A 3HGRA 2F84A 3OHIA 1NSJA 1K02A 4N6EA 3W7OA 4ICNA 4CQ9A 1M6JA 1NVMA 3NQFA 1TTIA 3SR7A 4OU1A 1ZY9A 3LB0A 3TFCA 4FNQA 3TC7A 3INPA 6ALDA 1TV5A 3KRSA 1FX6A 3BPWA 3SI9A 4A21A 1ZCOA 5AYZA 3JRKA 3L0NA 1KM3A 1ME9A 4EWND 4BFAA 1PL9A 4UTTA 1EP2A 3M5VA 3TW6A 4CNOA 3W7KA 1KFEA 4NUWA 5F4XA 3AO0A 3TNOA 1EEPA 2E6AA 2Y6ZA 1RQBA 5G4EA 1O60A 3G18A 4TU1A 3HQ1A 2C6QA 4HSNA 3QJAA 3R13A 1G4TA 1ML1A 3GKAA 3KRUA 4MUZA 3LBCA 3P67A 1EX5A 5AC6A 3NOEA 1VJIA 3B03A 3O8AA 4GC4A 1W3IA 2VFIA 3T44A 3L5AA 2P10A 1W54A 3S1WA 3DBPA 3CEUA 3I7RA 1RVGA 4O18A 1LOQA 2GVLA 3W07A 1UJPA 1OFPA 1VZWA 1FCBA 3HBLA 1HTIA 1O4UA 2CLMA 2FB3A 1A53A 1YXDA 3NQAA 4PL2A 3HMJG 4JDBA 4O52A 3LHZA 3N9RA 1TQJA 5EYWA 5AYYA 4DO6A 5G1YA 1K03A 1AW5A 1LBLA 2DZUA 3CC1A 2FIQA 3FIGA 3W3OA 1YADA 4LUIA 2A2IA 4PTNA 5HR7A 2V2DA 2DZPA 1DJQA 4O1CA 4O4WA 4OHQA 3PF3A 4LC6A 5F4WA 2JKEA 1T96A 1SO3A 3C4UA 4RLIA 4AHQA 4J9JA 4WD0A 3CWNA 1QCWA 1TPFA 5G1TA 5AHIA 1IXNA 5CPLA 3C2FA 2V9DA 1GZGA 1R47A 3W7DA 1XUZA 2QR6A 3E0IA 4UNKA 3S9YA 1WAUA 1B3OA 4FO4A 4EOUA 1UB3A 2QCDB 1XXXA 4JNMA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1KM2 A;  2QGH A;  5KZD A;  1OX4 A;  5AEC A;  2BGN E;  2XVN A;  4JZ5 A;  3S2N A;  5FAC A;  1CDG A;  4A8N A;  3MBD A;  3BGJ A;  3V0U A;  1BTM A;  2W67 A;  1BAG A;  3I6R A;  1TPU A;  1YMY A;  5JMU A;  1MDR A;  3N4A A;  3R0D A;  2O4M A;  3DHU A;  4YCO A;  3LY0 A;  1IEQ A;  3ZWS A;  2V5J A;  3SAD A;  4M8U A;  5M2F X;  3BAI A;  2DT3 A;  3EOL A;  1W9B M;  3I7Q A;  3IIZ A;  4XX6 A;  1SO4 A;  4KF1 A;  2OYK A;  4QG9 A;  2CIP A;  2EO7 A;  3NQ6 A;  5DQP A;  1EX1 A;  3WUG A;  3VNZ A;  3BO9 A;  3ECQ A;  1W32 A;  3TYZ A;  3FCP A;  2H9A A;  5CPO A;  4FXJ A;  1MUM A;  1WZA A;  5EU9 A;  4W88 A;  1TIM A;  3CIX A;  4E3T A;  2UY3 A;  4GC3 A;  4K39 A;  4BQ3 A;  4DM2 A;  3FVM A;  1JR1 A;  2GSE A;  2P0O A;  3VIM A;  1XCX A;  3N2X A;  1W5P A;  2CZE A;  1OAD A;  4NAE A;  1TB3 A;  2VYO A;  4K37 A;  2RHG A;  3NQC A;  2WCA A;  3OO2 A;  1X7F A;  3S5N A;  4OT7 A;  5EMM A;  3WJZ A;  3PN8 A;  4JX4 A;  1XJB A;  1ISY A;  1U1U A;  1UBS A;  2XIO A;  1U2Y A;  1NFG A;  5EMU A;  4ML4 A;  1ZJB A;  4ZVJ A;  2J7E A;  4XK2 A;  1XLK A; 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