3PBU | Genus

Total Genus 88

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	88
sequence length	219
structure length	219
Chain Sequence	VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAISVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDLL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: importance of residues in the orotate binding site. pubmed doi rcsb
molecule tags	Lyase
source organism	Methanobacterium thermoautotrophicum
molecule keywords	Orotidine 5'-monophosphate decarboxylase
total genus	88
structure length	219
sequence length	219
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2010-10-21

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3pbuA00

3PB2A 1TREA 3F03K 3NQ2A 4N6FA 2Y6ZA 4RZ6A 5D38A 1DKWA 3C4UA 1KLYA 1TIMA 4K38A 5CZTA 1F7BA 4O1AA 1B4EA 3TQ0A 3T40A 1T96A 1X6UA 3A5FA 3C8FA 4ADSA 4GXMA 4JYDA 1TPC1 4EWND 3DFTA 2DZXA 2E6AA 3GB6A 3UWQA 3F1QA 4MYXA 4IOTA 2HS8A 3W1NA 1I2OA 1YXDA 1RQBA 1I2PA 1OX4A 4RCXA 1RZMA 3QSTA 5CZJA 3NXFA 3OA3A 1XM3A 1EX5A 2NUWA 3N73A 5HQEA 5K3VA 1GQNA 1LRQA 4JYFA 4WY0A 3CT7A 3NVTA 5AYYA 2E6DA 2W79A 3O6CA 3W73A 4Q33A 4R34A 1Z41A 3WFAA 5F1UA 3WJZA 2Z0IA 4DXVA 5FEPA 4NJGA 2Y7EA 3P5ZA 3BVJA 4IPIA 3LRKA 3S1UA 3LBCA 5CZ0A 3TXZA 2O7SA 3HPZA 4EF8A 3EX2A 4GRSA 4O12A 1Z48A 2DZPA 3T55A 1S5TA 3V75A 1PHQA 1VYRA 4QAIA 1ALDA 4FX7A 3W22A 4O53A 5DBTA 1YADA 4RV8A 5TBOA 1W5MA 1TPDA 4ALDA 5EMUA 3PSVA 1H7RA 2YDAA 3NDOA 4K36A 2C13A 2VEPA 2WSYA 3CIXA 2JK2A 4IXXA 2WPBA 3S5YA 3C2OA 1F76A 4O16A 4LC6A 4NX0A 1SW3A 1H7NA 2ZCGA 1BWLA 3DFSA 1PE1A 2HSAA 3QFEA 4K8EA 5TQLA 2XFWA 2ZZ6A 4GC4A 4Q32A 1UASA 5LKYA 4DF0A 2ZZ1A 3PUOA 3S9YA 3WJWA 2J9XA 3TW7A 2P1FA 4LTSA 4UTTA 1W31A 1RVGA 3VKJA 2Y7FA 1FWNA 1F5ZA 5HUPA 2ZZ5A 2V2DA 3W3OA 3NQ6A 2EHHA 4PL2A 4TO8A 1PS9A 3W9ZA 4Z1CA 5IBXA 1OFDA 4OV9A 1YXYA 3I65A 4O28A 3NZRA 3HJZA 5LNSA 1FCUA 4AHPA 5C55A 3N19B 5HMSA 2Y62A 2VELA 3NPWA 2RH9A 3DHDA 1WX0A 2FQIA 3BO9A 3FIGA 5HWJA 3F4WA 1BTMA 1I2NA 4LY8A 4TR9A 5G4WA 1PCWA 1W54A 1TPVA 2A85A 1R30A 4UFMA 3UYCA 2X16A 3TUUA 1N55A 2V5BA 4MZYA 2V82A 1A5AA 1VLWA 3STFA 2CZEA 3L2IA 3TSMA 5AOUA 1VHCA 3EX4A 4FNTA 3TH6A 4IMCA 4WOQA 3SJ3A 3KRUA 2P0OA 1ME8A 1GVRA 1SO4A 4LVDA 2CU0A 2QKFA 2A4AA 3O6YX 3UZJA 1FCBA 3PULA 3Q2DA 1KM6A 1K03A 2RHGA 2GPTA 3GNNA 4AVFA 4O11A 1XI3A 4BFAA 1WBJA 1W5QA 1KM4A 1DL3A 4FXSA 5DCDA 3NL2A 1GYLA 3Q94A 1YYAA 1AW1A 3S1VA 2YFNA 1JRCA 3IIPA 1YXCA 1LROA 3QMRA 3EWBX 4YCPA 4JGDA 3PC0A 3PF3A 4JX4A 4UC5A 3P61A 1OFRA 3RLVA 2FPYA 4WQ6A 2RDWA 2TYSA 3EXTA 3PAJA 5CGQA 4JIQA 3L0GA 3TFXA 4XKYA 2ZZ4A 5I3KA 2Y70A 1DV7A 2VFIA 5LHEA 3I7QA 2RFGA 2VC6A 4Q4KA 4FF7A 3W88A 5H91A 4GUHA 6TIMA 1L6YA 4AWTA 1LDCA 3LGEA 4BR1A 3NQCA 2NUXA 3N9RA 5CZSA 3L68A 4BF9A 1PCKA 2ZRYA 3S5NA 4S2CA 4P61A 3TE9A 2QCHA 3NQAA 4WUIA 5DCEA 1I8JA 1X1ZA 1NF0A 4O4VA 2PRLA 1OFQA 1IGSA 2F84A 4FEZA 1TV5A 3WJSA 2BLEA 4DPPA 2V9DA 3OVRA 2FLIA 4BK9A 4LVAA 1SPQA 1ZY9A 1H1ZA 4YLWA 2NX9A 2B0MA 4PH6A 3W2LA 5K9CA 3NL6A 1G69A 4WXZA 4JTSA 5LNRA 1SZNA 3S5OA 1T8XA 4PFMA 2Y88A 2BSLA 4NQ1A 1QDSA 3ABSA 5J5RA 3KVLA 5FF2A 1XBZA 3W2KA 1TPEA 1LBFA 1KFEA 5G2IA 3HPXA 1IXPA 3EX6A 5DY2A 4L4MA 1VYSX 2E6YA 5FF3A 1O5KA 3H55A 4MJMA 4UUIA 3MMTA 4O0KA 1SFLA 1TMHA 4UTKA 3G24A 2ZZ7A 3G1SA 4LRTA 3LX9A 3N2MA 5AN7A 4PA8A 3DI0A 1YTKA 1QNVA 3M5ZA 4JS3A 2ZRXA 5KMYA 2YZRA 1XKYA 3UPWA 4JTHA 3W7OA 3IIVA 1HO4A 1S5VA 3N14A 1XXXA 2DJLA 1OFBA 3CEPA 2VKZG 3TMLA 1UB3A 2X1UA 1ZCOA 1GZGA 3NQ8A 3W2NA 2QCNA 3TFCA 4MY8A 1ICSA 2YXGA 4RLIA 4XQ6A 4UFJA 3FEMA 2ISVA 2YCEA 5FEXA 1LORA 3IVTA 2ZTJA 3NM1A 3MJYA 2I9EA 4MZ8A 3LLDA 3YPIA 3RNDA 1DBTA 1SO6A 1ME9A 2GVJA 2YW3A 3BK0A 1JCNA 3C2FA 4L4LA 1S3HA 4MLRA 3CWNA 3W2MA 1QO5A 1EP1A 4DO5A 1YPFA 1OX6A 4FNSA 3P62A 3O16A 4U28A 1TRIA 3P60A 2DP3A 3GIYA 3DFNA 2J6XA 5DBUA 3VCRA 3M1ZA 5E93A 4WJEA 4MY1A 3SR7A 1L9WA 4XTIA 3U6WA 1H7WA 4JTIA 3R5EA 3EXRA 4CLMA 2VFEA 5LNUA 3N2XA 4HSOA 3FFSA 3W70A 2W6RA 2E09A 2YFOA 1I2RA 1FBAA 3NGJA 5HWMA 4HT3A 2ZA2A 3UY7A 4YXGA 3C6CA 3DAQA 3ZWSA 3LXBA 4AXKA 4HN4A 3E12A 2TSYA 3G8EA 3QC3A 4E0CA 1G67A 1EPXA 4BWLC 3EXSA 1IXOA 1KFKA 3UWZA 3QJAA 1LLZA 2QDHA 1ONRA 3TR2A 3TA6A 3P80A 4ONVA 1LRNA 1E51A 3CEUA 3FJ6A 2C0AA 1XBVA 3T78A 1I4NA 3LI0A 2VFDA 3EWXA 3M44A 1H7PA 3W85A 3W1XA 3M43A 2QCLA 1AK5A 3W75A 2TMDA 2WO5A 1KM3A 1SW7A 3QPYA 3TQVA 1OF6A 3O63A 2JGQA 5I3FA 5DLCA 1EUNA 2YGYA 2ABAA 3BLIA 2ATMA 3A24A 3NPVA 3P84A 2FFCA 2JGYA 3SECA 5I3JA 3QYQA 4JEQA 2QCGA 2R14A 4JXCA 3SFKA 3C2VA 3GAYA 3SIZA 1W5PA 4NUWA 5K9XA 4HIBA 2PE4A 4QQ3A 4A3UA 4JN6A 3K30A 1GEQA 3M0ZA 2WV8A 4I7VA 4Z0JA 4FNQA 1FXQA 3W1AA 4JTFA 3SY5A 3Q37A 3PBVA 1UBSA 3GR7A 1EUAA 3EKLA 2A21A 5F2MA 1KBIA 4M19A 1W1ZA 3LI1A 2GUUA 1OFOA 1SSDA 3S5ZA 3BW3A 4GUIA 7TIMA 4OHQA 5L6UA 2E5DA 4M7TA 3DFQA 6ALDA 4AWSA 1LTDA 3KOFA 4EVZA 2QUUA 4Y90A 2ZZ3A 3W6YA 3A21A 4YCOA 1J4EA 4Z1BA 2BX7A 1YTEA 5D05A 3KX6A 4DF2A 3G1XA 3THAA 2CLKA 2GQ8A 3B0UX 3CHVA 3BLEA 2VENA 3E96A 4ZZ9A 3USBA 2DZUA 3W1RA 3KRSA 3LTSA 3LERA 3TJLA 4CQAA 4CCDA 5CPNA 2JKPA 3BG5A 5KZEA 3VFLA 3MBDA 2A1YA 1EB3A 2A7RA 3W23A 2RDTA 5F2LA 2NXHA 3P81A 2JBMA 2QJIA 3NPXA 1T0OA 3W86A 3LB0A 3G18A 3O6DA 2ZA1A 3CU2A 2X1RA 4R53A 3HG4A 1W37A 3FS2A 1DJQA 3O1NA 4HKPA 4UFLA 3MYPA 4FNUA 4KFOA 5CG7A 3NQVA 1DVJA 2G5WA 4X22A 4LVBA 1OF8A 4XBSA 3SI9A 4CNOA 4ZQCA 4I9AA 1NSJA 2A2IA 4Y9AA 2V81A 1H7XA 4LUJA 1K8XA 2D73A 1WXJA 2QCFA 4IMDA 1YPIA 2Y63A 2O7QA 1N8FA 4O52A 5D32A 2HMCA 3SZ8A 1XUUA 1SO3A 1G7UA 4XTDA 5BMWA 1XC4A 3W7JA 2B7QA 2G96A 5AYXA 3IEBA 3BPWA 4O50A 3BARA 3GKFA 3LV6A 3HG5A 3W2UA 2ZQ0A 4QNEA 2VEKA 1DHPA 1B3OA 3PG9A 1JCYA 3W7QA 2HS6A 4PEKA 5EY5A 1JUEA 1ZENA 2QUTA 4O1CA 3W7GA 2V5LA 3L67A 2R91A 3IGXA 1TV7A 1OJXA 3NQ7A 1Q6QA 3FOKA 5HUOA 3STEA 5KITA 3B04A 5LHFA 1Q45A 3ZWTA 1LCOA 2EF9A 2QUVA 3B0PA 3HIJA 3LCXA 2QCMA 3HGOA 4NXKA 4UTHA 5U4NA 5DY3A 4ZVJA 1MEHA 1O95A 1W5OA 3KFTA 3W87A 4NNCA 2A6NA 2P10A 1FWRA 4AEOA 3BG9A 1TB3A 5FI8A 1KM2A 4O17A 2WSQA 4N6EA 4O8RA 1LRTA 2A6LA 5DXXA 3DU0A 1QPRA 4JDBA 4AB4A 2DZVA 3GAKA 3HF3A 1GPWA 1QOPA 4LS1A 5F1VA 1LBMA 3NQGA 4WXYA 4IWWA 3LHVA 4NZFA 3THQA 1MO0A 2V30A 1KFJA 4IGHA 3BV4A 5D2WA 2BWGA 2C14A 1CI1A 1XUZA 1ZAHA 4N2YA 1NF7A 3PR2A 5MHBA 1FXPA 3OBKA 1B9BA 3S8HA 4CQ8A 1OG0A 1RPXA 3P8JA 3NQFA 1MXSA 5AFDA 3ABRA 3UNDA 1TRDA 1SZFA 1RQHA 1W3IA 2Y89A 4FO4A 3TCEA 2G95A 1EWEA 4O54A 5KSWA 3IGSA 1TTJA 4CNNA 5D2VA 3OIXA 1R46A 2V2HA 2QR6A 3L5MA 4HNTA 3L65A 4MUZA 4KFPA 3L0NA 1QCWA 4S1FA 3DXIA 2HTMA 1VCVA 4O0ZA 5G5IA 1S5WA 2ZRUA 3QZEA 3NOEA 1B57A 3P82A 4QJ1A 4ZQRA 5H2ZA 4NNAA 4FXRA 1ZFJA 3F4NA 3QH2A 5D04C 3STGA 2E5CA 2QDGA 1FWWA 3C2EA 3HGRA 3I68A 3CLMA 4ICNA 3EWUA 1H61A 4YMZA 2PRHA 2CLIA 2FB3A 2QJGA 3QF0A 1AW5A 2QCDB 3W72A 3RMJA 2B7NA 5U7SA 2CZ5A 4CQ9A 3ZFHA 1L6WA 2CWNA 3G1DA 3CWOX 1GVSA 1TYGA 1KFBA 1KA9F 1X7FA 3M5VA 3QMTA 4X3ZA 2DZWA 3GR8A 5AC6A 4UR7A 3E02A 3SGZA 3DBPA 1AW2A 1D9EA 2V0TA 1UJPA 1OVDA 1N7KA 1KV8A 1TTIA 3L5LA 4E2BA 3M16A 2C15A 3G1HA 4U4MA 3ABOA 4HHPA 2VFFA 3I6RA 1VH7A 3QW3A 1W5NA 3OHIA 4CNPA 3DH7A 4JY9A 3T7VA 1JJKA 1D3GA 4IMEA 4ADUA 5KTLA 4GNJA 5KINA 2XN0A 4QIUA 3M6YA 4TIMA 1JVNA 4UFKA 4JY8A 3W84A 5C6MA 4LUIA 5FEZA 3W7NA 3CC1A 3PUDA 4IPJA 2X1TA 1Z44A 5BRBA 3RF9A 3S1WA 4J9JA 5D37A 3UZ5A 3G1AA 1DQWA 3BGJA 4N4PA 3TC6A 4DO4A 2GQAA 5ABTA 3QMSA 4FNRA 1LM1A 3W1UA 3G1FA 3R89A 4N9CA 3LXCA 3WK2A 5FEWA 4O10A 2WNQA 3EEGA 3EWZA 3P67A 1AMKA 1TPH1 2EAWA 3NQMA 3R12A 4QISA 1OFPA 5FF0A 2NUYA 4MPQA 4GUJA 3VE7A 4ADTA 4M6QA 1SQ7A 3GKAA 1O60A 2OJPA 5G2WA 3W2JA 3FKKA 3TV8A 1UUOA 2VEIA 3LTYA 1NAL1 4OT7A 3S42A 5DCBA 4E38A 1GVQA 4DELA 3QPZA 1FDZA 2NLIA 1W3TA 1ADOA 1TTPA 5K4XA 4JX6A 2NXIA 3QW4B 5A8GA 5D2TA 4O1DA 3GZ3A 4LWWA 5CSRA 2R94A 2FTPA 4XUGA 5TIMA 2EGZA 1QPQA 3JS3A 3LTPA 4LOCA 1J2WA 3NG3A 4JTJA 1TCDA 3V1PA 4LC8A 1P4CA 2YYTA 1WYIA 1K8ZA 2DU2A 4DPQA 4CCCA 1DJNA 3U8GA 3MHGA 1Q6OA 2ZA3A 2ZTKA 4O19A 4KWWA 3UY8A 4E2DA 4G1KA 1SO5A 3PS7A 4OU1A 1LOQA 2E77A 3DZ1A 1JRBA 1XCFA 3QM3A 3W1PA 3CIWA 2KZHA 4AMAA 1FQ0A 3E49A 3W71A 1WAUA 3I7SA 4Y8FA 2GVGA 4PTNA 2CLHA 2QJHA 3W7IA 1G6CA 3G3MA 3NEVA 3MYOA 1VS1A 3TDFA 3P5YA 1H51A 1R2TA 1VC4A 2OCZA 2ZRWA 1L6SA 3BGGA 4JX5A 1KM0A 3KAOA 3CQ0A 3A5VA 3EWYA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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