3PBY | Genus

Total Genus 88

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	88
sequence length	219
structure length	219
Chain Sequence	VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLSTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDLL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	Orotidine 5'-monophosphate decarboxylase
publication title	Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: importance of residues in the orotate binding site. pubmed doi rcsb
source organism	Methanobacterium thermoautotrophicum
total genus	88
structure length	219
sequence length	219
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2010-10-21

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3pbyA00

5AHMA 2Y6ZA 4HT3A 2H3BA 2C16A 2JBMA 1KFKA 5H2ZA 1YTDA 1WA3A 4XKYB 3IGXA 4O19A 5DBUA 2OT1A 3MI3A 2OMAA 3UPBA 1PCWA 2QEZA 2QCFA 5F2MA 1D9EA 4RZ6A 1KFLA 5EYWA 1EWDA 3OVRA 2NWRA 4RR4A 1TSIA 3T40A 3PSVA 4O15A 2VOMA 3CIWA 4NT0A 2DZUA 5D09A 3OVQA 1NF7A 4ORMA 1FY6A 3M1ZA 5TIMA 2B7OA 2Y63A 3DKLA 3G1HA 3WK3A 3W7OA 3W70A 3TIMA 4HSOA 3W87A 4JYFA 5CZ0A 3W86A 4LV9A 4UTWC 4BR1A 3GIYA 1UUOA 3W7LA 4YMZA 3ABSA 3LOTA 3S8HA 2HS6A 2ZQ0A 5KTLA 4UFMA 4O8RA 2AQWA 3UY8A 4S2BA 1LOLA 3C2FA 4JXCA 2ALDA 2GQ8A 5D38A 3LGEA 3B0UX 2CU0A 1R47A 5L9FA 5LNUA 4GWEA 1EX5A 2H6RA 2C13A 4M6PA 5DLCA 4M5PA 5BNKA 4AWTA 3UXDA 4AAJA 4FNUA 3YPIA 3NPWA 4UFHA 3INPA 4CQAA 5D2VA 4FNTA 3TNOA 1F6KA 2Y7GA 4S1FA 5DXYA 4JIQA 3LHWA 1PCKA 4AHPA 2DU2A 1LROA 1SO5A 4IMDA 1JCYA 2IQTA 4WUIA 3PUEA 4J9JA 3THQA 3G0SA 5HR7A 5D2XA 3OG3A 4DO4A 1SUXA 1JJKA 2CZEA 2GVLA 4KWWA 5LSMA 2BZNA 3TX9A 2G5WA 3LX9A 3NL3A 4TMBA 2E5DA 1TPWA 4BI5A 2DZTA 5AC8A 3NXFA 4JY8A 3W1QA 4DBDA 4IUOA 2ZTJA 1AL7A 4Q32A 3S5OA 4NNAA 5BRBA 3W1XA 3TCEA 3NZ1A 2FPTA 3KFTA 2BXVA 3DZ1A 3OHIA 3KOFA 3W1NA 4QM1A 5AYYA 1XUUA 3W2JA 2I1OA 4PH6A 3M41A 1UCWA 3WJWA 5C54A 3W72A 1KTCA 3TXZA 1ZFJA 3TKFA 1KTBA 2NUXA 4GUJA 4LS2A 4FIQA 1P5BA 3VI2A 1ZCOA 4NJGA 4NXKA 5I3GA 5DY2A 3WK0A 1T8XA 3F1QA 3PBVA 3RK8A 3OIXA 1OF8A 3KAOA 2WSYA 4I7VA 3W2KA 5CPNA 4K7YA 3L5LA 3LLDA 2B7QA 2V81A 4O28A 1U83A 3LRMA 3P8JA 2FB3A 1LYXA 2QAPA 4IOTA 1IIGA 1W37A 3D0CA 4JDBA 5HWMA 1Q6QA 2WSQA 3RLUA 3L9CA 4EOUA 5D32A 4DO5A 3QW3A 1WV2A 3B8DA 2C18A 1TPEA 5FF7A 1I2QA 1L2UA 5F2LA 4Y9AA 1FCUA 3A21A 1H60A 1W8SA 1YXYA 3G18A 4MLJA 1JRCA 2TSYA 4DF1A 2CLHA 1TJRA 1FXQA 2BLEA 1JCJA 3P80A 1RVGA 4OHQA 3KVKA 3S0CA 3S9YA 4Q33A 3QMTA 2X16A 3W83A 2WO5A 5KSWA 4Z1DA 2YX0A 4MLRA 3UWQA 3L0NA 3A24A 3IVUA 2OX1A 5U4NA 3LV6A 3TK7A 3NG3A 4KFOA 3PBWA 1OX6A 3IEBA 4O4VA 5D2YA 2TMDA 5LNWA 3M5ZA 4A29A 1OYAA 2DZPA 1DV7A 5DXXA 3H53A 2WNNA 5D02A 1SSGA 3DXIA 4EVZA 3C52A 3LB0A 3QM3A 3MYPA 1SW0A 1Q6RA 4UFJA 4HIBA 4QNWA 4NNBA 4UNKA 3NPUA 1RR2A 4EF9A 3W6YA 3W22A 3S1WA 1OFPA 3FYPA 4FHAA 4R7JA 3F03K 4JDYA 3G1YA 2QDGA 2QCCA 1XBVA 2YR1A 3B0PA 4XQ6A 1M7PA 5HMSA 1QOQA 2PCQA 1D3HA 4LOCA 3CLMA 2QAFA 3B03A 1FWSA 1Y0EA 2VEPA 4N9DA 3MP3A 3KXQA 1SZNA 2FLIA 3LBMA 1JCNA 4BK9A 4XKYA 1KFJA 4FXRA 1XL9A 4GXMA 3DFNA 4Y90A 4TX9A 4HPXA 1AW2A 2H8ZA 2ZA1A 2QUUA 3TROA 3W75A 1W5PA 2V82A 1FDJA 1HFBA 3DAQA 4C1LA 3P7YA 5DN1A 1JRBA 4YCPA 3LM7A 3SECA 1ZAHA 2PURA 4JN6A 1WXJA 2Z6JA 3ABQA 4JX5A 2EF9A 1GT8A 1QOPA 2ZRXA 4ONVA 1WDWA 4K38A 3E49A 3M6YA 2GUUA 2X1SA 3S6DA 1LTDA 2V5BA 3CPRA 3W7QA 3GB6A 2OZ0A 2YZRA 1B4KA 4JTGA 2FIQA 1H7RA 6ALDA 3A22A 1KFEA 4AEOA 2NXHA 1Z48A 5H91A 1TPDA 2X2GA 2RDUA 4LV4A 1RD5A 3CIXA 2DZSA 5I3KA 2A1YA 1KTNA 5MHBA 3C3NA 4I7WA 5CZSA 1TPC1 2GJNA 1B57A 5FI8A 5ABTA 3FFSA 1LOQA 1RV8A 5HUOA 5C6MA 2NLIA 2RH9A 3UD6A 1X8FA 4ML9A 5LHEA 2ZA3A 2QKFA 3R8RA 3KVMA 3JR2A 3I7RA 4BWLC 1QMLA 2QCEA 3LBCA 2YW4A 2JGYA 3O8AA 2YPIA 3CT7A 4ZQOA 3B4UA 2Z2UA 4A2SA 2R14A 3QMSA 3NL5A 1N7KA 2V9DA 2A21A 3PG8A 3UWZA 5D05A 3O6CA 1YDVA 1YTKA 3AJXA 1M7OA 4WY0B 2NX1A 5A5WA 1GEQA 2HTMA 2WJZA 1JCXA 1FDZA 1NF0A 3V1PA 2H3DA 2H8XA 4IPJA 3CU2A 4N02A 4HNVA 2G97A 2QJIA 4X2RA 1KW1A 4I7UA 3LCFA 3LCXA 5F4SA 2QCGA 1IXPA 2R94A 1MSSA 3A5VA 1TJPA 3BO9A 1WQ5A 3HF3A 5AC6A 1GTEA 3A5FA 3ABOA 1O60A 4U28A 3LDVA 1IXNA 1RQHA 2RHGA 3EWZA 3EWUA 4QQ3A 1H63A 3IIXA 1TTPA 4UXDA 1QFEA 3NM1A 3SSJA 1MXSA 2V0TA 2RKXA 1O5KA 1VH7A 1CI1A 1DHPA 3QRHA 2FDSA 3M16A 1W56A 5AHEA 3BLEA 3RFAA 2Q8ZA 3MJYA 2Q8LA 3BLIA 4QISA 1A50A 4Z0JA 3LTSA 1F2JA 3M9YA 1TMHA 4M7TA 1F6PA 5C2XA 1YLVA 3W1TA 4IQLA 3BG5A 4AF0B 4CQ9A 4FNRA 3UQNA 4B5NA 3SJ3A 4XUGA 5F2IA 5LKYA 3LRKA 5E93A 2JKEA 3MYOA 5KINA 2FPVA 1EP2A 3QSTA 4LC8A 1W54A 1DBTA 4XTDA 4HNUA 4O16A 3C61A 3UNDA 4JTJA 3GAKA 4ZQMA 2B7NA 3W7MA 4IXXA 3VKJA 3STGA 2BWGA 3FYOA 3DGRA 3LV5A 4QNEA 3C8FA 3IGUA 4DXVA 2ISSA 3EX6A 3DHFA 2AGKA 4LVGA 1OX4B 1ME7A 4MFDA 3OVPA 3EWYA 3PS7A 4FB7A 1ZJIA 3TW6A 5K9DA 5LNVA 1EP3A 3DFPA 3M0ZA 5HULA 2V2DA 4X22A 1MEHA 4PL1A 4LVDA 1TPB1 4P2VA 4HN4A 1FUYA 3TQ0A 1H7OA 5KZEA 1W5QA 3USBA 1FQ0A 2PRMA 2W0UA 5AYXA 4FNPA 3W07A 4FEZA 4MY8A 4H3DA 3HIJA 3HPSA 3BPWA 4LT9A 3DFOA 4JYDA 5HNRA 1ZENA 3IIVA 4N9BA 2YXGA 4LVBA 3R89A 4IPIA 3P81A 1VLIA 2VFIA 2WV8A 3IVTA 1KFBA 5LZLA 5LGXA 4FX6M 1TTJA 2YFOA 4XBSA 1Q6OA 4XTIA 2E6DA 3EWBX 3SGUA 2NV2A 3QH2A 4ZZ9A 1TV7A 1DQWA 1G4EA 1F05A 1J4EA 4O50A 2R8WA 2WQPA 3CWNA 3G8RA 3TA6A 3UWUA 1GYLA 2ZRZA 3IGSA 4GNJA 1GVQA 3TU9A 1FWNA 4DPPA 1K02A 2F7FA 2HMCA 1EP1A 3EWWA 2DZWA 3ZWTA 2B0MA 3GR7A 4PC8A 3KRUA 3LTYA 1XDMA 1UUMA 3WJZA 3BGGA 3PULA 3W1MA 1R30A 3MMTA 3M5XA 2Y70A 3SI9A 5AYZA 3R12A 1LCOA 4U4MA 4RJEA 1GTHA 1F74A 2JKAA 2VEMA 3QW4B 4UR7A 3PF3A 2E5BA 3TC6A 1S3HA 4WXZA 1JCLA 3KVJA 1W0MA 1WAUA 1DQXA 4JTFA 2Y61A 1FWTA 3NPVA 3W3OA 1W1ZA 3MBFA 4N6FA 5G1TA 3N2XA 1QPQA 2NX3A 3HPXA 3ABRA 3O16A 1SO3A 3RMJA 3LCIA 1I2OA 2E68A 3PR2A 1JR1A 4UTTC 2WKJA 3BW4A 4Z1BA 4NXSA 4WY0A 3HJZA 4A2RA 1UJPA 1O5XA 4UTUA 1R2SA 3G1FA 1PHQA 1ZAJA 5BOOA 4MUZA 3F4NA 2Y88A 2CLIA 3HG5A 1SU5A 3IIPA 3PB0A 4ZQPA 2JGQA 3DI1A 1YTEA 1IIHA 3E12A 4M19A 2DORA 5FF3A 1R2TA 1VHCA 4M7SA 2C3ZA 5EKYA 3C0JA 3I68A 1GOXA 3QZEA 2ZZ4A 1B3OA 1HTIA 3JRKA 4ADTA 1SW3A 3DHDA 3FA5A 3A23A 2J6XA 5FESA 5GVJA 3S5ZA 4XZ9A 4ZQNA 1ZHAA 3O15A 3HQ1A 3LHTA 1GZGA 4OV4A 4CCDA 1LRTA 5HWNA 4ZVJA 4BI7A 1KM4A 4O1AA 5DELA 1A5BA 1DORA 1L6YA 2YGYA 2ZTKA 4RZ5A 4UTLA 5CSSA 2VFEA 3GXPA 3Q58A 4AF0A 1KM5A 4AVFA 3W88A 4IX2A 2FQIA 2QUTA 4GJ1A 1JVNA 4MKNA 3ATZA 2A7NA 4IX0A 2O7QA 3U2OA 1EWEA 1YADA 3LRLA 4W9TA 4DF2A 4UR8A 3GYEA 1E51A 3ZWSA 3TDFA 5HR6A 1SFLA 4A21A 4TMCA 3W1PA 4K37A 4LRTA 3L2IA 2QCLA 3EXTA 1GJPA 3VCRA 5FF4A 1KV8A 3Q37A 3GNNA 3TFCA 4WJEA 1OX4A 4NX5A 1WBHA 3NQDA 4MFEA 3NEVA 1AMKA 1SFJA 3L21A 1FDYA 2EPHA 2E6AA 3B04A 4AXKA 4RLIA 3G1SA 1SZGA 4OBTA 1G67A 4MY9A 1F5ZA 8TIMA 1S5VA 2X1UA 4AHOA 3W2MA 1IGSA 3NO5A 4FXSA 5IBXC 4PFMA 3QSRA 3GXTA 1ALDA 3HGJA 2E5CA 2JKPA 5DCEA 4O18A 1C9DA 3EB2A 2Q3RA 4FIRA 1LBLA 3MUXA 4O0ZA 1VR6A 3S5YA 1VPXA 1GVFA 1C29A 2TPSA 1LORA 3QJAA 3UPWA 1YXCA 4DELA 3B05A 3STCA 2QCHA 5DBTA 4TU1A 3W7EA 2PRLA 1LZOA 5FEWA 5G5IA 4JX4A 5BMXA 3NPXA 1EA0A 4LVAA 1K7EA 4E0CA 3S1VA 4JTSA 2W6RA 1K7XA 1Q6LA 2RFGA 4UTMA 3BVJA 3NR0A 4IMCA 5G2WA 5LHFA 1RQBA 3N2MA 4L4LA 3BK0A 2KZHA 4IMGA 3Q2DA 5K4ZA 3FKKA 3SZ8A 3BG3A 5E0KA 4HNNA 3NQAA 1T0OA 2C15A 5AB3A 5F1UA 1WOBA 3TFXA 2CZDA 3UXAA 2HSAA 5IM51 1ME8A 2EKCA 1O95A 4MVAA 4JTHA 4GBUA 1H1ZA 5I3IA 3PBYA 4EIVA 3QYQA 3PB2A 1H62A 5D2TA 3UZJA 5CPOA 2AAMA 5G4EA 4WQ6A 4ZQRA 1OHLA 1WX0A 2ZZ2A 3GXNA 2J9YA 4K8HA 4LRSA 3CM4A 3TUUA 2OCZA 2QR6A 3A9IA 3QEZA 1ICSA 1XBYA 1OK4A 3SR7A 3GDMA 4OWGA 1MEWA 3MI2A 3G22A 1LRNA 1K8ZA 1QNVA 5DY3A 4NZFA 2PC4A 4JNMA 3O05A 2ZZ1A 2EGZA 4DO6A 4JTTA 2CZFA 2GPTA 1EB3A 2NUWA 4UNLA 4WOZA 4UC5A 3TQVA 2E6FA 3DH7A 2NX9A 1K8YA 2ZRWA 4PL2A 5DCDA 1L6WA 1ZNNA 4CNNA 1GPWA 3KRZA 4O52A 3S1XA 4Y96A 1WBJA 3P5YA 4UFIA 1HUVA 2NZLA 1AW1A 4Y6GA 4LS0A 3NL2A 1PV8A 4GUFA 3HG4A 2CLLA 1JUKA 1OFAA 2YSWA 1R2RA 4O1BA 1K8XA 6TIMA 3IVSA 1EPXA 3MP5A 5G4WA 2H90A 4JD4A 1BEUA 2Z1BA 1GQNA 3TSDA 3LHZA 1MZHA 3NQ8A 1JQVA 1GVSA 2V5LA 1JUEA 2D73A 4JTUA 5D03A 2QF7A 4LS1A 5HUPA 3GX9A 4FNSA 1ADOA 1QCWA 5J5RA 4RKAA 3GKFA 1QDSA 3W2UA 2E6YA 2FPYA 3TJXA 3T7VA 1PS9A 3VNDA 1XXXA 3LLFA 2DJLA 1P0KA 5HINA 4YLWA 3W74A 1IXOA 1I45A 5KZDA 3HOJA 4UTHA 3G1XA 3W2NA 1GWJA 1PVNA 1VCFA 4A22A 3SY5A 4DBEA 1ICQA 3C2VA 2XN0A 4YWIA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3PBYA

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