3PC0 | Genus

Total Genus 85

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	85
sequence length	219
structure length	219
Chain Sequence	VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYSGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDLL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: importance of residues in the orotate binding site. pubmed doi rcsb
molecule tags	Lyase
source organism	Methanobacterium thermoautotrophicum
molecule keywords	Orotidine 5'-monophosphate decarboxylase
total genus	85
structure length	219
sequence length	219
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2010-10-21

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3pc0A00

3VFLA 3LLDA 3NGJA 4XKYA 4DBDA 2FFCA 3JRKA 2FTPA 3LERA 1RQBA 3IEBA 4HNUA 1EIXA 3A5FA 2E6YA 3W1QA 5D2WA 1OX5A 2VFIA 3NNTA 3W7NA 1JULA 1NSJA 3G1FA 3M7WA 3MBFA 5G1YA 3MO7A 3PVFA 3UPWA 4WOQA 2YYTA 5C5YA 5CPNA 3T40A 2J9ZA 4B5NA 3VNDA 2CU0A 4GNJA 4QITA 4FIQA 3R8RA 1A5CA 4LVDA 1QOQA 1W3TA 3O07A 1K02A 4OV9A 1WV2A 3S5YA 3W6YA 3H54A 3HBLA 3CEUA 5BNKA 5FEXA 2NLIA 3ABQA 3QMRA 4UMAA 2CLEA 4ORIA 2NUWA 1R2SA 1WOAA 3QSRA 5FI8A 1Q3NA 3G0UA 3DFPA 3B05A 4HT3A 2C1HA 3MUXA 4AWSA 4KFPA 1WOBA 3TUUA 1PE1A 2FLIA 2DZWA 3UXAA 1F7BA 1H1YA 4NJHA 1G4SA 4Z1AA 5K9XA 1LROA 2FJKA 3ZS4A 5LNVA 1W5MA 3Q37A 4N6EA 2CW6A 1AW2A 1FDJA 3LOTA 1DQXA 4UIOA 2RDUA 5LKYA 3HF3A 1XM3A 1JJKA 3DXIA 2JKPA 3TAKA 5D04C 3NOEA 2V9DA 4LT9A 3OBKA 3QPYA 1LCOA 4WQ6A 3NPWA 4FO4A 3OIXA 1H63A 4E0CA 3BG5A 3P67A 3ZR4A 1OX4B 1Z41A 2E5BA 4LV9A 3NO5A 3PB0A 4NVTA 1SFJA 3A9IA 4O15A 3LCFA 3AO0A 3MBDA 4N2YA 2OCZA 4A2RA 4UTIA 3TA6A 5LNWA 1W54A 4LWWA 4CNPA 3A22A 4MPQA 3O06A 4DQWA 3TC6A 5I3IA 3KVMA 1IXPA 3BK0A 1O4UA 1IXOA 5EPDA 1B3OA 4JTLA 2YZRA 2WSRA 2RH9A 3M41A 3OEXA 4LV4A 2ZZ5A 4Q32A 3MMTA 1C9DA 1YPIA 3D0CA 1Q6QA 5D09A 4IMDA 2A1YA 4DELA 4OQVA 1JCMP 3ANYA 1S5TA 4KWWA 1VR6A 4IQLA 3KRSA 3N73A 4U28A 5LNSA 4TMBA 2ZRYA 3DFSA 1KV5A 1P1XA 2NZLA 4UFKA 4N02A 3EWUA 2J9XA 3N34A 4LVGA 3G22A 4MZ1A 3TMLA 3W2MA 3KFTA 3H55A 1R30A 3L65A 3QJAA 3PBYA 2YFOA 3P82A 1W8SA 2I9EA 4O50A 1TV7A 1LDCA 5FF0A 2A5HA 4JTHA 4AAJA 2RFGA 4ZQRA 3RMJA 1G4EA 1IXNA 4GE8A 1KTCA 2ZRVA 5E1QA 3WK1A 3P84A 2YFNA 3QZEA 3NPUA 4N6FA 1I2QA 1V7YA 4A3UA 5A5WA 1TPDA 3L66A 4MZYA 4GRSA 2H3BA 1F5ZA 2QCMA 1I2PA 1K7FA 2FDSA 4W9TA 4Y90A 1K8YA 1BKSA 1H50A 4LY8A 3T4CA 1EX5A 4HNVA 4JTEA 2GJNA 3PULA 3LCIA 3DFQA 3HG2A 3TAOA 4FB7A 1ZFJA 1D9EA 3LDVA 2RHGA 1VPXA 3TJLA 4NUWA 1QPOA 3OVPA 2BWGA 4K36A 3QEZA 4R53A 3DENA 1LRTA 3U2OA 2OZ0A 3C2OA 1K8XA 4NXSA 4FNUA 5H91A 1GOXA 1LZOA 8TIMA 2FIQA 3C52A 3PG9A 4MVAA 2DJLA 1KW1A 4E38A 4DPQA 3UWZA 3R89A 2Y6ZA 5EKYA 2C16A 2OMAA 2XN0A 3W7QA 3NQVA 4UR7A 4MY1A 3OHIA 3LCXA 4N9CA 1RV8A 3LB0A 3A24A 4YL2A 3W3OA 1OFPA 5AOUA 3KRUA 2DZUA 4RXFA 4WXZA 5HR7A 4CCEA 4FX8A 4GWEA 1W56A 4IPIA 1TRDA 5FF7A 1SO3A 4RX0A 3EWXA 3V75A 1ZHAA 5EY5A 2CWNA 3LRMA 3L5MA 5LNRA 1OJXA 2A2IA 2G95A 2OT1A 3GDRA 5I3JA 4IX2A 1G7UA 1TTQA 2ZBTA 2GQ8A 4GUGA 1L6SA 1LTDA 2DZTA 1AW1A 4JDYA 3O63A 4LVFA 4JY8A 1H51A 3FOKA 2J88A 1NFBA 3EX1A 1W1ZA 5D02A 3C2RA 3ZFHA 1FWWA 3QMSA 1DHPA 2X16A 3PF3A 5AC6A 4GFSA 1B9BA 5TQLA 3TQ0A 1OF8A 2R8WA 3KX6A 3MI2A 1TPH1 4C1LA 2W79A 4MYAA 4S2CA 5CZSA 4FX6M 2Y70A 5TIMA 3GDMA 1GVFA 1EB3A 3FYOA 3BLEA 3TX9A 5AHMA 2Z0IA 4QM1A 3MHGA 1GQNA 1R2RA 3PSWA 1DORA 2QJHA 3BW4A 2EHHA 1OX4A 2J24A 2CZFA 4NX0A 2NXGA 3C2FA 2WNZA 4LC6A 3IIOA 3R2GA 1ZJIA 3B8DA 4JTSA 3HGJA 4UUIA 1QPQA 3R13A 3NR0A 5KMYA 2QCHA 4OBTA 4AWUA 3QPZA 4NJKA 2ZRZA 1QO2A 3EXRA 4E2DA 5E0KA 1D3HA 3QH2A 3GR7A 1KM3A 2P10A 4TO8A 1YXDA 1TV8A 2AGKA 4KFNA 3PS7A 4JTKA 1RQEA 4Z0SA 3G1XA 3L9CA 2ZZ3A 1DBTA 3W1UA 4JYDA 1DV7A 1F6KA 1F6PA 1JCNA 3M5ZA 1WXJA 3TXVA 1GZGA 2FPTA 5BMXA 1ALDA 5G2HA 5LGXA 3R12A 3EWBX 4AH7A 4TR9A 3GAKA 2Q8ZA 5E93A 4HN4A 2BLEA 1TJRA 3NZRA 1ML1A 1LLZA 2Z6JA 3GZ3A 1C29A 5D37A 4POCA 1LBLA 1MEWA 2GQAA 5EYWA 1XKYA 4A2SA 3QQ1A 1K7EA 3USBA 1GYLA 1W5PA 2V0TA 2ZA2A 4ZVJA 1AMKA 3P74A 1TMHA 4LVBA 4O14A 3BG9A 3W1PA 1GEQA 4HNTA 3W2JA 4RXGA 3OA3A 4LRTA 3ABSA 3C3NA 4Z08A 3O6YX 1G7VA 3W74A 3HG4A 4QNEA 4UTUA 4PL1A 3W7CA 4HIBA 3MW7A 5DXYA 1TJPA 5AHEA 5AYXA 4HNNA 3TKFA 1VHCA 5TBOA 2PRHA 3THQA 1QMLA 2X1RA 4ALDA 3NQ2A 1JR1A 2ZZ6A 4NT0A 2HSAA 2B7PA 2EKCA 5CPLA 4MKNA 2A6LA 4NNCA 1KLYA 1SZFA 1CX9A 3LHTA 4GUFA 7TIMA 3S5OA 4JTJA 1F73A 1TTIA 4UFHA 4AWTA 1GTHA 3LBMA 4MFDA 5HULA 1ZAHA 2ALDA 4K8EA 2DZSA 1ICQA 5C54A 3W7DA 4JTFA 4RCXA 5CSSA 4QAIA 3I68A 2Z1BA 4UFLA 4OE7A 2YYUA 3CWOX 1VGAA 4LVAA 1FDZA 4E2BA 3UNDA 1F76A 1M7OA 1LBMA 1WAUA 2UV8G 4M19A 4FNQA 2GUUA 1H7PA 2TSYA 3CT7A 2CZDA 2VELA 3M0ZA 3M47A 2ABAA 3N2XA 3TJXA 2W0UA 3L0GA 1NEYA 5AFDA 3VCRA 4O52A 5LHFA 3G3MA 1KBJA 1DJNA 3GK0A 3CU2A 3HB9A 2Z2UA 5FF4A 1Z48A 2JKAA 2FPVA 5DCEA 5C2XA 3TSBA 4ZQCA 3RLVA 5LZLA 1FUYA 3C2EA 3S9YA 3MI6A 2DZPA 2C18A 4O13A 3RFAA 3IGXA 2YDAA 5K4ZA 1FXPA 3MP3A 4ADTA 1G6CA 2F84A 5IBXA 3WK3A 4DXVA 3WK0A 2Y7FA 3TROA 1TRIA 5HUOA 3GYEA 1A53A 4OT7A 4UFIA 3V1PA 4CCCA 1KTNA 2RDTA 4GUIA 1QOPA 2WKJA 5K7JA 4LUIA 4ZL1A 2QAPA 2ZQ0A 3LTYA 2WJZA 3UWWA 3IIPA 3W85A 4LRSA 3GNNA 1O95A 5LHEA 4N4QA 1EUAA 1XUZA 4MY8A 1P4CA 3UPBA 4UTWA 3INPA 3VI2A 4Z1CA 2A21A 4GC4A 3S1XA 5CG7A 3EB2A 1KM6A 1ME7A 4CCDA 2H8XA 2E77A 4FX7A 4QNWA 3ZWTA 4N4PA 1PIIA 2CLLA 3P5ZA 3IIVA 3MHFA 3PBWA 4HSOA 2V2DA 4EF9A 1DJQA 2QJIA 3RK8A 3LHZA 4K8HA 3MHUA 5CKSA 1FCBA 3ABOA 3K30A 1K7XA 3SJ3A 1TPB1 2X1SA 1XXXA 3QQ0A 4JS3A 1OYBA 4O1CA 1JUKA 4JYEA 2EAWA 5EA9A 5D2VA 3UZ5A 3O15A 2WSQA 3L0KA 1YXCA 2X30A 3ZWSA 3QFEA 4AHQA 4NNAA 3EWZA 4UTTA 1B57A 4O17A 3P81A 2VC6A 2YGYA 4NQ1A 5LGZA 1MXSA 1SSDA 4UCGA 2QCEA 3FS2A 2V5LA 4QJ1A 1TPEA 3EKLA 3MI3A 1RQHA 1RVGA 1GVSA 4JICA 3TFCA 1E51A 1LRNA 3S6DA 1JRCA 4UMBA 5DXXA 1WX0A 3LBCA 5K9CA 3W87A 3EWWA 1XUUA 1LOQA 1VCVA 5CZTA 1R46A 1HL2A 4PFMA 3O8AA 1YDVA 1OFEA 1ZAJA 1ZNNA 2E1DA 5F4WA 1X6UA 3CPRA 3DH7A 3FLUA 2IQTA 3UYCA 3BLFA 4OWGA 1TO3A 2NWRA 1TTJA 3GLCA 1XL9A 5KINA 1Z42A 3NQMA 4O18A 4JTUA 1PCWA 4UNKA 1GYNA 3QC3A 4YLWA 1U83A 1EWDA 2ZZ2A 2YXGA 3DFTA 3HG3A 1VJIA 3QYQA 2YSWA 3GR8A 3S8HA 3SECA 4FIRA 3PSVA 4JTTA 2A0NA 4X3ZA 5SWUA 5BRBA 1O60A 2YPIA 4JD4A 1JRBA 2ISSA 5G2IA 1A5BA 4JX5A 5FEPA 1YPFA 4JXCA 2A7PA 3G1DA 1SFLA 1SR9A 3A5VA 3EX4A 3PUEA 4O54A 2E6DA 5U7SA 4WJEA 1BWKA 2VFGA 3M1ZA 4Y8FA 4I7WA 5D05A 1EPXA 3DBPA 1GJPA 4HSNA 4NZJA 1B4EA 5FEZA 3W1RA 3F1QA 3GDLA 4AMAA 3BGGA 2WV8A 2OJPA 1MEHA 4LNYA 2ZZ4A 3W70A 3CWNA 4GUHA 3W73A 3NXFA 1JVNA 1K03A 4U4MA 3LRKA 1RR2A 1L9WA 1NAL1 2VFDA 3NQ7A 1UBSA 4P2VA 5K3VA 2Y7EA 3E96A 4NNBA 1WA3A 3MYPA 3P8JA 3S1WA 3TIMA 4JX4A 4JGDA 1VHNA 4O0ZA 4O12A 5HWMA 2Q3RA 5DCDA 1Q6RA 3NL2A 1VYRA 2AQWA 1H1ZA 1UJPA 2QCNA 3W1AA 4CQ9A 4A22A 2Y7DA 1OK4A 2P0OA 1W5OA 2PRMA 3STEA 3CC1A 4RZ5A 3NL3A 4DBEA 3W7HA 3SGUA 4FF7A 4R34A 3IVUA 3W1LA 5IM51 4JTGA 1OG0A 1S3HA 4CLMA 2B7OA 3FFSA 3H53A 1OFAA 2PCQA 2LLEA 3M6YA 2NX1A 3VE7A 3I7SA 4LS1A 3LHWA 5FEWA 3LHYA 3KXQA 4ZQPA 4O4WA 2C3ZA 2NUXA 5DY3A 4BFAA 4WY0F 3PG8A 4IMFA 3U6WA 1LYXA 1FWRA 2BTMA 5AHIA 4A29A 5C6MA 3M16A 3UD6A 5DELA 1GWJA 4JN6A 4XZ9A 5AHFA 3Q94A 1LBFA 1FX6A 1HO1A 1TPVA 2WQPA 3N19B 1H5YA 3W71A 2V5BA 2E6FA 1F2JA 1FY6A 3N9RA 1O5KA 3QF0A 3G8EA 4BR1A 3GXNA 1KFLA 1HO4A 3GB6A 2C13A 2XN1A 3C6CA 1ICPA 3LXCA 3STGA 4PH6A 5F1UA 4XUGA 1P0KA 1D3GA 4X22A 3S1VA 3W2NA 3P62A 4XBKA 3A23A 4RJEA 3B4UA 5KZEA 3G8RA 3KAOA 1PCKA 1ME9A 3DHFA 5I3GA 1BWLA 4IX0A 3ELFA 1QNVA 5HUPA 4ZQNA 3E49A 1SO4A 4PL2A 2VEMA 5D2YA 1XCFA 1LRQA 2X1TA 4FHAA 4FXSA 4YWIA 2C0AA 2WO5A 4JR5A 3W07A 3HJZA 4GJ1A 3ATYA 1QAPA 1EP2A 4GXMA 1T8XA 3FA5A 3O6CA 1T99A 2QUUA 4N9DA 1YADA 2FB2A 3VE9A 2A4AA 4NJGA 1DOSA 2V30A 1SUXA 3KVJA 1CW2A 1G4PA 3LI0A 3NQDA 3W7KA 3IIXA 3DKJA 4ICNA 1H61A 4Q33A 1XBZA 3NEVA 1M5WA 2Q8LA 1XI3A 4RK8A 1TIMA 4K7VA 3CQ0A 1VZWA 3TMQA 3AJXA 3STCA 2E6AA 2I1OA 3LHVA 2DP3A 5I3KA 1GG1A 1RD5A 3W84A 4Q4KA 4PTNA 3TR2A 1X8FA 1YDNA 1NVMA 1GG0A 2NXIA 5DCBA 4R7JA 5EMUA 3CM4A 4PC8A 2WOQA 1L6WA 1Y0EA 1HUVA 3THAA 2TRSA 2OX1A 2Z6IA 2VEPA 1H62A 1YTKA 1GVQA 1FDYA 2PE4A 2QCCA 2V2CA 3O16A 1TSIA 3IVSA 1KFKA 2X2GA 4KFOA 4WUIA 1K3UA 2ATSA 1OFQA 4BK9A 4DF2A 5L9FA 3TSMA 1SW0A 1I8JA 3QW4B 2EPHA 5HJLA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3PC0A

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