3PC0 | Genus

Total Genus 85

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	85
sequence length	219
structure length	219
Chain Sequence	VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYSGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDLL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	Orotidine 5'-monophosphate decarboxylase
publication title	Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: importance of residues in the orotate binding site. pubmed doi rcsb
source organism	Methanobacterium thermoautotrophicum
total genus	85
structure length	219
sequence length	219
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2010-10-21

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3pc0A00

4Z0SA 3PBWA 2TSYA 1LOSA 2Y89A 2P1FA 1GYLA 1IXPA 1PHQA 1A5SA 1FCVA 2Y85A 3YPIA 1KM4A 3EB2A 4NNAA 2PE4A 2QJHA 2PURA 1GT8A 2XN2A 3PG8A 4JX6A 1R2TA 3KX6A 2YCEA 1ME7A 3EX6A 5CZJA 3HPSA 1OFEA 3KVKA 1U5JA 4AAJA 4QNEA 1R2RA 4YCOA 1S3HA 3KAOA 1JUKA 3KVMA 2YX0A 1M7OA 4GC4A 1H63A 5AHEA 1XI3A 1F5ZA 3FJ6A 1KFLA 4JX5A 1K03A 4KKXA 1FXQA 1YXDA 3PM6A 1CX9A 4JNMA 4YWIA 4DO5A 7TIMA 1LOLA 5CPLA 3EX1A 2ABAA 3UWUA 3PBYA 4CNOA 2X2GA 5FEXA 3SFKA 3C2OA 4HNTA 3GXTA 1TYGA 2G97A 5I3HA 2CLMA 3P67A 1S5TA 3M1ZA 4O52A 3W1AA 1ADOA 3OVRA 3IVSA 3GVGA 3B4UA 2XN0A 5CSSA 3W76A 3B8DA 2GUUA 5D05A 2FB2A 3EX2A 4TIMA 3W1LA 3W71A 4JEQA 3P61A 4R7JA 3IGUA 4FXRA 4HPXA 3DHDA 1OFRA 4WJEA 5E93A 5HWMA 1NFBA 3W7LA 5D2VA 3GDRA 2X1RA 3RK8A 3EEGA 3BPWA 2GVLA 2WSYA 2Y7EA 3CLMA 4JICA 4JY9A 1TPC1 4E2BA 5G4WA 1FWNA 3FFSA 2QF7A 1P5BA 5LZLA 1AMKA 3W88A 3NDOA 3QZEA 4M6QA 3LBMA 3G1FA 4JTSA 1VCGA 1GVSA 4HKPA 5CZTA 1BEUA 4A29A 2H3DA 2NUWA 4JY8A 3KXQA 3M47A 1VHCA 2ZCGA 1TV5A 4UUIA 2JKAA 3B03A 4AF0A 2E6AA 4CQAA 3E02A 4EIVA 1FDYA 3HJZA 3I65A 2CFFA 3TW7A 3GR7A 4WY0A 3TCEA 3FA5A 3OEXA 2B7NA 5G2HA 3W7EA 2OMAA 5HQEA 1UCWA 5H91A 5FEZA 3GDLA 3LI1A 4P61A 2DZUA 3MI3A 3B04A 1KM5A 4H6KA 2VEMA 3LERA 4NNBA 5BMXA 4EOUA 3MP3A 5U4NA 4RCXA 3P5ZA 4QAIA 3QFEA 2YGYA 3MJYA 4O10A 2NXGA 3N2XA 3PUEA 1DOSA 1Z42A 1JUEA 1XUUA 2QUVA 3VE9A 5C54A 3GX9A 2EPHA 1YTKA 2VENA 1XCFA 2WV8A 1S5WA 2DZPA 3L0GA 3GIYA 4A2RA 3NXFA 3GB6A 3F03K 3GDMA 4ONVA 2DJLA 1TIMA 1WX0A 3ABOA 1YPFA 5FI8A 4IX2A 3G24A 1TCDA 1GVOA 1Z48A 3UWYA 2A6NA 3W1QA 4WXYA 5IM51 3WK1A 3H53A 4ORMA 5LHFA 4M7SA 1TPFA 3L67A 3PR2A 2V9DA 2H8XA 3IVUA 3W7MA 3G0SA 5CSRA 1F05A 3TIMA 5HR7A 1UUOA 3L2IA 5A8GA 1C8VA 3UWZA 4O11A 5C2XA 3PULA 3ZFHA 1RPXA 3BG9A 1WOBA 2CLEA 2WNNA 5E1QA 2QKFA 4UTMA 5KTLA 4NJGA 2CLHA 5D2WA 3DFSA 3LRKA 1ALDA 2RH9A 1MEIA 4M7TA 3QM3A 3NR0A 2BSLA 3T7VA 1OG0A 1QO5A 3PS7A 1L9WA 4TO8A 3GK0A 3FOKA 2VC6A 1W0MA 3UQNA 1CI1A 5CZSA 2QCEA 1ME8A 1UBSA 4JDYA 2ZZ1A 2FJKA 3EWYA 1ICQA 3HF3A 4LUIA 1HO4A 4OE7A 4TU1A 4PL2A 4A22A 4GUJA 2CLFA 1G4EA 4O50A 1X1OA 3M9YA 8TIMA 3IV3A 1F6PA 4LVGA 1K3UA 1G4SA 3TQKA 3TJLA 3M7WA 1QPNA 1BWLA 4MKNA 3DXIA 3FKRA 3ABRA 2QDGA 4Z08A 3HGJA 5ABTA 3W7NA 4OWGA 1OFAA 2J9XA 4E38A 2J9YA 1UJPA 1CW2A 3TQVA 3E0IA 1JCJA 3W2MA 1W5MA 2WSRA 4PH6A 2R14A 5FF4A 2NV1A 3A23A 5AHIA 3ZR4A 3NGJA 1T99A 1H62A 4FHAA 4BR1A 3W7GA 3RMJA 1KM2A 3NL3A 4ZMGA 4GXMA 2QCCA 1IXNA 4NJIA 4I7VA 3MMTA 2BTMA 1VGAA 4UMCA 3EX4A 3WK3A 4JIPA 3MW7A 3NYZA 3TMLA 3OVQA 2V5LA 1HO1A 3LCXA 3NL5A 3TROA 2QAFA 5F4WA 4AWUA 5IBXA 3VE7A 3N14A 1TPH1 4RZ5A 1X1ZA 4UFMA 2FDSA 3BLFA 3BK0A 3TA6A 2QR6A 2ZZ5A 2C14A 4QJ1A 1SSGA 1H7NA 1FWRA 3IGSA 1U83A 4WOZA 4YCPA 3RF9A 3LOTA 3EKLA 3U2OA 3P60A 3B06A 3LHTA 1GTEA 2DZXA 3T40A 4UIOA 1KFKA 4Y8FA 3WK0A 1W5PA 4LWWA 1I2RA 3A22A 1VRDA 2O7SA 4AXKA 5DY2A 4S2CA 3CIXA 5G4EA 5DELA 1GVRA 4BFAA 3GAKA 3SW6A 4MLRA 3C6CA 3TUUA 2GPTA 1JRCA 3TC7A 3W7IA 4XTDA 3BVJA 4M6PA 1GJPA 3C2RA 3GDKA 2EAWA 1Y0EA 4DF2A 3B0VC 2Y70A 2V30A 4IWWA 4NZFA 3PUOA 2G95A 5HWNA 4IGHA 4HIBA 2FPYA 2ATMA 2YXGA 1QOPA 3LI0A 1HFBA 1UUMA 1WBJA 3UXAA 3G8EA 1Q45A 1KM3A 4MY9A 1AG1O 2F84A 2B4GA 1ZNNA 1VQTA 3INPA 1MXSA 1YLVA 4GE8A 3WJZA 3BG5A 3S8HA 1ZFJA 3L0NA 1FY6A 3IIZA 2NXIA 3R2GA 3NAVA 1QPOA 4DF0A 1RD5A 4YL2A 1TSIA 3BLEA 4AHPA 4IXXA 4AB4A 3O16A 3I6RA 4IMFA 3NQFA 3HG2A 4KWWA 3QQ0A 4IX0A 3W70A 4MPQA 2VFGA 3KVLA 4NU7A 5I3GA 1SZEA 1ML1A 5F4XA 3C52A 1FXPA 3HG4A 1QWGA 1LYXA 1X6UA 3TSMA 3G22A 2YDAA 3QW3A 2V8ZA 3SGZA 1QR7A 4JD4A 2PRHA 5EMUA 3C0JA 4I7WA 4RK8A 1BTMA 2J6XA 5BW6A 1GPWA 3NQAA 4MJMA 2DORA 2JKEA 4MZ1A 3AJXA 4XKYA 1P1XA 4K8EA 4PODA 1RZMA 4W9TA 3FJLA 4U4MA 2V2CA 5AYYA 5LGXA 4I9AA 4AWSA 5HUOA 2Q8ZA 2AQWA 4TR9A 1TTIA 4R53A 1VYPX 3IRDA 4JXCA 1B4KA 3PSWA 1XBZA 4TMCA 4JTJA 4GUFA 1VLIA 2QCDB 3N19B 4K38A 1DORA 5EYWA 5EBUA 5K9CA 2H90A 4Q33A 3UWQA 2O7QA 3MBFA 3CM4A 1OJXA 1WQ5A 3BV4A 2YW3A 2E5BA 3IIVA 1XBVA 2NXHA 1JULA 2ALDA 1DJNA 1FWTA 4JIQA 4JTFA 4M5PA 2QCGA 4N6EA 2ABBA 2QCHA 1ZAIA 3THAA 5L9FA 5AHFA 1O4UA 3IIPA 3Q94A 3PBVA 1ZALA 3PUDA 4Z0JA 4O53A 1WOAA 1SU5A 4JTIA 1UB3A 3MP4A 1TPVA 2A6LA 1F2JA 4QQ3A 1EWEA 1LOQA 5F2MA 1AL8A 4TMBA 3NVTA 5EY5A 4LV4A 2E68A 3KOFA 4FNSA 3LCIA 2YFNA 3Q37A 1O5KA 3PF3A 2EKCA 5DBUA 3T4CA 4ADTA 2C19A 3TNOA 1W37A 2CZFA 3T44A 4QITA 5F2GA 3F1QA 4NNCA 1F7BA 2Y7GA 1G69A 1SO3A 3QH2A 1QAPA 3TJXA 4XBKA 2QEZA 4EWND 3I7RA 1VCVA 4UFJA 3DBPA 1X7FA 1VR6A 4NT0A 4O1AA 5KSWA 1DQWA 4UFIA 3DFTA 4DPPA 1OFDA 3S5ZA 4A21A 3E96A 4PCFA 2ZA1A 1K02A 1LLZA 4JTUA 3PC0A 4XWUA 1KFEA 1RQEA 3H54A 1GZGA 4UTJA 5GVJA 3NEVA 3PBUA 3TKFA 3LV6A 4JGDA 3RLUA 1XKYA 1FWWA 3MBDA 1W5OA 1Q3NA 3MHUA 3LXAA 2CW6A 3HO8A 2ZZ7A 1XXXA 4NZJA 2YW4A 1K7EA 4MLJA 1IIGA 3CEUA 3LLDA 3LX9A 2NZLA 3M5YA 1SPQA 1ME9A 4O17A 3CWOX 3NQ7A 2NWSA 4LUJA 3LBCA 1OFPA 5DN1A 2QCMA 3NQ8A 2YPIA 3NPUA 4HT3A 4LU0A 4DPQA 1L2UA 4O0ZA 3MP5A 3W83A 3BG3A 4ZL1A 1XBYA 4N4PA 1YADA 1AW5A 4ORIA 1SFJA 1FUYA 4LS0A 3LM7A 1ZHAA 4FF7A 3L5LA 3W1TA 4CLMA 4S2BA 4ALDA 1OFBA 2VOMA 4LW7A 3NPXA 5CPNA 1OF6A 1MSSA 3QQ1A 1EP1A 4POCA 1E51A 2XFWA 1L6YA 3FS2A 1I2OA 3LRLA 3TSDA 1KV5A 4HNUA 5DXYA 5F2IA 4UTLA 1LM1A 5I3KA 3WK2A 1EWDA 1PVNA 1VH7A 4PL1A 2TYSA 2YYUA 2ZRUA 2ZZ4A 4H3DA 3AO0A 3GZ3A 1N7KA 2PCQA 3G3DA 2A1YA 1PL9A 3MHGA 4JS3A 5LNUA 4O1BA 5G5IA 2VEPA 3QW4B 5G2WA 3NQVA 3KRSA 3THQA 1EA0A 1R30A 2ZRVA 2C18A 3JRKA 3S5NA 3NA8A 2YFOA 1EP3A 1IGSA 2FQIA 3O63A 1D3HA 1H7OA 2NV2A 4UTWA 1THFD 5TQLA 3UWWA 2GVGA 1KFCA 3I7QA 5HWJA 1H7XA 3PAJA 1WA3A 3N73A 2EHHA 4RLIA 2TRSA 1JQXA 5HULA 5T26A 1B57A 5SWUA 4JTEA 4K37A 3UD6A 2RFGA 4WY0F 5KMYA 4PA8A 1I4NA 1KW1A 2ZRYA 2AAMA 3LXBA 4E2DA 4Z1DA 4N9DA 1VJIA 3O1NA 1RQBA 1W31A 4JTTA 3LCFA 5CPOA 1B9BA 1XUZA 1GYNA 5F2LA 5D30A 1GWJA 4CNPA 1G7UA 5AC8A 1TQJA 3W1RA 3LCHA 4J9JA 4MIMA 3BGJA 5DCBA 4RZ6A 5EL1A 3GKFA 4ICNA 5G2IA 5HMSA 2RDWA 3B0PA 1V7YA 5BOOA 4WOQA 2QCNA 1YDNA 2FB3A 1ZAJA 3UZJA 5D32A 3B05A 4MJZA 1Z41A 5E0KA 1L6SA 2NUXA 4GUGA 4GUIA 1JCMP 1DBTA 2V0TA 3P74A 4U28A 3RNDA 3DENA 3OA3A 3MI2A 1FWSA 2VEKA 3P5YA 4N02A 1SZFA 4ZQRA 5C6MA 1OABA 5K3VA 5K2ZA 5K4XA 1YDOA 1Z44A 2ZDRA 1PV8A 3NO5A 5FF7A 4MZYA 3NOEA 3PWAA 3EXSA 4FB7A 4OV9A 1KA9F 2A7NA 5LNVA 2GJLA 2H3BA 1XDMA 3UYCA 5LNSA 1TV8A 4CCDA 3G0XA 1DKWA 3KRUA 3EWXA 1EUAA 3DI1A 2C16A 2EF9A 1KLZA 1DHPA 4PFMA 1JCNA 2CLKA 3M16A 2FTPA 2A5HA 1NF0A 1D9EA 1T0OA 4WD0A 1FCQA 3ZWSA 1J4EA 1VS1A 3TU9A 3HPZA 1NF7A 3DZ1A 3ZS4A 1OX4A 1LDCA 2V82A 1AW1A 4UR8A 1NSJA 3PG9A 4AMAA 1P0NA 2C3ZA 1GVQA 2QAPA 4O57A 3TE9A 3RU6A 1LZOA 1BKSA 3CHVA 3NM3A 5FEPA 3DFNA 4PC8A 2C15A 2X1UA 3P7YA 1ICPA 4Y6GA 2J88A 4K36A 5I3JA 1YYAA 3W7QA 3STCA 3KFTA 4RXFA 4UTKA 3OG3A 4UCGA 3QJAA 1HL2A 3G3MA 1A5BA 1R2SA 2HS6A 4JYFA 4RJEA 3T55A 3K30A 2HSAA 4MVAA 1A50A 1JCLA 5I3FA 2FIQA 1V5XA 2HTMA 4A2SA 2ZFAA 2BX7A 3NQMA 4MYXA 3S6DA 3W9ZA 3W87A 1W5NA 2ZZ2A 4JDBA 3PSVA 3FYPA 3C2FA 3L65A 1PE1A 3QSRA 4LNYA 4AF0B 2V5BA 2A7PA 3GNDA 2YSWA 3W2UA 2WQPA 1JRBA 4WY0B 3TXVA 1SW3A 4QIUA 4L4LA 4LRTA 3U6WA 3O06A 1A5AA 3N34A 3QC3A 4HPJA 4DBDA 4JTKA 4AVFA 4MY8A 3VI2A 3W74A 1XM3A 1YXYA 3MHFA 1PCWA 3O07A 4OU1A 1SO6A 4IMEA 4LTSA 4X22A 2Q8LA 5KZEA 4DF1A 5LHEA 3A5VA 1AL7A 4H4IA 3BO9A 5DLCA 3C3NA 3LCLA 1ZY9A 2JBMA 3HOJA 3BW4A 1K8YA 2GJNA 1I45A 2Z1BA 3IGXA 3LGEA 3BGGA 4IUOA 5EA9A 2VFEA 1EP2A 1Q6OA 3L9CA 4LT9A 4O18A 1RV8A 3UNDA 1TPUA 5AHNA 1WV2A 4AHQA 3RFAA 1TJRA 2V2HA 3HIJA 2E6FA 3NQCA 3NQEA 1OX5A 3CU2A 1I8JA 4JTGA 3G1DA 4MUZA 5EPDA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3PC0A

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