3PF3 | Genus

Total Genus 91

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	91
sequence length	256
structure length	252
Chain Sequence	PARRPFIGGNFKNGSLDFIKSHVAAIAAHKIPDSVDVVIAPSAVHLSTAIAANTSKLRIAAQNVYLEGNGAWTGETSVEMLQDMGLKHVIVGHSERRRIMGETDEQSAKKAKRALEKGMTVIFCVGETLDERKANRTMEVNIAQLEALGKELGESKMLWKEVVIAYEPVWSIGTGVVATPEQAEEVHVGLRKWFAEKVAAEGAQHIRIIYGGSANGSNEKLGQPNIDGFLVGGASLKPEFMTMIDILTKTRT

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
molecule keywords	Triosephosphate isomerase
publication title	Determining the molecular mechanism of inactivation by chemical modification of triosephosphate isomerase from the human parasite Giardia lamblia: A study for antiparasitic drug design. pubmed doi rcsb
source organism	Giardia intestinalis
total genus	91
structure length	252
sequence length	256
ec nomenclature	ec 4.2.3.3: Methylglyoxal synthase.
pdb deposition date	2010-10-27

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3pf3A00

2ISVA 1GPWA 3NPXA 3TX9A 4L4LA 5LNWA 1F74A 4AWUA 1JCYA 1L6YA 3UD6A 5BMXA 3FIGA 3QYQA 4UFHA 3O15A 3G1XA 3W1XA 4MY9A 1K8ZA 5I3KA 3RFAA 3QW4B 4GWEA 2GVLA 3WK0A 4Y90A 3B8DA 3S1VA 1FXQA 4LC8A 3C52A 1M7OA 3KVKA 1C29A 3W7DA 1R2TA 2OZ0A 1OX6A 3NG3A 3M44A 1X1ZA 4NXSA 1MXSA 2BWGA 1FWSA 3GIYA 3I68A 4MFEA 4BI6A 3LXAA 1KM2A 2ATMA 3NQ6A 3U6WA 3BVJA 1WAUA 2G97A 1ZALA 3DFOA 3P82A 4WJEA 4RR4A 4PL1A 1FXPA 3W70A 1RQHA 4LS1A 1QPNA 3JR2A 3CEUA 2DJXA 4I7UA 3TW6A 3GDKA 2A0NA 2Y63A 1NF7A 3DKJA 2ZBTA 4MOZA 1NEYA 4MFDA 1QFEA 2E09A 3BPWA 3VNDA 3UYCA 1GYNA 1TPFA 3W72A 2O7SA 1K7EA 3SJ3A 4RXGA 4LRTA 1M5WA 1RR2A 1G4TA 3B0PA 3EX6A 1OFPA 3M0ZA 1RVGA 4IPJA 4JX6A 3G24A 3RMJA 3P7YA 1GZGA 4AWSA 4O4WA 2OCZA 3PR2A 4FX6M 3TDFA 4YCPA 4Z0SA 3BW2A 3TXZA 5K4XA 2E1DA 3ABRA 3MMTA 1I45A 1F6PA 3M5YA 3QMTA 3SZ8A 5F2IA 1O4UA 3F4NA 2A1YA 4N6EA 5D30A 1LLWA 3LTSA 4MVAA 3DU0A 3DGRA 5FF7A 1DJNA 4UFLA 5CZ0A 2D73A 3TAOA 1W5PA 4K6AA 2GJNA 2RDWA 3BLIA 4XUGA 2NX9A 1BWLA 1HO4A 3BV4A 2A7NA 4FXRA 2J9ZA 4A3UA 4PODA 1NFBA 3E49A 1V7YA 1UBSA 4HHPA 5D32A 1FWWA 1HTIA 4O10A 4X2RA 1X6UA 4Y6GA 2CU0A 4MZ8A 5CSSA 3HGSA 4JX5A 3LTPA 3MBDA 2J9YA 4FNPA 2CLHA 1VCGA 3EKLA 1L6SA 3HG2A 4I7VA 3GLCA 4JTFA 1H7RA 1ZJIA 2DZPA 3FJ6A 2VENA 3CIWA 5AHLA 5D2WA 2NUWA 5LSMA 5DCDA 3KVMA 1TPWA 4UUIA 2R91A 5CZTA 3VI2A 2H8ZA 4UCGA 3W7HA 2PRHA 3WJYA 5DLCA 4HNNA 4Y96A 3CT7A 1X1OA 2I9EA 1XUUA 3HG3A 3W07A 1OK6A 3BG9A 3MP5A 5LGZA 3TFCA 1VRDA 3E12A 2Y7GA 3T78A 3IGUA 4Z1BA 3ABQA 1XM3A 2V82A 4LU0A 3GYEA 3HOJA 4RCXA 1EIXA 2JKEA 5CG7A 3TU9A 2VFFA 3NQDA 1UB3A 2WSRA 2E77A 3GK0A 4TX9A 4MKNA 3NPUA 2J88A 1QO2A 5LKYA 1FDZA 1V5XA 4IUOA 4EF9A 5E93A 3FJLA 1AW1A 1OFQA 4TIMA 5GVJA 2NWRA 3ABOA 3DFPA 2VFDA 4M6VA 4O1DA 4A29A 1XBYA 2EHHA 3TUUA 4IMCA 3NQEA 3DH7A 1SO4A 4NNCA 3GZ3A 3RNDA 2AAMA 3NPVA 2NX3A 4KWVA 4LS0A 3IRDA 1TMHA 3QJAA 1YLVA 2OT1A 3HB9A 4NZJA 4BWLC 1W3TA 3OHIA 4O1BA 1AK5A 4WQ6A 3W2NA 2A6LA 3LDVA 1ZCOA 3TV8A 4UTWC 2Q3RA 7TIMA 2TPSA 3STCA 1EB3A 4ADUA 1F76A 5KMYA 1SQ7A 4GNJA 5G2HA 3L5LA 6ALDA 1IIHA 2QUVA 4FNQA 4GJ1A 3MUXA 4TR9A 3LHTA 4LNYA 1F5ZA 3PF3A 1VC4A 2NX1A 5LNVA 4UMCA 2GPTA 5MHBA 1KLYA 3C3NA 5F2GA 4UTWA 4O57A 3RU6A 4LOCA 1OX4B 1QWGA 1W5NA 4E2DA 2GQ8A 3CU2A 3C2OA 4K8EA 1NVMA 5D02A 4UFKA 3PB2A 2QCDB 3HGOA 4Y9AA 5F4XA 3LCFA 2FQIA 1W3IA 1P0KA 2B4GA 3ANYA 4A22A 3FYPA 1VZWA 2VC6A 2TYSA 5FEWA 1K02A 4WXZA 2C1HA 3KHJA 4QJ1A 3W7MA 1U83A 1GVFA 3O63A 5FI8A 1TYGA 2ZZ6A 4N9BA 1T96A 2NZLA 1AW2A 3PWAA 4MPQA 3S42A 3CHVA 2B0MA 2HS6A 4O0KA 5AHMA 3W2JA 3G1FA 2YW4A 5AHNA 4FHAA 4K7VA 3W22A 1ONRA 5AC6A 3QFEA 3DI0A 2VEIA 1A50A 4HSOA 1W5OA 3HGRA 1N55A 1IXOA 1JCMP 1Z44A 2QAFA 2Y70A 1PCKA 3QSRA 1SZNA 2E5BA 1TTQA 5CSRA 4UFIA 1KFEA 2DZXA 1KTBA 5TIMA 3T44A 3N34A 3G22A 3ZFHA 1H1ZA 4BI7A 4RKAA 2QEZA 4UTUA 2WNNA 3G1AA 5FF3A 4KWWA 3TQKA 1VLWA 3INPA 3STFA 3B0VC 4BR1A 4KFNA 1QOPA 3F1QA 4S2CA 2QJIA 4QQ3A 5KTLA 2WSQA 1L6WA 3W1AA 4NNBA 3N2XA 4GRSA 1LRTA 2VFEA 3S8HA 4LTSA 5HMSA 1UJPA 1SW0A 2A7RA 3MYPA 4QSHA 2YW3A 3STEA 4JTKA 5I3JA 5CPMA 3BG5A 3O6CA 3MO7A 1FBAA 5DY2A 3U8GA 1TTJA 2FLIA 1GTHA 3L9CA 3B06A 4UFMA 2CFFA 4FB7A 3VE9A 3W7KA 5CKSA 4CQAA 1OHLA 2DORA 4GUGA 1FCVA 1AL7A 4NZFA 4XKYB 1EA0A 2V2HA 3SGUA 2HMCA 1KM4A 4W9TA 3EX3A 5EL1A 4FX8A 1WBJA 4JDYA 3L2IA 2ZRUA 1KLZA 2C15A 5A5WA 1E51A 1M6JA 2A6NA 2FIQA 2PCQA 1AG1O 1TV5A 1LRNA 4K7YA 2ZFAA 3HG5A 4WOQA 3W7LA 1FUYA 2EGZA 4HPJA 2VOMA 2WNZA 4PL2A 5FF2A 3THQA 1XBVA 1XBXA 2Y6ZA 1T0OA 1N7KA 3CTLA 2A21A 4DO5A 3DFSA 3L68A 1FQ0A 1G6CA 1IGSA 3TKFA 1QNVA 1RQEA 3NQGA 5HULA 3O05A 2Y89A 4GUFA 3PM6A 3CLMA 3W23A 1ZAIA 1H62A 1AW5A 1W56A 1SZFA 3W9ZA 1PVNA 3I6RA 5K4ZA 1I2OA 4WXYA 5AHIA 3W7QA 3BARA 4NUWA 2CLIA 4LRSA 3U2OA 3A5VA 1R2RA 5TQLA 4WD0A 1JQXA 4FX7A 1SZEA 5HJLA 1H1YA 3P74A 3AJXA 2VEMA 3EX1A 3UWQA 3HG4A 1GVOA 4JIPA 2QJGA 2YR1A 1S5VA 1SW7A 2WV8A 4QITA 2TMDA 1F2JA 3G3MA 4DBEA 5LZLA 1Z48A 2QUUA 2P0OA 4O1CA 3WK2A 1GJPA 2EPHA 3AO0A 3CQ0A 3G1SA 2C14A 1DBTA 4XZ9A 3ELFA 3LCWA 5K3VA 1X7FA 5IBXC 3SIZA 4NXKA 2YSWA 3USBA 1G4EA 1O5KA 2C18A 4O52A 2QCMA 4FNTA 4UNKA 4DO4A 3GR8A 3S5NA 5LNRA 3IGXA 2V2CA 5CGQA 1ME7A 5EYWA 3RK8A 1K7XA 5AYYA 3WFAA 3F03K 3HBLA 4HSNA 1MEWA 2ZRWA 4PCFA 1ZY9A 3HGJA 4CCCA 3GDRA 3B05A 1TPDA 4UXDA 3TMQA 4JTHA 4UNLA 2VFGA 3NO5A 4DBDA 1WYIA 1Q6QA 3VKJA 4ONVA 3W7JA 3NQ7A 3FKRA 4LUIA 2Q8ZA 3PG8A 1IIGA 4I7WA 3KXQA 4MYAA 1TJPA 1QPQA 1KM1A 4JXCA 3UZ5A 3IIPA 5D33A 4N02A 2EKCA 3K30A 1A5CA 1LM1A 3LHVA 4PC8A 5SWUA 3W83A 1EWDA 3P62A 2JBMA 3N9SA 4A2SA 3LHUA 3OBKA 3MW7A 3Q37A 2PRLA 3NM3A 1ICQA 4DF2A 3BGJA 5T26A 4FEZA 3T7VA 1WXJA 2YYUA 3LCXA 3I7SA 4HKPA 3WJXA 2ZRZA 2C16A 5FF0A 3QQ1A 3Q58A 3W74A 5CPNA 3SR7A 4MZYA 3DFNA 2QJHA 3QQ0A 2VKZG 1VS1A 3UWZA 4AF0A 4GUJA 4PH6A 1R2SA 3QM3A 4NVTA 3L67A 4UTTC 5BW6A 2RKXA 5AFDA 4Y8FA 1A5SA 2HS8A 1EPXA 1SR9A 3GB6A 4FNUA 4Z08A 3IVUA 5AB3A 2GUUA 5J5RA 4ICNA 4M6QA 1UUMA 2QCHA 2PE4A 4O15A 3R12A 4DQWA 2H3DA 2Y7DA 3LRMA 1OJXA 1YXYA 5HWMA 5C54A 3IIXA 1SO3A 1A5BA 2NUXA 4DXVA 2ZRYA 4AHQA 4RXFA 2X30A 5I3GA 1D9EA 1P5BA 3IIOA 1THFD 3LERA 2QR6A 5L9FA 1CI1A 1VR6A 5BMWA 3W7PA 2V0TA 3T55A 2G5WA 2P1FA 2IQTA 2Y88A 2R94A 2X16A 3W1UA 1TTPA 3W1MA 1O95A 1W31A 4IQLA 2ZYFA 3I7QA 4XWUA 4IGHA 3CPRA 4E0CA 1N8FA 8TIMA 3PS7A 1KA9F 2V8ZA 5G2IA 1ICPA 1JCLA 1KFJA 1MO0A 5HWNA 4MJZA 3W7IA 4FF7A 2B7OA 2OMAA 1DJQA 3NGJA 4G1KA 4WY0F 3P67A 3P60A 5C5YA 4IWWA 3MHGA 3Q94A 4JTEA 3TROA 1QOQA 3C2FA 1G7VA 3QZEA 1OG0A 3M5ZA 3NZ1A 1QPRA 1WX0A 3PUEA 5H2ZA 4MZ1A 3LOTA 5TBOA 4JICA 4ADSA 4ADTA 3T4CA 3ZS4A 3PVFA 3W7CA 3P8IA 1GG1A 4POCA 2ZDRA 1OYCA 4OU1A 3EWYA 1KTCA 4MIMA 4RZ6A 3SFKA 1RV8A 2JGYA 1OX4A 1TPEA 2YCEA 3W7NA 1XCFA 1PV8A 5FEPA 1YYAA 1LTDA 1FCQA 4JTIA 1XC4A 4MY8A 1ZHAA 3PBYA 4LS2A 4ALDA 1SO5A 2P10A 3NVTA 4O28A 3MHUA 1ZAJA 3W1RA 3A5FA 3TQ0A 3PBUA 2QCDA 2GQ9A 3UNDA 1VCFA 5KINA 3TNOA 1W1ZA 5DBTA 2GJLA 4BF9A 1VYSX 1JR1A 4M19A 4FIRA 3NQ2A 5LHEA 3UPWA 1EP3A 2Y7FA 3JS3A 5F4SA 4NJJA 3M43A 3N19B 4HNUA 1BWKA 5FEXA 2WPBA 3UWVA 1LP6A 3GDTA 1RZMA 1OF6A 4JNMA 5K2ZA 4JYDA 5G4EA 3W76A 4ZQCA 3IVSA 4GBUA 2YGYA 4AAJA 2C6QA 4BI5A 5C6MA 4OWGA 3LLDA 3M7WA 1ADOA 3W6YA 1Q6OA 3KAOA 2YFNA 2CWNA 5KZDA 4DELA 3I7RA 3NDOA 4IMDA 4YLWA 2WJZA 5BNKA 1TV8A 3NPWA 3PB0A 4XQ6A 2B7NA 1ICSA 3L0KA 3QW3A 4BWLA 5CZSA 3BO9A 4YXGA 4AXKA 2ZZ7A 1X8FA 2XN2A 5L6UA 4K38A 2A85A 4D2JA 5KSWA 4ZL1A 2W0UA 4Q32A 1H5YA 1JCNA 4XBKA 3IVTA 1TO3A 4JTLA 1JCXA 3G1HA 2ZTKA 4N9EA 4XTIA 1SO6A 2CLLA 3EWXA 1OVDA 2ZRVA 1WV2A 1IXNA 4EOUA 3TA6A 3JRKA 1A5AA 1XDLA 1SUXA 3CB8A 5G5IA 4JX4A 4AHPA 1BTMA 1F05A 4KFOA 4LVFA 4MY1A 4ZZ9A 2HSAA 4GXMA 4HNVA 4AVFA 1F7BA 3S1XA 3IGSA 2NXGA 5E0KA 5A8GA 1TRIA 1HUVA 2V30A 2JGQA 3LHYA 1OK4A 3FS2A 3FOKA 2E6YA 3NR0A 3PUOA 1OFEA 3MI3A 2FDSA 5FEZA 3G8EA 2ZTJA 3CWOX 1TPVA 3QPYA 5E1QA 1TQJA 4O18A 3WJZA 2PURA 4RV8A 1KFCA 2GVJA 3WJSA 4ORMA 5I3HA 3S5YA 2H8XA 4CNPA 5HR7A 3W7GA 4WZHA 4LT9A 4FIQA 3UXAA 4JD4A 4UTJA 1S3HA 1YADA 3ATYA 4RZ4A 1KV8A 3UY7A 3M1ZA 5AHEA 1W8SA 4EWND 1EP1A 2F84A 4XKYA 2FB3A 3CM4A 5AC7A 1VHNA 3W7RA 1GVQA 2WQPA 3BW3A 4UTMA 4UMBA 3MP4A 4R53A 1Z41A 4HNTA 4EF8A 2ZZ5A 2AQWA 1YTEA 5U4NA 2Q8LA 1L2UA 3R8RA 3DHFA 3OG3A 1T8XA 4NNAA 4FXSA 3H55A 4UTLA 2AGKA 1AL8A 1GG0A 2ISWA 4DPQA 2ABBA 1TJRA 2A2IA 2TSYA 1SU5A 4FNRA 1QMLA 3TJLA 1PHQA 1EEPA 2QCCA 1WOAA 3GVGA 3CIXA 1VQTA 4KKXA 2X1SA 4ZQRA 4TO8A 3EKZA 4UTIA 3QPZA 4K36A 5CPLA 3S6DA 4Z1DA 4LV4A 1D3HA 2E5CA 3PBVA 3T40A 3SGZA 1EUAA 1HL2A 4PFMA 3QH2A 2QCEA 3OVPA 3PSWA 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1RPXA 4NQ1A 3TAKA 3KVLA 4OBTA 1PCWA 2ZZ2A 2E6AA 4JS3A 1QCWA 3HQ1A 3UWUA 2QKFA 4ZMGA 3EX4A 4JEQA 3MWAA 3C61A 2VELA 5DELA 2VFIA 3QMRA 1I2QA 4UR7A 3LGEA 2YX0A 4JYEA 5LNSA 4GUHA 2EAWA 3N9RA 3E96A 3NAVA 2TRSA 1ZNNA 4QISA 3W73A 4C1LA 1QDSA 4CCDA 1H51A 3C56A 3UQNA 4JDBA 1YDOA 2DJLA 3KX6A 2I14A 4U4MA 4LUJA 1FWRA 3C0JA 1FWNA 1B4EA 3C4UA 1B4KA 2DU2A 3UY8A 1I4NA 1LOQA 5IBXA 4P2VA 1KW1A 1B3OA 2JKPA 2Y62A 4NJGA 2WO5A 2RHGA 3LLFA 2GQAA 1NF0A 1H61A 1W37A 2RH9A 4ZQOA 3TW7A 1TB3A 2Z6IA 2DZWA 3KVJA 1LRQA 1JUKA 1XXXA 5C55A 2OX1A 1M7PA 2YZRA 1XFBA 3TC7A 4O4VA 4AH7A 1W5MA 3B03A 4N6FA 5HR6A 3LI0A 3CWNA 5K7JA 2J27A 2UV8G 3P81A 4ZQMA 3EX2A 2X1RA 1LBFA 4WUIA 3ZWSA 5H91A 1VCVA 1S5TA 2NUYA 2XN0A 2FPVA 3P84A 2FB2A 2YDAA 1HG3A 4M7SA 4JTTA 4AMAA 4GC4A 3NQCA 1XKYA 1VJIA 3W1PA 4UMAA 4RK8A 2W79A 4CQ9A 3PSVA 4BK9A 2QCLA 3G0UA 1OFDA 1I2NA 5G1YA 1R47A 1W3NA 3MBFA 1DORA 4Z1CA 2H90A 1PHWA 3A24A 4O11A 2G96A 2R14A 4PTNA 3B4UA 4JTGA 3SY5A 5D03A 5J5DA 5AYXA 2FFCA 1TIMA 4QNWA 3O8AA 1EWEA 3IIVA 1GVSA 1P0NA 1GQNA 4JR5A 4O0ZA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3PF3A

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