3PSVA

Structure of e97d mutant of tim from plasmodium falciparum
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
246
structure length
243
Chain Sequence
RKYFVAANWKCNGTLESIKSLTNSFNNLDFDPSKLDVVVFPVSVHYDHTRKLLQSKFSTGIQNVSKFGNGSYTGEVSAEIAKDLNIEYVIIGHFDRRKYFHETDEDVREKLQASLKNNLKAVVCFGESLEQREQNKTIEVITKQVKAFVDLIDNFDNVILVYEPLWAIGTATPEQAQLVHKEIRKIVKDTCGEKQANQIRILYGGSVNTENCSSLIQQEDIDGFLVGNASLKESFVDIIKSAM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Revisiting the mechanism of the triosephosphate isomerase reaction: the role of the fully conserved glutamic acid 97 residue
pubmed doi rcsb
molecule tags Isomerase
source organism Plasmodium falciparum
molecule keywords Triosephosphate isomerase
total genus 92
structure length 243
sequence length 246
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2010-12-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3psvA00
3I7QA 4JICA 5D2WA 4AMAA 2TPSA 3N14A 2VFFA 1TRIA 1EP2A 2YZRA 1QMLA 3MO7A 4WXZA 4TMCA 2H8ZA 4N02A 4HPXA 5E1QA 4I7WA 1JQXA 1GVRA 1SR9A 3PF3A 3EX6A 2C18A 5EBUA 5AHEA 5CPMA 4UFLA 4IMCA 4YXGA 3EXSA 3TC6A 4CLMA 3E96A 3TXZA 2F84A 4LRTA 4NX0A 1HFBA 4H6KA 1Z42A 3EXTA 4IMEA 3DI0A 5D30A 5LZLA 3PBWA 5CPLA 4LVDA 5AYZA 4GE8A 4YCPA 4NJHA 2YPIA 4E38A 1KFEA 4MUZA 1YXDA 4K7VA 1P0NA 2ZDRA 3LCGA 3P81A 1FQ0A 3P82A 5HMSA 1KFKA 4ADTA 4YL2A 3S42A 1LTDA 1QPRA 1W5OA 3M9YA 1OHLA 2GVLA 4K39A 4AHOA 1UUMA 1LLZA 1AK5A 2PRMA 1XUUA 5HWJA 4JIPA 3O15A 5J5RA 1ICSA 4O19A 1DV7A 2H3BA 1OFQA 3GKFA 4LRSA 2V2HA 4NJKA 1MZHA 2VFEA 3L0GA 3GAYA 5D05A 2W0UA 4TR9A 1XL9A 1X8FA 1L2UA 2A5HA 1O94A 4NQ1A 3STGA 1WOBA 4HSOA 1G6CA 4B5NA 5AOUA 3K30A 5A5WA 1W5QA 4MZYA 1EWEA 1KM1A 3DFQA 3EB2A 4LC6A 3W71A 1Q3NA 3QH2A 2VELA 1VHCA 4UTIA 3MYPA 4N9BA 3W1PA 3GX9A 1YXCA 3NR0A 3QPZA 3MHFA 4O1BA 1OFOA 4MIMA 3C3NA 3W7GA 1VH7A 4RZ6A 4UC5A 3CQ0A 3MW7A 5F1UA 4RCXA 1KA9F 2WV8A 4WOQA 2YR1A 1XUZA 4X3ZA 2C1HA 1JRBA 3NPUA 5DELA 2C3ZA 2VFGA 1WA3A 3RU6A 5BMWA 4BI5A 3IIOA 2V2DA 4IMFA 1WQ5A 3HG3A 3NEVA 1SUXA 1CI1A 1VCVA 1I2NA 4IX2A 4QJ1A 5FF7A 3LCFA 2JGYA 5CZ0A 5TBOA 1FXQA 1IXNA 3RMJA 1WBHA 1ADOA 3EKZA 2VEPA 1HL2A 1KBJA 3NM3A 3PB2A 4JYFA 4XWUA 4O1CA 2E6AA 3W1LA 3L67A 2VFDA 2WNNA 5TQLA 1TO3A 3MHGA 4UFMA 4JTEA 4FNQA 4Z08A 4O10A 1FCVA 4JD4A 1W3NA 3HF3A 3TMQA 1O95A 3VNDA 4JR5A 2BLEA 3KVJA 1FX6A 2ATSA 1Q6RA 3IIPA 2B4GA 1TYGA 5CKSA 4XQ6A 4LU0A 4NX5A 1Z48A 2QAPA 4K8EA 4UMAA 2QJIA 3PR2A 3SGZA 3G0XA 3L9CA 3F4NA 2LLEA 3DI1A 4Z1AA 2YCEA 1R2RA 3NGJA 1FDJA 4Z0SA 2A6NA 2E09A 4MY9A 3O06A 4PFMA 4O57A 2FFCA 1DJNA 4NNBA 3KRSA 3EEGA 4BI7A 5U7SA 5LNRA 4LVFA 1EX5A 3NQFA 3GDMA 3BG3A 3BVJA 1Q6QA 3LXBA 4A29A 4AWUA 4LVBA 3L21A 1VR6A 2DZXA 3P61A 1W56A 4FX8A 4OV4A 4LWWA 4RKAA 3QW4B 4I9AA 2GQ8A 3HQ1A 1V7YA 5K7JA 3R5EA 5AHNA 2YGYA 1A50A 5TIMA 1TPFA 3NA8A 1H1YA 4Z1CA 3UWVA 3PBYA 3C52A 4X9SA 3T55A 2GOUA 3HGJA 3M41A 1PIIA 1I2OA 4NXSA 1DVJA 3VI2A 5AHMA 1UJPA 2FB2A 3M6YA 3SZ8A 4K7YA 2X1TA 3M7WA 4AF0A 3TXVA 4OQVA 2E1DA 1H1ZA 3HPZA 4IOTA 1C8VA 1FCUA 1QDSA 2WKJA 1OYAA 3CHVA 5LNVA 3ANYA 4KFOA 1W3IA 2OT0A 4X22A 1S5TA 5KINA 1FDZA 1YPFA 3WFAA 5LNSA 3EKLA 3W7OA 3HG2A 2OZ0A 5AC6A 3W9ZA 3M43A 4QISA 2ATMA 3C56A 3L5MA 1XCFA 1GPWA 1X6UA 3DU0A 1XBXA 1H50A 3G0SA 5FEXA 2GPTA 3CWOX 3MUXA 2BXVA 3FOKA 5I3GA 3SJ3A 3M5XA 1UB3A 3E0IA 4E2DA 3P62A 3IEBA 1TCDA 5DBUA 4YLWA 1JCYA 4UR7A 4JX4A 1JCXA 4AHPA 5KTLA 2JKEA 2BWGA 5G1TA 1ALDA 4MPQA 3HOJA 1QPOA 2QCDB 4O54A 4JY8A 3WK2A 5AB3A 3LXCA 2DJXA 4N6EA 1I2RA 1WDWA 4UIOA 3E12A 1KFLA 5D37A 2V5BA 2QCGA 3NQDA 4XKYA 3LX9A 3BGGA 1A5SA 4J9JA 1M7OA 4QQ3A 2QJHA 4GJ1A 3W88A 1TPC1 4H3DA 3IVTA 1SFJA 2CZ5A 3C2VA 2ZRYA 3LHTA 3GXPA 3EWZA 1O60A 1NVMA 1DOSA 5G4WA 4M6PA 1SZFA 4OGZA 3LOTA 3M0ZA 5IM51 4JTUA 1F6KA 4AXKA 4UTUA 2B7NA 3QJAA 4PC8A 3V1PA 1K8YA 5K4XA 4ZQNA 5HJLA 5FF2A 1KLYA 2QCNA 3B0UX 5D2YA 3LHUA 3VE9A 4HNNA 4FNTA 3PULA 3W1MA 3GDTA 1WV2A 4O53A 1FWSA 4IMGA 4R53A 3N73A 2X1RA 4G1KA 4HKPA 3CM4A 2CZFA 2BTMA 1V5XA 3C2EA 3F1QA 5G2HA 4MZ8A 1OF6A 4JTJA 2TSYA 5H2ZA 1H5YA 1M7PA 5F4XA 3MBFA 3KAOA 3W7IA 4RJEA 4MKNA 4K36A 4JTHA 4UFJA 3TUUA 4CCCA 2DP3A 1FY6A 1GVSA 3SFKA 4QIUA 1TPH1 3C8FA 1FXPA 2DZVA 2G5WA 3OEXA 2XFWA 4UFIA 4GC4A 2TMDA 2NUWA 3W75A 3EX3A 3G3MA 4N6FA 1SSDA 1NSJA 1F6PA 3LV5A 2Y61A 3PAJA 1AW5A 3G1SA 2GJLA 3UXAA 3TAKA 3TQKA 5D02A 4OWGA 3WJYA 3KX6A 4UTKA 2XN0A 4JS3A 4DF2A 3VKJA 2WNZA 3W1AA 1R47A 4KFNA 3M5YA 1KFJA 1JUBA 3O05A 1SZGA 5AHLA 3M16A 3LBMA 4WY0B 4UTMA 4OT7A 4GBUA 3W1QA 4NJGA 2I9EA 4MFDA 2A7NA 1TTJA 4Y8FA 2H3DA 1ONRA 3QMTA 1SZNA 3T4CA 3H53A 2ZA3A 3V75A 4UTWC 5HUOA 5CZTA 3GB6A 1DHPA 2V81A 3GAKA 1TREA 1T99A 3UZJA 4Q4KA 1OX4B 3C2OA 3G3DA 3UPWA 1O5KA 2VXNA 3LERA 2PRLA 1J5TA 3S9YA 3NPWA 3LRLA 3EWWA 3CEUA 3UQNA 4MYXA 5BMXA 1PV8A 3R2GA 4QITA 1UUOA 5FEWA 3PG8A 4NZJA 1F73A 2RKXA 3S6DA 1QAPA 3W7CA 1KLZA 4FNPA 1QOQA 1F2JA 5G2IA 1VQTA 5D38A 3LCHA 2P0OA 3AJXA 3Q94A 1R30A 4MZ1A 3W83A 1LBLA 1YTKA 1H7WA 3ZS4A 3NVTA 4FX7A 2ZA2A 1G4TA 3KRZA 1GZGA 3DZ1A 3NOEA 4WY0F 3SW6A 3S5ZA 3ATZA 4JNMA 2NXGA 4CQ8A 3D0CA 4ONVA 4U4MA 1JCMP 3MP5A 3NG3A 2Z6IA 3QSRA 2PRHA 4UTTA 3W7EA 3W73A 2J6XA 4GUGA 3L65A 2NX9A 3CWNA 3WJXA 1G4SA 3W7NA 1YADA 4JEQA 4UTHA 3A22A 2WQPA 1RV8A 2BX7A 3CPRA 4WQ6A 2YW4A 3F4WA 2I1OA 3DXIA 4I7UA 3R89A 3SECA 1W0MA 1D9EA 1EWDA 2Q8ZA 1Q45A 3L5LA 3W6YA 2E5CA 4TMBA 1JCNA 4MOZA 4WX2A 4I7VA 1H63A 4JTIA 2CFFA 1IGSA 2NXIA 3B0PA 3O63A 3MYOA 2VOMA 5DCBA 4FB7A 1PVNA 2ZA1A 4K38A 1ZAHA 4GXMA 4WXYA 1TPEA 3JS3A 1H51A 4UTJA 3WJZA 1UBSA 3BW2A 3OA3A 3CB8A 3NQEA 2C14A 3LLDA 3G1DA 3EWYA 4QNWA 4YCOA 3S1XA 3NM1A 3FKKA 3S0CA 3EWXA 1ICPA 1J4EA 1IIHA 3FIGA 3L5AA 2QAFA 3W1UA 2DU2A 1H7PA 2V8ZA 5CZJA 1PCKA 3P84A 3SGUA 2Y7DA 1OFBA 1S3HA 3HG4A 3UPBA 3N2MA 3MMTA 1LRTA 1OJXA 2V5LA 1FCBA 1S5VA 3HPSA 4TX9A 3M5ZA 1K3UA 5AFDA 1LRQA 1NF0A 4EF8A 1K03A 3W7JA 1BWKA 2I14A 4LTSA 4O15A 1F74A 1KFBA 2OT1A 4ZMGA 1GOXA 1G67A 1TTPA 1KFCA 5D04C 3W1NA 5K9XA 3TMLA 3NL5A 4ZVJA 1OFEA 4LUIA 1RR2A 3CIXA 3A9IA 4JXCA 4ZZ9A 4N9CA 4MLRA 3MHUA 4FXRA 3W2JA 3W74A 4AHQA 5I3FA 3SY5A 2Y63A 2D73A 1WAUA 3NL2A 2JKPA 3T78A 1EB3A 2W6RA 3FEMA 3M5VA 3HIJA 1M5WA 3O6YX 3GDRA 3TU9A 5LSMA 3KRUA 4ZQPA 1JRCA 1GYLA 4GUHA 3A5FA 1LCOA 2HMCA 2ZRVA 1L6WA 3TFXA 5CSRA 4Q32A 4XUGA 3STCA 5HINA 3TIMA 1MSSA 2B7PA 4DEFA 3G18A 6TIMA 1OYCA 5CPOA 2XN2A 3GR7A 4BF9A 2DORA 3TAOA 3PSVA 2FQIA 1NF7A 4O4WA 3GXTA 3HB9A 4JDBA 5F4SA 4A2SA 1YPIA 1U5JA 2J88A 3O07A 1KM0A 5LKYA 2Y7FA 4O17A 4XTIA 2NV2A 4DO4A 2C16A 5EL1A 3STEA 3W1TA 1JCJA 4CQAA 4HT3A 2ISWA 1QCWA 3PBVA 2FDSA 2FLIA 5T26A 2UV8G 3GDKA 4ADSA 4Z0JA 1W1ZA 1XFBA 1B4KA 3L0NA 2ISSA 3W7QA 4O18A 2YX0A 1Z44A 1VYSX 4IXHA 3L0KA 1RD5A 5BW6A 5HR7A 5D09A 4ORIA 2C15A 3IGSA 1SO5A 3FYOA 4O1DA 1PL9A 1KM3A 3VE7A 3TROA 3NQ8A 1XXXA 1Y0EA 4N2YA 2Y6ZA 3T7VA 4UCGA 3BGJA 3YPIA 3G1XA 2QCLA 1LORA 2GVGA 3KFTA 1K7XA 3G1HA 2E6FA 1TMHA 4O8RA 1F7BA 4M6QA 1K8XA 3W2NA 4OBTA 3P67A 4R34A 3CC1A 1TTIA 1TRDA 5FEPA 3W7LA 4HIBA 1YYAA 2WSYA 4RXFA 1AW2A 3ZWTA 2O7SA 4GUIA 3W2UA 1B3OA 1JULA 4ZL1A 3F03K 1F76A 3LI0A 4HSNA 1RQHA 1S5WA 1EUNA 2ABBA 2G96A 3NQ7A 3WK1A 3M1ZA 4BI6A 7TIMA 2ZZ7A 4LY8A 4NNCA 1P5BA 3DFSA 2ALDA 4XBKA 3INPA 3NPXA 1L6SA 1RZMA 1THFD 2QDGA 3B03A 2ZZ1A 4HNUA 3UWZA 3EX2A 1C9DA 3PSWA 2NWSA 4WJEA 1EIXA 3GZ3A 3LHWA 4A21A 3RK8A 2V82A 5I3KA 4YWIA 2TRSA 3IV3A 2P10A 2QUVA 3H54A 3FJ6A 1WOAA 4JTLA 4A2RA 2VFHA 1ME9A 4R7JA 3C2FA 5LHEA 3UNDA 2NX1A 4RX0A 1I45A 3OVQA 1IXQA 2FTPA 3QW3A 1I8JA 1VS1A 1B9BA 1W5PA 3NYZA 2QJGA 3GK0A 5KZEA 1YLVA 4FX6M 4O16A 1K7FA 3W86A 1Q6LA 1HUVA 4N4QA 2RH9A 1DQXA 1NEYA 3E49A 3NNTA 1XKYA 4ZQOA 1GTHA 4BWLC 4UNKA 1LRNA 4TO8A 3W7PA 5ABTA 4ICNA 3MBDA 1H60A 1FWTA 4MJZA 1JQVA 3DFNA 3A24A 5K9DA 1XBZA 1A5AA 5CPNA 1TQXA 2FPVA 2Y7GA 3NZRA 4UTLA 1KV8A 2CLEA 2R8WA 4N4PA 1YXYA 4DPPA 1VCFA 4IJBA 3Q2DA 1GTEA 3SIZA 3DFOA 4JTFA 3QMRA 4JGDA 3LTPA 1M6JA 5G4EA 3NDOA 1QO5A 1OF8A 3FLUA 3TCEA 3TX9A 2IQTA 2OX1A 3W76A 5CG7A 1AMKA 2AGKA 2BZNA 1ZY9A 4M7SA 2Q3RA 4L4LA 3G1YA 5IBXC 3E02A 3PUOA 3ABOA 3P74A 5DY3A 3U6WA 3KVKA 3VCRA 1JJKA 4MVAA 2ZZ6A 2J9XA 1G4PA 3HGRA 1K02A 4NXKA 1XBVA 2JGQA 3Q58A 5FF3A 2X2GA 1G7UA 3HPXA 3I7SA 1ME7A 3NQGA 4O0KA 1SZEA 5HWNA 4DELA 1LP6A 4PTNA 1GQNA 2AQWA 2E6YA 2EAWA 2FPTA 1HG3A 2Q3OA 4Y90A 1LZOA 3W3OA 3PVFA 3W7HA 4C1LA 3ATYA 4X2RA 2ZQ0A 2R91A 5AC7A 3HGSA 3LGEA 3QRHA 4RZ5A 2QUTA 2A4AA 3FYPA 3TJXA 4M6VA 4CQ9A 3BLIA 1HO1A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1EEX A;  2PTZ A;  2VFF A;  1EP2 A;  4TMC A;  2BNJ A;  1BD0 A;  4N02 A;  7XIM A;  3WDP P;  1SR9 A;  3VCN A;  1EA9 C;  2C18 A;  4HMD A;  5CZK A;  2E3Z A;  2H9A B;  4AY7 A;  3TC6 A;  1DID A;  2HPI A;  3E96 A;  4WDT A;  3GM8 A;  5IRP A;  4IME A;  1E43 A;  5D30 A;  4OTK A;  4H00 A;  4KEZ A;  2QUL A;  1YXD A;  2CIT A;  3VOC A;  3FYY A;  3P81 A;  4N0R A;  3S5S A;  1FQ0 A;  2VM8 A;  3S6O A;  1KFK A;  4ADT A;  1LTD A;  1SJA A;  1OHL A;  3EOU A;  1KBK A;  1OIN A;  1XUU A;  1HT6 A;  1C8Y A;  2VC9 A;  2R1N A;  3GXF A;  3WQD A;  1DV7 A;  1XLI A;  1VEP A;  4NJK A;  3ME3 A;  1E5J A;  1PYF A;  3K1G A;  3GAY A;  5D05 A;  3KL0 A;  4J4K A;  1CGY A;  5BRO A;  2PB1 A;  3VD4 A;  1UKP A;  1YPX A;  3KM8 A;  3UYI A;  2WZI A;  1G6C A;  1G1Y A;  3KTX A;  3BSM A;  4H9V A;  3WEZ A;  4MZY A;  1ENU A;  1KM1 A;  3DFQ A;  3KDO A;  3ZR6 A;  4LC6 A;  1W3H A;  1A80 A;  2VEL A;  1A3W A;  2BVT A;  3NUK A;  3OQ8 A;  3UP8 A;  3U5U A;  3W1P A;  4J7R A;  3WQW A;  1BXN A;  2F6K A;  1M9H A;  1D8W A;  4MIM A;  3C3N A;  3W7G A;  1VH7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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