3PTK | Genus

Total Genus 193

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	193
sequence length	478
structure length	478
Chain Sequence	PVSRRSFPKGFIFGTASSSYQYEGGAAEGGRGPSIWDTFTHQHPEKIADRSNGDVASDSYHLYKEDVRLMKDMGMDAYRFSISWTRILPNGSLRGGVNKEGIKYYNNLINELLSKGVQPFITLFHWDSPQALEDKYNGFLSPNIINDFKDYAEICFKEFGDRVKNWITFNEPWTFCSNGYATGLFAPGRCSPWEKGNCSVGDSGREPYTACHHQLLAHAETVRLYKAKYQALQKGKIGITLVSHWFVPFSRSKSNNDAAKRAIDFMFGWFMDPLIRGDYPLSMRGLVGNRLPQFTKEQSKLVKGAFDFIGLNYYTANYADNLPPSNGLNNSYTTDSRANLTGVRNGIPIGPQAASPWLYVYPQGFRDLLLYVKENYGNPTVYITENGVDEFNNKTLPLQEALKDDARIEYYHKHLLSLLSAIRDGANVKGYFAWSLLDNFEWSNGYTVRFGINFVDYNDGRKRYPKNSAHWFKKFLLK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Hydrolase
molecule keywords	Beta-glucosidase Os4BGlu12
publication title	The crystal structure of rice (Oryza sativa L.) Os4BGlu12, an oligosaccharide and tuberonic acid glucoside-hydrolyzing beta-glucosidase with significant thioglucohydrolase activity pubmed doi rcsb
source organism	Oryza sativa
total genus	193
structure length	478
sequence length	478
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date	2010-12-03

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00232	Glyco_hydro_1	Glycosyl hydrolase family 1

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	3ptkA00

1B90A 3RM4A 2XTKA 3WQ5A 1JF5A 1E4LA 1AQMA 1LG1A 1PIGA 2EEXA 5D8ZA 5HDRA 5A6KA 2ZWYA 1OGSA 3II1A 2Y8VA 1FP8A 2VCBA 1YQ2A 1E9LA 3SUSA 1W91A 1W9DM 2D2OA 3MU7A 2D1ZA 1R8LA 2VX4A 4KMQA 1UWSA 2ZX8A 4K68A 1ZBVA 2WKLA 4Z2GA 2VX5A 3WENA 3MMDA 4S3KA 1J0HA 1R87A 3MV11 2UY5A 1QI5A 3L4TA 1B9ZA 3DYMA 1W1TA 1Q6FA 2J62A 1BLIA 3W37A 4H8VA 5E9AA 5I0DA 4M80A 1CXFA 2BXZA 1UD4A 2PB1A 5JBFA 1CXHA 3ARXA 4JCLA 5DT7A 3WDRA 4CN1A 4FLRA 4PSPA 2WVVB 2VO5A 3I3DA 3LMYA 5CJ5A 1D3CA 2BY3A 3F5KA 3GZAA 1E5JA 4F66A 1MVYA 3T0DA 3IJ8A 4MNMA 3T0AA 5M03A 2X8RA 2WWDA 3AZRA 2GJXA 3PZGA 3PZUA 3AFBA 3AMKA 1AMYA 5EFDA 2E8ZA 2EXOA 1OD0A 1V3JA 4XV0A 3ECQA 5JIPA 2YA0A 1V6UA 5ABHA 2J7FA 3AQUA 2WK2A 3QHNA 4J28A 1Y7VA 1HP5A 5FIPA 3AOFA 1CBGA 5HPOA 5IXEA 3CUGA 4HZ6A 2F8QA 1DWIM 4F9DA 1W9UA 1W1YA 1RP8A 2EPLX 4LQ1A 1JGIA 1OSEA 5E0CA 4EK7A 2GUYA 4XZWA 1Q6DA 2CHOA 4OBSA 4EE9A 1UWUA 5I78A 1HF6A 1V3LA 2J7DA 4B3LA 2VOTA 1E6SM 1NWTA 5JUVA 5A6SA 2CBJA 2XVLA 1K9EA 3SCSA 1VAHA 3PTMA 2GJPA 1U2YA 4IM4A 4H7VA 1JFXA 1QHOA 3GXFA 3N12A 4M1RA 3CUJA 1M53A 2J7GA 1ISYA 1B3YA 3THCA 4J3SA 3HMCA 1JAKA 1E15A 2PBOA 3G6LA 2EQDA 2A3HA 3NSNA 3ARTA 1LWHA 3PZMA 2CXGA 1RP9A 4B9YA 3D3AA 3CZGA 3AHXA 5CSUA 2OSWA 2YL8A 1PX3A 4W93A 1JZ4A 1XH2A 2AOSA 3TOPA 1QHPA 1E3ZA 3ARYA 1HL9A 4WKAA 2CYGA 1QBAA 2CEQA 1EHNA 1DWJM 3W4RA 4A3HA 5HBFA 4TVDA 1SMDA 3WH9A 1H0IA 4UFKA 1CTNA 4PMVA 4C7FA 2BY2A 1YHTA 3UERA 1EGZA 4P7QA 1LQ0A 2J78A 2G3NA 3RM8A 3WQVA 1JZ5A 3OGSA 1OM0A 3BLPX 3DYPA 1QI4A 1PPIA 1VIWA 3FXYA 1V3IA 3EYPA 1E6NA 1ZS2A 4X0NA 3SUWA 1H4PA 2VRQA 4BQ5A 1QW9A 1ECEA 1C8YA 3GH4A 2FH8A 1DWHM 3RM9A 1XCWA 1CZ1A 2DH3A 2QMKA 1W2VA 1HVQA 1UH4A 4P8UA 2QF8A 4GI6A 1B2YA 3WNOA 1GOOA 2ZIDA 1GOWA 1XSIA 4LX4A 3N17A 2GJRA 3FNDA 4D6CA 1UKTA 3F5JA 2O9OA 2WC4A 1HJWA 4JFTA 4A3YA 1NWUA 4D1IA 4MB5A 1WDQA 3AIQA 4HA1A 3WKZA 2YA2A 2CBUA 2YL9A 2ESCA 1BYBA 3MUZ1 3WNMA 1W3JA 3U7BA 4JFUA 5BXRA 5JIWA 3NDYA 5JBEA 3HJEA 1UD8A 3CPUA 3RJXA 1WZKA 1H49A 1O6IA 1VFUA 1W9XA 3MKKA 1HXJA 5CSYA 4UCFA 2VZTA 3PZNA 2E3ZA 3VGDA 3WDIA 3PN8A 2NSXA 3MMWA 5CZKA 4ZXOA 2WZEA 3CZKA 1NARA 2D20A 2Y4SA 3DC0A 4AY1A 5D8WA 1C90A 2XGIA 4AZ6A 4PMDA 4QLJA 3WQWA 5FCZA 1IZJA 3LPGA 1FHDA 3PTKA 4JKKA 1NP0A 1JYNA 3CMJA 1G5AA 5IFTA 2ZUVA 1RH9A 3A4AA 4AMCA 3WF1A 2XVPA 1FH8A 1ZBKA 1TR1A 1WB0A 3AIVA 3A4XA 2XSBA 3AI0A 3CUHA 3DECA 4MB3A 2PI6A 5IHSA 1R86A 2UWFA 5A6LA 1GHSA 4W87A 3K4AA 3TA9A 4FF5A 3PZVA 3WQ4A 1CDGA 2VX6A 3AHVA 8CGTA 3SCWA 4CVUA 4GZJA 3RMEA 1DHKA 4RL3A 2DT3A 3LPPA 1X1NA 2YLLA 4M82A 5D9NA 4RE2A 1V3KA 3GNOA 1BG9A 1US3A 1JXKA 1WDSA 1UD6A 3ZO9A 2WBKA 3NSMA 3TP4A 3GYCA 2BXYA 2W67A 1H2JA 3BAXA 2QLYA 2J7HA 1UWQA 4W7VA 1UR0A 3AISA 3AICA 4TOQA 1E70M 7TAAA 1B3WA 1JIBA 5CPQA 4DWSD 2WCGA 1XSJA 1V02E 3ARRA 2WVUA 4PTWA 2W4XA 1H41A 3ZJKA 4BZYA 2QPUA 2DSWA 2DSUA 3VX1A 2EJ1A 2XGBA 1NWSA 3L2LA 4LYQA 1EO7A 3T0BA 1EOKA 1RPKA 4QLKA 4UFJA 3VMNA 5E6YA 5A6AA 3W24A 3BSHA 1PBGA 1E6QM 4UZUA 1OINA 2YL6A 3WDHA 2XWEA 3F4VA 4U33A 1DEDA 1QNSA 2ZXAA 4D6FA 2JFEX 1EQPA 2PC8A 2W62A 4V2XA 3SCVA 3GXIA 2WCAA 4GQRA 2YJQA 1CGXA 4UQEA 3ALFA 4HMCA 5CQ1A 5CLTA 1OIMA 1BTCA 1KBBA 1AQHA 3EDKA 4H04A 1BAGA 1QNPA 3GXDA 3GTNA 4U31A 2DEPA 1J0ZA 1K6AA 1J0JA 4D6GA 3THDA 4WIWA 3AMGA 3CZEA 1QI0A 3AHTA 3WNPA 2MANA 3PTQA 4AIUA 4GIAA 1EHAA 4GINA 1GORA 4Z2KA 3VNZA 5CPTA 1S46A 3SCPA 2J8FA 1C91A 4CVWA 2D0FA 1UHVA 1FHLA 5I5RA 2WM0A 3ZQ9A 3EMCA 1KGXA 1E1EA 1V08A 2VZVA 3W6LA 2VQTA 4PRWA 1HJUA 4UZSA 1LJYA 1K9DA 2NT0A 4D6IA 4ZXLA 4W85A 1DWFM 2PBGA 4H41A 2ZX5A 1GQLA 1MFVA 2BVTA 4MDPA 3BH4A 4ZE5A 1V0MA 2VJXA 1CGVA 1VJZA 2GK1A 5GNZA 4PEEA 2VZSA 4BCEA 1CGWA 2HISA 3M7SA 5CGTA 3OLEA 5ABGA 1JDCA 3KL0A 1DWAM 4AD4A 3VUPA 4OJYA 3WD4A 5FL1A 3ZR6A 1TVNA 1E43A 2Y2WA 3EMQA 2QHAA 4OOZA 5BROA 4UQCA 3O9NA 1G0CA 1KQZA 3WMBA 4HTYA 2G3JA 2OSXA 3TTSA 3VILA 3T09A 2J7CA 2G8ZA 1J18A 5HXMA 4XB3A 2FHFA 2VVNA 3VM5A 1OBAA 2B31A 2VR5A 4E4PA 1ISVA 3WEOA 1C92A 3SUTA 3AYRA 3QOKA 2DH2A 3VD7A 1E6PA 1UR1A 4FMVA 4MNJA 1Q6CA 4MDOA 1EH9A 1XRVA 5A6MA 4W7WA 5DMYA 2ZX6A 4TX8A 2CITA 1V0NA 5A8QA 2XM1A 1XV8A 1GONA 1QVBA 3ZSSA 1HKMA 1W1VA 3VGBA 3B9EA 2CETA 1H5VA 3ZOAA 2W66A 4J3VA 1BGAA 3N04A 1BYAA 5HNNA 3KL5A 2WMIB 5BRPA 2YDQA 2JEPA 1QI3A 2BY1A 3CHCA 1HJVA 1CYGA 4IISA 1JXJA 1UKPA 3KZSA 4M29A 1UWTA 3UG3A 1ITCA 4W5ZA 2ZUSA 1KR0A 4DUVA 2WVVA 2WC7A 3WUFA 2GVYA 3VKKA 3T2QA 1BVNP 3FHAA 1EA9C 4GO8A 1WE5A 3AZSA 2VZOA 4KH2A 1GQKA 4HZ7A 1KB3A 3ARWA 1G01A 2OYKA 1GHRA 2A3BA 3WNKA 3U7VA 1QBBA 4UR9A 2V3GA 3LPFA 4IPNB 1KXTA 2AAAA 4PMQA 3UETA 2FHBA 5AY7A 4JFSA 1C8QA 1R7AA 5A3HA 2VRKA 4JHZA 2WBGA 4LPCA 3W81A 1L8NA 2JE8A 2XJ7A 4DWSB 4PCSA 3GM8A 4WLCA 1NOUA 2O9PA 3BAIA 3PBGA 4U5IA 1K9FA 7A3HA 1JZ3A 1HJSA 3UESA 2AMGA 5D9OA 4M24A 4JZ5A 1WZAA 4PBGA 2WAGA 4CGTA 1U30A 1ZBCA 1LLOA 1UD2A 1H09A 2X0YA 1M7XA 2WHMA 1HN1A 1B31A 4GKLA 2XG9A 3U5YA 4JL2A 3OBAA 3W28A 4DM2A 3AXHA 1GVYA 1NOFA 2QMJA 2GDVA 2BS9A 1J0YA 3B9AA 1XH1A 4U3CA 2PWFA 1ZU8A 3MV01 4DUXA 1HKKA 4GI9A 4URIA 3SIMA 3VU2A 4B15A 4PMNA 4CD7A 1CLVA 1UZ1A 3CHFA 3SCQA 4N42A 1V6WA 2YL5A 4D6JA 1U33A 3K1DA 4ZE4A 2VUYA 3SCNA 3GXMA 4YN5A 2D0HA 1VF8A 3VD4A 3BAJA 5KEZA 2CERA 3MO4A 3N18A 2ZWZA 4TX6A 3UCQA 1KWGA 3N9KA 3WN6A 2Y24A 4CCDA 2WW5A 4W5UA 3APGA 1V03A 2DT0A 3WSUA 2VRJA 3WBEA 4TXEA 1E6RA 5A2BA 2C7FA 3EBVA 5D4YA 5DF0A 1BYCA 3FY1A 1JDAA 1K9TA 3WELA 1C7TA 1ISZA 3ARVA 1OGBA 3I3BA 1TVPA 2OYMA 4P7LA 4AC1X 1E4IA 2RGLA 1QPKA 2VC9A 4GZEA 4CN6A 4W84A 3ALGA 3KL3A 3VIGA 1BF2A 3E1F1 1ODUA 2OWXA 4CUCA 1W1PA 4OBRA 1I1WA 1KR1A 4U2ZA 3AHZA 1EO5A 4QDMA 1NWRA 3JUGA 1I1XA 1CGUA 4MNKA 1JNEA 3AMDA 1CWYA 4JFVA 4U5KA 1MQPA 3W0KA 3EDJA 1QW8A 3CHEA 4RE4A 2EBNA 5A94A 4AD3A 1RD6A 3N13A 1UYQA 3NSXA 1VRXA 2ZOXA 3RDKA 1SYTA 1PZ2A 3AROA 1LF1A 1HP4A 1J0KA 4NSBA 2XFYA 3W82A 4M81A 2YLAA 5DT5A 3K8KA 3KEHA 2JIEA 2WMJA 1QNQA 3ZR5A 2J4GA 4AEFA 1WDRA 5C8BB 1JYWA 3GBEA 1UR8A 1PX4A 2XSAA 3L2MA 1B30A 1ZJBA 2D3LA 1EOMA 1OB0A 4BF7A 2YA1A 3ARPA 1JDDA 4FK9A 4U3AA 4PMRA 1Z32X 4RE3A 3G6MA 2FDMA 3EMZA 3FAWA 2GFTA 2GDUA 2ZUMA 3MUAA 4GXPA 3ZT7A 3VX0A 4F9JA 2VTFA 1HNYA 3ARQA 2ZXBA 4WKHA 1E5NA 1QOXA 5A6BD 4MPKA 4ZEPA 2X05A 4J3WA 4OOUA 4JAWA 5AYIA 2D24A 2Z1SA 3W6MA 1TFVA 4MB1A 4MJ4A 2WSKA 3VDBA 3AIBA 3O6AA 4ACYA 3W29A 3CH9A 2BVDA 3RCNA 3VD3A 2CCRA 5I77A 4MAVA 2E9MA 2BVYA 5BWFA 1CENA 3PZ9A 4XX6A 2V5CA 2PWGA 3CUFA 1DWGM 1KCLA 2BHUA 2UY3A 4LGXA 3GDBA 2F61A 3BCDA 1JI1A 1JF6A 3OG2A 4E2OA 2VZUA 1VB9A 2V3FA 1H3GA 2XVGA 2WPGA 1IT0A 2JEQA 2WLYA 4AZIA 4OKDA 3WNLA 3SUUA 3SCOA 4UFLA 2ZXDA 4PTVA 1VEPA 1WNOA 4X9YA 3NCOA 2ZX7A 1GQIA 1W2PA 3MANA 1IV8A 4AIOA 4UOQA 3D5HA 4W7UA 3AIUA 4GI8A 4PTXA 1N82A 2D22A 4UQ9A 4D1JA 4CU6A 1EDGA 2DIJA 3MUIA 4W89A 4FLOA 3T2OA 1EDQA 1J12A 4P8VA 4ATDA 1KBKA 3W25A 2D23A 4MTVA 1CXKA 1TG7A 1G9HA 3WUGA 3MSDA 1GOKA 3OLIA 1MW3A 1SMAA 3BMWA 1NOWA 3AS3A 1ITXA 2J7BA 2VR4A 2DSKA 3A3HA 3N11A 4CN4A 1E72M 1DP0A 1V3HA 4HU8A 4JCMA 3IAPA 3QHOA 2W63A 1XSKA 3M6DA 2GSJA 1H1NA 1F4HA 1XC6A 3WQ6A 3AMCA 1EDTA 2XWDA 2JF6A 4JFWA 3TTYA 4B16A 5DEZA 4CD4A 4AEEA 2DT1A 5LA1A 2BY0A 3O2LA 1BGGA 4LXFA 1FA2A 2G41A 2ZUWA 3WDQA 3U57A 3ARZA 4LYRA 3AXIA 4J27A 3EDEA 4GO9A 1UWRA 2V5DA 2V3DA 4J7RA 1WP6A 3CTTA 1W9PA 4MJ2A 2V38A 3ZSTA 3OLGA 1TA3B 1W9VA 4V28A 1J10A 3PHAA 2VL4A 1KGUA 4PUEA 1HJQA 3WF4A 1WPCA 1E4MM 3VIOA 3L4VA 5CLWA 2YIHA 4P7RA 2E9BA 4CU7A 1JYVA 3WD0A 2DDXA 1WDPA 3BXWA 1LL4A 2W92A 4Z2HA 1OT1A 1Q6GA 4AZ7A 2E0PA 4L4PA 3VOCA 5DFAA 1R7OA 5A6JA 1EIBA 1MXDA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4QFU A;  1BFN A;  1V0K A;  5A69 A;  2ZIC A;  1XYF A;  5FOO A;  4UOZ A;  5D9P A;  5A2C A;  2NT1 A;  3OB8 A;  1FFR A;  5BXS A;  2WMH A;  4HOZ A;  1GNX A;  1I75 A;  2IXV A;  3WBA A;  3UG5 A;  1UQZ A;  2E9L A;  2WB5 A;  3OGV A;  4PMY A;  5LYR A;  4BA0 A;  4ZFM A;  4CCC A;  2YKK A;  4C7D A;  1ODZ A;  1CEC A;  3F5L A;  3VIJ A;  2EPM X;  3NJ3 A;  1GW1 A;  4FLQ A;  3VM7 A;  1LL7 A;  1WAW A;  3ZIZ A;  3LPO A;  3VGG A;  1TMQ A;  3WEM A;  5I2U A;  1KXV A;  2WSP A;  4F79 A;  4HP5 A;  1UOK A;  1JYX A;  4CKQ A;  1X6L A;  2IUZ A;  4HMD A;  1G1Y A;  1F4A A;  1VEN A;  1ZBW A;  4CD8 A;  5CG0 A;  2C0H A;  4EAN A;  1XH0 A;  4PSR A;  3BMV A;  4WF7 A;  3OIH A;  4W8A A;  2VI0 A;  3WY1 A;  1FOB A;  1V6V A;  2YDR A;  2J74 A;  4NRS A;  2WVS A;  3T08 A;  2WXD M;  4Z2I A;  5E6Z A;  5JBD A;  4EAM A;  1MW1 A;  3VDA A;  2WWC A;  2XVN A;  4QCF A;  1MYR A;  1W32 A;  4IPL A;  1GJU A;  4UQD A;  3J7H A;  1C93 A;  4BQ3 A;  1GPF A;  2PWE A;  4MAD A;  2X1I A;  2ZUU A;  4OZO A;  4AZH A;  2EO7 A;  1E6X M;  3ZJ7 A;  1JZ6 A;  4HA4 A;  1QHZ A;  1BVZ A;  1B1Y A;  2XII A;  4HA3 A;  5E70 A;  4B3K A;  3SCU A;  4ACZ A;  1M01 A;  4V27 A;  4F8X A;  1MFU A;  3WUE A;  3AIW A;  3POH A;  4AD0 A;  1W3H A;  5EB8 A;  2GK1 B;  3VGH A;  4AIE A;  4U2Y A;  2Z1K A;  1J9Y A;  5FKY A;  3AXX A;  1LL6 A;  1P6W A;  5CPS A;  2OYL A;  3AJ7 A;  3RIL A;  3CIV A;  3T2P A;  3ZMR A;  5HOS A;  2NW0 A;  3WF2 A;  5DO8 A;  2WZH A;  1US2 A;  3VDC A;  3WEZ A;  1AQ0 A;  2CPU A;  5BXP A;  4H2C A;  4HOW A;  3AYS A;  3QOM A;  2XFF A;  5IDI A;  4KRU A;  2VCA A;  3SEP A;  1XGZ A;  1PEZ A;  1TUX A;  5I79 A;  1OT2 A;  4D6H A;  4AD1 A;  5EMY A;  2QPS A;  1BYD A;  3N15 A;  3B8S A;  4MB4 A;  2J75 A;  1XD1 A;  2UY2 A;  3CZJ A;  1QNR A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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3PTKA

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