3PTMA

The crystal structure of rice (oryza sativa l.) os4bglu12 with 2-fluoroglucopyranoside
Total Genus 192
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
192
sequence length
478
structure length
478
Chain Sequence
PVSRRSFPKGFIFGTASSSYQYEGGAAEGGRGPSIWDTFTHQHPEKIADRSNGDVASDSYHLYKEDVRLMKDMGMDAYRFSISWTRILPNGSLRGGVNKEGIKYYNNLINELLSKGVQPFITLFHWDSPQALEDKYNGFLSPNIINDFKDYAEICFKEFGDRVKNWITFNEPWTFCSNGYATGLFAPGRCSPWEKGNCSVGDSGREPYTACHHQLLAHAETVRLYKAKYQALQKGKIGITLVSHWFVPFSRSKSNNDAAKRAIDFMFGWFMDPLIRGDYPLSMRGLVGNRLPQFTKEQSKLVKGAFDFIGLNYYTANYADNLPPSNGLNNSYTTDSRANLTGVRNGIPIGPQAASPWLYVYPQGFRDLLLYVKENYGNPTVYITENGVDEFNNKTLPLQEALKDDARIEYYHKHLLSLLSAIRDGANVKGYFAWSLLDNFEWSNGYTVRFGINFVDYNDGRKRYPKNSAHWFKKFLLK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The crystal structure of rice (Oryza sativa L.) Os4BGlu12, an oligosaccharide and tuberonic acid glucoside-hydrolyzing beta-glucosidase with significant thioglucohydrolase activity
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Oryza sativa
molecule keywords Beta-glucosidase Os4BGlu12
total genus 192
structure length 478
sequence length 478
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2010-12-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3ptmA00
3WQ5A 3AIUA 4PSPA 4R5EA 1ODUA 4CUCA 1OT2A 2YA2A 3ALGA 1CXFA 4ZXOA 1DP0A 2ZOXA 3BCFA 4F9JA 4QLLA 2QMKA 1W3HA 3WDIA 1G0CA 1HP5A 2YLLA 3T2QA 2Z1KA 1CWYA 2WMIB 4M8UA 3ARXA 1TE1A 2EPLX 4TVDA 3TONA 4H04A 2HVMA 3W28A 2V3DA 1CDGA 1OGGA 3WMCA 3ZR6A 1N82A 1EHAA 4MNLA 2OYKA 4FK9A 1GVYA 2VRJA 3CUHA 1U30A 2VL4A 1PJ9A 4HOXA 4GI9A 4BA0A 3WUFA 1FH7A 1JZ6A 4QCEA 3AS3A 2OWCA 3M07A 1GZJA 5I3DA 1VFFA 2ZUVA 2W91A 2VRKA 4TXEA 1B1YA 4P7LA 2PF0A 4OIFA 4LGXA 3GXMA 4PRWA 2OWXA 4IPNB 6CGTA 1KCKA 1WAWA 4PMXA 1GJWA 3KL3A 2PWDA 4FLQA 4PUEA 1E4LA 4BQ3A 5A2BA 2XPKA 1B3WA 1W1VA 2YKKA 1MQRA 1QI2A 3T0AA 2WMGA 3VGHA 1JG9A 1GQLA 3ZJ6A 2OWWA 4LX4A 3RM8A 1JYXA 1WPCA 3QHMA 3AI0A 3PZ9A 2V38A 5BXSA 4UQCA 1HJVA 1LWJA 2J25A 1X1NA 4OKDA 1TR1A 5LA2A 2W4XA 4ACZA 1KFWA 1H41A 1GONA 4PMDA 2GJXA 3W81A 2Y2WA 1UWTA 2XJ7A 5CXPA 5DT5A 2ZUSA 2VQUA 3CHEA 4UQEA 4D6EA 2WHJA 2QMJA 4PYSA 3SURA 1XYFA 1XCXA 5E70A 2WHLA 4YHEA 2WLYA 1B30A 4U2YA 3KL5A 2D0HA 3N15A 1RD6A 1L0PA 2X8RA 1W91A 2BHYA 2WC7A 3A3HA 1ISWA 3WKZA 3WNOA 3UEQA 1ITCA 2BXZA 3WFZA 4RE4A 2WNWA 1UKSA 1D3CA 3CMJA 1JNEA 5JBDA 1ZBVA 2GK1B 3K8MA 5A6MA 4B16A 5CGMA 2OSWA 1VFUA 1BSIA 4LPCA 3ARRA 2XGIA 4D1IA 2WZEA 1J12A 1QNQA 2J7FA 1WCGA 1H3GA 2A3HA 4LQ1A 2J7HA 1KR1A 2D0GA 5I23A 3FXYA 2JEQA 4Z2HA 2VJXA 2Y5EA 1QVBA 4OBSA 3VIOA 1GOIA 1JYWA 1TZ7A 1OSEA 4AC1X 8A3HA 4C7GA 5FD0A 1JNDA 4DWSD 4CCEA 3MV11 4XV0A 1C8XA 1LWHA 1VBRA 3SCWA 1L8NA 4Q7NA 4UOJA 2XM1A 1HT6A 3AHTA 3QOMA 1LLOA 4L4OA 4WIWA 1QNSA 3GYCA 4J3XA 1W3JA 3BLPX 1UWIA 4DUVA 1JFHA 3CO4A 3NUKA 1M03A 3T2OA 1FA2A 4LYPA 1QBBA 4ZE4A 4MPKA 2JIWA 4M56A 5AC5A 1YHTA 3TA9A 2PB1A 3W6MA 1HJXA 5JBFA 1WZLA 4FMVA 3ZJKA 1FP8A 3WF1A 3SIMA 1G5AA 3LPFA 3VIKA 3WF4A 4OZOA 2VZVA 1PBGA 1XYZA 2W63A 1W32A 4J27A 4AZCB 1XSKA 3TTSA 2Y4SA 3NDZA 4GZEA 4NI3A 5BXRA 1CENA 3SCQA 4P8WA 1MXDA 1UR1A 4GQQA 2C8NA 2W62A 2Q8XA 4UFJA 3B9DA 2DSWA 5A6JA 1OIMA 3EYPA 1G94A 1C8QA 3KL0A 2PWFA 3AHVA 1B3VA 2WMFA 1E6ZA 1ZU8A 1VIWA 2CESA 4AEFA 1PIFA 3K4AA 4DWSA 3WH8A 5BCAA 3A4WA 1EO7A 1E55A 3RILA 3VD3A 3OZPA 4WF7A 3WF0A 1JZ5A 1DHKA 2XG9A 2FHFA 1GORA 1ISYA 1R85A 1GUVA 1HJWA 4CU7A 4MJ2A 4Q22A 1E43A 1V3MA 1V03A 2CKRA 2O92A 4KGJA 3D5HA 3UR8A 1TVNA 4P8XA 5LA1A 4U5IA 3OB8A 1O6IA 2XSBA 1BGAA 3PZTA 4WSKA 1VJZA 1WO2A 4AMCA 3IJ9A 3O6AA 4H7VA 4EE9A 3VIGA 2IXVA 2WHKA 1EIBA 3CIVA 1CECA 1VEPA 4Y7EA 1KQZA 2VZOA 2VNCA 3WUGA 3BAKA 1JZ3A 1S46A 5BXPA 1HKJA 1OINA 2DH3A 1R8LA 2OLHA 3EDFA 3AROA 1ZBCA 3W29A 3SUWA 3CMGA 2O9TA 1M53A 3IAQA 4W8AA 7TAAA 1R7AA 1V6WA 1NH6A 2J7BA 4JL1A 2QF8A 2EBNA 3PZUA 2DIEA 2HISA 1EDTA 1AQMA 1UYQA 4CD5A 3N1AA 3M46A 1UH2A 5HXMA 1GCYA 3CHDA 1Q6DA 1J0KA 4AW7A 1QHPA 5TD4A 4K68A 5FL0A 1H2JA 4PMRA 3VTRA 5I77A 2DQXA 3CUGA 2WMJA 2DSVA 3W0KA 3UETA 1UH4A 4GZIA 1B3XA 1DWGM 3DYPA 3RIKA 2B31A 3ZSSA 5A2CA 5JUVA 3VD4A 2NT1A 1E4IA 4HPHA 1OBAA 1YQ2A 2J7DA 1KGWA 4F79A 2BVDA 1RPKA 3RJXA 1V02E 1ZB5A 3MSGA 3POHA 1DWAM 3AIWA 4A3YA 1SFSA 1UKTA 5GQBA 4ZE5A 3F5KA 2ZX5A 3AS0A 4AXNA 2BY1A 3OGVA 1O7AA 1CLVA 1QOXA 3PHAA 3K8LA 1OD0A 3I3EA 4JL2A 4TX6A 2G3IA 1TA3B 4EANA 4UFLA 2D3LA 4H2CA 4CD7A 4UR9A 4M82A 5LYRA 2JFEX 3VIHA 1WE5A 1WNOA 2BV9A 1ZS2A 4D6HA 3B9AA 1K6AA 1V08A 4UZSA 2EO7A 4ZXLA 3VD9A 2WM0A 3MUZ1 1WDPA 1XH1A 3WNLA 1UH3A 4B9ZA 3VIIA 1GOMA 1WZKA 1NP0A 1Q6GA 1JDAA 4EAMA 4GO8A 2FDMA 1J0JA 1W9UA 3OIHA 1V3JA 1K9FA 1J18A 5CQ1A 1XH0A 2WC3A 3ARUA 3KWXA 1KGXA 2BNJA 4MDOA 4S3KA 2E0PA 4D6DA 2E8ZA 1MW3A 4AEEA 5A1AA 3VUPA 3ZO9A 1CZ1A 3SCUA 2VQTA 5CZKA 3GTNA 1E15A 2XYLA 2J7GA 3GBEA 2FH8A 4PMYA 1NWRA 5D8WA 2YBUA 4C7DA 4QP0A 4B15A 1R7OA 2W61A 1R87A 1GOKA 3TOPA 3ZR5A 4PTXA 3WQWA 1PX8A 3EMCA 3WNKA 5M03A 2BY0A 4FLRA 4X0NA 5A8OA 4MAVA 3SEPA 3VIJA 3QOKA 4NSBA 3N11A 1W3LA 2W92A 4JFTA 3EMQA 1Y7VA 2Y8VA 2F8QA 4UFIA 5E09A 2X0HA 1I75A 2VMFA 5HOSA 3CPUA 1BVZA 2F61A 1E9LA 3QHNA 3G6MA 3SUUA 2OSXA 3MO4A 3SCRA 1J0ZA 5AY7A 4AY1A 4JFWA 5CPQA 1OWQA 1V0NA 4OUEA 4PMVA 3CHFA 3AHZA 5DFAA 3ZT5A 4RE2A 1CGVA 1Q6CA 1AVAA 3M7SA 4W7VA 3THCA 3ZSTA 4J3VA 1CPUA 3CLWA 3GXFA 5E0CA 2E9LA 1OIFA 2A3AA 4UFKA 5EFDA 1TFVA 3DHPA 3WF2A 1VBUA 3W24A 4AD2A 5CPTA 3B8SA 3MV01 2WZHA 3GNRA 2EPNA 2NT0A 3PTKA 3ALFA 2WPGA 1JXKA 3T0BA 2G41A 1MVYA 3AHXA 3AZTA 3VX1A 3I3DA 1GOQA 3RM4A 3W27A 4UZUA 3ZMRA 2WVVB 4CD6A 5ABGA 4TUFA 3QHOA 3ZT7A 3ZM8A 3PZIA 4J3UA 1BLIA 4HMCA 1WZMA 4KRTA 4ML4A 3RDKA 1EOMA 2C7FA 2UY3A 5GPRA 1UR8A 4DM1A 1V6VA 1X6LA 2UY4A 5I79A 2EEXA 2QPUA 4QLKA 1C7SA 4V28A 5LA0A 2WXDM 1IT0A 3L4TA 3AOFA 4MB4A 3WFLA 1CXHA 1E6QM 4DWSC 1OD8A 2DDXA 1CEOA 2CEQA 3O2LA 2XWDA 4GIAA 1MFVA 5FOOA 2VX6A 5DF0A 1BHGA 3ARZA 3ARPA 1PX4A 1UD4A 4OJYA 1JDCA 1CTNA 1QI3A 4AZ5A 4CN4A 3JUGA 1LL6A 1OCQA 5IXEA 1TG7A 3VX0A 1B3YA 1HVQA 1UKOA 1IZJA 2QPSA 1FHLA 1C7TA 3O9NA 2J78A 2FHBA 4R27A 4Z2KA 1Z32X 2WB5A 1GHRA 1W9DM 1UA3A 3BH4A 2GSJA 2WMIA 4D6IA 4AYSA 3VOCA 4AD0A 3HU7A 5DMYA 1UA7A 3POCA 2UWFA 2E8YA 1W1YA 3UG5A 3VD5A 2XM2A 3FW6A 2GJXB 5HPOA 1WDRA 3WD1A 1JYVA 1MWOA 3KEHA 4W7WA 5HNNA 3OA5A 1VENA 1KBBA 3AIBA 4MNKA 2VURA 4BQ5A 1GOWA 3PZNA 3MANA 4AISA 1V6YA 2VCBA 3GH5A 5JIWA 1B3ZA 5AYIA 1D7FA 2A3BA 3T08A 3W53A 3I3BA 4J3SA 3AZSA 2D1ZA 1UWUA 3ECQA 3ARTA 2GFTA 4U33A 3PBGA 1UWSA 2IXUA 2JF7A 2CCRA 1QHOA 3AXHA 1JDDA 1GW1A 1KB3A 2WVTA 2E9BA 4GPNA 5AYBA 3AXIA 4HP5A 5A8NA 1MQPA 1QBAA 5DT7A 2DIJA 2VCCA 4J3WA 3DECA 3CTTA 4HZ7A 1RH9A 2E4TA 5D9OA 5HPCA 5D4YA 5A3HA 4PMZA 4PTWA 3NCOA 3CBWA 2O9RA 3VM7A 3WD0A 4U3AA 5IFTA 1B90A 4AZBA 1J01A 1KXHA 2NSXA 1OM0A 3B9EA 4KH2A 2EXOA 2VR4A 2CBVA 3A47A 2XHYA 1UD3A 2WWDA 4YN5A 5E9AA 1WP6A 2Y24A 1VB9A 2J74A 1GHSA 1IV8A 1UD6A 3ZJ8A 3IANA 1US3A 3CZEA 1UWQA 4UNIA 4GXPA 4PUDA 2XVPA 2PC8A 1M04A 1E1FA 3WBEA 4BCEA 4TOQA 3CUJA 2VUYA 4A3HA 1J11A 3SUVA 4AZHA 1CGTA 4HU8A 3PZQA 1EOKA 3GH7A 1BQCA 3VDHA 4ZFMA 5I24A 4Z2LA 5AC4A 3MMWA 4PSRA 4HZ6A 2VO5A 1JD9A 4CCCA 1MYRA 3CHCA 1ISZA 3CH9A 4JHOA 1UD2A 2ZE0A 4ZEPA 5IHSA 1E0VA 4KRUA 3VIMA 1I1XA 5D8ZA 4CN6A 4D6JA 4DUWA 3MSDA 1WDQA 3DYMA 1W1PA 2VR5A 4AD3A 3SUSA 1NP2A 3HJEA 3IJ7A 3U7BA 1RP9A 4J28A 3NSNA 1GJUA 3OGRA 4JZ5A 4WSJA 4BF7A 1HKMA 3PZGA 1JF6A 1EGZA 1NM9A 2ZUUA 3CUIA 1E4NA 2RGMA 3E1F1 3M6DA 4AD1A 3AMKA 1LJYA 2YA1A 2X0YA 1V3IA 1QI4A 4JAWA 2WMHA 2WWCA 1EQPA 4BQ2A 4P7QA 1J9YA 1VF8A 3S2CA 5EMYA 4JFVA 1HX0A 3OLDA 4NRSA 3W4RA 2Y8KA 4V2XA 1SMDA 4B9YA 3IAPA 2G8ZA 3CZGA 4QCFA 2AOSA 3LPOA 3OLIA 2ZXDA 1HNYA 3IJ8A 2G3NA 3VU2A 3K4DA 1J0HA 5M17A 2ESCA 4NF7A 5I2UA 6A3HA 5A6BD 3ZJ7A 2AMGA 1W2PA 1BVNP 4JKLA 1UQZA 2VZTA 2OYLA 4HTYA 2E40A 4CCDA 1G01A 2ZWZA 2X09A 3WDJA 1V6UA 3NYDA 2VVNA 4AWEA 3WEOA 3L2LA 4WLCA 5A69A 1HF6A 1BYDA 1PEZA 1QI5A 4KWUA 2BY2A 3VIFA 1GOOA 4TVUA 2BHUA 2GJPA 3VD7A 5A6AA 1LG2A 5HBFA 3VNYA 3WD4A 2WHMA 2JE8A 3AQUA 4JFSA 1JAKA 5GNYA 2C0HA 5FIPA 5IFPA 3A6OA 2VOTA 4AZCA 2CPUA 2VRQA 3DYOA 2IUZA 5BROA 1ZL1A 2YL9A 3ZIZA 4HMDA 1UD8A 3GNOA 6TAAA 1U2YA 5BYWA 1E5NA 2XVGA 4JHZA 4HOWA 3BAJA 3VGBA 4AIUA 1MW2A 1HJSA 4W7UA 1E6RA 2XFRA 2F2HA 2WCGA 5FCZA 1JI1A 5E6ZA 1F4HA 5BWFA 5CGTA 3OLGA 2E3ZA 1UZ4A 1XC6A 2ZXBA 1ESWA 3N9KA 1SMAA 3AMLA 4UQBA 1EDGA 3VDCA 4CD4A 4MJ4A 1E56A 2V3EA 4JFUA 3W37A 1W1TA 1ISXA 4E2OA 1DWFM 2CXGA 3WH9A 1H11A 5E0FA 3WEMA 3WNNA 1BF2A 4WKFA 3GXIA 1U33A 4GI6A 3W82A 5DO8A 4C7FA 2D3NA 3KZSA 4AD4A 4XUYA 2OSYA 4UFHA 4UOQA 1E6XM 3GH4A 4UFMA 3BSGA 3QR3A 4CD8A 2YIHA 1HKIA 1JYNA 1QW9A 1HL9A 4CVWA 1HXJA 2CHNA 2GVYA 4P7NA 1IZKA 1XSIA 1XCWA 3S6TA 3SCVA 1CLXA 3ARQA 1JAEA 2UY5A 1W9XA 2XTKA 2JF6A 5A8QA 3OZOA 1E72M 2D2OA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3WQ5 A;  3AIU A;  4PSP A;  4R5E A;  1ODU A;  4CUC A;  1OT2 A;  2YA2 A;  3ALG A;  1CXF A;  4ZXO A;  1DP0 A;  2ZOX A;  3BCF A;  4F9J A;  4QLL A;  2QMK A;  1W3H A;  3WDI A;  1G0C A;  1HP5 A;  2YLL A;  3T2Q A;  2Z1K A;  1CWY A;  2WMI B;  4M8U A;  3ARX A;  1TE1 A;  2EPL X;  4TVD A;  3TON A;  4H04 A;  2HVM A;  3W28 A;  2V3D A;  1CDG A;  1OGG A;  3WMC A;  3ZR6 A;  1N82 A;  1EHA A;  4MNL A;  2OYK A;  4FK9 A;  1GVY A;  2VRJ A;  3CUH A;  1U30 A;  2VL4 A;  1PJ9 A;  4HOX A;  4GI9 A;  4BA0 A;  3WUF A;  1FH7 A;  1JZ6 A;  4QCE A;  3AS3 A;  2OWC A;  3M07 A;  1GZJ A;  5I3D A;  1VFF A;  2ZUV A;  2W91 A;  2VRK A;  4TXE A;  1B1Y A;  4P7L A;  2PF0 A;  4OIF A;  4LGX A;  3GXM A;  4PRW A;  2OWX A;  4IPN B;  6CGT A;  1KCK A;  1WAW A;  4PMX A;  1GJW A;  3KL3 A;  2PWD A;  4FLQ A;  4PUE A;  1E4L A;  4BQ3 A;  5A2B A;  2XPK A;  1B3W A;  1W1V A;  2YKK A;  1MQR A;  1QI2 A;  3T0A A;  2WMG A;  3VGH A;  1JG9 A;  1GQL A;  3ZJ6 A;  2OWW A;  4LX4 A;  3RM8 A;  1JYX A;  1WPC A;  3QHM A;  3AI0 A;  3PZ9 A;  2V38 A;  5BXS A;  4UQC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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