3PTMA

The crystal structure of rice (oryza sativa l.) os4bglu12 with 2-fluoroglucopyranoside
Total Genus 192
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
192
sequence length
478
structure length
478
Chain Sequence
PVSRRSFPKGFIFGTASSSYQYEGGAAEGGRGPSIWDTFTHQHPEKIADRSNGDVASDSYHLYKEDVRLMKDMGMDAYRFSISWTRILPNGSLRGGVNKEGIKYYNNLINELLSKGVQPFITLFHWDSPQALEDKYNGFLSPNIINDFKDYAEICFKEFGDRVKNWITFNEPWTFCSNGYATGLFAPGRCSPWEKGNCSVGDSGREPYTACHHQLLAHAETVRLYKAKYQALQKGKIGITLVSHWFVPFSRSKSNNDAAKRAIDFMFGWFMDPLIRGDYPLSMRGLVGNRLPQFTKEQSKLVKGAFDFIGLNYYTANYADNLPPSNGLNNSYTTDSRANLTGVRNGIPIGPQAASPWLYVYPQGFRDLLLYVKENYGNPTVYITENGVDEFNNKTLPLQEALKDDARIEYYHKHLLSLLSAIRDGANVKGYFAWSLLDNFEWSNGYTVRFGINFVDYNDGRKRYPKNSAHWFKKFLLK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-glucosidase Os4BGlu12
publication title The crystal structure of rice (Oryza sativa L.) Os4BGlu12, an oligosaccharide and tuberonic acid glucoside-hydrolyzing beta-glucosidase with significant thioglucohydrolase activity
pubmed doi rcsb
source organism Oryza sativa
total genus 192
structure length 478
sequence length 478
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2010-12-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3ptmA00
2BVDA 4UCFA 1J18A 1E6XM 2C7FA 2VNCA 2QLYA 4PTVA 5BRPA 3W82A 4AZCB 5D9NA 3WNKA 5DT7A 1ISZA 5GQBA 1QW8A 3T0DA 2WHKA 3PZMA 3CGTA 3OBAA 2WBKA 4QLKA 4GKLA 1UKTA 1JZ5A 5DFAA 3OLIA 1WDRA 4M56A 4ATWA 1H3GA 1UYQA 3WMSA 1PZ3A 1E6RA 2XM2A 3KL5A 2J78A 5CGTA 1M53A 1JAKA 1CENA 9CGTA 3AYRA 2EQDA 1MXDA 1WO2A 3PTQA 2WVVB 2QMJA 1J01A 3FHQA 5DF0A 1CPUA 1BYCA 2BY2A 3PZQA 5M3WA 2FDMA 3POCA 4X9YA 3UESA 4PMDA 3OGVA 4M8UA 1XCXA 4J28A 3JUGA 3I3EA 3I3BA 2CXGA 4UTFA 3FAWA 1DWJM 1V02A 4CN6A 4W8LA 4CCDA 5A6LA 1CZ1A 4AZCA 2WWCA 4JIEA 4BCEA 1Q6CA 3B9EA 2CITA 3N11A 3OGRA 2F2HA 3GXDA 2W67A 1VEOA 3T2QA 2ZIDA 1QPKA 1G94A 4JKKA 4GO8A 5I6SA 4R5EA 2DDXA 3DHUA 2X0HA 2WMHA 3VIGA 4CD4A 2MANA 2PWEA 4ZEPA 4F79A 4MDOA 1MW2A 4MB3A 4AZBA 2WVVA 1OGGA 2NT1A 3RILA 1GOQA 1M7XA 1I1XA 3AXIA 4WSJA 3VIJA 1U2YA 5I2UA 2WMKA 4V27A 4ATDA 4DWSC 1Q6GA 4GI9A 4TVCA 1DTUA 1LL7A 3GDBA 4RE4A 3WD2A 1GHRA 4W7UA 1TG7A 4DUVA 2NT0A 1PX3A 3WD1A 5E0CA 3WQWA 2VT0A 4QCEA 5A6BA 2DH3A 2VRJA 4KH2A 1GZJA 3WY1A 2F61A 4WLCA 2WM0A 2BNJA 3ARXA 3AOFA 2BV9A 3AS1A 2VL4A 1B3ZA 4MAZA 1I1WA 1Y7VA 1HJSA 4CD5A 2DT0A 4HMEA 1Q6DA 4ML4A 3ZSTA 3HJEA 3VM5A 3M7SA 2TAAA 3CZEA 2VR4A 5FD0A 2J47A 2CERA 3VMPA 3DECA 3NDZA 4RE2A 2W61A 4D6CA 1QHPA 2HISA 1JNEA 4GQRA 3WUGA 4D6IA 1RH9A 4ZENA 2XGBA 1E1FA 3EDKA 1JD9A 2FH8A 2QMKA 4LGXA 3FHAA 1W91A 3T09A 3SIMA 2VCAA 3AIWA 1VEPA 2ZUUA 3UCQA 2VVSA 3U7BA 2JEPA 1UD5A 3MMWA 1ITXA 4AZ5A 3T2PA 1PJ9A 2J7BA 1V6UA 1OT1A 3GBDA 3M6DA 4UQEA 5D8ZA 3BAYA 3FW6A 3KZSA 3UR8A 2A3EA 4UFLA 1E55A 3GH4A 3FXYA 1VEMA 3AIVA 1ODZA 1JI2A 1FFQA 1VFMA 3AMKA 4IPNB 4Z2GA 3AHTA 4U33A 4OKDA 2BHUA 2CHNA 3VIPA 2VJXA 4U3CA 4MNJA 1ZBKA 4W87A 3VVGA 3BCDA 4H8VA 1JD7A 5I3DA 3BAKA 1EIBA 4F9JA 2IXVA 1UQYA 4MDPA 4CVWA 1M01A 4HZ6A 2OSXA 1NH6A 4HZ8A 3WFZA 3VNZA 1SR0A 4OOUA 2VCCA 3FNDA 3WQ4A 3U5UA 3OA5A 3SEPA 4EE9A 1W9UA 1R7OA 3IJ8A 4CUCA 7TAAA 1JZ8A 1CIUA 3MUZ1 3UEQA 4GPNA 5GNXA 3RO8A 3WF1A 3O6AA 1ODUA 4C7DA 1E70M 1E6NA 4W89A 3O2LA 2JF7A 1H0IA 4MB5A 1NWSA 1J0IA 3G6LA 1GOMA 1KGWA 4UNIA 1SYTA 1ZU8A 2VZOA 2XTKA 1G0CA 1D2KA 2X1IA 2EBNA 3VD4A 4M80A 1U30A 1GORA 3F5KA 1VRXA 2UY5A 3VGFA 2W63A 4D6GA 3DYPA 3TTOA 3WNNA 2VTFA 3FAXA 4E8CA 1TUXA 1UWSA 4HA3A 5HBFA 2PF0A 3UG5A 3RM8A 4W85A 1E0WA 2V3EA 3SURA 3EMZA 1WNOA 3WEOA 2A3AA 1LL6A 4GI8A 4WF7A 3VTRA 5FOOA 4W5ZA 1FHLA 5CSUA 3AIEA 3SCOA 1V03A 4GI6A 5KZ6A 2WZEA 3U7VA 2G3IA 1H2JA 4IPLA 2NW0A 4FLSA 2BS9A 1HJWA 3K8LA 3LPPA 5CLTA 3PZIA 1FH7A 1NWTA 4JL2A 1NWRA 5D8WA 3WDIA 1CNVA 2WANA 1AQMA 1CGWA 4GZJA 4C7FA 1J0JA 1RP8A 4CCCA 1MXGA 2JFEX 3IAPA 3PN8A 3KE0A 3PZGA 1BYAA 1BGGA 1V0KA 1B1YA 5E6ZA 3WH5A 1EDQA 1WZKA 3KL0A 4WIWA 3NSXA 2G8ZA 3WENA 1TE1A 1HX0A 1VJSA 3WUFA 4UR9A 1EHNA 2OYLA 3L2LA 2E3ZA 4W93A 1XHGA 3CHFA 3RM9A 3D3AA 3AS3A 2E8YA 4ZXOA 3CTTA 2O9RA 1E43A 3BSGA 1KGUA 4MTVA 4HA4A 3HN3A 1V0NA 1FA2A 2X09A 2DQXA 5AC4A 5FL1A 1DWIM 3ARSA 4MPKA 3MMUA 3WNOA 4Z2JA 3WDHA 1J10A 2XIBA 2YBUA 4LX4A 1US2A 2WKLA 4QP0A 1E5JA 1U33A 1E3ZA 1OM0A 5AC5A 3VIKA 4P8VA 1YQ2A 1K6AA 4D6HA 4XUYA 3ZJ8A 2A3BA 3GXFA 3CUFA 4J7RA 1EOMA 3ZJ7A 5ABGA 2GUYA 1UR2A 2V5CA 2VX5A 4CD6A 2J77A 3ZM8A 4QDMA 2J7DA 5EMYA 1V3MA 4FLOA 4X0VA 1QVBA 4KWUA 1J12A 3W29A 1GHSA 3WBEA 3GNOA 3VGHA 2OYMA 2XVGA 1KXQA 4XZBA 4A3YA 1CXKA 3GZAA 2ZE0A 2VURA 2FHBA 2G41A 2XVKA 1TVNA 4TX6A 1Q6FA 1JZ3A 3OLGA 2HVMA 8CGTA 3ECQA 3DHPA 1HN1A 2B31A 5E9AA 1C91A 1E15A 2YBTA 3WD0A 3MV01 3GXMA 2EPLX 1UR9A 1EQCA 5A2CA 4KRUA 1Q4NX 1UZ1A 1EH9A 2PWGA 3QOMA 5BXRA 5BYWA 1CGVA 1UKPA 5I5RA 1ZB5A 5CPQA 3WDPP 1XYFA 1ESWA 1BFNA 3W25A 4AYSA 4E4PA 3CPUA 4EANA 2BVTA 3SCWA 1GVIA 5A8OA 1H09A 3K1DA 1BG4A 2ZUSA 3K8KA 4HOWA 3VD5A 2Y2WA 3IK2A 5BXPA 1E4MM 4MB4A 1WPCA 1FP9A 3CHCA 3WELA 4E8DA 1CXFA 1L8NA 4UFKA 4B15A 2J7FA 3DYOA 3QHMA 4DM1A 4J27A 5DO8A 5FKYA 3UERA 2JEQA 2WKGA 2DEPA 4XX6A 3ZMRA 3L4YA 2E0PA 3BCFA 1QI2A 2BHYA 5TD4A 4M24A 4P7LA 1MVYA 3AYSA 2CHOA 3CBWA 2E9MA 2EO7A 5IFPA 2BVYA 2PWDA 3RJYA 4P7RA 1HP4A 1BYDA 1R87A 3VGDA 1V0MA 2VRKA 3VMOA 1UA3A 1XSIA 1LLOA 3SCTA 1EQPA 2JIEA 3THCA 1HJVA 3T2OA 4IUGA 2EPKX 2UY4A 1WDQA 1B3YA 2YOCA 3TTQA 1JF5A 1JZ4A 4AY1A 5C8BB 1M03A 1EA9C 2Y4SA 1RPKA 3M46A 3ARZA 3PZUA 2DPEA 3FN9A 4AWEA 3AHXA 4NSBA 3THDA 1A47A 1ZS2A 4NRRA 4PUEA 2YDQA 2D0GA 4UFMA 5D9OA 4J3TA 1DEDA 2CPUA 2W5FA 4F8XA 2WSKA 4H8UA 4HP5A 1CBGA 1W2VA 1CXEA 1OD0A 1KCKA 1VBUA 4DWSD 1OD8A 1X1NA 2JALA 3CO4A 2OWXA 2J7GA 5A69A 4JCLA 4W88A 2VOTA 1Q6EA 4CCEA 5JIPA 3CMJA 1B2YA 2QF8A 2ZUVA 3AS0A 2DSWA 1UR0A 5HOSA 1ZJBA 3CHDA 3PZ9A 3MMDA 2W91A 5HXMA 3RJXA 1HKJA 1RP9A 3QGVA 4PBGA 1AMYA 1TR1A 3BSHA 1LF1A 3ARWA 3CUHA 1E40A 4LYQA 5HNNA 3VX1A 5A6KA 1WZAA 2WMJA 1MQQA 1ZJAA 4URIA 3UG4A 1OCQA 1CYGA 3K4AA 2VCBA 2NSXA 4YHEA 1V6YA 4P8UA 5A8QA 5AYBA 1V3KA 2JF6A 2WMFA 4QAWA 3VOCA 2C8NA 3T0AA 2WWDA 5A3HA 4L4PA 3L2MA 5I23A 4X0NA 2V38A 1C7TA 4EK7A 1OBAA 1KXVA 5FCZA 4D1IA 1HJQA 1CWYA 1X6NA 5I0DA 3MKKA 4OUEA 3A4AA 1JAEA 5C70A 5E70A 3WQ6A 2WHLA 3AZTA 3VGGA 4HMCA 3MSGA 5A2BA 2AMGA 1DWAM 1WCGA 4Q7NA 2VQTA 2JIWA 1TMQA 3VKKA 1PIGA 2XG9A 4KMQA 2DSUA 5JBEA 4F9DA 3POHA 3BGAA 1OGSA 1V0LA 4E2OA 1S46A 1JFXA 5M5DA 1QI4A 1UR8A 2GJRA 1D3CA 4KGLA 2WB5A 3AIUA 1HVQA 1E4NA 1OB0A 4W86A 1CXHA 2XVNA 4TVDA 1KB3A 1PAMA 4MJ2A 1MWOA 1JDCA 3MANA 4ZE5A 2D3LA 1C8YA 2PB1A 4MAVA 4P7NA 1XH1A 4D6DA 5HPCA 4IM4A 4AIEA 2J7CA 3SUTA 1MYRA 1W9BM 4A4AA 4V28A 1IZKA 2FH6A 2FGZA 4M82A 1QI5A 2Y8VA 3SUWA 5JBFA 4PN2A 4DUWA 2GK1A 1OT2A 5BCAA 1GQKA 1C8QA 2CBIA 3WUEA 1BYBA 1V3JA 2ZX6A 1GPFA 1H1NA 3DYMA 2DT2A 2VUYA 3WDJA 3E1F1 2CBVA 3KL3A 1UWIA 3O9NA 1NQ6A 2GDVA 2FHFA 3U57A 1GQJA 2G3MA 4P8WA 2CIPA 3PZVA 4D6EA 3OG2A 4GIAA 1XSJA 3L4XA 1KWKA 4Q22A 4HMDA 3WF4A 1KCLA 3WH9A 4HOXA 1D7FA 3SCUA 2A3CA 1GOKA 4B9ZA 4QFUA 1ECEA 1R86A 1UD2A 2VI0A 1HVXA 1VENA 4LQ1A 2WLYA 1QNOA 2CETA 2XPKA 1WDPA 5IHRA 1W9VA 1CGYA 4MADA 1KR0A 2V5DA 2CBUA 2ZXBA 3ALFA 4D72A 4F66A 3WBAA 1JI1A 3QR3A 4NF7A 5ECUA 4DWSB 1KWGA 5M17A 3EDJA 2WC7A 3T0BA 2O9TA 4V2XA 3W26A 2XGIA 2VZSA 3CHEA 4B3KA 3N1AA 5A8MA 2ZX9A 1ITCA 2WPGA 1E72M 6A3HA 3AHZA 3K4DA 2BHZA 1ZBCA 1GJWA 4AEFA 3SCSA 1JZ7A 5KEZA 2E8ZA 4PRWA 3WDRA 3VX0A 1XCWA 1PX8A 5A1AA 5A6MA 1BQCA 1UD3A 2BY0A 2QHAA 1LQ0A 2Y24A 2XJ7A 4PUDA 5ABEA 2WHMA 5F7UA 4QCFA 1XGZA 4ATLA 4C7GA 1JNDA 1FHDA 4MNMA 4BS0A 4DWSA 1H4PA 8A3HA 2XFRA 3BXWA 4U2ZA 1E3XA 1VF8A 2W92A 2DT3A 3S6TA 1DWFM 3MV11 5CXPA 4JFTA 2X05A 3BAJA 2V3GA 1E73M 1E0VA 1XRVA 4RL3A 4PCSA 5BWFA 1O6IA 2E40A 2ZWZA 1GNXA 1UR4A 1G1YA 3ARVA 4GO9A 2D24A 4CU7A 4UQDA 5JBDA 1EDGA 1C93A 3CUJA 1KBKA 1JDDA 3W0KA 4M1RA 3BMVA 3W81A 3PBGA 1UWTA 3A4WA 2XYLA 1NOFA 4D1JA 1WB0A 4UZSA 1E4LA 3TOPA 1K9DA 3VMNA 1FFRA 1W1VA 2CNCA 4AZIA 2FGLA 4GQQA 2DSZA 1SFSA 3W28A 3OLDA 3W24A 3WEZA 2JE8A 1W9PA 1JXJA 3AHYA 5DMYA 4PMXA 4GZIA 3RDKA 3VIHA 3CH9A 3GNRA 4WJXA 1GUVA 1ZBWA 3NUKA 1CGXA 1OINA 3SUVA 2QPUA 2VX6A 1K9TA 3BH4A 2J79A 2XFFA 2Z1SA 1LG1A 1OWQA 3CZLA 1B30A 3VINA 2PC8A 4W8BA 4TTGA 4U3AA 1NM9A 3FY1A 1TA3B 2V3FA 3ALGA 1EOKA 1PBGA 4GZEA 4Z2IA 1L0PA 4TXEA 3MO4A 4AD3A 1H49A 3F5LA 4PMOA 1FOBA 4AD0A 1TVPA 1NOUA 2YLAA 3CZGA 1UKQA 1UOKA 4UQAA 3LPFA 1CXLA 5A8NA 4AZ7A 3M07A 3AS2A 3IANA 4J3SA 1V3IA 2WBGA 4UFIA 3CUGA 1W1PA 1C92A 5CLWA 1OSEA 3EBVA 2QV4A 2XWEA 3ARTA 3WH6A 3N13A 1QOXA 3AHVA 5JUVA 3EDFA 5AY7A 1UA7A 5DT5A 1XH0A 4WKFA 1DWHM 1LG2A 1NOWA 1UR1A 1W3HA 3WNLA 3VO0A 1LWHA 4QLJA 2J7EA 1TA3A 1W1TA 3W37A 4Y7EA 5A8PA 1EGZA 3VDHA 1TCMA 5IXEA 4TOQA 4S3JA 5A6JA 2WCSA 1G5AA 1JZ2A 3WMBA 2DSKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2BVD A;  4UCF A;  1J18 A;  1E6X M;  2C7F A;  2VNC A;  2QLY A;  4PTV A;  5BRP A;  3W82 A;  4AZC B;  5D9N A;  3WNK A;  5DT7 A;  1ISZ A;  5GQB A;  1QW8 A;  3T0D A;  2WHK A;  3PZM A;  3CGT A;  3OBA A;  2WBK A;  4QLK A;  4GKL A;  1UKT A;  1JZ5 A;  5DFA A;  3OLI A;  1WDR A;  4M56 A;  4ATW A;  1H3G A;  1UYQ A;  3WMS A;  1PZ3 A;  1E6R A;  2XM2 A;  3KL5 A;  2J78 A;  5CGT A;  1M53 A;  1JAK A;  1CEN A;  9CGT A;  3AYR A;  2EQD A;  1MXD A;  1WO2 A;  3PTQ A;  2WVV B;  2QMJ A;  1J01 A;  3FHQ A;  5DF0 A;  1CPU A;  1BYC A;  2BY2 A;  3PZQ A;  5M3W A;  2FDM A;  3POC A;  4X9Y A;  3UES A;  4PMD A;  3OGV A;  4M8U A;  1XCX A;  4J28 A;  3JUG A;  3I3E A;  3I3B A;  2CXG A;  4UTF A;  3FAW A;  1DWJ M;  1V02 A;  4CN6 A;  4W8L A;  4CCD A;  5A6L A;  1CZ1 A;  4AZC A;  2WWC A;  4JIE A;  4BCE A;  1Q6C A;  3B9E A;  2CIT A;  3N11 A;  3OGR A;  2F2H A;  3GXD A;  2W67 A;  1VEO A;  3T2Q A;  2ZID A;  1QPK A;  1G94 A;  4JKK A;  4GO8 A;  5I6S A;  4R5E A;  2DDX A;  3DHU A;  2X0H A;  2WMH A;  3VIG A;  4CD4 A;  2MAN A;  2PWE A;  4ZEP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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