3PTQ | Genus

Total Genus 190

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	190
sequence length	478
structure length	478
Chain Sequence	PVSRRSFPKGFIFGTASSSYQYEGGAAEGGRGPSIWDTFTHQHPEKIADRSNGDVASDSYHLYKEDVRLMKDMGMDAYRFSISWTRILPNGSLRGGVNKEGIKYYNNLINELLSKGVQPFITLFHWDSPQALEDKYNGFLSPNIINDFKDYAEICFKEFGDRVKNWITFNEPWTFCSNGYATGLFAPGRCSPWEKGNCSVGDSGREPYTACHHQLLAHAETVRLYKAKYQALQKGKIGITLVSHWFVPFSRSKSNNDAAKRAIDFMFGWFMDPLIRGDYPLSMRGLVGNRLPQFTKEQSKLVKGAFDFIGLNYYTANYADNLPPSNGLNNSYTTDSRANLTGVRNGIPIGPQAASPWLYVYPQGFRDLLLYVKENYGNPTVYITENGVDEFNNKTLPLQEALKDDARIEYYHKHLLSLLSAIRDGANVKGYFAWSLLDNFEWSNGYTVRFGINFVDYNDGRKRYPKNSAHWFKKFLLK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Hydrolase
molecule keywords	Beta-glucosidase Os4BGlu12
publication title	The crystal structure of rice (Oryza sativa L.) Os4BGlu12, an oligosaccharide and tuberonic acid glucoside-hydrolyzing beta-glucosidase with significant thioglucohydrolase activity pubmed doi rcsb
source organism	Oryza sativa
total genus	190
structure length	478
sequence length	478
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date	2010-12-03

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00232	Glyco_hydro_1	Glycosyl hydrolase family 1

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	3ptqA00

4CCEA 1UZ1A 4AIOA 1EO5A 3U5YA 2D20A 3MMDA 1NWRA 4TTUA 1VBUA 2ZE0A 3L4ZA 1JFXA 2BV9A 1JFHA 3L4UA 1V3JA 1GONA 2VI0A 3AIRA 4B3LA 1HJVA 4JFTA 4MJ2A 4DWSB 2XSAA 2O9TA 3SUSA 4AZBA 3F4VA 3L4WA 2RGLA 2XIIA 4UQ9A 2EO7A 3ARVA 4UOJA 2WPGA 1E15A 2XJ7A 2RGMA 3GXFA 3WMSA 2XGIA 4JL2A 3ZJKA 1HKMA 1HN1A 4P7NA 1NWUA 5ABHA 2D2OA 4AZHA 2X2YA 5I79A 1FP9A 5JIWA 1JZ4A 1CIUA 4D6EA 1GJUA 1XSKA 4XZBA 4M24A 5I77A 3FHQA 5A94A 1G94A 2PF0A 2XFFA 1E6XM 1MW2A 4HZ6A 1JXJA 3AS2A 1YQ2A 3WDPP 5F7UA 3FHAA 4WJXA 3CIVA 2DQXA 5BXTA 2VZSA 1W32A 1E56A 3M46A 3OLDA 1VIWA 3LPOA 3AIUA 2YJQA 1OM0A 4ATWA 3ZJ7A 4MB1A 1FFRA 2OLHA 4CVWA 1PEZA 3RPMA 4OIFA 3VIOA 2CPUA 3QHNA 3ARPA 4W84A 1WZKA 1WDRA 1KGXA 4AZ6A 4UQBA 1U33A 4UQAA 2XWDA 1B3WA 2XVPA 4XB3A 1FHDA 3AQUA 5IXEA 1QW8A 3OBAA 2OYMA 2W4XA 1QHZA 4W88A 5IDIA 1NOFA 5E0CA 1UOKA 5D4YA 3AJ7A 4U31A 5CPQA 1JGIA 1QNRA 2YLLA 5HPCA 2DSUA 2DH2A 4CVUA 2YDRA 2DT1A 4MNLA 4UFKA 5ECUA 1KQZA 5GNXA 3WH5A 1KCLA 1XSIA 2GDUA 2ZUNA 3PBGA 1XRVA 3N12A 2CHOA 1GOMA 5A2AA 4HMDA 2WVVA 3W6LA 2PWDA 3WF0A 3CMGA 1QNOA 1TA3B 1BAGA 2VMFA 3T2OA 3ARYA 2WSPA 3VIHA 1GOQA 2W5FA 5IFPA 4L4PA 3ZT5A 1XV8A 5EMYA 1UH3A 2W92A 3SUUA 3CZGA 2VCAA 4W8AA 5DMYA 2Y2WA 1AQMA 2FHCA 4HA3A 1ZBKA 4TVCA 4H8HA 1A47A 5KEZA 3QHMA 3E1F1 1WZLA 1WDPA 3CZ8A 1E6PA 1CXHA 4NSBA 3SUVA 1QNSA 3MUZ1 3VIMA 4LX4A 1IZJA 1J12A 4PCSA 2ZOXA 1ISXA 2E40A 5ABFB 4HZ7A 4BQ2A 3EYPA 3S6TA 4W85A 2G3NA 5JBFA 1JI2A 3LMYA 4CCDA 3PZVA 4JFWA 2VR5A 2CBJA 4UZSA 3BAJA 1E4IA 4UNIA 2BY3A 1BTCA 1CLXA 2GDVA 5C70A 1NP2A 2V3GA 3A3HA 1SFSA 3VMOA 2VCCA 3UERA 5JUVA 1W9PA 1J11A 1NM9A 4PMOA 3SCNA 3N15A 4YHEA 1UWTA 2A3AA 3WNLA 1GOWA 1UWUA 3CUHA 3AI0A 1OT2A 1WZMA 3MV01 4UFLA 1H11A 4NF7A 4TX6A 3NIYA 4PTVA 2WK2A 3WQ6A 2TAAA 3AHZA 3SIMA 3VGEA 5D8WA 2GK1B 4JAWA 3W27A 5CLWA 5FCZA 3WNKA 1TE1A 3IJ8A 5A6SA 2FDMA 1BGGA 2XSBA 4PMXA 2YL6A 4ZENA 4IM4A 1ZL1A 3VU2A 6CGTA 3FN9A 4CD6A 2WCSA 4Q7NA 3AROA 5LA0A 4AD1A 1BSIA 4UQEA 1HIZA 5A1AA 1KWGA 2J62A 4HZ8A 2BXYA 2Z1KA 1HL8A 2PWGA 2J7GA 2ZWYA 4E8CA 1TZ7A 4U5KA 1WB0A 2WZEA 2ZXDA 1NP0A 4UTFA 1GHRA 4K68A 3VINA 4AZCB 3G6LA 2CIPA 4NZCA 4R27A 3B9EA 3CMJA 2EPNA 2WSKA 1PBGA 2J25A 3HN3A 4J3TA 3AHVA 2E9LA 5FOOA 4HMEA 3UG5A 2BFGA 2ZX5A 3DECA 1PZ2A 1GQKA 3K46A 2V3EA 4PCTA 5IHRA 4KMQA 2XPKA 2PB1A 1OD8A 2Y24A 4JKMA 4PTWA 4A3YA 2CBIA 3VIJA 1H2JA 3AS3A 4F66A 5M03A 2UY3A 1F4HA 1MYRA 4DWSC 1J0JA 3AMDA 1W91A 4A4AA 1W9VA 3L2LA 4RE4A 3WN6A 1C8QA 4P8WA 4HPGA 3ZJ6A 2BS9A 4MDPA 4U2ZA 2EXOA 1HVXA 4AIEA 2CBUA 3MANA 5M17A 1UYQA 1ESWA 1A3HA 1E5NA 1XH0A 1XH2A 3HU7A 2D0GA 1UKPA 4WLCA 2CCRA 1JZ8A 1KXVA 5A6MA 1OCQA 2UY2A 3AZSA 3AYRA 2ZXQA 1HVQA 7A3HA 2J8GA 1O6IA 1V3LA 1UKOA 3IJ9A 1HKJA 1EO7A 3SCPA 5A6KA 2XIBA 4M8UA 3W26A 1BG9A 2YLAA 3RMEA 1R7AA 3WDIA 1PAMA 5JBDA 1UD3A 2DT0A 3WBEA 5BROA 1JYNA 1UR1A 1W2PA 5CZKA 5DT7A 3ALGA 3QOMA 1NWTA 2ZWZA 3QOKA 5AC4A 4PRWA 1E4LA 4MAZA 3ARUA 2XYLA 3EDKA 3PZMA 1Q6EA 1CYGA 1R7OA 3T0BA 2CYGA 4P7QA 3VO0A 1KFWA 1VB9A 3ARTA 2E8YA 3UCQA 1R86A 3ARXA 5I78A 4Z2GA 1ZU8A 3APGA 2A3CA 1K9DA 3TP4A 1R85A 4KGJA 4MPKA 3W53A 3II1A 3VGFA 2WBKA 4UZUA 1E55A 1UD4A 1WKYA 4P8UA 3BSHA 3L2MA 4W8BA 5AY7A 4F79A 1EQPA 3WD3A 2DIEA 3ECQA 1EOMA 2J7EA 3T08A 3AMCA 4PSPA 1LWJA 5IHSA 4CN6A 2EEXA 4PTXA 4UR9A 1LF1A 5BRPA 4MB3A 5JBEA 1US2A 1W1PA 3SCSA 2YL5A 3CGTA 3U7BA 3EBVA 1E3ZA 1JDCA 1JF5A 1HJQA 3AIWA 3B9AA 3VGDA 1WDSA 4AXNA 3RM8A 1E0XA 3SCQA 3A4AA 4ACZB 3W28A 1QI0A 3L4VA 2EPLX 3WEMA 4F9JA 1E0WA 4ZXLA 3VD5A 4PMZA 1C3FA 2WMJA 2E8ZA 4B9ZA 4QCEA 2UWFA 1VJZA 4W7UA 1IZKA 1J0ZA 1OGGA 1U2YA 1XD1A 2O9OA 1NWSA 1QNPA 4J3VA 5EFFA 1C7SA 4PEEA 1AMYA 1ISWA 3VD7A 4LYPA 3UG3A 3PZ9A 4J28A 1NARA 4D6CA 1V6YA 1H49A 2BXZA 5A8NA 2HVMA 3DC0A 3WL1A 5CGTA 4BQ5A 1X6NA 1WCGA 2YIHA 1EHAA 5A8OA 2DDXA 2GJXB 3GH5A 2DIJA 1G9HA 1W1TA 4JHOA 1HP5A 3AIEA 3NUKA 4F9DA 4Z2JA 4ZE5A 4M80A 3WUEA 1HF6A 1W9BM 3GH7A 4FLSA 3VNYA 4GQQA 1J0YA 2OYKA 4BQ4A 1US3A 4X9YA 1HP4A 1GOIA 2BVTA 4MB4A 4W7VA 1VFUA 2J74A 1Z32X 5I6SA 2G4FA 1KXHA 1DWAM 4GZIA 3WQ8A 2O92A 3KL5A 4HU8A 1JZ6A 3KEHA 3N13A 1E9LA 5HOSA 1UR9A 1JZ3A 5AYBA 3A47A 1MXGA 2UY4A 3K8MA 4M29A 4UQCA 9CGTA 3WENA 1XHGA 1NQ6A 1W3KA 1CGYA 3WKZA 3SUTA 1KXTA 2WAGA 3ARZA 5D9PA 1Q6GA 2BVYA 3SURA 5I2UA 1BG4A 1KR0A 2VT0A 2F61A 2XFRA 1ZBVA 2C8NA 4FMVA 5CPSA 3O6AA 1I1WA 1MQQA 1V3HA 1JYXA 4ZXOA 4PTMA 1WNOA 1DP0A 4QAWA 1RD6A 4W87A 4ACYA 4FK9A 1C8YA 1VRXA 4WIWA 1CEOA 2C0HA 4M56A 3VDCA 5ABFA 1BGAA 3ZR6A 2J7DA 1CGXA 1WDQA 3ZOAA 1B31A 1CXIA 1PIGA 2V3DA 4J7RA 4CN4A 4OBRA 1FP8A 1XSJA 2FHFA 1J0HA 1EDGA 3OB8A 2FGLA 5CSUA 2BHYA 3L4TA 3ZT6A 2GSJA 4MJ4A 2D3LA 7CGTA 2EBNA 1CGTA 3NCOA 3WEOA 4PMDA 1LL7A 1LG2A 3IJ7A 4TVDA 2DEPA 3WF4A 3GNRA 4D6FA 1L8NA 4ML4A 3VX1A 2F2HA 2VRJA 1VFOA 3WFLA 2XM1A 3OLEA 4QLJA 4DUWA 2VX4A 3AMLA 5IFTA 1MXDA 2GK1A 5AYIA 2CKSA 2YL9A 3EMZA 1EH9A 3RM4A 1V3IA 2Z1SA 4UOZA 1QBBA 2XUCA 2BHUA 1UWRA 1EOKA 1I1XA 3LPFA 1W1VA 4PMNA 3PZUA 5EBAA 3VMNA 1C91A 1QOXA 2JIWA 3GXMA 2EJ1A 3WMCA 2FH6A 4M1RA 2ZX9A 2D0FA 2JEQA 3F5KA 3BMVA 2VRKA 3PZNA 3WNPA 4V28A 1QW9A 3L4XA 5EB8A 3AISA 1UKSA 2CERA 3VD4A 3OIHA 5A6LA 3BH4A 3D5HA 3T2QA 3DHUA 3AS1A 2OYLA 1UWIA 1V6XA 3BXWA 4WKAA 4WSKA 3W81A 4PMUA 1HJUA 1BYCA 5JIPA 3W6MA 3NDZA 3CLWA 3WD0A 4J27A 3ZIZA 3F5JA 4PSRA 1QI2A 3AIVA 3MU7A 1LQ0A 2JFEX 3QHOA 4OOZA 1UKTA 4EAMA 1KBKA 5LA1A 2WMIA 2G3IA 4E8DA 2VX6A 3WQ4A 2VZUA 4MTVA 1CENA 2ZXAA 1UHVA 4CCCA 2ZX8A 3T09A 3WY1A 4U33A 2ZUWA 5E70A 4OJYA 2WLZA 1KGUA 3RCNA 5A6BA 1JD7A 2WKGA 1CXFA 3WH8A 2ZUSA 4IPNB 2VZOA 1VFFA 5ABEA 2CHNA 3THCA 1MFVA 4DM2A 3VX0A 3BMWA 3BGAA 3TOPA 1HT6A 4TXEA 3SUWA 5HNNA 3AXIA 1V3KA 2E9BA 3WNNA 1E1EA 3PZGA 3K8LA 3ALFA 1JDAA 1E5JA 1ODUA 3GXDA 4NI3A 1K9EA 4A3HA 2XVKA 2JF6A 2D24A 1WE5A 3WUBA 3EMQA 1V08A 1CXKA 1TR1A 4AMCA 1UWSA 2E0PA 2YA0A 4JFUA 3PN8A 3ZQ9A 3O2LA 2J7CA 4BQ3A 1V0KA 3GNPA 2BY0A 3VMPA 2XFYA 4MNMA 2VRQA 4W93A 2CITA 2PI6A 3AMKA 3UG4A 1LWHA 1R8LA 1H09A 1EGZA 4LYRA 3VIKA 5C71A 1RH9A 3UR7A 2VL4A 3WH9A 3RO8A 1LL4A 3K4AA 5BYWA 1EQCA 2EPOA 3KZSA 5E6ZA 1XD0A 4Q22A 6TAAA 1E1FA 3KWXA 3WD1A 1E6ZA 1J01A 4V2XA 4OOUA 1V0NA 5LYRA 3AS0A 3HMCA 1JZ2A 1GQIA 1FH8A 4J3XA 4TTGA 2IXVA 3GZAA 2CKRA 1DTUA 3WMBA 1GORA 2PWEA 4GZEA 2EQDA 1L0PA 1VENA 3AHXA 1GUVA 3WQVA 1D7FA 2J8FA 3CTTA 1TVNA 1B0IA 1KR1A 1WZAA 2ZICA 2X0YA 1UWQA 3OLIA 5BWFA 3ZJ8A 1HKIA 2WHMA 4XUYA 1JIBA 1MFUA 5GNYA 3FW6A 4GQRA 2ESCA 1QI3A 4UCFA 3BAYA 4P8VA 4DUVA 2GVYA 3WH7A 1CGUA 3SCOA 1XC6A 2CXGA 1OBAA 3SCVA 1C8XA 2JF7A 2X05A 3M7SA 2JALA 2XVLA 1OGSA 7TAAA 4WKHA 1WAWA 1QVBA 1J9YA 3FAXA 5BXSA 5A8MA 1ITCA 4FLQA 2J75A 3OG2A 5DO8A 2JEPA 3W4RA 3VGHA 4S3JA 5HXMA 3VVGA 2CBVA 3AZRA 2XVGA 3CZKA 3MV11 1BVZA 3WNOA 4FLRA 2E9MA 4H8VA 4QCFA 2WVVB 2VZVA 4W7WA 1VEPA 3WD2A 4H7VA 4U2YA 1TCMA 1PJ9A 4DM1A 3ZSTA 3PTMA 2GUYA 3DHPA 4AY1A 3AXXA 3MUY1 4P7LA 4UFHA 4U3AA 3PZTA 4CD7A 3WIJA 2J7HA 1H5VA 1QI5A 2WHKA 1PX3A 1E3XA 2JE8A 3ARWA 1V02E 3WL0A 4HMCA 5I5RA 5FIPA 3VDHA 1FOBA 2WYSA 4HTYA 1WP6A 3UESA 4Z2HA 1CLVA 3WF1A 4PMVA 2YOCA 5A6JA 2X0HA 5A8PA 3VTRA 8CGTA 1UKQA 4N0RA 3THDA 3K8KA 1J10A 5E0FA 3G6MA 2XWEA 2DSZA 2ZXBA 1XH1A 4D6HA 1UR4A 2WC3A 4AD0A 4EE9A 5I23A 1UA3A 4PMQA 2CEQA 2F8QA 1ECEA 4RL3A 3GBEA 1D2KA 4QP0A 2W62A 1W1YA 4B15A 1MW3A 2WVUA 3KE0A 5GQBA 1UR8A 1LJYA 1NOWA 1KQYA 4DWSA 1BYBA 1RP8A 2J79A 1MW1A 4P7OA 3CZLA 5FKYA 1H1NA 3WF2A 1XGZA 4XX6A 3D3AA 1C90A 1KWKA 4JCLA 3PTQA 4HOXA 4D72A 5AC5A 2NT1A 1P6WA 1SR0A 2FH8A 4GO9A 1Q6FA 2X8RA 4KRUA 3EMCA 1V6WA 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1XYFA 2EPKX 2J7BA 1QHPA 4AIUA 3MS8A 1XCWA 1JG9A 2OSWA 2BVDA 4AYSA 1B9ZA 3N18A 1JL8A 2WB5A 2WC7A 1VFMA 2MANA 4R5EA 1G5AA 1B3VA 3DYOA 3MUAA 3NSNA 1BFNA 4JFSA 4ZFMA 5CXPA 4AD2A 1G0CA 2YDSA 1GOKA 1OT1A 1GCYA 4W86A 2Y8KA 3WUGA 2WMKA 1V03A 1GJWA 3AXHA 1JAKA 4EKJA 4TX8A 4HOWA 4OUEA 4WKFA 1DWGM 5A2BA 4AZGA 4PBGA 3RDKA 2VQUA 3MMUA 1K6AA 1OSEA 1FH7A 1PX8A 2A3HA 1W3LA 1GW1A 1SMDA 2WHLA 1NH6A 4Z2LA 3OGRA 2PWHA 1ISZA 2WC4A 1EXPA 1TMQA 3RJXA 4LGXA 4U3CA 1XCXA 3QGVA 1JNDA 3PHAA 1E6SM 1GVIA 2VOTA 2G41A 4UOQA 4AZCA 1CNVA 5GPRA 3N11A 4MB5A 3AHTA 4JKLA 5GNZA 1VBRA 3I3DA 3NDYA 3QR3A 4P8XA 4CU6A 2DT2A 5A6BD 1ZBCA 4KH2A 3I3BA 3PZQA 3KL3A 2A3BA 1VEOA 4YHGA 1H0IA 2QF8A 4Z2IA 3VM7A 1V02A 4QLLA 2D3NA 4PN2A 3CZEA 2V5DA 4J3UA 4EANA 3VD9A 1PIFA 2HISA 3BAKA 3BSGA 3GDBA 1H41A 3W29A 1SYTA 3WELA 4KGLA 2GJRA 2YBTA 4AZ5A 4ATDA 4ZE4A 3EDDA 3VGGA 2WWDA 1UD2A 2Y4SA 4PMRA 5CGMA 1PZ3A 3W24A 3VUPA 1EHNA 3B8SA 2V38A 3N04A 2QPSA 1O7AA 4OZOA 4J3WA 3PZIA 3VIGA 2W66A 4GPNA 5FL1A 4XZWA 5A3HA 4WK9A 4RE2A 2NT0A 3OA5A 5FD0A 3WH6A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4TVU A;  2AMG A;  1K9T A;  1CPU A;  1H4P A;  5M5D A;  5LA2 A;  4AW7 A;  4E4P A;  1W9D M;  3MSG A;  1HXJ A;  2DT3 A;  1K9F A;  2WBG A;  2VC9 A;  2AAA A;  1I75 A;  3M07 A;  3SCU A;  3AIB A;  3OGV A;  4B16 A;  3W25 A;  1ISV A;  2G3M A;  5BXP A;  3ZR5 A;  4GO8 A;  4BF7 A;  4CN1 A;  4AD4 A;  1UD8 A;  3AIC A;  4JHZ A;  5CQ1 A;  1QNQ A;  1C7T A;  3SCR A;  2ZX6 A;  5HPO A;  1JYV A;  1LLO A;  5I0D A;  2EPM X;  4AEE A;  1QHO A;  2WXD M;  1E71 M;  5D9N A;  3IAQ A;  1ZB5 A;  3WUF A;  3CHD A;  4EK7 A;  1WPC A;  4PMY A;  2WNW A;  1W9U A;  2IUZ A;  2OWX A;  1IT0 A;  1BLI A;  4W89 A;  5I3D A;  2VUR A;  1JDD A;  1M03 A;  1CEC A;  4FLO A;  1W3J A;  3HJE A;  4RE3 A;  1SMA A;  3TTY A;  2WZH A;  1BQC A;  4JL1 A;  3A4W A;  1B30 A;  1G01 A;  1ODZ A;  1UA7 A;  2D0H A;  3VD3 A;  4URI A;  4WF7 A;  1DWF M;  2YL8 A;  4GZJ A;  2XG9 A;  3MUI A;  3U57 A;  3N17 A;  3DYP A;  2A3E A;  1HJW A;  1TUX A;  1FFQ A;  5DF0 A;  2WMH A;  1CGW A;  4GI9 A;  1KB3 A;  4HP5 A;  1CDG A;  1J0K A;  4CD4 A;  2WHJ A;  1YHT A;  4ATL A;  4PUD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3PTQA

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