3PVF | Genus

Total Genus 97

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	97
sequence length	246
structure length	246
Chain Sequence	RKYFVAANWKCNGTLESIKSLTNSFNNLDFDPSKLDVVVFPVSVHYDHTRKLLQSKFSTGIQNVSKFGNGSYTGEVSAEIAKDLNIEYVIIGHFERRKYFHETDEDVREKLQASLKNNLKAVVSFGESLEQREQNKTIEVITKQVKAFVDLIDNFDNVILVYEPLWAIGTGKTATPEQAQLVHKEIRKIVKDTCGEKQANQIRILYGGSVNTENCSSLIQQEDIDGFLVGNASLKESFVDIIKSAM

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Probing the role of the fully conserved Cys126 in triosephosphate isomerase by site-specific mutagenesis--distal effects on dimer stability. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Triosephosphate isomerase
molecule tags	Isomerase
source organism	Plasmodium falciparum
total genus	97
structure length	246
sequence length	246
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2010-12-07

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3pvfA00

3L2IA 3GYEA 3Q37A 3ABRA 2QCFA 2V5LA 5FEZA 3IIVA 4MJMA 2CZFA 4YCOA 4IJBA 4OWGA 1F5ZA 4IQLA 2ZYFA 1HUVA 4UMCA 4JTEA 3CPRA 5HJLA 3HGRA 3L5LA 1ADOA 1CW2A 1LLWA 3DFSA 5DY2A 1RZMA 4MLRA 3EWXA 1FX6A 3INPA 3HJZA 3CT7A 5F2IA 3HO8A 1JULA 4O16A 1OG0A 5F4SA 2E09A 2RDUA 2E68A 1G6CA 2ALDA 3EX4A 3W88A 2GVJA 3QSTA 2QUTA 2FB3A 3MO7A 4M6QA 3S1VA 1ZHAA 4CNOA 1DQXA 2NX3A 3EKLA 3IGUA 4GUHA 1M7PA 1I2OA 4O12A 1C29A 4IX0A 3HBLA 1MO0A 5CPOA 3KHJA 1DJNA 3E9AA 4JS3A 4N9EA 4PL1A 2O7SA 3MW7A 5HWMA 1SFJA 1H62A 3HGJA 3HG3A 3LHWA 4N4PA 3BGGA 3UWUA 5I3IA 3LM7A 5D2XA 2EPHA 3LGEA 4GBUA 5DXXA 1FWRA 1RD5A 3QMRA 3C2EA 3MYPA 4BWLC 4UTMA 1KW1A 3HPXA 3NQ6A 2VC6A 3LI1A 3DKJA 3LB0A 3DKLA 1WQ5A 3W2MA 3G18A 2ZCGA 5AHIA 1RQEA 1K3UA 2ZRYA 1SSGA 4JTFA 1W3TA 5DBTA 2PRMA 4QM1A 1OX4A 3OHIA 1KTCA 1OYAA 3W7EA 1H50A 1TPFA 3W7MA 1FWWA 5FEXA 3F03K 5IBXC 1SO6A 3M44A 1RQHA 3RK8A 1W0MA 1ZNNA 2GVLA 4XBKA 5HUOA 4TMCA 4OV4A 2I1OA 2H6RA 2RFGA 3DI1A 5K9DA 3SECA 4DBDA 1S5TA 3IVUA 3DI0A 1TPUA 4JTJA 1PE1A 1WV2A 1VCFA 3A22A 1KM6A 3DENA 4IOTA 4LS0A 4PL2A 4AWUA 4QQ3A 5I3JA 2ZZ2A 3A24A 1QPNA 3GDKA 4Z1DA 4O1BA 2PC4A 3L21A 3G1YA 5AC6A 3DFQA 3NL5A 3MHGA 3NL6A 1VGAA 3F4NA 4N6EA 4UC5A 4Q33A 3P67A 2AAMA 1P5BA 4W9TA 4JR5A 1YTKA 3W71A 1T96A 5FF2A 3TC6A 3FKRA 2DZUA 3N9RA 1OFQA 3P80A 1YXCA 3C2FA 4M5PA 5D37A 3GK0A 5LSMA 1LBMA 4KWVA 1TTPA 3GNNA 3ZFHA 3G1XA 3GB6A 1EUNA 3EWBX 1W3NA 2ZFAA 3NQGA 3JRKA 1WXJA 7TIMA 3U2OA 3PWAA 5FEWA 2CLEA 4JYEA 4L4MA 4WY0F 1FQ0A 3W84A 3S42A 1WYIA 4BFAA 2C6QA 3BK0A 4MKNA 5EMUA 2QJIA 5AOUA 1OYBA 3OVRA 4CCDA 2BLEA 4LRTA 3EKZA 3NNTA 2EF9A 4MPQA 2QJGA 1M7OA 3GAKA 5CSSA 1SQ7A 3G24A 4JTKA 1D9EA 3P8JA 2VFDA 1B57A 3G8EA 3UNDA 4XTDA 3M1ZA 3SGZA 3LV6A 3PBYA 4OV9A 2FIQA 3EXTA 1KM3A 3A5FA 3W1NA 1LBFA 2ZRZA 3TV8A 1GVSA 3CM4A 3F4WA 2G95A 1WX0A 3GLCA 3TE9A 1A50A 3N14A 2H3BA 4XZ9A 4TR9A 4UCGA 2V0TA 3NM1A 3PUOA 1KFLA 2CLFA 5I3GA 3PSWA 1OK6A 1ME8A 1EUAA 1H5YA 2NX1A 4MY9A 3SFKA 1F05A 3STEA 1VLWA 2Y7DA 4NX0A 4FO4A 1QOQA 5MHBA 4UTWA 4NT0A 3LRLA 1RV8A 3P82A 1PVNA 4O0KA 4IUOA 4P61A 1QWGA 2YXGA 3LV5A 3MYOA 1YDOA 3UXAA 5G2IA 4ZQRA 2Y70A 1S5VA 1OFBA 1Q45A 3HIJA 2NLIA 3W2UA 1EWEA 2BZNA 3B4UA 5AYZA 5CPMA 1QOPA 3C2VA 3DFTA 4FIRA 4FNTA 4ONVA 1KM1A 1K03A 3M5ZA 4UFJA 5K3VA 3NR0A 4Q32A 1W5QA 1GG1A 1KM0A 3GXNA 4LUIA 4PODA 2X1SA 3LHZA 3IIPA 3W22A 1TPC1 1FDZA 3WK3A 3M6YA 1LBLA 5AFDA 4RZ4A 2A0NA 4PC8A 2WJZA 1TV8A 1TRDA 3GR8A 3NZ1A 1Y0EA 4K39A 4U4MA 5EYWA 1TB3A 2Z2UA 3EXSA 4JDBA 2E5BA 1VYSX 5CGQA 1KFCA 1JRCA 1VCVA 5C5YA 3PBUA 4K6AA 1TPH1 3G22A 1NF0A 3V1PA 3UPBA 4FX7A 3EWWA 3LHYA 4AHQA 2FTPA 4LRSA 3W7GA 3V75A 5LZLA 3P5YA 3OEXA 4IWWA 5LGZA 5LHFA 3B0VC 4RKAA 5SWUA 4M7TA 3UWYA 3WK0A 4DO6A 1H60A 3M5YA 4H6KA 4A22A 3UWWA 1QPOA 1SZNA 1VC4A 2V9DA 1X8FA 1ZJIA 3G1FA 1TQXA 3W2LA 4IMGA 1LOLA 4WJEA 1SR9A 3BLEA 1XDMA 4PTNA 1R47A 1X1OA 1EIXA 3IVSA 3EXRA 4OT7A 1TQJA 3VFLA 5EPDA 2CLOA 4O8RA 2EGZA 1AW5A 2YW3A 3GNDA 2ISSA 2VKZG 4YCPA 1EEPA 1LYXA 1GT8A 2VEIA 3MMTA 4GRSA 2J88A 3EX2A 2HSAA 4XKYB 3I7SA 2A2IA 1XUZA 3QJAA 4CLMA 4WOQA 2F84A 4O14A 2RKXA 4MY8A 4JTLA 1ICQA 3PG8A 2VFHA 1XL9A 3TIMA 4O11A 3EX3A 1LOSA 3C61A 4JEQA 4QNWA 2X2GA 2E6DA 2KZHA 3C0JA 1FXPA 2V2HA 2A7RA 4IMCA 2E1DA 1GTHA 3WK2A 4ALDA 4HSNA 4O54A 3MP5A 1I45A 2WNZA 5L6UA 3P60A 4WQ6A 1QO5A 2WSQA 3LCLA 4YXGA 4G1KA 3MBDA 3S5NA 5AHMA 3L5MA 3DBPA 2C16A 1VPXA 3WFAA 3ZR4A 3FFSA 1S5WA 3TROA 1SPQA 3E96A 5AHLA 4EWND 1H51A 4WY0B 3W1TA 2FPYA 2PRLA 3PB2A 1V7YA 2GVGA 3MP3A 4R53A 2CU0A 5DN1A 4JN6A 3VE9A 1KLYA 5I3KA 2ISWA 3R5EA 3G1VA 2ISVA 3D0CA 5F2GA 3LHVA 1ZCOA 3P84A 2Y7GA 1N55A 3W9ZA 5KSWA 2E6AA 4NJHA 5EY5A 2DZWA 2QCDA 3M5XA 1JJKA 4WXYA 4AMAA 3O6DA 4AB4A 2X1UA 2JKAA 4LVGA 2NWSA 1VRDA 3S5OA 4I9AA 2GJNA 2WOQA 4BR1A 4CQAA 3HPSA 1QR7A 2R8WA 2V30A 3L0GA 2DP3A 2W0UA 1A5AA 1UCWA 2CFFA 3RMJA 4XBSA 4UTTA 1A5BA 3W7HA 4ADSA 4LVAA 1XFBA 3G8RA 2W79A 1VQTA 2QKFA 2QEZA 4GNJA 3MJYA 2VFIA 3PF3A 1PIIA 1MEIA 3TAKA 5GVJA 3QSRA 4RZ5A 4YL2A 2P0OA 4PEKA 4K37A 3BPWA 3IGXA 3UY7A 3A9IA 2TPSA 5HQEA 2Q8LA 2RDWA 2OCZA 3L67A 3S9YA 3TUUA 4MIMA 2PCQA 1QAPA 3QH2A 3P5ZA 4NJKA 3QW3A 1F73A 4IXXA 1H7RA 5LNVA 2B7PA 4Y8FA 4MYAA 3W76A 2O7QA 1K02A 4FX6M 4DXVA 2XFWA 3LXBA 1R46A 3L0KA 2NX9A 4WD0A 4EF9A 3LTYA 4HNNA 3C2RA 2ZRXA 1OFDA 2ZZ4A 1XC4A 4JTGA 3TNOA 2YDAA 4JTSA 1UASA 5DXYA 2OX1A 1WA3A 4RR4A 1I8JA 3HOJA 5D04C 2ATMA 2BSLA 3CWNA 1N8FA 2B4GA 2C3ZA 2FPVA 2JK2A 3LTSA 1K8XA 3MHUA 3NO5A 4HPXA 4JGDA 3TXZA 2C18A 4EF8A 1BTMA 4ZMGA 3W2NA 1DBTA 3NL2A 4JXCA 3K30A 3G0UA 4LUJA 4OE7A 4GUIA 5HINA 4AWSA 4DELA 2YGYA 4JIQA 3U8GA 3QQ0A 3FJ6A 1EP3A 1QCWA 1XM3A 3LDVA 3L68A 3P74A 1G7UA 4UFMA 3W6YA 2R94A 1MZHA 4O53A 3W7JA 5A5WA 3DH7A 1B9BA 3R8RA 1B4EA 1CX9A 1JCXA 3LCGA 4O1AA 4UTWC 2Y85A 5TBOA 3QQ1A 4YMZA 3EWYA 1LM1A 2A7PA 2WV8A 4JDYA 4RLIA 4RCXA 4AH7A 1YYAA 1KFKA 4FNSA 4GUJA 3W1RA 1UUMA 3M41A 5G2HA 5G4WA 4DF1A 2ATSA 2UV8G 3TA6A 3LLDA 4WOZA 3RNDA 8TIMA 3BGJA 4IPJA 1HG3A 1OHLA 2J27A 2YPIA 4JTUA 1W56A 4I7VA 1ZFJA 3W87A 1L9WA 1YTEA 3N2XA 3W75A 5BOOA 4K36A 3PM6A 2Z6JA 1K8YA 2DZSA 3CU2A 3NOEA 4L4LA 3HGSA 4EOUA 1AW2A 2RH9A 3KAOA 1W31A 4RV8A 2CLLA 5DLCA 1H1YA 1BEUA 1SO5A 3VCRA 5K4XA 1W5NA 1EPXA 1GOXA 2WSRA 3TMQA 4RXFA 1GTEA 5D02A 1PHQA 2ZA1A 4MLJA 3BW3A 4UUIA 1DKWA 2QUUA 4N4QA 4UNLA 3DU0A 2GQAA 3W85A 3NYZA 1LLZA 1YDVA 2E5DA 3JR2A 3L9CA 1GZGA 4BF9A 1SW7A 5KZMA 2HS8A 1RQBA 5LNRA 2P10A 4GJ1A 4N9CA 1KTBA 1YPFA 3ABOA 4FNPA 4QITA 3O06A 4JY8A 4CQ9A 3E49A 5D2TA 5CPNA 4ZQNA 4EIVA 1RVGA 3M43A 1RR2A 1UB3A 3HQ1A 2VXNA 4AF0B 1IIHA 3LCIA 3W1PA 2DORA 1XBZA 2QCGA 2FB2A 4LW7A 1KM5A 1ALDA 3N73A 3B04A 2E77A 2HS6A 1GYNA 3IEBA 4LNYA 3PY2A 3TSMA 2AGKA 2J6XA 2CZEA 2ZZ6A 1I4NA 3W83A 1K7XA 5G1YA 4UTLA 1P0KA 3ATZA 3W7OA 2YZRA 1X7FA 1FCQA 4O17A 2VEKA 1J5TA 1FDJA 1NSJA 4DO4A 3BLFA 3SW6A 1EA0A 5LNWA 5HWJA 3TSDA 5C2XA 1OFAA 1W1ZA 1KBIA 1OFRA 5BNKA 3QMSA 1Z48A 3TR2A 2FLIA 1TPDA 1OF6A 5HWNA 2WPBA 1VZWA 2A1YA 2NXGA 3WK1A 2J24A 4M6VA 1U5JA 3PUDA 4ZQPA 2FFCA 4E0CA 3PULA 5G4EA 3CEPA 4UR7A 1U83A 3OIXA 4O28A 1JUBA 3N9SA 3SGUA 1TPB1 1JCYA 4Y9AA 2YFOA 3QPYA 5CPLA 3PSVA 4Z08A 1X1ZA 1T99A 1QPQA 3NG3A 1ICPA 1NEYA 1GYLA 1O60A 3HG4A 3QW4B 1H61A 4NJIA 4O52A 2R91A 2QR6A 5HULA 4O1DA 1F6PA 1OYCA 3FLUA 2Z1BA 4OHQA 1GPWA 4FF7A 3GDMA 4HKPA 4YLWA 2RDTA 2YYUA 3TQ0A 1GVQA 1LCOA 4RX0A 1E51A 3W7KA 1OX5A 3TKFA 2Y62A 5F4WA 4LC8A 1WOAA 1TPEA 2ZRWA 3STFA 2A5HA 5J5RA 2GUUA 3O1NA 3LHTA 2W6RA 2FDSA 4X3ZA 3THQA 3BV4A 4LOCA 4OBTA 4B5NA 1EP1A 5H91A 1VR6A 2DZTA 5D32A 4MFDA 1XBVA 1XI3A 4GE8A 1GVFA 2NUWA 5C6MA 3GIYA 1JCNA 1I2QA 3DHDA 1FCUA 4HIBA 1LRTA 3W7PA 2YCEA 2X30A 5AHEA 5KITA 5D09A 5AYXA 4HT3A 1QDSA 4JIPA 1W5OA 4NNBA 1QO2A 2TSYA 5LKYA 3JS3A 4JX5A 4KKXA 1FBAA 2ZTJA 5LHEA 3NAVA 4BI5A 4JNMA 2C1HA 4O13A 2CLHA 1SFLA 3T7VA 1LRNA 4WZHA 2QCHA 3YPIA 2V81A 1IXPA 2CZ5A 3TSBA 3I68A 3DZ1A 3BLIA 1G69A 1PS9A 2H8XA 4RK8A 2OT0A 3FJLA 1Z41A 1WDWA 4IMFA 2QCCA 3MWAA 4Q4KA 5AB3A 1YTDA 3NQCA 4AVFA 3SSJA 3WJXA 4LV9A 1KLZA 3B06A 4ORMA 3EB2A 3RF9A 3BO9A 1AL8A 4RXGA 1VHNA 1VJIA 1WBHA 4O50A 3UD6A 3S1WA 2A6LA 3WJSA 4QISA 3NM3A 1QPRA 3T78A 1VLIA 4Z0JA 1VH7A 4CCCA 2VEMA 4ORIA 3W2KA 4CCEA 1TTIA 3NDOA 3S1XA 3ABQA 5G5IA 5EL1A 3LCWA 3C52A 2WO5A 4K8HA 4U28A 3EEGA 4JTHA 3W07A 1B4KA 1O5XA 1ME7A 4NNCA 3FEMA 1HTIA 3HGOA 3M16A 4IX2A 2QAPA 3A23A 3E02A 3NL3A 1H7WA 2NXHA 2V5BA 1A53A 3RFAA 1GJPA 2Y7FA 4XTIA 5TIMA 2V2DA 3B05A 3M0ZA 3G3MA 3NQAA 1OF8A 4O0ZA 2I9EA 4LVFA 3DAQA 5G1TA 2BX7A 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2ABAA 3FYPA 3HB9A 3Q2DA 2QCMA 1KFJA 3M7WA 3S6DA 1ZAIA 5K4ZA 3A21A 1A5CA 4Y6GA 4O18A 3B0UX 3QRHA 3UYCA 3SIZA 1BWLA 3IVTA 2H90A 1LZOA 3TC7A 3KFTA 4ZQCA 1YPIA 3QC3A 1W54A 5D2WA 1KTNA 3OVPA 3BW2A 3UWZA 3BG3A 3MI6A 2G5WA 3UZ5A 4JD4A 4A21A 1R2SA 1JCLA 5T26A 1PCWA 4UTKA 3TDFA 1F76A 4QAIA 3NPWA 3P7YA 2B0MA 2FPTA 1Q6RA 3SY5A 3PVFA 2JBMA 4AXKA 4HNUA 1C8VA 3DFOA 1THFD 5EBUA 3NQ7A 4DBEA 2WNNA 4UTIA 3QPZA 4DEFA 3G0SA 3W7QA 3C56A 4KFPA 4OGZA 4Y90A 3QZEA 3IIOA 4OU1A 5L9FA 5DCDA 3STGA 4HNTA 2ZTKA 4Z0SA 4NZFA 3IRDA 2A21A 2GQ8A 1NFBA 4S2CA 3W1LA 3O6YX 1XBYA 3DFPA 1I2PA 1UJPA 5G2WA 2HTMA 3M47A 4DF2A 1UBSA 3GDLA 2GPTA 4H4IA 3CIXA 5HR7A 3PBWA 3SR7A 5K7JA 1VHCA 3GDRA 2VELA 3MP4A 3P61A 2X1RA 1G67A 4XQ6A 4K38A 2YW4A 2JGYA 2DJLA 1SO3A 1G4PA 1O5KA 1X6UA 1OFEA 3LRKA 3PBVA 2E5CA 4X22A 2EKCA 4X9SA 2JKEA 1NVMA 3R89A 3W73A 1QNVA 3I65A 2ABBA 1Q6LA 4M19A 5D30A 5AC8A 4A2SA 1ONRA 3W86A 1DOSA 3TW6A 4MFEA 2CW6A 4NVTA 3A5VA 2ZDRA 2QDGA 4LC6A 1TTJA 2FJKA 2OMAA 1XCFA 4LTSA 4NXKA 3TW7A 1GG0A 3AJXA 5KZEA 1H7PA 3I7RA 3HPZA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3PVFA

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