3QMRA

Crystal structure of the mutant r160a,v182a of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with the inhibitor bmp
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
219
structure length
219
Chain Sequence
VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTAPERLSRLREIIGQDSFLISPGAGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: a structure-based explanation for how the 5'-phosphate group activates the enzyme.
pubmed doi rcsb
molecule tags Lyase/lyase inhibitor
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus str. delta h
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus 81
structure length 219
sequence length 219
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2011-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3qmrA00
3IGUA 3L5MA 3SFKA 1FUYA 3UWWA 2VFGA 4XZ9A 4DO5A 5HQEA 2CZEA 1F6KA 4IXXA 5BW6A 3L0GA 1SZFA 4L4LA 2C18A 1IGSA 1EA0A 2GOUA 2NUYA 5DCDA 4N9DA 3ABQA 4CQAA 3E9AA 3CWOX 4LT9A 3BARA 1QPRA 1WV2A 4UFIA 4NU7A 2Y70A 2V8ZA 2VFDA 3EX4A 2OT1A 5D37A 1V7YA 2W6RA 4YMZA 4ZQMA 1EWEA 2ZRVA 3GDKA 4WD0A 4JY9A 4O14A 4JTKA 2A0NA 5D30A 1K8ZA 4O50A 1TPDA 2WNNA 3B06A 1ICPA 4NT0A 3FKRA 1ZFJA 1VH7A 4BR1A 3W2MA 1QMLA 5LKYA 3W1LA 4WQ6A 2DZTA 2E5BA 4WY0B 1XDLA 3NQ2A 1M5WA 5I3IA 2NWRA 4O18A 1KM6A 1WXJA 1ME8A 3DGRA 4O0ZA 3M1ZA 5D2YA 1GTHA 3QPZA 2FJKA 1C9DA 3FJLA 3W7IA 2QDGA 3GNDA 3QQ0A 1GQNA 4UFLA 1QOPA 3HBLA 3TMLA 2J24A 5D03A 1FX6A 3CM4A 4JNMA 4LVBA 2A4AA 3OEXA 5AHFA 3PBUA 2H3DA 3JR2A 3HQ1A 1EIXA 1JUKA 1KBIA 4XBKA 2DZPA 3M7WA 4AH7A 3H54A 2ZZ2A 2V5LA 1JRCA 4UR8A 3LCGA 1FBAA 4JX5A 3SGUA 3TX9A 3DHFA 1VYPX 3LRLA 2AQWA 3GXPA 3NPXA 4LS2A 1O4UA 4ADUA 4YCOA 4FX8A 1VQTA 5AN7A 1VLWA 5ABTA 4HT3A 3STEA 4PL1A 3BV4A 3HMJG 3SI9A 2YFOA 3BG3A 5FF4A 4IX0A 3R89A 2QCGA 4NX0A 1N7KA 1O5KA 2QJHA 4K7VA 3CTLA 3KX6A 5CKSA 2GVJA 2YYUA 3L67A 3W7KA 3DZ1A 1TRIA 1MO0A 3GB6A 1LM1A 4NZFA 1FCBA 1L6WA 2OZ0A 3WK3A 1XUZA 3V75A 4Q33A 3S5OA 1QO5A 4WY0F 1RVGA 1GWJA 2NX9A 3W2JA 3STFA 1PIIA 3FIGA 3LTYA 1AG1O 1IF2A 2JK2A 5FF2A 2XN1A 3PSWA 2C16A 4QNEA 1HO1A 2A85A 1DHPA 1KBJA 3INPA 1EEPA 4W9TA 4O4WA 4OGZA 3PF3A 1L6SA 2HMCA 4OWGA 2YW3A 2FB3A 1GG0A 5BRBA 3W1TA 3LCFA 1QWGA 1TMHA 1FWRA 2VFEA 3MHUA 5HINA 2EF9A 4LRSA 2PE4A 1EX5A 5CZ0A 3MBFA 3T78A 3OBKA 1QAPA 2E5CA 3W1UA 4ALDA 4UFHA 1UBSA 3LX9A 1K02A 1TREA 3FEMA 4M5PA 3WK0A 1R2RA 1R30A 4MLRA 3S5NA 4QITA 3NVTA 2ZZ1A 2VFIA 4KWWA 3FA5A 4NJGA 1F05A 2OJPA 1SU5A 1G4EA 2GPTA 5G1TA 4JTSA 4BWLA 5LGXA 1ZHAA 5LHEA 1L2UA 3WFAA 5BOOA 3IIVA 2ZQ0A 3TQVA 1FQ0A 3W7PA 1EP2A 5G2IA 2ZTKA 3B0VC 2VEMA 4K6AA 3B8DA 4LC6A 4LRTA 3MMTA 1WQ5A 5LSMA 2TSYA 3NPWA 2RH9A 1FDJA 3CIXA 4GFSA 4S2BA 2YZRA 3P62A 1H50A 1GYLA 5AYXA 3PBVA 1G4TA 2Y63A 1BWLA 3TV8A 3KOFA 1B4EA 3IIPA 3VNDA 3TW7A 3Q94A 3UWUA 2NUXA 3HG4A 2QCDA 3GKFA 1ZY9A 4O15A 3N9SA 1UASA 3AO0A 4QIUA 4PFMA 4MYAA 1K7FA 4ADTA 2V2CA 1W3TA 4Q32A 2FQIA 5LGZA 5AYZA 4X3ZA 1W5NA 4O10A 2BXVA 4CCEA 2GVLA 3WJWA 2ZRWA 4CQ8A 3GKAA 4X2RA 2J9XA 4JTFA 5K9DA 1SUXA 4PL2A 3EX3A 1VCGA 2ZA3A 4UMBA 3TAKA 2Y61A 1NF7A 1RZMA 1OF6A 4QSHA 2EPHA 2QCHA 2ATSA 5BMWA 4D2JA 3QM3A 3LXBA 4ZQRA 1FY6A 3HGRA 1TCDA 5DN1A 2X16A 4UCGA 3QJAA 3O06A 4AF0B 4G1KA 3I65A 4FX6M 5AHMA 3P84A 5SWUA 1EUNA 1LYXA 4AWUA 3W87A 4BFAA 3EXSA 1TPB1 2G96A 1TTPA 4DBEA 3W1QA 1X1ZA 1Q6LA 5AHIA 4KFNA 5G2WA 1JCNA 1SFLA 1I45A 1VZWA 3EWZA 3W6YA 4UTWC 1UJPA 3W72A 4ML9A 1VYRA 4RZ4A 3LHTA 5BMXA 2DZSA 3DFPA 1PE1A 3HPXA 5F1UA 1TIMA 3QW3A 4OE7A 4EIVA 4DBDA 1ALDA 3M5VA 1TTQA 1VR6A 2J9YA 1W31A 3P67A 1EP1A 1X7FA 5EA9A 5A5WA 2JGQA 3NQVA 2WPBA 1QCWA 3HG3A 2LLEA 1SO5A 2DZXA 3W2LA 1G7UA 4JIPA 3QEZA 1VJIA 1LBLA 4UFMA 3W1AA 3P8JA 2NLIA 3BGGA 1IXNA 4FNRA 1KLYA 2NXGA 3USBA 4CQ9A 2QCEA 4YCPA 2YCEA 1Q3NA 1DKWA 3C2VA 1XKYA 2QAFA 3DHDA 3F4NA 3LHUA 4LV4A 3C4UA 4XBSA 2I1OA 1Q6OA 4XQ6A 1C29A 5D2WA 5FI8A 4UMAA 1D9EA 3UXAA 3LGEA 3SGZA 2PRMA 4O52A 4JYFA 4O1CA 1OX5A 3S5YA 1TPWA 3KRZA 1KA9F 1SSGA 3QQ1A 3UZJA 3WK1A 3CQ0A 4TIMA 3PULA 1SO6A 3W83A 3UWYA 3M5YA 1KFJA 2VEIA 1OK4A 2PCQA 2VXNA 3W3OA 2A21A 4OQVA 5D05A 3C2EA 1R47A 2A7PA 1T99A 3FJ6A 3A21A 5FEPA 2JGYA 3EX6A 3KVMA 1IXQA 3GDTA 3PVFA 3E02A 4Z1AA 1I2QA 1SR9A 1OFOA 2B7QA 4LWWA 1VYSX 1C8VA 3O05A 4HKPA 1W5QA 3W22A 4I9AA 4ZL1A 4FXSA 3HGOA 3P81A 2GQ8A 4QNWA 4KFPA 4QISA 3SZ8A 2BSLA 1W3NA 4ICNA 4MFEA 4NNAA 3C0JA 3H55A 2V81A 3CWNA 1TQJA 4JIQA 2YXGA 3UYCA 5C5YA 3W7DA 3P80A 3LHZA 1W5PA 4LS0A 4XTIA 3TE9A 1EUAA 5HNRA 3LCXA 1RQEA 4AHQA 2DU2A 2NX1A 3CIWA 1SW3A 1YPIA 4AVFA 4P2VA 3IRDA 4FNQA 3TA6A 3NO5A 4AMAA 2JKEA 1SW0A 3P5YA 2X1TA 1XDMA 4JICA 2RHGA 3M43A 5D33A 3DXIA 1E51A 4QQ3A 1TV8A 4CLMA 1RD5A 3TNOA 5DY2A 4JTIA 4A2RA 3GXTA 5LZLA 1YDNA 5K9CA 1S5TA 3BW2A 2WJZA 3EWXA 4FO4A 3TC6A 3N3MA 1KTBA 1W54A 3FYOA 5AC7A 1N8FA 3TKFA 3MP5A 4IMDA 4XKYA 3D0CA 2P10A 1VCVA 1XBZA 1RQHA 3THAA 1M7OA 3SW6A 3UWQA 3NPUA 3MUXA 3R8RA 3SECA 3ANYA 4WJEA 3LOTA 1K7EA 4ZZ9A 3QF0A 3NR0A 1WBHA 1XBYA 3C6CA 1H5YA 1LORA 2B7NA 3A9IA 4MKNA 3S5ZA 3L65A 3WJZA 1MEHA 2WNQA 2ZBTA 1HTIA 1QOQA 3R5EA 4IMEA 3W75A 3TK7A 2QR6A 1KTCA 1TB3A 3PUDA 4RJEA 5HUPA 2GUUA 1YADA 1EPXA 1SSDA 4UFKA 3G0SA 1GVOA 4K37A 4K8EA 4MJZA 1SQ7A 4HSOA 3S42A 3NQ7A 2Y7GA 3W9ZA 1H7NA 1WBJA 3EKLA 2BWGA 1DOSA 4GXMA 4JN6A 3TFXA 3OG3A 5AC8A 1VPXA 4JGDA 5C6MA 4A3UA 3B04A 3QMTA 3KVLA 3OVRA 5AHEA 1RR2A 1MZHA 3O6YX 3MW7A 4DEFA 3LRKA 4A22A 5L6UA 1QPNA 2ZTJA 2V2HA 1SFJA 3SIZA 5TQLA 3ATZA 2Z6JA 3CPRA 4O0KA 1GT8A 1WX0A 1KV8A 1YTDA 5LNSA 1GVQA 4KWVA 2PRHA 4N4PA 4XTDA 2V2DA 3F03K 3M5XA 4R7JA 4CNPA 2W79A 3P61A 3M44A 3HF3A 4FNPA 3W7CA 4E2DA 2ISSA 4O1DA 1DQXA 5G1YA 1KM4A 5C54A 3S9YA 4IJBA 3I68A 3DBPA 3A5FA 3FKKA 3OVPA 4RXGA 1H62A 2CW6A 3TDFA 1U83A 3HB9A 1FWSA 4X22A 1DV7A 3EXRA 4XWUA 5AHLA 4MJMA 3UPWA 1L9WA 4IOTA 4LVGA 2FTPA 2QDHA 1OG0A 4E38A 2F84A 3OIXA 4RZ6A 3C61A 3GDMA 5KMYA 2I14A 2ISWA 4I7VA 2KZHA 2ISVA 2A5HA 3E0IA 4O16A 5D32A 3TQKA 4JTJA 2QEZA 3LLFA 1YXCA 3BW4A 3NAVA 5HJLA 3NQAA 2C0AA 4NXKA 3N9RA 4TR9A 1ML1A 2XN2A 1AW5A 3PBWA 4R53A 1DJQA 3VE7A 1VC4A 2DJXA 3KXQA 1W56A 3B03A 1X6UA 2ATMA 1SW7A 2J6XA 3PY2A 3NQCA 3B05A 4MUZA 3ABOA 1F2JA 1QR7A 3W1PA 2O7QA 4TO8A 1YXYA 2E6DA 3G1FA 2TRSA 3K30A 4WUIA 1FDYA 8TIMA 5AFDA 1KFKA 2R14A 1JCXA 4Y96A 1MEWA 4O8RA 4M6VA 1R2SA 1Z44A 2C1HA 2WSQA 5D2TA 4O57A 1OFPA 3PS7A 3W1RA 4ZQCA 5I3JA 3KVKA 2F7FA 1SO4A 3T7VA 4AWTA 4MVAA 1A5AA 1TPC1 4JEQA 3TJXA 5G4WA 5MHBA 2RDWA 3GX9A 3VCRA 5IM51 2E6AA 3UWZA 3LBMA 3LHYA 4WX2A 2XN0A 3MI3A 3CU2A 3NL5A 3RMJA 2CZ5A 5LNVA 3S1XA 4O13A 2H8ZA 1KLZA 4C1KA 3E49A 2WOQA 5HWMA 4L4MA 3BG9A 4S2CA 1D3GA 3TSMA 4UTUA 5K4ZA 4WXYA 5FF0A 3L2IA 3BPWA 1JULA 4B5NA 3LERA 4JTTA 1ZJIA 4PA8A 4DF0A 3MO7A 1MEIA 3QRHA 3W7HA 1H7OA 4AWSA 1TSIA 1PCWA 3NEVA 3W7JA 4JYDA 3BW3A 1OYAA 1F73A 1CW2A 2Y88A 4PODA 2GQ9A 1AMKA 2G95A 4YL2A 3L68A 3WJYA 3JRKA 2ZDRA 4ADSA 3DFQA 1TPVA 3HGSA 3Q2DA 1DL3A 3UNDA 1QPQA 1O5XA 1YDVA 2DZWA 4S1FA 3O15A 4GE8A 4UR7A 2BX7A 4UNKA 1Q45A 4OV4A 2FIQA 1OJXA 1H7PA 1JUBA 1PL9A 3NL2A 4PEKA 4UTIA 4N6EA 4HNUA 4TMBA 3W07A 5FEWA 5HWNA 3L21A 3MWAA 4HPJA 4JTGA 3NQGA 4MZ8A 1KM1A 5EL1A 4PCFA 1LRNA 3C56A 2Y85A 2Q8LA 1R2TA 3QW4B 3NL3A 1W8SA 4ZQNA 1WOBA 3NQFA 3FLUA 2GVGA 3NL6A 1XL9A 2A6LA 5E93A 3TIMA 4EF9A 3LV6A 2QCMA 1KM3A 3TROA 1ICSA 1VHNA 3LTSA 1LCOA 1VHCA 3N19B 3M5ZA 2NUWA 4LVFA 2C19A 3NQDA 1F6PA 4DF2A 3S6DA 3G0XA 7TIMA 5A8GA 2R91A 4LY8A 3OA3A 2DZUA 5KSWA 4BF9A 3LCIA 3GLCA 1FCQA 1BKSA 1JQXA 4MY9A 3GAYA 5G5IA 4K38A 1ZALA 1XBXA 1XCFA 2FFCA 1JCJA 3NQ6A 4UTTA 1LBMA 2CLMA 5AC6A 4HHPA 1W3IA 3HIJA 4FX7A 1U5JA 4FNSA 4TU1A 3EWBX 1FWTA 4ZQOA 2NV2A 3MYPA 4Z0JA 3PUOA 4AEOA 1J5TA 4K8HA 2YPIA 1VGAA 1OYBA 5CSRA 3G1DA 3O6CA 4JTLA 3BLFA 3DU0A 3SY5A 4LW7A 2YYTA 2FPTA 2Y89A 2CWNA 5AHNA 1IXOA 3HG2A 5F4WA 3NQ8A 1P0NA 3T44A 4DO6A 3W86A 3P60A 1S3HA 3Q37A 4O19A 1I2PA 4ORIA 3G1HA 2CFFA 2E6YA 4M7TA 4UMCA 2AGKA 4MY8A 5I3FA 3N2MA 1OK6A 3G8RA 3NM1A 3U8GA 4M19A 3BVJA 2ZRYA 3MHGA 2E68A 5EPDA 1UUMA 3RK8A 1Z42A 2Z2UA 1KFEA 2ZYFA 3P82A 1SO3A 1BWKA 2R94A 5AOUA 1LLZA 5H91A 3T55A 4U28A 1I4NA 5IBXC 4O1AA 4UTMA 4WY0A 4NQ1A 2E1DA 5F4SA 1XM3A 5D02A 5AB3A 1LRQA 4N9EA 3W7OA 2Q3RA 5KITA 3I7RA 1QNVA 4RV8A 4AHOA 4N2YA 1S5VA 1VS1A 5DLCA 3P5ZA 4Z1DA 3PUEA 2X1UA 2ABAA 3WK2A 2H90A 2ZRUA 4Z1BA 2J27A 3O8AA 4NJJA 4YLWA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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