3R89 | Genus

Total Genus 110

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	110
sequence length	289
structure length	289
Chain Sequence	SNAMKIIDKLYEKVSKNGFVCIGLDSSIDYIPENMKAGKSVSEALFSYNKEIIDQTYDVCAIYKLQIAYYESYGIEGMIAYRDTLSYLREKDLLSIGDVKRSDIAASAKMYAKAHFEGDFETDFITLNPYMGMDSIEPYEEYIEKGDKGVFVLLRTSNPGAKDFEVLPVDGEEFFYKVGDKMRELNEKYIGKSGFGPIGLVVGATHSEEVEKIRKRYDKMFFLIPGFGAQKADSMNVYKLLEGLNGGVVNSSRAILKNWQNYEDGSEKVGYYARKKAIETYEEIKANEV

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structure of orotidine 5'-phosphate decarboxylase from Anaerococcus prevotii DSM 20548 rcsb
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags	Lyase
source organism	Anaerococcus prevotii
total genus	110
structure length	289
sequence length	289
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2011-03-23

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3r89A00

1ZAJA 1EP1A 1K03A 1ICSA 3F03K 3FA5A 1OG0A 5IBXA 5D09A 1D3HA 4PFMA 3O05A 1H1YA 3QW4B 3ABRA 1SPQA 3EKLA 4JTUA 2VFHA 5DLCA 5MHBA 1LBLA 3UXAA 2OT0A 1KV5A 3EWBX 4PCFA 3MI3A 3QMRA 1GG0A 3FFSA 4JIPA 3P61A 2EGZA 1SW3A 2VXNA 3PUEA 4JIQA 4JY9A 1QOPA 4MY1A 4BI7A 3C2EA 1TPVA 4FNRA 1JCNA 4UTLA 1THFD 4RR4A 4IXXA 2TYSA 4WX2A 4JTSA 1MXSA 4M7TA 1EP3A 4PC8A 4QJ1A 3P62A 2ZZ2A 4N9CA 1NF7A 4ZMGA 2X1TA 1DVJA 3TC7A 1LRNA 1BKSA 3EEGA 4JY8A 3F1QA 1X7FA 1W3IA 3G0XA 3MBFA 3W1UA 1DORA 3IVSA 4S1FA 5LSMA 4OWGA 4O18A 5CG7A 1OYAA 4DF1A 2X1RA 3CHVA 3UWWA 1J4EA 3UY8A 1V5XA 1AW5A 3WJXA 3G0UA 3G24A 5LNSA 2ZZ6A 3WK3A 3TR2A 1FY6A 1NFBA 2WKJA 1G69A 1B9BA 1ML1A 4XUGA 2Z1BA 2ATMA 1NEYA 3I7RA 3A23A 3S42A 3PY2A 2Y88A 3FKRA 3LERA 4IX0A 5D2XA 4LC6A 1M6JA 5CZTA 3OVPA 1VLWA 4FF7A 5LGXA 1KM4A 3B8DA 5F2LA 3H54A 1PCKA 2H8XA 2NUXA 3QQ1A 3U8GA 1NSJA 5LHFA 4O57A 1VRDA 4QNEA 4UTJA 2CLLA 1W56A 2OCZA 4LRSA 1KA9F 2NLIA 3AO0A 4XTDA 3ZR4A 1LOQA 4QSHA 4OGZA 1FXPA 3TJLA 5HINA 2XN2A 3B0VC 3NDOA 3BW3A 1B4KA 2WNNA 3GR7A 1R47A 3NQ2A 1CX9A 3TXZA 4IUOA 1A5AA 4LS0A 1MEWA 1SW0A 4OT7A 2PC4A 4EIVA 1FCUA 5EYWA 4UNLA 2J6XA 5D04C 3SFKA 2NX3A 3QFEA 1SZGA 4KFPA 4RZ5A 4FIRA 4NXKA 4DO5A 1X6UA 4CNOA 4LV9A 3HG5A 2E09A 3MJYA 2Q8LA 3HOJA 2R94A 4NUWA 1JRBA 1OFBA 1XC4A 3NAVA 1FWTA 5FF0A 1W5MA 1GVSA 3M0ZA 1IXNA 3ATZA 1VHCA 3HGJA 3W1LA 4UR7A 3VE7A 3W7PA 5LNRA 3CPRA 3TUUA 5KITA 4DO6A 4I7WA 3G1SA 3USBA 3DBPA 2I1OA 2YR1A 2NXHA 5DN1A 1EUNA 3W7EA 3LI0A 2FB3A 3K30A 1AW1A 2JKPA 2W79A 1H50A 3C3NA 3EWWA 1ZENA 1Q6QA 3GLCA 1X1ZA 2QDGA 3H53A 2XN0A 3W1TA 4HNTA 4AHPA 2WJZA 3PBYA 3CC1A 2CLIA 3WK0A 5I3JA 2JKEA 4N4QA 3DKLA 2PCQA 2HMCA 3LCLA 1JCJA 1LROA 5KZDA 4NJHA 1GPWA 1KM3A 1WAUA 3O6CA 4UTWA 2QCGA 3N2MA 5DBTA 1D3GA 2RFGA 4K7VA 3O6YX 4MFEA 4GJ1A 5K2ZA 1LLZA 5K9XA 2W6RA 2X16A 5K3VA 4LUIA 2H3DA 3WK1A 3QC3A 4MZYA 3G18A 3LCIA 3UNDA 2HSAA 4ADSA 1LOSA 3G1AA 2DZWA 4TU1A 2Y7DA 3W83A 1W8SA 3BV4A 3MUXA 5LNVA 4G1KA 3O16A 1WV2A 3CM4A 1H60A 1BWLA 4NJGA 3D0CA 1IXOA 2C0AA 1D9EA 3PSVA 5FI8A 3UPBA 4AH7A 2WNQA 3GAYA 3DKJA 4NU7A 3PBVA 2CW6A 1JJKA 3VKJA 1MSSA 3UWUA 3S8HA 3VI2A 1CW2A 3L5LA 4MIMA 3IIVA 1G4TA 2E6AA 4H4IA 4JNMA 3EB2A 4E2BA 4N9DA 2ZQ0A 3UWVA 1G4EA 2FIQA 4LS2A 3MP5A 1GYNA 3NYZA 1OYBA 3T55A 3BARA 4FNQA 1OX6A 1LDCA 2HTMA 3DI1A 2NXGA 4LY8A 1L6SA 3I7SA 4IX2A 4IMGA 3C8FA 3L21A 3I7QA 1Q3NA 3G1YA 2GVJA 1YXDA 4YCOA 3IGXA 3EX4A 1LRQA 5KTLA 4LTSA 2Y89A 3S5OA 2WOQA 1OK6A 3CWOX 4E2DA 1BWKA 2AQWA 2NUYA 4CQAA 3NZ1A 3W2JA 1OYCA 3C2OA 1OFOA 4FNUA 1TV7A 4S2BA 2QUTA 1PL9A 3E9AA 4WOZA 4MJZA 3DI0A 4M6QA 1JCYA 1RR2A 3A9IA 3PBWA 4CQ9A 5AFDA 3W1NA 3TJXA 1HL2A 5HWJA 1R46A 4QIUA 1N55A 3TDFA 5LHEA 3MP3A 5CGQA 4JDYA 3P67A 2ZZ5A 3CEPA 5AN7A 1GVRA 2QCHA 3TSMA 3LCXA 3G3DA 5EMUA 3KOFA 1T99A 3RF9A 3CT7A 5HR6A 2GOUA 3IRDA 2V8ZA 4E38A 3W7LA 4O12A 3R8RA 2DZTA 5DCEA 1QR7A 3ZWSA 4GRSA 5HNRA 4JTEA 3T44A 1TQXA 3L0KA 2J27A 2FPTA 5FF2A 1EWDA 1JQVA 4QQ3A 1VHNA 2ZBTA 1VLIA 1DQXA 1HUVA 3TU9A 2FPYA 2KZHA 3P82A 5LNUA 3EXSA 3FYPA 1KFEA 4O11A 4UMBA 4NQ1A 2ISVA 2QAFA 3GX9A 1FUYA 3L5MA 4IQLA 1SSGA 3M5VA 3MI6A 1KM5A 3W84A 3ABQA 4Z0SA 5LNWA 3QH2A 3O63A 3W1AA 2BZNA 3DGRA 4XQ6A 2FTPA 4MZ8A 4BFAA 4HPXA 3P60A 1HFBA 4ORMA 1ZFJA 1W5QA 1R2SA 5EL1A 2ISWA 3NNTA 2H3BA 2JGQA 1XCFA 5TQLA 4UTMA 3HJZA 4O10A 4IGHA 4K7YA 3QF0A 5D38A 5CSRA 4WZHA 3KXQA 4X22A 5E0KA 4XBKA 4LC8A 1FXQA 4WUIA 5BRBA 2CWNA 2BLEA 3LHYA 3O8AA 2A0NA 3W7KA 1TPUA 2Y62A 5D2WA 3TX9A 3OBKA 1VCGA 1W54A 1Z44A 3DFSA 1DL3A 3EKZA 5CSSA 2GPTA 3IVTA 5AC7A 3VE9A 3KVJA 4O16A 3W7MA 2DP3A 4GC4A 3BGGA 2PRHA 1HTIA 3NA8A 1TPWA 2Q8ZA 4PODA 2NX1A 3TAKA 3DFNA 4ZQOA 3QSTA 3WK2A 2DORA 3FYOA 3BW2A 4HIBA 4RJEA 3TQ0A 4P61A 2HS6A 2V2DA 3LLFA 3NL6A 5D2YA 1XI3A 3CTLA 1I2RA 2Y63A 1TV5A 2TPSA 3T7VA 1WOBA 4Q33A 3FJ6A 3NM3A 3FEMA 1VQTA 4YL2A 1LTDA 4OQVA 3W2LA 4JTTA 5C5YA 3HO8A 3EXTA 2QAPA 4XTIA 3OIXA 2RH9A 2ATSA 1AMKA 2B7QA 4K36A 1KM2A 4ZQPA 3SIZA 2HS8A 4IXHA 1JUBA 1HO4A 1PHQA 4O14A 3IIXA 3L0GA 3M9YA 2A7NA 4JGDA 4UTUA 4TMBA 3W1PA 4JICA 1ALDA 2VFEA 3HB9A 3BW4A 4JTFA 4P2VA 3ZS4A 1GTEA 1YDVA 3EX6A 2VELA 2Y7FA 4UTTC 1YXCA 2X1UA 3C56A 4XKYB 4N2YA 4X9SA 3TW7A 2ZZ1A 3DH7A 3G1DA 3LXAA 1HO1A 3QRHA 2QCNA 3KRZA 4A21A 3DFQA 3DZ1A 4CLMA 1EWEA 2CLFA 4HN4A 3G1FA 2R8WA 3NM1A 5CZ0A 4M6VA 3MYPA 3V75A 3TNOA 3A24A 3WJSA 4RKAA 2WO5A 2VFGA 2AAMA 2GQ8A 4NZJA 1TPH1 1OFEA 3W6YA 4UNKA 1LM1A 4O1BA 1CI1A 1P4CA 1WBJA 5I3FA 2QCCA 2BWGA 1KTCA 4RZ4A 1G6CA 3BG5A 4CNNA 4LS1A 1KV8A 4UFKA 3CQ0A 3PB0A 3LTSA 3G8EA 1ONRA 3BVJA 2ZZ3A 4EF8A 1FQ0A 4EVZA 1XUZA 2QCLA 3QM3A 3ANYA 3W87A 2BSLA 4MJMA 1I2QA 1YLVA 3LRMA 1VCVA 1I8JA 3LHUA 3UYCA 4Q32A 2NWRA 1H7WA 1U83A 3SW6A 3MMTA 3UWYA 1TJPA 1KM1A 1OHLA 3NG3A 4RZ6A 8TIMA 1KFLA 4K8HA 3STFA 1Q45A 1SZFA 1ZY9A 1XFBA 1WBHA 3NZRA 5LGZA 3W1RA 1OX5A 4AMAA 2CLKA 3PG8A 1KTNA 2YXGA 3DFTA 2FJKA 4KFOA 4WJEA 5HMSA 3BLIA 3FOKA 4NXSA 1AL8A 3P7YA 5CPMA 4RCXA 3RLVA 4DPQA 3NQGA 2YPIA 2ZYFA 4QM1A 4CCCA 1SUXA 3W22A 3RLUA 2C18A 2E5DA 2VENA 4OHQA 2GQ9A 3TK7A 5A5WA 2QJIA 2Y6ZA 5AOUA 3CIXA 1W0MA 4LW7A 5HR7A 1JCXA 1HG3A 1YDNA 3AJXA 2F7FA 3LBCA 4O8RA 2RHGA 4NVTA 1H7XA 1TTQA 1VGAA 2DZSA 2B0MA 2ALDA 5G4EA 1SR9A 4AWUA 3NQEA 4AWSA 1N7KA 2RDTA 3DHDA 4LRTA 4FNPA 3U2OA 1G4PA 1TQJA 4JTKA 3G3MA 4PEKA 1TTJA 4D2JA 1O5XA 4O0KA 1K8YA 4M5PA 2A4AA 3BGJA 1T96A 1AG1O 3PUOA 3KRSA 1EIXA 1R2TA 2ZA3A 1A5BA 1K7XA 1VYSX 4UFJA 3OA3A 3QJAA 2LLEA 1V7YA 2RDUA 2FDSA 5KMYA 1QPQA 1W3TA 3TKFA 2JKAA 3TSBA 4CNPA 4AVFA 3LV5A 3HG4A 2WV8A 2FFCA 2A7RA 4GNJA 3W1MA 1GOXA 3NQAA 1XBVA 1TO3A 5G2WA 5AC8A 5DCBA 3PS7A 3DXIA 3S1UA 4AEOA 4POCA 5AHEA 3N19B 1IF2A 3UQNA 5L9FA 3E0IA 3W2UA 1SU5A 3EX2A 1LOLA 3M16A 1FDZA 4LVDA 5C2XA 2NZLA 1DJQA 4PA8A 1QPRA 3N34A 2YFOA 1F73A 2A6NA 4RXGA 1O60A 5BMWA 1VCFA 1XBYA 5EPDA 4IMCA 1JR1A 2VEIA 4WOQA 1Z48A 2ZTJA 4UUIA 3M43A 3RFAA 1I45A 5TBOA 2JGYA 4AF0B 4PH6A 1X8FA 4NJKA 1K8XA 1QFEA 4B5NA 4IMEA 2H90A 4UTHA 4OV4A 3NR0A 3QW3A 3EX1A 5F1VA 3MHFA 3P5ZA 5A8GA 4LVGA 1TPC1 2TMDA 1K3UA 2Q3OA 1DV7A 2PRMA 2P0OA 5AC6A 3BPWA 1VJIA 2FLIA 5G4WA 4O0ZA 3HBLA 5FEXA 1OVDA 5HWMA 3W7IA 3EX3A 5G2HA 3T78A 5F4SA 1LBMA 3M5XA 1LORA 4O50A 2C3ZA 3LTYA 5BOOA 3F4WA 2VOMA 4N9EA 1W37A 5KZEA 1A5SA 3DAQA 3CLMA 3QYQA 1XBXA 3ABSA 4O4WA 2YFNA 1JUKA 4N6FA 3MI2A 1MZHA 1QDSA 4OV9A 3L68A 3UPWA 1X1OA 4JTIA 4BI6A 2NUWA 2E1DA 3KVKA 4MKNA 3W76A 1QOQA 2FQIA 1UUMA 2EHHA 4FX6M 1DHPA 3NQMA 1PE1A 3SI9A 5J5RA 4O28A 5HJLA 3IV3A 5I3KA 1YPFA 4OU1A 4R53A 2ZTKA 3THAA 2V5BA 1TREA 2B7NA 2ZRUA 1TV8A 4O4VA 3NQ7A 3SR7A 3LXBA 4L4MA 1Q6OA 3QSRA 5D30A 3B05A 4N9BA 3L5AA 4BWLA 2VEMA 1UJPA 5IBXC 5AHLA 1I2OA 2V2HA 4YXGA 1OFPA 3VCRA 3IVUA 3W7GA 3MHGA 2EPHA 4GBUA 4AHOA 2TRSA 1XDMA 5DCDA 1YTKA 3A22A 2QUUA 4ZQMA 4GXMA 4TR9A 1SO6A 4UFLA 1ME7A 4Z0JA 2A7PA 2VFDA 5D02A 2QEZA 3MP4A 4MFDA 2NV2A 1A50A 3LXCA 1ADOA 1XM3A 5DXYA 4CCEA 3O06A 4X3ZA 2IQTA 4M7SA 4HNUA 2G95A 1FWWA 4HNVA 1YADA 5H91A 3LI1A 2WSQA 1F05A 2A85A 2E5BA 1EP2A 4A2SA 3C2RA 1UASA 3UWQA 1Q6RA 2CZEA 4DEFA 3GNNA 2V5LA 3W7DA 5H2ZA 1ME9A 2V30A 1SO3A 1H62A 4C1KA 3C61A 3TFCA 2Y7EA 4O52A 2WSYA 7TIMA 4RV8A 2P10A 4O53A 3OVQA 3TIMA 4EWND 1DJNA 2O7QA 4IJBA 1QWGA 1K7FA 1I2NA 3S5NA 4WXYA 1KFJA 4DF2A 4AAJA 3W7OA 4DF0A 4UXDA 4FXRA 3UD6A 3PF3A 1U5JA 1P1XA 2CZFA 4XWUA 1O94A 3INPA 4TMCA 4YLWA 3O07A 3CIWA 4ZQCA 1SO4A 4LNYA 2ZA2A 1KFBA 1TCDA 1XBZA 2PRLA 1SQ7A 2YX0A 3LHWA 2CU0A 2D73A 3GZ3A 1KW1A 2C16A 2FPVA 3C2VA 1TPB1 1WX0A 3W72A 1W31A 1QCWA 4LWWA 3A5VA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3R89A

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