3RCN | Genus

Total Genus 169

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	169
sequence length	537
structure length	525
Chain Sequence	MSAFHQLIPAPWSFSAGTGELELDAGTSVGADPELRGPRRWLTRALGGATGWDLAPAPAREAGIRLLLDPSLDAEAYRLEVSDAVVISAGGAAGAFYGAQTLLQLLGPAALRQAPVVAVEGWSVPRVSVEDKPRFGYRGTMLDVARHFMPKDNVLRFIEVMAMHKLNVLHLHLTDDQGWRMQINRYPKLTETGAWRRESSLGSWRAGVFDGRPHGGFYTQDDLREIVAFAADRHITVIPEIDVPGHSQAAIAAYPELGAGPSPVEVWTRWGINETVLEVSETSLEFYRNVLDEVVEIFPSPWISLGGDEVPLTQWQASAQAQAKAAELGLDDVSGLHSWFVGQLALHLKHHGRATSVWDELPDGALVASWRGYEGGIDALRKGYDVVMCPEHKLYLDHRQADGDDEPVPVGFVTTLQAVYEFEPLPGTDFPGRLLGAQANIWSEHLDSPRRVQFAAFPRLSAISEVFWSNPAGRDYDEFLTRLTGAHLARLEAMGVEYRPLSGPAPWQQRPGVEGWKRDYDAEQL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__010630973655275__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__010630973655275__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3rcn/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__010630973655275__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"010630973655275","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3rcn/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__010630973655275__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d02a0d96417d527115d53f8/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d02a0d96417d527115d53f8/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d02a0d96417d527115d53f8/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d02a0d96417d527115d53f8/pdb.gz): 550 ms

reading 525 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

525 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 35 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:524});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Arthrobacter aurescens
publication title	Crystal Structure of Beta-N-Acetylhexosaminidase from Arthrobacter aurescens rcsb
molecule keywords	Beta-N-acetylhexosaminidase
total genus	169
structure length	525
sequence length	537
ec nomenclature	ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date	2011-03-31

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00728	Glyco_hydro_20	Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A	PF02838	Glyco_hydro_20b	Glycosyl hydrolase family 20, domain 2

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	3rcnA02
3.30.379.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Chitobiase; domain 2	Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like	3rcnA01

1HP4A 1VBRA 3ZJKA 3WNMA 3SUVA 4BCEA 1JIBA 1UG6A 3AIRA 3POHA 4UQDA 1PZ2A 3SCUA 2J74A 3CHDA 1JL8A 4ZEPA 2UY2A 4W84A 1E6SM 3CH9A 1XHGA 2BV9A 3AJ7A 2QPUA 1H1NA 1HNYA 4PYSA 5FCZA 2JIEA 3CGTA 3ARRA 4U5KA 1E40A 4H8HA 1W9UA 2BHUA 4N0RA 1J0JA 2GK1A 2ZIDA 2VVNA 1VIWA 3K8KA 1W3HA 2CCRA 3SCOA 1DWIM 4D71A 3AIWA 1LL4A 5A8NA 4X9YA 5D9NA 4XV0A 5LA2A 2E8ZA 2EPLX 4LX4A 2ZE0A 2WZEA 4WF7A 1TUXA 2CKRA 1MFVA 1LG1A 1W2VA 3NDZA 4P8UA 8CGTA 4ML4A 4Q22A 2WWCA 1OM0A 1BSIA 4FMVA 5GNYA 4DWSA 4Z2KA 1FH9A 4WSKA 3ZSTA 1UR4A 2IXVA 1EOKA 3DHPA 1R7AA 1JYNA 3CO4A 2WMFA 2NT1A 3SUTA 1OINA 5IHRA 5ABGA 5M5DA 4D72A 5I2UA 1UZ1A 2FH8A 2AAAA 2VTFA 1E4IA 3FHAA 5I77A 4KWUA 1TMQA 2G3IA 2VO5A 1V02E 3A4AA 3ZT5A 3PTMA 3BSGA 1S46A 4JFTA 3WEMA 4EK7A 3N17A 3MSDA 4TVUA 3D5HA 4J3SA 3CZKA 1K9EA 2EPNA 3CHCA 3VD9A 1UR8A 1VJZA 3VIMA 3ZSSA 3I3DA 3WH9A 4CD6A 4MAZA 4PMOA 1CXEA 1UA3A 2J7HA 3FXYA 5I78A 2CETA 4ACYA 4QDMA 5A69A 3WSUA 2BY0A 2J8GA 1XYFA 5A8QA 5DEZA 3ZMRA 3FW6A 2VC9A 1WE5A 4TVCA 3DYPA 3WL1A 3QOKA 1GCYA 3OBAA 3NIYA 3AXHA 2E40A 4HPGA 1B3WA 4Q7NA 2WVVB 3EDJA 3WDHA 2PC8A 3AS0A 1CXIA 4JCLA 3AQUA 4GKLA 4HPHA 1HKIA 5EBAA 2OSWA 2WXDM 2D3NA 1KXQA 4AMCA 4UFHA 4IM4A 3PZOA 4ATLA 1HN1A 4UFIA 2OYLA 4R5EA 1OGSA 4CCDA 2JALA 1E4MM 1MWOA 2V3EA 3VIOA 3VX1A 1QHPA 3AMCA 2J77A 2GSJA 3ARUA 4H41A 3WD0A 3WH8A 1GOQA 1U33A 1PIFA 3M6DA 2CEQA 3IANA 5FOOA 5C70A 3MKKA 1G9HA 1HVQA 2JF7A 1TFVA 4L4OA 3AIBA 1QNPA 1R85A 3W29A 1GW1A 3VD4A 1IT0A 1MQRA 5BXTA 1MQPA 4LPCA 3SEPA 3AIVA 3N13A 3VD5A 5I24A 1KBKA 2ZX6A 4PCTA 3PZGA 4R27A 1E0VA 4UTFA 5CGMA 4PMDA 3UERA 5E09A 3WQ8A 1V6XA 1GOKA 1E6XM 1W1VA 1UA7A 1ISZA 2XTKA 4W89A 4PMZA 5I5RA 3BGAA 1JZ7A 3AIUA 1DWHM 5HDRA 2F2HA 1X1NA 1GHRA 3TOPA 2XM2A 4JFSA 2XFRA 1PJ9A 1H11A 2VR5A 4LYRA 4N42A 3MSGA 1ZBVA 2WSKA 1PPIA 2WMKA 1J12A 4IPNB 5A8MA 5DT7A 3ZJ7A 4HMCA 1CLXA 1PX3A 3O6AA 5E70A 1HL9A 4P7QA 3VD3A 4HOXA 3KZSA 2XG9A 2VRKA 5I79A 1AVAA 3K8MA 3VD7A 2B31A 1Q6DA 3AICA 1ECEA 4AIOA 3K46A 5AC5A 1EXPA 3AHZA 1TCMA 1UWTA 1KBBA 1WDSA 2CBIA 1FHLA 1CNVA 4J3WA 4LYQA 5M03A 4KH2A 2WHKA 1EDQA 3U5UA 1VFOA 4ZXLA 1TVPA 4WLCA 3VIPA 1D2KA 3A6OA 4K68A 4OKDA 3N04A 3CUGA 1TZ7A 5A95A 3SUWA 1C91A 2CXGA 5IFPA 4TUFA 4ZXOA 4A4AA 1F4AA 5A6AA 1UWQA 3OZOA 3VMPA 1E72M 5HXMA 1CYGA 4FF5A 5A1AA 4QCEA 3L4YA 4W85A 3UESA 1NQ6A 4GXPA 1J18A 4W93A 2ZX5A 4D6JA 4V27A 4CD8A 3BAWA 4JHZA 1E5JA 4CN4A 1QI2A 3TONA 1UD3A 3WFLA 3SCPA 3IK2A 1M01A 3WUFA 2DGAA 2WZHA 1J0IA 1CGVA 1X6NA 1NOUA 2WMGA 2G3NA 2X0YA 4LXFA 3EYPA 2ZUUA 2W62A 1FFQA 5JBDA 5DO8A 1HKMA 3AS1A 3UR8A 1ITCA 2YLAA 3SCWA 3UG5A 5BWFA 4C90A 1WZKA 3WQWA 1PAMA 3PZ9A 3WY1A 3MUAA 4HU0A 5A6BA 3BSHA 2E9BA 4U33A 1ZB5A 1E73M 1SFSA 3L2LA 2XWEA 5AY7A 1GOOA 4P7OA 1PX4A 2CNCA 1MFUA 4CCCA 1JZ4A 2X0HA 1UH4A 3QHOA 3OZPA 3AXXA 4F9JA 4F9DA 3VDBA 4AC1X 1B31A 2ZOXA 4M82A 2XIIA 3RPMA 3VPLA 1G5AA 2ZUSA 2DQXA 4MADA 4PSRA 1W3JA 1XV8A 4HTYA 4PMNA 4W88A 1O6IA 1V3HA 2IUZA 3UETA 4AZ7A 1GPFA 4HOWA 1JI1A 1CGTA 4URIA 3W6LA 1WDPA 1CEOA 1NWSA 1HIZA 1UR2A 2XJ7A 3MANA 1CIUA 5HPCA 1GVYA 1VFFA 3F5JA 1E9LA 4GZIA 1TA3A 3WD3A 1P6WA 4H7VA 4AZGA 5D9PA 4MDOA 1FFRA 2V3DA 5A94A 4W8AA 3W25A 1R87A 1V0LA 2V3FA 1N82A 2YBTA 1QHZA 1JZ6A 4ATWA 1IZJA 3IJ9A 4PTXA 3OGSA 1PX8A 2WW5A 3AS2A 4PSPA 1TR1A 1J0HA 1QOXA 1LL7A 1XH0A 2VZVA 1CZ1A 3RM4A 2EXOA 1H3GA 2BY3A 1JD9A 2GK1B 1JI2A 3CMJA 4QFUA 1CGUA 3WEOA 3AHXA 1I1XA 1ZL1A 1CGXA 3MMDA 1W9VA 2OSXA 1J0ZA 3PZIA 3BAYA 3WQ4A 3ZT7A 1WNOA 5CSYA 1EA9C 4DWSB 3GH4A 3LPPA 1CWYA 1BG4A 1BVZA 4WKFA 3WELA 4BF7A 2J75A 4P7NA 3WQVA 1C93A 2X1IA 3CHFA 2UWFA 3GBDA 1B3XA 4GQRA 3WF1A 4CD7A 1WZAA 3KWXA 4AZIA 3NUKA 5A6KA 1MVYA 4DUXA 3CZJA 3UCQA 2D20A 3VIFA 2WSPA 1JZ8A 3SCSA 1NP0A 2D24A 4AZCA 1V02A 1AMYA 2D0GA 1KCLA 2DT0A 2YJQA 3CZEA 2VX4A 4M1RA 2WMHA 3AMDA 1VB9A 1SYTA 3WH7A 3CTTA 2BS9A 5E0FA 3GBEA 2JEQA 2A3HA 2BVTA 4V28A 2YL6A 1MW1A 3F5LA 1JAEA 4W7UA 4F8XA 3AYSA 4AZ5A 1GORA 2QHAA 1XRVA 1WZLA 4P8WA 1EO7A 1E55A 1UQZA 1PBGA 4BQ4A 4ZFMA 2G3MA 1UD8A 3PHAA 5D8ZA 2VQTA 5M3WA 4HOZA 3DECA 3M46A 4AZBA 4MDPA 3CIVA 1Z32X 4Z2LA 4M8UA 3HJEA 5CJ5A 9CGTA 2O9TA 1MQQA 2BHYA 4NRSA 3RJXA 1PZ3A 3EMCA 3WENA 3VGEA 3WNPA 4D1JA 4A3HA 1SR0A 4JFWA 1YHTA 2FGZA 1BHGA 2ZUTA 1KQYA 1UYQA 4PTVA 1H2JA 2C8NA 3AIEA 4F66A 5LA1A 1H4PA 1WZMA 3QOMA 1BLIA 1JGIA 4EE9A 4W8LA 1ISWA 4Z2HA 1OGGA 3FN9A 2W61A 4PUDA 1US2A 2WVTA 1UKSA 4W5ZA 2CYGA 5I23A 1WB0A 5E6YA 3CUHA 2NSXA 3VIJA 2Y5EA 3LPFA 2CBUA 4WIWA 2DSZA 4IUGA 3KE0A 5A2BA 1JZ3A 2FDMA 3FHQA 2XVKA 3BMVA 3VIGA 5KZ6A 3TA9A 3U57A 3PBGA 4FLSA 1E1EA 3RILA 3WDQA 3AHYA 2ZXBA 2OYMA 2J7DA 1CXLA 4OBRA 1MXGA 1MXDA 1RH9A 1GOWA 3AHTA 3BCFA 1EIBA 2ZWZA 4NF7A 2ZX7A 3NJ3A 4TTUA 1MW0A 1SMDA 4PRWA 1D7FA 3NSNA 4QLKA 3NSMA 3BH4A 5HNNA 4KGLA 2FH6A 3U5YA 4D6EA 1L0PA 2GJRA 4JFVA 3AZSA 1Q6CA 3M07A 3PZUA 4W5UA 3AZRA 4AEFA 3U7BA 2PWHA 1LWJA 2QF8A 2JIWA 3ARVA 4NZCA 1MW2A 2ZUVA 4HU8A 4TOQA 2ZX8A 3ALGA 2V5CA 1E6ZA 1TG7A 4W8BA 2J7BA 2J62A 4MTVA 1KFWA 5A3HA 3GH7A 2GUYA 1KCKA 2DSUA 3OGRA 5BRPA 4CD5A 3ZR6A 1J0YA 2FGLA 3FAWA 4AD0A 1ESWA 3SIMA 2WMIA 1E5NA 3W53A 2W91A 2EBNA 2J79A 3A3HA 2VJXA 2DIJA 4JIEA 3AIQA 1MYRA 4GI8A 1DHKA 3N12A 2OLHA 2YL8A 2NW0A 4OOZA 1DTUA 4YPJA 3ZOAA 1J9YA 3CUJA 4L4PA 1OSEA 3WDRA 2PF0A 2W66A 3VDAA 4TVDA 4TX8A 4EAMA 3WIJA 1UWSA 2QMJA 1F4HA 2GJPA 2YA0A 1VBUA 5FD0A 4Z2IA 1R8LA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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Chain Sequence

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