3RO8 | Genus

Total Genus 123

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	123
sequence length	304
structure length	304
Chain Sequence	SHMAPLKDVYKNDFLIGNAISAEDLEGTRLELLKMHHDVVTAGNAMKPDALQPTKGNFTFTAADAMIDKVLAEGMKMHGHVLVWHQQSPAWLNTKKDDNNNTVPLGRDEALDNLRTHIQTVMKHFGNKVISWDVVNEAMNDNPSNPADYKASLRQTPWYQAIGSDYVEQAFLAAREVLDENPSWNIKLYYNDYNEDNQNKATAIYNMVKDINDRYAAAHNGKLLIDGVGMQGHYNINTNPDNVKLSLEKFISLGVEVSVSELDVTAGNNYTLPENLAVGQAYLYAQLFKLYKEHADHIARVTFW

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Novel structural features of xylanase A1 from Paenibacillus sp. JDR-2. pubmed doi rcsb
molecule tags	Hydrolase
source organism	Paenibacillus sp.
molecule keywords	Endo-1,4-beta-xylanase
total genus	123
structure length	304
sequence length	304
chains with identical sequence	B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature	ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date	2011-04-25

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00331	Glyco_hydro_10	Glycosyl hydrolase family 10

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	3ro8A00

2VC9A 2D3LA 1FFQA 1OD0A 4UZUA 3POCA 2V5CA 1CECA 4JFTA 3UESA 3VDHA 1P6WA 2VVNA 3CZJA 1WDRA 1BGGA 4PMQA 3WH6A 4D6IA 3N12A 2XJ7A 3AZTA 4U5KA 4IM4A 4R5EA 4GO9A 4TX8A 4AZ6A 1HL9A 4W89A 1HX0A 3VILA 1W3JA 4DWSD 2XSAA 3AMGA 1K6AA 5BWFA 4GXPA 3SCQA 2ZX5A 4ACZB 3W81A 2E9BA 3QOKA 2C8NA 1QI3A 1KGXA 4JFUA 2VJXA 3L4YA 3ZMRA 1UWRA 2BXZA 2WKGA 5IDIA 4AZHA 1UHVA 2VZSA 3ARTA 4A4AA 3GM8A 2ZXAA 5E70A 4P7NA 4EE9A 3PTQA 3WY1A 2B31A 3F5KA 1E6XM 3GZAA 3BC9A 1H2JA 3WF1A 2OSWA 5CG0A 2X0HA 3A47A 2E0PA 3ZSSA 4U3CA 3ZIZA 1UA7A 3WMBA 5EMYA 2WANA 1CEOA 5I78A 1FFRA 2XVLA 4KWUA 2WKLA 1GHSA 5D9OA 1HP5A 3AS2A 1C91A 3VGHA 3DYOA 3RCNA 3WDRA 3WENA 3W28A 1V3JA 4ACZA 3WQVA 2WMIB 4D6DA 1V02E 2BVYA 5E0FA 1QNPA 3KWXA 1KBBA 1XSIA 1XH0A 4W8LA 4J3WA 2BFGA 2J7FA 1KBKA 2CHNA 3F4VA 1JXJA 3AYRA 1E4LA 3BAXA 4D72A 3ZT6A 1XH2A 2WAGA 2DGAA 4IPNB 1QOXA 5DMYA 1V3KA 4JFWA 1PBGA 2YDSA 3AIQA 1X6LA 4WF7A 1ZJBA 2VNCA 1JDCA 1VJZA 3I3EA 4BS0A 3BSHA 5KEZA 4W5ZA 4WLCA 3PZQA 4PMNA 1H1NA 1VAHA 4UQAA 3UCQA 1EHNA 1V02A 5IFPA 3W24A 1E3XA 3SCTA 1MWOA 4MB5A 2WMIA 1UD5A 1C3FA 3BAWA 4AYSA 2WPGA 1KR1A 3WFZA 1WKYA 3B9DA 4GKLA 8CGTA 2CBJA 3VVGA 5D9NA 4BF7A 1EDGA 3GXFA 2W4XA 1QW9A 2W67A 1GQIA 4V28A 4HTYA 2BY0A 2VR5A 3PZVA 4HOXA 3WD4A 1R7AA 1I75A 3ALGA 3UR7A 3EDJA 4DWSC 1JZ4A 3O2LA 5JIWA 1ZB5A 2V3GA 4W7VA 3UG3A 2HVMA 3VD5A 1W32A 4ATLA 4P7QA 5F7UA 4NSBA 1VBRA 4J3XA 2PC8A 1EXPA 1XV8A 3VIPA 3VIHA 1LJYA 3AHXA 5FL1A 8A3HA 2YA1A 2ZICA 1YQ2A 3AIRA 2O9PA 1LLOA 2VMFA 1ZBWA 3OA5A 1AQ0A 3WNPA 2NSXA 1GOOA 1B3YA 1E4IA 4HA4A 4N42A 1H0IA 5JIPA 4Y7EA 3ZQ9A 1E40A 2ZWZA 2EQDA 3FAXA 3MUIA 4AD0A 3EDDA 4W5UA 2PWDA 2QMKA 2VX7A 2Y5EA 1W9XA 1CXIA 1I1XA 1EQCA 1H5VA 1WNOA 4MADA 4MPKA 4BQ2A 1IZKA 1IZJA 4V27A 3WF2A 1I1WA 3CMGA 3NSNA 3MMUA 4K68A 3VNYA 1FA2A 3CPUA 1E1EA 1V08A 1PZ3A 4D1IA 1XHGA 2CCRA 3MV11 3AIUA 1AQHA 4J3UA 2E40A 3AIVA 4A3HA 4D1JA 1S46A 3NDZA 2VVSA 2D20A 3CHFA 4OBRA 1CGUA 3LPGA 5CLTA 4JL1A 2FHBA 1ISZA 3G6MA 3WUGA 1BTCA 4HU0A 3UG5A 5I6SA 5CPTA 1AQMA 3M7SA 2W62A 2CITA 1CXEA 4JAWA 1GUVA 2J7CA 2DSVA 3BCDA 3WF4A 2MANA 2YBTA 1OIFA 4UQEA 2A3CA 1HP4A 3AMCA 3DHUA 4JKLA 1UOKA 5I23A 3SCNA 2CIPA 1VRXA 2ZUUA 2Y8VA 2V3FA 3AOFA 4N0RA 1CTNA 2WHLA 2JE8A 2WMHA 4CN6A 3ZSTA 1OIMA 1PEZA 4HZ6A 4CCCA 5BXTA 5A8NA 3VGEA 2V38A 5A6LA 4BQ3A 1V0NA 1NOFA 3EDEA 4YN5A 5GNZA 1E72M 1R8LA 3APGA 4PMXA 4RE3A 1H3GA 3RM4A 2WHMA 3WD0A 4MB4A 4S3JA 1Z32X 3VX0A 5A2AA 1UKTA 1WAWA 4QDMA 5ABFB 1ZU8A 4F9DA 4Z2GA 3BLKA 5I3DA 4Z2IA 3U7BA 1JZ5A 3RJXA 2EO7A 3GXIA 5HPCA 5HNNA 5M5DA 4OKDA 4P8WA 5ABHA 3B9EA 3DHPA 1J0YA 1EQPA 4WK9A 4QLJA 1XD1A 3TTOA 1BSIA 2VX5A 3GXDA 4QLLA 3SIMA 4CD4A 2WW5A 1HXJA 2PBOA 1HJWA 2YA0A 1J0JA 1WP6A 1OGSA 3MANA 1XYFA 2J78A 1LL4A 4AZGA 3TTQA 3T2OA 4HPGA 3BAIA 2OYLA 3ARVA 3UETA 1GORA 1TR1A 2XWEA 3K8LA 5I79A 1UD3A 2XUCA 5ABFA 2OSYA 1ZS2A 4GINA 2DH3A 1CLXA 4UQ9A 1EH9A 3TTYA 1NWUA 1FHDA 1UD2A 1QI2A 4TXEA 1CGXA 4J28A 1UWIA 3UEQA 4NI3A 5FKYA 1CXLA 4FLQA 3K4DA 4PUDA 4UQBA 4H41A 2PBGA 2RGMA 3RO8A 4JKKA 1UD8A 5LA0A 1N82A 2JALA 4GI9A 2CBIA 1JD9A 3BCFA 3AI0A 4J7RA 2NT1A 1KCKA 3M6DA 7A3HA 2QPUA 4UOZA 2DSZA 2G3JA 2WWCA 3PTKA 1MFVA 1GONA 3HJEA 5C8BB 3GNRA 2JIEA 3ARYA 1BPLB 3CHCA 4XX6A 2ZUTA 1FP8A 4AD1A 4QCFA 3A4XA 2BY3A 1UZ4A 4J3TA 2OYKA 1ISWA 3VO0A 4ACYA 3GH5A 4PCSA 3AZRA 4CUCA 5BCAA 4KMQA 5BXRA 4FK9A 4J27A 5A6BD 4CD8A 3WFLA 3PBGA 2ZX6A 2YJQA 3B9AA 3VTRA 1OT2A 1CLVA 3VGGA 2WC7A 4JCLA 4E4PA 4EK7A 1M53A 2J7HA 3W6MA 4XB3A 1E15A 1E4NA 1QPKA 1QW8A 1TG7A 2WVSA 4OUEA 4HOZA 2W61A 2WCGA 4LPCA 1SMAA 1CGVA 1UH3A 1MW3A 1HL8A 3L4XA 3GNOA 3WDPP 1V6WA 4GI6A 1W9DM 3ARRA 4MDPA 2NT0A 3L4ZA 5DT7A 1MQPA 2ZE0A 2O9OA 2YLAA 5IHRA 4CD7A 3CMJA 1UWUA 3CZKA 1JZ7A 5C70A 1UG6A 3WBAA 2WCSA 2WLYA 3II1A 4X0NA 1KXHA 5E9AA 3AQUA 1BG9A 1GVIA 3WNNA 1FH9A 1LF1A 3ZT7A 2J7GA 4MNMA 2OLHA 3WH8A 5D4YA 3HN3A 1H09A 1HJQA 1UR1A 2DIJA 2D1ZA 4JCMA 4W87A 5A2CA 1Q6CA 1U2YA 3N11A 3QOMA 4ATWA 1MXDA 3AS3A 1AVAA 2WMKA 2DT3A 5I77A 3D5HA 2DSWA 2RGLA 4ATDA 1PX8A 1JI2A 5CSUA 1F4HA 2AAAA 2EBNA 3SUTA 1JL8A 1JZ2A 3OIHA 2OWCA 2YDRA 1DWJM 4AD4A 3OG2A 2GFTA 2VTFA 4LGXA 3SCUA 3VGFA 4D6GA 1G9HA 1V03A 2VCBA 2BHYA 3WF3A 1B9ZA 2IXUA 4AC1X 2WBGA 2G3IA 3VD3A 1BVNP 3LPPA 2ESCA 5AYIA 2JIWA 4CU8A 3W38A 1DWFM 2PI6A 1OCQA 4AD2A 3AROA 3SUUA 4CGTA 2BHUA 4PTXA 1UH2A 1CENA 2VX4A 3ZM8A 3TTSA 4FLRA 4F9JA 3L4UA 1W9BM 2A3EA 3AFBA 3ZJ8A 1PIFA 2J79A 1VFFA 3W82A 4PMRA 1HN1A 5LA2A 1H11A 2XVKA 1RD6A 1B0IA 4YPJA 2HISA 1KWGA 3FNDA 3K1DA 3MMWA 1XD0A 1JF6A 3SCPA 2WXDM 1B30A 4D6CA 1O6IA 3OLIA 1G1YA 3MS8A 2WMGA 4AXNA 2ZUMA 4U3AA 5GPRA 4JKMA 1JIBA 3OGVA 2BXYA 2VCAA 4BZYA 1O7AA 1SFSA 1XH1A 2VZOA 3AISA 2WM0A 5GNXA 1J9YA 3VGDA 3ZO9A 2WSPA 3OLGA 4UOQA 1GQLA 4DUXA 5AC5A 2XIBA 2OWXA 1OSEA 4GO8A 3NIYA 4MJ2A 3VIGA 2GSJA 5AC4A 4JIEA 3FXYA 5A8QA 1ODUA 2X1IA 4CVWA 5AYBA 4AWEA 3A4WA 2J47A 1V6YA 1TA3B 3OZOA 1X1NA 2XM2A 4H04A 3PZ9A 3AXXA 4EKJA 1CPUA 4RE4A 2ZOXA 5FCZA 1ECEA 3WNOA 3WEOA 1EA9C 2XGIA 3IJ9A 1JNEA 3WD2A 1TFVA 1L8NA 1UD6A 2J7BA 2GUYA 1ESWA 1W9PA 4WJXA 2YKKA 3FY1A 3AHYA 1E70M 3GXMA 1NP2A 4U31A 3CUFA 1C7SA 1MW1A 1HKIA 7CGTA 4KRTA 3K8KA 5I0DA 1B1YA 2D2OA 1JZ8A 1FP9A 1TVNA 1UWTA 2W91A 3SCRA 2WZIA 2VQTA 1E71M 3IAQA 1C90A 2WK2A 3ARZA 3T09A 1V3MA 4H8UA 4RE2A 4UFJA 4U2YA 2XFFA 2VO5A 4HA1A 1GCYA 1EO7A 3M07A 4PMDA 1EDQA 1C92A 1TA3A 5CPSA 4HZ8A 3NDYA 1PPIA 1DWHM 2D23A 2E8YA 4QAWA 4JHZA 2XM1A 2FDMA 2XSBA 1E73M 1WDSA 2WC3A 2VRQA 5E0CA 4MJ4A 4WSKA 3SCWA 3UG4A 3EMQA 1ODZA 1CIUA 2X8RA 3WD1A 3THDA 1CGTA 1JI1A 3GBEA 1TE1A 2G8ZA 4RL3A 1QNQA 4IUGA 2DPEA 3HMCA 3KEHA 2VOTA 3CZLA 4HP5A 1EO5A 4JL2A 4W7WA 2CBUA 4W84A 5BXSA 4LYPA 1LL6A 4U2ZA 4F8XA 5A6KA 3MUY1 2JEQA 1R87A 5DF0A 1BHGA 1HJSA 3F5JA 1MVYA 3SCOA 3UR8A 3BXWA 2WWDA 4LXFA 1XSKA 1ZBKA 3CHDA 1HT6A 1GOMA 1UKPA 4GIAA 2YA2A 3AXIA 1J0HA 4V2XA 2FGLA 4UZSA 3EDFA 1VIWA 4P8XA 3G6LA 1Q6GA 1HJVA 1JD7A 5A6AA 2BY2A 3ZR5A 2G3MA 1XCXA 2XVGA 4M82A 5DFAA 3D3AA 2XTKA 4JZ5A 3SUVA 2PWFA 4MAVA 3WH5A 4ZENA 1E9LA 4B3KA 2XG9A 3FW6A 2GJXB 1QNOA 4IISA 3WF0A 3CLWA 1C8XA 2WNWA 1NARA 3AHZA 4BCEA 1BF2A 5BRPA 3GBDA 3BAYA 3CO4A 1OGGA 5HBFA 5JBDA 4CD6A 3VD4A 5C71A 4W93A 4IPLA 2E9LA 3N18A 4TVCA 1E56A 2GVYA 1J12A 2YDQA 1KR0A 3LMYA 1BAGA 1UA3A 3B8SA 1CNVA 1R86A 2YL5A 1XSJA 1NOWA 4GQRA 1DHKA 3K4AA 1JYNA 4AIEA 1Q6DA 4BA0A 3S6TA 3JUGA 3AJ7A 3IK2A 1TZ7A 3AIBA 2GJXA 5CPQA 3RM9A 5M3WA 3IJ7A 2WBKA 1GHRA 1BYDA 4CKQA 4XUYA 1UR0A 2EJ1A 3EYPA 4XZBA 1V3LA 3WL1A 4Q22A 2QV4A 2GDVA 3VU2A 2BY1A 1ITCA 5CJ5A 3I3BA 3DYMA 2Q8XA 5E6ZA 1B3XA 3K46A 1JZ6A 3N15A 3QHNA 3CZEA 1J11A 1NH6A 1DTUA 4UFMA 2PB1A 1DWGM 3NCOA 1US3A 1BGAA 1OBAA 4D71A 2V5DA 4EAMA 3M46A 5AY7A 1E6QM 2EPOA 3ARUA 3A6OA 1CZ1A 4AZIA 5A8PA 3WN6A 2FH6A 1B3WA 3AIWA 1EDTA 1JNDA 4D6HA 1J0ZA 1LWJA 1DEDA 2A3BA 4PUEA 1PZ2A 1JDAA 2CETA 3SCSA 2DH2A 5ECUA 1VF8A 4W8BA 1E3ZA 1D3CA 1M7XA 1V0LA 1RH9A 3VMOA 3T2QA 3SURA 1M03A 3U5YA 3WEZA 5LYRA 1Q6FA 1MXGA 3WQWA 2EPKX 1G94A 2VURA 3UERA 2E3ZA 2WVUA 3AMLA 2DDXA 1OGBA 1H41A 4WKAA 4L4PA 1EHAA 5ABGA 5I2UA 5EB8A 2EEXA 3CUIA 3WH7A 1OINA 1KCLA 1JYVA 1XYZA 2JF6A 3KE0A 1E5JA 9CGTA 4ZXLA 3W4RA 1WZMA 3RILA 4MB3A 3CUGA 3ECQA 4DUWA 3I3DA 3AMKA 2BHZA 3VPLA 1QI5A 3WIJA 2D0HA 3AHVA 1NOUA 3POHA 2C7FA 1UR4A 1CGWA 4PN2A 4AD3A 1BVZA 1QBBA 4L4OA 1MQRA 4CCEA 1QBAA 2VRKA 2DT2A 1B3ZA 2X2YA 4FF5A 4P7OA 3AIEA 4AW7A 4TX6A 1KXTA 3SEPA 2DIEA 4Z2KA 4QP0A 5BXPA 1UKSA 2WHKA 1JYWA 2VUYA 2WYSA 4OBSA 2W66A 4HA3A 4C7GA 3NSMA 3KL5A 1E6NA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1BXC A;  5F2L A;  1LQ2 A;  2YIH A;  4S3K A;  4CNN A;  2CWX A;  3BMV A;  4AQL A;  1P0K A;  3DBN A;  4KEU A;  1VEM A;  3KDN A;  1SJC A;  3EWU A;  4K1W A;  2YL6 A;  1OD8 A;  2FHF A;  3SY5 A;  3P74 A;  2QGY A;  2PWE A;  1JFX A;  3GR4 A;  2D0G A;  2WMF A;  5EPD A;  4BWL C;  5E9X A;  2FKP A;  1OQF A;  3GU2 A;  1O5Q A;  3FV9 A;  3R1Z A;  2GJN A;  1DQW A;  1VB9 A;  1OX5 A;  5CPO A;  2WM1 A;  4JTQ A;  2I9U A;  2VP8 A;  1YMY A;  3RLH A;  3VMP A;  4NG3 A;  1GJW A;  4LV9 A;  3O9N A;  3NJ3 A;  4R7W A;  4NX5 A;  1V8E A;  5KIT A;  3W7E A;  4Q7N A;  4K8H A;  1UZ1 A;  3GNP A;  2FH8 A;  2FZ8 A;  2FPV A;  4B9Z A;  4NZ5 A;  2HCV A;  1PCW A;  1MI3 A;  3ZZ1 A;  1TPU A;  2CZF A;  3H24 A;  3E2Q A;  2X09 A;  1RY8 A;  3R7M A;  1DP0 A;  2OQY A;  3M64 A;  4B15 A;  4GUH A;  1TV5 A;  1WX0 A;  5E09 A;  2JK2 A;  2Z7G A;  1NF7 A;  3W7H A;  4QS5 A;  4QDP A;  2PF8 A;  2OQL A;  1R3Q A;  3RHG A;  4M6U A;  3WBX A;  1V0K A;  4IJR A;  3G77 A;  4MB1 A;  4HK5 A;  3EB3 A;  4ADU A;  4C65 A;  4CQA A;  3TA9 A;  4ZXO A;  3DH7 A;  4IXH A; 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3RO8A

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Chord Diagram

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