3RPTA

Crystal structure of the anti-hiv b12 scaffold protein
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
276
structure length
253
Chain Sequence
DSPFYVNPNMSSAEWVRNNPNDPRTPVIRDRIASVPQGTWHNQHQITGQVDALMSAAQAAGKIPILVVNPFEEGKQWIDEFAAGLKNRPAYIIVDPGAWRFAAYAGKALKAGSSQARIYFDAGHSAWHSPAQMAAALQRADISNSAHGIATNTSNYRWTADEVAYAKAVLSAIGNPSLRAVIDTSRNGNGPAGNESCDPSGRAIGTPSTTNTGDPMIDAFLWIKLPGEADGCIAGAGQFVPQAAYEMAIAALE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endoglucanase E-2
publication title Computation-guided backbone grafting of a discontinuous motif onto a protein scaffold.
pubmed doi rcsb
source organism Thermobifida fusca
total genus 94
structure length 253
sequence length 276
chains with identical sequence X
ec nomenclature ec 3.2.1.4: Cellulase.
pdb deposition date 2011-04-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01341 Glyco_hydro_6 Glycosyl hydrolases family 6
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.40 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel 1, 4-beta cellobiohydrolase 3rptA00
4AVOA 3VOFA 4B4HA 2BOGX 2BODX 3ABXA 3A64A 4B4FA 3VOGA 2BVWA 1HGYA 1QK0A 4I5RA 4AVNA 3RPTA 1UOZA 1GZ1A 1OC7A 1OC5A 3RU8X 1UP3A 1OCJA 3VOJA 1UP2A 4AX7A 1OCNA 2BOFX 4I5UA 1CB2A 1UP0A 2BOEX 1OC6A 3VOHA 4AX6A 1DYSA 1QK2A 4AU0A 1HGWA 1QJWA 1TMLA 3A9BA 4A05A 1BVWA 3VOIA 1OCBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ADOA 3TSMA 1NQ6A 1EIXA 2NXIA 2CHNA 4S3AA 4MWAC 4DJFA 1AD1A 4GKTA 3VIIA 4TMBA 1NTHA 3UG5A 3ZJ7A 4KCWA 3C5QA 1WZMA 4CN1A 1U5JA 4WJEA 1JPHA 2EG6A 2PWUA 2V82A 3VOIA 2BY2A 1CXIA 3HQNA 1TV8A 3RCYA 2YJQA 1UUMA 2C79A 4V1YA 3ARZA 4XBJA 2BOFX 2EHHA 3M64A 4AH7A 3CB3A 4KGJA 3URNA 4B2DD 5XINA 2CITA 1SMDA 1NELA 1V51A 2PRLA 1EWEA 3A21A 3VD9A 3CQJA 1IEWA 1GYNA 3C0SA 3BANA 4NX0A 1JCMP 1QPQA 2YKKA 3R0KA 2WVVA 3MMWA 4BZYA 4QROA 4A3QA 5M03A 3S6TA 1XIIA 1E1EA 4LWWA 1BWLA 1QNPA 1O5KA 1F5ZA 2ZBTA 4J3VA 3ITCA 4LUTA 1XD1A 2XJ7A 2WVVB 1Q7ZA 3W1PA 3AS3A 2PU1A 1WCGA 5T8GA 1KM5A 4XSMA 3WSUA 4XZBA 4LUTB 2KAUC 2VC6A 2A6NA 5GQBA 1R2SA 4FLRA 4JGDA 4DJEC 4M6UA 2YDAA 3L0GA 3CPUA 5RUBA 2XGIA 2BASA 4XZMX 3R6IA 1MO0A 2WZTA 4UC5A 5D9NA 3W81A 3OGRA 3QQWA 2DEPA 3FY1A 3EOOA 1OC7A 4GZJA 2GDQA 1UP2A 3TUUA 2WZEA 3OLIA 5IDIA 3R79A 5ECUA 3CM4A 2Y24A 3T0CA 2OPJA 8A3HA 4I7WA 2POZA 4B15A 5I3IA 4RJEA 5JVLA 2D0GA 2OLSA 3V0SA 3QVQA 5DY2A 1T99A 2VZVA 3TW9A 3VKKA 4LT9A 3BPWA 1XV8A 4LVGA 2WMJA 1W1A1 3DX5A 2X1TA 1SZRA 2OX4A 3NUKA 1IT7A 4ATWA 4FPSA 4KW2A 1I8JA 3HF3A 3PNZA 5CC6A 1OFAA 4KT2A 3W1UA 3HPSA 3BK0A 1TWDA 5B7ZA 1VIZA 1DE6A 1VENA 4Q7NA 2IKIA 3TQ0A 1GGOA 5D33A 1LUCA 3RDKA 2PD9A 5CGQA 4MKVA 1OBAA 1S5NA 2YBVA 5LIWX 3WG6A 2OSXA 1GT8A 3INPA 3P62A 4V27A 1LUCB 3DYOA 1ECQA 4N9BA 2WHLA 5I03A 3TVAA 2P3EA 4KIRA 3KVKA 4FLQA 4U33A 3NYDA 3KXQA 1GVIA 1GCYA 2XN0A 3RRXA 4FZIA 3DFSA 1V3LA 2Q8LA 2VEIA 4GQ0A 3TTSA 2BB0A 1A5BA 3AS1A 3DBPA 3S1WA 2XSXA 3I6RA 1EJ7L 2J7DA 3ITVA 3BAXA 2ZIDA 2X7WA 2H3BA 5JIPA 4MNKA 4V33A 5A8PA 1G94A 1XRSA 3BAJA 4G8TA 2A4AA 3KRZA 2ISDA 4PBFA 1VIWA 1EPXA 1TPDA 2NLIA 4JFUA 1H5VA 2QHAA 2XIIA 1MNSA 1OFEA 3ABXA 1VP5A 4YS1A 3UWEA 4ZTXA 4C6KA 3OLEA 1M41A 1TKKA 2DV0A 4ZEPA 3TKFA 1AK5A 4Z0SA 2RGLA 2PGRA 2OQHA 3N25A 2D73A 2VURA 5ABGA 4W87A 3CYVA 3CHDA 3PZGA 3NL6A 4DBDA 1IHIA 4BA0A 4LANA 1PZ0A 3V18A 5D02A 4M1RA 2PDNA 2V67A 5KINA 4DBUA 1FWTA 2V68A 8XIAA 2XWEA 5K4ZA 3H2OA 4FXJA 4D1IA 1J0IA 1HJXA 1ZCOA 1OFDA 3AROA 3IIXA 2NWSA 3CUZA 4BJHA 3C52A 4I9AA 1R9YA 4GFSA 2XM1A 4GXMA 3WLTA 3CWNA 4R5EA 1SR9A 4LB3A 1CGUA 3USBA 1FKXA 3VNYA 1RD6A 4DUVA 2Q01A 3ARTA 3V4BA 1MWOA 2WHMA 2TAAA 3NZRA 1JAKA 3EA2A 1V6YA 3QYQA 2RH9A 2G37A 1SW0A 3N15A 3JRKA 3GNPA 3SEPA 3HN3A 4ECLA 3DENA 3WQOA 1JZ5A 4R7OA 1FWRA 4GVFA 4L5ZA 5JIWA 3CV7A 7PTDA 1UR3M 1H1ZA 1ITQA 1GQIA 1TZ9A 4WY0B 3PB0A 3CO4A 2PDWA 4ACZB 3I68A 2VR2A 1HG3A 4IL2A 2P3ZA 1CGVA 3WL1A 4FAMA 2BHZA 3P93A 3U3HA 3UT0A 3TQPA 1XKYA 3II1A 2QUTA 2C18A 3OG2A 1GONA 1WP6A 4LVDA 3GE7A 1HKIA 2NUXA 1H2JA 1JUBA 5KSWA 1RBLA 3SCVA 5H8MA 5MF5A 3TU9A 3M0XA 3B03A 4N7QA 4QHRA 2BOGX 3KP0A 3S1VA 3MHGA 3NA8A 4XZWA 1NWUA 1ZZMA 2CZ5A 3S2JA 1MRQA 3VNZA 4WOZA 2BBFA 5I3DA 4ACYA 3QHNA 1R3SA 3L5MA 4H3DA 3VMOA 1EJUC 3EWUA 5C6MA 1BF2A 1BSLA 1N8IA 1TJ2A 1R0MA 1XLEA 2P5NA 3LBCA 2EAWA 3MP3A 1UQZA 1KRAC 2OGJA 1XFCA 4PA8A 1S2TA 4JICA 3V35A 4NZCA 5E0FA 4D6CA 4XTDA 3CUFA 4DYJA 1CXLA 3LI1A 4QITA 4AZIA 4E2OA 4NJKA 4KERA 3A64A 3FS2A 1IIGA 2CWNA 4P5UA 1XLLA 1B2YA 1V7YA 4Q4QA 3PN8A 1LCOA 5LNWA 3CU2A 4K6AA 4S3GA 2QCEA 4RZ5A 3MP5A 3W84A 2E6FA 3CIVA 3EDDA 2V5DA 1UKQA 4F2TA 3P74A 3EDFA 1UMLA 3O15A 4HU3A 4O0KA 1GVFA 3P84A 4IMDA 4E38A 3H2CA 4XSLA 3O16A 4J3ZA 3HPZA 2BVYA 4HOZA 4WX2A 2PAJA 3KWXA 4OBTA 3EKZA 3EPNA 4R85A 2CLIA 1C8XA 3MUAA 1BTCA 1LBFA 2I5QA 3ZWSA 2HBXA 3LQGA 2XIMA 3VUPA 2WC3A 4U10A 3ZS4A 5I79A 4EX4A 2WMHA 1JCNA 3KE0A 4FK9A 3L4TA 2EQDA 1V7AA 1OK6A 3H2EA 3GIPA 2JEPA 4O17A 5DELA 1OQFA 4R9OA 1D2KA 4JQAA 3CQIA 3TW7A 1DXEA 4JY8A 1XYAA 2XM2A 4IIBA 4FF5A 5HANA 1FXPA 4AVFA 4CKQA 3GDMA 2QYGA 3OB8A 1DIKA 2Z6JA 1PCKA 2EKGA 1A5UA 4K68A 3R5EA 5AC6A 5G4EA 1LROA 4C6CA 4K7VA 2BDQA 1FWJC 4Q4OA 3F2BA 3MSDA 4L6HA 4IGMA 1BTMA 4P8WA 3W1LA 4DPPA 3ZWTA 1NFPA 2INZA 2VFIA 2W63A 3MS8A 3SCSA 5CSYA 3F4VA 2OWCA 2WQDA 5JBFA 2EBNA 4ZODA 4NJHA 4O0ZA 4ZB0A 4M56A 4O57A 3OHIA 3EZ4A 5FF4A 4YWIA 2YL6A 1FFRA 3WBEA 2VMFA 3UJ2A 3K1GA 2C1IA 5DXYA 4DB7A 4YYFA 3RCMA 2WZHA 3T07A 1XYCA 2XH2A 3SN0A 3TN3A 1Q6LA 3C2OA 4D6JA 3WFAA 1VYSX 1J0HA 3VKBA 4B5TA 2FPVA 2E77A 3CIXA 5E09A 1YADA 4RV8A 3H4WA 1J0KA 2FGLA 3QBUA 2DH2A 1M03A 3PG8A 3SIZA 2WQPA 3TZNA 3EX1A 3VGDA 1T41A 2D0HA 1GVEA 5CSSA 2D23A 3CK5A 1F8IA 3WFZA 3YPIA 3GDKA 3VGGA 3P5ZA 1H60A 1EP1A 4E4FA 4JFVA 3WBXA 1FHLA 1V0LA 3WDPP 4WF7A 1EJVC 1ZY9A 1V0MA 3AXMA 1TTIA 4XX6A 1KM2A 4L4MA 3JZUA 2DUXA 2YSWA 1RXOB 1WXJA 1XLBA 3TEVA 1PCWA 1CXKA 1Y0EA 3BQ6A 4U5KA 4UOQA 1BKHA 2Z1VA 1Z6KA 1XQKA 1CW2A 5A8GA 4GI6A 4HHLA 3C56A 3QFEA 2HDJA 1RD5A 1V0NA 1REQA 4RK8A 1GQKA 2P0IA 3LBOA 3FXYA 2J9ZA 2XG9A 1YHTA 1R47A 2WJDA 3DZ1A 1X1ZA 1NVMA 1K6AA 3QGKC 3TCSA 1G69A 1UR0A 2PMQA 4JDBA 2WWCA 3EOEA 3U2OA 4JFTA 1X97A 1O7AA 1LL7A 2B31A 1NP0A 1KRBC 2VFDA 4PSPA 4TO8A 1QT1A 3TN6A 3GLCA 3IIVA 5BW6A 3ABSA 3E2QA 1A0CA 4QG9A 4JZ5A 2DZWA 1PKMA 1I1WA 2C19A 2Z4GA 4HNTA 4GC3A 4F0RA 3QKEA 5KZEA 2V3DA 2VFEA 2B81A 1QBAA 3HV8A 3RJYA 4PMUA 4PCTA 3PZUA 4DJDA 4JNMA 1ZLPA 1K77A 4EAYA 3WBYA 4NJIA 1TPB1 1KTCA 3TSBA 2PDJA 3LEPA 1DJWA 2WSPA 3PAJA 3LDVA 3QSTA 4YMZA 4X61A 1C8VA 1PV8A 3NCOA 8RUCA 3OHMB 1K03A 3K8MA 4LAUA 1G1YA 4UNLA 4P8XA 3BLFA 1W1IE 4U5IA 1O95A 4HNLA 4V2XA 3NZ1A 2O9RA 2ZX5A 3KZSA 5G2IA 1GZ1A 2HEJA 3RU8X 1RPKA 3WJXA 4GKLA 2G3NA 5LIUX 2J78A 3V75A 4A4AA 4D8AA 2A7RA 3W0KA 4E4PA 4D6IA 1MQRA 1V03A 1NDYA 1R85A 4GJIA 3S9IA 4TX6A 1E40A 2KZHA 3I4KA 3S6OA 3SRKA 4OU1A 2BHYA 1V3IA 5D9MA 3V5OA 3BLEA 3GH4A 4L1GA 1XD0A 2CXEA 2CLEA 2FHFA 3P0WA 1BEUA 2Y62A 2J8GA 1DJQA 4IUGA 5BOFA 1A5LC 3FEQA 4AIBA 2X42A 1H7RA 3OQEA 1V6WA 3MHFA 1JVNA 2FH8A 4E8CA 1NIUA 1N82A 1XC4A 1ZHAA 3PTKA 2J77A 4KQNA 5DMYA 5FF2A 2WXDM 4M7SA 4LSBA 4RL3A 1BVWA 2Y89A 2JBMA 1R86A 1UWSA 4BQ4A 5GNYA 3PPCA 2C15A 3S5ZA 3MCOA 1I2PA 3GAYA 3UXKA 3ZJ6A 1CYGA 2EO7A 1TA3A 1VFOA 2C16A 1HVXA 3QR1A 5M17A 3GXDA 1ZSXA 4HCHA 4DWSA 5HNTA 1OYBA 1TA3B 5HK4A 1TUXA 3GRIA 4ZBCA 3D3FA 1AH4A 2VVNA 3OZYA 3IACA 3LXAA 5HJLA 5I09A 1ZJHA 4GI8A 5D9OA 4R34A 1ICSA 1AW5A 2FKPA 3SURA 5C2XA 1QW9A 4I7UA 4XB3A 1AH0A 5BMXA 2GQAA 4UFLA 2OO6A 1XI3A 3G1HA 1KW1A 2YCLA 1UR8A 4FSAA 2Y88A 1WUFA 3W7CA 4C1LA 2J79A 3L65A 3OLDA 1OC5A 1FHUA 3NQMA 1JPDX 3DOPA 3VO0A 1LLWA 4XWUA 4MDOA 3MUY1 2OKOA 1S5VA 3EA3A 4GY7A 3PWGA 1LOQA 3MB9A 4WDWA 1MVYA 2QCMA 4J3WA 4Z2IA 4LQ1A 1BGAA 2RJGA 3LXBA 3WF3A 4CNSA 2AL1A 1V6XA 5CBIA 1QI0A 2P76A 4MWAA 1OC6A 1A4LA 1QHOA 4JL2A 4H2HA 1GOOA 4MPKA 3WJZA 1CTNA 1F6PA 4MWAB 5CJMA 2NVDA 2V3EA 4LY8A 1TQXA 3T2OA 2BY0A 3AISA 1V5XA 3VNDA 3CAKA 5A6TC 1DWHM 3A4WA 1AMYA 3EAUA 4GQRA 4PE8A 3N6JA 1YPFA 1TTQA 4PEEA 1DIOA 5CH9A 1A5AA 2AQOA 1DV7A 3O2LA 3SSJA 4LY4A 4TOQA 1S2CA 5C9RA 2PDHA 2XSBA 3N13A 4DELA 2VP8A 3ZT7A 5FAGA 3F4CA 1K4HA 3S5OA 3EX2A 1TVNA 4OJYA 3CGTA 4HNOA 4DF0A 4AU0A 3TAOA 4HHPA 1Q63A 2PWFA 3KVJA 1P6CA 4BI5A 1VBRA 1PO9A 4LPCA 4JTRA 3LNPA 2OYMA 4M6QA 4MB4A 3WBWA 2QIIA 3VIOA 3DECA 1RHCA 2X0SA 2D2JA 1Q13A 5J04A 4JTSA 3GVRA 1F07A 3PZMA 4IPIA 3SQMA 1B3ZA 3C61A 4R88A 3QMTA 2UWFA 4DJEA 4LV9A 3OIXA 1NQKA 4PMRA 3R94A 2GVGA 3UJRA 2QVNA 1B31A 1K70A 1X1OA 4JXCA 2QDDA 2F84A 3CYJA 5HWMA 3QY7A 1KC7A 4Y9AA 4L4OA 1T8QA 4RKAA 1R3RA 4X22A 2GJPA 3W1XA 3ID7A 1V8EA 4LAMA 1TWIA 3LGEA 2ZVRA 4IL0A 3FDKA 4ASTA 2JIEA 3KHJA 1RVGA 3B3DA 4AHQA 3IVTA 1HJSA 5HBFA 4JN7A 1W1YA 2VGBA 4HK5A 1CENA 1J18A 4O18A 4XTIA 1SZNA 1DVJA 2J47A 2YOCA 4OKDA 1FWFC 3T44A 1ZCCA 2POTA 1FY6A 2ESCA 5FEPA 2ALDA 4IF2A 1IZKA 3SY1A 3WEZA 4G5DA 3V7PA 4KCVA 3LPOA 1MUWA 4J1OA 1P7TA 3AIBA 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