3S1WA

Transaldolase variant lys86ala from thermoplasma acidophilum in complex with glycerol and citrate
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
223
structure length
223
Chain Sequence
MKIFLDTANIDEIRTGVNWGIVDGVTTNPTLISKEAVNGKKYGDIIREILKIVDGPVSVEVVSTKYEGMVEEARKIHGLGDNAVVAIPMTEDGLRAIKTLSSEHINTNCTLVFNPIQALLAAKAGVTYVSPFVGRLDDIGEDGMQIIDMIRTIFNNYIIKTQILVASIRNPIHVLRSAVIGADVVTVPFNVLKSLMKHPKTDEGLAKFLEDWKKVSPDGKLIL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords Probable transaldolase
publication title Twisted Schiff base intermediates and substrate locale revise transaldolase mechanism.
pubmed doi rcsb
source organism Thermoplasma acidophilum
total genus 85
structure length 223
sequence length 223
chains with identical sequence B, C, D, E
ec nomenclature ec 2.2.1.2: Transaldolase.
pdb deposition date 2011-05-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00923 TAL_FSA Transaldolase/Fructose-6-phosphate aldolase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3s1wA00
1VGAA 3L66A 5AC6A 4PA8A 3NG3A 3M9YA 3DH7A 1L2UA 3EWUA 4DBDA 2YDAA 3P5YA 1MEHA 3LTYA 2ABBA 1DBTA 1X7FA 1EP2A 3A9IA 3HOJA 4JTSA 4Z08A 1PE1A 4NJJA 5D05A 2WNZA 5EMUA 4GXMA 3LXCA 4KWWA 2YW3A 1KW1A 3W2KA 1VZWA 3HG4A 3M16A 3S42A 4K8EA 3NZRA 3W76A 3DHFA 3CWOX 2RDTA 1W37A 3RNDA 3NL3A 3B04A 2PURA 1NF0A 1ZENA 3IGUA 4DELA 2H90A 3TSBA 2WSQA 3O8AA 2ABAA 3NGJA 4ZVJA 3G1HA 3VI2A 3R89A 1M5WA 3W2LA 1LYXA 3CC1A 4HN4A 4M5PA 3O16A 3LV5A 3P8JA 3QW3A 3W72A 3JR2A 4N9DA 4ORIA 4UTMA 1HL2A 1OF8A 3RLVA 4O1CA 1FX6A 3PG8A 4OWGA 4I7VA 1P0KA 4JIPA 1PHQA 2CW6A 3FIGA 1V7YA 4IUOA 1RR2A 2OZ0A 3STCA 3HPZA 3E9AA 1HFBA 3W1QA 1TMHA 4DO6A 1DV7A 1LZOA 2E6FA 4O53A 3QJAA 1H62A 1WBHA 3HO8A 5DCDA 1A5BA 5FF7A 1SUXA 1DKWA 2JKEA 2VC6A 4GWEA 3LCXA 2YSWA 2DZSA 3G22A 3M1ZA 1DOSA 3HPXA 3NQAA 4GJ1A 1KFJA 2E1DA 5A5WA 4POCA 1VCVA 5AYXA 3PF3A 4QM1A 1PCWA 5F2MA 1JUKA 1W31A 3W7EA 1BWKA 1DL3A 3W1TA 2HS6A 4BK9A 3W7PA 3P8IA 2GQ9A 3L67A 3HG3A 3TXVA 2Q3RA 1SFJA 1QO2A 1UASA 4HIBA 5HINA 2G95A 5CZSA 1VCFA 3MHUA 2Q8ZA 2W0UA 5DLCA 3NZ1A 3BARA 2ZRUA 3W73A 4JIQA 5C55A 3GB6A 3GVGA 3KRUA 2YXGA 3DFTA 1OF6A 4MZYA 3KAOA 4X3ZA 4Q32A 3E0IA 1EUAA 4AEOA 3LHTA 3QSTA 1GPWA 1QNVA 5D2WA 2Y70A 3MJYA 1VYRA 1ZNNA 3BW2A 4O28A 3GDRA 3C2FA 4ALDA 3W7NA 5LNRA 4IX0A 3Q2DA 1OYCA 4KFNA 3TC7A 4AMAA 4RZ5A 3LCHA 2V2HA 3FS2A 1SR9A 2PRLA 3CTLA 1OHLA 3INPA 4I7UA 3G8RA 1F5ZA 2B7PA 1YXYA 4ONVA 2BZNA 2WQPA 1QOPA 1W3IA 1I45A 2A0NA 3RLUA 2VEKA 4LC8A 2Y85A 1G7UA 4LVFA 3I7RA 1OFBA 1GYLA 3L5MA 4GUJA 3TXZA 5FF0A 4FNRA 3UQNA 1QPRA 1K03A 4Z1DA 4LVAA 1A5AA 1JCLA 3CEUA 2ZA2A 1KM4A 4KWVA 3QPZA 3A22A 3C2VA 2X2GA 3R8RA 2C16A 2ZRZA 2VOMA 2WO5A 1M7PA 2I9EA 3LV6A 1SW3A 2XN0A 2KZHA 2JGQA 3LXAA 1YDVA 2Y7DA 3PY2A 1JJKA 5BMXA 3DKLA 3G0XA 1N55A 4MKNA 3DU0A 3TJXA 3TMLA 2FFCA 1G4TA 3QF0A 5D30A 1XBZA 2DU2A 3LI1A 4K7VA 4OHQA 4WOQA 4Q33A 1TTPA 1DVJA 1T0OA 3SY5A 1GWJA 3W1PA 1K3UA 1UBSA 4DPPA 2V2CA 4CQ9A 2A7RA 3TJLA 3MHGA 3W7MA 4UMAA 3W74A 4S2BA 1PHWA 3L65A 3ELFA 1KTBA 2W79A 2TPSA 4DF1A 3LLFA 2BTMA 2W6RA 3GNNA 5CPMA 3W7QA 3LTPA 4M6PA 3WK0A 1SO5A 5C6MA 2NLIA 4RKAA 4BFAA 3HGJA 1OFOA 3AO0A 1H7WA 1JCNA 2RHGA 3GLCA 3MO7A 5FESA 1EEPA 2GUUA 1EUNA 8TIMA 4O17A 1W3TA 1KM2A 2ZFAA 1A50A 3M5ZA 4OGZA 2YFNA 4JTUA 4B5NA 3NQVA 5D2VA 1BTMA 4A22A 3SR7A 1H1ZA 4HKPA 3C3NA 4AF0A 3CM4A 3LHVA 1BKSA 1FCBA 1OG0A 2FQIA 3WK3A 5EY5A 4AAJA 3SZ8A 3DI1A 1JCYA 1DHPA 2WSRA 4PFMA 1TIMA 3QYQA 4IMEA 2RFGA 3LCGA 3W84A 3DAQA 3UPBA 4CCDA 3A5FA 1LBMA 1GEQA 1WV2A 2LLEA 3QH2A 3CT7A 4ADUA 4NNCA 1KTCA 4DO5A 3GDLA 1O95A 2HTMA 4NX5A 1HTIA 5DXYA 1IXQA 1NEYA 4UR7A 3HJZA 4IMCA 3QSRA 4ADSA 2VELA 3B05A 4NJHA 1LRNA 1GVFA 1IXPA 2YR1A 2CLIA 3OA3A 1TPC1 1Q3NA 4WQ6A 3STGA 4FIRA 5DCBA 3UWQA 3LX9A 2YPIA 2DZTA 3ABOA 4HPXA 3QMSA 2Y63A 4RK8A 5AHMA 2XN1A 4XWUA 2Y7GA 5K3VA 4HPJA 4I7WA 4NVTA 4S1FA 1TCDA 1W56A 5CSSA 2B7QA 3F03K 3MP4A 3C52A 1TPVA 2YYUA 4UR8A 1W0MA 2TYSA 3QMTA 4UNLA 5AB3A 1F73A 3O6YX 1MO0A 4LWWA 3HBLA 2V30A 4UMBA 2DZVA 3GXTA 4N6EA 2DZWA 3LLDA 2DORA 3W7RA 3UD6A 3P7YA 2X1TA 4TMCA 4YWIA 4X2RA 1TREA 3DFPA 3NQ6A 3JRKA 3N34A 4TU1A 4A2RA 1Y0EA 4OBTA 2CLHA 3B06A 4HNNA 2H3DA 3QM3A 1Z41A 1W8SA 1SPQA 4FNUA 3W3OA 4OV9A 3IEBA 3TU9A 4A21A 2C1HA 1GT8A 4O18A 4QJ1A 1H7NA 3BO9A 5U7SA 1O5XA 2NZLA 2QF7A 4JTGA 2J6XA 4ZQPA 3LI0A 4GUHA 4XTIA 1AL7A 4OT7A 1VYSX 2QCMA 1C9DA 2A6LA 4WD0A 4UTUA 3CU2A 2CLOA 2ZRYA 2IQTA 4TX9A 3BGJA 1FQ0A 1F6PA 1LLZA 3PC0A 1FWNA 3OHIA 3M41A 3HGOA 4PODA 3P61A 1XI3A 3UNDA 4UFIA 3TAKA 2QUVA 4C1LA 4EF9A 4WXZA 5LGZA 4MY8A 2CZDA 1KV8A 1K02A 5HUPA 3G0UA 5BRBA 5K9CA 3WK2A 1IIGA 4BR1A 4JXCA 3MP3A 3S6DA 1TV8A 3WJWA 4QNEA 2J9XA 3G1SA 3PULA 5AHIA 3NXFA 3LXBA 2QJGA 5D38A 1W5QA 2E5BA 3R2GA 1T99A 3M0ZA 3MWAA 2TSYA 3W87A 1XM3A 4M7SA 1KTNA 3QRHA 2Z6IA 3F4NA 3N9RA 3L0GA 3IV3A 4JICA 3WJZA 3KOFA 1F74A 4JX4A 3A23A 3AJXA 5HNRA 4K8HA 1WA3A 3ABSA 3CHVA 3N14A 2VFEA 3PWAA 2H8XA 4ZQRA 5D09A 2EAWA 3A21A 3BVJA 3S5OA 3W2JA 4FNPA 4GBUA 4IQLA 1WYIA 3PB2A 2NWRA 2O7SA 4NT0A 1MXSA 5IM51 1J5TA 3QW4B 1LRQA 1RQHA 4IPIA 2CFFA 1GVOA 3MI3A 4YL2A 5AFDA 4YMZA 1H7XA 2VXNA 3F1QA 4KFPA 1B4KA 4CQ8A 4C1KA 5MHBA 4R53A 3ZWSA 2QCHA 1LOLA 3ZFHA 3GR8A 3LCFA 4JX6A 2ISWA 2R94A 4A29A 1Q6QA 2XN2A 5AC8A 2PE4A 1PVNA 3G3MA 3CLMA 3GX9A 1TRDA 4QISA 4IPJA 3NPXA 4MLRA 4UC5A 4CNNA 5G2HA 1OX4B 3LRLA 4FNTA 4HHPA 4UFHA 2ZZ2A 5FEPA 4ORMA 2JKAA 1XFBA 3KRSA 4O15A 3NQ2A 1TO3A 1LLWA 3M44A 3SJ3A 3LHZA 3QC3A 1OFEA 3MYPA 4Y6GA 1YLVA 3M5VA 2X16A 4FNQA 1XKYA 1GTHA 5LKYA 4ADTA 2QCEA 5KZDA 5HR7A 3O05A 4Z1BA 3T55A 4CNOA 2G5WA 1X8FA 3G3DA 4N4PA 2GVJA 4Z1CA 3O07A 4DEFA 3O15A 2VKZG 1VJIA 3GAKA 3NDOA 4M19A 4DF0A 4O54A 3SSJA 1SO3A 1F05A 3KRZA 3PBWA 3B8DA 3NPWA 4LW7A 1G67A 4OV4A 2GJNA 3R12A 1EIXA 2Y89A 1JRBA 4JTJA 1TQJA 4MJZA 3MP5A 5F4XA 3YPIA 3HPSA 2P10A 1KFEA 2FDSA 3RF9A 3VE7A 3Q37A 2P1FA 4RV8A 4AH7A 2CLLA 3UWYA 2R8WA 3G1VA 3CQ0A 2F7FA 1TYGA 3W7JA 1P4CA 1H7PA 2HS8A 4RR4A 2G97A 4Z0JA 5I3JA 4UUIA 5H91A 1B9BA 1UJPA 3GNDA 1HUVA 3VCRA 1SZGA 3DFQA 3EXTA 3M6YA 4NJKA 5AHEA 4LC6A 3MBFA 4IOTA 5A8GA 2QCCA 3BW3A 2BSLA 4YCOA 2YZRA 3S1UA 1MSSA 1L9WA 5FF2A 1HO4A 4UTLA 1WOBA 2AGKA 5CZ0A 3TNOA 3STEA 1X6UA 4PCFA 4MYXA 1R46A 2QJIA 4LRSA 4TIMA 5LSMA 5HR6A 4LVGA 4WZHA 5HUOA 2A1YA 4UIOA 5SWUA 1EP3A 2C0AA 1JCJA 5D32A 1OFPA 3KX6A 4Z0SA 1IXOA 4FF7A 4WX2A 3Q58A 1GJPA 1NVMA 3R13A 3NO5A 3GIYA 3DKJA 3WJYA 3EWWA 3G1FA 2QCNA 1GOXA 4NZJA 5DN1A 4O12A 1O60A 3ABQA 3GK0A 3WJSA 2C14A 2P0OA 3L0NA 2B4GA 3W1UA 4ZL1A 5LNSA 4O57A 2TMDA 5AYZA 1K7FA 5K2ZA 4CLMA 1FCVA 4M7TA 3HG2A 3NNTA 1WQ5A 1TRIA 3W1XA 3NM3A 3IVSA 3T7VA 1XUUA 1ME8A 3W71A 3K30A 2FTPA 4Z1AA 1RPXA 5I3IA 2V0TA 1Z44A 2FPTA 3NQMA 5HJLA 2QCFA 4FXSA 1SO6A 3SW6A 3RK8A 2CLKA 4O13A 2V2DA 4JTTA 2OMAA 1ALDA 4ZQCA 1YTDA 2VENA 3LCIA 1ZAIA 2NUYA 1GVSA 3TCEA 3EX6A 1KM3A 1HG3A 4N9EA 3HIJA 4JDYA 1TPDA 3RMJA 1A5CA 4EF8A 2V8ZA 5KTLA 4R34A 3JS3A 3ATZA 4UTTA 4O4VA 2GQ8A 3PVFA 2QUUA 2GVLA 4BWLC 2E77A 1AMKA 1FDJA 1LBLA 4N02A 5I3FA 5K4ZA 4JN6A 4UXDA 1S5WA 4BWLA 3S5YA 2CU0A 3MI2A 1FXPA 5D2TA 3NL6A 3SI9A 3I6RA 4RZ6A 1JCXA 2Q3OA 4LVBA 5HULA 4FXRA 3P82A 4AF0B 1NF7A 4Q4KA 1WBJA 1LM1A 2O7QA 2CLMA 4ZQMA 4QAIA 1I4NA 4ICNA 5G1TA 1QPOA 4S2CA 3UWWA 4DXVA 2VFFA 3QFEA 3I7SA 5G1YA 4K37A 4O16A 3GDTA 2ALDA 3DENA 3USBA 2ZCGA 2YCEA 4QIUA 3B4UA 2DJLA 3O63A 1TPB1 4JDBA 3C6CA 2GQAA 2WSYA 3O06A 5CZTA 3TFXA 1PCKA 1TPUA 2WNNA 1D9EA 3NQFA 2RDWA 1YYAA 3OVRA 4UFMA 2DJXA 1W5OA 3NQGA 3EXRA 3L2IA 5LNUA 3W85A 4Y90A 1KM6A 1W5MA 2OX1A 1SZEA 1TB3A 3IIPA 3TQVA 4NXKA 1NSJA 1T8XA 1TJRA 2CLFA 3GAYA 3H54A 3HF3A 5HQEA 4FX8A 2NUXA 4IMDA 3W2NA 1KBIA 5G4EA 1QFEA 1TSIA 2QCDA 3LRMA 1FCQA 3WFAA 4RXFA 4CQAA 1F6KA 3DBPA 2ISVA 4OU1A 5DY3A 5G2WA 3CPRA 3FYOA 1QDSA 2QDGA 1ZFJA 4MFEA 3S9YA 6ALDA 3UY8A 3TUUA 1RQBA 1OFDA 3P5ZA 3BPWA 3TW7A 5AOUA 1X1ZA 4CCEA 4YCPA 3DGRA 5EKYA 3TIMA 3NEVA 1M6JA 3NOEA 4LNYA 3OEXA 3MMTA 1GYNA 1QO5A 3LDVA 4AHQA 1KM0A 2ZQ0A 3NYZA 4MVAA 1BEUA 1ZJIA 5H2ZA 4FIQA 2WJZA 1RD5A 2AAMA 4GFSA 1UB3A 4HNUA 3THQA 1YDOA 2EPHA 3H53A 1TTIA 4I9AA 3LHYA 1QPNA 2BXVA 1G4SA 3N19B 3O6CA 1IXNA 3TW6A 1DQWA 3M43A 4NQ1A 1G6CA 4LS0A 3C8FA 2Y61A 1L6YA 2VFDA 3W7OA 5FEWA 4MZ8A 4LS1A 4N4QA 3LCWA 5ABTA 1CW2A 1DJNA 2GPTA 2XFWA 2J24A 4K38A 1S5TA 5D03A 3WJXA 1Q6RA 2CZ5A 1EPXA 2HMCA 1JCMP 5EPDA 1H61A 2HSAA 2Y7FA 1F2JA 3GKAA 1SZNA 2Y7EA 2E68A 3N9SA 3O6DA 4CCCA 1GQNA 1JULA 1G69A 3LM7A 3VE9A 1PL9A 4JYFA 1QCWA 5BOOA 5K9DA 3H55A 4O4WA 3UY7A 4NNAA 4AB4A 4DPQA 2Y6ZA 5HWNA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2HWG A;  2BXY A;  1Z8A A;  1VGA A;  5AC6 A;  2IPJ A;  4PA8 A;  1W9U A;  3WCZ A;  1L2U A;  1R86 A;  3NSM A;  3EWU A;  4DBD A;  1HN1 A;  3AU2 A;  3LTY A;  1E6X M;  3L2M A;  2PZ0 A;  3OO2 A;  3A9I A;  1W1T A;  4Z08 A;  5LIU X;  2BNJ A;  2YDS A;  2YW3 A;  4GI9 A;  1L0P A;  3OYX A;  3CS2 A;  4WF7 A;  4QR6 A;  4DYK A;  4LNC A;  3VMP A;  5HPO A;  2PP3 A;  3RND A;  4DJE C;  3LGD A;  1VEM A;  1NF0 A;  2ONE A;  3H24 A;  1O1Z A;  3IGU A;  3TSB A;  3O8A A;  4J5N A;  4HSH A;  3CZL A;  3VDC A;  4ZVJ A;  3G1H A;  3VI2 A;  3VYL A;  3W2L A;  2E9B A;  1PX3 A;  3W72 A;  4PN2 A;  3DYM A;  1HL2 A;  1P6W A;  4C1N A;  1E15 A;  1FX6 A;  2VO5 A;  4LCQ A;  2O0T A;  4I7V A;  1C8Q A;  4JIP A;  4IUO A;  3C2Y A;  2OZ0 A;  2Y5E A;  4M8U A;  1V8E A;  1V0N A;  4QDP A;  4DO6 A;  2QZR A;  2E6F A;  3QHM A;  4RZB A;  5CH9 A;  5DMM A;  3HO8 A;  5BXT A;  1UD3 A;  3R43 A;  2JKE A;  2VC6 A;  3N4F A;  2E9L A;  2CWX A;  3T2Q A;  2DZS A;  3NQA A;  3QKZ A;  4POC A;  4U3A A;  5F2M A;  3MSD A;  4DXX A;  1W31 A;  5FJR A;  1IR1 A;  1BWK A; 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