3S8H | Genus

Total Genus 106

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	106
sequence length	292
structure length	292
Chain Sequence	MIAGSMVALVTPFDAQGRLDWDSLAKLVDFHLQDGTNAIVAVGTTGESATLDVEEHIQVVRRVVDQVKGRIPVIAGTGANSTREAVALTEAAKSGGADACLLVTPYYNKPTQEGMYQHFRHIAEAVAIPQILYNVPGRTSCDMLPETVERLSKVPNIIGIKEATGDLQRAKEVIERVGKDFLVYSGDDATAVELMLLGGKGNISVTANVAPRAMSDLCAAAMRGDAAAARAINDRLMPLHKALFIESNPIPVKWALHEMGLIPEGIRLPLTWLSPHCHDPLRQAMRQTGVLA

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__499769224090218__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__499769224090218__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3s8h/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__499769224090218__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"499769224090218","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3s8h/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__499769224090218__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d1097c89b70752d6443d4d9/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d1097c89b70752d6443d4d9/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d1097c89b70752d6443d4d9/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d1097c89b70752d6443d4d9/pdb.gz): 2119 ms

reading 292 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

292 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 26 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:291});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Pseudomonas aeruginosa
publication title	Structure of dihydrodipicolinate synthase complexed with 3-Hydroxypropanoic acid(HPA)at 2.70 A resolution rcsb
molecule keywords	Dihydrodipicolinate synthase
total genus	106
structure length	292
sequence length	292
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.3.3.7: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase.
pdb deposition date	2011-05-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3s8hA00

1LORA 3MHGA 3W23A 5G2HA 2BWGA 3SFKA 3TCEA 2R8WA 3L9CA 4OQVA 3LRMA 2ABBA 4DO4A 3S5YA 4HIBA 2ZRUA 1QPOA 4I7UA 1FCVA 1OFPA 3G3MA 3GB6A 1ONRA 3GLCA 3LHZA 5LNSA 2V30A 4UTWA 2RDWA 1W1ZA 2A85A 3T78A 3THQA 3HG5A 4YCPA 1PV8A 3PUOA 4OGZA 4DO5A 2QJIA 4JD4A 1WA3A 2Q8LA 1VH7A 4XKYA 2DZPA 2YYTA 3GK0A 1TPB1 4RXFA 4GRSA 3P84A 3EWZA 3IVSA 2J9XA 4GUHA 4MZYA 4FEZA 2GVLA 3P80A 1R2RA 3GYEA 1N8FA 3R2GA 2E5DA 1MZHA 5FEXA 1OFAA 4IUOA 1QO5A 5I3FA 1H7OA 3NL2A 3PUDA 1DVJA 4LTSA 1A5AA 1GEQA 1S5TA 1RPXA 1OFDA 5AHIA 3FKRA 3C3NA 4MJZA 1TJPA 2VFIA 3HPXA 4MY8A 3DHDA 3NPWA 5HWJA 1ZAIA 1RQHA 3W7DA 3MO7A 1TQJA 4MLRA 3LXCA 5IBXC 2JK2A 2WOQA 1XBYA 3AO0A 2ISWA 1W31A 3NNTA 1Z48A 3G1YA 3UD6A 1SW7A 4JXCA 3GR7A 5K4XA 1IGSA 2Y62A 2HSAA 5EA9A 4WY0A 1QO2A 3W1AA 4CCDA 1ML1A 3L5MA 1XM3A 2DZUA 3FS2A 4MPQA 2RFGA 3G22A 1KM3A 2DZTA 1VR6A 3A9IA 4S2CA 1A5CA 3G1HA 5L6UA 1LOSA 2NZLA 3MWAA 3W72A 2B7QA 3W2UA 3W87A 4DF0A 1F73A 3CIWA 1W54A 1WV2A 3UZJA 3W22A 3U6WA 1BEUA 1QMLA 3W07A 3B05A 1B4KA 3KFTA 3TAKA 3LTPA 4XZ9A 1KBIA 5EPDA 5DLCA 4JY8A 2XFWA 4OU1A 3M5VA 4FB7A 3NPUA 5IBXA 3C6CA 3NPVA 3G1XA 1B57A 1OYCA 3C52A 3OG3A 4A29A 1O5XA 3N34A 1H1ZA 1K8YA 3TNOA 3C0JA 4O16A 2RDTA 1H7XA 2JKAA 3MUXA 3TE9A 3W7CA 2Y70A 4JTSA 4MY1A 4BI6A 1JUBA 2YDAA 1KM2A 1I8JA 3PBYA 3KRSA 1LLWA 4FNRA 2A7RA 2QCFA 1QPQA 4UMCA 2FLIA 3DFTA 5D02A 5HUPA 1YPFA 4K36A 5HINA 4UNLA 1LBMA 3W7OA 2G96A 2WNQA 3EKLA 4XBKA 5A8GA 1LRTA 4CQ9A 1AK5A 1YPIA 2Y85A 5D38A 1I45A 5AN7A 3I65A 1FCBA 1F76A 5LNVA 4XKYB 3S1UA 1JQXA 1Z42A 2EGZA 2E6YA 2ZA3A 5T26A 1OG0A 1OX5A 1Y0EA 1C9DA 2ZRYA 3DZ1A 1OFBA 3GKFA 3HBLA 2EHHA 1VCFA 4UCGA 2ALDA 4ZQMA 1BTMA 1UCWA 2NX1A 4AWTA 1N55A 3P5ZA 2X1TA 5F2IA 3IEBA 4DF2A 3LOTA 2QAPA 4FX8A 1AW1A 1K8ZA 1ICSA 4FIQA 3GNNA 3GDLA 3ZR4A 3LB0A 2VFFA 1TTPA 4O54A 1IF2A 3TH6A 1KFCA 3BLFA 3TX9A 3CLMA 5HWMA 1JCXA 2NV1A 4FX7A 4PC8A 2DU2A 4K37A 3NQEA 5AHLA 3DHFA 4JIPA 1H5YA 4JNMA 1DJQA 1M7OA 2CZEA 4X3ZA 3E49A 2QCNA 1Q6LA 4CCCA 4IMDA 3PWAA 5F4SA 5F4XA 2R14A 5DCEA 4KWWA 4O1DA 5CSSA 3EXSA 5U4NA 4M5PA 1A50A 2CLIA 3G8EA 1FXPA 1I2OA 1IIGA 3GX9A 4P61A 3SZ8A 2BX7A 5AHEA 5F2MA 1HG3A 3ABRA 3LCIA 4Q32A 3TFXA 5D32A 1TJRA 2ZBTA 4GFSA 2YX0A 4QNEA 4JICA 5DCBA 5I3GA 3S42A 4HKPA 3M1ZA 4IMEA 3I7SA 3SGZA 4JTJA 2QCHA 3MBDA 1TRIA 2XN2A 3STFA 1K3UA 2ISVA 3PSWA 2E5CA 1F6KA 3CWNA 3TXVA 4EVZA 2A2IA 2GJLA 2X1SA 2YR1A 3P8IA 3QMTA 3W7QA 4RLIA 4GJ1A 1XXXA 3SGUA 4FXSA 2FTPA 4AHPA 2WSRA 1R47A 2A0NA 3SW6A 1J5TA 2OMAA 3W1PA 3T4CA 4WD0A 4WQ6A 3TW7A 3N2XA 3B03A 2V82A 4UTJA 3NL3A 4N6EA 3PY2A 5HQEA 5FF7A 4K8EA 1JJKA 4JR5A 1EX5A 4NZFA 2A7PA 4YWIA 2ATMA 1TQXA 4X2RA 2G5WA 2QDGA 4WOZA 5CZJA 3CU2A 1BKSA 2NX9A 4O52A 5KINA 2R94A 4UTTC 4M7TA 1SFJA 3TA6A 2QCGA 3NQDA 3OVPA 4Z0JA 4MZ1A 1AW5A 2F84A 5MHBA 1XBXA 5D2YA 4OT7A 1H60A 2QAFA 1K7FA 4E2DA 4QM1A 2BTMA 2J6XA 3MI3A 3W88A 5EKYA 3LCXA 4CQ8A 4O57A 4RV8A 5FEZA 4ALDA 2PRHA 3IIVA 4B5NA 3NQAA 4AWUA 5H2ZA 4ZVJA 3DBPA 1MEWA 4EWND 1FWTA 3EWWA 5KTLA 5I3HA 4UR7A 3KX6A 5FESA 4WJEA 4PEKA 3VE9A 1PVNA 3LRKA 3BO9A 4ZQPA 3O06A 3LCWA 4LNYA 1VS1A 3MP5A 3W86A 1W5OA 2LLEA 3L68A 3LHTA 3KAOA 3BVJA 4RCXA 1HO4A 3SY5A 3W7KA 2ZTJA 3SSJA 2PRMA 1O60A 2Z6IA 3UWYA 2HTMA 5C2XA 2NUYA 1TV5A 3T7VA 1JCLA 1UUMA 2W6RA 4WUIA 4O4VA 4JEQA 3LLFA 1OFRA 2G95A 4UTTA 3W7GA 4XQ6A 1TPC1 1WOBA 5LNWA 2Z6JA 1L6YA 2WO5A 2I9EA 3THAA 4HHPA 2RHGA 3NGJA 3I7RA 1FDYA 3QEZA 2EPHA 4UR8A 1W37A 4UTKA 4HPJA 4QNWA 3NYZA 2DJLA 4Z0SA 5EBUA 3LBCA 2C14A 3M7WA 4D2JA 5AYZA 3QC3A 2RH9A 3G1SA 5AHFA 4CCEA 4UC5A 4RX0A 3ZS4A 4TO8A 1TPVA 1J2WA 1U5JA 1ZAHA 5GVJA 4NNCA 4IMFA 4N9BA 3F1QA 1FCQA 4KFOA 3B0UX 1W5PA 3TDFA 2Y61A 1KW1A 2V5LA 3L0KA 3DU0A 3TW6A 3W75A 1LTDA 4WXZA 3N14A 5K3VA 1O4UA 3LX9A 4BK9A 1KA9F 3CQ0A 4O53A 4O13A 3S5ZA 1YDNA 3GAYA 4Z1BA 3VI2A 3SJ3A 4HNUA 3B04A 3QYQA 5DXYA 1PHQA 4K6AA 1EP2A 3NA8A 1Q6OA 1PS9A 1I2PA 1G69A 1LRNA 1GG1A 3DI0A 2C19A 3NPXA 4N9EA 3R8RA 3MYOA 1JCNA 5F4WA 3ATZA 4GWEA 1THFD 4ZL1A 1BWKA 3TIMA 1W56A 3CEPA 3R89A 1SQ7A 1HO1A 5CZ0A 4DEFA 3G1FA 3LHVA 4O19A 3QMRA 4BFAA 3NZ1A 4RXGA 4CNOA 3AJXA 4NQ1A 1CX9A 1QR7A 4X22A 1GVFA 4DPPA 3M0ZA 1JRBA 3L5AA 1H7RA 3C2EA 4WXYA 2A6NA 1DORA 3G1DA 4O8RA 4DPQA 3LBMA 2TPSA 4FHAA 1SZNA 2H3DA 3W2NA 5F2LA 3KRUA 1JR1A 1SSGA 3NG3A 1VPXA 2DZVA 2J88A 4JTGA 1K7XA 2VFGA 3M41A 3MW7A 1Q6RA 3PAJA 4UTLA 1W8SA 1I2NA 3E02A 4JIQA 1QAPA 2X16A 2ISSA 4FIRA 3W85A 4MFEA 3IIZA 3K30A 3L0GA 4FXRA 3CB8A 4GXMA 3HGSA 1KTBA 4L4LA 1MSSA 1IIHA 1MEIA 3PB0A 4TX9A 3UQNA 5EYWA 3EWXA 2WSQA 4AVFA 1NVMA 5L9FA 1MO0A 4YLWA 3CIXA 1YYAA 3NXFA 4NXKA 2DJXA 1IXOA 2I14A 4UFLA 3MI6A 2YFOA 4JYEA 3UNDA 3UY7A 2CLOA 4FF7A 3NQ8A 5C55A 1IXQA 2NXHA 2NWRA 3OVQA 3P61A 2RDUA 1VYPX 1UBSA 5G5IA 1CI1A 3MP4A 1VC4A 3ABOA 4JTUA 4JX5A 3M16A 3P81A 3UPBA 4NJKA 3O07A 3G0UA 3HB9A 4DQWA 3W2MA 2J27A 2UV8G 4K8HA 1X1ZA 4CLMA 2GQAA 4J9JA 1YXYA 5LHFA 1DOSA 3W7IA 3A24A 3CHVA 3DXIA 2QCDA 3C2OA 1AMKA 4EIVA 4M6VA 3HPSA 2QCMA 3LV5A 2A21A 4A22A 4DBDA 3PUEA 2YPIA 3QH2A 3O05A 4IXXA 1D9EA 3W6YA 3BLEA 4ZQRA 1JVNA 1KLZA 3MP3A 2F7FA 1VHCA 3DKJA 4UTHA 3BARA 1LOLA 1YXCA 1IXPA 1EP3A 4TMCA 2ZQ0A 3HG4A 3OA3A 6ALDA 1SO5A 3W76A 1AL8A 1KM5A 1JULA 1EIXA 3FOKA 1ZFJA 1JCYA 2HS6A 1NF7A 4EF8A 2P10A 4XUGA 4LRSA 1WQ5A 3A22A 2YGYA 4DELA 3STCA 1L6SA 4KFPA 4DF1A 2VFHA 1CW2A 3FJLA 2A1YA 3NQMA 4NZJA 1VLWA 2EAWA 1KFLA 3Q37A 4JGDA 1XUUA 1YADA 3QW4B 4N4QA 1XC4A 3FJ6A 1PCKA 4IX0A 3UWQA 1LBLA 3BGGA 4AWSA 1KLYA 3NL5A 4ICNA 2YXGA 4GNJA 4I7WA 3TK7A 5FEPA 1VLIA 2C1HA 5FF0A 1BWLA 4NXSA 1UASA 1I4NA 4ADUA 4O18A 4L4MA 3WJXA 2ZZ3A 3W74A 1GPWA 3S5OA 1OYBA 1RZMA 2OT1A 4W9TA 2WJZA 4Z1CA 4QIUA 4OWGA 5G4EA 3ATYA 2Y88A 4WZHA 1T8XA 3M5ZA 2H6RA 3L21A 3E96A 4JY9A 4QSHA 3W1MA 2ZZ7A 2ZRZA 1TSIA 2CLMA 1KM4A 3DFPA 4HNNA 4UNKA 1GVSA 5F1UA 1EWDA 4PH6A 1UJPA 3L2IA 3UZ5A 3IRDA 4A3UA 3VFLA 2V8ZA 5K9XA 4GUFA 1Q45A 4ZQOA 3LXAA 3KVJA 3S0CA 3M5XA 1OX6A 1G4EA 1HL2A 4IWWA 2Y7EA 4M6PA 4NNBA 1QFEA 5KMYA 5HUOA 3TR2A 2XN0A 4IPIA 5LGZA 1VCVA 2CZDA 3P62A 4RR4A 4YCOA 3QQ0A 1ME9A 3G3DA 1TB3A 2QUUA 3BK0A 3RK8A 1V5XA 1P4CA 5DXXA 3L66A 4WY0F 1PCWA 1UB3A 3BV4A 3BW2A 3TJLA 1K8XA 1KM0A 3G1AA 3EXRA 2GVGA 2CU0A 4N2YA 3O8AA 3PBUA 4N9CA 1GVQA 1SO4A 1H7WA 2DORA 1D3GA 5TQLA 4LOCA 5AC7A 5AYYA 2O7SA 5CZSA 3DGRA 3STGA 1KM1A 5KITA 3MYPA 4O4WA 1JUEA 4G1KA 1F6PA 1T96A 3LI1A 1HTIA 1KFBA 2VC6A 3Q94A 3MHUA 4JYDA 2ZRWA 1LOQA 1NFBA 3OBKA 4ZQNA 3P67A 1EPXA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3S8HA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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