3S9Y | Genus

Total Genus 131

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	131
sequence length	331
structure length	331
Chain Sequence	SGLVPRGSMGFKVKLEKRRNAINTCLCIGLDPDEKDIENFMKNEKENNYNNIKKNLKEKYINNVSIKKDILLKAPDNIIREEKSEEFFYFFNHFCFYIINETNKYALTFKMNFAFYIPYGSVGIDVLKNVFDYLYELNIPTILDMKINDIGNTVKNYRKFIFEYLKSDSCTVNIYMGTNMLKDICYDEEKNKYYSAFVLVKTTNPDSAIFQKNLSLDNKQAYVIMAQEALNMSSYLNLEQNNEFIGFVVGANSYDEMNYIRTYFPNCYILSPGIGAQNGDLHKTLTNGYHKSYEKILINIGRAITKNPYPQKAAQMYYDQINAILKQNMES

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structure-activity relationships of orotidine-5'-monophosphate decarboxylase inhibitors as anticancer agents. pubmed doi rcsb
molecule tags	Lyase
source organism	Plasmodium falciparum
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus	131
structure length	331
sequence length	331
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2011-06-02

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3s9yA00

3UY8A 3WFAA 4GRSA 3NPXA 2V82A 3WK0A 1YLVA 3INPA 3DI0A 1LLZA 2CWNA 5CSRA 4RZ6A 2RDWA 3SIZA 3C2OA 1KTNA 3GX9A 3MWAA 3LHUA 1XM3A 5ABTA 6ALDA 2QCDB 2QCLA 4O12A 3M16A 2HSAA 3A21A 3HG3A 4KFOA 3V1PA 2VEKA 5FEPA 1TPH1 2V0TA 4CCDA 5F2GA 1WBJA 3AO0A 3LXBA 1R46A 1LRNA 5I3FA 4C1LA 2ZRVA 2YGYA 4NT0A 1XUUA 1GTHA 3ELFA 3OVPA 1MXSA 4Y96A 1X8FA 3DFPA 1MZHA 3T4CA 4ALDA 4RK8A 1BWKA 3NQCA 1UCWA 5D33A 3QMTA 4R34A 2ALDA 3W1LA 1O94A 4IPJA 4NJHA 3W86A 1DKWA 4YLWA 1SW7A 5FF0A 3O6DA 4UC5A 5FF7A 4A3UA 1WDWA 3TU9A 4MPQA 1W31A 4ZZ9A 2QCHA 3L65A 4MKNA 5BOOA 5FF4A 2TRSA 4MUZA 4RJEA 3CHVA 3LXCA 1EIXA 1HFBA 1X7FA 5G5IA 3E12A 2B7NA 3R8RA 3L5AA 2FDSA 4Z1AA 6TIMA 2FPTA 4LVAA 1DV7A 2ISWA 3NA8A 4DO4A 3W1XA 4UMAA 1ML1A 3TAKA 2GQAA 4JEQA 2YW4A 4Q33A 4CCCA 3W7IA 4C1KA 3NQFA 3TFCA 3QFEA 3S1XA 4N9CA 1JUEA 1ZCOA 3O6YX 3LBMA 3UNDA 4MJMA 1P0NA 3W7GA 4BF9A 1KM1A 2TYSA 3G24A 1TPUA 4AWUA 4CNPA 1YYAA 2YPIA 3IVUA 5D2TA 2VXNA 3UWQA 4XKYB 3BW2A 3M7WA 4LVGA 1SU5A 4ONVA 1PE1A 4O1CA 5AYXA 5BNKA 1DQXA 4QQ3A 4G1KA 4OV4A 4A29A 4GWEA 3I65A 5AFDA 1LOLA 3QEZA 4Z0SA 3TMQA 1WAUA 4O4WA 4D2JA 3LLDA 3W3OA 5DCEA 1H7WA 2GVGA 3MI6A 5LNRA 2CZ5A 2ZQ0A 3Q58A 1TB3A 3O63A 3P62A 3B06A 4BR1A 3B4UA 2R91A 1EP3A 2V2HA 1RVGA 2E1DA 2X1SA 3EWYA 3TC6A 1DHPA 4PODA 5F4WA 1DOSA 2OT0A 3UPWA 3IEBA 3UWYA 2VEPA 1DORA 4JDYA 4JICA 3EWXA 1TQXA 1QAPA 5EYWA 2KZHA 4ADSA 5KINA 4ZQCA 5EY5A 3LHVA 1W5NA 5KZMA 1ZJIA 1MEHA 3QJAA 3TROA 1B3OA 1OX6A 3E49A 1LOSA 4HHPA 4TX9A 3QH2A 3HGRA 1ZENA 3WK2A 1BKSA 2VKZG 1U5JA 2ZRUA 1C9DA 2RHGA 4LWWA 4CCEA 3G0XA 1SFLA 2OZ0A 4FEZA 1GG0A 5EPDA 4BK9A 3KOFA 4S1FA 4JTLA 3S6DA 4IMGA 4JTHA 5K9DA 4NZFA 3PUOA 2VELA 2QDHA 2A85A 4A2RA 4IX0A 1TO3A 2QJGA 4NJJA 3PF3A 1TJRA 2NXGA 1ZHAA 3UXAA 2V9DA 1W1ZA 2C1HA 5AHNA 2JKEA 1LM1A 3BV4A 2JGQA 3A9IA 4FIQA 3LTSA 4M7SA 2EHHA 1GEQA 1WA3A 2ATSA 3KVJA 4FF7A 4ZVJA 1KM0A 3RNDA 3UPBA 3TR2A 4IPIA 1SQ7A 1NF7A 3IRDA 3QQ1A 1QPQA 5EBUA 3BARA 2C13A 1H5YA 5D09A 2Q8ZA 1VHCA 3NGJA 2Y63A 4BWLC 2NX3A 4JTEA 1IXNA 2QCCA 1OFRA 1SZEA 3O07A 5EMUA 8TIMA 2C3ZA 2ZRZA 1RQEA 3A24A 4OU1A 1FXQA 4O28A 3N2MA 1A53A 2CLFA 1LTDA 1IIGA 4R7JA 4JTJA 4K8HA 4HSOA 3QPYA 3BGGA 3L5MA 5KZEA 2A0NA 4IMEA 4FXRA 3RLUA 3THAA 3S9YA 4RXFA 4TU1A 2Y61A 2ZFAA 3FS2A 2CLKA 2ZZ3A 1EWEA 1G4TA 5F4SA 4O1BA 4EVZA 3R13A 5K9XA 1SZFA 5C6MA 4LRTA 3IVTA 3LRLA 3THQA 5HULA 5U4NA 3ABSA 4YMZA 4B5NA 3NQ7A 1HL2A 1QMLA 3CEPA 4W9TA 3TNOA 1RQBA 3LB0A 3NM1A 5D03A 2CZDA 3S1WA 3NQDA 1GOXA 5AC6A 1S5VA 2Y6ZA 3NR0A 3ZFHA 2QCNA 4N6EA 2NUYA 4FB7A 1TPDA 3C6CA 4I7WA 3LCIA 4FNRA 1TTQA 4IMFA 2DZVA 3F4NA 2Y89A 1XKYA 1FCQA 1XXXA 3UYCA 2V8ZA 1HTIA 1N7KA 4GNJA 1DBTA 3RU6A 2QR6A 1J4EA 1KW1A 3NVTA 2ZRYA 1WBHA 1P1XA 3CWOX 4AXKA 4O54A 4ZQPA 2E5DA 4RLIA 3DBPA 3T78A 4DXVA 3OVRA 1I4NA 4GUJA 3H53A 2ISSA 2NUWA 3TX9A 3P80A 3DU0A 3HIJA 3HOJA 1JQXA 3ANYA 4ORIA 3W75A 4NXSA 3B0UX 4LY8A 1G7VA 2QUTA 3GB6A 3MHUA 1JULA 1AG1O 1QPOA 2X1TA 3WJSA 3G1DA 3BVJA 5KTLA 4UTUA 4E38A 5AHEA 4O15A 5F2IA 4MVAA 1AW1A 4KFNA 3P81A 4ML9A 1FWNA 1SO5A 4IUOA 3L0GA 4NXKA 3PSWA 1OFAA 3TDFA 3S5ZA 3PUEA 2F7FA 3OVQA 4O16A 1OFEA 3S1VA 1R30A 3GZ3A 4JTTA 3YPIA 3FYPA 2TPSA 3VKJA 1XBXA 4UTJA 4NJGA 1VPXA 3PWAA 3KRZA 2QCMA 4RZ5A 1WYIA 2QUVA 4ZL1A 3HPSA 2NXHA 2J9ZA 4XZ9A 1VR6A 4TIMA 3NQ2A 3HJZA 2R14A 1TV8A 4HN4A 3TSMA 5FI8A 2H90A 3TKFA 1KM5A 1O60A 4UTKA 4GC4A 4N02A 3P8IA 3DH7A 1B9BA 2YSWA 4E2DA 2J9XA 3HO8A 3IIVA 2EAWA 4O10A 4AWTA 1QCWA 4PL1A 3NNTA 3PY2A 3G1XA 4AEOA 1G67A 1JCLA 1ZAJA 5HWNA 1OVDA 3P60A 5G4EA 1ME7A 3MO7A 3TCEA 5I3KA 5AHMA 3FYOA 3DXIA 2C16A 4R53A 3O6CA 4MFDA 1KM4A 1SW0A 1TPEA 4LVDA 3W7MA 4N9EA 1Z41A 1UBSA 3UWVA 3HGOA 1FBAA 1S5WA 1DJNA 2QUUA 3DENA 2EPHA 1TRIA 4UCGA 2ZZ2A 4NX0A 3NOEA 4QNWA 4K38A 1CX9A 3QW3A 1K3UA 2ZZ1A 2AAMA 3PULA 1OJXA 2A6NA 3NL6A 1H7OA 3NEVA 3EWWA 2QCEA 2B7OA 3TK7A 1WX0A 1K8YA 5HUPA 3ZR4A 5DBTA 3M9YA 1TPB1 2R94A 2FB2A 3G3MA 2AGKA 3H55A 4UTIA 3N19B 3SW6A 4LT9A 4AAJA 3M5XA 1FWRA 3C2VA 1KFJA 3GKAA 3EXTA 1VQTA 4E2BA 2Q3RA 4X2RA 3SFKA 3S5OA 3ZWSA 4HNNA 1BEUA 1PS9A 2RKXA 4M5PA 4MZ8A 1EX5A 2FLIA 4K39A 1BWLA 3PBWA 1W5PA 4TO8A 3HPZA 2B0MA 5U7SA 3L2IA 1T0OA 2FJKA 4KWWA 4CNOA 5K9CA 3JRKA 3W22A 1H51A 3L66A 5TQLA 3TJLA 2E5BA 3W1NA 2WO5A 2OCZA 4PA8A 1L6SA 4DO5A 4TMBA 1MSSA 4LOCA 3B0PA 4JYEA 4S2BA 5F4XA 2Z2UA 2BLEA 4J9JA 5CGQA 1H1ZA 1W5QA 1KLZA 4N4PA 1AL8A 2QJIA 5EA9A 1IXPA 5LHEA 3VNDA 1M7OA 5TIMA 3W7PA 5K7JA 1OX4B 4O50A 3F1QA 2DORA 1UJPA 3MBDA 4YXGA 1VYSX 3TJXA 1OF6A 2C0AA 2G96A 3B03A 1OG0A 5K3VA 2FTPA 3WJWA 3G0SA 3BG3A 1THFD 2NXIA 3C2RA 3W1TA 2QAPA 1FWWA 3I7RA 1Q6QA 2ZTKA 3W74A 1EUAA 4GXMA 1LBFA 2J88A 2Q3OA 2JKAA 2XFWA 4P2VA 1Z44A 5G1TA 3W2NA 4O53A 1GVSA 1ZFJA 2W6RA 3G1HA 3W2JA 3A23A 4O1DA 1ZALA 4WD0A 1FCVA 1QNVA 5C54A 4POCA 2ZYFA 2A7RA 3ZWTA 3MYOA 2PRMA 4MY1A 3A22A 2A6LA 4UFKA 5CPMA 1UB3A 1X1OA 3HF3A 4O0KA 4K8EA 3W1UA 1PL9A 1G4PA 4AHQA 1H7NA 4O1AA 2ZBTA 1V7YA 3ATZA 2A2IA 1OFQA 1ZNNA 4RZ4A 4Z1BA 3O8AA 4NJIA 4AF0A 4WY0A 2A7PA 3CM4A 3IGSA 3FKRA 4WOQA 4IJBA 4AMAA 2NV2A 4ZMGA 2C18A 3MJYA 3Q37A 4JYDA 1PCWA 2ZZ6A 1ZAHA 4FNTA 3TV8A 3QPZA 3N14A 1SSDA 3NL5A 1LYXA 2VEMA 3STCA 5CPLA 3VCRA 4UNKA 4XBKA 2UV8G 2YCEA 2QAFA 4JTKA 1IXOA 1FUYA 1T99A 3PS7A 4X22A 4HPXA 3NM3A 5CZTA 5T26A 3M1ZA 1H1YA 1HO4A 4NQ1A 1KFKA 3SECA 1F7BA 4LU0A 3LV6A 1A5AA 4WJEA 1VLIA 1YPIA 3W2LA 5C55A 1KFBA 1X6UA 2JBMA 1FQ0A 3B0VC 1GWJA 2BZNA 1VS1A 3QQ0A 2QDGA 1Q6LA 1SW3A 1Q3NA 4WQ6A 5FEXA 5J5RA 1EEPA 1YDNA 3CC1A 2DJLA 2WNQA 2V5LA 3FA5A 1F6PA 3O16A 3JR2A 4FIRA 3KAOA 1K7EA 5G2HA 1VLWA 3SY5A 3VFLA 4FX7A 4O11A 1A5SA 3HGJA 2WSRA 5F1VA 2W79A 3QC3A 1LDCA 3GK0A 1TPVA 5I3GA 4UMCA 3W2MA 3PR2A 1GT8A 4UTWC 3OBKA 1SZGA 4Q32A 1VGAA 3WJYA 3DFSA 3LOTA 4GE8A 4DPPA 1PHQA 1XUZA 2I9EA 1XFBA 2PE4A 2Z1BA 1EA0A 5HUOA 5CPNA 4GUHA 5CZJA 1GVQA 2P10A 3EWBX 1JRBA 1W3NA 3OEXA 3L0KA 3B04A 2XN1A 3W7JA 3T44A 4GUFA 4R33A 3LCGA 1W3TA 1F2JA 2NX9A 3E0IA 3H54A 1I2NA 4GFSA 2VFIA 5CZ0A 4KKXA 3W1AA 3EXRA 5E1QA 2VFFA 2FFCA 3LRMA 1TCDA 3HB9A 3BGJA 4OHQA 4NNCA 3G1SA 1GPWA 1SSGA 4WZHA 3CEUA 4Q4KA 1IGSA 2E77A 1X1ZA 1DVJA 3G1FA 3CU2A 2A7NA 1GJPA 3BG9A 3CIXA 4UFLA 3SZ8A 3ABRA 4MFEA 3W7QA 3AJXA 3W7NA 1G69A 4JS3A 1FDYA 3R2GA 2BX7A 3QSRA 1AMKA 3PBYA 1OHLA 3P5YA 4LW7A 4M6PA 1KLYA 3LI1A 1VCVA 2VENA 3K30A 2V30A 1L9WA 1TJPA 2CLLA 2H6RA 3MUXA 1M5WA 3PB2A 4OWGA 3LERA 2J27A 3U8GA 1SO3A 1DJQA 4MY8A 3NQEA 4H4IA 5IBXA 1YXCA 3TSDA 2EGZA 3T7VA 3IGXA 3DKJA 2ZA2A 3ZS4A 3GAYA 3GDMA 4IMCA 4OGZA 4JXCA 2Z6IA 4UFHA 4A2SA 1I2RA 5A8GA 1OFDA 1L6WA 1SO4A 3FIGA 1TV7A 4WX2A 1R2SA 4UXDA 4QNEA 2DZWA 4LVBA 2CZFA 2ZCGA 3EEGA 4I7VA 2PRHA 1VH7A 1OYCA 3NL2A 4LTSA 5DY3A 4NVTA 4OE7A 3STEA 4XUGA 3OA3A 5BRBA 3B05A 4HNTA 3NQGA 1RQHA 4CQAA 3IIXA 3TA6A 1GVRA 5DCDA 3UZ5A 5CSSA 1YADA 1J5TA 3E9AA 4WUIA 1P5BA 1QR7A 4N2YA 5FEZA 5DBUA 2C19A 5L9FA 2FQIA 1RR2A 1UUOA 3TXVA 3G1YA 3SR7A 2J24A 2Y7FA 1QDSA 5LNVA 1OFBA 3W2UA 2YW3A 2H8XA 3JS3A 3GDLA 5AC7A 1B57A 3NYZA 1ZAIA 2YYTA 2E6YA 4QITA 3C52A 3EX2A 1HG3A 1TQJA 1QOPA 3L9CA 3R5EA 2CZEA 3PG8A 3LGEA 1D9EA 2W0UA 4MYXA 3W7DA 1GG1A 2WV8A 4UNLA 2E6DA 2GQ9A 3IGUA 3GYEA 1Q6OA 7TIMA 3W7RA 3WJXA 1TV5A 4YL2A 5D32A 4K37A 4DQWA 2E6FA 2ISVA 2AQWA 3UWZA 4LV9A 3NQ8A 1S3HA 1FDZA 4M7TA 4JX5A 3GDTA 5LGZA 3NAVA 2D73A 3VE9A 4Z1DA 4BI7A 5AOUA 1AK5A 3KRSA 3UZJA 2H8ZA 3O06A 3FKKA 3FLUA 3LCWA 4PTNA 1P4CA 3TW6A 2VC6A 2H3BA 3M5YA 3O15A 1WOAA 4XQ6A 5HNRA 1GVOA 4O17A 4A22A 3W07A 1LLWA 1O95A 4N9BA 3A5FA 1VHNA 3M44A 4IOTA 3UWUA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3S9YA

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