3S9Y | Genus

Total Genus 131

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	131
sequence length	331
structure length	331
Chain Sequence	SGLVPRGSMGFKVKLEKRRNAINTCLCIGLDPDEKDIENFMKNEKENNYNNIKKNLKEKYINNVSIKKDILLKAPDNIIREEKSEEFFYFFNHFCFYIINETNKYALTFKMNFAFYIPYGSVGIDVLKNVFDYLYELNIPTILDMKINDIGNTVKNYRKFIFEYLKSDSCTVNIYMGTNMLKDICYDEEKNKYYSAFVLVKTTNPDSAIFQKNLSLDNKQAYVIMAQEALNMSSYLNLEQNNEFIGFVVGANSYDEMNYIRTYFPNCYILSPGIGAQNGDLHKTLTNGYHKSYEKILINIGRAITKNPYPQKAAQMYYDQINAILKQNMES

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structure-activity relationships of orotidine-5'-monophosphate decarboxylase inhibitors as anticancer agents. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags	Lyase
source organism	Plasmodium falciparum
total genus	131
structure length	331
sequence length	331
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2011-06-02

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3s9yA00

4AXKA 2G97A 1T99A 3GNNA 1EP1A 1BWKA 1NVMA 4M6VA 2ZRZA 1B9BA 1O5KA 3MHGA 2DZVA 2NX1A 3S1UA 2QCNA 2DZUA 4CLMA 1OF6A 1YXDA 3CTLA 4UFMA 5F1UA 1LBMA 3VKJA 3TSDA 3CC1A 1TV7A 3R89A 3CLMA 4M5PA 3UD6A 3C6CA 5D04C 1I2OA 2B4GA 1JRBA 1JUEA 1KTBA 2ZTKA 4UUIA 1ZENA 3W7DA 2VOMA 4EIVA 3FKRA 3P81A 5J5RA 3PR2A 4DQWA 1GG1A 2CLIA 2G96A 4P2VA 4MZYA 2OT1A 2TSYA 1VYPX 3PY2A 3LTSA 1M5WA 2Q8LA 3M5XA 3AJXA 1VPXA 4MY9A 3INPA 3W7PA 3G0UA 2ABAA 1XM3A 4Y96A 5FEWA 4UFKA 4KKXA 1V7YA 3W2JA 3NQAA 2WKJA 4O57A 3DFPA 4BFAA 3QZEA 3H55A 1QOQA 3HJZA 1QMLA 2FQIA 2WSYA 2VEKA 4N4QA 4MLJA 1SO3A 3G3DA 3BPWA 4N4PA 3GZ3A 3LCXA 4AWTA 3QJAA 1H7NA 1KV5A 2ISVA 4JIPA 4CCDA 3EEGA 1PS9A 3EXRA 1I45A 5AFDA 3HO8A 5G2IA 3LM7A 1ML1A 3LCGA 4O52A 4K7YA 3W75A 4GRSA 2C3ZA 5K9DA 5BMWA 3I7RA 3G18A 4FX6M 1W5QA 2GOUA 1DBTA 3M5VA 1DJNA 4S1FA 4O8RA 5AC6A 3P8JA 3QQ1A 3DH7A 4NJGA 1TV5A 1VS1A 3UWWA 3E9AA 3SGZA 2E6FA 3CT7A 1LROA 1HO1A 2C1HA 3LHTA 2RDWA 1DOSA 1LLZA 3DAQA 4BI6A 3GKFA 2QCFA 4WUIA 1UUOA 3C4UA 4L4MA 4MZ1A 4TU1A 3N9RA 5TIMA 1SQ7A 1S5TA 1X1ZA 1VQTA 3ELFA 3LV6A 5K7JA 2G95A 4PFMA 3MWAA 2H3DA 1PE1A 4AH7A 2NV1A 3T78A 2FB2A 3HOJA 2HS6A 2X1RA 1AK5A 1ZAIA 2ZRUA 4PL2A 2BSLA 4S2CA 4TX9A 5C55A 3W7NA 5U4NA 4DXVA 4FNPA 4BR1A 4I7UA 1JCYA 1QDSA 1TQXA 3A21A 3B8DA 4JYDA 5FF3A 1MEHA 1TPC1 4K8EA 3V1PA 4FNSA 5DY2A 3O6DA 5F2IA 2V81A 2AAMA 4R34A 4HN4A 3LRKA 4MYXA 5E0KA 1ICPA 4R7JA 3KRZA 3ZWTA 1MSSA 1H5YA 1I2PA 4MY8A 1I8JA 1KLYA 4DBEA 1A5BA 2RDUA 1DV7A 4JD4A 1JCJA 2OJPA 3G22A 2VEMA 4EWND 1AG1O 5G4WA 1GG0A 5D30A 4UMCA 2J88A 1GZGA 3N3MA 4MVAA 3HB9A 3W1RA 4PL1A 1O94A 5D2XA 1OK4A 3L5MA 4IMFA 2CLMA 1KFJA 2PRMA 3GXPA 2HMCA 3GK0A 3G0SA 4CCEA 4RCXA 1W5OA 2JGYA 4FXRA 4O14A 3N14A 4XTIA 5HMSA 1LOLA 1XBZA 1ZAHA 1I2QA 1MEWA 1OFPA 3S5OA 2LLEA 2VXNA 2FFCA 3A5FA 5LNUA 3IV3A 3W1XA 4A3UA 2W79A 2B0MA 2Y7FA 3E96A 4GUHA 1R47A 2ZFAA 3RF9A 1SO5A 5K2ZA 3LHVA 1C9DA 1M7OA 1XDMA 3G1AA 1KBIA 2NV2A 4UTTA 2R8WA 1ME9A 3LBMA 1K03A 5EBUA 1ZALA 2P10A 3FFSA 4PH6A 1M7PA 2OCZA 1OFAA 4Z1BA 3W7EA 3USBA 5BOOA 1VLWA 3L9CA 1FCQA 1QO2A 6ALDA 3BW3A 4DBDA 1DL3A 4PCFA 2F7FA 5DCBA 1G69A 2Y63A 5HWNA 1SSGA 1TRIA 3DHFA 4JTUA 3QMSA 3T40A 4ADSA 1VCVA 3C56A 3FJ6A 5AOUA 4UIOA 4XBKA 4GC4A 2X30A 1KFEA 4N9BA 3QFEA 1KM5A 4PA8A 3PBUA 1TPDA 3HPXA 3VE9A 3HG2A 1NAL1 2OZ0A 1CI1A 5AYXA 3EKZA 2EHHA 3TROA 1W56A 2V0TA 2BX7A 4RZ5A 2Y61A 4IPIA 4UNLA 4MUZA 2E6YA 2NX9A 3LRLA 3N2MA 2YX0A 3LCHA 1LRQA 4UTWC 1ONRA 1K8XA 2GQ8A 3CM4A 4UTKA 4XWUA 1K7FA 5AHFA 4UTMA 1F2JA 2WNNA 5CKSA 4ZQNA 3EB2A 4TO8A 1TYGA 4WOQA 3TE9A 1FCBA 3CWOX 1AW2A 3OIXA 3DKLA 1SPQA 1TIMA 3W7RA 1R2TA 1X8FA 2RH9A 4RLIA 5CSRA 1ICSA 3CIXA 2ZA2A 4FF7A 2NXHA 1QPOA 1H62A 1B4KA 4TMBA 1W5PA 1J4EA 2ISSA 2EF9A 4O15A 4FHAA 4YMZA 1EIXA 3KHJA 1Q6RA 4ZQOA 3TA6A 2ZZ4A 1LORA 3W71A 2E6AA 2DP3A 3PWAA 2A21A 1LM1A 2Y7GA 3HQ1A 5HQEA 5CZJA 5D2VA 3M5ZA 3DFSA 4GNJA 3BARA 2C13A 4LT9A 1C29A 1RD5A 1D9EA 3LOTA 3E02A 3IGUA 2V2HA 7TIMA 3GB6A 4QNWA 2TRSA 4JTJA 2X1SA 3WJSA 3GYEA 4M6PA 1ZAJA 3HGSA 1K8YA 3EX6A 5F4SA 3TUUA 4CCCA 2V2CA 1Z42A 1K02A 3FA5A 1S5WA 5A8GA 4AF0B 2BZNA 1XUUA 3O16A 1OK6A 3O8AA 3UXAA 1TJRA 3LCLA 2Z6IA 3LB0A 3PUDA 4MJZA 2VEPA 1TPH1 1GVFA 1F7BA 4JYEA 3BG3A 4UMBA 3OA3A 1LYXA 1TTJA 3W88A 3UNDA 3W1QA 3PM6A 3QQ0A 1KTCA 1THFD 3NQ2A 5I3FA 2O7QA 4U28A 2BTMA 4M19A 5ABTA 3UWZA 1W31A 4KWWA 4ICNA 8TIMA 3GVGA 1KV8A 1KFKA 2PE4A 3L2IA 4BI7A 5H91A 3EKLA 3NOEA 1EX5A 4QQ3A 2QAFA 3FJLA 4FB7A 2NUXA 5BMXA 3E49A 4RR4A 3C52A 3W84A 5EMUA 5CZSA 1DORA 1TPEA 3NQDA 3UQNA 2AGKA 1Q6LA 1D3GA 4LRSA 5K4XA 4WXYA 3W7OA 4LC8A 5HUPA 1I2RA 1TMHA 1RV8A 1FUYA 3IIXA 4IMDA 3IVSA 4QNEA 5LNWA 3SFKA 4HPXA 5FI8A 1H1ZA 4WZHA 3UWVA 3TXVA 3WK1A 2YPIA 4U4MA 1FY6A 4DELA 1KFCA 1CW2A 1AW1A 3NPVA 3W7QA 3GLCA 2QUUA 1GYNA 2V82A 3TFXA 2GVLA 1SU5A 1D3HA 1XCFA 3UPBA 2VFDA 3R8RA 4NU7A 3W74A 3KFTA 1H61A 4LWWA 2VFIA 2JBMA 3LLDA 3TX9A 2WOQA 2WNZA 1OYAA 1VH7A 4RJEA 3M16A 3G1YA 3O6CA 2VENA 4FX7A 1ZCOA 4IQLA 2R94A 3NAVA 3W23A 1W37A 1JQVA 3M7WA 1AMKA 5K9XA 2WSRA 4WQ6A 5I3JA 2Y88A 3BG9A 1SO4A 3CWNA 1H51A 3TIMA 3KXQA 1O4UA 2JK2A 3LGEA 2TPSA 3W1UA 3P67A 4NJJA 2GVJA 3FEMA 3RK8A 4FNRA 5C6MA 1PL9A 4JEQA 2FPVA 2YSWA 1ZNNA 3M47A 2YXGA 5K3VA 1PVNA 5CPLA 3W1MA 4A29A 1EP2A 1JCNA 1KLZA 5F2LA 2E77A 2ZZ5A 1W5MA 2ALDA 2QDGA 4NT0A 2J9ZA 3I7SA 3C3NA 3FS2A 5AHIA 4RXGA 3SJ3A 4MLRA 3HMJG 3IIVA 3NYZA 1OFDA 1W3TA 3N34A 1VC4A 1LOQA 3E12A 3S1WA 4Q33A 1GVQA 3HGRA 3P60A 4O0KA 3C2VA 1JVNA 1EWDA 2CLOA 2V30A 1XUZA 1W0MA 1VRDA 4Q32A 5LGXA 5LNVA 4GFSA 1SFLA 4X3ZA 4GUGA 3TSMA 2EAWA 3P80A 3NA8A 1PHWA 4L4LA 4IGHA 4TMCA 5G5IA 3W85A 1W5NA 3L5LA 1XFBA 3WJZA 1A5SA 3EWXA 3EX1A 5FEXA 3KOFA 1OABA 4WY0F 4E2DA 5BRBA 1TPFA 3LCFA 5D02A 4UTHA 4OU1A 1S5VA 1LRTA 4J9JA 3DU0A 2A6NA 3QPYA 1JRCA 3GXNA 4E0CA 3GDTA 1HTIA 4QIUA 5FF4A 1K7EA 3QEZA 4IXHA 4JS3A 1P0NA 3M5YA 5E1QA 1G7UA 5HINA 4UTUA 1N7KA 4LUJA 3VCRA 3LERA 5EY5A 2ZZ1A 1TTQA 3S5ZA 1NFBA 3DZ1A 3NPWA 1OFRA 3W7HA 1S3HA 4ONVA 4AVFA 1QO5A 2ZYFA 3SW6A 3I6RA 1FWSA 3FKKA 1FX6A 2H8XA 4O12A 2X2GA 5LNSA 1L6SA 2VC6A 1K7XA 3NG3A 4Y8FA 2X16A 3S8HA 3B0VC 5U7SA 4O11A 1TRDA 3PB0A 5KITA 4BK9A 4MY1A 5DCEA 5I3GA 1YTDA 3UY7A 1FCUA 5FF7A 4GJ1A 3W1TA 4UTJA 4CNPA 3MP4A 1WBHA 1KFBA 2J6XA 4GUJA 4OV9A 3DXIA 1U83A 1LCOA 2NXIA 4GXMA 5LZLA 4M7SA 2GQ9A 1VZWA 1SZEA 2J9YA 3GAYA 3EX3A 2NXGA 3SIZA 2XFWA 4ZVJA 1JCXA 5K4ZA 3EWBX 1TPWA 2YDAA 4OE7A 4UFJA 1GOXA 3MI6A 3QMRA 4Z1DA 3PG9A 3KRUA 5C2XA 4I9AA 1EB3A 2C19A 4ML9A 4RKAA 3NQVA 2CWNA 1G4SA 1R2RA 3RMJA 1GTHA 3W2NA 1ZJIA 2B7OA 1VR6A 4O1CA 1RQEA 2CLFA 1OX5A 1IF2A 4K39A 2FTPA 3SR7A 1YXYA 4LS0A 4RZ6A 1HO4A 2I9EA 4PEKA 2NUYA 1L2UA 2QCGA 2QJGA 1IXOA 1LP6A 1W8SA 1KTNA 2C6QA 1WOAA 3KVJA 2VEIA 5HULA 3QSTA 1H63A 1UB3A 4UTLA 1GWJA 5D2YA 5KZEA 4O19A 5F4WA 2C15A 2Y62A 4AHOA 2JKEA 1F6KA 4WY0A 4NQ1A 3ATZA 4H4IA 1UCWA 3TXZA 2H90A 3TV8A 1WOBA 2FB3A 4CNOA 3P5ZA 5DCDA 3Q2DA 4JGDA 4XQ6A 4LVGA 3C0JA 3NQ6A 4O17A 4GUIA 4ZQPA 2V9DA 4FNTA 2CZDA 3I7QA 1GVOA 5DBTA 3JS3A 3NPXA 3BLIA 4MOZA 5F1VA 3GIYA 3F4WA 2ISWA 3NL2A 2CFFA 5C54A 3Q37A 2X1TA 2YFNA 3OHIA 3W7KA 4LRTA 4UFLA 4UR8A 3G8EA 3EXTA 4LUIA 1TB3A 3OG3A 5IBXA 2FPTA 4AWUA 4XTDA 2RFGA 3MUXA 3LCWA 3C2OA 3CEUA 2E5DA 4JX5A 2JGQA 3QMTA 4NZJA 4YXGA 2B7PA 2A6LA 3CIWA 1O60A 3ZR4A 3G3MA 3MBFA 3CEPA 2CZFA 2FJKA 2QJIA 2QF7A 1BKSA 2Q8ZA 3IVUA 1RPXA 2VFEA 1MO0A 3STEA 3C61A 3DHDA 4CQAA 5LKYA 1FWRA 3P74A 5LGZA 3U8GA 3NR0A 3TQ0A 5J5DA 3SZ8A 2Y70A 1H60A 1VYSX 3PB2A 4IMEA 3GDLA 3TSBA 3OBKA 1JUBA 4MJMA 1JR1A 3QW3A 1FWTA 2Y89A 1GEQA 4RX0A 3DBPA 1H1YA 1OG0A 4JTGA 2Q3RA 2O7SA 3G1HA 1OYCA 3TKFA 1OJXA 2PC4A 2NLIA 1EWEA 4EVZA 1FQ0A 3G24A 2CLKA 1VYRA 3QW4B 1F5ZA 4LC6A 1IIHA 4WY0B 5AC7A 5CZTA 3NQ7A 4UTTC 4AF0A 4EF8A 2YW4A 4DF1A 3EXSA 2ZRVA 3RNDA 4HSNA 2RDTA 4R33A 1TPUA 3TCEA 4XUGA 2E5CA 2YYTA 5LNRA 1ZHAA 1TV8A 1W3NA 2DZTA 4LS1A 5AYYA 1RQHA 3ABQA 2Y7DA 3B4UA 2DZWA 4O4VA 2WSQA 1W1ZA 3TNOA 3BLEA 3C2RA 1JCLA 4JIQA 2DORA 3TMQA 1QWGA 4GBUA 1FWNA 1JUKA 4IX0A 4YL2A 5MHBA 3HGJA 4ORMA 1VLIA 1F05A 2AQWA 4ADTA 2Z1BA 4JTLA 2JKPA 2GJNA 1L9WA 2WJZA 3P8IA 5HNRA 1QFEA 3M41A 2ZZ7A 3L0GA 3KX6A 3R12A 3D0CA 4N6FA 4JICA 5AHLA 3RU6A 4Z08A 5HWMA 4FXSA 3DFTA 3W1PA 1IXQA 4N2YA 5EKYA 3LLFA 5D09A 3TH6A 1JJKA 5AB3A 1PIIA 5FEPA 2XN1A 3PULA 6TIMA 2E5BA 4MPQA 3G1FA 2ZA3A 3DI0A 2WQPA 1C8VA 4HT3A 3W73A 3HBLA 3QYQA 4AWSA 1A5AA 4CQ9A 3A24A 3BV4A 2CZ5A 3QC3A 1B3OA 2FIQA 1SZGA 3NQMA 3GDRA 4JDYA 1H7WA 3AO0A 2P0OA 3FIGA 1VHNA 3P7YA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3S9YA

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