3S9Y | Genus

Total Genus 131

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	131
sequence length	331
structure length	331
Chain Sequence	SGLVPRGSMGFKVKLEKRRNAINTCLCIGLDPDEKDIENFMKNEKENNYNNIKKNLKEKYINNVSIKKDILLKAPDNIIREEKSEEFFYFFNHFCFYIINETNKYALTFKMNFAFYIPYGSVGIDVLKNVFDYLYELNIPTILDMKINDIGNTVKNYRKFIFEYLKSDSCTVNIYMGTNMLKDICYDEEKNKYYSAFVLVKTTNPDSAIFQKNLSLDNKQAYVIMAQEALNMSSYLNLEQNNEFIGFVVGANSYDEMNYIRTYFPNCYILSPGIGAQNGDLHKTLTNGYHKSYEKILINIGRAITKNPYPQKAAQMYYDQINAILKQNMES

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
publication title	Structure-activity relationships of orotidine-5'-monophosphate decarboxylase inhibitors as anticancer agents. pubmed doi rcsb
source organism	Plasmodium falciparum
total genus	131
structure length	331
sequence length	331
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2011-06-02

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3s9yA00

3KFTA 4NU7A 5I3GA 2YDAA 1L2UA 3LCIA 1T0OA 5AYXA 1SO4A 4PFMA 4TO8A 1FCVA 3N34A 2ZTJA 3HPXA 4AMAA 3DAQA 4LT9A 2EAWA 4QQ3A 1OG0A 4KFNA 3L65A 2QCDB 2X1SA 3VFLA 3DFQA 1YPFA 4N6FA 1TTJA 3N3MA 4UTLA 1SO5A 1D3HA 3IVUA 2DP3A 3AO0A 4GNJA 4WY0B 2OMAA 1YTKA 2NZLA 5E1QA 3W86A 4PL1A 1OX4A 3M5ZA 2CLIA 2E77A 4A2SA 5D38A 5D2YA 2NXHA 4FNTA 3O16A 4JTSA 1TPB1 5EBUA 4AWSA 2GUUA 4NZJA 2FIQA 1BTMA 1ZAJA 2PRHA 3HPZA 4G1KA 1THFD 5K9DA 4LVBA 2FDSA 4POCA 3HGOA 2CFFA 1WV2A 2PCQA 1OX5A 3WJWA 3NL2A 1H61A 2YYUA 3NO5A 3HG2A 2YR1A 3TROA 1XFBA 2WO5A 4YLWA 4DBEA 4K8HA 3PSWA 2QUTA 3I6RA 3W7PA 3THQA 3Q94A 4ZQOA 3LLFA 3IRDA 3TV8A 1VPXA 3W7QA 3B0UX 1QPQA 1I2OA 2I9EA 2WSQA 4AF0B 3F03K 1HO1A 3G1XA 3SGZA 3IIXA 5AHLA 2C14A 4NX0A 3QPYA 2FPVA 2QCLA 4PH6A 1JUKA 1R47A 4Z08A 4LS1A 4RV8A 2JKAA 1C8VA 3C6CA 2D73A 1FUYA 3LGEA 4B5NA 2B7NA 1H7OA 3C2EA 3B03A 3NDOA 3W1UA 3TC7A 4TMBA 4ZVJA 4UTWC 5KZMA 5TIMA 1VHCA 4DXVA 4OE7A 4UFHA 3F1QA 2V5BA 1TREA 2UV8G 5I3KA 3W1QA 2QKFA 3G8EA 3NVTA 5IBXA 3U2OA 1XL9A 4UFJA 2VXNA 4GUHA 1FDYA 3UXDA 4OV4A 4IMCA 3V1PA 4UTJA 3P84A 3G1SA 1ZJIA 3NQGA 1DORA 1OFRA 3LTPA 3ZS4A 4IGHA 4Q33A 1I45A 4O19A 1EP2A 2QCCA 2PRMA 3GNDA 4JR5A 2GJLA 4MY8A 1G7UA 2ZTKA 1MO0A 3QMTA 1PL9A 5A8GA 1BWLA 4E2BA 4NJIA 4YMZA 3UWUA 3VE7A 3B0PA 2QEZA 1WX0A 3L0GA 3T44A 1ZCOA 4EF8A 2R8WA 3CC1A 4AF0A 2R14A 2E1DA 4R53A 3PVFA 2NX9A 1X1OA 3G1HA 2A7PA 3DGRA 3HOJA 3GXPA 3L2IA 1W1ZA 1TV5A 4RZ5A 3SY5A 3GDRA 3MHFA 4K37A 4LC8A 3QM3A 5D37A 3OA3A 5LSMA 4ICNA 2WPBA 1FQ0A 4O15A 3INPA 2DORA 3PB0A 4MZ1A 3P62A 2A6NA 3QFEA 5G5IA 5LNVA 4MZYA 4IXHA 1FCQA 1M7OA 5K9XA 3W1LA 5HNRA 4WOZA 4IX0A 5HUOA 5FEXA 3BVJA 4QAIA 3WJXA 3P74A 4OGZA 1M5WA 2A0NA 2HMCA 4LVDA 1JR1A 4WX2A 4HSNA 3TJXA 3M6YA 5BW6A 1G7VA 1KFEA 1HUVA 1ML1A 3RK8A 4DEFA 3D0CA 1F5ZA 1F2JA 2LLEA 1OFBA 3LHUA 1B9BA 3CB8A 3NQ6A 5BMWA 3USBA 3CEPA 4JICA 1LP6A 1OFOA 4LW7A 1GG0A 4DO4A 1YTDA 1EP1A 3GKFA 2VEIA 2GQ8A 3M9YA 1SU5A 2GJNA 1W54A 5U4NA 3UPWA 2ALDA 1NVMA 2J6XA 4Y96A 2E5CA 1OK4A 2B7PA 3M43A 3C8FA 3W2KA 2YFNA 1U83A 4M7SA 1QWGA 4UFIA 2ABAA 5LNRA 3W76A 1I2RA 3W22A 3H55A 4O8RA 1VYSX 5LGZA 1D9EA 4UMAA 3RLVA 5I3IA 1NAL1 2H8XA 1EUNA 3DFPA 4UTHA 4WY0F 3FLUA 3DHFA 3EX6A 1QO2A 2RFGA 5HUPA 4K36A 3CIXA 1TQXA 4EIVA 3W7RA 1GTEA 2BTMA 4FNSA 2YX0A 1I2PA 1R2TA 3G8RA 5D04C 2Q3OA 4ONVA 3GR8A 4JY8A 2QCHA 3UYCA 2AGKA 4HPJA 3W2UA 2E6DA 3TDFA 1LBMA 1N55A 1K8YA 4O10A 3SI9A 3IIPA 3MP5A 2VEPA 4TMCA 3L5MA 3FEMA 2TMDA 1W56A 5CZ0A 3HG3A 4DF1A 1GOXA 3C0JA 5AHNA 3NGJA 4UTWA 3FA5A 1K3UA 1M7PA 2W79A 2YSWA 3KVLA 4HSOA 1YXCA 1MEHA 2PRLA 2DZVA 3O06A 1FDJA 3C56A 5HR7A 3FKRA 2YYTA 5DBUA 2A85A 1F74A 3FKKA 5FF0A 4NX5A 1L6WA 1C29A 1TPVA 1N8FA 1P5BA 2E6AA 3QRHA 4LOCA 1LRTA 4MJMA 4O16A 3WK2A 1QPOA 4H6KA 4LVAA 3TUUA 3DXIA 3S1UA 2YW3A 3L21A 3BPWA 3HGJA 1TPUA 4MOZA 3HGSA 3TQKA 4J9JA 1TRIA 2JKEA 4JNMA 3L5AA 5TBOA 4IJBA 3ZR4A 3C2RA 3PBWA 3LCLA 3PR2A 4PTNA 1H7NA 1YPIA 3W7DA 3ZWTA 5C6MA 1KFKA 5FESA 4UTTC 3W7JA 3EXTA 1H7WA 4QNWA 3C4UA 3YPIA 3EX4A 1BKSA 3E9AA 4GWEA 5GVJA 4W9TA 3PC0A 2A6LA 4NJHA 5K3VA 4O1BA 3PM6A 5F2GA 3W7LA 4JD4A 3G1FA 1E51A 2ISWA 4ADTA 2R91A 4MIMA 3O6CA 4N9DA 2ZRVA 1Z42A 1ICQA 3TFCA 1KM3A 4LV9A 3S5ZA 1NEYA 5HJLA 1DQWA 2VOMA 4RZ6A 2AAMA 1IXOA 3P5YA 4MLRA 1KM1A 3SFKA 2OZ0A 4NJGA 3NQEA 4JTLA 3TJLA 4BWLC 1OX6A 6ALDA 1R2RA 2X1TA 2J88A 4HT3A 1AK5A 1DOSA 3M16A 1XKYA 1SZNA 1LOLA 5AYYA 1KBIA 4TIMA 4OWGA 5BNKA 5A5WA 1T96A 2Y7EA 5FF4A 2NWRA 5F4SA 3TAKA 5C54A 3R13A 3GDLA 1SZFA 3CM4A 2ZFAA 1A5SA 4FIRA 1VJIA 1AL7A 1JQVA 5G1TA 3NQDA 1FCBA 2Y7DA 2WOQA 3NQCA 1TJPA 4UXDA 2HS8A 2GQAA 5BOOA 1AW2A 2QCGA 3W1TA 3I7SA 3P80A 3U6WA 3G1AA 3TAOA 2CLOA 5KINA 5HWJA 2Q8ZA 1RQBA 3RNDA 3HJZA 3IVTA 2VEMA 4AB4A 3HPSA 4RJEA 2Q8LA 1MXSA 1YXDA 2ZDRA 4JTKA 5CPMA 4CCDA 3S0CA 2GVGA 4NT0A 3UY7A 1VYPX 3JR2A 4DF2A 4K6AA 4PODA 3LCXA 4JX6A 3P8JA 3IGUA 3QJAA 5C55A 4FX8A 2CLLA 1QNVA 3W83A 4ZQRA 3MJYA 3NQAA 5LNSA 3TIMA 1X7FA 1TPFA 4JIQA 2RDTA 1QPNA 3DFNA 1FCUA 2OT0A 3EKLA 3DFTA 4JEQA 4X22A 1S5TA 1W31A 5AC8A 4WXYA 4XBSA 1AG1O 1U5JA 4C1LA 2VFFA 2WJZA 2W0UA 3TFXA 3HQ1A 4RKAA 1QOQA 1IGSA 3LTYA 1KFCA 2TSYA 3CQ0A 4O11A 4AWTA 2CLEA 1TO3A 4DF0A 3OIXA 2JK2A 4AEOA 4MKNA 4UFLA 1VQTA 5C5YA 4Z1AA 3UWVA 5DXXA 4ZMGA 3M47A 4NXSA 3IIZA 4A3UA 4FXSA 3A5FA 1GG1A 3Q58A 4JYDA 1LTDA 4I7VA 3N73A 5LGXA 4LS0A 3OG3A 5DELA 8TIMA 3BW2A 4UNLA 1DBTA 1TQJA 4IMFA 4ORMA 2QUUA 3E96A 3W7KA 1KFLA 3EKZA 5F2MA 3HIJA 4H3DA 5G2WA 3FYOA 4O0KA 3LXCA 1HO4A 2WNNA 2CU0A 4IX2A 4AHQA 1RR2A 3W75A 3ZFHA 1AW5A 1GJPA 3LHWA 1AL8A 5CPNA 3W7EA 3JS3A 1Q6RA 2V30A 4M6VA 5D2WA 1EB3A 3MI6A 3FIGA 1O95A 2X2GA 3S1WA 3PBVA 3GDMA 4N9CA 2Z0IA 4R7JA 3W2NA 2OT1A 2YCEA 4JTUA 2G96A 4ORIA 5H2ZA 5HQEA 1TTPA 3BLEA 2VFIA 2J24A 5G4WA 3G0XA 3TE9A 1K8XA 1Q6LA 4HNNA 2VC6A 3LHYA 1KM5A 4MFDA 2X16A 1UUOA 4HHPA 4K7VA 5CZTA 1R30A 4FF7A 2WNZA 3BLFA 1P0KA 1RVGA 1R2SA 4TX9A 3T7VA 2BZNA 1OK6A 1XDMA 3QSRA 3BARA 3L0NA 2PC4A 3DZ1A 5HULA 3C3NA 3NAVA 2E5DA 4C1KA 3W88A 2Y62A 4MY1A 5L9FA 2EHHA 1I2QA 7TIMA 2C16A 2QJHA 2DZUA 3OHIA 3N2MA 2ZQ0A 4MZ8A 3S6DA 1F05A 4O50A 2A1YA 3MHUA 1P0NA 1A53A 5CZJA 3NQ8A 3GR7A 3KHJA 1ZY9A 5EKYA 3MI2A 1K7XA 2NXIA 4LY8A 3NA8A 1DHPA 3QC3A 2CZDA 4JX4A 2CW6A 4UMBA 3TH6A 3TW7A 2H3BA 2DZTA 2FB3A 2A7RA 1CI1A 4WZHA 3CWNA 4O1CA 4LV4A 4LUIA 1G6CA 1XI3A 2DJLA 3SGUA 3W6YA 2Y63A 4PA8A 1T8XA 3GB6A 4QNEA 3NQVA 5BMXA 3N14A 4GC4A 4D2JA 4TU1A 1CW2A 4HNTA 3GAKA 3GXNA 4NNAA 1ZAIA 2P0OA 1SQ7A 3LRLA 3MW7A 3TQVA 1Q6OA 1XC4A 3ATZA 3U8GA 1JCYA 4BI5A 1VC4A 1HL2A 1XCFA 2Y85A 1W5MA 5FEZA 4A21A 4CCCA 4X3ZA 4O52A 3CWOX 1N7KA 3LLDA 4CQ9A 3TXZA 1FWRA 1LLWA 1G67A 3B4UA 4ZQCA 4O13A 1H50A 3UZJA 4FIQA 1X1ZA 3P5ZA 1TV8A 1KM4A 1H62A 1LRNA 3STFA 3CLMA 4M7TA 1LCOA 2FFCA 1OF6A 1TPDA 2J9YA 4RR4A 3W7HA 1H1YA 1V7YA 3QQ1A 3NR0A 4IPIA 4CNOA 5T26A 3R89A 2CZEA 3ANYA 1A5CA 5U7SA 2QCEA 1QO5A 3W84A 5F2IA 3LI1A 4WOQA 1H7RA 5HWNA 1PHQA 3HO8A 2B7QA 5F2LA 2C15A 3A23A 1VYRA 1GVOA 1SPQA 4LVFA 3W7CA 3BW3A 1OYAA 3VI2A 3V75A 3W9ZA 3M41A 4JTFA 5AHMA 1H51A 3HG4A 3B04A 5D2TA 1B4KA 3SECA 2QJIA 4OBTA 4GJ1A 1TTQA 3WK0A 3LV6A 4LC6A 5CSRA 3TK7A 3NNTA 1PIIA 1XBXA 4RX0A 4N2YA 3TNOA 5DBTA 4XTIA 1LOQA 1P1XA 4FHAA 1QR7A 4JDYA 1EUAA 1DVJA 1QOPA 4MYAA 2ZZ5A 4AWUA 1KLZA 5CG7A 3EB2A 1XM3A 1KFBA 4LUJA 1OF8A 1XBYA 1PCKA 1W5OA 4NJJA 5FEWA 3HF3A 3BLIA 1LBLA 3W85A 4DQWA 4EVZA 2B0MA 4E38A 3S1VA 2VFDA 3MBFA 3O63A 1NF0A 3CEUA 1F6PA 2FJKA 1W3TA 3LHTA 1J2WA 3W72A 3GVGA 3LERA 1SSDA 3PWAA 3EWXA 4QISA 3WK3A 2FQIA 3ABSA 1W5NA 2ZZ6A 4N02A 1B4EA 3MBDA 4Z1DA 3S42A 3LCFA 2Z6IA 1LYXA 1XUZA 1TYGA 1M6JA 3LHZA 3VKJA 4L4MA 2P10A 1H1ZA 4NJKA 3EWZA 3EWYA 4MVAA 4S1FA 2DZPA 3SJ3A 1GT8A 3W1RA 1GPWA 5K2ZA 4JGDA 3LRKA 4UR8A 4DO6A 5LNWA 2HTMA 3Q37A 3W7MA 4LNYA 2A2IA 2V2HA 5FI8A 1QPRA 3DH7A 1NFBA 2B4GA 3F4WA 3NG3A 2HS6A 1FXQA 3N19B 2C3ZA 2CLMA 3UY8A 1GWJA 1RPXA 3E49A 4BI7A 3P60A 2QAPA 1UCWA 1JVNA 2YGYA 5DCDA 4AHOA 4O1DA 1XUUA 4HIBA 3GAYA 3TKFA 3LM7A 2R94A 4JTEA 2OJPA 1ONRA 4NNCA 2I14A 3KVMA 5LNUA 4WD0A 3BG9A 3BG3A 1SUXA 3NXFA 2ZRYA 4UTIA 5KMYA 1W5QA 1TIMA 1LRQA 2Q3RA 1ZFJA 4K7YA 5E0KA 4L4LA 3UQNA 4PC8A 1VCGA 2ZZ3A 4ZL1A 3A9IA 2V81A 4O28A 1MZHA 3LDVA 1CX9A 4XBKA 1FWWA 4JYFA 1IIGA 3STCA 1EX5A 5HINA 3OVPA 1UUMA 1ADOA 1VHNA 4TR9A 3NEVA 5DCBA 2C0AA 2A5HA 4LWWA 3M5VA 5D33A 4N4QA 2EKCA 1JUBA 5DXYA 4UUIA 1X6UA 3W87A 1VLWA 3UNDA 5AFDA 2E09A 5I3FA 4MPQA 4BK9A 3CU2A 4OV9A 4ZQNA 3P8IA 4WXZA 1DV7A 3GK0A 3W70A 3LRMA 5K7JA 4H4IA 3FOKA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3S9YA

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