3SCOA

Crystal structure of rice bglu1 e386g mutant complexed with alpha-glucosyl fluoride
Total Genus 191
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
191
sequence length
472
structure length
472
Chain Sequence
NWLGGLSRAAFPKRFVFGTVTSAYQVEGMAASGGRGPSIWDAFAHTPGNVAGNQNGDVATDQYHRYKEDVNLMKSLNFDAYRFSISWSRIFPDGEGRVNQEGVAYYNNLINYLLQKGITPYVNLYHYDLPLALEKKYGGWLNAKMADLFTEYADFCFKTFGNRVKHWFTFNEPRIVALLGYDQGTNPPKRCTKCAAGGNSATEPYIVAHNFLLSHAAAVARYRTKYQAAQQGKVGIVLDFNWYEALSNSTEDQAAAQRARDFHIGWYLDPLINGHYPQIMQDLVKDRLPKFTPEQARLVKGSADYIGINQYTASYMKGQQLMQQTPTSYSADWQVTYVFAKNGKPIGPQANSNWLYIVPWGMYGCVNYIKQKYGNPTVVITGNGMDQPANLSRDQYLRDTTRVHFYRSYLTQLKKAIDEGANVAGYFAWSLLDNFEWLSGYTSKFGIVYVDFNTLERHPKASAYWFRDMLKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-glucosidase 7
publication title Structural investigation of the basis for cellooligosaccharide synthesis by rice BGlu1 glycosynthases
rcsb
source organism Oryza sativa japonica group
total genus 191
structure length 472
sequence length 472
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2011-06-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3scoA00
3II1A 3E1F1 4XX6A 3WQ8A 4ACZB 2YA0A 4W8AA 4AZIA 1V6UA 3BH4A 2BXYA 3W27A 2PB1A 1W2VA 4AZGA 1E55A 1VRXA 4M80A 3UR8A 4AISA 1KCKA 4CD6A 2QPSA 1DWGM 1GNXA 2EPOA 1VFFA 2IXVA 3CUGA 3WBEA 4HU0A 3SCOA 2YL8A 3S2CA 1EOMA 3MUZ1 1NOFA 2PBOA 4H8HA 4Z2KA 4ZENA 4IUGA 3EBVA 1FP9A 2BVTA 1BYCA 2OWXA 3W25A 1B90A 2PWHA 4C7DA 1E43A 1LL7A 1XYZA 3L4WA 1ECEA 4JZ5A 1E3ZA 3PZQA 3B9DA 2XGBA 3W26A 1UH2A 1WDSA 5I24A 3MU7A 4PMZA 2RGLA 1WDRA 2BY0A 4R27A 5I6SA 2ESCA 2WMIA 2E9BA 3ZQ9A 2FDMA 2WVVB 2E40A 1E4MM 4ZE5A 1JYNA 3G6MA 3M7SA 4UQCA 1Q6GA 4IPLA 4GKLA 2BY2A 1KXQA 3T08A 4WIWA 1JDDA 3WD3A 3IJ8A 5M5DA 4V28A 4UQDA 1EH9A 2WSKA 3WF3A 1UKQA 1XH2A 2YL5A 4GIAA 2GK1B 2D0FA 1MWOA 3BAWA 4UOZA 1DTUA 3WDJA 4XZWA 3WEZA 5DO8A 3K46A 4W85A 3ZT7A 3W6MA 1CGUA 5A94A 3UERA 1UR4A 1JNEA 2O9RA 3T2QA 5EB8A 3WD4A 1KB3A 1HVQA 1UD4A 2UY2A 3KL3A 1M7XA 1C7SA 1K9DA 1FH9A 2W63A 4Q7NA 1J10A 1R85A 1KGXA 4QCFA 3RILA 2WAGA 4DWSA 1CENA 1HP4A 5AYBA 2XYLA 1H0GA 3F5JA 3AMDA 2D0GA 4KWUA 3AMGA 4OKDA 2AMGA 5FD0A 1HIZA 1TA3A 1RP9A 2XSBA 1M03A 3AHZA 1F4HA 4CUCA 3IJ7A 1OD8A 2W61A 4TXEA 1NWSA 1QW8A 1EDTA 4AMCA 2WCAA 5D9OA 2UY3A 3NSXA 3K8KA 1OINA 1G0CA 2YJQA 1JGIA 2WWDA 8CGTA 4AIOA 2UWFA 3MO4A 2PWDA 2W92A 3SUTA 2D2OA 4MNMA 2EPKX 4W7VA 1WP6A 4J28A 4UR9A 1C8XA 2FH6A 1B3ZA 1H0IA 4AD4A 1ISVA 4B3KA 7CGTA 1JZ5A 3SCPA 3BAYA 1CYGA 2QMKA 3FAXA 1ISZA 1UWUA 3ZJ7A 3VVGA 3WF0A 1K9FA 5HOSA 4JIEA 1VENA 1CXKA 3N12A 1GQKA 2BY1A 4W84A 1ISYA 1TR1A 2IXUA 3OZPA 1ISXA 4U3AA 5FCZA 3ARQA 1BVNP 2VOTA 2J8FA 1KGWA 3EDJA 4KH2A 3ZT6A 1FP8A 2XWEA 4JHZA 2EEXA 3BSHA 3W37A 2CNCA 1MQQA 3A4AA 3RO8A 4CD8A 1S46A 5I78A 3GXIA 1W1VA 4PMVA 1ISWA 5CPTA 2V5CA 1B1YA 4P7RA 3O9NA 4PMOA 1CGVA 1CIUA 3WL1A 3WUFA 1QHZA 1HKJA 1EIBA 4JCLA 3APGA 1Q6DA 2ZUWA 2J8GA 4B16A 3WF1A 2CYGA 4W86A 1LL6A 2CIPA 1MXDA 2XPKA 1W2PA 4QDMA 2FGLA 2EPNA 2CCRA 2CXGA 3W24A 5JBEA 1HL8A 5HPCA 1BYBA 1HT6A 2VR4A 3EDDA 3TP4A 3OGVA 3WNMA 4DUWA 2Y4SA 2D22A 3GBDA 4D6EA 5I79A 1UD5A 1CZ1A 1N82A 2CBVA 3UG5A 2YL6A 3VD7A 5DT5A 4UTFA 1E6XM 3WDQA 2A3CA 4TVUA 1UWTA 3TTOA 4LYRA 2G8ZA 2DT3A 2XFRA 2OSXA 1XC6A 1JFHA 1V3KA 3VIJA 1NWUA 3RPMA 1E71M 1HKMA 3N15A 4W88A 1C90A 1OIMA 4NF7A 4CCEA 1JNDA 4MTVA 3WQ4A 3WQVA 3WQWA 3I3EA 3CMGA 1OT1A 2DSKA 3PZNA 1JDAA 2PC8A 1VFMA 2PWFA 3SCNA 3AXHA 1E70M 2A3AA 2G4FA 3U57A 1FFRA 5CGTA 2DH3A 3WUGA 3GYCA 4M81A 4UQBA 2CPUA 4D6CA 5BYWA 5D9PA 5JIPA 4NRRA 3UCQA 1W1PA 5DFAA 2ZX8A 1WPCA 3GNRA 4PMUA 1E4IA 2JEPA 2AOSA 1XH1A 9CGTA 1MW3A 1W9BM 4TTGA 5DMYA 3VNZA 1KXHA 3VM7A 1JZ2A 2XM2A 3WUBA 4D1JA 1U2YA 2DPEA 3UG4A 3PN8A 4GINA 1H41A 4D72A 4JCMA 3OBAA 2C8NA 1BQCA 1BYDA 2PWGA 4AD2A 1HJQA 2J25A 6CGTA 1TZ7A 1UD8A 2QLYA 3ARUA 2ZOXA 1W1TA 2XG9A 3VO0A 4B15A 3VPLA 2XGIA 1CGTA 2OSWA 3SUWA 1Q6EA 2YLLA 1AQ0A 4AZ6A 1EO7A 1PJ9A 1VFUA 3MANA 2WNWA 1BG4A 3BC9A 3CUFA 1XHGA 4HA3A 3POCA 4PMRA 3N17A 5GNXA 3ZSTA 4CN1A 1SMAA 1HJUA 3M46A 2WK2A 3MUAA 3WBAA 3I3BA 1HF6A 3WL0A 2PI6A 2CESA 1W9XA 4K68A 3DECA 5HXMA 1GPFA 1CWYA 4WF7A 1NP2A 3POHA 3VIKA 2W66A 1LLOA 3ZR5A 5LA0A 5ECUA 1GW1A 4WSJA 1UQZA 2NSXA 2J7DA 1HVXA 1FFQA 1HXJA 4MAZA 3LMYA 4AIEA 1UHVA 1EDQA 2V3FA 1ESWA 3CZGA 1MQPA 2XJ7A 4CU7A 5A2CA 1QHOA 4MNLA 1NOWA 1V02E 2GDUA 3EYPA 1WNOA 4U2YA 4UNIA 1PAMA 3MSGA 3IAPA 3DYMA 3CZKA 1UKSA 3NUKA 4YPJA 2XVGA 2VVNA 2VL4A 3ALGA 4D6GA 4HOWA 3BAJA 3VDCA 5BXSA 3AYRA 4GI8A 1Q6CA 2ZICA 4JHOA 3VIMA 1W9DM 2YL9A 8A3HA 4TTUA 3EDEA 4GQRA 4WKHA 3MSDA 2YA2A 1PPIA 4C7FA 4JFSA 4S3JA 1FH8A 2W5FA 1W3LA 2J4GA 3W82A 1UKTA 4KMQA 1UA3A 3N11A 3AS3A 3L4VA 3UESA 5C70A 4HU8A 3AS2A 3T09A 1KR0A 1RD6A 1H09A 4KRTA 3VIPA 5A6BA 4LXFA 4AZCA 1ZBKA 2E8ZA 3VNYA 1NOUA 1TG7A 5AY7A 3NIYA 1UA7A 2XHYA 3VGGA 1GCYA 1YHTA 4FLOA 1O6IA 1W3JA 1WCGA 4M8UA 4NI3A 3RJXA 5FIPA 5C71A 4N0RA 1G01A 2ZUSA 1KXVA 1LF1A 4MDPA 3CH9A 5M03A 1HJSA 4BZYA 1J0ZA 1US2A 4AWEA 3WIJA 3W4RA 2AAAA 4HP5A 4PN2A 4S3KA 2WCSA 2UY4A 3KL5A 1GOWA 5IFTA 2ZUMA 1C8YA 1CXLA 2X1IA 4W5UA 2ZX7A 1JAKA 4OOUA 1I75A 2WHKA 1EOKA 4W8LA 2F61A 1TMQA 2CITA 1JD9A 2DEPA 2WB5A 3QGVA 1V0NA 5A8NA 3W81A 1BFNA 7A3HA 3GNPA 2PBGA 2VUYA 3W0KA 4GI6A 2ZWZA 1UR2A 5BROA 5ABFB 4E8DA 4F66A 2BNJA 1PX4A 4FLQA 4PTWA 3BCFA 2Z1KA 1EHAA 1R87A 3AQUA 1QI3A 2D20A 4CN6A 1B3VA 5AC4A 1PBGA 2W4XA 4PTVA 4MDOA 4UOJA 1EDGA 4F9JA 3SCUA 3CPUA 5CPSA 3VD5A 3U7VA 3VILA 2GUYA 2JEQA 2A3EA 2WC7A 1DP0A 4AZ5A 1HNYA 5IFPA 1VJZA 3AIBA 5FL0A 1J12A 5BCAA 1LG2A 1OGGA 1VF8A 4W93A 3ZT5A 3ARSA 4OOZA 2NW0A 3L4UA 1JZ8A 2J7HA 4MB1A 2O9PA 1SFSA 2NT1A 3QOMA 4AEFA 2VO5A 3A4XA 2VZSA 1GOQA 4JL2A 4WK9A 4AZBA 4DUVA 1FOBA 1SMDA 5GNYA 5IHSA 1WE5A 5D8ZA 2VRJA 3PTQA 1R7AA 3IAQA 2G3IA 2OWCA 4HA4A 3ZJ8A 5JBFA 4U5IA 4MB4A 4GXPA 4W7WA 5HNNA 1QOXA 5C8BB 5FKYA 4W87A 4OBRA 5CPQA 4CVUA 3VGDA 5D9MA 4AD1A 1WZAA 1XCXA 3OIHA 2BHZA 2Y2WA 4UFLA 3ARWA 3VGBA 1V3HA 1WB0A 3WH9A 1ZJBA 1CBGA 4J3TA 1M53A 6A3HA 1E6QM 1JG9A 2X0YA 4J3WA 1H2JA 4PYSA 1GOKA 2WZHA 2HVMA 3ZSSA 1VFOA 2W62A 4PUDA 5I77A 2O92A 3WDIA 3HMCA 4H04A 2QHAA 1V3JA 3GXMA 2XUCA 4WKFA 3W53A 1GOIA 1B3YA 2WWCA 5JBDA 3KZSA 3RM9A 1H3GA 2IUZA 3GXFA 3L4YA 1KWKA 3DYPA 3AHYA 3ZM8A 4RE2A 1JIBA 1HL9A 2J75A 5I2UA 3PTMA 4IM4A 4ML4A 1D3CA 2WMGA 1C91A 1W91A 2FHFA 2G3NA 1R7OA 2WC3A 1V08A 1XYFA 3NCOA 4L4OA 2TAAA 3PTKA 2WZIA 2DSWA 4ACZA 2WVTA 1MYRA 3FNDA 2WLZA 4XZBA 3RDKA 5GQBA 4AD3A 2YDSA 1J11A 3ZR6A 4LPCA 4WJXA 2J78A 2MANA 2VZUA 4NZCA 3VIIA 4AZHA 4Z2LA 4PCTA 1ZB5A 3GZAA 1DWHM 1JFXA 3AOFA 4HZ6A 5IHRA 1ZBVA 1QNRA 1E73M 2WLYA 2DT2A 1V03A 3MUY1 1UD2A 4B3LA 2DGAA 3PZVA 3AHTA 2VX5A 2QPUA 2WHLA 3AZRA 2DSUA 1VAHA 2XVPA 4LYQA 3K1DA 1MFUA 3NDZA 2D3NA 3AFBA 4Z2JA 2V3DA 2WVVA 3GXDA 2XIIA 3VOCA 2W91A 3OA5A 4HPGA 3OGRA 4FF5A 2WBKA 5TD4A 1R86A 3GDBA 3WFLA 1LWJA 3N13A 3N1AA 2NT0A 4MNJA 4URIA 3VIHA 1NH6A 4AD5A 4H2CA 1ZBCA 1EA9C 1PZ3A 2JE8A 4PSRA 3S6TA 1UKPA 2GK1A 2YBUA 3T2OA 1AQMA 2VZTA 1DHKA 4GQQA 1KBBA 1JF6A 4R5EA 3VDHA 2VZOA 1JZ6A 2YKKA 5BRQA 2BVYA 5A6BD 2VR5A 4AD0A 1W3KA 5D9NA 2WMJA 4AEEA 3CHEA 1LQ0A 3VD9A 1WZLA 1EXPA 1P6WA 1RPKA 1JXKA 4QCEA 1PIFA 3GBEA 4HZ7A 1CPUA 3VUPA 3KL0A 4BS0A 3QHMA 4OBSA 1J0JA 1H11A 3ARPA 3RIKA 3SCVA 1GQIA 3OZOA 3UR7A 1E6RA 1XD0A 1Q4NX 4H8VA 4UCFA 3EDFA 2GJRA 5CZKA 2GFTA 1X6LA 2VNCA 1E0WA 3AXIA 3ARYA 1PX8A 2JFEX 4ZEPA 3MMDA 1UZ1A 3WNLA 3WH7A 3W38A 2X0HA 4UQEA 3BMWA 1CXHA 1MW2A 4LX4A 4UQ9A 1JXJA 5ABGA 1CEOA 1F4AA 4JFWA 3A6OA 1OBAA 2DSZA 3SUUA 3OLDA 3VDBA 1KQYA 1SR0A 1JZ4A 3A47A 4KGJA 3G6LA 1NWRA 2QMJA 1PIGA 4Y7EA 4A3HA 4C7GA 4FLSA 2WW5A 1LL4A 3VX0A 5JIWA 1GHSA 1VJSA 4V2XA 4EKJA 4TOQA 2CHNA 1BG9A 5GPRA 5EMYA 4PMYA 5E0FA 1QI2A 1GZJA 4Q22A 1UR0A 1VEMA 5A3HA 1KCLA 1R8LA 3AIEA 2ZX6A 3TA9A 4HOXA 3CUJA 2JIEA 1W9UA 3ALFA 5ABHA 1B0IA 1G1YA 2V3EA 1SYTA 1UH4A 4J3VA 5DF0A 2Y5EA 1B9ZA 2XSAA 5LA2A 3T0AA 2V38A 2VX7A 1E3XA 2WM0A 4ACYA 6TAAA 4CCDA 1XH0A 5A2AA 3ZJ6A 1E5NA 4EE9A 2EPLX 2JIWA 1NM9A 4KGLA 1RP8A 1JF5A 4BA0A 1TCMA 4Z2HA 4GPNA 2OYKA 1JI2A 2BVDA 3GM8A 3B9AA 2E8YA 1TFVA 3VIGA 4JKKA 2WCGA 3GNOA 1V0MA 3N18A 1V6VA 1E0XA 1JYXA 3ARVA 2A3BA 2YDQA 3LPFA 4AXNA 5BRPA 1AMYA 3WQ5A 4PEEA 2J74A 1WDPA 3J7HA 4XB3A 3BGAA 3SCTA 5CJ5A 2F2HA 3TTYA 1PEZA 3AISA 3PZ9A 1BSIA 1FHDA 3AHXA 1UH3A 4QFUA 3CHFA 4QAWA 4CD5A 2J7BA 3M07A 3AICA 2V5DA 2XFFA 1ODUA 5HBFA 2W67A 3FXYA 3CMJA 1HP5A 1WAWA 1OCQA 1O7AA 3CZLA 4A3YA 1W3HA 4DM2A 4FLRA 3BAXA 3PHAA 2C0HA 1UYQA 1UR8A 2A3HA 1BTCA 2FHBA 1Q6FA 1GHRA 1JDCA 1KFWA 4RE4A 1XSIA 2GJXA 3PZGA 1L8NA 4MB5A 4DWSD 1KR1A 1MW0A 5F7UA 3SUVA 3AZTA 3T2PA 3WD0A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3II1 A;  3E1F 1;  4XX6 A;  3WQ8 A;  4ACZ B;  2YA0 A;  4W8A A;  4AZI A;  1V6U A;  3BH4 A;  2BXY A;  3W27 A;  2PB1 A;  1W2V A;  4AZG A;  1E55 A;  1VRX A;  4M80 A;  3UR8 A;  4AIS A;  1KCK A;  4CD6 A;  2QPS A;  1DWG M;  1GNX A;  2EPO A;  1VFF A;  2IXV A;  3CUG A;  3WBE A;  4HU0 A;  3SCO A;  2YL8 A;  3S2C A;  1EOM A;  3MUZ 1;  1NOF A;  2PBO A;  4H8H A;  4Z2K A;  4ZEN A;  4IUG A;  3EBV A;  1FP9 A;  2BVT A;  1BYC A;  2OWX A;  3W25 A;  1B90 A;  2PWH A;  4C7D A;  1E43 A;  1LL7 A;  1XYZ A;  3L4W A;  1ECE A;  4JZ5 A;  1E3Z A;  3PZQ A;  3B9D A;  2XGB A;  3W26 A;  1UH2 A;  1WDS A;  5I24 A;  3MU7 A;  4PMZ A;  2RGL A;  1WDR A;  2BY0 A;  4R27 A;  5I6S A;  2ESC A;  2WMI A;  2E9B A;  3ZQ9 A;  2FDM A;  2WVV B;  2E40 A;  1E4M M;  4ZE5 A;  1JYN A;  3G6M A;  3M7S A;  4UQC A;  1Q6G A;  4IPL A;  4GKL A;  2BY2 A;  1KXQ A;  3T08 A;  4WIW A;  1JDD A;  3WD3 A;  3IJ8 A;  5M5D A;  4V28 A;  4UQD A;  1EH9 A;  2WSK A;  3WF3 A;  1UKQ A;  1XH2 A;  2YL5 A;  4GIA A;  2GK1 B;  2D0F A;  1MWO A;  3BAW A;  4UOZ A;  1DTU A;  3WDJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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