3SCVA

Crystal structure of rice bglu1 e386g/s334a mutant complexed with cellotetraose
Total Genus 194
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
194
sequence length
472
structure length
472
Chain Sequence
NWLGGLSRAAFPKRFVFGTVTSAYQVEGMAASGGRGPSIWDAFAHTPGNVAGNQNGDVATDQYHRYKEDVNLMKSLNFDAYRFSISWSRIFPDGEGRVNQEGVAYYNNLINYLLQKGITPYVNLYHYDLPLALEKKYGGWLNAKMADLFTEYADFCFKTFGNRVKHWFTFNEPRIVALLGYDQGTNPPKRCTKCAAGGNSATEPYIVAHNFLLSHAAAVARYRTKYQAAQQGKVGIVLDFNWYEALSNSTEDQAAAQRARDFHIGWYLDPLINGHYPQIMQDLVKDRLPKFTPEQARLVKGSADYIGINQYTASYMKGQQLMQQTPTSYAADWQVTYVFAKNGKPIGPQANSNWLYIVPWGMYGCVNYIKQKYGNPTVVITGNGMDQPANLSRDQYLRDTTRVHFYRSYLTQLKKAIDEGANVAGYFAWSLLDNFEWLSGYTSKFGIVYVDFNTLERHPKASAYWFRDMLKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-glucosidase 7
publication title Structural investigation of the basis for cellooligosaccharide synthesis by rice BGlu1 glycosynthases
rcsb
source organism Oryza sativa japonica group
total genus 194
structure length 472
sequence length 472
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2011-06-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3scvA00
3MV11 1ISYA 1HT6A 1O6IA 1QHOA 1HN1A 1N82A 4C7GA 2XIIA 5HBFA 1XH2A 1E3XA 1HX0A 1W1PA 5EMYA 1CGWA 2W4XA 3T0DA 2D0FA 4Y7EA 2O9RA 2XVPA 4PMNA 4CN4A 1DWAM 3TA9A 1WCGA 4GZJA 3PTMA 2V5CA 2EQDA 4NI3A 5GQBA 4HMEA 1W9DM 3UR8A 1J0IA 1ISXA 2O92A 1ODUA 1GPFA 2WC4A 2QMJA 1V02A 1UKOA 3QHNA 3CZEA 5EBAA 2WMHA 4R27A 4D72A 3RJYA 1V08A 3ARQA 2DIEA 3PZNA 1TVNA 3MMDA 4CN6A 1LL4A 4CGTA 1EQPA 3VU2A 5C71A 1L0PA 1LWJA 4GZIA 2CERA 1VIWA 2PWDA 5EB8A 4BF7A 1QNSA 5DT5A 2ZWZA 1BGAA 2XGBA 3SCVA 4AMCA 4PBGA 1UH3A 1QNPA 3OBAA 1V3IA 4NZCA 1V6UA 1UD3A 3W29A 2WVUA 1J0YA 1W1YA 3OZPA 1CGUA 4LYRA 4UCFA 3B8SA 3PZMA 1DWIM 4KMQA 3VX1A 1R85A 3QHMA 2WVVA 1E70M 1E71M 3QR3A 2BHZA 4HZ7A 2ZWYA 4L4OA 2QF8A 2DSWA 4ZENA 1O7AA 1R7AA 2PWEA 1GJUA 3VO0A 3EDDA 5I77A 1JDCA 5A6SA 4CU7A 3WUGA 4OIFA 3VGGA 3W27A 1FFRA 1E0WA 1I1XA 1CLXA 2A3AA 4ZEPA 3BAWA 1VBRA 1JYWA 2V3FA 4MPKA 1KWGA 4PMZA 2O9PA 2XJ7A 3GXFA 1UA7A 4CKQA 5BWFA 1R7OA 1CDGA 3MUY1 2WBGA 3AJ7A 4WSJA 2J7HA 3WH8A 3FXYA 1E6QM 1E6NA 5I79A 3I3BA 3SCOA 3RM4A 2DT3A 3WNNA 3VD5A 4IISA 1BGGA 3N18A 2B31A 1LQ0A 4H8HA 3W37A 3WD4A 1G01A 2DSVA 4U31A 1FA2A 3W82A 3PZGA 2ZUMA 1UQYA 1MW0A 1XV8A 3FAWA 2WNWA 4HA1A 2G3NA 1XGZA 4QAWA 4EKJA 3KZSA 2W5FA 5ABFA 2Y24A 4MNLA 1CXKA 2YLLA 1HL9A 1SMAA 1TE1A 4ZE4A 1NOUA 1J0JA 2O9TA 6TAAA 4IUGA 1GORA 4AD2A 3E1F1 3GDBA 1ITXA 3DYPA 1WZAA 4P8WA 3WDJA 1B3XA 3WQ6A 3ZT5A 1UH4A 2WCSA 3RIKA 1E0XA 3CUFA 4TOQA 1NWUA 1BHGA 2E3ZA 3CLWA 1U33A 3VGEA 3DECA 1UD2A 3VGBA 3ZJ8A 2J7BA 1VFOA 4HZ6A 4YHEA 5A8MA 3N12A 3ARWA 4Z2HA 4JL2A 3J7HA 1J9YA 2YBTA 1BYAA 3AS1A 4LYQA 3MUZ1 1SR0A 1L8NA 4OJYA 3L4XA 1E6ZA 3GZAA 1E5NA 1K9EA 1QI2A 2ZUNA 3UG5A 1M53A 4ZFMA 3WEMA 1E15A 4D6GA 3HU7A 5A2AA 1PJ9A 2J4GA 3VOCA 2DH2A 5D8ZA 2A3HA 4GPNA 4MJ4A 4P7RA 2J7GA 4GIAA 3IAQA 3BC9A 5BXRA 3WNPA 2VNCA 2J7EA 4MAVA 1UH2A 2ZIDA 4M8UA 4AZ7A 2ZUVA 1B3YA 2CBVA 4UQBA 3RPMA 3U7VA 3JUGA 4JHOA 2CBUA 4UZUA 5CGTA 1C7TA 1W2PA 1GOOA 1MQRA 1WDPA 1ZJAA 1ESWA 3W6MA 2BVDA 2DPEA 3BAJA 2NSXA 1ZL1A 3N13A 4WF7A 1P6WA 5IFPA 4RE2A 3PTQA 3GXMA 4BA0A 1EDQA 3PBGA 1V6XA 4E2OA 3GH4A 1JI1A 3L4YA 1WZMA 2Y8KA 4OZOA 1J0ZA 4XV0A 1OB0A 1E1EA 5HXMA 2PB1A 3W4RA 2WK2A 4N0RA 5CSUA 3BCDA 3W0KA 4LYPA 4B9YA 1BPLB 4J3UA 5KEZA 1H09A 4AD5A 1K9FA 4DUVA 1ISWA 3M7SA 4F66A 3WDHA 5A3HA 1OT1A 1NOWA 3PZUA 4F8XA 4U2YA 1FH8A 4U5KA 3ARVA 3QGVA 7TAAA 1C91A 2G41A 3LPPA 1NH6A 5FCZA 5CQ1A 4J3XA 1A47A 3MANA 5HNNA 3OIHA 4KRTA 3BAXA 4D6IA 1CXIA 2BHUA 1E43A 2C0HA 4W84A 1XH0A 4P8UA 3GBDA 2OWWA 3AZTA 4QLLA 3AHVA 3BAYA 1KQYA 3D5HA 3FNDA 3EDJA 4ACZB 3W26A 5BXPA 1AQHA 4AD0A 3BLKA 3HN3A 3B9DA 3ZM8A 4OOZA 4Z2GA 3BAIA 1IV8A 2ZX8A 3FY1A 3O9NA 1TCMA 5JIWA 3W24A 1H41A 1DHKA 4GO9A 1Q4NX 2FH8A 3APGA 5HDRA 1QNOA 3CTTA 2XUCA 2WZIA 5I3DA 5HPCA 1US2A 2VZUA 2VX6A 2W62A 1W1VA 4CCDA 1G9HA 2D3LA 2BFGA 3F5KA 3MU7A 5D9MA 2D1ZA 4W7VA 3AZSA 4QLJA 2WB5A 5CPTA 3CZLA 3I3EA 1E4IA 1C93A 3T09A 4UQ9A 2VC9A 3CZGA 2E8YA 2DIJA 4M81A 1S46A 1JD9A 4JKKA 3N11A 1ZBWA 1B30A 2CEQA 2X0HA 3TP4A 4JIEA 3GNOA 1W3LA 3L4ZA 4LX4A 1XSKA 1OGGA 3WUEA 4UQEA 3SCWA 2BS9A 3PZ9A 1QBBA 4UFMA 2BXYA 4GI8A 2WWDA 1MQQA 3POHA 2VQUA 4Z2JA 3ZIZA 1JZ2A 3BMWA 1R86A 3WQ8A 3MMWA 4W86A 3VILA 1CXEA 2D2OA 1CECA 4PMUA 1QVBA 1D7FA 5GNXA 2DQXA 2CITA 2UWFA 1E6RA 3B9AA 5FD0A 3WUBA 1VFUA 3ALGA 1LJYA 3AQUA 4AZIA 1NWRA 2VCCA 2XVLA 5I2UA 4UFJA 4PCTA 1J18A 4CD5A 2FHCA 2GUYA 4BZYA 2XTKA 2J8GA 4HTYA 4FK9A 1JNDA 5CLWA 2BY3A 4X0VA 1UWSA 2VQTA 5CGMA 3CMJA 3K1DA 3VDBA 3CHDA 2VZSA 2OSXA 2VZTA 1H4PA 1MQPA 4UOQA 2V38A 4AZ6A 3AOFA 1JNEA 4Z2IA 1SFSA 4FLOA 1RD6A 1XC6A 1V0MA 3ZQ9A 4J7RA 1UG6A 1E55A 4IM4A 3ZJ6A 1UWIA 3OG2A 5AYIA 3ZOAA 2GFTA 4E8DA 1M7XA 5CXPA 5BROA 3RILA 4OKDA 2VCBA 5I24A 2EPMX 4BQ4A 3VDHA 4TVCA 4D6HA 4H8UA 3UEQA 3VNZA 4E8CA 3RM9A 1R8LA 1LLOA 1MVYA 1H2JA 4LGXA 2NT0A 4XX6A 1UWUA 4AZHA 1E0VA 2DGAA 3VPLA 4MADA 2JEQA 2BVYA 2WVVB 4M29A 3SUTA 3S6TA 5BYWA 1MYRA 1E73M 1HVQA 2WHJA 4JL1A 3CIVA 2YIHA 2OWXA 4WIWA 1PIFA 2Q8XA 1HKIA 1V3HA 2WSPA 4PTMA 4XUYA 5DF0A 1ZB5A 1V3MA 3QOKA 3EYPA 2J8FA 5JUVA 4JFVA 4KGJA 3LPFA 2WMGA 3IJ9A 4AZCA 3WDQA 1KXQA 2D20A 4ATWA 2E0PA 4MB5A 1W3KA 2VR4A 3VINA 4W7WA 4D6FA 2PI6A 4V27A 3ARTA 3BLPX 3BGAA 1HJSA 5FL1A 3OLGA 3ARZA 3BH4A 1OGSA 3N15A 3RCNA 5A1AA 1IT0A 4BS0A 4H04A 3ZR5A 4MDPA 1DP0A 1E4MM 1QBAA 3EDKA 4E4PA 1TR1A 1UKTA 1C7SA 2AAAA 2HVMA 1GOMA 2J79A 1B3VA 5D8WA 2VUYA 3F5JA 2GJRA 2FH6A 2V3DA 3OLEA 4W5ZA 1D3CA 4EE9A 2OSWA 4PSRA 4JCLA 1X1NA 3PZTA 3QHOA 3CHEA 1H1NA 4WKHA 3WNOA 3AHXA 2D23A 3AHTA 4D1JA 2QPSA 2PF0A 2WXDM 4K68A 5ABFB 1VJZA 5I6SA 2VZOA 1WDSA 1B90A 2VMFA 3BCFA 1UYQA 2DT0A 1EDGA 2YDRA 7CGTA 4Q22A 1RPKA 3TONA 2OLHA 4QDMA 3AMCA 3UETA 2YDQA 2WM0A 4HOWA 1KR0A 2CBIA 2XVKA 4PRWA 1QNQA 2JF7A 2ZUTA 1TFVA 4H2CA 4WKAA 2X05A 5A6JA 1XSJA 4CD4A 1E72M 3VIFA 1PX8A 1B3ZA 1I1WA 1PEZA 1JD7A 1RP9A 1C3FA 3VIIA 4MB1A 1C8YA 4CD8A 2E9BA 1MFUA 2WWCA 4W85A 5LA2A 3WNLA 1JF5A 1VJSA 5IDIA 2ZXQA 1Q6FA 3WL1A 5D9OA 4DM1A 4PSPA 4CD7A 3WF4A 2BVTA 4MB4A 3GH7A 2QV4A 2RGLA 3W6LA 5A94A 3VD3A 2C8NA 1V3JA 4X9YA 3M07A 1UR9A 2OYKA 5EFFA 2CHOA 3VGFA 1X6LA 4ACYA 3VIMA 2DH3A 3WN6A 3AIRA 1E4NA 2VO5A 3WKZA 4UFKA 4ATLA 4QCEA 3IJ8A 3WF1A 3CH9A 4AIUA 3VUPA 1ISVA 5HPOA 2XG9A 1GQIA 1V6WA 2DT1A 2ZICA 3IK2A 1UD6A 3OLIA 4PMQA 1OINA 3SCRA 4P7QA 1JYNA 1HXJA 1X6NA 8A3HA 5CSYA 1ECEA 1W9PA 3NYDA 5M3WA 3TTQA 5DMYA 3T0AA 1M03A 3AXIA 1KBBA 4DWSA 2DDXA 5TD4A 3AYRA 4UOJA 3T2PA 5C70A 4RL3A 1EHAA 3OB8A 3HMCA 3RJXA 1CXFA 1J0KA 4M56A 2V5DA 1LF1A 2XVGA 6CGTA 2WAGA 3G6MA 1ZBCA 2HISA 4PMVA 4U2ZA 2VVNA 3NIYA 3LPGA 2FHFA 4PMYA 1W2VA 1NWSA 1UKQA 1JF6A 1BYDA 1JZ6A 1HKMA 5C8BB 1V0LA 1CZ1A 4S3JA 3BXWA 4FLQA 1LG2A 1PX3A 2VT0A 3WEOA 2WYSA 2ESCA 1FFQA 1B2YA 1H49A 2J47A 2VR5A 3VIKA 3OZOA 2G3MA 1JXKA 1EGZA 1V6VA 3AXHA 3DYMA 1MWOA 4QFUA 2G3JA 2WZHA 4HA4A 3WSUA 2ZX7A 3FW6A 4MB3A 2XM1A 3WQ5A 1NOFA 4PTWA 3VD7A 4DUXA 1WAWA 3ARXA 2WMIA 4IPLA 2YLAA 4WJXA 3AS2A 4J3VA 4AW7A 3UG3A 3CUGA 4NF7A 4QP0A 3O6AA 1UWTA 5A6BD 1W1TA 1BG9A 3TOPA 3WQWA 4B16A 1I75A 2FHBA 2X09A 4GKLA 4UQAA 2XWDA 5DT7A 4P7NA 4W93A 1CNVA 2DT2A 4Q7NA 4PMXA 2UY3A 3KL0A 1M01A 3CUHA 4WSKA 3CO4A 4UTFA 2BY0A 2G3IA 4W8LA 4W8AA 2YKKA 1HKJA 1Q6EA 2E40A 4HU0A 4F9DA 4S3KA 2GJPA 2JALA 3B9EA 4FLRA 2VRKA 3GNRA 1UA3A 2W66A 3TTOA 3K4DA 2VX4A 3DHUA 5LYRA 2J78A 2WKLA 3F5LA 3ALFA 1HNYA 3AFBA 4AY1A 1TA3A 5M17A 5DFAA 1GUVA 3WMBA 5A8PA 1KFWA 1V02E 1C90A 3SUSA 4JFWA 1KGWA 3K8LA 1GJWA 3WELA 4PTXA 5LA1A 1JFHA 4TTGA 3A4AA 1PZ2A 4M82A 3ZT6A 2OYMA 1FH9A 1UZ4A 4CUCA 2O9OA 5D9PA 3SCTA 2ZE0A 3POCA 1U2YA 1XCXA 2YA0A 1C92A 3NCOA 1JZ5A 1HJUA 3WD0A 1HL8A 3MO4A 2J25A 4AIEA 1ISZA 1KCLA 2XVNA 4TXEA 1QW8A 2W61A 1UQZA 3WF0A 3AYSA 1CGYA 3ARRA 3ZT7A 4KWUA 2PWGA 1KGUA 3WFLA 4W5UA 4HA3A 3SURA 2WW5A 1CPUA 2J7CA 4PMRA 3OGVA 3A6OA 1EO7A 1TVPA 1H3GA 3VIHA 3AMGA 3CGTA 2UY5A 5E0CA 1PIGA 4ML4A 1TMQA 3SIMA 4A4AA 5GPRA 3W81A 1EIBA 3AZRA 3EDFA 1HJXA 5FL0A 2GSJA 2WVTA 3THCA 1RP8A 1BTCA 1CBGA 1MW3A 4AZBA 2MANA 3OLDA 7A3HA 2WHMA 3EMZA 1OD0A 4XZBA 1UOKA 4KRUA 2D0HA 3CHFA 3SEPA 2YL8A 4TVUA 3VM7A 3AIBA 1E1FA 1UWQA 3K8KA 2BV9A 2YJQA 1HP5A 5CPSA 3ZJ7A 5FOOA 1Z32X 4BQ2A 2VTFA 3DYOA 4AD4A 4AZCB 4PCSA 2X1IA 1CIUA 1VENA 2ZX6A 3D3AA 3GTNA 2WKGA 5EFDA 1E5JA 2JEPA 1MW2A 5IXEA 3AHYA 3ARPA 5DEZA 1Q6CA 1GQLA 2VCAA 3ZR6A 4DWSD 1IZKA 1B1YA 3EDEA 3PHAA 2VX7A 4UFLA 4AYSA 1BYCA 1B31A 3U5UA 3T2QA 4F9JA 1PPIA 1UR2A 2TAAA 1JXJA 1BYBA 4PTVA 1JZ3A 3CZKA 2BHYA 1W9UA 3SUVA 4B3KA 3K46A 3WF3A 1QOXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3MV1 1;  1ISY A;  1HT6 A;  1O6I A;  1QHO A;  1HN1 A;  1N82 A;  4C7G A;  2XII A;  5HBF A;  1XH2 A;  1E3X A;  1HX0 A;  1W1P A;  5EMY A;  1CGW A;  2W4X A;  3T0D A;  2D0F A;  4Y7E A;  2O9R A;  2XVP A;  4PMN A;  4CN4 A;  1DWA M;  3TA9 A;  1WCG A;  4GZJ A;  3PTM A;  2V5C A;  2EQD A;  4NI3 A;  5GQB A;  4HME A;  1W9D M;  3UR8 A;  1J0I A;  1ISX A;  2O92 A;  1ODU A;  1GPF A;  2WC4 A;  2QMJ A;  1V02 A;  1UKO A;  3QHN A;  3CZE A;  5EBA A;  2WMH A;  4R27 A;  4D72 A;  3RJY A;  1V08 A;  3ARQ A;  2DIE A;  3PZN A;  1TVN A;  3MMD A;  4CN6 A;  1LL4 A;  4CGT A;  1EQP A;  3VU2 A;  5C71 A;  1L0P A;  1LWJ A;  4GZI A;  2CER A;  1VIW A;  2PWD A;  5EB8 A;  4BF7 A;  1QNS A;  5DT5 A;  2ZWZ A;  1BGA A;  2XGB A;  3SCV A;  4AMC A;  4PBG A;  1UH3 A;  1QNP A;  3OBA A;  1V3I A;  4NZC A;  1V6U A;  1UD3 A;  3W29 A;  2WVU A;  1J0Y A;  1W1Y A;  3OZP A;  1CGU A;  4LYR A;  4UCF A;  3B8S A;  3PZM A;  1DWI M;  4KMQ A;  3VX1 A;  1R85 A;  3QHM A;  2WVV A;  1E70 M;  1E71 M;  3QR3 A;  2BHZ A;  4HZ7 A;  2ZWY A;  4L4O A;  2QF8 A;  2DSW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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