3SUSA

Crystal structure of beta-hexosaminidase from paenibacillus sp. ts12 in complex with gal-nag-thiazoline
Total Genus 191
50100150200250300350400450500050100150200
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
191
sequence length
519
structure length
504
Chain Sequence
HHHHSSGLVPRGSHMSQPSILPKPVSYTVGSGQFVLTKNASIFVAGNNVGETDELFNIGQALAKKLNASTGYTISVVKSNQPTAGSIYLTTVGGNAALGNEGYDLITTSNQVTLTANKPEGVFRGNQTLLQLLPAGIEKNTVVSGVQWVIPHSNISDKPEYEYRGLMLDVARHFFTVDEVKRQIDLASQYKINKFHMHLSDDQGWRIEIKSWPDLIEIGSKGQVGGGPGGYYTQEQFKDIVSYAAERYIEVIPEIDMPGHTNAALASYGELNPDGKRKAMRTDTAVGYSTLMPRAEITYQFVEDVISELAAISPSPYIHLGGDESNATSAADYDYFFGRVTAIANSYGKKVVGWDPSDTSSGATSDSVLQNWTCSASTGTAAKAKGMKVIVSPANAYLDMKYYSDSPIGLQWRGFVNTNRAYNWDPTDCIKGANIYGVESTLWTETFVTQDHLDYMLYPKLLSNAEVGWTARGDRNWDDFKERLIEHTPRLQNKGIKFFADPIV
50100150200250300350400450500500400300200100
050100150Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Paenibacillus
publication title Gaining insight into the inhibition of glycoside hydrolase family 20 exo-beta-N-acetylhexosaminidases using a structural approach
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-hexosaminidase
total genus 191
structure length 504
sequence length 519
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2011-07-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3susA01
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 3susA02
2FHBA 4GQQA 5BRPA 3NDZA 1EQCA 5CPQA 1UQZA 2BY2A 2X2YA 2D3LA 5EB8A 4AIUA 1M53A 3WD3A 2GDUA 4AY1A 2ESCA 3SCOA 3ARYA 5A6BA 3BSHA 6TAAA 2WVUA 1CGVA 4OBSA 3PZNA 2DT0A 1EDQA 4V2XA 3AYRA 3W37A 1E72M 4XUYA 1V3MA 5ABFB 3II1A 4OOZA 1AQMA 4HP5A 3ZJ8A 3VNZA 1O7AA 2JF6A 1J0JA 3WY1A 1JYWA 3I3EA 3O2LA 1TVNA 3CZLA 4AD0A 1VBUA 1KGXA 3I3DA 2WMKA 1KCKA 4H2CA 3L4XA 2UWFA 4P7QA 2Y8VA 3WQVA 1Q6CA 1C7TA 3PZVA 4D6HA 1PX3A 3VD7A 4Z2KA 3WQWA 4AZBA 3SUUA 3K46A 2BFGA 2XUCA 2WC3A 4HU8A 2W67A 1VB9A 2RGLA 2WMGA 3WD1A 1G01A 1U33A 3VO0A 4CD5A 3UR8A 3LPOA 6A3HA 1S46A 2V3GA 1CGXA 3AMGA 5CPSA 2DIJA 1VBRA 4NRRA 2ZXAA 3BCFA 4UFMA 5E9AA 4TXEA 1E73M 2VC9A 2RGMA 2CBUA 2WBKA 1UR8A 1FFQA 3ARTA 3GDBA 2Z1SA 3A6OA 4UOQA 1VIWA 1CZ1A 1KFWA 4KRTA 3VX0A 4AD2A 1W9VA 4NZCA 2PBOA 5JIWA 4J3WA 1TCMA 1QBBA 2UY4A 1EHNA 1UKOA 3VIFA 2UY3A 4JL2A 3W38A 3OGRA 1W1YA 3KZSA 4M29A 1JGIA 3MMUA 1H11A 4S3KA 1GUVA 3TONA 4JFSA 4HPGA 2DT3A 4FLRA 3N1AA 3FHAA 1BQCA 2XGBA 1J01A 2O9PA 4KWUA 2J7EA 1DWAM 2F2HA 4CN1A 2J7FA 2VUYA 1CXIA 2WLZA 4U5KA 1MWOA 4GI9A 3WBEA 3FHQA 1SYTA 4UNIA 1N82A 1C91A 5CJ5A 1UD4A 2XGIA 1V3JA 3AJ7A 2JE8A 3SUTA 1Q6EA 2V38A 2XSAA 5A6BD 1NQ6A 5D9PA 1LG2A 3ARPA 3WKZA 1J0HA 3EMQA 2CEQA 3UG4A 1V0KA 3VKKA 4AIOA 3ZT6A 2XSBA 3G6MA 3SCPA 1KR0A 2WAGA 1HVQA 3U57A 2YIHA 1GCYA 2J4GA 3E1F1 1VAHA 3PZTA 1CGTA 1LLOA 4TTUA 3T0AA 4AW7A 2G41A 4MB1A 2WVVA 4HOXA 3K1DA 5A2BA 3BAIA 1US3A 4Z2HA 2ZX7A 5CXPA 1EO7A 3MS8A 1PEZA 5LA1A 4OUEA 1GJWA 1CBGA 3IANA 1MXDA 3VPLA 3QHMA 2UY2A 1UD5A 2NT0A 4GO8A 2WYSA 1H0GA 4MB5A 4DWSA 2GDVA 3K4AA 2CKSA 1XCXA 4J27A 2CPUA 2VQUA 5DT5A 4BCEA 4P7OA 2ZUMA 3TA9A 3AROA 2WCAA 2O92A 2A3CA 1V08A 4PTXA 3M7SA 4W8BA 3WNNA 2D2OA 4RE2A 5IDIA 4WF7A 1WZLA 1IZKA 1UKPA 3POCA 3PN8A 1ZU8A 2JIWA 1KBKA 1L0PA 3IAQA 1D3CA 1W3KA 1UR0A 1V0NA 2VMFA 2YLLA 2ZUWA 1DTUA 3OB8A 2X0YA 4E4PA 2VNCA 3T09A 2BXZA 3BAYA 4UQ9A 2YA1A 1CECA 1JAKA 1QHPA 4BF7A 3W82A 1GQLA 2J62A 3A4WA 3NJ3A 5JBFA 4HZ8A 1ITXA 4AZ5A 2BY0A 2PI6A 3SUSA 1M04A 3AIWA 3L4WA 1US2A 2WMJA 2FGLA 5I23A 2WVTA 3L2MA 3WH8A 5A6LA 1GHSA 1E6NA 3MANA 4AZCB 1ISXA 3WENA 4YN5A 1QI5A 3VGFA 3WDQA 3RCNA 3RILA 5CSYA 4W8LA 1FHLA 1JI2A 3BLKA 1ESWA 5HOSA 1TA3B 1HKMA 2OWCA 4J3UA 3L4YA 1NOFA 1V6WA 2C7FA 3W28A 3PTKA 4J3TA 4PTMA 2ZWYA 1QHZA 1WB0A 2OLHA 1EQPA 1LL4A 1C3FA 3BXWA 1W9PA 2DSZA 3L4VA 1UR9A 1UH3A 4MPKA 4V27A 3W24A 3AOFA 5A2AA 2XVPA 2QHAA 5AYBA 5IFTA 5M5DA 2XVKA 4HZ7A 3CGTA 3K4DA 1JF5A 4H41A 3WN6A 4X9YA 4UQDA 3AS3A 1E3XA 2X8RA 1BYCA 3CZ8A 1P6WA 1CXFA 4CN6A 4DWSD 2J7BA 4WSJA 3VIIA 4CCEA 1UA3A 1W91A 2VZSA 2FHFA 2IXVA 1E15A 3GH4A 4DM1A 4CU8A 4IPLA 2G3JA 1UWRA 2W91A 3GH5A 5DMYA 3ALFA 2ZWZA 3W6LA 2CHOA 1J12A 5ABEA 1HIZA 1MW2A 3CPUA 1OT1A 5C8BB 2MANA 1QOXA 3VINA 2VZTA 1B3WA 3U5YA 1QW8A 2OYMA 1B9ZA 2O9OA 3T08A 3ZT5A 1JD9A 1SMDA 5A6KA 1H1NA 1C8YA 4XZBA 1G94A 3NDYA 1V6XA 3EDEA 3FXYA 3WL1A 1GQIA 4B15A 4ZE5A 1EIBA 5FIPA 5FOOA 1M01A 4AD3A 3VOCA 3M6DA 1TR1A 3OA5A 1XD1A 4HA4A 3VM5A 2J79A 4UFJA 3EDDA 2A3HA 4UFIA 2DH2A 2YA2A 1VEPA 4X0VA 4TX8A 4E2OA 4AEFA 2DH3A 4CVWA 5A2CA 5BCAA 4W5UA 1EH9A 2W61A 3VD9A 1TVPA 4AMCA 4HZ6A 4PUEA 1W32A 1I1WA 1GOOA 1CYGA 2WWCA 4TOQA 1QHOA 2EXOA 3AHVA 1NOUA 3NSMA 5JIPA 1WZMA 2GJXB 3M07A 3FW6A 3AMKA 1E0VA 2VRKA 3OBAA 4U2YA 2DSVA 4PEEA 2WMIA 1KGUA 3VDCA 4AEEA 4CN4A 5IHRA 1Y7VA 1B3ZA 2W92A 1XV8A 3CUIA 5HPOA 1NWSA 1V02A 1BVZA 1BPLB 2A3EA 4AXNA 3AIBA 2UY5A 4JFTA 1BLIA 4QFUA 4F9JA 1H41A 1J0KA 1M03A 4UQCA 3BSGA 5AYIA 5BWFA 1GONA 3AIQA 3EMCA 2BHUA 3UCQA 5HXMA 1V3IA 1FP8A 4CU6A 4MAVA 1EXPA 4GZEA 4XB3A 1DWJM 4ZXLA 4UOZA 3SUWA 4AIEA 3ECQA 4UCFA 2G3IA 3AXHA 2VL4A 2DSUA 5CG0A 3HMCA 2QF8A 1E6QM 1K9TA 3WF4A 4CD8A 1F4HA 4H8HA 4D6CA 2QPUA 3WQ6A 3W53A 4U5IA 3TOPA 2XIIA 1KCLA 4OBRA 2VX5A 2DQXA 1UR1A 4KH2A 1G9HA 4NF7A 2ZE0A 2ZXDA 2OSYA 4JFWA 1H09A 1V6UA 5IFPA 4B3KA 5KEZA 3ARQA 3VGEA 1OM0A 3OLEA 1B31A 3GH7A 3AS0A 4P7LA 5A6MA 6CGTA 1SR0A 2AMGA 3ARRA 4U3AA 4QLLA 2Y8KA 4R5EA 4CKQA 3RDKA 1C7SA 1UOKA 3RO8A 3WUEA 1KGWA 1NWUA 2YL6A 4IM4A 1XSIA 3OG2A 1OT2A 2GUYA 3AISA 4W89A 1CLXA 4J28A 3VIHA 3AZSA 2ZXQA 3WF2A 3W26A 1ODUA 4AD1A 3ZJKA 1HKJA 2VX7A 3GNRA 2HVMA 5AC4A 1ISWA 1JF6A 3L4UA 4CGTA 5I78A 1HXJA 2CBIA 3L4ZA 4ATDA 4BA0A 2D24A 2WC4A 5BXSA 3SCNA 5F7UA 3WH9A 2ZX9A 1E55A 3CTTA 4X0NA 1HX0A 4U3CA 4TVDA 1UZ1A 4JHZA 5CLTA 3BLPX 4M82A 3VD5A 1G0CA 1WP6A 3IK2A 4ATLA 4TVCA 5M3WA 1QNOA 2OYLA 1TE1A 3WD4A 1JL8A 3DYOA 2BS9A 5D9OA 4F66A 4QP0A 2NW0A 1XGZA 3QOMA 1GOKA 1QNSA 2QMKA 1IV8A 3VD4A 1OWQA 3RMEA 2ZX8A 2FHCA 5A8PA 1C92A 2VQTA 3BMVA 1H3GA 1HL8A 3EDKA 4DUXA 4WKAA 3BC9A 5FD0A 1QI0A 4HMEA 3AHZA 1E4MM 5D4YA 2ZUTA 3T2OA 1M7XA 3T2QA 1BSIA 4KRUA 3CZEA 3NYDA 2V5DA 2PF0A 2YDQA 1V6VA 1W3JA 1U30A 4PMYA 3DYPA 5M03A 1E5JA 3ZR6A 2WW5A 1A47A 3THDA 1WO2A 2V3DA 4MNJA 1FA2A 3ZJ6A 3WH7A 3VIOA 1IT0A 1C8QA 2Y24A 3N13A 1I1XA 4ZENA 1B1YA 1J9YA 1W9DM 3GXMA 1E4NA 3WSUA 3PZGA 3APGA 1CXKA 2QV4A 3S6TA 4EAMA 2WK2A 5A94A 2EQDA 3NSXA 1AQHA 1F4AA 4UZSA 2CBJA 1JAEA 3UR7A 1PIGA 4D6JA 1GVIA 4J7RA 3KEHA 5BXTA 4D6GA 1WE5A 1DWFM 4LQ1A 3RM8A 2X05A 4F9DA 1BFNA 5CSUA 1DEDA 1HP4A 2DSWA 4BQ3A 1QNPA 2ZX5A 2W63A 1PAMA 1TMQA 3IJ8A 4ZE4A 3KWXA 3MV11 2E9MA 4EANA 4NRSA 4WKHA 4CD4A 1CNVA 4D6FA 5A8MA 1KR1A 2D1ZA 2Y2WA 4P8XA 5FCZA 4KGJA 1ITCA 4GINA 3MSGA 4ZEPA 5I77A 1PIFA 1WZAA 1CENA 1FFRA 3LPGA 4WIWA 4P7NA 4L4PA 1QPKA 4B16A 1CEOA 2GK1B 1OGBA 3VGGA 1GW1A 3W4RA 1HKKA 3VU2A 1HVXA 4DWSC 1BYDA 3PHAA 4PTWA 2D0HA 3I3BA 4LPCA 4MB4A 1J0ZA 2WHLA 4ACYA 4A3YA 2X1IA 1XSJA 4GI6A 3KL0A 3NCOA 5GPRA 1UD3A 4JCMA 5AY7A 1XYFA 4PSRA 1KBBA 2VOTA 3PZ9A 3CIVA 3N18A 1L8NA 1UWIA 1XYZA 1GQJA 3THCA 2DSKA 4D1JA 1VJSA 4CCCA 5DO8A 4HA1A 4PBGA 1IZJA 3AZRA 3CUGA 4C7FA 2Y5EA 3WEZA 2DT2A 4TX6A 4CD6A 4JIEA 2EPOA 4QCEA 3WQ5A 3SCQA 2VRQA 3W29A 3D3AA 2YLAA 3RJXA 1BVNP 1LL6A 1W2VA 2GFTA 1U2YA 4GKLA 3OLGA 1V3KA 3AIRA 5ABGA 4AD5A 4WLCA 3AICA 1E1FA 2E40A 2XIBA 5LA2A 1PZ2A 4W88A 4FMVA 4CU7A 4M24A 4W8AA 1UH2A 1A3HA 5E0CA 5CLWA 1XC6A 4MTVA 5D8WA 1W2PA 4P8VA 4H8VA 1B3VA 3QHNA 5BRQA 1KWKA 1OBAA 5I79A 2Q8XA 1CXHA 1K9FA 4HA3A 3WBAA 4GI8A 2VJXA 4BS0A 3WUGA 2O9TA 1XH2A 8A3HA 1TG7A 4C7DA 4AYSA 1B2YA 5FKYA 2O9RA 4JFVA 1VFFA 1UH4A 1KXHA 4ACZB 1E9LA 1W9UA 3BH4A 2ZUVA 3OZPA 4LXFA 3UG3A 3AMCA 2AOSA 3WF1A 5EFFA 4PMNA 2CYGA 1XHGA 4AISA 4M80A 4Z2GA 1QI2A 3W6MA 1W1TA 1OB0A 1RP9A 2E4TA 2XG9A 4MAZA 2D23A 3EDJA 3EYPA 5ABHA 1R86A 3B9DA 1GOQA 3O9NA 3OLIA 1DWGM 2XWEA 1MQQA 4AD4A 5I3DA 2V3EA 1R85A 1VEMA 1J0IA 2EPMX 3B9EA 3SURA 1BAGA 5A8QA 3PBGA 4Y7EA 3UETA 5ABFA 4GXPA 5CQ1A 5A8NA 2V3FA 3CZKA 2WZHA 2JEPA 1GHRA 1OD0A 2VR5A 5A1AA 5BXPA 2E0PA 1LL7A 5IXEA 1TUXA 4PN2A 3TTOA 1H49A 1MQRA 1W3HA 1UUQA 1BHGA 3WDJA 1BYAA 2JFEX 3ARXA 2ZICA 2WXDM 5DF0A 1SFSA 1GQKA 1UKQA 1ZBWA 2XFFA 4MNKA 5C70A 2WPGA 5IHSA 4UZUA 1Q6DA 2XTKA 1K6AA 3SCVA 3AFBA 2WCSA 3GBEA 1E6XM 1GVYA 4EE9A 1BYBA 1JI1A 4GPNA 2CBVA 1DWHM 3AI0A 3JUGA 3PZUA 3WMCA 3DECA 2BV9A 2BVTA 2J78A 3VX1A 4F79A 2PWDA 4WJXA 2VX6A 1GNXA 1GJUA 2VCAA 1VENA 3CZGA 4V28A 3SIMA 1KQZA 4OKDA 3SEPA 4GQRA 4YHEA 4MJ2A 3MKKA 3WDIA 1QNQA 3WIJA 2DEPA 1H0IA 1ISYA 1CGYA 1CXEA 4XX6A 2QPSA 2VVSA 1VRXA 1AVAA 5BYWA 1ODZA 4WSKA 1E5NA 1E6PA 1SMAA 1RPKA 2E8ZA 4P8WA 1JXKA 1E6ZA 1V02E 2J7GA 3MSDA 5HPCA 2WWDA 4PMZA 1E6RA 1OINA 5FL1A 5I6SA 1JXJA 3SUVA 2WKGA 3F5LA 2VO5A 2VCCA 3BAXA 2OYKA 7A3HA 5TD4A 1QW9A 4UFKA 3ZQ9A 3W27A 3VILA 3D5HA 1PJ9A 4FLSA 5E6ZA 3VMPA 1HJSA 2G8ZA 2IUZA 5BXRA 1MW0A 1PPIA 2OWXA 4W84A 1E4IA 1UR4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2FHB A;  4GQQ A;  5BRP A;  3NDZ A;  1EQC A;  5CPQ A;  1UQZ A;  2BY2 A;  2X2Y A;  2D3L A;  5EB8 A;  4AIU A;  1M53 A;  3WD3 A;  2GDU A;  4AY1 A;  2ESC A;  3SCO A;  3ARY A;  5A6B A;  3BSH A;  6TAA A;  2WVU A;  1CGV A;  4OBS A;  3PZN A;  2DT0 A;  1EDQ A;  4V2X A;  3AYR A;  3W37 A;  1E72 M;  4XUY A;  1V3M A;  5ABF B;  3II1 A;  4OOZ A;  1AQM A;  4HP5 A;  3ZJ8 A;  3VNZ A;  1O7A A;  2JF6 A;  1J0J A;  3WY1 A;  1JYW A;  3I3E A;  3O2L A;  1TVN A;  3CZL A;  4AD0 A;  1VBU A;  1KGX A;  3I3D A;  2WMK A;  1KCK A;  4H2C A;  3L4X A;  2UWF A;  4P7Q A;  2Y8V A;  3WQV A;  1Q6C A;  1C7T A;  3PZV A;  4D6H A;  1PX3 A;  3VD7 A;  4Z2K A;  3WQW A;  4AZB A;  3SUU A;  3K46 A;  2BFG A;  2XUC A;  2WC3 A;  4HU8 A;  2W67 A;  1VB9 A;  2RGL A;  2WMG A;  3WD1 A;  1G01 A;  1U33 A;  3VO0 A;  4CD5 A;  3UR8 A;  3LPO A;  6A3H A;  1S46 A;  2V3G A;  1CGX A;  3AMG A;  5CPS A;  2DIJ A;  1VBR A;  4NRR A;  2ZXA A;  3BCF A;  4UFM A;  5E9A A;  4TXE A;  1E73 M;  2VC9 A;  2RGM A;  2CBU A;  2WBK A;  1UR8 A;  1FFQ A;  3ART A;  3GDB A;  2Z1S A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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