3TH6A

Crystal structure of triosephosphate isomerase from rhipicephalus (boophilus) microplus.
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
247
structure length
244
Chain Sequence
ARRFCVGGNWKMHGSKNSIRDICNTLKGASLDPNVEVIVACPAPYLDYCRSLLPPSVALAAQNCYKVEQGAFTGEISPGMIKDCGGQWVILGHSERRHVFKEDDVLIGEKIKHALESGLNVIACIGELLEDREAGRTEEVCFRQIKHIASNVKDWSKVVIAYEPVWAIGTATPDQAQEVHSKVRNWLSTNVSADVASKVRIQYGGSVNAGNCKELGRKPDIDGFLVGGASLKPEFVQIINAMQG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and biochemical characterization of a recombinant triosephosphate isomerase from Rhipicephalus (Boophilus) microplus.
pubmed doi rcsb
molecule tags Isomerase
source organism Rhipicephalus microplus
molecule keywords Triosephosphate isomerase
total genus 90
structure length 244
sequence length 247
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2011-08-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3th6A00
1KM5A 1MEHA 5HWNA 2C14A 1THFD 4FNUA 3LTYA 2EHHA 3NQGA 5EKYA 1R2RA 3O1NA 1JCXA 3PB2A 3G1YA 1CI1A 2V8ZA 4LC8A 3WJYA 4K36A 3LLFA 4JDBA 5SWUA 4O11A 4MPQA 5K3VA 4FX7A 5D38A 3TW6A 3WJSA 3TV8A 1OK6A 1ZNNA 1A53A 2ZRYA 3G1VA 3PWAA 3DFSA 3GAKA 4RXGA 2DJXA 1PS9A 4IXHA 4NJKA 1DQXA 1MZHA 5HWJA 3STCA 3NQCA 4U4MA 2VC6A 4MFEA 2A6LA 2DZWA 3HOJA 4LV9A 4JTIA 3G0UA 1ZAIA 2B7PA 4JYFA 5G1TA 4MY9A 3A5VA 5J5DA 1VC4A 3JS3A 4N9EA 1VJIA 1TV7A 1S3HA 3GYEA 3N2XA 2C0AA 5KSWA 3G1FA 4EOUA 4MJMA 4ADUA 1H7XA 5C2XA 1W3TA 4OV4A 5CSRA 1TV5A 2VFDA 1K3UA 1K8ZA 3W2JA 3NEVA 4Z1CA 2A5HA 1Q45A 1D3GA 1DL3A 1GOXA 4FNSA 3IRDA 4IMEA 4O19A 4RJEA 3GKAA 3TQKA 3ABSA 3EX4A 4HSNA 4LW7A 4H4IA 3QQ1A 2EGZA 3F03K 5KINA 1FQ0A 4R33A 2V82A 3C2VA 1QCWA 4O16A 2V2HA 1GG0A 2X1RA 2ATMA 1ZALA 3R89A 5CZSA 2NUWA 5EBUA 3WK2A 1EP1A 3P74A 2DZVA 3S5YA 3P8JA 1X1ZA 4KFNA 3C52A 1P0KA 2NX9A 2QUUA 5C55A 3A5FA 1H1YA 3W7PA 1YDVA 2DJLA 4LVDA 3TIMA 4CNOA 1WQ5A 3MP3A 1DBTA 2ZRZA 3PSWA 3IV3A 2YYUA 2VKZG 2C18A 1FXQA 3PULA 1KBIA 1M6JA 1FX6A 2QKFA 1SZFA 4B5NA 4GJ1A 1KTNA 3TROA 3VE7A 3OEXA 2PRLA 4HNVA 3JR2A 4C1LA 4K38A 1IXNA 1H7RA 4FEZA 2GJLA 1NVMA 3ABRA 3BG5A 1TRDA 4U28A 5D32A 5AYZA 3GDLA 3C2FA 4LRTA 1Z48A 1KM3A 4DO4A 2WSYA 2X1UA 3O16A 4EF9A 1F6KA 4WXYA 3CLMA 3LGEA 1FCVA 1D9EA 1I45A 1YLVA 2H8XA 2GVJA 1TQJA 5G2HA 1ZCOA 5EMUA 4W9TA 2B4GA 2V2CA 4LT9A 2R94A 4BI5A 4IJBA 4DO6A 5MHBA 2Y7EA 3Q94A 1DQWA 3G1DA 1Q6LA 2QR6A 2R14A 4BK9A 3G1HA 5I3KA 4BI7A 1ML1A 1K03A 4PC8A 4DPPA 3KFTA 4PL1A 4LS2A 2ALDA 3DKJA 5TIMA 4A22A 1WOBA 2CU0A 1GWJA 3EEGA 1SO4A 3SI9A 4MLRA 5BNKA 3TMLA 5D2TA 4QJ1A 1VS1A 2RDTA 1JCYA 4GXMA 3IIVA 4WD0A 4FNQA 3HPXA 3USBA 3SZ8A 4HNTA 3B8DA 1AW2A 2QJHA 1ME9A 1K7FA 4O13A 1O4UA 4FF7A 3E02A 3BW4A 5DXYA 1AW5A 3S42A 2Z1BA 1XBXA 3QSRA 1YXCA 2ZA2A 3BVJA 2PCQA 3DZ1A 4OE7A 4BFAA 2E6DA 3W2MA 4ZL1A 2X1SA 2W6RA 3L66A 3LCLA 3NR0A 3QRHA 3G8RA 3GXPA 2E6FA 1O5XA 2Q3OA 3NA8A 4CCDA 1OFDA 4XBKA 1TPVA 1ALDA 4DF0A 3G24A 2VOMA 5AHLA 3HG5A 3GIYA 3ATZA 2WOQA 4Y8FA 4JTJA 1W5NA 3LCIA 3UWVA 4IX2A 4L4LA 4FXRA 4UCGA 5L9FA 1OX4A 4XTIA 2CLEA 2Q8ZA 3NPUA 4O1BA 2V2DA 5IBXC 3MW7A 3CU2A 4RLIA 4XWUA 4LWWA 3C2RA 1SW7A 4LVFA 3W7DA 2V9DA 5AHNA 2DZUA 1AK5A 5LNWA 3B06A 3W7CA 4FX6M 4PFMA 3W22A 4XQ6A 4O0ZA 4PA8A 3H55A 3DH7A 3T7VA 2DZTA 1JUKA 3SECA 3W1XA 4IX0A 3ABQA 1T96A 1X6UA 4HIBA 2QAPA 2ZZ7A 1W56A 4KWWA 3RF9A 1U83A 3MYOA 4JTFA 2CZDA 4ZQNA 1G4PA 2C16A 2ZZ3A 5CKSA 1HL2A 1EWEA 3TNOA 4EIVA 3TQVA 4RZ5A 3FYPA 3W2UA 1W54A 1LYXA 3STFA 1S5TA 3PY2A 1TRIA 2BSLA 4UTHA 3P62A 3EX1A 4DXVA 1EA0A 2QCHA 5HMSA 2QCCA 1SPQA 1WOAA 4ZQCA 2DZPA 2YX0A 3OVPA 1FCUA 2ZZ2A 1I2OA 1R47A 3PBUA 5HR6A 1YYAA 2ISSA 2RDWA 3EXTA 1DORA 1WAUA 1F6PA 2QCEA 3W1LA 4X22A 1LRNA 4S2BA 3B4UA 2JKPA 3PG8A 1J5TA 2VELA 5F2IA 3W2NA 2KZHA 1K8YA 1JCJA 1HTIA 3E9AA 3W7HA 3S8HA 3S9YA 1AW1A 1FWWA 4GBUA 4JY9A 2PRMA 3G3DA 4ML9A 4AH7A 2YW4A 1OFPA 3G18A 4FO4A 3LXAA 1YTDA 3LERA 1KFKA 1H50A 3GNDA 3C6CA 5F2MA 4I7UA 1KBJA 1MSSA 4UMAA 3S6DA 2CW6A 1KA9F 1W3IA 2ZRXA 1BWLA 3MMTA 3TE9A 5KMYA 1VCGA 3CT7A 3SFKA 2F84A 3NPVA 3FYOA 2Y62A 3PAJA 1T0OA 4ZQOA 3N3MA 3S0CA 3LHVA 1MXSA 1WDWA 4XUGA 3MWAA 4NT0A 3DGRA 2C13A 1IXPA 4NQ1A 2CLKA 5HQEA 4JS3A 4M5PA 4UFJA 3B0PA 3DKLA 5EA9A 4NNCA 1OFOA 3RMJA 2BWGA 3W07A 1SSGA 5A5WA 3ABOA 3G1XA 3L65A 5A8GA 1TPWA 3UY7A 3MHGA 3NZRA 3W85A 1SU5A 1LORA 2ZRVA 1R2TA 2QDHA 5DY3A 3TFCA 1GG1A 4RZ6A 1LBLA 3FIGA 5FF2A 2ZFAA 3RLVA 1GPWA 5F1VA 1TCDA 2X2GA 5BOOA 3W70A 1IXOA 1QR7A 3O8AA 5H2ZA 1ZHAA 4LRSA 4XKYA 4UC5A 4R34A 3B04A 2VFIA 4MJZA 5DCEA 5I3FA 4LU0A 5D37A 1I4NA 4TIMA 5IM51 5F4SA 2D73A 5LZLA 1KFLA 1SFJA 3GXTA 4CNPA 2QAFA 4BI6A 3W7OA 4AB4A 1DV7A 4JTTA 4QQ3A 1TQXA 1NF0A 5F2LA 4DBEA 1W31A 3W87A 4A3UA 2GVGA 3EWBX 3PVFA 3LBCA 4O57A 1R2SA 2ATSA 1E51A 3KRZA 3R8RA 3O06A 3PC0A 3NQVA 4O1DA 1GT8A 3NAVA 1RQBA 3TH6A 4RR4A 2PRHA 4O8RA 3UPWA 2HS8A 2YW3A 4JD4A 5HUPA 2YYTA 1JQXA 2A0NA 4AWSA 3CC1A 4CQ8A 2JKAA 2OX1A 2QCDA 2OZ0A 5H91A 2FPYA 4NNAA 4GUHA 3QQ0A 1HUVA 4ZMGA 3OA3A 3TJXA 1X7FA 3M0ZA 5HWMA 5D33A 3LX9A 2FB3A 4IMGA 2E5DA 5C6MA 2E6YA 5G5IA 4E38A 3W7JA 5D2VA 2FJKA 3NXFA 3DI0A 3W2KA 1KLZA 3LRKA 3IGXA 4YWIA 3W72A 1KTCA 3BW3A 1SUXA 1H7OA 3F4WA 3P5ZA 4UTUA 3T4CA 1A50A 1R30A 1KM6A 3W83A 5U7SA 1FWSA 4IPJA 2I9EA 3W7EA 1W8SA 3MUXA 3ZFHA 5G2IA 3B0UX 3MP4A 1HO1A 1KM0A 4E2BA 1XUUA 3QMSA 4K37A 4UTWA 4P2VA 4Z1BA 4UTJA 4DF2A 3UD6A 1QFEA 2OJPA 4BR1A 1TPFA 1YDNA 4DEFA 3M44A 4FHAA 2H8ZA 3IIXA 3SGZA 3V75A 4JEQA 2G95A 3AO0A 4UXDA 1PCKA 3QJAA 1RQHA 4O53A 3DHDA 5CG7A 4K39A 4E0CA 3IIZA 4RCXA 2OCZA 4IOTA 4QITA 1C8VA 3LHUA 1XI3A 1UJPA 1KFEA 3P81A 3TSDA 1A5CA 3HJZA 1ME7A 2E1DA 1F73A 1WBHA 3VCRA 1OF8A 1TJRA 1LBMA 3U2OA 1NEYA 1PCWA 5GVJA 3LV5A 3L0GA 2BZNA 4WOZA 4FB7A 4JY8A 1EEPA 4Z1DA 3V1PA 3LTPA 3LTSA 1OX4B 4A21A 1P4CA 1I2NA 5AC8A 3UYCA 5K9XA 4OWGA 3W1MA 1TTJA 5CZ0A 5DY2A 3ANYA 4TR9A 1UUMA 3EWYA 1DOSA 2YSWA 4QNEA 2Y63A 5D03A 3T40A 3HB9A 1PHQA 3MBFA 3I6RA 3N9RA 3UQNA 1W1ZA 3VI2A 2ABAA 4QAIA 3BPWA 3W3OA 3TUUA 4UNKA 1S5VA 3LCHA 3QH2A 4I7WA 4JYEA 1G7UA 2GQAA 3KRSA 3VNDA 2Y88A 4Q33A 4TMCA 4ADTA 1SFLA 4LV4A 4Y6GA 2C6QA 1DKWA 2WSQA 1XCFA 4LC6A 3CQ0A 3FKKA 3PG9A 1OFQA 3G1SA 2QJGA 1P5BA 4GUGA 1ZJIA 3P67A 2ZZ5A 3PSVA 3P61A 2VFHA 3W7KA 4A29A 1F05A 1JRCA 1QAPA 4YLWA 3NM1A 2FQIA 5DN1A 1YXDA 2AGKA 1PIIA 4O28A 3UXAA 3F1QA 1L9WA 2GQ9A 1W0MA 1MEWA 4DBDA 4LY8A 5LNVA 3L0NA 3LCWA 3T55A 3OVRA 4O18A 2V30A 3PBYA 1O94A 3KRUA 1OYCA 2A6NA 3LCGA 3GVGA 2V5BA 1ME8A 1M7OA 1F76A 5K4ZA 4OQVA 1FDZA 1VCVA 4MZ1A 1H7PA 3TCEA 3DFPA 4NZJA 4TMBA 3WK0A 3DU0A 2FPTA 3GDMA 2WQPA 3E0IA 1DHPA 5EL1A 3NOEA 5DELA 3GKFA 5HULA 5DCBA 2Z6IA 3W84A 3G1AA 4IWWA 3QEZA 3C2EA 1ZAHA 1X1OA 3CM4A 4IUOA 1QMLA 1TTPA 3BLIA 3P82A 1YTKA 4ALDA 5AHEA 2PC4A 3M43A 2FTPA 4ORIA 4D2JA 3PM6A 2XN0A 3O07A 3DFOA 4K8EA 2P10A 1TTQA 2P0OA 1IIGA 2J9ZA 2NV2A 2QCFA 1K7EA 1TPEA 5LNRA 5HJLA 4UTKA 3RNDA 2Y7GA 1XDMA 4AHPA 3W7IA 2Q3RA 5AHFA 1I8JA 4L4MA 3DENA 3KVKA 4LUJA 4ORMA 1P1XA 3ZWSA 1SSDA 4KKXA 1F5ZA 2GPTA 1L6SA 2Y6ZA 3NQ7A 4QM1A 2EF9A 4AF0A 3A24A 3SJ3A 4K7VA 1LRTA 4WOQA 1I2RA 3T78A 1W5PA 2NV1A 4JTEA 3HO8A 1VHNA 5T26A 2QCLA 1K02A 4WZHA 2ZQ0A 1FWRA 3KOFA 1AG1O 2IQTA 5DBUA 3TA6A 1OYAA 2CLHA 3HGSA 3NPXA 4MKNA 3EWUA 5AC7A 3O6DA 4NVTA 3HGOA 4N02A 3W9ZA 1LZOA 4IQLA 1EUNA 2E5BA 3NQEA 2ABBA 1TIMA 2ZTJA 4XKYB 1VHCA 4AXKA 2YDAA 4CCEA 2WV8A 3HBLA 4O1CA 2Y85A 2CZ5A 3BK0A 1H62A 4RKAA 5I3GA 2DU2A 2G96A 5FF4A 4OU1A 4AMAA 3TQ0A 4RZ4A 3LXBA 4GRSA 4OGZA 4J9JA 3CEUA 3WFAA 1F2JA 1H1ZA 5CPNA 3OIXA 4CQAA 1OHLA 2VEMA 1OG0A 2C1HA 3R13A 5D02A 2H90A 2WNZA 3TJLA 3PUDA 1TO3A 2YPIA 5IBXA 5EPDA 5D2YA 4GFSA 1QPOA 3SGUA 4IGHA 2TMDA 1GVQA 2VEIA 3AJXA 4WXZA 2ZZ4A 2CZEA 2ISWA 3L21A 2JKEA 3S1VA 3WJWA 1VH7A 2G97A 2QCDB 3NGJA 4UFMA 1OFEA 3A22A 4N9CA 5AHIA 3O05A 1FCQA 3BV4A 4S1FA 4ZQRA 1LOLA 1OFAA 4LS0A 5FEWA 4Z1AA 5AOUA 3BG9A 3P7YA 1Q6OA 3BGGA 3GK0A 2GOUA 3I68A 5FEPA 3PB0A 5U4NA 1VPXA 1FXPA 1Q3NA 4QISA 1DJQA 4MZ8A 3LHYA 1C9DA 5LSMA 1SO6A 2BX7A 3EWXA 3N9SA 3LCFA 4MYXA 4MZYA 1FY6A 1BTMA 1ICQA 3ELFA 3FFSA 3R5EA 3NG3A 3TX9A 3HG4A 3KVLA 1P0NA 2W79A 2A7NA 3E49A 1XL9A 3G0XA 3TDFA 2QCNA 3NQMA 2NWRA 4N6EA 1K7XA 5AHMA 4UTLA 3W86A 2AAMA 5F4WA 3S5OA 2JK2A 3QMRA 4N4QA 4KFPA 3LHWA 4MLJA 3I7SA 3QSTA 4JTSA 2BXVA 2J27A 3KVMA 4MOZA 5LNUA 2JGYA 2CLFA 4GUJA 5DBTA 1VYPX 2H3DA 3EWWA 3PF3A 3W7MA 2I14A 3NQFA 4X9SA 4O17A 4Y9AA 5FF3A 1OF6A 2QUVA 3W7NA 1EWDA 2ZCGA 2ZDRA 5ABTA 3EKLA 1JR1A 3PUOA 4JX5A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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