3TUUA

Structure of dihydrodipicolinate synthase from the common grapevine
Total Genus 114

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
307
structure length
306
Chain Sequence
SVDDIKSLRLITAIKTPYLPDGRFDLEAYDALVNMQIVDGAEGVIVGGTTGEGQLMSWDEHIMLIGHTVNCFGGSIKVIGNTGSNSTREAIHATEQGFAVGMHAALHINPYYGKTSLEGLVSHFESVLPMGPTVIYNVPSRTGQDIPPGVIHTVAQSANLAGVECVGNDRIKQYTDNRIVVWSGNDDQCHDAKWDYGATGVISVTSNLIPGLMRQLLFKGKNPSLNAKIMPLVNWLFEEPNPIGLNTALAQLGVVRPVFRLPYVPLPLAKRVEFVNIVKEIGRENFVGEKDVKVLDDDDFILVGRY
5010015020025030030025020015010050
020406080100Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
AH1 (22-27)TVIII2 (258-261)AH11 (244-258)S1 (30-33)TIV1 (65-68)AH9 (209-217)TI1 (39-42)AH2 (46-59)TIV6 (238-241)AH12 (263-273)3H4 (304-306)S2 (63-66)3H1 (69-71)3H2 (73-75)EMPTYAH3 (78-93)AH4 (107-120)S3 (97-101)TI2 (93-96)TIV2 (130-133)TVIII1 (104-107)TIV3 (131-134)S4 (124-128)AH6 (159-162)AH5 (137-148)AH7 (168-175)TI3 (148-151)S5 (153-156)AH8 (189-197)S8 (221-224)TIV4 (228-231)3H3 (226-228)S9 (279-281)AH10 (231-237)TIV5 (237-240)AH13 (289-302)O1 (277-279)TVIII3 (274-277)TVIa1 (281-284)TIV7 (282-285)S7 (203-204)TI5 (206-209)TI4 (177-180)S6 (180-182)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Lyase
source organism Vitis vinifera
publication title Crystal, Solution and In silico Structural Studies of Dihydrodipicolinate Synthase from the Common Grapevine.
pubmed doi rcsb
molecule keywords dihydrodipicolinate synthase
total genus 114
structure length 306
sequence length 307
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature ec 4.2.1.52: Transferred entry: 4.3.3.7.
pdb deposition date 2011-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3tuuA00
2BWGA 3L21A 3TCEA 4IGHA 5DLCA 2CLMA 4QISA 1OFBA 1T96A 1W54A 2Y6ZA 5HMSA 4JX4A 5K4XA 3OEXA 2X1TA 3O15A 4RKAA 2DZVA 5DCDA 5HNRA 3CWOX 2B7PA 1SZGA 1FCBA 4K6AA 3PULA 4OGZA 1ME7A 3GVGA 3NR0A 3CC1A 4LUIA 3DI0A 4MOZA 3T78A 3NZRA 2WKJA 4OE7A 4TIMA 1GVSA 2ISWA 5FEWA 2V9DA 2YSWA 1OFAA 3LBCA 3P80A 1BWLA 1GT8A 1Z41A 3O07A 4UC5A 2A5HA 3LB0A 2ZA1A 3DBPA 3H55A 2H8XA 4JD4A 3DHDA 4HKPA 5F4WA 2A1YA 3KRSA 4WZHA 5AHMA 1NF7A 2A85A 2PCQA 3T44A 3VE9A 4O16A 2X1UA 3W2LA 3DU0A 4K8HA 1HO1A 3A22A 3UWYA 3HGJA 2VFGA 3QF0A 3M7WA 2VENA 4GBUA 3E96A 1QMLA 4QSHA 1QPNA 1P4CA 3IIZA 4ZQPA 5F4XA 2V8ZA 4BK9A 3GR8A 1H5YA 3ZWSA 1KLZA 3SW6A 3M16A 3I7QA 4O19A 1O5KA 1S5WA 4WUIA 4B5NA 4ICNA 3LV5A 3TW7A 1KTBA 2NX3A 1OFPA 3AJXA 5IM51 4UTKA 3TFCA 1YDVA 4PL2A 3EWWA 3N2XA 3L0NA 3MHUA 3BV4A 1RZMA 2J6XA 4C1LA 2DZPA 1DVJA 4PA8A 1LRTA 2GVJA 1WX0A 4CLMA 1MZHA 2ZFAA 1UASA 3W7KA 3CEPA 3GDRA 3V75A 2X30A 2W79A 3B04A 3HG4A 2OT1A 1AMKA 2RDWA 3BW2A 1TPUA 1GOXA 1UJPA 4EF9A 3W72A 3BK0A 3CPRA 3TA6A 1T8XA 5I3GA 2W6RA 5KSWA 4NNCA 3W7MA 3V1PA 3AO0A 2QCDB 2TMDA 3MBFA 3P62A 2VXNA 3N73A 3KXQA 5G4EA 3SJ3A 3G1AA 3PBVA 1SW3A 4RZ5A 3EKLA 1IF2A 4JTSA 2BZNA 2J9YA 5BNKA 5DBUA 2BTMA 3MP5A 3IIXA 3QMRA 4BI6A 1XM3A 3BLIA 3QW4B 3TQKA 1LBLA 5D02A 4NU7A 3GYEA 3C52A 4O11A 1WYIA 4UFHA 1O94A 4UTIA 3D0CA 4JYDA 5AYYA 4JTTA 5LNRA 3F03K 4O4VA 3CQ0A 2BX7A 1DQWA 4GUFA 1IIHA 3C0JA 4TX9A 3HGSA 2FB3A 2R8WA 3BG5A 2DZTA 1LBMA 2F84A 3W7DA 4AF0A 3HG2A 5F4SA 1KBIA 3RK8A 1R30A 2QCLA 5F1VA 8TIMA 4UTWC 3DFPA 4JTJA 4MLRA 3LCFA 2G96A 3LCWA 4Y8FA 1SUXA 1TCDA 3NL5A 1VYRA 1K7FA 1TJRA 1OX4A 4AHPA 3W85A 4LNYA 4E2DA 3NQAA 3S0CA 3CEUA 2EHHA 5DY3A 3N3MA 2EF9A 3DKJA 3LHUA 2P1FA 2QCCA 3RNDA 2VEIA 3PS7A 3B0VC 4O1DA 4UTLA 1G4PA 3GK0A 3RLUA 3H53A 4OQVA 4UXDA 2QR6A 3A9IA 1G4TA 5G2WA 3U8GA 5HINA 3INPA 4AXKA 5HUPA 4O0ZA 1UB3A 4K36A 1LRNA 3W86A 4BR1A 3T40A 1GVQA 4WXYA 3UY8A 2C3ZA 2XN1A 2UV8G 5TQLA 4U4MA 2WSQA 3STCA 3QSTA 4O4WA 4XKYB 2E6FA 1GEQA 4XWUA 5I3HA 4JTEA 5AHEA 3WJWA 5K3VA 2A2IA 2EAWA 3PY2A 3RF9A 3ELFA 5ABTA 1WDWA 3VKJA 5DCEA 4XTIA 4JTLA 1DORA 4S1FA 2V81A 4K7VA 3DFSA 4UMAA 3W1MA 3CIXA 1TSIA 2R14A 1F73A 3BO9A 1PIIA 2JBMA 5LGZA 1TB3A 1CI1A 4MIMA 1SFLA 3ATYA 4N9CA 2NX9A 1X1ZA 5TIMA 3RMJA 4WX2A 3NG3A 4L4MA 4LRSA 1OFQA 3GDKA 3DFOA 1JUEA 3GDTA 3NOEA 1LORA 3W7EA 4JY9A 2G97A 1FXQA 3LBMA 5E93A 2BLEA 4PEKA 1S5TA 1N55A 3R13A 2EKCA 3LCXA 4QM1A 4O52A 2E68A 5DCBA 4RV8A 1OFEA 5E1QA 1KFJA 3UWVA 3WJYA 4UFLA 4X2RA 2VOMA 4AWTA 3G1DA 5IBXC 2Y89A 3NQCA 3NPVA 3FEMA 1UUMA 3DZ1A 1OYCA 1H62A 3O6CA 4XBKA 1I45A 4Q32A 4DELA 1PCKA 2B7QA 3STGA 1L6WA 2CLLA 4HNUA 1FQ0A 1I2OA 1EX5A 4JTFA 3TMQA 4WOQA 2CLFA 3PAJA 4POCA 1N7KA 1RR2A 1TPFA 4NZJA 1PV8A 3NQFA 3BPWA 2D73A 3NNTA 5FF3A 3NQGA 2WO5A 1KFKA 4O50A 4NUWA 3SSJA 1BWKA 3TSMA 2JGQA 3QPZA 3ANYA 3NXFA 3G1SA 1Y0EA 5EL1A 1VCFA 1G69A 5F2MA 3EXTA 4TMCA 1W5PA 3NQVA 3UWQA 3EKZA 3S5NA 4LWWA 2JGYA 2E6DA 1ME8A 4QNEA 2RDTA 4N6FA 3G3MA 1P0KA 3P81A 3W23A 1ZAHA 2NWRA 2ZZ7A 4LV4A 3TROA 2DZXA 2WJZA 1W31A 3LHYA 1I2NA 4N02A 3PSWA 1IXNA 4QITA 3W7PA 4ALDA 2ZTKA 4CQ9A 4U28A 1D3HA 4S2BA 3MP4A 2X16A 5CPLA 5EA9A 4Y9AA 3LRKA 1TIMA 4RJEA 1Q45A 3SFKA 3LV6A 5KTLA 3UYCA 1ALDA 1EEPA 4LU0A 4JXCA 3IIPA 3NPWA 3MBDA 4N9EA 3TQVA 3QMSA 2ZRYA 3SY5A 4ADSA 1AL7A 1L9WA 3E49A 1NF0A 1SSGA 3L66A 2JKAA 3IIOA 1DOSA 4P61A 1A5SA 2TRSA 5AHLA 3EX4A 3MJYA 4I9AA 4O10A 1WOAA 3DGRA 3DAQA 1SZNA 1TQXA 4N6EA 2ZTJA 1JRBA 4QIUA 1X6UA 2ZBTA 3NL6A 3L0GA 3FJLA 3W22A 4MY1A 1ZFJA 2FPVA 1YXCA 5U4NA 3LHZA 1O4UA 2EPHA 1O5XA 2NUWA 1KV5A 5D2XA 3JR2A 1DL3A 2Z0IA 1ZENA 3DKLA 3W1RA 4GXMA 5DBTA 3PUOA 2HS8A 3QM3A 5CZ0A 3VCRA 1VCVA 3KX6A 4S2CA 3EX3A 5EY5A 3EEGA 3EX1A 4JDBA 1TPEA 3QEZA 4UTTC 3C3NA 4ZQRA 1RV8A 2BXVA 2RKXA 1NSJA 3UWWA 2ABAA 5FEPA 1W3NA 2DZWA 1FDZA 3BVJA 1ZALA 2A7NA 2GUUA 4JIQA 4ZL1A 3ABQA 3STEA 4I7UA 5GVJA 4CCCA 1QFEA 2QUUA 5BRBA 1KM1A 1XKYA 3C8FA 3OVQA 4JICA 1W5QA 1MEIA 1GWJA 2Y70A 3UXAA 3S8HA 3EWUA 3PUDA 2NV1A 1OX4B 1XXXA 4H4IA 1YDOA 1YPIA 3M41A 4MY9A 2WNZA 5DY2A 3M1ZA 3MMTA 4UTUA 1WQ5A 3GIYA 4MYXA 2V2DA 5AYZA 1SQ7A 1TV5A 2ZRVA 4M7SA 3C6CA 1YTKA 1J4EA 4K37A 1K3UA 2CLKA 2QDHA 3O16A 4LVBA 3BG9A 3R5EA 4LTSA 5C54A 4LY8A 3O8AA 4HIBA 4MLJA 3A5FA 4FF7A 4DQWA 3W70A 5HUOA 2QJGA 3HG3A 4MZ8A 3W1LA 2NX1A 3W7IA 1QDSA 5K9DA 2G95A 3W1PA 3G1HA 3GAYA 4D2JA 5C6MA 3N34A 1R2SA 4M6VA 4NZFA 4IUOA 1S5VA 1WBHA 3GZ3A 2VFFA 3O1NA 3P61A 1QPQA 1KTCA 1QAPA 2PC4A 2QCGA 3LTSA 3KHJA 1LOSA 1AW5A 1OX5A 4RR4A 3NL2A 4TO8A 2V5BA 3TW6A 1H61A 2DZSA 4AVFA 4OV9A 1T0OA 3BARA 4RLIA 2E09A 3TXVA 2R91A 4O14A 3HPXA 4G1KA 1P5BA 1QPOA 4UCGA 1H7OA 4DF1A 3GKFA 4UMBA 1QCWA 1H7XA 1B9BA 2ZQ0A 3WJXA 3S6DA 1L6SA 1G7UA 4AHQA 1QNVA 2YCEA 3F4NA 3W88A 1GYNA 1EP2A 3H54A 3NQ7A 4MFEA 3TX9A 3W7OA 1C9DA 1EUNA 4NX0A 1OYBA 3T4CA 2YXGA 4AHOA 3GX9A 4ZQNA 3PB0A 1K7XA 3N9RA 3MWAA 2QCMA 4HNNA 3VNDA 2A7RA 3IVUA 1EB3A 2OT0A 1KTNA 5CKSA 3TFXA 2GOUA 2C6QA 5G4WA 1KFCA 1JCYA 5J5DA 1DJNA 2GQ8A 2WV8A 1XC4A 1E51A 3SI9A 1EUAA 4DO6A 3QMTA 5BMWA 3LLDA 2NV2A 2O7QA 4BI7A 4X3ZA 1VGAA 2HSAA 4NX5A 1D9EA 3IGXA 1OX6A 1JUKA 2QUTA 4IQLA 3O6YX 4ZZ9A 4CNNA 4ZMGA 3PB2A 1FWTA 1ZAIA 3QW3A 4NXSA 4PC8A 1BKSA 1U5JA 3Q37A 3C61A 4OHQA 1DKWA 4UNKA 4XZ9A 3W7HA 4FXRA 1FCQA 1A53A 3NZ1A 2H3DA 1DHPA 3B03A 1F5ZA 4ZQOA 3LGEA 4LVGA 4PTNA 4IPJA 2RDUA 3LHTA 4EOUA 1H7RA 2FLIA 2WQPA 3W76A 2VFEA 1JJKA 4IMDA 5G2IA 1M5WA 3W2UA 5LNUA 3WFAA 3QYQA 2Q8LA 5FF4A 4NJKA 2CU0A 4XBSA 1Q6LA 2YR1A 5C2XA 1RVGA 4NJHA 1UUOA 5DXXA 3W71A 3B06A 3KVLA 1XBYA 4MZ1A 4WD0A 1MSSA 1VLWA 1XUUA 5AOUA 1YADA 3MHGA 1K03A 3CT7A 3DFQA 4LVFA 3B0UX 4XTDA 3CHVA 3DHFA 1XBZA 4OBTA 4UFKA 5HULA 1W5OA 3QJAA 2OX1A 4CNPA 3G1YA 5LNSA 5AC6A 1LP6A 1W5NA 3PBYA 3S9YA 5D38A 1X8FA 4R53A 3G0UA 4DBDA 5AC8A 1KFLA 4GUGA 2QCNA 4HSNA 3NQ6A 3N19B 5J5RA 4JR5A 4R7JA 3DENA 4NNBA 3SGZA 3ABRA 4O18A 3SECA 3EWBX 1KM5A 1A5CA 1GG0A 3KAOA 4LVAA 2GVGA 2C16A 4O17A 2ZRUA 4JGDA 1I4NA 4P2VA 4GWEA 4CCDA 3W7CA 1OF8A 1B57A 2YZRA 3LLFA 3FKRA 2R94A 4YMZA 3TR2A 4ADUA 5I3IA 3CWNA 3DI1A 2V82A 3OIXA 3EB2A 2QUVA 3M9YA 1I2QA 1K8XA 1HG3A 3W7QA 1EP3A 1TV7A 1VHNA 2A6LA 2GQ9A 1IXOA 5MHBA 3L67A 3M5VA 5AHNA 1XBXA 2ATSA 1C29A 1IXPA 1WXJA 2TYSA 3GAKA 1ZCOA 2Y7GA 2QJIA 3W2JA 5KZDA 3FKKA 4E2BA 4LC8A 4Z08A 3R12A 1ZJIA 4NQ1A 5D32A 2E5BA 2ISVA 3B8DA 4O13A 1F76A 3G0SA 4ZQMA 4DPQA 4RK8A 3T7VA 3TSBA 4GUJA 3W07A 5CPMA 1FWSA 3LDVA 3HGOA 4AEOA 1V5XA 4HNVA 2Q3RA 1VR6A 5F2IA 1SO6A 5K4ZA 1TO3A 4RX0A 1TRDA 2KZHA 4WY0A 1C8VA 3GXPA 2ZDRA 5K2ZA 1SFJA 5FEXA 1U83A 1PS9A 4MYAA 3TH6A 5A5WA 4A2RA 2J9XA 4PODA 2E6AA 3DH7A 5G5IA 3UQNA 1OG0A 3W1AA 1YLVA 1JVNA 2ZRXA 3ATZA 4FHAA 1CW2A 5D05A 1K8ZA 3OVPA 3KVKA 1NEYA 2Y7DA 4MJMA 3SGUA 1UCWA 1HO4A 2V30A 4YCOA 3GNDA 1DV7A 1EWDA 3GDLA 1SO3A 1W1ZA 1KA9F 2OMAA 5D2YA 1OHLA 2QCFA 3TV8A 3MW7A 4FX7A 1F74A 1OABA 4UUIA 3L9CA 4TR9A 5D30A 5AB3A 4MJZA 1S3HA 2OCZA 3I68A 3HPSA 3OA3A 1JCLA 4IX2A 3W2KA 2CZDA 3NM1A 1PE1A 2VELA 3TKFA 3EWYA 3GR7A 1K7EA 1GYLA 3M0ZA 4OV4A 5E0KA 3S1UA 1EA0A 3FLUA 1HTIA 1YDNA 2IQTA 3TMLA 5EMUA 4LS0A 2JKPA 1RPXA 4TMBA 4DPPA 4JYFA 3TC6A 4UFMA 1JR1A 4DXVA 2W0UA 1LZOA 3MP3A 3W9ZA 1LRQA 3BGGA 1GJPA 3W1QA 4K38A 2WPBA 3S5YA 4H6KA 1NVMA 1PCWA 4KFOA 4FNSA 3RFAA 4E38A 3L65A 1UBSA 3L0KA 4FNUA 4GUHA 4YWIA 1H60A 4UFIA 5DN1A 2HS6A 2ZZ4A 3NL3A 5L9FA 2OZ0A 1PVNA 1QR7A 1SSDA 4QAIA 5EPDA 5KMYA 3ZFHA 4KFNA 2WNNA 3B4UA 1VCGA 2FDSA 4RXGA 2JKEA 4N9DA 4AWSA 1LOLA 4Z1BA 2QCDA 5U7SA 1A5AA 3NYZA 2ALDA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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