3TUU | Genus

Total Genus 114

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	114
sequence length	307
structure length	306
Chain Sequence	SVDDIKSLRLITAIKTPYLPDGRFDLEAYDALVNMQIVDGAEGVIVGGTTGEGQLMSWDEHIMLIGHTVNCFGGSIKVIGNTGSNSTREAIHATEQGFAVGMHAALHINPYYGKTSLEGLVSHFESVLPMGPTVIYNVPSRTGQDIPPGVIHTVAQSANLAGVECVGNDRIKQYTDNRIVVWSGNDDQCHDAKWDYGATGVISVTSNLIPGLMRQLLFKGKNPSLNAKIMPLVNWLFEEPNPIGLNTALAQLGVVRPVFRLPYVPLPLAKRVEFVNIVKEIGRENFVGEKDVKVLDDDDFILVGRY

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal, Solution and In silico Structural Studies of Dihydrodipicolinate Synthase from the Common Grapevine. pubmed doi rcsb
molecule tags	Lyase
source organism	Vitis vinifera
molecule keywords	dihydrodipicolinate synthase
total genus	114
structure length	306
sequence length	307
chains with identical sequence	B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature	ec 4.2.1.52: Transferred entry: 4.3.3.7.
pdb deposition date	2011-09-19

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3tuuA00

3CIWA 2HMCA 2Q8ZA 4N9EA 3TJLA 4EF8A 3L0NA 5KINA 3EXSA 3O6CA 4ZQNA 3NVTA 4FNRA 4FNPA 2P10A 1Q6LA 3O06A 4HNNA 4JTGA 1SSDA 1HO4A 2NUXA 2H6RA 4UFLA 3IVTA 3STCA 2PC4A 3LTSA 2CLFA 4EOUA 3THQA 4ZL1A 3DKJA 3TE9A 2E6DA 2VFFA 5K2ZA 4WUIA 3P5ZA 1KTBA 3PAJA 1MEIA 5CPOA 5CG7A 1LOSA 3BG9A 3TXZA 3CLMA 4H4IA 1F7BA 3W87A 3HPXA 5CSRA 2HTMA 1SO4A 3O6YX 4GE8A 3TK7A 5LHFA 4UC5A 1DQXA 1KFKA 2W79A 3OA3A 3MHFA 4Z08A 1YXCA 4GWEA 4AVFA 2EHHA 4N9DA 4Y96A 3QZEA 5E0KA 5SWUA 2ALDA 2Z2UA 4AB4A 1PHWA 3LCXA 3W1RA 4KFPA 4A21A 3UWUA 1EUAA 2RDTA 1I8JA 4A2RA 2YR1A 1XDMA 2NWSA 3IIZA 4LUJA 3NEVA 5D04C 2R14A 1RZMA 3W7LA 4QQ3A 2PRLA 4JYFA 5J5DA 1Q6QA 4ORMA 3UWQA 4O1CA 4BFAA 4FB7A 4DO5A 1RQBA 4GFSA 4HNUA 4ZZ9A 2ZRVA 4ORIA 5AHNA 4NJIA 3RLUA 3W1AA 1EP2A 3WK0A 3HPSA 5EY5A 1FCQA 1FWSA 4ONVA 3EWBX 4UMBA 1IGSA 2ZQ0A 3O6DA 2LLEA 5FF0A 3TFXA 3STEA 5HR7A 4XKYA 1GYNA 3PG9A 4MLJA 3IV3A 1LBFA 1I2PA 1MEHA 3PUDA 1K8YA 2ZZ3A 3T40A 4BI7A 2GJNA 3ABOA 1N55A 5IM51 3MP5A 3KRZA 1JJKA 2Y61A 1R47A 3LLFA 1KFCA 5LSMA 3T4CA 4MJMA 2B7OA 2A7RA 4MKNA 4LU0A 5U4NA 2WO5A 3G22A 2ISSA 3NPWA 5D2XA 3GDMA 1K7XA 4AXKA 3IIVA 1M7PA 3JS3A 1XBXA 3W7CA 2HSAA 1OFPA 1SW0A 3KFTA 3TC6A 1F74A 4RJEA 4JXCA 2J9XA 4O14A 3L66A 4O16A 4CNOA 4BI6A 2ATSA 1H50A 5A8GA 1K7FA 4JX4A 4O54A 1LBLA 2G5WA 1PS9A 4PFMA 5H91A 3PBVA 1LLWA 3GKAA 3TNOA 3TQVA 1VYPX 1UBSA 1OYAA 2WSYA 3PBYA 1SFLA 3P67A 3MHUA 1R2RA 1MXSA 2JGYA 2E6YA 3R12A 3SY5A 3THAA 1QOQA 3G0XA 3R2GA 4Z1AA 2WNZA 1EWEA 4WXZA 4O17A 2ZFAA 3HGSA 2E5DA 4KFOA 2ZTJA 4UTUA 5U7SA 4UTLA 1NEYA 4OE7A 1OG0A 2V2DA 3LDVA 3W1PA 4LRSA 1T99A 1KV8A 4CCDA 1J5TA 3EB2A 3IIOA 1OX5A 3G1AA 5DLCA 2ZRWA 4DO4A 1N7KA 1EB3A 3W7PA 1JCXA 3LCFA 3H53A 3W7MA 1Q3NA 2DZSA 1TSIA 2RH9A 4NUWA 1FY6A 3LHTA 4HKPA 3TJXA 5FF2A 3W74A 1QPOA 4FX7A 3PG8A 2HS6A 5FF4A 1YPIA 1GWJA 3MI2A 3UWYA 4GUJA 4NT0A 3NPVA 1W3IA 1JCMP 2Z6JA 1PHQA 3TKFA 1KTCA 3DENA 1JCJA 3G1SA 5DN1A 3N3MA 1VHCA 3HG4A 2A7NA 3HJZA 1GVSA 5AHMA 3C8FA 3IIXA 5G2IA 4AHQA 1GYLA 3EWXA 4KFNA 1HO1A 3TUUA 1VYRA 2XN2A 3PF3A 3TU9A 1T96A 1TPWA 5AN7A 5D02A 4BR1A 4HPJA 3UWWA 3WJYA 1XC4A 1X1ZA 5AB3A 1OFDA 2NV2A 4CQAA 3LBMA 1XFBA 3N2MA 5LGXA 1TRIA 4M6PA 3TX9A 3HMJG 5CZJA 3VI2A 4L4LA 1VR6A 1FBAA 2DP3A 1KTNA 3GXPA 4OQVA 1QPNA 4HSOA 2DZUA 5F4SA 2E1DA 2QUVA 2FTPA 3NQMA 3MHGA 1B57A 2VEPA 1W5OA 4I9AA 4CQ8A 1VC4A 3G1FA 1PVNA 1NFBA 5KITA 3INPA 3P8IA 3SIZA 1KLZA 2YDAA 3W6YA 5D09A 3AJXA 4IMCA 1O4UA 5HNRA 2A4AA 4XUGA 3KAOA 4XWUA 2GUUA 3MUXA 3ANYA 4R7JA 2TSYA 3CIXA 2I14A 4ZQPA 3F4WA 4ZQRA 3NL3A 4OHQA 2D73A 2R91A 1EPXA 4UTWA 4WXYA 2QCCA 3BPWA 2YCEA 4L4MA 3EX1A 5D2TA 2OJPA 4JTKA 5A5WA 1H63A 1LOLA 3KRUA 1VCFA 4N6EA 1Z48A 5EMUA 3BV4A 2B4GA 4JY9A 2NX1A 1SO6A 3VE7A 3UWZA 2DJLA 3P7YA 4PL2A 3TIMA 3N73A 4RCXA 3CEPA 4LVBA 2YXGA 1KFEA 4Q32A 3QQ1A 2Y6ZA 3FOKA 3NAVA 3KRSA 4WJEA 2QCEA 4MJZA 3QFEA 5HWMA 4O11A 1ZCOA 4R34A 3NDOA 1VQTA 3U8GA 2DZWA 1TJPA 3OEXA 4LNYA 2QDHA 3GIYA 3W7RA 1TTPA 5DCEA 3I7RA 4N2YA 3NZRA 1F5ZA 3ZR4A 3S0CA 4GC4A 1W31A 3P81A 4Y6GA 1D3HA 3GXTA 1SZNA 1F2JA 4ZQCA 3LV6A 3TSMA 3TH6A 2TPSA 3DFSA 3C2FA 3LBCA 3T78A 1G4EA 5HJLA 1H7OA 3NPXA 1Y0EA 1VLIA 4JX5A 4E2BA 3DFPA 3LOTA 1O95A 1TPFA 5F4XA 3DFOA 1I45A 1YADA 3BW4A 3BK0A 3W9ZA 5FF3A 4MVAA 4CCCA 3PY2A 4AEOA 3PC0A 1SQ7A 3M5XA 2CZEA 1QR7A 4MUZA 2BX7A 3W2UA 3EKZA 2CZDA 3MYOA 3L5MA 4Y8FA 2BXVA 3HQ1A 1KM0A 4FXRA 1OFQA 3UXAA 4QISA 2YSWA 1OFEA 3C56A 5K9XA 5LZLA 1FDZA 4OV9A 1GVRA 3UNDA 5HINA 5DY2A 4DF1A 2CZ5A 2VXNA 5CSSA 4CNPA 3STGA 2C14A 3BGJA 3R5EA 5LHEA 4GBUA 3PS7A 4IOTA 3L5AA 3TQ0A 2J6XA 5FESA 3C4UA 1TPVA 4DF2A 4E0CA 2ZZ4A 3LHYA 3PUEA 3GDRA 3SW6A 1HTIA 1ME8A 2QUTA 4UTTA 3W3OA 3V75A 3NQDA 2GQ9A 3KVLA 3N2XA 3QSRA 2I9EA 2A6LA 3M1ZA 4MPQA 1A5BA 1NVMA 3WJSA 1GG0A 1Q6OA 1XBYA 3RK8A 5C55A 5FEWA 1PCWA 4UFKA 3LB0A 1Q45A 3WJXA 1OFBA 4MLRA 2VENA 5LKYA 3SSJA 3NQ6A 1VPXA 2Y7GA 3W1TA 3GYEA 4O0ZA 1LORA 3M47A 3PULA 4EF9A 1YPFA 3ZFHA 1FUYA 1P5BA 1IXQA 1S3HA 3D0CA 3RMJA 1Z41A 3PBUA 3R13A 3WK3A 1DORA 4OV4A 3S5OA 3CT7A 3I6RA 3QH2A 3GR7A 3MBDA 2WOQA 2A5HA 3DI0A 4JDBA 4M19A 3W72A 1PE1A 4P2VA 1LM1A 4FIRA 1W5QA 4NZJA 2PURA 1JCYA 1K02A 1EX5A 5EA9A 1ML1A 4O28A 5AHEA 4LRTA 3C6CA 4LWWA 4HIBA 3M5VA 2QCDA 1YXDA 2ZRYA 3A23A 4O52A 3MI6A 1ME9A 1FWRA 3M9YA 4LT9A 2E5BA 1R46A 1GT8A 1B4KA 3GXNA 3G1XA 4BI5A 3L21A 1G4TA 3HB9A 1ZY9A 1J2WA 4N4QA 1FWNA 1PIIA 4X22A 5D30A 4A29A 2PE4A 3M6YA 5I3KA 2EPHA 3M7WA 5C5YA 3IGSA 2GVLA 5F2LA 1GEQA 5KZEA 7TIMA 3P74A 1W5NA 1L6SA 2NUYA 1D9EA 3F03K 2CW6A 1QMLA 3RU6A 2PRHA 1ALDA 2Y7DA 3W73A 5FEZA 1DBTA 5CPNA 4MY1A 4IPJA 3UQNA 1MSSA 2OT1A 4C1LA 4K8EA 1X1OA 4UMCA 3EWYA 1AG1O 3DFTA 3UPWA 4JTUA 1G4PA 4DXVA 3W7QA 3TXVA 1TPH1 4J9JA 3R89A 3B8DA 3GB6A 4ADSA 5J5RA 1TTJA 3QMSA 3FJLA 1H7XA 4MZYA 2Y7FA 3FYOA 2R94A 4M6QA 4G1KA 1XXXA 1YXYA 3DFQA 3O05A 4RLIA 1QDSA 3GX9A 4WY0B 5AC8A 2GQAA 2Y89A 4JTHA 3EWWA 3QMTA 4MYXA 1VLWA 5DXYA 3BW3A 5KZDA 3MMTA 5LNRA 5D2YA 1O5KA 2Y88A 2JKAA 1G7UA 5LNSA 4QITA 3IVUA 2CLIA 3BLIA 4N02A 4UTWC 2YW4A 1H1YA 3W1MA 1VS1A 3DI1A 4C1KA 3NL5A 1GZGA 2J9YA 1MZHA 1WYIA 4UTMA 2CZFA 3N19B 3QPYA 3G3DA 3DGRA 1B3OA 2OCZA 4UXDA 4FO4A 1DL3A 4Z0SA 2PRMA 4JY8A 1JCNA 4UR8A 5G1YA 1SR9A 3ELFA 4IX2A 3OBKA 1TCDA 2ABAA 3LTYA 5T26A 2C0AA 3VNDA 1A5CA 3LRLA 4YXGA 2ZZ5A 2CLKA 4QNEA 3W1LA 2B0MA 2ZA2A 2B7QA 4UFMA 2WQPA 3VFLA 1SZFA 4JD4A 4JR5A 4JTSA 2QEZA 5IBXA 2VEKA 4JYEA 1LLZA 3W7GA 4EVZA 5D37A 1ZALA 1YLVA 2AGKA 4UMAA 3USBA 3JRKA 2H90A 1XCFA 3QW3A 4JTTA 4Y9AA 1K8XA 1G67A 3PVFA 3W1UA 1FCVA 5F2IA 8TIMA 1OYCA 4EIVA 2A7PA 5K7JA 1R30A 3MBFA 1Z42A 5FI8A 3SR7A 3W71A 4BWLC 1WV2A 3GDLA 3P60A 3NQ2A 3W1QA 1BWLA 5DBTA 4RZ4A 1FDYA 2I1OA 3G1DA 3FIGA 2WNNA 1KW1A 4QNWA 3HG5A 3CQ0A 5ABTA 3B06A 4O15A 3GR8A 3OVPA 4ICNA 3PBWA 2Q3RA 1W56A 4HSNA 1H62A 3UXDA 2DJXA 1KLYA 1S5TA 2CU0A 3RF9A 1SZEA 1H7WA 3BO9A 3QEZA 3NGJA 2C18A 1FXQA 3FYPA 3NQVA 1VZWA 1YTDA 4HT3A 2ZZ2A 4HNVA 1BWKA 3P80A 4MFEA 4HNTA 1SO3A 4HHPA 4EWND 4PH6A 2HS8A 3TQKA 2ISWA 1UJPA 1XBVA 2RDUA 4UTJA 2ZZ1A 1DHPA 1W3NA 4UTTC 1TTIA 3ATYA 3BARA 3G0UA 1NF0A 2GOUA 4MY9A 4N9BA 3LHZA 4LW7A 1RR2A 3OHIA 3I68A 1A5SA 1R2SA 1H60A 4O1BA 2UV8G 3NA8A 4IPIA 5KZMA 2J24A 2TYSA 3LCLA 3H55A 3HG2A 1FWTA 5LNWA 5AFDA 1PL9A 3FFSA 2OX1A 3TW6A 4P61A 2C13A 4LV9A 4K38A 2RHGA 2QCMA 4IJBA 1I2QA 1TJRA 3MJYA 4LVDA 5HMSA 5DXXA 3MWAA 4BK9A 1JUEA 4FNUA 4JICA 5CGQA 3K30A 3C3NA 4KWWA 2JKEA 1MO0A 4O4VA 1UUMA 1TV5A 4GUGA 4E38A 5F2GA 2C1HA 4JTEA 4XTDA 2C6QA 3M44A 4WY0A 1JRCA 5HULA 1DJQA 3ZWSA 4AMAA 4O0KA 5F1UA 2RDWA 2ZCGA 2QCHA 2NXIA 3UPBA 4ZMGA 1LOQA 3ABRA 1S5VA 2V8ZA 3DHDA 3G0SA 4JNMA 3PSWA 2Z1BA 4IWWA 2J88A 3RNDA 2V5BA 1JUKA 3NL2A 1R2TA 5G2HA 1W0MA 3DU0A 5FF7A 3CWOX 3L2IA 1JR1A 3E0IA 4JTLA 3I7QA 2YPIA 4M7SA 4ZQMA 3GDKA 1LROA 5HWNA 2JKPA 5D38A 3NZ1A 2ZA3A 4UNKA 2BZNA 1QFEA 1OFAA 5KSWA 1K3UA 3IEBA 2NXHA 4U28A 1TPB1 2WPBA 5AOUA 4UR7A 1KBJA 1KA9F 3G1HA 5CKSA 1F6KA 3Q94A 4B5NA 3FS2A 1VCVA 4LVGA 3A22A 5D2WA 3A21A 1K7EA 3CEUA 1DQWA 3Q37A 3WJZA 3W83A 1GG1A 1JUBA 2Q3OA 4AF0B 3TAOA 3C61A 4PL1A 3S1UA 2B7NA 3W70A 3SJ3A 3GZ3A 3W23A 1BTMA 1SW7A 3W85A 2GJLA 1BEUA 1VRDA 5EPDA 1OABA 5AHFA 2NWRA 2QKFA 4UFJA 1LDCA 1OF6A 2Z6IA 2FIQA 4OGZA 1VGAA 1H61A 3SECA 1OYBA 2WSRA 1KM2A 5EL1A 2NX3A 1QO2A 3W7IA 3GKFA 5BNKA 4MZ8A 1O5XA 4OBTA 1WBJA 2NX9A 1Q6RA 4KKXA 3SZ8A 4WD0A 1KFLA 3FKKA 3GNDA 2V81A 4MZ1A 3W7OA 2A85A 1A53A 1GVOA 1XM3A 5CPMA 4KWVA 1P4CA 4TU1A 1W3TA 3A5FA 3NQFA 4GUIA 5AC6A 2FFCA 3TAKA 4UTHA 1DJNA 3W7EA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3TUUA

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