3U2EA

Eal domain of phosphodiesterase pdea in complex with 5'-pgpg and mg++
Total Genus 83

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
260
structure length
260
Chain Sequence
SRLALEADLRGAIGRGEITPYFQPIVRLSTGALSGFEALARWIHPRRGMLPPDEFLPLIEEMGLMSELGAHMMHAAAQQLSTWRAAHPAMGNLTVSVNLSTGEIDRPGLVADVAETLRVNRLPRGALKLEVTESDIMRDPERAAVILKTLRDAGAGLALDDFGTGFSSLSYLTRLPFDTLKIDRYFVRTMGNNAGSAKIVRSVVKLGQDLDLEVVAEGVENAEMAHALQSLGCDYGQGFGYAPALSPQEAEVYLNEAYVD

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Lyase/rna
source organism Caulobacter vibrioides
publication title EAL domain from Caulobacter crescentus in complex with 5'-pGpG and Mg++
rcsb
molecule keywords GGDEF family protein
total genus 83
structure length 260
sequence length 260
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-10-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00563 EAL EAL domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.450 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel EAL domain 3u2eA00
4F48A 5MKGA 3SY8A 3PJWA 4Y9MA 3GG1A 4Q6JA 4HU4A 3HV8A 3HV9A 3S83A 3GFXA 2W27A 3GG0A 3PJUA 4HJFA 4HU3A 4LJ3A 4RNHA 4Y9NA 4Y9OA 3PFMA 3PJXA 4RNFA 4Y9PA 4RNIA 4FOKA 4KIEA 2BASA 4FOJA 2R6OA 4LYKA 4RNJA 3TLQA 4ES4A 4F3HA 5MF5A 3U2EA 3KZPA 4Y8EA 4FOUA 5MKGB 4AFYA 5M1TA 3GFYA 4AG0A 4J40A 3GFZA 3N3TA 3PJTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AC5A 3WNOA 2BDQA 4CQBA 3EXRA 3W82A 4XG1A 1UR0A 3T8QA 4P8VA 3D3AA 3ALGA 1HL9A 3ZYZA 4B5VA 1ICSA 2Q8ZA 2H8ZA 3H4WA 1V6VA 3BCJA 3FVMA 4JHZA 1RQHA 2V38A 2PLMA 4MUZA 1JZ5A 3AUOA 3CUGA 4HGXA 3GVRA 3I68A 5C55A 2XPKA 3GR7A 4W87A 3UXKA 4YL2A 4WDTA 4IIFA 3WNKA 4RXGA 5C9WA 1KXVA 1XLDA 2PFHA 3AHYA 2GVJA 1YW1A 2E0PA 3E12A 3O16A 1Q6OA 3TEVA 2V5JA 3T0BA 3ZVIA 4CNOA 1B9ZA 1OC7A 2Y7GA 3GKAA 4URIA 2ADAA 2VKZG 1Z9AA 3G24A 4XX6A 3EB3A 3FAWA 2CYGA 4RR4A 2YL5A 4XV0A 5BU9A 2QAFA 3TTEA 1OCQA 1LM1A 2OKOA 2FYMA 4E2BA 4CN6A 4HOXA 4ZFMA 1XBXA 4J5NA 4PULA 2CFFA 1M3UA 1TX2A 4DYJA 2F38A 4FX8A 1A4MA 3TOPA 4RE4A 1YKWA 3CYVA 2V0TA 2J7EA 3W81A 4J4KA 3TZNA 3RM4A 1EEPA 4Z2JA 3UZWA 3OVGA 1KB3A 4O54A 4GC3A 4XAGA 4Q4KA 3E0WA 3MU7A 3N2TA 3VOJA 1C8YA 4TX8A 2X42A 1YNPA 4IFKB 1CI1A 1CX9A 1UUMA 4Y9AA 3G8RA 3GR4A 3LUTA 5KMYA 4HK5A 2W66A 1X6UA 2YX0A 3BICA 2D24A 2VMFA 1E4IA 1NWRA 5BYWA 3FGCA 1T96A 1A5SA 2W4XA 1ITXA 5LNSA 2YZRA 1S5WA 4FLQA 2D22A 2POTA 3NYZA 4US5A 2ZUSA 3WQCA 4WGHA 4G9PA 4WDXA 2YOCA 1AFSA 3DHPA 1CBGA 1X1OA 2XIQA 5D38A 4H9YA 5DY3A 1NDZA 1I6NA 2Z1KA 4QG8A 4JICA 1AQ0A 3LCHA 1GG1A 5CAKA 3GU2A 2UBPC 3EEGA 4M6VA 4AAJA 7ENLA 4KQNA 4C90A 1HJWA 3E0IA 2V9DA 1ZBCA 1NQKA 4DJDD 2QPSA 3VXGA 4KGLA 3RJXA 2NV1A 5JBFA 4Q7NA 3BSGA 5FJUA 2V5BA 1HZYA 2EO7A 4CD7A 2HNHA 4JTUA 1UWUA 1BPLB 3ARUA 3BO9A 5BRPA 4B4FA 4GQRA 1J2BA 3B8TA 3QPEA 3EA3A 1BLIA 3P62A 5EYWA 3T1GA 4ZZ9A 4C6BA 3AMGA 4JXCA 4LAKA 4UTIA 3AXHA 1EA9C 2HE8A 5LZLA 1JXJA 4C6DA 1LL4A 4O1DA 3HJEA 3H24A 3Q94A 3ALFA 1S38A 3KDNA 1BXNA 1V02E 3M41A 1LT7A 5LA0A 4JTRA 4I8DA 2C16A 5T91A 3LI1A 5HQMA 3NQBA 2VX4A 3W86A 4GI9A 1UR8A 1WZLA 3PR2A 4MWAD 1I45A 2WV8A 3UZ5A 3WJXA 1TVNA 1H7WA 4H2HA 4QNEA 3M0IA 1OC6A 3MTWA 2ABBA 3FEMA 1ZALA 4DO5A 1LLOA 4WSKA 5AC4A 1OY0A 2RUSA 3VIIA 3BPWA 3P93A 1YBQA 3S1VA 4DQWA 1EQCA 3GFYA 3KBNA 1KBKA 3CTLA 4QG6A 2AGKA 4N42A 4DPPA 4GUJA 1GJUA 5A95A 5KTLA 4I9MA 5CZSA 2BS9A 3M0JA 4HCHA 2Y2WA 1QPOA 3TOYA 1BTCA 4LB3A 2WCAA 5U7SA 3KCLA 2F2KA 1J4EA 4R7WA 1E9IA 1S3TC 4FP1A 4UMAA 5CLWA 2QPXA 4GXMA 3IIOA 5KZEA 5F4SA 4WY0B 1UMLA 5FL1A 3MSYA 5BCAA 1EF3A 1XC4A 2DZVA 3AQUA 1EP1A 1XLJA 4Q32A 4BI5A 1JULA 2ATMA 1MYRA 2E8YA 3B9NA 3C2FA 3QR1A 3PBGA 4IQDA 5IHSA 4UTWC 3M0ZA 3KRBA 4RX0A 3WQ8A 4B5XA 4NP7A 1ZTVA 1JVNA 4QE5A 3AHTA 1EUAA 1BSLA 4HYWA 3ITXA 1XQLA 3S2JA 1C93A 4V27A 4DJFC 2ZIDA 3NDOA 3N73A 2Y61A 3MW7A 4ORMA 5T8GA 2JGYA 2Q8LA 4L1WA 1P0BA 1WDRA 3MP5A 3HPSA 5A8GA 2PMQA 1V77A 4IMCA 3N34A 3SECA 3T08A 3FW6A 4AW7A 3RAOA 3SY5A 2QUNA 4TX9A 1AG1O 2O4MA 2QIIA 3TN6A 1SR0A 4O1EA 4HU4A 5C54A 3T05A 1M53A 5I3HA 3UGVA 3ABRA 4NX5A 3WLNA 2JEQA 4LV9A 4GUGA 3WJWA 3W27A 1TVPA 3VIPA 4E4PA 1X6NA 4W84A 1W0MA 4H6KA 3UXDA 3VGBA 3G1SA 1R3TA 1Q85A 3K8LA 3PWGA 4MDPA 1GQKA 2HXTA 2RDWA 3BARA 1VEOA 1XLHA 4Y90A 2A3CA 1Q8AA 3OBAA 2ZOXA 4DM2A 4D71A 3NQDA 3ARZA 5MHBA 4REQA 4HVXA 3MUZ1 1LG2A 3A13A 4W7WA 1QDSA 4IG2A 3MQTA 4BZYA 3FS2A 2PDFA 3VU2A 3NOYA 3WY1A 1PIFA 4JYFA 1SQ7A 5LIXX 5LNUA 3SJNA 4DWDA 4CNNA 3UXLA 1UH4A 5I0DA 3SJ3A 4R9OA 1GJWA 3IUDA 3B04A 1ZL1A 3R13A 1XYLA 3RU6A 5IXEA 2I17A 1CNVA 3ZMRA 4CNSA 1ZRQA 5FA5A 4C6QA 4PODA 4OGZA 3R8GA 1ZGDA 2FHCA 4AMCA 4AD3A 2G3FA 3TC3A 3VOCA 2HNEA 3CB3A 3ZR5A 4GIAA 3WSUA 1WZKA 4TV5A 2PSNA 3SCNA 1VYRA 3M0XA 2TAAA 4A4AA 4D6DA 4PE8A 4HA4A 1GCYA 1NH6A 3LLDA 4B5WA 5HA7A 4AMAA 5ENLA 3OLEA 4H4IA 1E1EA 1IF2A 2Q02A 2C1HA 1W91A 3MUAA 2GGJA 4UTUA 2ZYFA 1OVDA 2WVSA 4NAFA 4GO9A 4CD8A 2BGQA 3IJLA 1V0MA 4EXBA 3SN1A 1US2A 2PWEA 4HK6A 5AYIA 2PDMA 2DSUA 3VDAA 3EDEA 2E6FA 2CERA 4F9DA 4MNMA 4YPJA 3UR7A 4GOAA 3VMPA 3OBEA 5I07A 4O8RA 2KAUC 3B8UA 1DJXA 3ABXA 3W7RA 3HGOA 5E5CA 3VYLA 1GJPA 3UT0A 3M0LA 1HL8A 1X38A 2ZCGA 4B9YA 1F3WA 4NASA 5DLCA 3CH9A 2HS6A 1A5NC 1F6KA 4LC8A 3CZKA 2CBIA 2FB3A 5CEWA 2CETA 2UY4A 3DG3A 1R7AA 1RPXA 1JIBA 1SZGA 2HV5A 1ME8A 4BCEA 3RX3A 1XLCA 3DYPA 3W7KA 5A6JA 4JZ5A 2OSWA 3CWHA 3T44A 2GGHA 4PSRA 3KLKA 2R1PA 3G18A 2OLHA 4C5ZA 1A5CA 3CZ8A 2DUAA 2RGMA 1YNYA 1UJPA 2CZVA 4NJHA 4JX5A 4YYFA 1QRQA 3PPGA 3TA6A 2PF0A 4S38A 2RGLA 2Y8UA 3N2BA 1E6SM 2WHJA 3GIQA 3CJPA 3IVSA 3MT1A 3G0SA 3MHGA 2Z1WA 4ZXLA 4US5D 4FOUA 3CU2A 4J3XA 3LTPA 2V6AA 3DX5A 4BI6A 3W1PA 3NQEA 3R0DA 1PS9A 1V02A 1XBVA 1I2QA 3S4TA 2BNJA 2W0UA 1SJBA 1UC5A 3LBOA 1CXFA 2QF8A 3EXTA 3H22A 4F0MA 2O0TA 3IRSA 5M1TA 3NGJA 4LCQA 1EP3A 1DE5A 1KCLA 2J7GA 3LGGA 2QJMA 5EPDA 3WLOA 3IK4A 3UETA 2OYMA 2W3ZA 4O16A 3LXCA 4C65A 1JZ7A 4NI8A 3USZA 2WKJA 2Q71A 3FDGA 5FJTA 3WBWA 1IHIA 3SR7A 1LUCB 4R3UA 1OFAA 3OHIA 4LQ1A 1IEWA 3AHXA 1GVRA 2FTPA 1CGUA 2JF7A 1L6WA 3MMUA 5ABHA 4R9XA 2NSXA 3DDMA 2EPNA 3ZR4A 3KWSA 3FYPA 3EA2A 3ZT5A 1E1CA 1D8WA 2GL5A 4J35A 1ME7A 1V0KA 4DELA 3E9AA 4IJRA 2J66A 3GU9A 4ZOAA 4OFCA 8A3HA 3CH0A 2PWGA 4JTJA 3WMBA 3ENLA 2AMGA 4MADA 3KXQA 2DDXA 2ZTJA 2AAAA 1FXQA 3QBUA 3TA9A 1Q2RA 2XG9A 2VX5A 1ZAJA 5JQ9A 3DFPA 4HCDA 1UD8A 3HG3A 1UP0A 4LVGA 4DXKA 3UZXA 2AKMA 2PGEA 4AWSA 3URAA 2VC7A 2OT1A 3E3HA 1BWKA 3N14A 5I03A 3RNDA 5K2ZA 2Z7GA 4PBGA 2YCEA 4ZODA 2RFGA 1DIKA 2XIJA 3ZWTA 4LXFA 1TIMA 4UOJA 1UIOA 4IIHA 1LBFA 3UWUA 1TSIA 4FO4A 4M7TA 1C7SA 1JI1A 1Z41A 3IGSA 4E8DA 4A2RA 2PI6A 1KRMA 3VI2A 3U6WA 3BW3A 4AX7A 4EANA 1EIBA 3S1XA 3W72A 4H7CA 2ZXDA 2XM1A 1VCVA 3N2MA 4LJ3A 1AH3A 2YB1A 4U33A 4PB4A 4LALA 4FALA 5BRBA 2A1YA 4Q4MA 1W3JA 3V1PA 4IH3A 4L65A 3NWRA 2QCDA 1F8IA 1RJPA 3TH6A 3UCDA 1O66A 5CZ0A 4D72A 4F9JA 1XIMA 2OEJA 3OLIA 2CPUA 3T42A 2J77A 5DMLA 4IPPA 3DYOA 4HZ7A 2DJXA 3ELFA 3N4FA 5AY7A 4OOZA 4UTWA 3WLJA 2J7BA 1T99A 1WAWA 2XM2A 3OG3A 2NSOA 1ZNNA 2PDGA 2CXEA 1J93A 2P53A 3FJLA 1Q6QA 4UMCA 4Q4OA 3HPFA 4PMRA 2J27A 1JFXA 1KFKA 4A2SA 2OEMA 3S6DA 5HUOA 3CHVA 4CQAA 1TTQA 4DJFA 1K03A 4ZCWA 1LBMA 4AX6A 4M29A 3BURA 3F2BA 2XWEA 4G7EB 3SN0A 1NP0A 1V03A 1NFBA 2GUYA 3NL5A 4U3CA 5AOUA 3I7QA 2ZXAA 1H41A 5FSDC 3YPIA 3P2VA 3OU8A 1KM1A 1V0NA 3WFZA 1H63A 4RV8A 3AAMA 2OWXA 5G1YA 1YPXA 3K1DA 4UUIA 4AVNA 4PCTA 5DMNA 1PSCA 2ZICA 4D8AA 4PMZA 4B3KA 5AFDA 2R1LA 1SUXA 1QT1A 3A3WA 2BXVA 4XD6A 2C15A 3GG7A 2VQTA 3I10A 5E70A 3S42A 2R94A 3VD9A 4D6IA 2WW5A 3NJ3A 1A5OC 3H54A 1X1NA 2OZ3A 4JTSA 5KEZA 4Y9NA 5HMSA 4N4QA 4B5SA 3F4VA 3FXYA 2WSKA 3QYSA 4UQDA 2BY2A 3NQCA 1EOKA 4QROA 1V3LA 5MF5A 5A8QA 3WUFA 4H9XA 4NAEB 4JTTA 1YMYA 3K1GA 2YDAA 1GNXA 1KM2A 2QGHA 3VGFA 3W4RA 3OQ8A 2W67A 2NQ5A 4GX8A 3TROA 1NVMA 2WXDM 1X6LA 3I6TA 1YPIA 4ATWA 3BCDA 1LOLA 1Z48A 2DP3A 3PY2A 5ABFA 3AS1A 3W1MA 1H11A 1KW1A 2NLIA 4PMUA 3GXIA 2VZTA 3F5KA 5BNKA 1M7PA 2A4AA 4X22A 5AKQA 2CBJA 3GHSA 4JTHA 4C91A 3VKCA 3WDIA 4MZYA 4WZHA 1GHRA 2PWFA 1AQHA 4QDWA 3VK5A 4MWAB 5LIYX 4RW3A 1UBSA 2FQIA 3OYXA 3KBVA 1I2OA 3HV9A 3S5OA 1V51A 4CD5A 3OGSA 4E2VA 1RP8A 3TJ4A 2DVXA 1SYTA 1SO4A 2G37A 1F6PA 2D69A 3BMVA 4IOTA 4MF4A 5DQPA 2TODA 4UTFA 2Q8XA 4W88A 2Y7DA 3UJSA 3C8NA 3C0QA 2SFPA 3B4UA 3CUIA 1BYAA 3QY8A 4HZ8A 3VGEA 2GGEA 4HU8A 2WHMA 1NAL1 3LSCA 4DAIA 4TVCA 4G8TA 1H60A 3Q45A 3L12A 1C8VA 3NZ1A 2OSXA 3WQPA 3XINA 4OUEA 1CGWA 2YCKX 1K6WA 1DL3A 3EKGA 4LVAA 3WKZA 5I3JA 3LV6A 4FX6M 2W9MA 4N9DA 1P0DA 4LC6A 2V3EA 2OG9A 4U3AA 3CGTA 1KM6A 2J4GA 3QW3A 1I0DA 2V5KA 3CEPA 2Q3RA 3T8LA 2JIWA 1VBJA 1EZ2A 3G22A 4M5PA 4DLFA 4DAFA 4JIPA 2V8ZA 2OYKA 3RCNA 4MPQA 4PCPA 5D9NA 2NW0A 2J47A 5CPOA 3C8FA 3FKRA 1NDYA 1S2UA 4PMYA 4QXIA 3B3DA 3GRIA 2DT3A 4RDYA 5HR7A 2CLOA 1V8EA 5E0KA 1XL9A 2FH6A 3MJMA 2E28A 4JIRA 5T26A 1VF8A 1LL6A 1ZU8A 3GXTA 3CUHA 3HTWA 2A79A 3W9ZA 2A3EA 2WMKA 1ZBWA 1T8QA 1NTHA 3BJSA 4N7QA 4W85A 2HQAA 1KWKA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 4F48 A;  5MKG A;  3SY8 A;  3PJW A;  4Y9M A;  3GG1 A;  4Q6J A;  4HU4 A;  3HV8 A;  3HV9 A;  3S83 A;  3GFX A;  2W27 A;  3GG0 A;  3PJU A;  4HJF A;  4HU3 A;  4LJ3 A;  4RNH A;  4Y9N A;  4Y9O A;  3PFM A;  3PJX A;  4RNF A;  4Y9P A;  4RNI A;  4FOK A;  4KIE A;  2BAS A;  4FOJ A;  2R6O A;  4LYK A;  4RNJ A;  3TLQ A;  4ES4 A;  4F3H A;  5MF5 A;  3U2E A;  3KZP A;  4Y8E A;  4FOU A;  5MKG B;  4AFY A;  5M1T A;  3GFY A;  4AG0 A;  4J40 A;  3GFZ A;  3N3T A;  3PJT A;
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