3U7BA

A new crystal structure of a fusarium oxysporum gh10 xylanase reveals the presence of an extended loop on top of the catalytic cleft
Total Genus 134
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
134
sequence length
327
structure length
327
Chain Sequence
AASGLEAAMKAAGKQYFGTALTVRNDQGEIDIINNKNEIGSITPENAMKWEAIQPNRGQFNWGPADQHAAAATSRGYELRCHTLVWHSQLPSWVANGNWNNQTLQAVMRDHINAVMGRYRGKCTHWDVVNEALNEDGTYRDSVFLRVIGEAYIPIAFRMALAADPTTKLYYNDYNLEYGNAKTEGAKRIARLVKSYGLRIDGIGLQAHMTSESTPTQNTPTPSRAKLASVLQGLADLGVDVAYTELDIRMNTPATQQKLQTNADAYARIVGSCMDVKRCVGITVWGISDKYSWVPGTFPGEGSALLWNDNFQKKPSYTSTLNTINRR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords ENDO-1,4-BETA-XYLANASE
publication title The structure of a GH10 xylanase from Fusarium oxysporum reveals the presence of an extended loop on top of the catalytic cleft.
pubmed doi rcsb
total genus 134
structure length 327
sequence length 327
chains with identical sequence B, C, D, E
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2011-10-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3u7bA00
2YL9A 4AZCA 5BROA 1VBRA 4JKMA 3WUGA 4AZBA 5D9PA 2E0PA 2WHKA 3PZNA 3NSXA 3LMYA 1CXKA 5CPTA 1Q6GA 4CD7A 1BLIA 4CU7A 2WWCA 3WKZA 2VQUA 3WF0A 1W3HA 2ZWYA 1WDPA 1EXPA 2E40A 3ZMRA 1JYVA 1MQRA 4P7NA 1JD9A 2J79A 1SMDA 2DSKA 3D3AA 1KFWA 4Q7NA 3T09A 3CUJA 1UH4A 3B8SA 1KWGA 1B3WA 4DWSA 1WNOA 3A4WA 1JZ4A 2EPLX 1HVXA 5A6KA 4E8CA 1W2VA 3THDA 3WNNA 2ZX6A 1Q6DA 2XVLA 3FXYA 5BXRA 4M81A 2WC4A 4QDMA 1O6IA 1MW2A 1E0WA 3PZUA 4WKAA 4OOUA 1V3HA 2BHYA 2XIIA 3QHMA 3EMCA 1V03A 3GH7A 3OGRA 2XPKA 3WFLA 1EO7A 3AJ7A 3BLKA 1CGWA 5AC4A 2BNJA 3VDHA 4AEFA 1UG6A 1CECA 1GQKA 1W32A 4PUEA 2QMKA 2J78A 5M3WA 1XV8A 1PX8A 1XSIA 3SEPA 1UH2A 4MADA 1HJQA 1H2JA 2XWDA 3VIHA 1QW8A 2ZUWA 1NOWA 1DEDA 4CVUA 3IK2A 3ARVA 5D4YA 5CGTA 3L4WA 4LQ1A 4W89A 2EPKX 3WDRA 5BRPA 1OT2A 5CSUA 4U5KA 3SURA 2DIJA 3BAJA 1QNOA 2J62A 3W82A 3U57A 1JD7A 3ZR5A 2YBUA 5DF0A 1R7OA 1E40A 2A3AA 1E70M 1NWUA 1OD8A 3AZSA 4GKLA 3WD2A 2J77A 4ZFMA 3KL0A 3HJEA 1FH7A 4IM4A 4DUXA 3BCFA 1V6WA 5D9OA 4AC1X 3SCVA 4XZBA 3B9EA 1XD0A 1GJWA 1CDGA 3VDAA 2D22A 4AIEA 4CUCA 1KGWA 2EXOA 1BHGA 3WD3A 1QHZA 1BG9A 4HP5A 4Z2KA 3WSUA 1EO5A 3MUY1 3AS2A 4YHEA 1DHKA 4LX4A 1L8NA 1OWQA 1OGBA 4UFLA 1CGTA 1GQIA 3U5YA 1H4PA 1W2PA 4UQDA 5IFTA 4JFTA 3EDJA 5C71A 3L2MA 2MANA 5F7UA 4IUGA 2XVPA 2CERA 5GNXA 4IPNB 4JFVA 1EGZA 3M46A 2E9MA 1ISVA 1VIWA 3MO4A 3KE0A 3WL0A 4J7RA 3ZO9A 5EFFA 1FFRA 2V3GA 4UQBA 1LWHA 1DWIM 5I79A 4E2OA 1UQZA 4E8DA 3T0DA 1WCGA 2VO5A 3VGEA 4BCEA 2D20A 5FD0A 2WHJA 3PHAA 3PZQA 5A6BA 3A6OA 5E0CA 4DWSC 2UY2A 3A4AA 1MFUA 4WF7A 5A8QA 1U33A 4RL3A 2EBNA 4M29A 2PC8A 5GQBA 2X0YA 5A8PA 3TTQA 1ZJAA 4W8LA 4JKKA 2VRKA 3SCQA 2VNCA 2YDSA 4BQ2A 3DHPA 1M01A 1XSJA 3PZMA 4PTXA 1XYZA 2J8GA 3RJXA 2BVYA 3I3EA 2DPEA 1VEOA 1DP0A 1V3KA 4HMDA 4J3VA 4PUDA 1KGUA 5ABGA 4AZHA 1UR8A 2QHAA 2FDMA 1UD6A 1UHVA 5LA0A 4B3LA 2W66A 1LG1A 2WLZA 2D2OA 2WMFA 4HU8A 2XVNA 2WK2A 5ECUA 1B90A 3CMGA 1NWSA 1RD6A 5HDRA 2YOCA 1HJVA 3ZSSA 2WSPA 3MANA 3CBWA 1N82A 5D9NA 1E6PA 1JDCA 4NF7A 1KBBA 5A2CA 4DM1A 5E09A 3T2OA 3KL5A 1V0KA 1HL8A 1H3GA 3AZRA 3DYMA 4TVUA 2WW5A 3N11A 4FMVA 4WSJA 3BAWA 2GVYA 5A6MA 1JYNA 2WNWA 2WMKA 2X1IA 3VMNA 3AHZA 2QV4A 1NARA 1PIFA 1HNYA 1H49A 1ISYA 2X2YA 1V3JA 3GXFA 3ZR6A 3WBEA 3CPUA 1W9PA 1HN1A 1ZJBA 2CBUA 3NUKA 1CENA 1E6QM 4AD2A 5BXTA 2UWFA 2WKGA 4AD3A 1JDAA 1WO2A 5TD4A 3MUZ1 1Q6EA 1VENA 1DTUA 2W62A 5IFPA 3BCDA 3L4UA 4M24A 3LPGA 3SCOA 4HZ7A 3VGBA 3VINA 3AZTA 1WZMA 4ZXOA 4U3CA 1E5JA 1I75A 3K8KA 4GZEA 1JDDA 4KGJA 1IZJA 4KMQA 4QFUA 1LL6A 3WH6A 5A2BA 2G3IA 5CSYA 5BXPA 3NIYA 3VGGA 4TX8A 2PBOA 1K9DA 5A95A 5A94A 2YIHA 3WMSA 1E4NA 4PSRA 1JI2A 4D6GA 3QR3A 3WD0A 2QF8A 2CCRA 1C7TA 1BPLB 2WAGA 5CZKA 3UG4A 2OSWA 1CIUA 1J11A 3QHOA 1TVNA 2J7FA 3IJ9A 4EAMA 1E0XA 1UWSA 2PWFA 1QHPA 2D23A 2ZIDA 4V2XA 2D0FA 3GNRA 1IV8A 1A47A 1E73M 5BCAA 4RE3A 1E72M 1XGZA 2ZUMA 3I3DA 4HPHA 2A3HA 1KBKA 2CYGA 3N15A 4QLJA 4CU6A 3TTYA 2E4TA 1MYRA 3PN8A 3OBAA 4FLQA 4J3TA 1HP5A 1VB9A 2CBIA 1OGGA 2J74A 1VF8A 5BRQA 2QPSA 4A3YA 1XH1A 1KXQA 2HISA 1CBGA 1BVNP 2PF0A 4ZENA 4W85A 4AZGA 4W5UA 2BXZA 1FHDA 1OSEA 3CHEA 4J27A 3VILA 4PMNA 4BS0A 4UNIA 1VBUA 1DWJM 1EOMA 4ZE5A 1CPUA 2BXYA 1TUXA 3W6LA 3VIPA 2XGBA 3EDFA 4P7QA 2J7CA 5I6SA 2W92A 4PMOA 4F79A 4D6EA 3MSDA 3CMJA 4CD5A 3WEZA 4JCMA 4HA1A 1FA2A 2XM1A 3GNOA 4YN5A 2GJXA 2C0HA 3WDHA 3UEQA 1UKOA 3CZLA 2GDUA 2VT0A 5IXEA 4Y7EA 4J3SA 3ZOAA 1E6RA 1V6UA 4HU0A 1HIZA 3AIBA 2NSXA 3ZT6A 4UFIA 2VZSA 1QHOA 4AY1A 2AMGA 1I1XA 1JYXA 1K9TA 1QPKA 1D7FA 1GPFA 1UD5A 1EHNA 3W53A 3AHYA 1VJZA 4GQRA 2CBJA 5EFDA 3IJ8A 3SCUA 3WUBA 2VMFA 3WUEA 5CQ1A 1KR0A 2E9BA 3BC9A 2D3LA 1WP6A 4AIUA 1TMQA 2NW0A 1B3XA 1LWJA 4JHZA 4M80A 3AROA 1S46A 1ZL1A 1R87A 1GNXA 1MVYA 4H04A 5CGMA 4XZWA 1H09A 4UOQA 1CWYA 1AQMA 3VGDA 2NT0A 3LPPA 3VM7A 3BAYA 2CESA 3A3HA 3WL1A 1C8QA 1D2KA 2XWEA 3O9NA 1BTCA 1NH6A 4JIEA 1SYTA 3RIKA 1OBAA 1UD4A 2J4GA 4P7RA 1NOFA 4B15A 4PBGA 5I77A 4AZ7A 3WY1A 1KB3A 2OYKA 5A1AA 1B9ZA 1JXJA 3PZGA 1VFFA 1UA7A 4GI8A 3SUSA 3PZOA 4X0VA 2Y8KA 3QOKA 4A4AA 3AIVA 3VTRA 3ZM8A 1EIBA 4QCFA 1R86A 3VIMA 1W3LA 3VUPA 3VX0A 4CD4A 3OIHA 2Y24A 4S3KA 1RPKA 1PZ3A 3PTMA 2CPUA 9CGTA 2OLHA 3FAXA 5FIPA 4MJ2A 1WZAA 1X6NA 4TXEA 3MUAA 3WF1A 3NJ3A 4Z2GA 5E6YA 2PBGA 3VNZA 1LF1A 2XVGA 5DT5A 3VIJA 2OWXA 2CKSA 3AHTA 3W0KA 4J3UA 4L4OA 4D6DA 2YKKA 4CCEA 4P7LA 1K9EA 4QLLA 1QNSA 2G3JA 1C90A 4N0RA 4PMVA 4CGTA 3WH8A 1QI3A 1UYQA 3AMKA 4EKJA 4D72A 5BYWA 1ZBVA 4PMZA 2DIEA 4LGXA 4QAWA 4HOXA 3W38A 2CHNA 4GO8A 3B9AA 4D6CA 5HNNA 4YHGA 3RPMA 3VIIA 1XCWA 2FHBA 4AZ5A 2O92A 3HMCA 3CZKA 3OLIA 4AZIA 3UETA 4ACZB 3WNKA 4MNLA 4C7GA 3CGTA 4E4PA 2BS9A 3VGFA 4OKDA 1VRXA 1KCLA 4KH2A 3VNYA 4UR9A 2HVMA 1EH9A 1Q6CA 3WN6A 1ITXA 4C7FA 4UQAA 1HX0A 2XSAA 3WNPA 3EDDA 3AHXA 3W29A 4IISA 2EPOA 3T2PA 1B2YA 1DWFM 1TZ7A 1H1NA 3VD9A 3GXIA 1O7AA 1H11A 1E3XA 4H7VA 3IJ7A 4GO9A 4QP0A 1C8YA 2F8QA 2JEPA 4PTMA 1IT0A 1B1YA 2XFYA 5C70A 4NSBA 1UD8A 4R5EA 4MNJA 2CKRA 2ZUTA 4TX6A 6CGTA 4QLKA 1E3ZA 1CNVA 1ZBKA 2GK1B 3EDEA 4J3XA 1UWUA 1UA3A 3HU7A 5D8WA 2E8YA 5ABFA 3KL3A 1JFXA 1J0YA 2XHYA 3EYPA 3GXMA 5EB8A 5IHRA 3BSHA 3A47A 2BVTA 2J7EA 3F4VA 1MW0A 3OB8A 1UR2A 2W4XA 4GINA 2IXVA 3VGHA 3RCNA 2VURA 4DM2A 1E6SM 2DEPA 1EQCA 5FKYA 3T2QA 4P8UA 2VI0A 1UR9A 3S6TA 3ARYA 1ZBWA 1KCKA 1W9DM 2JFEX 5I24A 1BGAA 1GOWA 3AFBA 1VFOA 1QNPA 2J7DA 3GNPA 4WKHA 2JIWA 3MS8A 4MNKA 5AYBA 3U5UA 2ZICA 3NSNA 3ZT5A 5BXSA 2WHLA 1WKYA 5FL1A 1JNDA 1GVIA 2J7BA 3OLGA 4UZSA 4N42A 3AMLA 4BQ5A 3CTTA 2O9TA 1UD3A 1GOIA 3CZ8A 1FFQA 4AZ6A 5LYRA 3SIMA 4AXNA 2J75A 3WF2A 2QMJA 5I3DA 3ARRA 1XC6A 2BY1A 1G1YA 4AEEA 1SR0A 4W8AA 2WC3A 2IUZA 5CPSA 3WMBA 1HKJA 1ECEA 4URIA 2BV9A 4Q22A 1GQJA 4H8VA 3EDKA 4ACYA 3U7VA 4ATLA 5HBFA 1GW1A 1WZLA 3BAIA 1D3CA 3BMWA 3SCRA 2DQXA 3CUHA 4JFSA 4OOZA 2CHOA 4W7WA 3ZJKA 1J0KA 3AXIA 5CPQA 3VVGA 1UQYA 4DWSD 1Q6FA 2ZX5A 1OD0A 1XSKA 3CH9A 3O6AA 2XYLA 3AMDA 2VZOA 2AOSA 1TVPA 3KZSA 1IZKA 4EANA 4L4PA 1MXGA 1R8LA 3DYOA 2DGAA 1GHSA 1AQHA 5I23A 4M82A 3FNDA 1HJWA 1CLXA 2YA2A 3W4RA 1BG4A 1EDGA 3OGVA 4TOQA 4B9ZA 4OZOA 3ZSTA 2V3EA 2WCSA 1VEPA 3TONA 2YLAA 3AIUA 5AC5A 1G9HA 4MAVA 3MMUA 1V3IA 1W3JA 2CXGA 5DT7A 1KXVA 1BFNA 4JCLA 2FH8A 5DMYA 5I0DA 5A6LA 4NRRA 2FGZA 3AS3A 3IAQA 3AHVA 2GJRA 1UWIA 1C91A 2JF6A 3W6MA 1G0CA 2E8ZA 3GBEA 3TTSA 1G01A 1Y7VA 1UZ1A 3CZGA 1W9VA 3BXWA 3WQ6A 2C8NA 1W9XA 2WZEA 1JIBA 4CD6A 2DT1A 4W8BA 1J18A 3F5LA 2DSWA 2E3ZA 5EBAA 4LXFA 3K4AA 1BYDA 1OGSA 1V02E 3SUTA 5GNYA 2YLLA 1H0IA 3MKKA 5A69A 3PTKA 4D6FA 3VD7A 4UOZA 1JZ8A 1CYGA 1XRVA 4M1RA 4W93A 1WDQA 3RM9A 1B3YA 4HOZA 7TAAA 3ECQA 1J12A 5I5RA 1I1WA 4PCSA 1CZ1A 2OSYA 2X0HA 1K6AA 1W9BM 4F9DA 3BLPX 4X9YA 3AIRA 1WPCA 4HZ6A 2J7HA 2YDQA 2W61A 3CZJA 4HOWA 5CLWA 2W91A 5M5DA 4HA4A 4OBSA 4HTYA 1GOMA 5GNZA 3ZJ8A 1KQYA 1UWQA 1DWAM 2J47A 2VQTA 2WVVB 4UQ9A 4U2ZA 4CN4A 4OBRA 2WCAA 3AMGA 1CXIA 3BSGA 5FCZA 3WMCA 1B0IA 1E1EA 4OJYA 2PWEA 3FAWA 3WDPP 3FY1A 3BAKA 2DT0A 4J28A 3UR7A 1G94A 3S2CA 2JEQA 5A6BD 3TP4A 1JZ5A 3WF4A 3POCA 1QI2A 2BHUA 1JF6A 2YDRA 1VEMA 4M8UA 1TFVA 1CGVA 4W84A 3II1A 3L2LA 4P8VA 3UCQA 1V6VA 2YL5A 3WUFA 1UR4A 1KR1A 1KQZA 4Z2JA 1PX3A 3CIVA 2YBTA 4PTWA 1B30A 1GOQA 3L4XA 1GONA 1MFVA 1YQ2A 4GXPA 1ITCA 5HPOA 1UZ4A 1QI0A 5E6ZA 3ALFA 3PZVA 5JBDA 3W25A 4QCEA 4JL2A 2WC7A 4WSKA 4F9JA 1E1FA 4JFWA 2VR4A 5JIWA 4F8XA 1PBGA 3HN3A 4JAWA 3LPFA 4FLSA 2DT3A 1GQLA 1U2YA 3WDQA 3L4TA 2JF7A 1C93A 1OT1A 3GDBA 2WANA 4GI6A 2YA1A 1V02A 2WSKA 4H8UA 2Y5EA 5E9AA 3ARWA 5I2UA 2ZE0A 3NDYA 4C7DA 4MNMA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2YL9 A;  4AZC A;  5BRO A;  1VBR A;  4JKM A;  3WUG A;  4AZB A;  5D9P A;  2E0P A;  2WHK A;  3PZN A;  3NSX A;  3LMY A;  1CXK A;  5CPT A;  1Q6G A;  4CD7 A;  1BLI A;  4CU7 A;  2WWC A;  3WKZ A;  2VQU A;  3WF0 A;  1W3H A;  2ZWY A;  1WDP A;  1EXP A;  2E40 A;  3ZMR A;  1JYV A;  1MQR A;  4P7N A;  1JD9 A;  2J79 A;  1SMD A;  2DSK A;  3D3A A;  1KFW A;  4Q7N A;  3T09 A;  3CUJ A;  1UH4 A;  3B8S A;  1KWG A;  1B3W A;  4DWS A;  1WNO A;  3A4W A;  1JZ4 A;  2EPL X;  1HVX A;  5A6K A;  4E8C A;  1W2V A;  3THD A;  3WNN A;  2ZX6 A;  1Q6D A;  2XVL A;  3FXY A;  5BXR A;  4M81 A;  2WC4 A;  4QDM A;  1O6I A;  1MW2 A;  1E0W A;  3PZU A;  4WKA A;  4OOU A;  1V3H A;  2BHY A;  2XII A;  3QHM A;  3EMC A;  1V03 A;  3GH7 A;  3OGR A;  2XPK A;  3WFL A;  1EO7 A;  3AJ7 A;  3BLK A;  1CGW A;  5AC4 A;  2BNJ A;  3VDH A;  4AEF A;  1UG6 A;  1CEC A;  1GQK A;  1W32 A;  4PUE A;  2QMK A;  2J78 A;  5M3W A;  1XV8 A;  1PX8 A;  1XSI A;  3SEP A;  1UH2 A;  4MAD A;  1HJQ A;  1H2J A;  2XWD A;  3VIH A;  1QW8 A;  2ZUW A;  1NOW A;  1DED A;  4CVU A;  3IK2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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