3UQNA

Crystal structure of dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii complexed with oxamic acid at 1.9 angstrom resolution
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
291
structure length
291
Chain Sequence
TIQGSIVAIVTPMLKDGGVDWKSLEKLVEWHIEQGTNSIVAVGTTGEASTLSMEEHTQVIKEIIRVANKRIPIIAGTGANSTREAIELTKAAKDLGADAALLVTPYYNKPTQEGLYQHYKAIAEAVELPLILYNVPGRTGVDLSNDTAVRLAEIPNIVGIKDATGDVPRGKALIDALNGKMAVYSGDDETAWELMLLGADGNISVTANIAPKAMSEVCAVAIAKDEQQAKTLNNKIANLHNILFCESNPIPVKWALHEMGLIDTGIRLPLTPLAEQYREPLRNALKDAGII
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of dihydrodipicolinate synthase from Acinetobacter baumannii complexed with Oxamic acid at 1.9 Angstrom resolution
rcsb
molecule tags Lyase
source organism Acinetobacter baumannii
molecule keywords Dihydrodipicolinate synthase
total genus 112
structure length 291
sequence length 291
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.52: Transferred entry: 4.3.3.7.
pdb deposition date 2011-11-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3uqnA00
3W1QA 3WJYA 3QSTA 1W5NA 1LRQA 4OGZA 2QJHA 4IUOA 3ATZA 2ZZ2A 3MP4A 2VEIA 4JTTA 4YCPA 1FWWA 2BZNA 5DCDA 1VCVA 1BWLA 3M41A 3RU6A 2Y7FA 4UTWA 1GTHA 1XUUA 3NXFA 5BRBA 4TMCA 1NFBA 3W71A 5TIMA 3MWAA 2J9YA 4BK9A 2NX9A 3DFPA 3MYOA 3W1RA 1DJQA 1I4NA 3KRZA 3B04A 3VCRA 3W7RA 4DXVA 3O07A 3M5YA 3HJZA 4GWEA 3LRMA 1TJPA 5IBXC 2OT1A 3G0SA 3TIMA 3STFA 3UPBA 1KA9F 1G4TA 1K7XA 1OK6A 3LCFA 4A29A 4YL2A 2Y6ZA 3GB6A 1KFKA 4QQ3A 4A22A 4BI6A 2A7PA 4N6EA 1S5WA 2GJLA 1QPRA 2YXGA 4L4LA 5G4WA 1KFJA 3GIYA 4P2VA 2E6YA 5L9FA 2P0OA 3QMTA 1L6WA 1W0MA 5C5YA 4PCFA 1VLIA 2X1RA 4O1BA 3NL2A 5J5DA 4ADSA 3GAKA 3NPVA 3BO9A 3G18A 1GPWA 2NX1A 3S1VA 4MY8A 3NQFA 3NL3A 3E49A 1TPFA 2CLKA 2ZA3A 4ORIA 1BTMA 3LV6A 1WXJA 3EWWA 2R14A 4OV9A 3GDMA 3BW4A 3L5LA 3B05A 4O16A 4AWUA 4RX0A 4CQAA 2QEZA 1RZMA 5D04C 4NZFA 4BWLC 3LBMA 2C19A 1R47A 4K37A 4HSNA 1Q6QA 1VH7A 5F4SA 2GQ9A 3WK0A 1GVRA 2GUUA 1L6SA 5C55A 4GC4A 4LVBA 3TMLA 4XBSA 4JTFA 5BW6A 1KW1A 4R53A 4HNVA 2I14A 4MYXA 3WK3A 4XZ9A 4TIMA 2WSQA 1TJRA 2X1UA 1UUMA 3PBWA 3RLVA 4MZ1A 3P62A 3LCXA 1DQXA 3PUDA 3O1NA 4HNUA 3GR8A 4JD4A 3RFAA 1D3HA 5LNSA 1OK4A 4JTEA 5SWUA 3SIZA 5HUPA 2Y88A 1TTPA 3W7CA 5K9CA 2V5BA 1Q45A 1FWSA 4NNAA 3QSRA 3TA6A 1ZAJA 2H8ZA 1PIIA 2C13A 1TPEA 1YDVA 3INPA 4JDBA 1Q6LA 4Y96A 3ZFHA 1P4CA 1NAL1 5KSWA 3I7SA 1QMLA 2E6AA 4EOUA 3TFXA 3W84A 4EVZA 2ZA1A 5D2VA 1SZNA 4X2RA 1SSGA 3M5XA 2GQ8A 2B7PA 1JULA 4AWSA 3TC7A 4IMFA 1GWJA 2C15A 4XBKA 1TPDA 2JKAA 3BG5A 2VXNA 3EXTA 5LHEA 2CLHA 1DQWA 2NUWA 3I68A 3THQA 3UY7A 1PHQA 3DAQA 2HS8A 4PA8A 2P1FA 3L67A 5H2ZA 5G2HA 1CI1A 3Q2DA 4KFOA 3R89A 1A5SA 3G0UA 1T96A 1H1ZA 3TKFA 1H51A 3C2VA 1EPXA 4NVTA 3O63A 1GVSA 1JRCA 4A3UA 1YTKA 1EA0A 4UNKA 1KM6A 3IIOA 2NZLA 1YXCA 1XL9A 4NZJA 4UFMA 2YW4A 4UFJA 4Z1AA 4MLRA 3Q94A 3HF3A 4JX5A 5AYYA 4JYFA 3NQ8A 3S0CA 3O15A 1ZHAA 5CZJA 2D73A 1KBIA 3LHUA 2F84A 3UWYA 3NQ6A 3PAJA 4WD0A 1ZFJA 3ZWSA 3T40A 2BXVA 2YZRA 4H3DA 3EEGA 3MHFA 1R2SA 5MHBA 1A5AA 3LCLA 3HPZA 4X9SA 1SW3A 4UTWC 1VHNA 4FO4A 1XM3A 3QYQA 5I3FA 1VYRA 1IXNA 1BKSA 1ICPA 3W7GA 3G3DA 1OFPA 3SGUA 3ZWTA 4BFAA 2H8XA 5D09A 1F7BA 4UTTA 1EIXA 2HSAA 4O8RA 5LGZA 2G95A 3M6YA 1A5BA 5EBUA 3B0PA 4LV4A 1ICSA 4DPQA 1MZHA 5KZDA 2QJGA 4JN6A 4WX2A 4IMEA 4XKYA 3W7JA 3GDTA 1N7KA 1W3IA 5E1QA 2QCMA 4XWUA 4FF7A 4MYAA 4KFPA 4B5NA 1RPXA 4O1DA 5LNVA 1TV8A 1H7XA 4W9TA 2X1TA 4FB7A 4ZQNA 4DO6A 3PG8A 3R2GA 2QCLA 4K7VA 1XBZA 1UASA 3UWWA 2Z1BA 1V5XA 1OVDA 2E1DA 1QOPA 3S9YA 1M7PA 1XUZA 5TQLA 3OVRA 1B3OA 5HULA 4XQ6A 4GJ1A 3S42A 3NO5A 4O53A 2QCFA 1KTNA 4JTGA 1H7RA 3GVGA 4ZMGA 1FDJA 1RQEA 3T55A 2TSYA 2OT0A 4ICNA 4R33A 4WXYA 2CZFA 3HGJA 3A5VA 2AGKA 1DV7A 1PHWA 1OF8A 4RLIA 2FPYA 3W7IA 1QDSA 3M44A 1C29A 2ZQ0A 5FF2A 1O5XA 1TPC1 1WOBA 3NL6A 1TMHA 1JUKA 3TAKA 3BARA 3LTSA 3MHGA 3PG9A 3SSJA 1TSIA 1VCGA 4GUGA 4ZQRA 2ALDA 5D03A 4G1KA 1XKYA 3DBPA 3V1PA 1NSJA 4RZ4A 2WO5A 4Y6GA 1LTDA 3PBVA 2V2HA 4S1FA 3W2NA 1MSSA 3CB8A 3R5EA 1AK5A 1QO5A 3N19B 1H63A 3GAYA 3AJXA 1QO2A 3V75A 2QUVA 4O4VA 3FKRA 4BF9A 3M47A 2WNQA 5L6UA 2Y70A 1LOLA 1G7UA 4UMAA 3CIXA 4O11A 3B06A 3L21A 1SU5A 3MMTA 4NJGA 3MJYA 3FYOA 3BVJA 3LCWA 3JRKA 2UV8G 4IJBA 3NPWA 3LHWA 2DZPA 4FNQA 1W3NA 3TDFA 4E2DA 4WJEA 4QITA 1LORA 5K9DA 1S5VA 2QCHA 1ZENA 5KINA 3W7NA 3SR7A 3LRKA 2A2IA 5A8GA 2DJLA 3MW7A 4FX8A 3LCIA 1KTBA 4RZ6A 4NJJA 3LV5A 4C1LA 3QW3A 1Q6OA 3TR2A 2ZRXA 1OFDA 1EWEA 3DXIA 1O60A 1QPQA 3SZ8A 3HB9A 4CCCA 4BR1A 1EB3A 1YXYA 2NLIA 2Y7GA 3C8FA 1XDMA 3CM4A 1TTIA 3QF0A 3W7MA 5DN1A 5K3VA 4Z0JA 3OIXA 4ALDA 1E51A 1W8SA 1JQXA 3C2FA 1KFLA 4JX4A 2DZTA 3DFOA 3C2RA 2YPIA 4EWND 1TV5A 1UBSA 5FEWA 2H3DA 1DVJA 4O0ZA 2CZEA 3HPXA 3N2XA 4PL2A 1OYCA 2CLIA 4LUJA 1DOSA 2FPTA 3CEPA 1GVQA 4UC5A 8TIMA 4FNSA 4FXRA 4MY9A 2YR1A 3O6DA 1SZGA 3USBA 2CFFA 1F2JA 1HO1A 3LDVA 3FIGA 1VYSX 3DH7A 1JJKA 2Z0IA 3SGZA 3F1QA 3PBUA 2RDUA 3SECA 2VFEA 2EF9A 3R8RA 1H50A 4JTSA 4S2CA 4UIOA 5F1VA 1TCDA 5EYWA 3PBYA 4UTTC 2Y61A 3FS2A 4K6AA 4NT0A 1TPVA 2JKPA 3GKAA 2KZHA 3N34A 1EP2A 4NNBA 4NX0A 4NUWA 1PL9A 1H1YA 4K8EA 1K7FA 4O15A 4JY9A 1PCWA 3W1TA 4WOQA 4D2JA 3NL5A 4O1CA 1DBTA 2NXGA 1O94A 3BGGA 1TRIA 1PVNA 5LHFA 1A50A 4IXXA 5D30A 2V2DA 3TCEA 4NXKA 3TJLA 2NUYA 1OABA 3P8JA 4JYDA 4LVGA 1GTEA 2E5DA 4NU7A 4UMCA 5BOOA 2R91A 2GJNA 2X1SA 3UY8A 2QCCA 4Y9AA 3CWOX 1XC4A 3W2JA 3MP5A 1P0NA 1OFBA 4AHQA 3L68A 1KFBA 5HINA 1TQJA 2EGZA 2EHHA 3UWQA 2VEKA 5G5IA 1PV8A 3GXPA 3I7RA 1I2OA 3BG3A 5KITA 3W1MA 1F5ZA 3S1UA 1L9WA 3U6WA 2QCEA 4O13A 3DKLA 3HMJG 2CLEA 1HL2A 1GEQA 4GE8A 5AYXA 5I3IA 3H55A 1FWTA 3O06A 4AMAA 2FB3A 3F03K 3VI2A 1W31A 4KWWA 2ZA2A 2C6QA 1F05A 1UB3A 3TNOA 5CKSA 1F74A 1OX5A 3CWNA 3E0IA 3M7WA 3LCHA 5EA9A 3B0UX 1W1ZA 3B03A 3G22A 1ZAHA 1IXQA 2X2GA 4ONVA 3TC6A 3HOJA 3GNNA 3HG5A 2B0MA 3STGA 2QUTA 3LBCA 4UUIA 1O95A 3FA5A 2H6RA 3P80A 2FDSA 5LNUA 2E09A 3CC1A 1CW2A 2DJXA 2V9DA 4E2BA 2ISWA 4AWTA 3LGEA 1H7PA 4MJMA 4ZQOA 3U2OA 4YCOA 3C2EA 2W6RA 4UTJA 1WBHA 1Y0EA 1OFOA 4RCXA 3DHDA 3MI2A 4FXSA 3M0ZA 3NG3A 4ADUA 4TX9A 4U4MA 1YYAA 4MLJA 3TQVA 1JRBA 3KVKA 2PRMA 1NEYA 2QR6A 5AHFA 1X8FA 3DGRA 3PC0A 1UUOA 5HR6A 2HTMA 2G5WA 3EXRA 5K2ZA 4N02A 1DORA 3FKKA 3W76A 3RLUA 1P1XA 3CPRA 3LHTA 4DPPA 3NPXA 4K7YA 3IVTA 3MI3A 1XXXA 1W37A 2V0TA 4NX5A 3WJWA 1SO3A 4YMZA 1THFD 2BLEA 4LRTA 2RDWA 3NQCA 1W5PA 3RMJA 3ABSA 5BMWA 4IX2A 5HQEA 4ZVJA 1TQXA 3A5FA 3NM3A 3UZJA 3VKJA 1SW0A 4UFLA 3QJAA 3GLCA 5G2IA 1IXPA 3BV4A 1SQ7A 4HT3A 3C0JA 4DO5A 1EX5A 1SPQA 1WBJA 4M7SA 3OVPA 3R12A 2QF7A 1W56A 2A1YA 3F4WA 2DZWA 5DBUA 5LNRA 2QCDB 3ZS4A 2E6FA 2Y62A 1PE1A 4IX0A 3GYEA 3K30A 4LS2A 2NV2A 3QH2A 4DO4A 2VFFA 3W7PA 4WY0B 3KRSA 4FEZA 5AFDA 1KM1A 1GOXA 1OJXA 2NXIA 3P60A 5D05A 4IQLA 1X6UA 4CNNA 1SFJA 4EF8A 4MY1A 2Q3OA 1UJPA 1I45A 3EWYA 2WJZA 3LRLA 4Z1BA 1G6CA 3FLUA 5DLCA 1BWKA 3E9AA 4LU0A 3BW2A 2WQPA 1I2RA 4GUHA 1TIMA 4PH6A 3JR2A 3LLDA 2CZDA 4A2SA 3W87A 3SW6A 1W5MA 4HSOA 3TSMA 2JKEA 3NQVA 3O16A 1NF7A 3W2LA 4JTKA 3F4NA 2J27A 4K38A 2A6NA 4LW7A 4R7JA 4ADTA 3T44A 2FB2A 4KWVA 2TMDA 3STEA 3TAOA 3TROA 1U83A 4RXGA 5D37A 3W86A 4FX7A 3IRDA 4JTJA 4N4PA 1SZFA 1F73A 3S5OA 4UXDA 4UFKA 5KTLA 1AMKA 2CLLA 2VEPA 4MVAA 3C3NA 1H60A 1W5QA 1XBVA 4DBEA 3NPUA 3QC3A 3DU0A 4MUZA 5D32A 4MPQA 1WAUA 3BLIA 1H61A 2Q8ZA 1LBLA 3NQ7A 4N9CA 1EUNA 5K4ZA 4PEKA 4FIQA 2ABAA 4ZZ9A 3S1WA 1SW7A 3NQGA 4AH7A 5DXXA 3LI0A 5HMSA 3D0CA 5G2WA 5J5RA 3W7EA 5HWMA 5F2LA 1TPH1 4I7WA 3EX4A 3NM1A 3OA3A 3TXZA 4O14A 5D2WA 2Z6JA 3W1UA 2VC6A 1WYIA 1QFEA 4M19A 3SFKA 3HQ1A 3W88A 3O8AA 5I3HA 1TPWA 2Q3RA 4OV4A 5FF7A 3UYCA 3PVFA 2OMAA 5LNWA 3W73A 4WZHA 5DY2A 3W7OA 4MKNA 1SO6A 3W6YA 1SUXA 5G1TA 3S5NA 1C9DA 1N55A 4ML9A 3W9ZA 1WA3A 3T78A 4DF1A 2WV8A 4Z1CA 3EWZA 4A2RA 2JGQA 3DI1A 4NJKA 4C1KA 5E93A 2O7SA 1OF6A 1LLZA 1LBFA 1H5YA 1JCNA 5G4EA 2J6XA 4IPJA 3A22A 3LXBA 3DFNA 3Q58A 5DXYA 5DELA 3MHUA 1WQ5A 1G4PA 3O6YX 4LOCA 4RKAA 2CLFA 2XN2A 5EMUA 5DBTA 2ZYFA 4LUIA 2JK2A 4HKPA 1G4EA 3W85A 3IIZA 2QDGA 1RVGA 4Y8FA 4LS0A 3MYPA 3DENA 1IIGA 1OX4B 2CLOA 5HUOA 4M6VA 3OEXA 4N2YA 4IMDA 1SSDA 3PM6A 4I7VA 1XCFA 2E68A 1GVFA 5FI8A 4JIPA 3GNDA 1J2WA 3GDKA 3E12A 3N3MA 4QM1A 5I3GA 4Q32A 5LGXA 4GBUA 1EEPA 4RJEA 4EF9A 4JEQA 5D2XA 4AHPA 2NWRA 4MOZA 4O52A 4UR7A 1VRDA 3LTYA 1G67A 4Q33A 3KOFA 4FX6M 3E96A 2DP3A 3QRHA 1TYGA 2A4AA 3A9IA 2ISVA 1VYPX 3KHJA 1O4UA 2PCQA 3TSDA 1KM2A 1A53A 4FHAA 4O19A 1ONRA 3BLFA 1YPIA 5I3JA 2P10A 3PUEA 5H91A 3P82A 1FCQA 4CCDA 4PODA 1ME9A 2OJPA 2XN1A 1TPUA 1AW2A 4JTLA 1ZCOA 3M5ZA 5DCBA 1LYXA 3EWXA 2ZZ7A 1JUBA 1DJNA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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