3V1P | Genus

Total Genus 83

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	83
sequence length	220
structure length	220
Chain Sequence	DVMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAAGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDLL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: a structure-based explanation for how the 5'-phosphate group activates the enzyme. pubmed doi rcsb
molecule tags	Lyase/lyase inhibitor
source organism	Methanothermobacter thermautotrophicus
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus	83
structure length	220
sequence length	220
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2011-12-09

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3v1pA00

3MHGA 3S6DA 4Z0JA 3IEBA 3T55A 4O14A 1W56A 1JCXA 3BV4A 4AF0B 3W22A 4EF9A 2QCCA 3CM4A 1RQBA 1OVDA 2JBMA 1S5VA 1HTIA 4P2VA 4LTSA 3SY5A 2A6NA 1JR1A 1R30A 3LOTA 4UMCA 5D02A 2BSLA 3ZWSA 4YLWA 3HGOA 4K7VA 3W7HA 5DELA 1DQWA 2D73A 1KM2A 2YFOA 3NQ6A 1G7UA 5DBTA 4R7JA 2QJIA 1NEYA 3W7CA 2QUVA 2QUTA 1ZALA 2BX7A 3HG4A 4AEOA 5C55A 1ZAJA 4FX6M 3BGGA 3TSMA 2JKAA 2RDTA 1T8XA 2QAFA 1IXNA 1HL2A 3EWBX 1KV5A 1H7RA 3ABSA 1YTKA 4MPQA 1EA0A 3A22A 3KAOA 4K36A 2WOQA 3KX6A 4J9JA 4DQWA 3G1DA 6ALDA 3NZ1A 1P1XA 4ZL1A 5AHLA 1D3GA 4UTJA 3LX9A 5DY2A 4LV9A 2WKJA 3QQ1A 4LUJA 4OWGA 3A5FA 4ZQNA 3RU6A 1PVNA 4GC4A 3G1HA 2YGYA 4OE7A 3U2OA 3W7PA 2R8WA 5G1TA 4JYFA 4LVFA 1FWTA 5LHEA 2YR1A 5EKYA 5HULA 3NGJA 2YFNA 2QCNA 3KVMA 3P8IA 1VLIA 1WDWA 4GJ1A 3W1TA 3KRSA 2PCQA 3WK0A 4DEFA 2E6AA 5LSMA 1LOLA 2GVJA 4UTUA 2FJKA 1K7XA 3LLFA 3S5NA 5DN1A 1ALDA 4JD4A 1TYGA 5K3VA 1OFBA 1I8JA 4M7SA 3LHYA 4R33A 1KM1A 1SW3A 3INPA 3THAA 4HPXA 1TQXA 3TCEA 1OF8A 1KFEA 2J9XA 3BW4A 3N19B 3T40A 2QUUA 2FFCA 1KBIA 4IMEA 4N6EA 3B8DA 1OFEA 3OEXA 4QNWA 1VGAA 3M5VA 3TJXA 3O16A 3EX3A 1ONRA 3WJYA 1O4UA 5D09A 1LRNA 2BLEA 1SSGA 1K03A 3NO5A 5D2WA 4S1FA 3CT7A 4K37A 1KW1A 4GFSA 3SZ8A 2G5WA 4NZFA 1F6PA 2GPTA 3W7JA 2PC4A 3CIXA 3MP3A 1A5AA 2ZCGA 2FPYA 1T96A 1PHQA 4FX7A 5HUOA 4GRSA 3NA8A 1SZFA 1OYBA 4ZVJA 5AYYA 3STFA 3HGJA 4IXXA 1W3IA 1SSDA 3PUEA 1ADOA 1R47A 2O7SA 2ATMA 4OGZA 4K8HA 2EHHA 4O0KA 3MW7A 3M1ZA 1W1ZA 3CEUA 4NQ1A 3W1XA 1A50A 3Q37A 3QFEA 5E1QA 4JTHA 4DBEA 2A6LA 4DF1A 1M7PA 4OQVA 1H7XA 2FPVA 4LVBA 4JR5A 1ML1A 3MJYA 3PBVA 1IF2A 2H3DA 5AYZA 5HWMA 3LM7A 2OJPA 4DO5A 2DZSA 3TMQA 3W7EA 4UMAA 1EWEA 4GWEA 3S1UA 4M6VA 3PAJA 1TV8A 1JCLA 1Q6LA 3WK2A 3HF3A 2J9ZA 1K8ZA 4JS3A 3PUOA 3HGRA 3TXZA 3E96A 4PA8A 1QO5A 5FF4A 4YWIA 1W3TA 3NM3A 1GOXA 2A4AA 1ZAIA 2QCHA 3VCRA 3PG8A 5EL1A 1QPRA 4RXGA 4ZMGA 3GR7A 1L6SA 5KITA 3HIJA 4FNTA 4JEQA 3E9AA 1OFDA 3MI6A 1Q3NA 1OYAA 1B4EA 1BEUA 2WO5A 3E12A 2E6DA 4ZQOA 1EIXA 3M5ZA 2TPSA 4O1CA 5K9DA 1I45A 2ZYFA 5LHFA 2EKCA 4CNOA 4N4PA 3NQGA 3SGZA 3O15A 3B03A 3OVRA 1UBSA 4NUWA 2FLIA 2A21A 3P84A 4FIRA 4RJEA 4Q33A 4ML9A 4DF0A 1HO1A 1W8SA 3B04A 3T7VA 3TR2A 2VEMA 2Y7DA 1B3OA 2F84A 1WQ5A 2ZRUA 1QOQA 4BR1A 4BI7A 1TTPA 5KZEA 4ZQMA 1GG0A 4R53A 1W5MA 2V0TA 3W23A 3NG3A 1X1OA 5F2IA 4FIQA 2GVLA 4ADSA 4JY9A 3EWZA 4AWTA 3C3NA 3LHZA 3C2VA 1HFBA 4K38A 4GUGA 1RQEA 1FCBA 2Y62A 1X7FA 4NJKA 3R12A 3PUDA 4GUJA 3M0ZA 3GLCA 3RK8A 3NM1A 3S0CA 3P8JA 4O0ZA 4N9EA 4PH6A 2C0AA 3L5LA 1DQXA 3MO7A 3UZ5A 3C56A 2NLIA 3GXNA 3P61A 3N2XA 3QMTA 2PRLA 5DXXA 4O12A 1Y0EA 3BG3A 1GTEA 1EEPA 5F2MA 4PL2A 3PBWA 5KSWA 3L5AA 4O50A 3DFTA 1XKYA 3UPBA 2HS6A 2A0NA 2CLMA 4ZZ9A 1A5CA 1VR6A 2E6YA 3TK7A 4A2RA 4M5PA 4DPPA 4ICNA 3NPWA 3UD6A 4CQ9A 3QMSA 4JN6A 5KZMA 1XXXA 3IIXA 2G95A 1QR7A 4GUIA 4HSOA 4ZQPA 2V5LA 4O10A 4PODA 2DZPA 2QCLA 3CQ0A 3G1SA 4CCCA 2A85A 1JQVA 3DENA 3LDVA 3WFAA 4XUGA 2NXIA 3NDOA 3BK0A 2CLOA 4HHPA 2ZZ1A 1DORA 3L67A 5AC7A 3L21A 1QDSA 4MIMA 5FESA 4N02A 3LXAA 1W3NA 4UFMA 5G4WA 2WPBA 4UTHA 2NX9A 1IGSA 1JCYA 1TJRA 1XUZA 2PURA 4LU0A 1NF7A 3I7SA 2DP3A 5LNRA 3FFSA 2YYUA 3LCIA 1IIHA 3IIOA 5AHEA 4Z1BA 1EUAA 3G1AA 3EXTA 3BG9A 2ALDA 4UFIA 4RR4A 3C52A 3VKJA 3MI2A 3SIZA 5D2TA 2NX3A 4WOZA 5I3HA 4BI6A 4MVAA 2B7PA 3NAVA 2PRHA 3CTLA 3W1UA 4C1LA 3EWUA 3JR2A 1P4CA 3FA5A 5EBUA 1VYPX 1F5ZA 2VC6A 1TPFA 1JUKA 4JTSA 4Y90A 4LT9A 3K30A 4I7VA 3W9ZA 3HPSA 1S3HA 4O1AA 5DLCA 4LVDA 3GB6A 2QCGA 2ZBTA 1AMKA 4O4WA 5EPDA 2CFFA 4RZ4A 5LNVA 3CWNA 3QJAA 1KM5A 1KFJA 2CZ5A 4TR9A 2OX1A 4C1KA 1VZWA 4S2BA 1ME7A 1N55A 4I9AA 3FIGA 5HR6A 4QQ3A 1WBHA 4NJGA 1KTBA 2XN1A 2BWGA 5D04C 3W74A 1MO0A 1R46A 4O15A 2V9DA 1KM3A 2ZRXA 4YL2A 3NPUA 2J88A 1QOPA 2IQTA 1DOSA 5TBOA 1FBAA 2A2IA 5A5WA 4AHPA 3WK1A 4ZQRA 1VYRA 2CLLA 2ZTJA 4AWSA 1JUBA 1QPOA 3TSDA 2Q8LA 1W31A 4MYAA 3PY2A 5E93A 5I3KA 1TPDA 3PM6A 1R2TA 2C18A 4LRSA 2C14A 3N14A 3QZEA 2C3ZA 1F05A 2W6RA 2ZQ0A 3KFTA 1G4SA 3M7WA 1EUNA 4TX9A 4JYEA 4QISA 1KM6A 3D0CA 3IVUA 3HJZA 4NJIA 2B4GA 3WJXA 4MZYA 5D2XA 4HT3A 3TQKA 4JTJA 3TW7A 2ZZ5A 5L9FA 1TTIA 3G1YA 3STGA 1YTDA 2E09A 1TPB1 3RFAA 4OBTA 3FKKA 3QC3A 3P5ZA 5FEZA 3W7RA 2ZDRA 5FF0A 1PE1A 1YADA 4LY8A 3WJZA 5MHBA 4X9SA 4QITA 4CCDA 4D2JA 3G8RA 3H54A 5T26A 3C6CA 3DKLA 1C29A 2Y7EA 1FWRA 4UFHA 3P7YA 3ELFA 1HUVA 5D05A 1WBJA 4PFMA 4UR8A 1VHCA 3FJ6A 3G3DA 2QDHA 3PG9A 4Y96A 3R89A 2XN2A 3R2GA 3GDKA 1KM0A 5K9CA 4MLRA 3NL5A 4Z0SA 2HTMA 1VC4A 1P5BA 3IGUA 4XTIA 3NEVA 4KWVA 5I3FA 4O52A 3GX9A 1FWWA 3EEGA 5HWNA 4JTLA 4UFKA 1NSJA 2E5CA 5LNUA 2Y6ZA 2ZA2A 4RV8A 3CEPA 2CLKA 2QJHA 3DU0A 4IOTA 3VFLA 4QNEA 2VOMA 3P82A 3TROA 1P0NA 2Y63A 5ABTA 4YXGA 1X6UA 3LHTA 5F1VA 5HR7A 3Q94A 1PS9A 3NVTA 1GJPA 1DL3A 2GJLA 5D2VA 4IX0A 1YTEA 1B57A 3UNDA 3TC7A 1G67A 4LW7A 4IPIA 1W54A 2EGZA 1TCDA 4NT0A 1G4TA 1RPXA 1FWNA 3S42A 3C2RA 2V8ZA 2Y7FA 3FOKA 2ZA1A 4IQLA 1OFOA 1OHLA 4HN4A 1FWSA 1I2PA 4AWUA 2NWSA 5CGQA 1AG1O 2CZFA 1SZEA 4PCFA 4N9BA 1IXQA 4WXZA 1XBVA 3U6WA 3LBCA 3S1WA 2DU2A 3CIWA 1YPIA 3ABQA 3S8HA 5C54A 2FTPA 3VNDA 1OX4A 3N2MA 4JNMA 1FQ0A 1LYXA 4MJMA 5D03A 5DXYA 5AHIA 4I7UA 4ORMA 3USBA 3QPZA 4XWUA 3R8RA 1JCJA 5DCDA 4TIMA 1ZJIA 2B0MA 1XDMA 3O1NA 3LERA 3F03K 3N9SA 3NQCA 3LB0A 1YDOA 3A5VA 3L0NA 3UZJA 3RLUA 4TMBA 2HMCA 1GVRA 3H55A 3S5YA 3AO0A 1JJKA 1YYAA 1O5KA 4BWLC 2CZEA 4A29A 2DZTA 3B0PA 4FNRA 4K6AA 1RV8A 4KFOA 4JXCA 3TNOA 4LVGA 3VE9A 1R2RA 3GAKA 4QAIA 3HPXA 1XBXA 1UASA 4MLJA 1I2OA 4JX4A 1J5TA 5E0KA 3GNDA 3LHVA 5CZ0A 1SUXA 1KTNA 3BGJA 3QW4B 2Y89A 5DY3A 3LGEA 4FB7A 1NF0A 1D9EA 3NQAA 1LBMA 1DVJA 2YCEA 1KFCA 5G1YA 3BG5A 4JTFA 2ZZ3A 4NNBA 1H61A 1X1ZA 2J27A 5BRBA 1N7KA 5D30A 1TIMA 1XI3A 4O57A 1OX4B 3JRKA 1VS1A 3PS7A 1AL8A 5K7JA 4UTWC 3LXBA 3WJSA 4LC8A 4FNPA 1NVMA 1TPVA 1EP1A 1K02A 3KVKA 2ZZ7A 4HNUA 5DBUA 1C8VA 3GK0A 1ICQA 5FEPA 1F76A 4XKYA 1FUYA 4UR7A 1GVFA 3SFKA 3QMRA 5FF2A 1QMLA 1B9BA 2TSYA 3TXVA 4O1BA 1JCNA 3NQ7A 4YCPA 7TIMA 3OVPA 2EF9A 3DFQA 4O4VA 3KRZA 2ZRWA 3S9YA 5I3JA 3L66A 2YXGA 2Z6IA 3RMJA 2BXVA 3G22A 2I9EA 2QCEA 4BWLA 2QDGA 2Z1BA 2V2DA 3NL2A 4MFDA 2NXHA 3DHFA 4FNQA 4MY1A 2Q3OA 3G3MA 4KFPA 2AQWA 1I2RA 1VYSX 5LGZA 5H91A 1ZENA 4JTGA 1JUEA 1VRDA 3W1NA 4ORIA 1C9DA 1LBFA 3F4NA 3W87A 3W86A 3G0SA 1F2JA 4BF9A 4FX8A 3SECA 2WNQA 2TMDA 4JTEA 3GDTA 4G1KA 2VFGA 2E77A 1A53A 2QR6A 3TW6A 2DJLA 1QCWA 4CQ8A 1DV7A 1DBTA 3TIMA 2RDUA 3KVLA 5CKSA 2H3BA 1N8FA 3W3OA 3G18A 1T0OA 1K8XA 1LCOA 5CPOA 3NOEA 4UTWA 1FXQA 1H7OA 3P62A 3W7LA 4GUHA 2NV1A 4XKYB 4RCXA 5KZDA 1L9WA 3W1QA 3W7DA 3GKAA 3L65A 4DO4A 4MZ8A 1ICSA 5D2YA 4IJBA 1NAL1 3MHUA 1I4NA 3EXSA 3O8AA 2Y7GA 3CPRA 1BWKA 3UWZA 3AJXA 4E38A 2C15A 4FO4A 4WQ6A 4LV4A 4O16A 3DHDA 4IUOA 1JCMP 1O5XA 3OHIA 4HKPA 1TV5A 1WOBA 1UCWA 1YXCA 3U8GA 1SFJA 1H62A 3W1LA 4P61A 3WJWA 4WZHA 5G4EA 1QO2A 3M16A 3W1MA 3T78A 4UNKA 3EX2A 2HSAA 1VCVA 5HINA 1J2WA 2NZLA 2V81A 2WV8A 4X3ZA 2WSYA 3MWAA 1SQ7A 2VELA 1WAUA 3CWOX 3FYOA 4RX0A 1SPQA 5CPMA 1ME9A 2TRSA 5FEWA 3TC6A 4MYXA 2PE4A 4MJZA 4JGDA 3DH7A 4CQAA 4QIUA 4WY0F 1D3HA 3HOJA 3LCXA 3LHWA 2VFHA 2X1TA 4KFNA 1TSIA 1FY6A 3MBDA 4TU1A 5DCBA 3G1XA 2CLHA 1Z44A 5TIMA 2H90A 3HG2A 5K4XA 1ZNNA 3E49A 2C16A 4JIPA 5IM51 3GAYA 3IIZA 2FPTA 3DI1A 2X16A 3TJLA 1FCVA 3RF9A 4GE8A 2YDAA 3NQVA 3FYPA 4JTTA 1SZNA 5DCEA 4A2SA 1SO6A 3RLVA 2JGYA 2QCMA 3QPYA 4FEZA 4O54A 1VQTA 2DORA 4LNYA 1VHNA 3C2OA 4QJ1A 2DZWA 4AVFA 1WA3A 1KFKA 1WYIA 3ZFHA 2CLFA 4FNSA 5HJLA 3OIXA 1I2QA 1PCWA 1YXYA 4FF7A 4XBKA 2ZTKA 4O28A 1RR2A 4RKAA 4UUIA 5K4ZA 1FDJA 4PEKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3V1PA

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