3V1P | Genus

Total Genus 83

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	83
sequence length	220
structure length	220
Chain Sequence	DVMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAAGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDLL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__21009512711919642__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__21009512711919642__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3v1p/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__21009512711919642__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"21009512711919642","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3v1p/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__21009512711919642__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d033e392dac8366b9bf7653/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d033e392dac8366b9bf7653/pdb.gz

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase/lyase inhibitor
source organism	Methanothermobacter thermautotrophicus
publication title	Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: a structure-based explanation for how the 5'-phosphate group activates the enzyme. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus	83
structure length	220
sequence length	220
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2011-12-09

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3v1pA00

2NWSA 2QCNA 3OBKA 5C55A 5HINA 3W07A 1GG1A 2QF7A 3A22A 1KFEA 1G4PA 3IVTA 2NUYA 3TXZA 1KTNA 4UFKA 5CG7A 3TJLA 2Z1BA 1QCWA 5DLCA 3U8GA 3QSRA 2FJKA 3DFSA 5FF4A 3O06A 1FUYA 2ISWA 3W2LA 4H4IA 5F1UA 3LHYA 2P0OA 1JQXA 1JCYA 5FESA 1W37A 4RKAA 1XL9A 4L4LA 4N9BA 3W9ZA 5BRBA 3TSDA 2IQTA 4OWGA 1YTKA 3LXCA 2DZTA 5U4NA 3IGSA 5G4WA 3UPBA 3W7QA 5K3VA 3GR7A 1S3HA 3F03K 4NJIA 1ONRA 2H3BA 1IXPA 3GDLA 3UWQA 3BGGA 1OFOA 3GKFA 5TBOA 1DJQA 4M5PA 3M41A 2QCDB 1QFEA 2P10A 5FF7A 1XUZA 1RZMA 4GFSA 2DZSA 3G1XA 1KM2A 1S5WA 3P7YA 2J9XA 3TCEA 3VI2A 4R53A 3NQVA 2FIQA 2ZZ3A 3KOFA 2WSQA 1JCLA 4Z08A 3B0VC 2CLFA 2HS8A 3FKKA 4FXRA 2DZPA 1XUUA 4AHQA 1B4KA 5LNVA 3LTYA 5K9CA 2B7PA 1X8FA 3LHWA 3MBDA 4X3ZA 2E1DA 4N9CA 3DFOA 1TPFA 2X1UA 2P1FA 4JTGA 3BW2A 1WV2A 4MUZA 4AWTA 2NX3A 3EWXA 2HTMA 5BW6A 4TX9A 4NJHA 3NZRA 4KFPA 2PRLA 4DF1A 1Y0EA 1SW0A 2A6LA 3O16A 3BW4A 4G1KA 4N9EA 3LDVA 4CNNA 3L21A 3N2XA 1QWGA 3CT7A 3F4WA 1DV7A 3RLVA 2V5BA 4JTFA 1F7BA 4MKNA 2EKCA 1F6KA 4FNPA 4KKXA 2D73A 4J9JA 1DORA 1YDOA 5F2IA 1KLZA 4IGHA 1VPXA 3UZ5A 5KZMA 3A9IA 5TQLA 1FXQA 3W84A 4A3UA 3DKJA 1G69A 3UPWA 2PRMA 2FPYA 2YGYA 4MVAA 1G4SA 3W3OA 3P82A 3CTLA 3M16A 3CEPA 4ORMA 3AJXA 5HUPA 4WY0A 3HPXA 3QW4B 4MZYA 3G8RA 3N9SA 3PR2A 3C2RA 4OE7A 1VCFA 3TQKA 3I7RA 4LV4A 1XBZA 4ADSA 3PWAA 4ZQPA 2V82A 3EB2A 3W2NA 2QDHA 4U28A 4Z0JA 4AHOA 1LOLA 1OX5A 5EPDA 3GNNA 4GE8A 3TQ0A 1K7XA 3CU2A 3GDMA 3IGUA 2DU2A 4PL1A 4FX6M 4YL2A 3B05A 3LERA 4AWSA 2QJIA 4AVFA 3NQ2A 2EGZA 4AWUA 2YW4A 3THAA 3HGJA 2I9EA 4DBDA 3MBFA 2CZDA 4FNUA 1XDLA 4MJMA 3QMRA 3VNDA 3PAJA 4UCGA 2WNZA 2Q8LA 4IMDA 1S5VA 4OBTA 1QMLA 3FJ6A 5CPNA 4HNNA 2J6XA 1MEIA 1T8XA 1PIIA 5I3KA 2B7NA 2Y7EA 4RX0A 1Z44A 1OFRA 2QCHA 2UV8G 1XBVA 1PS9A 4HHPA 3LXBA 4UTUA 3P61A 2XN0A 1AL8A 3WFAA 1SFLA 4FB7A 4K37A 3PSWA 5FEZA 3TV8A 4MFEA 3Q37A 5KMYA 3TFCA 1O60A 1ZALA 4Y9AA 1KFKA 3OHIA 4FIRA 1OFQA 3W1TA 3KRZA 3TXVA 1O94A 4O1CA 1LYXA 5FF3A 3SY5A 4HT3A 4BWLC 5KITA 1GPWA 2FPTA 2OT0A 4ZQRA 3QPZA 5LKYA 2Z6IA 3H53A 1ZJIA 5CGQA 2NWRA 3ELFA 3HG2A 3P60A 4K38A 3QJAA 4X22A 3WJXA 3LOTA 3SR7A 2X1TA 4JTSA 2X1RA 2VENA 3KVMA 1OFBA 1QOQA 3QM3A 1KM0A 2FFCA 1HL2A 4LC8A 3JR2A 1JR1A 1Q6OA 5E93A 2ZRUA 4GUGA 3IIVA 3M43A 5LSMA 1M7PA 3IGXA 3QPYA 3W71A 1ALDA 1W8SA 1TRIA 4LV9A 2RFGA 4LVGA 1LBMA 3W83A 2ZRXA 3LLDA 1OFDA 2O7QA 3HBLA 1K8YA 4LUJA 1ICQA 3I7SA 3LHUA 5AFDA 2VEMA 3I6RA 4NJKA 3RK8A 5I3IA 3W2UA 4M19A 4NNBA 3W7EA 3GDTA 1TQXA 3WK2A 2ABAA 3TFXA 2ZTKA 4E38A 3LBCA 1SPQA 3W86A 1QR7A 6ALDA 2Z2UA 1M5WA 1NAL1 3L68A 2DORA 4PTNA 4QQ3A 5D05A 3SIZA 2X2GA 4XKYB 1SUXA 3M47A 1TTQA 1MO0A 1KM4A 3PG8A 3MUXA 4K7VA 4JR5A 3G1FA 1TPVA 3TAOA 3TW7A 1JCXA 2O7SA 1FQ0A 5D2WA 2Y7DA 1KA9F 5F2LA 2WQPA 1TMHA 2QCDA 4WQ6A 2OCZA 1ZY9A 1ICSA 3M0ZA 4QM1A 5AC7A 3QF0A 1TPDA 3LHTA 4IXHA 3C2FA 4N4PA 3HOJA 3TJXA 4DBEA 1SZFA 3M7WA 2C15A 5D04C 1UJPA 3BLEA 4LWWA 4O17A 4WXZA 3LHZA 5CZTA 3SFKA 3PY2A 3STEA 4EF9A 2V30A 2DZXA 4YWIA 3WJSA 5D02A 3W7JA 3ZFHA 3I68A 4FX8A 4ZL1A 3P8JA 4YCOA 4MFDA 2Q3RA 5LZLA 2CLMA 1BWKA 1QAPA 1VHCA 4GRSA 5G5IA 3MI6A 4IMEA 3PB2A 1LLZA 3TAKA 1U83A 3NL3A 5DBUA 1PVNA 2JK2A 4GBUA 1J5TA 2E5DA 2GVJA 3LLFA 4LVFA 4O1DA 2QCLA 5FF0A 2QCCA 4BK9A 4QITA 1M7OA 5AN7A 4PCFA 3L5AA 1JUKA 5K9DA 1I2NA 3W6YA 4M7SA 5DCDA 4JTJA 3V1PA 1YPFA 1VQTA 3TR2A 3MWAA 2A5HA 3CWNA 2ZZ1A 4IWWA 5D33A 5FEWA 2TRSA 3EWUA 5AC8A 4M6VA 5EY5A 3GR8A 4PL2A 3FIGA 1GZGA 1KFBA 1TO3A 2A7RA 2X30A 1MEWA 1H5YA 1YDVA 3MHUA 4RV8A 5EKYA 1GTEA 3UQNA 3O6YX 4ICNA 4XZ9A 1VC4A 5EL1A 4CCDA 3MP3A 1KV8A 4A21A 1TTJA 5A8GA 2BWGA 3NL5A 4M6QA 2E6FA 3VFLA 1KM5A 2VOMA 1FDYA 1ME8A 2GVGA 4JX5A 1L2UA 1VHNA 2NUWA 3C2EA 2V2DA 1IF2A 2HMCA 4NUWA 2ZZ6A 1EP1A 3V75A 5CZ0A 4BWLA 5K7JA 1R2RA 5LNUA 1F76A 1W3NA 3UWVA 3NO5A 3FYOA 1ME7A 2VEKA 4CLMA 5C5YA 1K7EA 5FEPA 3TH6A 3WJYA 4GJ1A 1XM3A 4D2JA 5G2IA 2GPTA 4MIMA 3PG9A 1YADA 3CWOX 2GQAA 1NVMA 1NF0A 5HWNA 4C1KA 1DBTA 1TQJA 1RQHA 3DKLA 3GAYA 4UTMA 4O1BA 1XFBA 2GUUA 4MYXA 3KVLA 3TE9A 3LBMA 5DELA 2R94A 2GQ9A 4Z1BA 1V5XA 4O50A 3P81A 1TV8A 3MYOA 4O14A 4KWWA 4DELA 5I3HA 3S0CA 4R33A 1WBJA 3G1VA 1AW2A 3S5ZA 3THQA 4UFHA 1Z41A 1SO3A 1I2PA 3INPA 3MHFA 3JRKA 3C6CA 1F6PA 3B4UA 3FKRA 1VH7A 2Y70A 2BSLA 3DI1A 3W1AA 3WJWA 3HMJG 1W54A 1JUBA 2OT1A 2FLIA 3C8FA 4FO4A 2ALDA 5CZJA 3NXFA 3UWUA 1DOSA 3PF3A 3W85A 4UNKA 2C14A 2ZRWA 1LCOA 1W56A 2B7QA 3FOKA 4JTEA 3P74A 3P5YA 3IIZA 2VFGA 3HG4A 1LRNA 4L4MA 5AHEA 4LS2A 4UTLA 5EBUA 2QCEA 3NQAA 1PCKA 3O6DA 1THFD 5TIMA 4KFNA 1SO5A 3LGEA 1FDJA 3FYPA 4LS1A 3DFTA 1JUEA 2YX0A 3PB0A 1DL3A 5AOUA 1A5SA 2ZZ7A 5DCEA 3R5EA 2ZA1A 4N4QA 3MHGA 3T7VA 1GVOA 1EP3A 1O5KA 1VRDA 3O1NA 3NQ6A 3STFA 3BW3A 4XUGA 2G5WA 1B9BA 1OJXA 4DO5A 1GYNA 1EUNA 3QQ1A 1I2QA 3SSJA 2VFEA 3GAKA 2Q8ZA 4QNWA 1G7UA 1SO6A 3N34A 1JCNA 2A85A 2X16A 3MP4A 3TDFA 4NNAA 5HR6A 2Y88A 5H2ZA 4RZ6A 5D37A 3CLMA 3B03A 3GDRA 1X7FA 2CLIA 3MI3A 2KZHA 2ZZ5A 1VZWA 4UFIA 4K7YA 3WJZA 3L5LA 2WSYA 1K3UA 3GLCA 3EEGA 3IIOA 4XKYA 5AYZA 4Y96A 4UTWA 4JD4A 5DY2A 1FWNA 1TIMA 5CSRA 3IRDA 1ZAIA 4HN4A 2YZRA 2NX9A 3W74A 2GJNA 1WOBA 5F4SA 2PE4A 4UR8A 1K8ZA 3W7NA 1K7FA 1TTPA 4FNTA 1PE1A 1OFAA 1H60A 3E96A 4LC6A 1KM1A 1QOPA 2VFHA 2AQWA 1LBLA 3P8IA 3PSVA 3HF3A 4FNQA 3BVJA 3MW7A 3K30A 5HQEA 5GVJA 1NF7A 2E6DA 2GJLA 1YTEA 4EOUA 5AYXA 3VKJA 4WJEA 3R13A 2YXGA 2J24A 3STGA 5HUOA 3ZR4A 2VFDA 1XCFA 4EIVA 3NNTA 4IOTA 5F4WA 3ABQA 4ZMGA 2FPVA 1TJPA 2WPBA 3S6DA 1TV7A 3FA5A 4O52A 4U4MA 3UWYA 2DP3A 4GUJA 3GYEA 3W7LA 1AG1O 2AAMA 5I3FA 1LM1A 5KZDA 3AO0A 1ADOA 2B4GA 3ZWTA 4BR1A 3G8EA 4HIBA 2TMDA 1HUVA 4BF9A 1TJRA 3M5YA 4O19A 1EX5A 3LRLA 5KTLA 4C1LA 3GXPA 4KFOA 3JS3A 3E0IA 3PUDA 4N2YA 4Q33A 1OFEA 3RMJA 4MZ1A 3HJZA 3G1AA 2H8XA 3A5FA 3QYQA 1H51A 5G2HA 2DZVA 4JIPA 1TPUA 3DXIA 1GYLA 1ZNNA 3WK0A 1ZENA 3NPUA 1FXPA 3PUOA 2G96A 3C3NA 4ORIA 4WOZA 1TSIA 3EWBX 5D38A 3LHVA 1UB3A 3M44A 1G4EA 3M5ZA 5E0KA 3W1RA 3W7CA 3EWYA 1UUOA 2VFIA 1JRBA 3QW3A 2OJPA 3QMSA 4OU1A 3S42A 3FJLA 2JKAA 2I1OA 3QQ0A 4LVAA 3C0JA 1HTIA 1WDWA 2C0AA 3GKAA 2C19A 1IIHA 3W87A 1UUMA 4NX5A 4LT9A 1RV8A 4NZFA 1ZFJA 5D03A 1SW7A 2CU0A 3HO8A 3NQDA 1KFCA 4W9TA 3G1HA 3O6CA 2YSWA 3LI1A 3TUUA 4IMCA 1M6JA 3GXNA 3LCIA 4TMBA 3SI9A 3BV4A 4WD0A 3M9YA 4ZQOA 4LS0A 3EKZA 4HPJA 3LV6A 1KFJA 2A2IA 3ATYA 3LCGA 1IXOA 1S5TA 3GZ3A 1TPEA 4IXXA 1L6WA 3DENA 4WUIA 4WX2A 3G3DA 1V7YA 2R91A 3R12A 5I3JA 3EX6A 1QPOA 3N14A 4Y90A 1KBJA 3RF9A 1VCGA 3L66A 4XBSA 4OGZA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1X6U A;  4ADT A;  3RRX A;  2BV9 A;  3BJS A;  4DIA A;  1WCG A;  2FQI A;  2WC3 A;  3TC6 A;  4QDP A;  2DVX A;  1QPQ A;  1XYZ A;  2FZN A;  5K2Z A;  1F8I A;  4W85 A;  3KWX A;  3N17 A;  4R88 A;  1HT6 A;  1M68 A;  3V0S A;  3L0N A;  3PBY A;  2VX7 A;  3USZ A;  2R1L A;  1OYB A;  2NV9 A;  3KBJ A;  3P2V A;  4F2T A;  2ZBT A;  3GFY A;  1FHL A;  5AYI A;  4O4V A;  1FWC C;  1TCD A;  1B30 A;  3VE7 A;  5BXS A;  4W88 A;  1SZE A;  5AZ1 A;  3STC A;  1FCV A;  5H6H A;  1I1W A;  4GG9 A;  3VCC A;  3ABO A;  3NVT A;  1I2O A;  3NPW A;  3VNJ A;  4JTI A;  3NO3 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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3V1PA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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