3V1P | Genus

Total Genus 83

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	83
sequence length	220
structure length	220
Chain Sequence	DVMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAAGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDLL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: a structure-based explanation for how the 5'-phosphate group activates the enzyme. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags	Lyase/lyase inhibitor
source organism	Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus	83
structure length	220
sequence length	220
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2011-12-09

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3v1pA00

1JCXA 3W7KA 1YDNA 1IXPA 3QC3A 2FB3A 3H55A 3GB6A 1FDZA 3IVTA 3FYOA 3S1WA 3W07A 1GJPA 4GUJA 1M5WA 1WOAA 3ABOA 4UMCA 1ZY9A 2EGZA 1LM1A 3GR7A 4N4QA 2V2DA 4RK8A 4H6KA 1MEWA 1Y0EA 3IGSA 2J9XA 3RK8A 5E93A 4JTKA 3CB8A 2Z6JA 1L6WA 2DJXA 2H6RA 3EX4A 3UD6A 4IX0A 4E2BA 4ZQPA 4N02A 5TIMA 3EXTA 2WNQA 4IGHA 4EWND 4IX2A 4GUFA 4BK9A 1OX6A 2KZHA 3G1YA 5D2YA 3MO7A 1OFRA 4PC8A 1H7WA 4YL2A 5SWUA 3W87A 5C6MA 4LRTA 1SO6A 4B5NA 6TIMA 1WDWA 3KVMA 4WOQA 1LBMA 1SUXA 1KM1A 1XC4A 5G1YA 4E0CA 2YR1A 4WY0A 3QH2A 3W7EA 1K03A 1TV8A 2ZTKA 1KLZA 1TTPA 4J9JA 3W7QA 4JTFA 1EPXA 2E6DA 3USBA 3M6YA 1GZGA 4IMEA 5AHFA 1R46A 1DHPA 2J88A 1W5MA 3MMTA 5L9FA 4O1CA 1SSGA 5J5RA 1SQ7A 1DJNA 3HG2A 3CEPA 3KX6A 5I3FA 3MI2A 5C2XA 2VEMA 5AHEA 1TRDA 2NLIA 1G7VA 3DFTA 3OA3A 2VFDA 3TV8A 2QCDA 1DORA 4OWGA 4KFNA 3GDKA 1JULA 2PURA 3W1QA 3O15A 2NXHA 1H7PA 3B4UA 4MZ8A 3G0SA 3LRMA 4O52A 1QMLA 2EF9A 3KOFA 2ABAA 2YXGA 4HNVA 1H1ZA 4N6EA 1KFKA 1W5NA 1NVMA 3ZWSA 3NQVA 3UWUA 1S3HA 4NNBA 4E38A 3NDOA 4JYFA 3STGA 1EUAA 1RQBA 5HINA 4DPQA 2CLOA 4MIMA 3LBCA 2RDWA 3GDMA 3ABSA 1R2SA 4KFOA 3NEVA 3LLDA 4Y90A 3KVLA 3R13A 2XN0A 2CZDA 3BGJA 1NFBA 3BGGA 3P5ZA 4JX4A 1OFAA 2Q3RA 1R2RA 5KITA 3EWYA 4KWVA 2ZRXA 5AFDA 2B7OA 4FO4A 4K7VA 2BXVA 3LHYA 1W5OA 4MZYA 4JTLA 4Z1CA 5KZEA 3WK3A 2FTPA 3C8FA 1AMKA 3G1AA 1Z48A 3NQGA 1VPXA 2Q3OA 2YSWA 5KZDA 2V30A 5DBUA 3W7JA 1OFBA 3B04A 1N7KA 1AK5A 3U6WA 3F1QA 3PS7A 5FEPA 4UTIA 3UPBA 1JCYA 4MJMA 2C19A 4LV4A 3IRDA 4TO8A 2HS8A 3RLVA 2A7PA 5CPLA 4RZ5A 4ADTA 3S9YA 2E5CA 2A6NA 1S5VA 3E02A 5HR6A 1W56A 5EYWA 3KAOA 3MHFA 3M43A 2FPTA 3M16A 1KM2A 5LSMA 3R8RA 1L9WA 3NM3A 1I2PA 1OYBA 3CC1A 3LHZA 3EWUA 2QCLA 4QNEA 3S6DA 4MFDA 2G97A 5D04C 3W1XA 2WSYA 4XTIA 1LROA 1G67A 3W1UA 3K30A 4LC8A 2VFGA 2E6AA 3NL5A 3N3MA 4FHAA 1PHQA 5CG7A 2CLEA 1ADOA 3O1NA 3QF0A 4Z1BA 3O07A 3STCA 1OFOA 3U2OA 3W23A 4S1FA 2WKJA 2VFFA 2CLKA 3Q58A 2JKPA 3GK0A 1RV8A 3LRLA 3CPRA 4JTTA 3CWNA 4W9TA 3TMQA 5F1VA 1ZNNA 4A2RA 3W84A 5KINA 3PR2A 4UTWC 2DZVA 4LVGA 2ISWA 1YXCA 4XWUA 3W2LA 3V75A 3L21A 1H51A 1OK6A 3L5MA 1H61A 1TCDA 2F84A 5C5YA 2VFEA 2QCNA 1EA0A 3VE9A 4JDBA 4Z1AA 3TSDA 5I3GA 2QDHA 1Z42A 1BEUA 1KV8A 5DN1A 2G96A 2A6LA 5CSSA 3PSVA 3T78A 4WY0B 1KM0A 2CLIA 3B0VC 2OZ0A 4UMAA 1EWEA 1F6PA 2JGQA 1UUOA 5FEXA 2E6FA 3GDTA 1LBFA 4LVDA 1YXYA 3C2OA 2CZ5A 4DF1A 2E68A 1Z41A 4IOTA 3MWAA 5EMUA 1ME9A 1TIMA 4JR5A 4LW7A 1ICPA 2V9DA 1DVJA 1ME7A 4XKYB 3TE9A 4ZQNA 2TYSA 4X22A 2X2GA 3LHWA 2Y85A 2J9YA 2VKZG 3QRHA 1SW7A 2ISSA 3CLMA 3I65A 2C6QA 3QEZA 3QQ1A 5F4WA 2B7NA 4FNSA 3FYPA 4O54A 3BLEA 5DCDA 3LV5A 4NJKA 3S5ZA 4TU1A 2RKXA 1NF7A 4PL1A 5E1QA 3LHUA 2OJPA 3ANYA 3PB2A 3CU2A 3TKFA 3LV6A 3C0JA 4AMAA 2WQPA 4QIUA 5HWJA 2FFCA 1QNVA 3EWBX 4A29A 1ZHAA 1ZAHA 2GVGA 2ZZ4A 2ZZ6A 2QAPA 2NWSA 3KVJA 5F2IA 4ZQCA 3P81A 4PA8A 4LVFA 1TPDA 1AW1A 3EX2A 3M44A 4MJZA 2ZZ1A 1EP2A 3L67A 4WX2A 1FWWA 2ZZ3A 1BKSA 1TO3A 3LX9A 3TQKA 1PE1A 2EHHA 3IEBA 4O28A 3W7OA 2X1SA 3NQ7A 3C6CA 5LNSA 1Z44A 2YW4A 3W3OA 1O94A 1RR2A 3UWZA 3O6CA 4OGZA 2Y7DA 3BLFA 1WOBA 3VE7A 4MZ1A 3GAYA 4TMBA 3TXVA 2VFIA 2VEPA 3M0ZA 4BR1A 3QW3A 1TPUA 3IVUA 1A5BA 5C55A 2X30A 3BARA 3HG3A 2WPBA 3P82A 4M7SA 2Z6IA 4JY8A 4UXDA 1SU5A 2FJKA 4JS3A 3MHUA 3W7NA 2AGKA 1LYXA 3EX3A 4IMGA 4NVTA 3LCFA 3O8AA 1L6SA 3P67A 4KWWA 4LVBA 3RMJA 5CKSA 3H53A 3W7HA 1RQEA 3RFAA 1BTMA 4U28A 4YWIA 3FLUA 1OK4A 2ZFAA 5DXYA 3QM3A 1B3OA 3STEA 3CTLA 2OCZA 2CZEA 3ZWTA 2X1TA 1EB3A 1KFBA 1YTKA 3SY5A 1O4UA 3A21A 4C1LA 2VENA 1KTBA 2ABBA 4GNJA 2E77A 3STFA 3QJAA 1OFEA 3EB2A 4AHQA 5D30A 4UNKA 3SIZA 4JTJA 3EWZA 2ALDA 4ADUA 3G8RA 4CCEA 4AWTA 1PIIA 4RR4A 2UV8G 3G18A 4OT7A 3MJYA 3B03A 1W3NA 1C8VA 5HULA 4AWUA 2RHGA 2Y7EA 3G22A 4POCA 3G3DA 3DFQA 1X7FA 2HSAA 3W1NA 2Y61A 4O50A 3RLUA 3OHIA 2NV1A 4K8HA 2GQ8A 2A4AA 1VGAA 4RKAA 1N8FA 4YCOA 1G4EA 1LTDA 2QUUA 4ORIA 4HIBA 1B4KA 3GZ3A 3LTYA 4PH6A 1EUNA 5J5DA 5DBTA 4H3DA 3IIVA 2C15A 3UWYA 3W2UA 1JR1A 2QCMA 2W6RA 3EWWA 2V0TA 4JX5A 2AAMA 3HGOA 2P0OA 1TTJA 4C1KA 1HUVA 3B8DA 3SGUA 2OT0A 2TMDA 4K39A 4O0KA 4GUGA 3HO8A 3QSRA 3HBLA 2PC4A 4Q32A 4D2JA 3HF3A 3BO9A 3O05A 3NGJA 3O6YX 1W3TA 3IIXA 1FWSA 3W2JA 1XFBA 3LGEA 3S5NA 3PB0A 4ZMGA 5EL1A 1IXQA 3LXBA 1F2JA 2YCEA 6ALDA 1VYPX 5CSRA 3S1XA 4AH7A 2TPSA 4OE7A 1TQJA 5HUOA 5H91A 3LXCA 4OBTA 4ICNA 1M7OA 2QCHA 3S1UA 1HFBA 2CFFA 5D2TA 4AVFA 1FXPA 3OBKA 1LORA 3FFSA 1LDCA 4O13A 2QJHA 4FNRA 2DZTA 3DFOA 3MI6A 4YMZA 2DU2A 1QWGA 4PEKA 4XTDA 1N55A 1KBIA 1TPWA 1A5AA 1DBTA 3L65A 3NQCA 1K7XA 4FXRA 3TSBA 3UY8A 3TJLA 1IXOA 1E51A 3P8IA 1DKWA 1TPC1 3G1SA 1H7RA 1TQXA 3L2IA 3LCXA 1SZFA 3FJLA 4O12A 3MHGA 2FB2A 3EEGA 3SECA 2BTMA 4RZ6A 4JGDA 3GAKA 1LCOA 1A5SA 1JQXA 1M6JA 2Y7FA 3PG9A 3HPXA 4JTGA 5K7JA 3DU0A 1SZNA 4UFKA 1I8JA 1O60A 1ZENA 2FPYA 2QCFA 3R5EA 5BMWA 1NAL1 1V5XA 5G4WA 1F5ZA 1KFCA 2WO5A 3FJ6A 3UQNA 3HG4A 4X2RA 5I3IA 3C2VA 2XFWA 1T96A 3GDLA 5I3JA 1H62A 3SSJA 1R30A 1X1ZA 3MYPA 1NF0A 2Q8LA 3TW7A 3FS2A 4O16A 3B06A 2XN1A 1EIXA 1GQNA 2NX9A 2NV2A 4MPQA 5KZMA 3DH7A 3NZ1A 4RX0A 1KM6A 3EX6A 1UJPA 1W5QA 2QR6A 3KHJA 4AAJA 3S0CA 4LRSA 4O0ZA 2D73A 2DZSA 5FESA 1AL8A 1MZHA 3ABRA 3TC7A 3VNDA 1ICQA 3TDFA 1GG0A 3P8JA 4K8EA 1TYGA 3GVGA 1JUEA 3A5VA 3W2KA 4WZHA 4NX5A 4HSNA 4JTEA 1FWNA 3IIOA 3NOEA 5U7SA 4XKYA 3DKLA 2V8ZA 1K3UA 3LHVA 1H63A 3W7DA 3G1HA 1C9DA 1LZOA 2GQ9A 4O4VA 1SFLA 4AEOA 1R2TA 1SZEA 1LOSA 2ZZ2A 1LLZA 1ZAIA 4NX0A 3IVSA 1X8FA 1QPQA 4NJGA 3DI1A 5I3HA 2QKFA 4M6QA 1IIHA 1K8ZA 4LTSA 3SZ8A 3UZJA 3P74A 2YW3A 3LERA 1W5PA 3EX1A 3S5YA 1HL2A 5HMSA 4BI6A 1PV8A 1TV5A 1QPOA 5I3KA 1FCQA 1VYSX 1FXQA 3NPVA 4IMFA 5DLCA 4UTUA 2E5BA 2GPTA 4GJ1A 1NSJA 1PS9A 1ICSA 4AWSA 5D03A 3S42A 2J24A 1XBVA 3WK0A 2G95A 4PTNA 4E2DA 4M19A 2WNNA 4HNUA 5ABTA 1S5WA 2BLEA 3Q2DA 4X9SA 4XZ9A 3W7GA 3EXRA 3DXIA 1FQ0A 1GEQA 2H90A 1H60A 3DHDA 3GDRA 3QW4B 1FCBA 4LS0A 2NWRA 2ZCGA 1LRNA 1JCJA 1A5CA 2BZNA 3C2EA 3FA5A 1EX5A 1VQTA 4NJHA 1U5JA 2C0AA 2HS6A 2I14A 1T99A 3I68A 2ZTJA 2WSQA 1KFEA 2VELA 1X1OA 2A7RA 2YZRA 2AQWA 2FLIA 1CW2A 1T8XA 3B05A 1OX5A 1A53A 3NQ2A 5LHFA 4K36A 5AYZA 4FNTA 5G5IA 3M7WA 2H3BA 3W72A 3CIXA 4MY8A 2YPIA 3HPSA 2WNZA 4DQWA 4EVZA 4GBUA 1ME8A 5CGQA 3RNDA 2PRMA 4DBDA 4IPJA 3BW3A 1D3HA 2NUXA 3LHTA 4LOCA 4PL2A 3OG3A 1P0NA 1D9EA 1VYRA 2NUYA 5CZSA 5D32A 1QPNA 4MYXA 4FNQA 4UTWA 1JCMP 2YFOA 5EY5A 1G4SA 5A8GA 1YPFA 3HQ1A 3O16A 1KBJA 1JUBA 3G1FA 2BSLA 5HWMA 3N34A 2NX3A 1GOXA 3LCIA 4LT9A 3INPA 3HIJA 3W88A 3BW4A 1NEYA 1SZGA 4FIQA 4O8RA 1OJXA 3R2GA 5AC6A 4JY9A 4JTHA 1K8YA 5CPOA 4R33A 4K7YA 4WXYA 4R34A 3HGJA 3N9SA 1RD5A 1GG1A 4MVAA 3E0IA 4IXHA 4MUZA 1QOPA 5TBOA 3A5FA 5K9XA 4UFIA 1WV2A 3QZEA 3LTPA 3BG3A 3Q37A 5G2IA 1TV7A 4MY9A 1H7XA 1LP6A 5F2MA 4KFPA 3A23A 3ZS4A 2GVJA 2VEKA 3JS3A 4ORMA 4UMBA 3GXPA 4A22A 4UIOA 4GC4A 2WJZA 3TNOA 2H8ZA 2ZRYA 4CNNA 4WUIA 1VZWA 4S2CA 3JR2A 4LS2A 1TMHA 5K9CA 3BG5A 1B9BA 1ZCOA 3L0GA 4I7WA 1W31A 1XDMA 1A50A 5K4ZA 3VFLA 1F6KA 3PBUA 5CPNA 1DL3A 3TK7A 1IXNA 4CNPA 4LS1A 4AF0A 1L6YA 3G0UA 3W7LA 3THAA 4Y6GA 2C1HA 4GUHA 3G8EA 5LZLA 1PCWA 1VHCA 2O7QA 1O5KA 1TRIA 1VLIA 4PODA 3ELFA 3TU9A 4QISA 1QO5A 3PBVA 3I6RA 2DZWA 5HJLA 5DELA 3A24A 3G1XA 3WFAA 1GVFA 4MOZA 1K02A 3PULA 2NZLA 5K2ZA 2Q8ZA 3GLCA 3GNNA 3U8GA 3TFCA 4MLRA 4JIPA 4Z08A 3C3NA 1PHWA 2CLFA 3PY2A 4JN6A 3NQAA 3MP5A 3QMTA 3TUUA 4P2VA 4NJJA 1GPWA 3M5XA 5DY2A 2JGYA 3FIGA 1JQVA 3QPYA 3SR7A 3EKZA 2YFNA 1O5XA 5D02A 1GVOA 1FCUA 1HTIA 3LRKA 4AHPA 4G1KA 5BMXA 4ML9A 2CW6A 1DQXA 2QUVA 1VCGA 1I45A 4QITA 1TPH1 5C54A 4UFJA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3V1PA

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