3V75A

Crystal structure of putative orotidine 5'-phosphate decarboxylase from streptomyces avermitilis ma-4680
Total Genus 101
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
101
sequence length
285
structure length
285
Chain Sequence
NLYFQGMSLEPFGARLSRAMDDRGPLCVGIDPHASLLADWGLSDDVAGLERFSRTVVEALGEHVAVFKPQSAFFERFGSRGVAVLEKTVAEARAAGALVVMDAKRGDIGSTMAAYAEAFLRKDSPLFSDALTVSPYLGYGSLRPAVELARESGAGLFVLALTSNPEGGEVQHAVRTDGRDVAATMLAHLAAENAGEEPLGSFGAVVGATLGDLSSYDLDINGPLLAPGIGAQGAAPADLPGVFGAAVRNVVPNVSRGVLRHGPDVRALRTAADRFAEEIRAAVAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Streptomyces avermitilis
publication title Crystal structure of putative orotidine 5'-phosphate decarboxylase from Streptomyces avermitilis ma-4680
rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus 101
structure length 285
sequence length 285
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2011-12-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3v75A01
5K3VA 1HL2A 1ADOA 3W1QA 3M0ZA 3NQMA 3W76A 2Y62A 4EOUA 1TQJA 3W7KA 5D2YA 3DI0A 3UWVA 3NQDA 2RDTA 5HR6A 3DFTA 2NV2A 1G4EA 4QITA 2O7QA 4A3UA 4AWUA 5LNVA 1SU5A 3T7VA 3B03A 1K8YA 3C2FA 1M6JA 3BVJA 1DHPA 3BO9A 4O0KA 4R53A 2ALDA 3CM4A 1A5BA 1LOLA 3NAVA 2GPTA 4DBEA 3CEPA 4GUIA 3IVSA 3RLVA 2G96A 1THFD 1SPQA 4ONVA 3M44A 1G7UA 3FKKA 3GAYA 2J9XA 2O7SA 5I3IA 1V5XA 3NPUA 1XC4A 2CLMA 2V5LA 2A5HA 2NZLA 5BRBA 3W87A 3USBA 3S0CA 1LBLA 5C5YA 1VHNA 2X2GA 4FF7A 1HG3A 5EBUA 3KVLA 3LB0A 2YGYA 1DQWA 1H51A 3NL3A 3BG9A 1H63A 2D73A 3S9YA 1QMLA 1TCDA 1EIXA 3MI2A 1IXNA 5TQLA 3W1XA 1SO6A 1TTJA 4NU7A 4NJIA 1EPXA 2QAFA 2GQAA 2ZZ3A 2V82A 2QR6A 4GNJA 4IXXA 3NQ7A 4FNQA 4K8EA 3W83A 4QIUA 1FXPA 3IIOA 4R34A 3GNNA 3SZ8A 1KM2A 4X2RA 2ZRYA 2E5BA 4GRSA 2J88A 3W7HA 3CPRA 5AB3A 2CZ5A 3VKJA 3CTLA 3S6DA 2YDAA 3UZ5A 2YFNA 3B06A 4O10A 2PCQA 1F6KA 2ISWA 4O53A 4UTHA 4JR5A 1BTMA 4A21A 4MUZA 1YXYA 1TTQA 1QCWA 3TV8A 1GVQA 3SIZA 3TE9A 4KFOA 4LC8A 3LTPA 3W6YA 2Y7FA 4DEFA 3F03K 3LCGA 2A6LA 2AQWA 5I3HA 3FKRA 1EB3A 1JR1A 3JS3A 4O1BA 1ZJIA 2E68A 4GE8A 1AK5A 2OJPA 3CEUA 4UFIA 5D2TA 2NWSA 3KOFA 3HO8A 1QO5A 2JBMA 2EAWA 3RK8A 1W5QA 1OJXA 4JIQA 3CU2A 2FPTA 3TNOA 2Y7EA 3MYPA 1SO5A 4NVTA 1RQBA 1MEIA 3ZFHA 5KTLA 3M16A 4TMCA 3S1WA 5AC7A 1L6YA 1WBHA 1TPVA 3W2JA 3H53A 3GYEA 4IMCA 5LZLA 3NQCA 3CT7A 2VOMA 3TK7A 4A22A 5FF7A 3GNDA 4RKAA 1G67A 4O4VA 2FJKA 4HSNA 4EF8A 2PRHA 4IPIA 4O14A 2A7RA 3CWNA 4MJMA 2V2HA 1QOPA 2NUXA 1R2TA 1VCVA 3WK1A 3S5NA 4LOCA 2I14A 2R14A 1K8XA 5HUPA 3QFEA 4UIOA 2DZPA 4K6AA 1XBYA 1C29A 4N6FA 1XL9A 5CZ0A 1ME7A 2I9EA 4DELA 3T4CA 1DJNA 3ZR4A 1PCWA 1LZOA 3PG9A 3LGEA 4HN4A 4JN6A 4M5PA 3PULA 3TC6A 1AL7A 2C0AA 1TPEA 3P60A 1CX9A 1VYPX 3A22A 1T99A 5K2ZA 4YL2A 2GVJA 5DBTA 1JVNA 1DOSA 2FTPA 4BR1A 4WXZA 4CLMA 5BOOA 2JGYA 2IQTA 4N4QA 3N2MA 4MYAA 4GUHA 4POCA 3R8RA 3UPBA 4FX8A 2VENA 3G3DA 2CLKA 3CHVA 4TU1A 3FFSA 1KM5A 3B04A 4LUJA 3L67A 4J9JA 1G4PA 2CZFA 3HPSA 1I2RA 3MP3A 5HULA 3NQ6A 4GJ1A 1K02A 5E93A 4EVZA 1VCGA 4NZFA 5MHBA 1SFJA 3EX3A 1WQ5A 1LM1A 4PODA 1YPIA 4S1FA 4MPQA 3ZWSA 1Q6QA 4MVAA 3FIGA 4U28A 1KFKA 2EGZA 2KZHA 2B7QA 1MSSA 3EX2A 4PL2A 1H5YA 1GZGA 4X22A 4UMBA 2YW3A 1KFLA 5DXXA 1KM4A 4LC6A 2H3BA 1I4NA 3A9IA 3NPWA 2JKAA 2QKFA 1K8ZA 3G8RA 4NNAA 2Y63A 5U7SA 2E6AA 5G4EA 1TIMA 5D02A 1H7OA 3CWOX 3NQ8A 3MW7A 3R12A 3SGZA 3NM3A 5DCBA 3V75A 3BG3A 4IOTA 1P0KA 2ZZ5A 3QM3A 5F4XA 1F74A 1ME8A 3NZ1A 3NQFA 5D32A 1M5WA 1TRDA 2YSWA 1WA3A 3TQKA 2CWNA 4ZQPA 2WV8A 3HQ1A 2CLIA 2CZDA 3OHIA 3EXRA 4UTWA 5DBUA 5EKYA 4PC8A 4OV9A 2ISSA 5CSRA 4O1AA 3MI6A 4JX5A 4UR8A 2QDGA 4YMZA 5J5DA 1DKWA 1RPXA 2X1UA 2YX0A 4GUFA 4K7YA 3RU6A 2GJNA 3YPIA 6TIMA 5CGQA 3NPVA 5LGXA 4FIQA 3GDKA 5LNUA 4ORMA 3KVMA 4NXKA 3TAOA 2ZFAA 3HPXA 1TB3A 3B4UA 4DBDA 4ZZ9A 4AF0B 1TQXA 3THQA 1G6CA 4GFSA 2ZTJA 1LRNA 2DJLA 2QJHA 1IXPA 2OZ0A 1GPWA 4KKXA 3W3OA 2B0MA 4Q33A 1W5OA 3NQGA 4UFMA 1EX5A 3N2XA 4N9EA 3TSMA 5AYYA 4IWWA 4FB7A 1S5WA 2DZUA 3L2IA 4MIMA 3PVFA 4WQ6A 1PCKA 1GVRA 1LORA 2FB3A 3PG8A 5CZJA 3IIXA 1QPRA 4O52A 4RV8A 1N55A 3W7OA 2ZYFA 1Z48A 1W5MA 2R91A 2JKPA 4CQ8A 1T0OA 5KZEA 3P8IA 1JUEA 5EY5A 3MHGA 2RDWA 4LUIA 1UCWA 1FBAA 1TV8A 2YYTA 3A24A 4M6QA 4IX2A 4JTFA 4N9BA 3S5YA 3BLIA 1ICPA 5D05A 1TPDA 4CCDA 5AYXA 5F4SA 3NZRA 1T8XA 2C3ZA 5CPMA 1EUAA 3SGUA 4JD4A 3SI9A 4RXGA 1KFCA 1XBVA 4G1KA 5F4WA 3UPWA 4UTUA 1W3NA 2BX7A 3A5VA 3NL2A 1O5KA 4UUIA 3LX9A 3C52A 4M19A 4XTIA 2A21A 4AVFA 1U5JA 1U83A 3MP4A 3STGA 3BW3A 5D37A 3HJZA 4QISA 1FUYA 4ADSA 1I2PA 4P61A 2WSRA 1LBFA 4PEKA 4JX4A 2WNZA 1LRTA 7TIMA 4NT0A 2ATSA 3IIPA 3MI3A 5G2WA 4Y8FA 2H90A 2VEPA 2GUUA 5G4WA 3P74A 2E5CA 4QNEA 5BW6A 1OG0A 3LCHA 1R47A 4H6KA 3NQ2A 4GUJA 2FB2A 5C55A 2Y89A 1K3UA 1TMHA 2ZRZA 4DXVA 2A0NA 3WJZA 1WV2A 1H7RA 3L65A 4MLRA 1FWTA 2BTMA 4ICNA 4AF0A 1KV5A 3PY2A 4E2BA 1TO3A 1X6UA 4R33A 3N9RA 4PA8A 1GEQA 2WPBA 1F7BA 4DO6A 2VFFA 3D0CA 5L9FA 3LTSA 3W72A 2G5WA 3TFCA 2P10A 3GDLA 4S2BA 3EWWA 5E0KA 5EL1A 1O60A 4HHPA 1YTKA 3K30A 3UWYA 1VGAA 2FQIA 2OT0A 3JR2A 5I3KA 3TA6A 1I2OA 5KITA 3W7MA 2F84A 2QCEA 1DBTA 3W86A 3GVGA 3TFXA 4OT7A 4Z1AA 2TMDA 3LBCA 4HT3A 3KXQA 2ZRVA 1HO1A 5AHIA 3W7NA 5AHLA 3NEVA 5HNRA 1TTPA 3FYPA 5CZTA 1W56A 4MFEA 1FDJA 3HPZA 4XKYB 1TV5A 3G1DA 2TRSA 3P81A 4QM1A 3TCEA 5G2HA 1H50A 4PCFA 1SQ7A 2ZRWA 4L4LA 2Z6JA 4UTTC 3W2NA 3VFLA 4MYXA 3NNTA 3LHWA 1IXOA 1K7EA 1KM6A 1JCNA 3EWUA 4UFLA 3M43A 2WSYA 1P4CA 1RQEA 3W74A 3TUUA 3G1XA 2GOUA 3T78A 2QCDA 4XQ6A 1W5NA 2ZZ7A 2A1YA 4FEZA 1WBJA 1JCMP 5CSSA 3QJAA 5LHFA 4KWWA 2HSAA 1O94A 3S1VA 3W1AA 3STFA 1H61A 3E9AA 3OA3A 3WK3A 1FDYA 5FF2A 2LLEA 2PE4A 2QAPA 1NEYA 3I7QA 2B7OA 4XBKA 2PRLA 4NX5A 2TYSA 3W1MA 2R8WA 1W0MA 3CQ0A 3DFNA 3O05A 3PBWA 1ICSA 4IMDA 4NXSA 4LV4A 3LRMA 1QWGA 5TIMA 3CB8A 2VFGA 4ZVJA 3C2VA 3TMLA 3N14A 1KBIA 4GC4A 3IIZA 3DFOA 3T40A 3LCXA 1P0NA 4OHQA 1KBJA 5DLCA 3GDRA 2H6RA 2RFGA 1B3OA 1OX5A 1GG1A 3IGXA 4HNTA 4N9CA 3NR0A 3OVPA 4BI7A 1NAL1 2NV1A 1EP3A 1VYSX 3PBVA 1R2SA 3MHFA 1FY6A 1HFBA 1YXDA 2ZA2A 1YYAA 3M5YA 4JYFA 3GB6A 3A21A 2Y7GA 1GT8A 4NNCA 1TPUA 5AOUA 4UTIA 4DO5A 4O0ZA 1W3TA 3IIVA 3HIJA 2E6YA 4XKYA 3RLUA 3EXSA 3TDFA 4Y6GA 5HWNA 3QF0A 4AXKA 3AJXA 3UXDA 5L6UA 1MZHA 2C18A 2NXGA 3OVQA 3KRZA 2XN0A 2VFIA 2ZRUA 5EYWA 2YXGA 4KFNA 3LTYA 1UB3A 1WAUA 5D04C 1I2QA 5U4NA 4FNRA 3C3NA 1KLYA 1GVFA 2VKZG 5AHFA 1SZNA 4HPJA 3FS2A 2C6QA 4FX6M 4E38A 2JK2A 3GDTA 1LDCA 1XUZA 4NJKA 4WJEA 5C6MA 2E09A 4TO8A 2B7PA 3VE7A 4FIRA 5D09A 4XTDA 1H1YA 5CG7A 1SW0A 3RNDA 3W70A 5HUOA 3GX9A 4JEQA 3SSJA 4QAIA 4OU1A 1TRIA 2WNNA 2X1TA 3BLEA 2NXIA 5AHNA 4LV9A 4NQ1A 2NWRA 4RX0A 1SO3A 4KWVA 4A2SA 3KAOA 1F2JA 5C54A 2VC6A 4WY0F 4D2JA 3P62A 4LRTA 1TJPA 3PM6A 1X1OA 1RV8A 1XDLA 3TAKA 1XI3A 3G18A 3NPXA 3EB2A 4UTMA 1ZFJA 2JGQA 4IJBA 2RH9A 2CFFA 1LCOA 4R7JA 1ONRA 2ZZ2A 2C16A 3SJ3A 4M7TA 2DZWA 2FLIA 3M5VA 4O28A 4UMCA 3MO7A 3L66A 3W22A 3EX1A 1EP2A 5HJLA 1ZAHA 4U4MA 4QSHA 3WK2A 3HGSA 4PFMA 2DZTA 5A8GA 5I3JA 2Q8ZA 3QSTA 1W5PA 4O19A 4WZHA 4M7SA 1W8SA 1ZALA 1UUMA 4IUOA 3S42A 2GQ8A 3M41A 3CLMA 2QF7A 3M5XA 3N34A 4JIPA 2ZA1A 3UWWA 4XBSA 2AAMA 3P82A 2H8ZA 3G24A 3LCFA 3ELFA 3BG5A 2ZBTA 3KVKA 1QOQA 3GKAA 5LKYA 2VELA 2FPYA 3FEMA 3A23A 3MJYA 4OV4A 2BXVA 1G4SA 3GXPA 3STEA 3TX9A 1SUXA 3LXCA 4Q32A 3LCIA 1EP1A 4O13A 2J24A 3GAKA 3R5EA 1QR7A 2H8XA 3L0KA 2V30A 5T26A 1E51A 1OFAA 4LTSA 3EEGA 1JCLA 4NZJA 3S1XA 2CLFA 1FCQA 2ZZ6A 4RR4A 3LHYA 3LHUA 3ABQA 2ZCGA 4ZQRA 1QPNA 2QCLA 4L4MA 3NM1A 1AG1O 2W0UA 3G0XA 2CLHA 2F7FA 3PUOA 5FESA 2TSYA 4WOQA 1ZNNA 1W31A 2QCCA 3MMTA 3NQVA 1DJQA 1CI1A 5AHMA 1ALDA 1OK4A 3NDOA 2ATMA 5LNRA 1OFPA 1KV8A 2OX1A 4NUWA 3EWZA 1TJRA 4GXMA 3A5FA 5K7JA 1ME9A 3P7YA 4RLIA 2P1FA 3NO5A 1VYRA 2UV8G 1HTIA 1A5SA 3LI1A 3BK0A 1XM3A 3FYOA 3NGJA 2Y7DA 5LGZA 3GR7A 3W75A 3ZS4A 3W7DA 3O15A 4A2RA 4RZ4A 3NXFA 3MHUA 4NJJA 3QW4B 1TPWA 5HMSA 4UXDA 2OMAA 1RVGA 3EWBX 3EX6A 5G2IA 3F1QA 1W37A 2EF9A 3PSVA 4BWLC 3W1TA 3TSDA 3S5ZA 1J4EA 4WX2A 4MZYA 1AW2A 1NF0A 2ZZ1A 2V81A 4M6VA 3TSBA 4K39A 5FF3A 1XDMA 1JCXA 2X1RA 4JYDA 5CPLA 4TIMA 4DPPA 2ISVA 4BI5A 1V7YA 1PVNA 2AGKA 3I65A 2YYUA 3DZ1A 2Y85A 3LCWA 1K7FA 5GVJA 3V1PA 3NOEA 2XN2A 4IMEA 3QMSA 1BKSA 1DORA 1YDOA 3C61A 1D3GA 3QQ1A 4ADTA 3VCRA 3PB2A 3M47A 2EHHA 3BV4A 4CNOA 1ZAJA 3HMJG 3TXVA 4JTJA 4O4WA 4QJ1A 4BFAA 1BEUA 1XUUA 2A6NA 3B05A 3W07A 2QCHA 5SWUA 4FNSA 3W2KA 3UQNA 3EWXA 4JGDA 2Q8LA 2WO5A 5DCEA 1ZCOA 2Y61A 3ATYA 3W7JA 3LDVA 2Y88A 5KINA 1OHLA 1SO4A 2X16A 3E49A 4IQLA 4DQWA 4UTJA 2XN1A 1O5XA 3BGJA 2CZEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1K6A A;  4Q4S A;  1OZQ A;  5K3V A;  1HL2 A;  4E8C A;  2HK1 A;  3W1Q A;  3KLK A;  1RBL A;  3GIP A;  3DI0 A;  1JI2 A;  3KL5 A;  4DN1 A;  3UGV A;  1XLJ A;  4AD1 A;  2FZN A;  2ZIC A;  3VGD A;  4QIT A;  4L7Z A;  4J3X A;  3M0Y A;  1SU5 A;  3BZJ A;  4M80 A;  2PTZ A;  3B03 A;  4D8L A;  4GGB A;  3C2F A;  3MKC A;  3VGF A;  4IL0 A;  4R53 A;  3CM4 A;  4GCX A;  4QG6 A;  3NAV A;  1ZSX A;  3GTX A;  3W26 A;  3P93 A;  2DIE A;  2OKO A;  3CUG A;  2NW0 A;  2G96 A;  4U10 A;  3EDD A;  4ONV A;  3M44 A;  2HVN A;  3E2S A;  3GAY A;  2J9X A;  3NPU A;  4BQ4 A;  1UZ1 A;  3ID7 A;  3UG4 A;  2A5H A;  2NZL A;  5BRB A;  3W87 A;  1F3T A;  3ENL A;  3U4A A;  2PWV A;  4QBX A;  5EBU A;  3KVL A;  3NSN A;  1DQW A;  2G3F A;  3BG9 A;  1DWA M;  3FXY A;  4YJ5 A;  2D73 A;  1QML A;  1TCD A;  3WH8 A;  3MB9 A;  5TQL A;  2C71 A;  1TTJ A;  4U3C A;  3NQ7 A;  3ITX A;  4FNQ A;  4J3U A;  4R34 A;  5DRI A;  1XSI A;  3MV0 1;  5EGR A;  3GNN A;  4RE0 A;  5M5D A;  3H2F A;  1HJU A;  3GTH A;  2CZ5 A;  3T9P A;  4AZB A;  4KW2 A;  3S6D A;  4O10 A;  4XD5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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