3VE7A

Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from metallosphaera sedula complexed with inhibitor bmp
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
206
structure length
206
Chain Sequence
MNRVILSLDSPIPEETLRKLNGKVAGIKVGWPLLLNLGKEKVKELVGLVDGIKILDLKLADIDNTMILIVDELKDITNSFIAHAFVGVEGSLASLSQRVDLFLVLSMSHPGWNDAFYPYLREVARRVNPKGFVAPATRPSMISRVKGDFPDKLVISPGVGTQGAKPGIALCHGADYEIVGRSVYQSADPVRKLEEIVRSQEEVLSS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase/lyase inhibitor
molecule keywords Orotidine-5'-phosphate decarboxylase
publication title Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from Metallosphaera sedula complexed with inhibitor BMP
rcsb
source organism Metallosphaera sedula dsm 5348
total genus 79
structure length 206
sequence length 206
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2012-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3ve7A00
5BOOA 3KHJA 1IGSA 4UFIA 3STEA 4FNTA 2CLIA 5F4XA 3PY2A 4FX8A 3NL3A 4WY0F 4IX0A 5CGQA 4AB4A 1IXNA 1W31A 4LC6A 3QC3A 4LRTA 3SECA 5G2WA 3W7RA 2FB2A 3LBCA 5LNUA 3G3MA 5HNRA 5HULA 3WK2A 4EWND 2CLKA 4UNKA 4RX0A 4GUHA 3ELFA 4UNLA 1DJQA 1JQXA 3O16A 4IMEA 3KRSA 3SY5A 4K7VA 3CU2A 4FHAA 1ME8A 5I3FA 4LVGA 1KLYA 1UUOA 1QDSA 2NV2A 5KTLA 4KWVA 1W1ZA 5AHFA 5LNVA 3HGRA 3Q58A 4O0KA 1I2PA 3LV6A 3P7YA 4O52A 2RH9A 2QF7A 2ZRUA 1L6WA 4CNOA 4WQ6A 4WXZA 4IMCA 5EBUA 1Q45A 3BVJA 4Y90A 1YPIA 4CQ8A 4QQ3A 2YFOA 3HPXA 1FXQA 1JJKA 3PS7A 1PL9A 1GG1A 3C2FA 1IIGA 4LVAA 2A0NA 4JTEA 3IGSA 3NL6A 1SO6A 5D2WA 1M6JA 3L21A 2E6YA 2ZFAA 1ML1A 2R14A 4U28A 5CZ0A 4HNTA 3DU0A 2QCFA 3A23A 4DO5A 4GUJA 3TIMA 3L67A 3LCLA 2Y7DA 2J27A 1EUNA 3EWBX 1GVQA 1UB3A 2E6DA 3NM3A 2ZRVA 3TK7A 1KFCA 1WX0A 1TRDA 2G97A 6TIMA 2WNNA 5KZDA 4ZQRA 4FXRA 3THAA 1OABA 3S8HA 2A85A 1F2JA 3C2EA 2H8XA 3M16A 3TROA 3BLEA 5ABTA 2QCNA 3W2UA 3W2LA 1MEIA 1SZFA 1PS9A 5MHBA 1GT8A 1F76A 2H90A 3GK0A 4LOCA 4G1KA 1ALDA 2CZ5A 1V7YA 3RFAA 2ISWA 1TPUA 3NOEA 1YTEA 2BWGA 2GQ8A 5G2HA 4IX2A 4O11A 4UC5A 3ATYA 1LTDA 4PL1A 2XFWA 2Z6JA 1N8FA 1TV5A 2FQIA 4OQVA 3W7KA 1O94A 5AC8A 3Q2DA 3UZJA 5DCEA 1PE1A 4Y6GA 3W9ZA 1ICSA 1I4NA 2H6RA 1G6CA 5C6MA 3MP5A 1S5VA 2V2HA 1VJIA 1LCOA 4KKXA 1TQXA 2H8ZA 4AF0A 4MLRA 3MYOA 1DL3A 3QMRA 4QAIA 3FKRA 3W7NA 4N6FA 5CKSA 3PVFA 1WBHA 3UWZA 2X1UA 1G67A 5FF7A 3HBLA 1IXOA 1C9DA 4QNWA 2GUUA 3QEZA 3LCGA 4NJIA 1VLWA 2I14A 4HPJA 3TXZA 3RU6A 3TJLA 2V2DA 1XBVA 3W74A 3TCEA 3CTLA 2B0MA 1GQNA 2Y89A 3IGXA 3G22A 4UTWC 1L6YA 3KRZA 2YR1A 7TIMA 4K38A 4DBEA 3GLCA 1QCWA 3QSRA 4JTTA 4O13A 2RDWA 1KV8A 3F4WA 4JS3A 2X2GA 5EL1A 3NPXA 5FF3A 1XFBA 1KTCA 2D73A 5FEXA 1H60A 4JX6A 4A29A 4O15A 4HIBA 4CQ9A 2YCEA 2VFGA 5I3IA 3E96A 1S5TA 1FDJA 3CWOX 5HMSA 1K8YA 4JNMA 1A5AA 3M1ZA 4YCPA 3PSWA 1W0MA 3BG9A 3HQ1A 1MXSA 1K3UA 3QMTA 3W85A 2Y61A 3SIZA 1RQHA 1LM1A 4AHOA 3A24A 3M43A 3GXNA 2JKEA 3L66A 3LXBA 4Z0SA 3W1NA 1ADOA 3G8EA 2G95A 1OYBA 1Q6QA 3W2MA 4LU0A 3TW6A 2UV8G 2DZUA 3GVGA 3CIWA 4MKNA 3O6YX 3DKLA 1RPXA 2AQWA 3WK0A 3JRKA 3PUEA 4ORIA 2G96A 3LXCA 4JICA 5GVJA 3HPZA 3C0JA 3L65A 1KM0A 4MY1A 1TPB1 3I7RA 5D2VA 4LV4A 3S5YA 4UMAA 4FNQA 4JY8A 1VPXA 1W8SA 3R5EA 2KZHA 3M5YA 3LOTA 3RK8A 1RZMA 5DCDA 3PSVA 4HKPA 3TAKA 1SW3A 5U4NA 4RKAA 4X3ZA 2QCDB 3NZ1A 5BRBA 4JX5A 5TBOA 4IGHA 4HT3A 4XZ9A 2VFEA 1RD5A 4IUOA 5F2MA 4UR8A 2B7QA 1P5BA 5TIMA 2BTMA 1YXDA 4OU1A 4AHQA 5K2ZA 2YGYA 3NZRA 3W7EA 4IOTA 4UFMA 2C14A 4JDYA 1QOPA 3LM7A 2QJGA 2NX9A 4O14A 1W5OA 1OFQA 3H55A 2A6NA 1WAUA 2Y85A 4IMDA 2DJXA 2QKFA 2GPTA 4UFJA 5KZEA 4EIVA 1SU5A 3CQ0A 1ME9A 4JN6A 2NUXA 4UFLA 2BXVA 1WA3A 4A2RA 1RQEA 3W7HA 1BWLA 5KINA 2V8ZA 1H7WA 2ZRXA 3G0UA 2BX7A 2OMAA 3HG2A 4HNVA 4HNNA 4XQ6A 1VQTA 4RV8A 3P8IA 4FIQA 3BK0A 5E0KA 1W56A 3T44A 1GVFA 4WXYA 3SGZA 4EVZA 1K7FA 4ALDA 5DBTA 1VCFA 1BWKA 2PRHA 1XBYA 4KFNA 5CPOA 1YYAA 1KFLA 1UASA 3FA5A 5CPMA 3TMLA 3FEMA 1EWEA 4NUWA 3W75A 3L0KA 2V30A 1K7XA 1I45A 4LS0A 3KRUA 4YWIA 2QCLA 3TUUA 3O6DA 1VC4A 3B4UA 3P74A 1KW1A 3G1SA 3IIOA 4WY0B 4ZQOA 4AWUA 5HWMA 1TV8A 5HR7A 1O95A 3M5XA 4CLMA 4GXMA 5D03A 3N3MA 3QPYA 3LHVA 2WV8A 2YXGA 2ZA2A 1X1ZA 3W1TA 3S9YA 1Z48A 2ZZ1A 4CNNA 2E5DA 1LROA 4A2SA 3W7GA 4O28A 1FY6A 1NFBA 4IMFA 1H50A 3GYEA 4X22A 4N4QA 2GVLA 4UTTC 4UTIA 5DLCA 3HJZA 3QZEA 3P5ZA 1JQVA 4N9BA 3B0PA 1TSIA 3QW3A 1WXJA 3FS2A 2A7RA 3NXFA 2QAPA 1W3TA 3DI1A 3G1XA 3HPSA 2NZLA 1K02A 3EXSA 1G4TA 2PE4A 3BPWA 3O05A 5I3JA 1UJPA 3VNDA 1AL7A 1FWWA 3LCHA 2ISSA 3L9CA 4LVFA 2VC6A 5AFDA 2Y70A 1OK6A 2OZ0A 4DF1A 2OCZA 2HTMA 3EX3A 4IJBA 3VKJA 4NX0A 1FDYA 3TSDA 1LOQA 5LNRA 4I7VA 1VCVA 3D0CA 4O0ZA 5BMWA 3RLVA 1YADA 3UWUA 1JCJA 4K37A 1XC4A 3IEBA 4I7WA 2AAMA 3EX6A 3IGUA 1LP6A 3QF0A 5G4WA 2XN2A 3LLDA 4R34A 2DU2A 3TH6A 1IXPA 2P10A 3L68A 4MVAA 3GAYA 2TSYA 3TNOA 3WJZA 2FPTA 2JGQA 4MPQA 3TC6A 3WK3A 5AN7A 2VFIA 3W7IA 4KWWA 3G1DA 3GDMA 5U7SA 3FKKA 3HGJA 4Z0JA 2C19A 1QPNA 4X2RA 1SFJA 3W23A 2GQAA 3IIZA 4JD4A 3LBMA 2QCHA 1KM4A 1GEQA 4NQ1A 2AGKA 2J9YA 3PBVA 4O50A 5DY3A 1VHNA 1W3IA 1SUXA 4DO6A 3LXAA 4OWGA 5BMXA 3PUOA 1OFOA 4MUZA 3N34A 2J9XA 1J5TA 1SO5A 3CEUA 3GNNA 1YTKA 5BNKA 4UTMA 4K8EA 1W5PA 3UXDA 3MJYA 5KZMA 2E09A 4JTSA 3W88A 2C6QA 1YXYA 2VELA 2Q8ZA 4PTNA 4XTIA 2ZA1A 3LHUA 4S2BA 1Y0EA 2ZYFA 1GPWA 3SJ3A 5FESA 1SZGA 3TMQA 4YCOA 2C15A 3FJLA 1T0OA 1A53A 4Z08A 1TTPA 3PBYA 3W84A 3QFEA 5EMUA 3NQ6A 1K8XA 3W7LA 1K7EA 4IPJA 3O07A 1L6SA 4QNEA 3PB2A 5LGXA 1W5MA 2JKAA 1GVRA 2NV1A 4LRSA 3NQVA 4S2CA 3OEXA 4O12A 5KSWA 3OBKA 3BW4A 3WJWA 1TPVA 4D2JA 3RF9A 2QCEA 3PC0A 2R91A 1WQ5A 3CIXA 2O7QA 4H3DA 3ZWTA 1R2RA 3HGSA 2VFFA 1P0KA 4N9CA 4GUIA 5DELA 1LBMA 4JDBA 3AO0A 2CLFA 1TPC1 2HS6A 3N14A 1LRQA 1RQBA 1GVOA 3GXPA 3B0UX 2QDHA 1A5CA 2RKXA 3IVUA 3UWYA 2ABAA 1FCBA 1I2NA 1MO0A 3NQCA 2YZRA 5HWNA 3W2JA 1LRNA 3HMJG 3HG4A 1VLIA 1EUAA 3MYPA 1R46A 1AW5A 5J5DA 2EHHA 1H7NA 3MI6A 3MHGA 1TTJA 3SFKA 5LHEA 1SO4A 1JRBA 2GJLA 3VCRA 1NVMA 2WO5A 4ONVA 4Z1BA 5AHEA 4NJGA 4FNPA 2A1YA 2Z2UA 2J9ZA 3UQNA 3DXIA 4RCXA 1SR9A 3E0IA 5K9XA 2V81A 4XTDA 1YLVA 3O06A 1J2WA 2JBMA 4O54A 2TMDA 3BGJA 1LLWA 4C1LA 1U5JA 3S1XA 3G24A 4UR7A 3C2VA 2ISVA 2E6AA 1SW0A 3M44A 1EB3A 4MIMA 2VEPA 3Q94A 3LCXA 1GTHA 1OFPA 1DQWA 4BWLC 1N7KA 1CW2A 3ABQA 1FWRA 1I2RA 3O15A 3EKLA 4LS2A 3H54A 3NQEA 2VENA 3IRDA 3S5NA 4BK9A 3NO5A 4M7TA 3TE9A 1GWJA 3INPA 4K39A 4XKYB 4BR1A 5CSRA 2VFHA 1QPQA 1T8XA 2OX1A 1TTIA 3A21A 3GDLA 5AC7A 1OFEA 3YPIA 2WSYA 2GJNA 1LBLA 4Y8FA 3W72A 1PV8A 1H1ZA 4ZMGA 3NL2A 4MFEA 1G7UA 4P2VA 4YLWA 4R53A 4GE8A 3QM3A 3PBUA 4MFDA 2IQTA 4LV9A 1M7PA 4RZ4A 3DFNA 1XUUA 2FJKA 4WOQA 1H7RA 4PFMA 5DN1A 3GXTA 3OVPA 3NGJA 3P82A 3IIPA 2VFDA 5D33A 4FO4A 5LGZA 2EF9A 3DFQA 2OT0A 3P62A 3LGEA 4PC8A 4JR5A 3S6DA 3L5AA 3W7JA 2QJIA 4WUIA 1FCQA 2VEIA 4N2YA 1A5BA 1YDVA 1GZGA 2NXIA 3BG3A 3O63A 4ZL1A 3VFLA 2QR6A 4E0CA 2YYUA 1Q6OA 3HB9A 1FX6A 3C4UA 3LHTA 3LTPA 3DBPA 3CHVA 2X30A 2CZEA 2E5CA 3T7VA 3GZ3A 3BARA 1X1OA 1MEHA 1LOSA 4NU7A 3UWVA 2ZZ7A 5I3GA 4O19A 3M9YA 4ZVJA 1OX4B 5G2IA 2W0UA 3L0NA 4DEFA 3NPVA 2WSQA 3LRLA 2DJLA 5CPNA 1DKWA 2ZZ5A 3P67A 1ZFJA 4M5PA 4Z1DA 2FLIA 1H62A 3UWWA 1O5KA 4Z1AA 1TO3A 5D32A 4JX4A 2E77A 1JCNA 4WJEA 3UY8A 1F05A 2HMCA 4BI7A 5D2YA 4UTJA 2Z6IA 3BW2A 3G1YA 3B8DA 1EWDA 3GDKA 4Z1CA 2FPVA 4UTHA 4XBKA 1SSGA 5HUPA 4LT9A 3PBWA 3W7QA 3ABSA 3NYZA 4FX7A 4LWWA 2CLLA 1XI3A 3C8FA 4XUGA 2Y88A 1G69A 1GVSA 1TYGA 4O1AA 5AYYA 1KFBA 4W9TA 5E1QA 2E6FA 2Y62A 2CLEA 4ZQPA 1NAL1 4RZ5A 2TYSA 3NVTA 1TJPA 2ZZ6A 5K9DA 3B03A 2ATSA 2BLEA 3GKFA 2PURA 1XL9A 4AAJA 2A6LA 2WNZA 2B4GA 4JTKA 5C54A 3BG5A 3CM4A 5IBXA 3G3DA 4QIUA 3CWNA 5D04C 3SR7A 3R13A 3NAVA 4AWSA 4GC4A 1LRTA 5EKYA 3W2KA 4JXCA 2R8WA 4CCEA 1BKSA 2R94A 5E93A 3W1RA 3GR8A 4UTLA 2EPHA 1ZENA 1EP1A 2VXNA 4KFPA 4TX9A 3NQ8A 4QITA 1TPDA 3QJAA 3G0XA 4X9SA 2CU0A 4UMBA 1WOBA 2ZZ4A 4WD0A 1NF0A 4EF9A 3P60A 2WOQA 2H3DA 3GKAA 3R89A 4BFAA 1ONRA 5FF0A 1TRIA 4DPPA 3LV5A 4CQAA 4WOZA 1H5YA 2ZZ2A 1Q6RA 3I6RA 1YTDA 4GUFA 1PHQA 3B05A 3VI2A 3ZFHA 5FEWA 4GWEA 2V9DA 3U2OA 2EAWA 4BI5A 3KVLA 3R8RA 1OFRA 4QISA 4LNYA 1JCMP 2A2IA 2X1SA 4ZZ9A 3MO7A 4O18A 2Q3OA 4XWUA 1QMLA 3FYPA 3WJSA 2QCMA 1MZHA 4K6AA 4CCCA 1WV2A 2ZQ0A 3MP4A 4JYFA 3IIXA 5AHIA 5HINA 3OG3A 4N6EA 4N9EA 3UYCA 3UPWA 4DELA 1F73A 3QH2A 4FNUA 5DY2A 3OVRA 4OBTA 2Q8LA 4MYXA 3N9SA 5EY5A 3LTSA 3W1MA 3DHFA 3SGUA 5L6UA 1HTIA 2YFNA 1ZNNA 3LCWA 3ZR4A 1XM3A 2NLIA 3AJXA 3W3OA 4P61A 4HNUA 1W5QA 3PWAA 4AVFA 3LTYA 2A21A 3KAOA 1PHWA 4M6PA 4CNPA 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 1H7P A;  1KTB A;  1XUZ A;  2QUU A;  2ZRY A;  1VH7 A;  5LKY A;  3MMT A;  3HO8 A;  3P80 A;  1DOS A;  1OFA A;  5T26 A;  4BWL A;  5HR6 A;  5L9F A;  3C2R A;  3PG8 A;  1ZAI A;  4XKY A;  3BGG A;  5F4S A;  3EX1 A;  2X1T A;  2CLM A;  1F6K A;  4JTF A;  4N4P A;  1W5N A;  4EOU A;  2NX3 A;  2V2C A;  3R12 A;  4JTJ A;  1HFB A;  4RXF A;  4B5N A;  4OV4 A;  1KFJ A;  3UZ5 A;  2WQP A;  2X1R A;  4E38 A;  2WPB A;  1G7V A;  1ICQ A;  3EKZ A;  4AWT A;  1OJX A;  4WZH A;  1MSS A;  5LNS A;  3LER A;  4QJ1 A;  3TAO A;  1B9B A;  2Q3R A;  5CZS A;  5AC6 A;  3PAJ A;  1SFL A;  3I68 A;  3CC1 A;  1FWN A;  1TJR A;  3NQ2 A;  4ICN A;  4TIM A;  4OV9 A;  5IM5 1;  5F1U A;  4RR4 A;  1HO4 A;  3V1P A;  3IIV A;  1KV5 A;  1OFB A;  3G1H A;  3TQK A;  3JS3 A;  1H51 A;  3OIX A;  5I3H A;  5F2L A;  1AW1 A;  1SW7 A;  1S5W A;  4LUI A;  5HUO A;  2EGZ A;  4TU1 A;  4UIO A;  2NWR A;  1EIX A;  3W86 A;  5G5I A;  5K4X A;  3A5F A;  3L5L A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4MTV A;  5HXM A;  4UFI A;  3STE A;  3FN9 A;  4PSP A;  4QBX A;  5BRQ A;  4AD0 A;  5F4X A;  4FX8 A;  6CGT A;  2FGZ A;  2OZT A;  1VFH A;  3IJI A;  3WH6 A;  4AB4 A;  1IXN A;  3VIN A;  1XII A;  3SEC A;  3G3M A;  1F8M A;  3RN6 A;  1AQF A;  4DJF C;  5HUL A;  3WK2 A;  4UNK A;  3EWD A;  1AD1 A;  4GUH A;  1ZJH A;  1XSK A;  3ELF A;  3O16 A;  2BY2 A;  2VC9 A;  1YEY A;  1W9B M;  5I3F A;  1QDS A;  5GQB A;  3H7U A;  2OOD A;  4L9Y A;  5KTL A;  1I2P A;  2DT0 A;  4IMA A;  1JL8 A;  4CNO A;  3UA3 A;  3APG A;  4ZE4 A;  3GIP A;  4PMQ A;  2NV9 A;  3HPX A;  1JJK A;  1PL9 A;  3C2F A;  4L6D A;  1OIM A;  2BS9 A;  4JTE A;  1SO6 A;  4HN8 A;  4EWJ A;  1KKR A;  1J0I A;  1SJA A;  3H2M A;  3PBM A;  3W26 A;  2R14 A;  4PEE A;  3GXD A;  4U28 A;  1UPP A;  5JUV A;  3L4T A;  3K1G A;  2QGY A;  1VAH A;  2Y7D A;  1UB3 A;  3NM3 A;  1V3K A;  2BOF X;  1KFC A;  6TIM A;  5KZD A;  4JPG A;  4PCP A;  3C2E A;  5A6B D;  3NSN A;  1HKV A;  1KB3 A;  2JIW A;  1R3T A;  3W2L A;  1MEI A;  1F76 A;  3W37 A;  4WSK A;  4LOC A;  4HGX A;  2QXW A;  3HQP A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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