3VILA

Crystal structure of beta-glucosidase from termite neotermes koshunensis in complex with salicin
Total Genus 201
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
201
sequence length
472
structure length
472
Chain Sequence
TVYTFPDEFKLGAATASYQIEGAWDENGKGPNIWDTLTHEHPDYVVDGATGDIADDSYHLYKEDVKILKELGAQVYRFSISWARVLPEGHDNIVNQDGIDYYNNLINELLANGIEPMVTMYHWDLPQALQDLGGWPNLVLAKYSENYARVLFKNFGDRVKLWLTFNSPLTFMDGYASEIGMAPSINTPGIGDYLAAHTVIHAHARIYHLYDQEFRAEQGGKVGISLNINWCEPATNSAEDRASCENYQQFNLGLYAHPIFTEEGDYPAVLKDRVSRNSADEGYTDSRLPQFTAEEVEYIRGTHDFLGINFYTALLGKSGVEGYEPSRYRDSGVILTQDAAWPISASSWLKVVPWGFRKELNWIKNEYNNPPVFITENGFSDYGGLNDTGRVHYYTEHLKEMLKAIHEDGVNVIGYTAWSLMDNFEWLRGYSEKFGIYAVDFEDPARPRIPKESAKVLAEIMNTRKIPERFRD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
source organism Neotermes koshunensis
publication title High-resolution structures of Neotermes koshunensis beta-glucosidase mutants provide insights into the catalytic mechanism and the synthesis of glucoconjugates
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-glucosidase
total genus 201
structure length 472
sequence length 472
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2011-10-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3vilA00
1E1FA 4PUDA 2DIJA 1AQ0A 1BQCA 4BA0A 4X0VA 1SR0A 2WMKA 5CSUA 1MQQA 7CGTA 2BHUA 4MPKA 1HJSA 1E15A 4GINA 4M82A 1TA3B 2PBGA 2JIEA 3ZR5A 3N13A 1UKPA 1E73M 4AZGA 2CHOA 3AZTA 3AS0A 2D2OA 5IHRA 3MV01 1CGVA 1VFMA 4HU0A 1V3LA 1JYNA 4HP5A 1A3HA 2DH3A 2YDQA 1VEPA 1UR8A 2Y5EA 4TX6A 1FHLA 5M17A 4NSBA 3ZT5A 1LL7A 1E6RA 4GQRA 4XB3A 5CSYA 1HKMA 1I75A 4MB3A 3DYPA 2XFRA 2VTFA 2VNCA 5HDRA 3CZLA 4U33A 5CGTA 3NSNA 2GJXB 1KXHA 2WCGA 1XSJA 1NARA 3AOFA 1GVYA 1I1XA 2X2YA 1QHPA 4QLJA 2IXVA 3MUAA 5C8BB 1UR9A 3KZSA 2PF0A 2PWGA 1EQPA 3OLIA 1NOFA 4BQ4A 4UFIA 1BGAA 1JIBA 2WZEA 1YHTA 1CECA 1JAEA 2D20A 3CZEA 1UG6A 1V3IA 1J0YA 1KGWA 3W6MA 3SUUA 2ZWZA 1HNYA 3CTTA 5DEZA 2BY0A 3HJEA 1B2YA 4JFVA 1ZS2A 1W9BM 2OYKA 5I5RA 6CGTA 1P6WA 1VJSA 3AS2A 1EIBA 2ZE0A 2DQXA 3JUGA 2XWDA 3KWXA 3ARXA 4K68A 2IUZA 2WM0A 4M29A 4PBGA 1GJUA 3BH4A 3FHAA 1EQCA 3NJ3A 3BXWA 4WSJA 4TUFA 1GUVA 4DWSA 1XH0A 2WYSA 1AQMA 1W1VA 1Q6DA 3NDYA 4JZ5A 5HBFA 5M3WA 2FHFA 1OCQA 1NM9A 1UA7A 2BVDA 2BY3A 3VMOA 4JHOA 2WAGA 1BSIA 4IM4A 3VIFA 4J3XA 5ABGA 2FHCA 2XWEA 1LF1A 3CZJA 5FL1A 2WMJA 2G41A 1F4HA 2F8QA 3WDRA 3GBDA 1PJ9A 4P8VA 4PMUA 1H49A 3RMEA 3VD9A 3BCDA 3WH7A 4KWUA 1MYRA 4FLQA 2V3FA 3WMSA 4W86A 3A47A 2YA0A 4ZXLA 1C92A 1K9FA 3VVGA 5I23A 2DT2A 3ZQ9A 2A3AA 3WH6A 4Z2IA 3FN9A 5LYRA 1KCLA 3DYOA 2HISA 5CPTA 2QLYA 3UG5A 4CD6A 4AXNA 1TMQA 1EGZA 5CG0A 1PZ3A 1CGWA 1GQKA 1HF6A 1H4PA 1V08A 4ML4A 1L8NA 3GXFA 3WUBA 4CU8A 3T2PA 2ZX7A 5EFDA 4H04A 1H11A 4F8XA 2W67A 3A3HA 1ODUA 5A8OA 1CEOA 2CNCA 5D8ZA 3MKKA 4F79A 3GXIA 4J3VA 3IAQA 1UR0A 1JDAA 1WZMA 1UHVA 1DHKA 2VVSA 1MFVA 2JEPA 4AMCA 1VFUA 4D72A 3K46A 1J0JA 4D6FA 2W63A 4GXPA 1HP5A 4AY1A 3IJ8A 3M6DA 3DECA 4MAZA 2VQTA 2G3NA 5ABFA 1VF8A 3SEPA 2ZUWA 2VQUA 4BF7A 1L0PA 1ISYA 3AI0A 3WQVA 4BQ5A 3VDAA 4ATDA 3KL3A 3VIKA 2ZXDA 2GFTA 5JIWA 4X9YA 1CENA 1PZ2A 4P7OA 1CXHA 3BAJA 4HZ8A 1B3YA 3GXDA 1J18A 2XTKA 3WF2A 3VGDA 1ITXA 1WE5A 3W0KA 5HXMA 1J0KA 3WELA 1AMYA 1VAHA 5A1AA 5ABHA 4AD0A 5ABEA 2XIIA 3AYRA 3L4TA 1E70M 3VOCA 1HJQA 5GNXA 1H2JA 2WHKA 2X1IA 3W4RA 4F66A 4OUEA 3THDA 2WVTA 3AMKA 4FK9A 1JNDA 3WENA 1UD4A 1D2KA 1E0VA 3CZ8A 3L4VA 4TOQA 3RM4A 3QHNA 1XH1A 2DSKA 5JBEA 4J3SA 4CD7A 3A4XA 3O9NA 3AXHA 1XYFA 4BS0A 1BF2A 2VOTA 2QPSA 4MNKA 1HJVA 4W7VA 5I77A 2E9LA 2VZSA 3TTSA 1V6WA 3BMWA 3O6AA 2YBTA 3K4DA 3VGEA 1EHAA 1GOWA 2J47A 1XD1A 3F5KA 8A3HA 1WB0A 1UD5A 1MQRA 1B0IA 1GORA 3AS1A 3WD2A 4EANA 4GI9A 1KGXA 1GQLA 1XCXA 4JL2A 1E0XA 3ZIZA 1GW1A 2O92A 1QNOA 1G01A 1EH9A 3MS8A 4CD4A 3AROA 4A3YA 1BLIA 1V02A 1XRVA 1K9EA 1KWKA 2UY2A 1LL6A 1ODZA 2YOCA 5F7UA 1VIWA 4D6JA 4HA1A 4XV0A 3SCOA 4HZ7A 4RE2A 3W81A 4AEFA 4QCEA 2W5FA 5A6JA 2G3IA 4GO9A 3WH8A 4UOJA 1W9VA 1FH7A 1OGSA 5HOSA 2NT1A 4PMDA 1GHSA 4KGLA 2WZIA 1O6IA 4NRRA 1WDPA 3WH9A 1CPUA 3VD3A 3T08A 4HOXA 1H0GA 1OINA 3O2LA 1E6PA 3VTRA 2WKLA 3ZJ6A 2NW0A 2WSPA 2WBGA 4QFUA 2XVNA 5FD0A 1MW0A 2V3DA 1GPFA 4W89A 3SCSA 1HJWA 1V0MA 4N0RA 4MAVA 2XVPA 4DUXA 1IV8A 3T0DA 3MMWA 1G9HA 2J74A 3WD4A 3OGSA 5A2CA 1ZJAA 3A6OA 1OB0A 3ZSSA 4JHZA 1CXLA 2D22A 1J12A 5A3HA 3I3EA 4XZBA 1OD0A 5I24A 1G1YA 4AIUA 2C8NA 1HVQA 4CU7A 1J01A 4HTYA 3KE0A 3VGHA 2CEQA 4PMYA 1KXTA 3OA5A 1JD9A 3N9KA 4EK7A 4DM2A 2PWDA 2Z1KA 5FCZA 1H3GA 3SCNA 1C3FA 3TTQA 1W2VA 1W9UA 4AEEA 4AD1A 3WBEA 1GQJA 1JDCA 1PX4A 4PTXA 1KR0A 4JCLA 2J8GA 1ISWA 1FFRA 1G94A 3CH9A 3ALFA 5BCAA 3OIHA 3TA9A 1C8XA 1MWOA 4Z2GA 4PN2A 4HA4A 1XSIA 2CIPA 3U7VA 3W6LA 4LXFA 2ZOXA 3PTQA 3AIVA 3ARYA 4QLLA 3WD0A 4D1JA 4UFHA 3K4AA 1H09A 2OWXA 3VD5A 4CKQA 4TVCA 4MJ4A 1EA9C 3WNMA 5CXPA 3WL1A 3BAYA 3AHYA 3CBWA 3QHOA 5A6SA 2J4GA 3LPFA 3GNOA 2J7FA 4ZE5A 1US2A 1HJUA 1E40A 1E71M 3TTOA 4X0NA 1Q4NX 2CBVA 3EDDA 3SUVA 3U5UA 3M46A 2FH8A 1H5VA 2VRQA 2XM1A 1XHGA 2UY5A 3BCFA 2BY1A 3N15A 1HL9A 1YQ2A 4FLSA 4LX4A 3WEOA 4KH2A 4S3KA 1B31A 3ARZA 1G5AA 1J10A 2ZUVA 1LLOA 3W26A 2D0GA 3N12A 4D6IA 1J11A 2X09A 3UR8A 2QV4A 4RE4A 1VENA 3LPPA 1UA3A 2VX4A 5E09A 4ACZB 2VT0A 4CVWA 2WHLA 3DHPA 3AHTA 3W28A 3ZMRA 2XUCA 1C7SA 2J8FA 3GM8A 2DH2A 4CGTA 2EPOA 1WDSA 4PTWA 2J25A 1MW2A 1Y7VA 1V3HA 2E40A 1PEZA 4WIWA 4PMXA 4PMZA 1ISVA 5AC4A 1PBGA 1LG2A 2GDUA 2ZUNA 4AW7A 4V27A 2WVVA 5AY7A 4UOZA 1BAGA 3VNYA 1KQYA 4P8XA 5IFPA 3ARSA 3IANA 5TD4A 2G3MA 5M03A 2XFYA 4N42A 4W7WA 3AIEA 4UFLA 1HIZA 1JAKA 3F5JA 1UOKA 1UR2A 2J7BA 4OBRA 5CLWA 4CN6A 2EBNA 1V6UA 3GH5A 5D9OA 1EDTA 1GOKA 3IAPA 4QDMA 4AD2A 3RIKA 4U3AA 2VX5A 3NYDA 1SYTA 4PEEA 3T0AA 2NSXA 1UH2A 3VU2A 3AICA 1TVPA 5JBFA 2J79A 4W5ZA 3VD7A 2EPMX 2ZUMA 4MJ2A 3QGVA 3ZR6A 1XC6A 3PTKA 1OT1A 4V2XA 4JKLA 3WY1A 4TTGA 2YA1A 3WSUA 3ARTA 3PHAA 2MANA 1GONA 2E4TA 3W27A 4M1RA 2V3GA 4PMVA 4CUCA 3K8LA 1WDQA 3SCVA 3FHQA 3ARRA 2BNJA 2VC9A 1NH6A 4W88A 3FAWA 2GSJA 3T2QA 1GQIA 1IZKA 1R7OA 2EPNA 4JKKA 1TFVA 3KL0A 2NT0A 3QR3A 1W9XA 2CYGA 2Z1SA 1OGGA 3APGA 2WVUA 1QNSA 1CWYA 3WNPA 4M8UA 2VCBA 4TVUA 5A6MA 3OB8A 1RP8A 4J28A 2CCRA 3BSGA 1WZAA 1NWSA 3NDZA 1UD6A 1W3KA 4UQCA 1U30A 3UR7A 2WMIA 1Q6GA 5I79A 1NOUA 4TX8A 1LWJA 2PBOA 1B9ZA 1ISXA 3ZT7A 4GZEA 1X6NA 1DEDA 3AIBA 3PZVA 2VO5A 2GVYA 5E9AA 2XHYA 3UG4A 1R85A 4M24A 4M80A 3CUHA 1ISZA 1W2PA 4QP0A 1JG9A 7A3HA 2E9MA 1MFUA 2VVNA 4D6GA 1WP6A 4FLRA 1U2YA 1MXGA 1UQYA 3CHCA 3EDJA 4CD8A 2CBJA 3I3DA 4W85A 4UR9A 2WZHA 2JIWA 4W93A 4J7RA 4UQBA 3SUSA 4P8WA 3HU7A 1WKYA 2CXGA 4PYSA 5BYWA 3SUWA 4URIA 2VJXA 4NZCA 1OIMA 1QBBA 4IISA 1KBBA 2DSZA 5LA1A 5E0FA 5CJ5A 1BVNP 4NI3A 2J7EA 4HPHA 1C90A 3L4UA 2BS9A 2DSUA 4YN5A 3RILA 1UR1A 3MUZ1 4UNIA 5BXTA 1PX8A 1UWIA 3PZQA 4P7QA 4UQDA 4B3LA 4F9DA 1JNEA 4H7VA 1NQ6A 1QI3A 1S46A 3RDKA 1W1TA 2EQDA 3PZGA 4CVUA 4EKJA 1DWAM 2WMIB 1KXVA 2D1ZA 3EYPA 3FXYA 2DSWA 4GI6A 1KB3A 1NWRA 2IXUA 1HN1A 5HPOA 1ZU8A 2WHJA 3W25A 4D1IA 2YJQA 2E9BA 5FL0A 3CLWA 2O9RA 1WDRA 2EXOA 1UWUA 1W1YA 3ARUA 4P7RA 4BQ2A 5A94A 4J3UA 4Q7NA 1CDGA 3N04A 5JIPA 4GQQA 4J27A 4ZEPA 1DWFM 3LMYA 5IFTA 1SFSA 1UWRA 1GOIA 3B9AA 1NWUA 2V5DA 4DWSB 2OWCA 1TVNA 1JZ5A 2WBKA 1M04A 1W32A 2YL6A 1KR1A 1V6XA 3PN8A 2WLZA 3CUIA 3OZOA 2D0HA 4W84A 3SCWA 3PZ9A 2VL4A 1FOBA 4GKLA 5BROA 1B90A 4KMQA 5A95A 2OYMA 1HJXA 3AIQA 2A3EA 3BAWA 4P7LA 3OG2A 1BYBA 3AMCA 3L4YA 2VX6A 2QF8A 2V3EA 2X05A 3W82A 3SCTA 4WKFA 4OOZA 3MMUA 3CZKA 4Z2KA 2ESCA 2GK1A 5C71A 3EDFA 3VM5A 1BPLB 3ZJ7A 1EOMA 3POHA 1DWHM 3QOKA 2GDVA 4HPGA 5D4YA 3AZSA 3IJ7A 4YHGA 4IUGA 3PZUA 2DSVA 2GJRA 1OM0A 2VZVA 3PZTA 5CPSA 5DFAA 2F61A 3SUTA 1UQZA 3WF0A 5IXEA 1UKSA 2VMFA 3VM7A 3S6TA 1E55A 3F4VA 1FHDA 1JZ6A 4UCFA 3OLDA 1V6YA 1RH9A 5HPCA 3GYCA 1JFXA 4JFUA 3IK2A 2XYLA 3VILA 1MVYA 2WPGA 4E2OA 1QNPA 1H0IA 2XVLA 1XCWA 4J3TA 2VURA 1JF5A 2EO7A 4HMCA 5ECUA 5A8QA 5GNZA 3VINA 1OT2A 1TCMA 2UWFA 1V03A 5GPRA 4XX6A 5AYBA 2WWDA 3BMVA 3VO0A 1J0ZA 1A47A 2ZICA 2J77A 8CGTA 2VRKA 3CO4A 5ABFB 3WF1A 3B9DA 2A3BA 2AMGA 1E1EA 5A2BA 4RL3A 3ARPA 1QW9A 3VIPA 3GBEA 1V6VA 1R8LA 1HKJA 1GNXA 3MUY1 2W91A 2WLYA 1CZ1A 3W38A 3VUPA 3VGBA 3UEQA 3QOMA 2VI0A 1BYDA 3KEHA 3VIOA 3M7SA 4QCFA 1HKIA 5D9PA 5BWFA 2VRJA 4JFWA 2WWCA 3CPUA 5D8WA 1BG4A 4WLCA 1F4AA 2CPUA 4L4OA 4IPNB 2WCSA 3GXMA 4ZXOA 3AS3A 3J7HA 1W3JA 3OLGA 5DMYA 1FP8A 3MSDA 1QHZA 1UD8A 1JXJA 1CXIA 3ZJKA 4F9JA 3WNKA 1UZ4A 3CIVA 3I3BA 4WJXA 1RP9A 4DM1A 3SURA 4MB4A 3TTYA 1B3WA 3NIYA 1UWTA 5DT7A 2WC7A 4AZIA 1TE1A 4B9ZA 2W62A 3GNPA 3FY1A 1K6AA 4ATLA 1W91A 4JFSA 1WZLA 1ZJBA 4HMEA 1J0HA 2YL8A 1BVZA 1E43A 1XV8A 3B8SA 4LPCA 2VZOA 2J62A 5DF0A 2Y2WA 3B9EA 1KWGA 2VUYA 2ZUTA 1MW3A 2VCCA 4TTUA 2DIEA 2W4XA 2RGLA 3DHUA 1GOQA 3WQ8A 3VIMA 1W3HA 1AVAA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1E1F A;  4PUD A;  2DIJ A;  1AQ0 A;  1BQC A;  4BA0 A;  4X0V A;  1SR0 A;  2WMK A;  5CSU A;  1MQQ A;  7CGT A;  2BHU A;  4MPK A;  1HJS A;  1E15 A;  4GIN A;  4M82 A;  1TA3 B;  2PBG A;  2JIE A;  3ZR5 A;  3N13 A;  1UKP A;  1E73 M;  4AZG A;  2CHO A;  3AZT A;  3AS0 A;  2D2O A;  5IHR A;  3MV0 1;  1CGV A;  1VFM A;  4HU0 A;  1V3L A;  1JYN A;  4HP5 A;  1A3H A;  2DH3 A;  2YDQ A;  1VEP A;  1UR8 A;  2Y5E A;  4TX6 A;  1FHL A;  5M17 A;  4NSB A;  3ZT5 A;  1LL7 A;  1E6R A;  4GQR A;  4XB3 A;  5CSY A;  1HKM A;  1I75 A;  4MB3 A;  3DYP A;  2XFR A;  2VTF A;  2VNC A;  5HDR A;  3CZL A;  4U33 A;  5CGT A;  3NSN A;  2GJX B;  1KXH A;  2WCG A;  1XSJ A;  1NAR A;  3AOF A;  1GVY A;  1I1X A;  2X2Y A;  1QHP A;  4QLJ A;  2IXV A;  3MUA A;  5C8B B;  1UR9 A;  3KZS A;  2PF0 A;  2PWG A;  1EQP A;  3OLI A;  1NOF A;  4BQ4 A;  4UFI A;  1BGA A;  1JIB A;  2WZE A;  1YHT A;  1CEC A;  1JAE A;  2D20 A;  3CZE A;  1UG6 A;  1V3I A;  1J0Y A;  1KGW A;  3W6M A;  3SUU A;  2ZWZ A;  1HNY A;  3CTT A;  5DEZ A;  2BY0 A;  3HJE A;  1B2Y A;  4JFV A;  1ZS2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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